pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-4524a |
Genomic Coordinates | chr17: 69099564 - 69099632 |
Description | Homo sapiens miR-4524a stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | |||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-4524a-5p | ||||||||||||
Sequence | 6| AUAGCAGCAUGAACCUGUCUCA |27 | ||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||
Experiments | Illumina | ||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | ZMAT3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | PAG608, WIG-1, WIG1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | zinc finger matrin-type 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_022470 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_152240 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on ZMAT3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of ZMAT3 (miRNA target sites are highlighted) |
>ZMAT3|NM_022470|3'UTR 1 TGATTATCATATTAAGATAGAGCAGCTTTTCCTGCCTGTTGTTTGCCTTTTGTCAACTTGCCCTGCTTTGTGGTCTTTTT 81 GATATGAGTACATTCCTCTGCTTAATGTTAATACATGTAACCCACAGTGGTACCATGAGATGTCAAAACCTGGGGGCCCG 161 GGGGCGGGGCGGGGGGAGGTGGGTGTGAAGAACGTGCTTCTTAGGTCATAACGCTTTTGCAGGGTCAATGGTGTTGAGCC 241 GCTCATAGCATGTGACCTACCTACCCCATCAGAAATAACTTTTTATCTTGCTCAAGTTCTGGTCAACTAGTAGCCTGACG 321 GCTTAGAACTTTGACTATTTAAAAGTTTCATTTTCTTTTGCAATTTTAGTTTTATGTACTGTTAAAGAATTGTACTGAAT 401 TCTTTTTAGATCACAGTAAAAATAGGTTGGCAGAGATTTCAGTTTCCCAGGGCTTAACCAGAACCGCCACCTCAATGCAT 481 TGTCAGTAGAATACATTATTAGAAACTGTTAAGGTCTTTCCCGGGACATTTTTTTCTGCCATTTTCTTTTGCAATTGTAG 561 TTTTATGTACTGTTAAAGAATTGTATTGAATTCTTTTTAGATCAAAGTAAAAATAGGTCAGCAGAGATTTCAGTTTCCCA 641 GGGCTTAACCAGAACCGCCACCTCAATGCATTGTCAGTAGGATACATTATTAGAAACTGTTAGGGTCTTTCCCAGGACAT 721 TTTTTTTTCTGTATCATGTCTCCCCATCATTGAAGCGCAAATTTTCTTGAATTCAAATACTCCCAATGAGCTTGTATACT 801 TCCAAACAGCTAAACTTGATTTCCAGTTGTGGATTTCACACATATAATTGCCGCCTTCTTCCCTCCTCTTTTTTCCCCCC 881 TAGTTGAATCAGCTTGTCTAACAAGCCCATTTTCATGCCCCAGCTGTGCTGTGGGTTTTCCAAGCCTCATATTTGAATAT 961 TCAATGAGTTTAAGATGGATATGATTTCAAAAAATAGGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGG 1041 AGGCCGAAGCAGGCGGATCACGAGGTCAGGAGGTCGAGATCATCCTGGCTAACACAGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAA 1121 TACAAAACATTAGCCGGGCGTGGTGGTGGGTGCCTGTAGTCCCAGCTACTCTGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCGTGAA 1201 CCCGGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAA 1281 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATATATATATATATAGATATATTTTCCAGCAGTTTTTAGGAAACAAAGGTGTGTT 1361 TGATTTTCCAATTTAGAGTTACTTCATTGATAGTAACATGCGCTTATATCATGATCTAAACCATAAGTTCAGATTGCTTG 