pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-1245b |
Genomic Coordinates | chr2: 188978093 - 188978161 |
Description | Homo sapiens miR-1245b stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | |
Associated Diseases |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-1245b-3p | ||||||||||||||||||
Sequence | 42| UCAGAUGAUCUAAAGGCCUAUA |63 | ||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | ||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | ZMAT3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | PAG608, WIG-1, WIG1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | zinc finger matrin-type 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_022470 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_152240 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on ZMAT3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of ZMAT3 (miRNA target sites are highlighted) |
>ZMAT3|NM_022470|3'UTR 1 TGATTATCATATTAAGATAGAGCAGCTTTTCCTGCCTGTTGTTTGCCTTTTGTCAACTTGCCCTGCTTTGTGGTCTTTTT 81 GATATGAGTACATTCCTCTGCTTAATGTTAATACATGTAACCCACAGTGGTACCATGAGATGTCAAAACCTGGGGGCCCG 161 GGGGCGGGGCGGGGGGAGGTGGGTGTGAAGAACGTGCTTCTTAGGTCATAACGCTTTTGCAGGGTCAATGGTGTTGAGCC 241 GCTCATAGCATGTGACCTACCTACCCCATCAGAAATAACTTTTTATCTTGCTCAAGTTCTGGTCAACTAGTAGCCTGACG 321 GCTTAGAACTTTGACTATTTAAAAGTTTCATTTTCTTTTGCAATTTTAGTTTTATGTACTGTTAAAGAATTGTACTGAAT 401 TCTTTTTAGATCACAGTAAAAATAGGTTGGCAGAGATTTCAGTTTCCCAGGGCTTAACCAGAACCGCCACCTCAATGCAT 481 TGTCAGTAGAATACATTATTAGAAACTGTTAAGGTCTTTCCCGGGACATTTTTTTCTGCCATTTTCTTTTGCAATTGTAG 561 TTTTATGTACTGTTAAAGAATTGTATTGAATTCTTTTTAGATCAAAGTAAAAATAGGTCAGCAGAGATTTCAGTTTCCCA 641 GGGCTTAACCAGAACCGCCACCTCAATGCATTGTCAGTAGGATACATTATTAGAAACTGTTAGGGTCTTTCCCAGGACAT 721 TTTTTTTTCTGTATCATGTCTCCCCATCATTGAAGCGCAAATTTTCTTGAATTCAAATACTCCCAATGAGCTTGTATACT 801 TCCAAACAGCTAAACTTGATTTCCAGTTGTGGATTTCACACATATAATTGCCGCCTTCTTCCCTCCTCTTTTTTCCCCCC 881 TAGTTGAATCAGCTTGTCTAACAAGCCCATTTTCATGCCCCAGCTGTGCTGTGGGTTTTCCAAGCCTCATATTTGAATAT 961 TCAATGAGTTTAAGATGGATATGATTTCAAAAAATAGGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGG 1041 AGGCCGAAGCAGGCGGATCACGAGGTCAGGAGGTCGAGATCATCCTGGCTAACACAGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAA 1121 TACAAAACATTAGCCGGGCGTGGTGGTGGGTGCCTGTAGTCCCAGCTACTCTGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCGTGAA 1201 CCCGGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAA 1281 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATATATATATATATAGATATATTTTCCAGCAGTTTTTAGGAAACAAAGGTGTGTT 1361 TGATTTTCCAATTTAGAGTTACTTCATTGATAGTAACATGCGCTTATATCATGATCTAAACCATAAGTTCAGATTGCTTG 1441 ATATTTTGTTTTGCCAGACTTTTTTGATAATCTGATTCTTACGGTTTACTTACATTTTCCTCTGTCTTGCCAGTCTGGTG 1521 GCCATCCTGAAAAATATCACCACCTGCTGTTTTATACACAGAGGAATTTTTTAAAAAGCAAATAAAGTTTCACTATCTTC 1601 GTTTCCAGTAGAAATATACACGAACTATGGTTTTATTCTTTGTAATTCGGCTTTCTTGAAGATACTAACAAGTATATGAT 1681 AGATCACTTTGGCATCTGATAATTATATCAGTATTATTATTTTTGTTTTTTTGCGTTTAAAATAAGAAGTTGTATGAACC 1761 CAGGAGGTGGAGGTTGCAGTCAGCCAAGAATCGTGCCACTGCACTCCAGTCTGGGCGACAGAGCAATACTCCGTCTCCAA 1841 AAAAAAAAAAAAAGAAGCTATAATATATATCTAGATTAACTAATGGAGTGCTCTGTGAATATTCATTAACTACATTTTAT 1921 CTATTTACTATATTTTATATGGGTAAGACCAGTGGTCATCCGTATTTCTTTTGAAAGCCCACTTGATCAGGAAGTTTATA 2001 TTTTAAGCAGTATGTTTGCACAATGGTCAGTTCACATTTGATTGCTTGTATTACTAATTAGAGGTAAAACTTCTATTTTT 2081 TCTTGATAATTCTGTAGGCAAAAAAAATTGGGGAAGGCAAATTACAATCATTCTTCTTCTGTAATACTTTGGGACAATTT 2161 TTAAACAACTCAGACCCATGTTTAAAAACGAGTTTTGTGTGATTAACCCTTGTATAGTATCCAGTTACTGTCTTCTCTTG 2241 AAGTGGTGGTTCTTTGAGAAGTAGAATTATTTTGTAACTTTTCTTCTCCCAGAAACAGAAGAATCAAATACTATTCTGTT 2321 AGGATTCTATCTAGACCTGTGACTCTTAGTATAATAACCCTTTTATTATTATTATTATTATTATTTTTTCAGTAATCTAT 2401 AAAGTAGAGTTGCTTAGTTTTGAGCAATTTAGGGCTTTTCTTATTGGCCAGTAGGTTATTCATTTTGCTGCTAAATATAA 2481 TTTTTTGGTTAATTTTAACATTATAGTGCTGGCCGCTTGGTTCTATGATTACCTAAAAATCTAGTTTTTTTCCTCCATAG 2561 GTAGATGTGTGTGTATGCATACCCCCACACACACACGTACATATATGTTGTCATAGAGAGGTATTTCAACCCTTATTTCA 2641 AATAACAGTAGAAGATACGAACATGAATTTATATTTTGTAAAAATGTCATTCATCCACTTTGTTTTCCATTGGAAATAGT 2721 TTTATAAGAAGGGTTCCCCTTGCTCTCTCCACTTAACAATTTCATTATATACGTAGAAAAAGCAGCCGACTTAAGGGCTT 2801 GATGTTTTTTCAGGCCTTGTGGATTCAGGTTTCCAGTTTCCCAGTGCCCTTAATGGATGTTATGAATGCATAAGCACATT 2881 TTCTTTTAAAGAAAGAAGTTAGATTTATAGTGTTATTTCTTACTTGCTATATTTCTTTGCACTAAAAAAGAGCTATGTGT 2961 TTGTTTTATAGGACACTTTAGTACCGTATTGCCTACAATAACTCAGTTTGCTCCTTAAATTCCAAACTCTGGGAAGTTGA 3041 TAAATAACTTCCATGATCACTTGTAAAAGTTACATGCACATCTGAAAAAAAATCACAAATCTCTATGACAGTAGGTTATG 3121 TTTTGAGCTTGTTACCTTGCAGTATTCTTCTCTGTTCCATAGGTGAAAACAAAGGGTGACAGAGGTTATCAGGCAGGAAA 3201 TGCCTAAATAGATACATCTCTGCATGGTACAATTTCTCATATTCATGTATTCCATAAACAGTGTTTTTTCTCTGTTTAAG 3281 CAGACTGTTGTTTCTTCTGAGTCAGTGATATGTGATCTTCGTTGGTTTCATTTTGTGAAGCTCAGTCTGTCTCTGTAACA 3361 