pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-216b |
Genomic Coordinates | chr2: 56000714 - 56000795 |
Description | Homo sapiens miR-216b stem-loop |
Comment | This sequence was identified as a miRNA candidate by Berezikov et al. using RAKE and MPSS techniques . |
RNA Secondary Structure | |
Associated Diseases |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-216b-3p | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 49| ACACACUUACCCGUAGAGAUUCUA |72 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Editing Events in miRNAs |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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miRNAs in Extracellular Vesicles |
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Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Biomarker Information |
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Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | MMAB | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | ATR, CFAP23, cblB, cob | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | methylmalonic aciduria (cobalamin deficiency) cblB type | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_052845 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on MMAB | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of MMAB (miRNA target sites are highlighted) |
>MMAB|NM_052845|3'UTR 1 AATCACAGAAAGTGGGAGCTTGGAGGATCCCTCCATGGCGATGGCCGTGGAGAGAGGAGCTTGCCCTTCTGGGGTCCTGG 81 TTCCTGAAGAGCTCACCCAGAGAGGCTCAAAGCAGCCTTTTGTCCCAGCTCAGCTTTGATCTACACCTCTTGCCACCTTC 161 CTCAAGGGACTGTGACCCTTTGGGGATTCTGTCCCTGACCCTGCTTCCCCAAGCTCTCCTGGGTCTTGGAGGGATGTGGG 241 AATGAATTGGCATTGCAGGAAAGACAGGTAAAGTGATTGCTGCAATGAGAAGGAGCTGTGCGGAAAAGGAATAAAAGTTG 321 GAAAGGCTGGAGCCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGAGAGAGCCCTCCCACTGCC 401 AGCTCAGGTTGTTCACAGATTTGGAATGGGACCAGAGGCCCTTGAAAATGTAATTGTGATTTACCTGTGCCAAAGGTGCT 481 TTAAATGTCACATTTGTAAAGGGGAAGGCGGACAAGATTTGGAAGTTTAGTCACCTCTGAGCCACCCATCACCGCCAAAG 561 TGTGGGGGAAGGATAGCTGCAGATTGACAGGCGAGGCTCAGAAACTCCTGGCTTAGATTGAAGTGTGTGTGATGGGGGTG 641 CAGCTTAGAGGACCCCCTCTGAAAGGGATGGAGATGCTGATGAGAACAACACTACCACTTGAAGGTGAACATTCCCTGTC 721 TGGTTGGACTGAGTCAAGGGTCTGCGGTGCAGCATCTTCAGCTTGAGAAAATGAGGTTGTCAGTTTCCAGCAAGGCTGAC 801 ATCCACCAGACTGATTTCTCCGATGTTGCACTTGGCTGGCTTATGCCTCTGAGATCGGTGCCACGGCTGTATTTATTTCA 881 GTTGTCACTGCTGCTCCCTCCTGCTATGAAACGACACTGCCAGTGCCAGCAGTGTCCTTGGGAAAGGCAATATTTATGAA 961 GGGCAGAAGAGGCAGCCCCAAGAACCTAAAGACTGCAGGCTGCTAATTGCAGGAAATGACTTTGGAAGGGCAGGCTCTTG 1041 TCCAGTTTCAGGGCTGAAATGCCTGGCGAACTCCATTCAGCCATCACATATTGACTGAGTGGCTGCTTAGCATGGGCCAC 1121 CGCGCTAGGCTCGGGACAGCTGGTCTTTCCGGCCATCTTTCTTGCTGGCAAGTCAGCAAACATTACCTTCTTAGTCACGT 1201 GCATATTTTTGCCTTCATTCTTACCACCTGGCCTGCAAAGTTTGCAGGAGGGCCAGGTATATTCACTTGTGTCTTCTGGG 1281 TCCTTTCATTGCTGACAGGCTGTGATGGCCCTCTTGAGCCTTGGGCAGGGTGGGTGAGGTGCAGATGACCAGGAGTGTGT 1361 GAATGCCTTCCAGGAGGTGGCTTTGTTCCGTGCCTCCCTGCCCCCATCGTCACTACCAGGTCTGGTACGGAGTCGGTGCT 1441 CAGTGTTTGCAAAACAGAGCTGAAAACGGACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGCAGATCACCTGAGGTCAGGAGTTTGAGACC 1521 AGCCTGGTCAACATGGTAAAACCCCATTTCTGCTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTAGCTGGGCATGGTGGCGGGT 1601 GCCTGTAATCCCAGCTATTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCTACGAGGCAGAGGCTGCAGTGAGCCAAGA 1681 TCGTGACACGACACTCCAGCCTGGCTGATAGAGTGAGACTCCGTCACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCCTGAAA 1761 ACGCAATCACTAAGGCTCGGTCAGGGAGTATGTTCAAAGAGCTTGCAGCGAATCACTCAATTCTGTCTACACCTCAAAAT 1841 CTCAAAATCTTCCTGGAATATATATATATATATAAAATAACACAGCAGCCCTGCATGCCTAGCCATGGGAAAGCACAGCC 1921 TCCAAAGGATAAGGAAAGCTTTTTGAGTAAATACAACATCCTAAAGTGACAATCTTTGAAACAAGGCCGTTCACCTGTTG 2001 CCAAGTCCTGTCCTTCCAGGACCGGGTGTCACAGCCTGGATGTTAACAGTCGCGTTCTCAGACCCCCGCCTCTGTATCTG 2081 