1441 ATATTTTGTTTTGCCAGACTTTTTTGATAATCTGATTCTTACGGTTTACTTACATTTTCCTCTGTCTTGCCAGTCTGGTG 1521 GCCATCCTGAAAAATATCACCACCTGCTGTTTTATACACAGAGGAATTTTTTAAAAAGCAAATAAAGTTTCACTATCTTC 1601 GTTTCCAGTAGAAATATACACGAACTATGGTTTTATTCTTTGTAATTCGGCTTTCTTGAAGATACTAACAAGTATATGAT 1681 AGATCACTTTGGCATCTGATAATTATATCAGTATTATTATTTTTGTTTTTTTGCGTTTAAAATAAGAAGTTGTATGAACC 1761 CAGGAGGTGGAGGTTGCAGTCAGCCAAGAATCGTGCCACTGCACTCCAGTCTGGGCGACAGAGCAATACTCCGTCTCCAA 1841 AAAAAAAAAAAAAGAAGCTATAATATATATCTAGATTAACTAATGGAGTGCTCTGTGAATATTCATTAACTACATTTTAT 1921 CTATTTACTATATTTTATATGGGTAAGACCAGTGGTCATCCGTATTTCTTTTGAAAGCCCACTTGATCAGGAAGTTTATA 2001 TTTTAAGCAGTATGTTTGCACAATGGTCAGTTCACATTTGATTGCTTGTATTACTAATTAGAGGTAAAACTTCTATTTTT 2081 TCTTGATAATTCTGTAGGCAAAAAAAATTGGGGAAGGCAAATTACAATCATTCTTCTTCTGTAATACTTTGGGACAATTT 2161 TTAAACAACTCAGACCCATGTTTAAAAACGAGTTTTGTGTGATTAACCCTTGTATAGTATCCAGTTACTGTCTTCTCTTG 2241 AAGTGGTGGTTCTTTGAGAAGTAGAATTATTTTGTAACTTTTCTTCTCCCAGAAACAGAAGAATCAAATACTATTCTGTT 2321 AGGATTCTATCTAGACCTGTGACTCTTAGTATAATAACCCTTTTATTATTATTATTATTATTATTTTTTCAGTAATCTAT 2401 AAAGTAGAGTTGCTTAGTTTTGAGCAATTTAGGGCTTTTCTTATTGGCCAGTAGGTTATTCATTTTGCTGCTAAATATAA 2481 TTTTTTGGTTAATTTTAACATTATAGTGCTGGCCGCTTGGTTCTATGATTACCTAAAAATCTAGTTTTTTTCCTCCATAG 2561 GTAGATGTGTGTGTATGCATACCCCCACACACACACGTACATATATGTTGTCATAGAGAGGTATTTCAACCCTTATTTCA 2641 AATAACAGTAGAAGATACGAACATGAATTTATATTTTGTAAAAATGTCATTCATCCACTTTGTTTTCCATTGGAAATAGT 2721 TTTATAAGAAGGGTTCCCCTTGCTCTCTCCACTTAACAATTTCATTATATACGTAGAAAAAGCAGCCGACTTAAGGGCTT 2801 GATGTTTTTTCAGGCCTTGTGGATTCAGGTTTCCAGTTTCCCAGTGCCCTTAATGGATGTTATGAATGCATAAGCACATT 2881 TTCTTTTAAAGAAAGAAGTTAGATTTATAGTGTTATTTCTTACTTGCTATATTTCTTTGCACTAAAAAAGAGCTATGTGT 2961 TTGTTTTATAGGACACTTTAGTACCGTATTGCCTACAATAACTCAGTTTGCTCCTTAAATTCCAAACTCTGGGAAGTTGA 3041 TAAATAACTTCCATGATCACTTGTAAAAGTTACATGCACATCTGAAAAAAAATCACAAATCTCTATGACAGTAGGTTATG 3121 TTTTGAGCTTGTTACCTTGCAGTATTCTTCTCTGTTCCATAGGTGAAAACAAAGGGTGACAGAGGTTATCAGGCAGGAAA 3201 TGCCTAAATAGATACATCTCTGCATGGTACAATTTCTCATATTCATGTATTCCATAAACAGTGTTTTTTCTCTGTTTAAG 3281 CAGACTGTTGTTTCTTCTGAGTCAGTGATATGTGATCTTCGTTGGTTTCATTTTGTGAAGCTCAGTCTGTCTCTGTAACA 3361 TACTTTAGGATTTGCACCTTGTGCTCCCCAGGAATTATGTTAGTGTCCTTTTCTATGCTGTCTTCAAGGATGGACAGAGG 3441 CCTAAACCACAACAACAACAAAAATTAGAAAAAAAAATACTTAGATTTCGGTAATCATCCATAGGAACTCATAGCATCAG 3521 TCTCTTTTCTCTGTGAATAATATCTTTGTGTAAGTTGTCATAAAAAATCAACGTTAGAAGATGACAATTAGAATTCTTCT 3601 TAGGTATTGAGGGTAAGAAGTTGTAAAGAAAGAAAATTCGTGTTTCAACTAAAAGATTGGATTGCATATACCTTTGAAGT 3681 GGTTTTGTAAAAAAAGTTCAGTTACTAAACTGAGTGTGCCCTGTAATCCTTTTGAGTGCACTGAAGATGCTTTGAAAATA 3761 