TACTTTAGGATTTGCACCTTGTGCTCCCCAGGAATTATGTTAGTGTCCTTTTCTATGCTGTCTTCAAGGATGGACAGAGG 3441 CCTAAACCACAACAACAACAAAAATTAGAAAAAAAAATACTTAGATTTCGGTAATCATCCATAGGAACTCATAGCATCAG 3521 TCTCTTTTCTCTGTGAATAATATCTTTGTGTAAGTTGTCATAAAAAATCAACGTTAGAAGATGACAATTAGAATTCTTCT 3601 TAGGTATTGAGGGTAAGAAGTTGTAAAGAAAGAAAATTCGTGTTTCAACTAAAAGATTGGATTGCATATACCTTTGAAGT 3681 GGTTTTGTAAAAAAAGTTCAGTTACTAAACTGAGTGTGCCCTGTAATCCTTTTGAGTGCACTGAAGATGCTTTGAAAATA 3761 CTTTGTTGGTCTTCACATTGTGCATCATGTCCTGCAACTTGTAAATATGTGCATGTTGTTTATGTTTGTCTGCCTGTCTC 3841 TTATTGCACTAAATTCTGCAAGGTGAATAATTTTTTTATACCATTTATTTGGAAAAAGTTCCTCCTCCAACTCTTCTTCA 3921 CTGACCTTTTAATTAGTTGGTAAACTTAGAAAACCAGGTAGGATTTTTGAAGCCCTGAGTTTAAAAGAAGAATCGTGGCT 4001 ATTTGACATCATCCTTACATTCCCCTGACTTAAAAAGCTAACAAGAAGCACGAGATCTTCCACCTCATTTTAGAAAGCTT 4081 TTCTACAGAACTATATGCTTGCTTATAGCTACCTATCTACAGTTTGAACAGGGAGAAAGGGAGATATGTATGTCTGGTTA 4161 CATCTTCCTTCACTCTTGAATTGGCTGGGACAGCAAGCAACAACAGTTTGAGGTCCAGTGACCTACGTAAAATGAGTGTC 4241 GTTTGTGTCAGGGGACACATGTAACTGTGCAACATGGTATTTTCTACAGGGAGGGCTAGGAAGGGTGGTTTTGGAACCTA 4321 ACCTACTTTGTGTCTTCATTGTCAGAACTAAGGTTGGAAATGCCCTTTAAAGAACTTGGTGAGGCATATGCTAGGACAAT 4401 AGAGCTGCTTTAGAAAGAAATTGAGACATGTTTTGTCAGGACAGATAAAAGTTTAATGCAGGCTTTTGAACAGATGTTTT 4481 AAAACAAATTTGACCTTACCAACTATTTTTTTCTTCTAGCCAAATCATTGTACAGGAGTTTCATATATGATAAAAAGTGT 4561 TTTGTTATTGTTTTTGCTTTCTTGGCAGGGGAGAACCCCTACCATTGTGAGCAGTTACTGTCACTCTGGCTGAATGGACA 4641 AATAGCTGTGTAAATAGCTTCTCATAAAACGCTTCTACTGATAGCTGTTTGACTTTTTCTTCCCGTTATGAATGGGAGGA 4721 ACATTTGTAAACTTCCTTTCTGGGTAGCTACCAAAAAACGTACTGGCTTATGGTCCCATGTGACCTTGTCTCCGTTAAGC 4801 CCAGAATCTGAGTGCCTTTAGCAAGTGTTAGCATTTCACAGAGAGAAGAGAGACAGAATTATTGCTATTAATCACCATTC 4881 ATAAATAGGAGCTTGGAATAACAAAGGTCTGTGTGAATTCTGTTCTACGTCTTTTTTTTCCCTTTTTTAAATAAATGTCA 4961 ATTTGATATCAAGTAAAACTATTGTCATTATTGATCAGAAACCATACATTCTGAAAATGAATCCAGTTTTCCCAAGCTGG 5041 CAGAAGTCAGAGATCATTTTTCACCTTGATCTGTGTTGCGTTTGTACTTAGTGAATGGCAGTGTGGTTGATTGGAAGAGC 5121 TTGACACTGATGTTTGGAAAAATTCTTTATTCTAGTGGTCATTTTCAAACTTGTCTTCTGTAGAGAGGGGAAAAATTATG 5201 TATTTGCAGCTAAAGCGAAGAGACTGGCACAATAATTATTAATTGTGTTAGTTCATTTCTATATTAAATGAAGCATCTTC 5281 ACAAATCAGGTTTGAAGCCATTAAAAGCAAAATTTTCCCTAGTTTAATTAATTTAAAATTCTAAATTGCCTGACTACTTA 5361 GAATCTTAGAAACGCCCTGCTAGACTGATTTTATTATAGAAATGTTAACATGTTCCTCAACATTTTCTCAAGAAAATTTT 5441 CAGACATATATCAAAGTTGAAAAAACTTTGCAGTATAACCACTGCTAGATTCTGCCATCAACATTTGACTATACTTGTAT 5521 