CTTTGTTGGTCTTCACATTGTGCATCATGTCCTGCAACTTGTAAATATGTGCATGTTGTTTATGTTTGTCTGCCTGTCTC 3841 TTATTGCACTAAATTCTGCAAGGTGAATAATTTTTTTATACCATTTATTTGGAAAAAGTTCCTCCTCCAACTCTTCTTCA 3921 CTGACCTTTTAATTAGTTGGTAAACTTAGAAAACCAGGTAGGATTTTTGAAGCCCTGAGTTTAAAAGAAGAATCGTGGCT 4001 ATTTGACATCATCCTTACATTCCCCTGACTTAAAAAGCTAACAAGAAGCACGAGATCTTCCACCTCATTTTAGAAAGCTT 4081 TTCTACAGAACTATATGCTTGCTTATAGCTACCTATCTACAGTTTGAACAGGGAGAAAGGGAGATATGTATGTCTGGTTA 4161 CATCTTCCTTCACTCTTGAATTGGCTGGGACAGCAAGCAACAACAGTTTGAGGTCCAGTGACCTACGTAAAATGAGTGTC 4241 GTTTGTGTCAGGGGACACATGTAACTGTGCAACATGGTATTTTCTACAGGGAGGGCTAGGAAGGGTGGTTTTGGAACCTA 4321 ACCTACTTTGTGTCTTCATTGTCAGAACTAAGGTTGGAAATGCCCTTTAAAGAACTTGGTGAGGCATATGCTAGGACAAT 4401 AGAGCTGCTTTAGAAAGAAATTGAGACATGTTTTGTCAGGACAGATAAAAGTTTAATGCAGGCTTTTGAACAGATGTTTT 4481 AAAACAAATTTGACCTTACCAACTATTTTTTTCTTCTAGCCAAATCATTGTACAGGAGTTTCATATATGATAAAAAGTGT 4561 TTTGTTATTGTTTTTGCTTTCTTGGCAGGGGAGAACCCCTACCATTGTGAGCAGTTACTGTCACTCTGGCTGAATGGACA 4641 AATAGCTGTGTAAATAGCTTCTCATAAAACGCTTCTACTGATAGCTGTTTGACTTTTTCTTCCCGTTATGAATGGGAGGA 4721 ACATTTGTAAACTTCCTTTCTGGGTAGCTACCAAAAAACGTACTGGCTTATGGTCCCATGTGACCTTGTCTCCGTTAAGC 4801 CCAGAATCTGAGTGCCTTTAGCAAGTGTTAGCATTTCACAGAGAGAAGAGAGACAGAATTATTGCTATTAATCACCATTC 4881 ATAAATAGGAGCTTGGAATAACAAAGGTCTGTGTGAATTCTGTTCTACGTCTTTTTTTTCCCTTTTTTAAATAAATGTCA 4961 ATTTGATATCAAGTAAAACTATTGTCATTATTGATCAGAAACCATACATTCTGAAAATGAATCCAGTTTTCCCAAGCTGG 5041 CAGAAGTCAGAGATCATTTTTCACCTTGATCTGTGTTGCGTTTGTACTTAGTGAATGGCAGTGTGGTTGATTGGAAGAGC 5121 TTGACACTGATGTTTGGAAAAATTCTTTATTCTAGTGGTCATTTTCAAACTTGTCTTCTGTAGAGAGGGGAAAAATTATG 5201 TATTTGCAGCTAAAGCGAAGAGACTGGCACAATAATTATTAATTGTGTTAGTTCATTTCTATATTAAATGAAGCATCTTC 5281 ACAAATCAGGTTTGAAGCCATTAAAAGCAAAATTTTCCCTAGTTTAATTAATTTAAAATTCTAAATTGCCTGACTACTTA 5361 GAATCTTAGAAACGCCCTGCTAGACTGATTTTATTATAGAAATGTTAACATGTTCCTCAACATTTTCTCAAGAAAATTTT 5441 CAGACATATATCAAAGTTGAAAAAACTTTGCAGTATAACCACTGCTAGATTCTGCCATCAACATTTGACTATACTTGTAT 5521 TGCCATGTATCTGTTCATATTCTCTATCCCTCTTTTCATCCATCGATCCATCAGATTTTTTTTTTAAAGAACATTCCAAA 5601 GTAAATTTTAGGCAATACACTGCCCTAAATTCTTAGCATGGGTGTCATTAATTAAGGTTTAGTATTCGTTTAAATATCTA 5681 TTTTGAAAGTGGTGTATGAAGTTGATAATCTGAGCCAATTAACATACTTTTTTTTTTTTCCTCCTGTGGACTTTTGTCTT 5761 CCAGTTTCTCTTTTTGTGTGTACTTAGGGTGAGGGAGGACAATTCCTTTCAAACACAAGTTTATTTTAGAATTGGTCATT 5841 TTTAAGTGCTTGTCATAAATTTTAAAGTTTCAATATAATTTTTCTTTTCCCCACTTCTGATAATGTATTTTTGCCAAACT 5921 ATGCAGCTTCTTCAAAAAACTGTAAATTACTGATTGGGGTTTATGAAATCAGCGAATACCTCATTTCAATCTGTTGCTGC 6001 TTTTCTCCCTCTTGTCACTTCTCCTTTCACTACTTTCAGCTGCTCTACCAGAAGGTAGAGGGGAGTAAAGGGTCAAACCC 6081 CTATATAATTAGCTGTTTTAAACAACTCTAGGAGAGCAGATTAAGTAGCTTAGTAAGTTGAAACTATTAATTTTTCTAAA 6161 GAATTTGATTTGAATTCCTTGAGAATTGTAATTATCCACACTTCCTCCAGCTATAATTAGCAGAATTAAAAATGATTGTA 6241 CTGTACAATGAGTTGTTGAAATTGTAAGCCTTAGTAACCATCTTTAGCTTTATTGTAGTCATGTTTAGAAAAAATTATTT 6321 TTACATATGCCTTTATTTTTATGCCCACTTTTTGTGGATAAGATTCTTTAGATAAAATCTAAAGAATTTTAAGTGACTTT 6401 CTCCAGGTCATGAAGATTCAATGGGTAGAATTGAATCAGAATTGAAATGTTCCAGATTCATATTCTTGTGTGTGTTTGAT 6481 AAAATTCATGGCTTCCAAAGTAACTGAACACTTCCTTTGGGCCCTTGGAGGGAAAATCCATATTTTTACTAATTACACTT 6561 TTTTTTTTAGACATCTGGCAGTTCTTTGAACTTAAACATATTCTCATGGCCATAGTTCCAAATTAAGCCCGACGCAGTTG 6641 CTAAAAATCTTGCTGCACTGTTGAATACTAATAATGCAACATTTATTGGATGTTTTTGCATTTTGATGACCTTCATGATT 6721 CATTTATAAGTCTTTGTAAGTGCTTAAGTGACCCCCTCACTAGTGAAAATAATAAATGTTCTATATCATTTATTATTATT 6801 TGTGTATTCTCTACATGATATATTTTTTTAAGGAAGAGTAACTCCACATGTCAGAATGAGTGATATTATCCTAGGGCAAA 6881 GCGCAAATAGGGCAGTTTGTTTCTACTCTGCAAATATGGCATGTATAGGAACAAAACTCTTTTGGAGTGGCTGGTCATTG 6961 TTCTGCCCTCTTTTGGTACCTGAGTACCTTTCTGGGGTTTTGTAAATCGTGTGTCATTTGTAAGAATTTCACGTTAACTC 7041 TGCGTTACTTGGTGTTCACCTGTGGTATCCTTGACTGACCATAATGATTTAGTTTGGGTATGATGTGTCTGCTTTGAAAT 7121 GCCTTACTGGAGTATGTCAGATCCTGCTTTAAAGCATTCCATATATCTGCTGGGACAATAAGTTGCTTCTCCTTGGAAAT 7201 ATGCTCTAGATTCAGAAGCAAAACCGATTTTGCTTTCACCATTAAGGTTGCATTTTAATGCAGTTATTGTTTTAAATTAG 7281 AGAATAAAATGTAAAACCAAGGGAGGCTTTAGAACCCTTTATTGAATGGCATGGCAAACTTTTAAAACTGCTTTTGCTAT 7361 TTCACTAGAACTATCTTTGATAAAGGATATAGCTAAAAAATGTCAGCCCAAACTGTGTGTAATTAGGGTTGTTTATTAAA 7441 ATTTTCTCTAAATGTCATACAGAGGCTTAAGATCTGTGTATGCTGTTGGGTCGGAGTGCCAGTCACTGCTTTGGAAGTCT 7521 GTGTTCTGGGGCTGCAGAATGACAAACGTGTCATGGGATTAAAACCAATCAACTGTGAATTGTGAAATTGAAACTACTCT 7601 TTCGGTTTTATTTTCTTTAGCATATTGAGTATAGAAATCTGAAACTTATTTAAAATTTATACTGCTTTTGTTGATGGCTC 7681 ATTTTGGCTGTGTATCCTCACTTATGTACTGATTTCTGATAAAGGCTTGACATTATTATAACACGCATTTTGTGTTCCAG 7761 TTTAATAAAACGGTTTCTGAGTCTTGTCTGAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | HEK293 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
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PAR-CLIP data was present in GSM545216. RNA binding protein: AGO2. Condition:miR-124 transfection
... - Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al., 2010, Cell. |
Article |
- Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al. - Cell, 2010