TGCCATGTATCTGTTCATATTCTCTATCCCTCTTTTCATCCATCGATCCATCAGATTTTTTTTTTAAAGAACATTCCAAA 5601 GTAAATTTTAGGCAATACACTGCCCTAAATTCTTAGCATGGGTGTCATTAATTAAGGTTTAGTATTCGTTTAAATATCTA 5681 TTTTGAAAGTGGTGTATGAAGTTGATAATCTGAGCCAATTAACATACTTTTTTTTTTTTCCTCCTGTGGACTTTTGTCTT 5761 CCAGTTTCTCTTTTTGTGTGTACTTAGGGTGAGGGAGGACAATTCCTTTCAAACACAAGTTTATTTTAGAATTGGTCATT 5841 TTTAAGTGCTTGTCATAAATTTTAAAGTTTCAATATAATTTTTCTTTTCCCCACTTCTGATAATGTATTTTTGCCAAACT 5921 ATGCAGCTTCTTCAAAAAACTGTAAATTACTGATTGGGGTTTATGAAATCAGCGAATACCTCATTTCAATCTGTTGCTGC 6001 TTTTCTCCCTCTTGTCACTTCTCCTTTCACTACTTTCAGCTGCTCTACCAGAAGGTAGAGGGGAGTAAAGGGTCAAACCC 6081 CTATATAATTAGCTGTTTTAAACAACTCTAGGAGAGCAGATTAAGTAGCTTAGTAAGTTGAAACTATTAATTTTTCTAAA 6161 GAATTTGATTTGAATTCCTTGAGAATTGTAATTATCCACACTTCCTCCAGCTATAATTAGCAGAATTAAAAATGATTGTA 6241 CTGTACAATGAGTTGTTGAAATTGTAAGCCTTAGTAACCATCTTTAGCTTTATTGTAGTCATGTTTAGAAAAAATTATTT 6321 TTACATATGCCTTTATTTTTATGCCCACTTTTTGTGGATAAGATTCTTTAGATAAAATCTAAAGAATTTTAAGTGACTTT 6401 CTCCAGGTCATGAAGATTCAATGGGTAGAATTGAATCAGAATTGAAATGTTCCAGATTCATATTCTTGTGTGTGTTTGAT 6481 AAAATTCATGGCTTCCAAAGTAACTGAACACTTCCTTTGGGCCCTTGGAGGGAAAATCCATATTTTTACTAATTACACTT 6561 TTTTTTTTAGACATCTGGCAGTTCTTTGAACTTAAACATATTCTCATGGCCATAGTTCCAAATTAAGCCCGACGCAGTTG 6641 CTAAAAATCTTGCTGCACTGTTGAATACTAATAATGCAACATTTATTGGATGTTTTTGCATTTTGATGACCTTCATGATT 6721 CATTTATAAGTCTTTGTAAGTGCTTAAGTGACCCCCTCACTAGTGAAAATAATAAATGTTCTATATCATTTATTATTATT 6801 TGTGTATTCTCTACATGATATATTTTTTTAAGGAAGAGTAACTCCACATGTCAGAATGAGTGATATTATCCTAGGGCAAA 6881 GCGCAAATAGGGCAGTTTGTTTCTACTCTGCAAATATGGCATGTATAGGAACAAAACTCTTTTGGAGTGGCTGGTCATTG 6961 TTCTGCCCTCTTTTGGTACCTGAGTACCTTTCTGGGGTTTTGTAAATCGTGTGTCATTTGTAAGAATTTCACGTTAACTC 7041 TGCGTTACTTGGTGTTCACCTGTGGTATCCTTGACTGACCATAATGATTTAGTTTGGGTATGATGTGTCTGCTTTGAAAT 7121 GCCTTACTGGAGTATGTCAGATCCTGCTTTAAAGCATTCCATATATCTGCTGGGACAATAAGTTGCTTCTCCTTGGAAAT 7201 ATGCTCTAGATTCAGAAGCAAAACCGATTTTGCTTTCACCATTAAGGTTGCATTTTAATGCAGTTATTGTTTTAAATTAG 7281 AGAATAAAATGTAAAACCAAGGGAGGCTTTAGAACCCTTTATTGAATGGCATGGCAAACTTTTAAAACTGCTTTTGCTAT 7361 TTCACTAGAACTATCTTTGATAAAGGATATAGCTAAAAAATGTCAGCCCAAACTGTGTGTAATTAGGGTTGTTTATTAAA 7441 ATTTTCTCTAAATGTCATACAGAGGCTTAAGATCTGTGTATGCTGTTGGGTCGGAGTGCCAGTCACTGCTTTGGAAGTCT 7521 GTGTTCTGGGGCTGCAGAATGACAAACGTGTCATGGGATTAAAACCAATCAACTGTGAATTGTGAAATTGAAACTACTCT 7601 TTCGGTTTTATTTTCTTTAGCATATTGAGTATAGAAATCTGAAACTTATTTAAAATTTATACTGCTTTTGTTGATGGCTC 7681 ATTTTGGCTGTGTATCCTCACTTATGTACTGATTTCTGATAAAGGCTTGACATTATTATAACACGCATTTTGTGTTCCAG 7761 TTTAATAAAACGGTTTCTGAGTCTTGTCTGAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | MCF7 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