RNA transcripts are subject to posttranscriptional gene regulation involving hundreds of RNA-binding proteins (RBPs) and microRNA-containing ribonucleoprotein complexes (miRNPs) expressed in a cell-type dependent fashion. We developed a cell-based crosslinking approach to determine at high resolution and transcriptome-wide the binding sites of cellular RBPs and miRNPs. The crosslinked sites are revealed by thymidine to cytidine transitions in the cDNAs prepared from immunopurified RNPs of 4-thiouridine-treated cells. We determined the binding sites and regulatory consequences for several intensely studied RBPs and miRNPs, including PUM2, QKI, IGF2BP1-3, AGO/EIF2C1-4 and TNRC6A-C. Our study revealed that these factors bind thousands of sites containing defined sequence motifs and have distinct preferences for exonic versus intronic or coding versus untranslated transcript regions. The precise mapping of binding sites across the transcriptome will be critical to the interpretation of the rapidly emerging data on genetic variation between individuals and how these variations contribute to complex genetic diseases.
LinkOut: [PMID: 20371350]
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Experimental Support 2 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | HEK293 | ||||||
Disease | 64393.0 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
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"PAR-CLIP data was present in GSM714644. RNA binding protein: AGO2. Condition:completeT1
"PAR-CLIP data was present in GSM714645. RNA binding protein: AGO2. Condition:completeT1
... - Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al., 2011, Nature methods. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al. - Nature methods, 2011
Cross-linking and immunoprecipitation (CLIP) is increasingly used to map transcriptome-wide binding sites of RNA-binding proteins. We developed a method for CLIP data analysis, and applied it to compare CLIP with photoactivatable ribonucleoside-enhanced CLIP (PAR-CLIP) and to uncover how differences in cross-linking and ribonuclease digestion affect the identified sites. We found only small differences in accuracies of these methods in identifying binding sites of HuR, which binds low-complexity sequences, and Argonaute 2, which has a complex binding specificity. We found that cross-link-induced mutations led to single-nucleotide resolution for both PAR-CLIP and CLIP. Our results confirm the expectation from original CLIP publications that RNA-binding proteins do not protect their binding sites sufficiently under the denaturing conditions used during the CLIP procedure, and we show that extensive digestion with sequence-specific RNases strongly biases the recovered binding sites. This bias can be substantially reduced by milder nuclease digestion conditions.
LinkOut: [PMID: 21572407]
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Experimental Support 3 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | hESCs (WA-09) | ||||||
Disease | 64393.0 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
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"PAR-CLIP data was present in SRR359787. RNA binding protein: AGO2. Condition:4-thiouridine
... - Lipchina I; Elkabetz Y; Hafner M; Sheridan et al., 2011, Genes & development. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Lipchina I; Elkabetz Y; Hafner M; Sheridan et al. - Genes & development, 2011
MicroRNAs are important regulators in many cellular processes, including stem cell self-renewal. Recent studies demonstrated their function as pluripotency factors with the capacity for somatic cell reprogramming. However, their role in human embryonic stem (ES) cells (hESCs) remains poorly understood, partially due to the lack of genome-wide strategies to identify their targets. Here, we performed comprehensive microRNA profiling in hESCs and in purified neural and mesenchymal derivatives. Using a combination of AGO cross-linking and microRNA perturbation experiments, together with computational prediction, we identified the targets of the miR-302/367 cluster, the most abundant microRNAs in hESCs. Functional studies identified novel roles of miR-302/367 in maintaining pluripotency and regulating hESC differentiation. We show that in addition to its role in TGF-beta signaling, miR-302/367 promotes bone morphogenetic protein (BMP) signaling by targeting BMP inhibitors TOB2, DAZAP2, and SLAIN1. This study broadens our understanding of microRNA function in hESCs and is a valuable resource for future studies in this area.
LinkOut: [PMID: 22012620]
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Experimental Support 4 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | MCF7 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
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PAR-CLIP data was present in SRR1045082. RNA binding protein: AGO2. Condition:Untreated
... - Farazi TA; Ten Hoeve JJ; Brown M; et al., 2014, Genome biology. |
Article |
- Farazi TA; Ten Hoeve JJ; Brown M; et al. - Genome biology, 2014
BACKGROUND: Various microRNAs (miRNAs) are up- or downregulated in tumors. However, the repression of cognate miRNA targets responsible for the phenotypic effects of this dysregulation in patients remains largely unexplored. To define miRNA targets and associated pathways, together with their relationship to outcome in breast cancer, we integrated patient-paired miRNA-mRNA expression data with a set of validated miRNA targets and pathway inference. RESULTS: To generate a biochemically-validated set of miRNA-binding sites, we performed argonaute-2 photoactivatable-ribonucleoside-enhanced crosslinking and immunoprecipitation (AGO2-PAR-CLIP) in MCF7 cells. We then defined putative miRNA-target interactions using a computational model, which ranked and selected additional TargetScan-predicted interactions based on features of our AGO2-PAR-CLIP binding-site data. We subselected modeled interactions according to the abundance of their constituent miRNA and mRNA transcripts in tumors, and we took advantage of the variability of miRNA expression within molecular subtypes to detect miRNA repression. Interestingly, our data suggest that miRNA families control subtype-specific pathways; for example, miR-17, miR-19a, miR-25, and miR-200b show high miRNA regulatory activity in the triple-negative, basal-like subtype, whereas miR-22 and miR-24 do so in the HER2 subtype. An independent dataset validated our findings for miR-17 and miR-25, and showed a correlation between the expression levels of miR-182 targets and overall patient survival. Pathway analysis associated miR-17, miR-19a, and miR-200b with leukocyte transendothelial migration. CONCLUSIONS: We combined PAR-CLIP data with patient expression data to predict regulatory miRNAs, revealing potential therapeutic targets and prognostic markers in breast cancer.
LinkOut: [PMID: 24398324]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM545216 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / miR-124 transfection |
Location of target site | ENST00000311417.2 | 3UTR | UUUUGAGCAAUUUAGGGCUUUUCUUAUUGGCCAGUAGGUUAUUCAUUUUGCUGCUAAAUAUAAUUUUUUGGUUAAUUUUAACAUU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 20371350 / GSE21578 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM714644 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / completeT1, repA |
Location of target site | ENST00000311417.2 | 3UTR | CAAUUUAGGGCUUUUCUUAUUGGCCAGUAGGUUAUUCAUUUUGCUGCUAAAUAUAAUUUUUUGG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 21572407 / GSE28865 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 3 for dataset GSM714645 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / completeT1, repB |
Location of target site | ENST00000311417.2 | 3UTR | UUAUUCAUUUUGCUGCUAAAUAUAAUUUUUUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 21572407 / GSE28865 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 4 for dataset SRR359787 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | hESCs (WA-09) / 4-thiouridine, RNase T1 |
Location of target site | ENST00000311417.2 | 3UTR | GUUAUUCAUUUUGCUGCUAAAUAUAAUUUUUUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 22012620 / SRX103431 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 5 for dataset SRR1045082 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | MCF7 / Untreated |
Location of target site | ENST00000311417.2 | 3UTR | UUAUUCAUUUUGCUGCUAAAUAUAAUUUUUUGG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 24398324 / SRX388831 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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