PAR-CLIP data was present in SRR1045082. RNA binding protein: AGO2. Condition:Untreated
... - Farazi TA; Ten Hoeve JJ; Brown M; et al., 2014, Genome biology. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Farazi TA; Ten Hoeve JJ; Brown M; et al. - Genome biology, 2014
BACKGROUND: Various microRNAs (miRNAs) are up- or downregulated in tumors. However, the repression of cognate miRNA targets responsible for the phenotypic effects of this dysregulation in patients remains largely unexplored. To define miRNA targets and associated pathways, together with their relationship to outcome in breast cancer, we integrated patient-paired miRNA-mRNA expression data with a set of validated miRNA targets and pathway inference. RESULTS: To generate a biochemically-validated set of miRNA-binding sites, we performed argonaute-2 photoactivatable-ribonucleoside-enhanced crosslinking and immunoprecipitation (AGO2-PAR-CLIP) in MCF7 cells. We then defined putative miRNA-target interactions using a computational model, which ranked and selected additional TargetScan-predicted interactions based on features of our AGO2-PAR-CLIP binding-site data. We subselected modeled interactions according to the abundance of their constituent miRNA and mRNA transcripts in tumors, and we took advantage of the variability of miRNA expression within molecular subtypes to detect miRNA repression. Interestingly, our data suggest that miRNA families control subtype-specific pathways; for example, miR-17, miR-19a, miR-25, and miR-200b show high miRNA regulatory activity in the triple-negative, basal-like subtype, whereas miR-22 and miR-24 do so in the HER2 subtype. An independent dataset validated our findings for miR-17 and miR-25, and showed a correlation between the expression levels of miR-182 targets and overall patient survival. Pathway analysis associated miR-17, miR-19a, and miR-200b with leukocyte transendothelial migration. CONCLUSIONS: We combined PAR-CLIP data with patient expression data to predict regulatory miRNAs, revealing potential therapeutic targets and prognostic markers in breast cancer.
LinkOut: [PMID: 24398324]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM4903833 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / CTL_TD_21_a |
Location of target site | NM_022470 | 3UTR | CUUGUAAAAGUUACAUGCACAUCUGAAAAAAAAUCACAAAUCUCUAUGACAGUAGGUUAUGUUUUGAGCUUGUUACCUUGCAGUAUUCUUCUCUGUUCCAUAGGUGAAAACAAAGGGUGACAGAGGUUAUCAGGCAGGAAAUGCCUAAAUAGAUACAUCUCUGCAUGGUACAAUUUCUCAUAUUCAUGUAUUCCAUAAACAGUGUUUUUUCUCUGUUUAAGCAGACUGUUGUUUCUUCU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM4903834 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / CTL_TD_21_b |
Location of target site | NM_022470 | 3UTR | GCACAUCUGAAAAAAAAUCACAAAUCUCUAUGACAGUAGGUUAUGUUUUGAGCUUGUUACCUUGCAGUAUUCUUCUCUGUUCCAUAGGUGAAAACAAAGGGUGACAGAGGUUAUCAGGCAGGAAAUGCCUAAAUAGAUACAUCUCUGCAUGGUACAAUUUCUCAUAUUCAUGUAUUCCAUAAACAGUGUUUUUUCUCUGUUUAAGCAGACUGUUGUUUCUUCU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 3 for dataset GSM4903835 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / CTL_TD_21_c |
Location of target site | NM_022470 | 3UTR | GAUCACUUGUAAAAGUUACAUGCACAUCUGAAAAAAAAUCACAAAUCUCUAUGACAGUAGGUUAUGUUUUGAGCUUGUUACCUUGCAGUAUUCUUCUCUGUUCCAUAGGUGAAAACAAAGG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 4 for dataset GSM4903836 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / 124_TD_21_a |
Location of target site | NM_022470 | 3UTR | ACUUGUAAAAGUUACAUGCACAUCUGAAAAAAAAUCACAAAUCUCUAUGACAGUAGGUUAUGUUUUGAGCUUGUUACCUUGCAGUAUUCUUCUCUGUUCCAUAGGUGAAAACAAAGG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 5 for dataset GSM4903838 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / 124_TD_21_c |
Location of target site | NM_022470 | 3UTR | AAAAGUUACAUGCACAUCUGAAAAAAAAUCACAAAUCUCUAUGACAGUAGGUUAUGUUUUGAGCUUGUUACCUUGCAGUAUUCUUCUCUGUUCCAUAGGUGAAAACAAAGG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 6 for dataset SRR1045082 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | MCF7 / Untreated |
Location of target site | ENST00000311417.2 | 3UTR | CAUCUGAUAAUUAUAUCAGUAUUAUUAUUUUUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 24398324 / SRX388831 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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62 hsa-miR-1245b-3p Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT087132 | CRKL | CRK like proto-oncogene, adaptor protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT093398 | TMA16 | translation machinery associated 16 homolog | 2 | 2 | ||||||||
MIRT096092 | SFXN1 | sideroflexin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT097106 | TNPO1 | transportin 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT241837 | SLC38A2 | solute carrier family 38 member 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT271432 | ETNK1 | ethanolamine kinase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT329517 | E2F3 | E2F transcription factor 3 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT444201 | SESN3 | sestrin 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT445920 | SHOC2 | SHOC2, leucine rich repeat scaffold protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT450210 | PAIP1 | poly(A) binding protein interacting protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT455192 | AGTRAP | angiotensin II receptor associated protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT455458 | EPB41L4B | erythrocyte membrane protein band 4.1 like 4B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT459016 | UQCRH | ubiquinol-cytochrome c reductase hinge protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT461492 | KIAA1009 | centrosomal protein 162 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT466306 | TIMM22 | translocase of inner mitochondrial membrane 22 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT471143 | PHF19 | PHD finger protein 19 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT473481 | MCFD2 | multiple coagulation factor deficiency 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT473564 | MATR3 | matrin 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT474013 | LRRC20 | leucine rich repeat containing 20 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT475982 | GTPBP2 | GTP binding protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT478926 | CPNE3 | copine 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT479896 | CCDC117 | coiled-coil domain containing 117 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT480115 | CALR | calreticulin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT483127 | ONECUT3 | one cut homeobox 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT484236 | IER2 | immediate early response 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT492237 | SLC48A1 | solute carrier family 48 member 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT496934 | CAMK4 | calcium/calmodulin dependent protein kinase IV | 2 | 2 | ||||||||
MIRT500438 | ZMAT3 | zinc finger matrin-type 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT506263 | PDPK1 | 3-phosphoinositide dependent protein kinase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT525649 | NHSL2 | NHS like 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT526691 | BAK1 | BCL2 antagonist/killer 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT529667 | SLC28A1 | solute carrier family 28 member 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT531152 | CYGB | cytoglobin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT537002 | GTPBP10 | GTP binding protein 10 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT537325 | FOXN3 | forkhead box N3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT537586 | ESYT2 | extended synaptotagmin 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT538786 | C6orf89 | chromosome 6 open reading frame 89 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT540286 | RGR | retinal G protein coupled receptor | 2 | 4 | ||||||||
MIRT552700 | YWHAH | tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation protein eta | 2 | 2 | ||||||||
MIRT555670 | PGAM4 | phosphoglycerate mutase family member 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT556823 | KDELR2 | KDEL endoplasmic reticulum protein retention receptor 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT568686 | TOMM40 | translocase of outer mitochondrial membrane 40 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT568851 | VPS53 | VPS53, GARP complex subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT571973 | KIF21A | kinesin family member 21A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT573973 | DDX21 | DExD-box helicase 21 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT574260 | DOCK7 | dedicator of cytokinesis 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT612180 | EMC3 | ER membrane protein complex subunit 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT619387 | KLHL12 | kelch like family member 12 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT625708 | SHROOM1 | shroom family member 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT646803 | EVC2 | EvC ciliary complex subunit 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT656992 | KCNN3 | potassium calcium-activated channel subfamily N member 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT676250 | PARP2 | poly(ADP-ribose) polymerase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT682591 | CPA4 | carboxypeptidase A4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT687779 | KHSRP | KH-type splicing regulatory protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT690292 | ZNF154 | zinc finger protein 154 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT692718 | MEAF6 | MYST/Esa1 associated factor 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT700284 | RAN | RAN, member RAS oncogene family | 2 | 2 | ||||||||
MIRT708293 | ZNF24 | zinc finger protein 24 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT709767 | GPR183 | G protein-coupled receptor 183 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT720689 | LY6K | lymphocyte antigen 6 family member K | 2 | 2 | ||||||||
MIRT722784 | ACADSB | acyl-CoA dehydrogenase, short/branched chain | 2 | 2 | ||||||||
MIRT725414 | HNRNPU | heterogeneous nuclear ribonucleoprotein U | 2 | 2 |
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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