TCTCCCGGTTCACCAGCAAACACTTCTCTGAGAAACCACCTGGGTGCAGGGCAGATGCCACCACTCAGCAGGTGTTTCTC 2161 TCCTGTGCTACCAACCTGGGAAAAATGGAGAAAGCTTGCTTTGGGGGCTGGAAGGATGGGGTGTTTAAAACATTTGCTCT 2241 TCTGCAGTGCCTTTCAAAAGCTCTATCAAGAGCCCGAGGCAAAAGAAAAGATGTGTACCCCTCTGTACACTGAGCAAATG 2321 TCCTCCCATATTTTGAACCAGGTGGGAAAAGTTAATGAAAGCCCTACAGTCAGGAAATGTGACTGCGAAGCCCCCGCTGC 2401 CCCAGTGTTTGCACACCACTGGCAACTCTCAGAAACAATCAGTCCCATTGCACGGGAACACGGGGTTTTGAAACAAACAG 2481 CAGCCTGTTTTTATTTAAAGTCGTGATCCCTTGCTTATCGTAGATTTTTTTCATAATTTGATTTTGGAAAATATTGCACA 2561 CAAATACTACTCGATCCCTGAGTTTGTGGGCACTTCCTTACATTTTGCACCCATGAAAATGCCTCCTCCGCCTCCAGGTC 2641 AGGCTCCCTGGAATGGGGTGTTTAGTGTCATTTCCAGAGACAAGCTGGCAGTTGGCTCTTGTGTCAGAGAGAAGCCCACA 2721 GTCACAGTGACACCAGCCCGCACTGTGGAAGGGCTTGCTATGTGCAGTGCCCTGAGCCAAGTGTTCCACAGACATTATCT 2801 CATTTGAACCCCATAGCAGCCCTGGAAGGAGGCATTGGGTGGGGAACCAAGTTGTCCTGGGGAGTCAGTGCCAAGATGTG 2881 AGCCCCGGACGCGGCCTCGTCACTCACAGCCCCGTGCTCCTCAGCTCCCACCCACTGCCGCTTGACAGTCGTTTTAATCA 2961 CTACCTGGGCTGTGGCGAACAATGCCAGGCTCTGATAGATCCTGCTGTCTCATTTCTCAACCTAGTTTCCCTTAACTAAT 3041 ATTTCATGGCTATCGTTAATGTGCGTTTTTCATCGAGTAATTTCCACAGCCCGAACTTGTAACACATCCCAATGACAAAC 3121 GTCCCCAGTTCGGAAGCCCCCGTCAGTGGCAATGTCACCCTTGCTGCTGCCTCGACACCTTCCGACAGCCCATTCAGTTT 3201 TATGATCGCCCTGTCCCAGTGATCACTACTGAACCTTTAAGAATCCAGATGCATTTCAAGTTTAATTGAATAAAATTCTT 3281 TGTATAATAAATTCCGCATGAATGCTACATAAAAAAAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | HEK293 | ||||||
Disease | 326625.0 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
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"PAR-CLIP data was present in GSM1065670. RNA binding protein: AGO2. Condition:4-thiouridine
... - Memczak S; Jens M; Elefsinioti A; Torti F; et al., 2013, Nature. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Memczak S; Jens M; Elefsinioti A; Torti F; et al. - Nature, 2013
Circular RNAs (circRNAs) in animals are an enigmatic class of RNA with unknown function. To explore circRNAs systematically, we sequenced and computationally analysed human, mouse and nematode RNA. We detected thousands of well-expressed, stable circRNAs, often showing tissue/developmental-stage-specific expression. Sequence analysis indicated important regulatory functions for circRNAs. We found that a human circRNA, antisense to the cerebellar degeneration-related protein 1 transcript (CDR1as), is densely bound by microRNA (miRNA) effector complexes and harbours 63 conserved binding sites for the ancient miRNA miR-7. Further analyses indicated that CDR1as functions to bind miR-7 in neuronal tissues. Human CDR1as expression in zebrafish impaired midbrain development, similar to knocking down miR-7, suggesting that CDR1as is a miRNA antagonist with a miRNA-binding capacity ten times higher than any other known transcript. Together, our data provide evidence that circRNAs form a large class of post-transcriptional regulators. Numerous circRNAs form by head-to-tail splicing of exons, suggesting previously unrecognized regulatory potential of coding sequences.
LinkOut: [PMID: 23446348]
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Experimental Support 2 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | HCT116 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
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PAR-CLIP data was present in ERX177599. RNA binding protein: AGO2. Condition:p53_D_AGO_CLIP_2_1
PAR-CLIP data was present in ERX177603. RNA binding protein: AGO2. Condition:p53_D_AGO_CLIP_2_5
PAR-CLIP data was present in ERX177606. RNA binding protein: AGO2. Condition:KO_V_AGO_CLIP_2_8
PAR-CLIP data was present in ERX177607. RNA binding protein: AGO2. Condition:p53_D_AGO_CLIP_2_9
PAR-CLIP data was present in ERX177611. RNA binding protein: AGO2. Condition:p53_D_AGO_CLIP_3_1
PAR-CLIP data was present in ERX177623. RNA binding protein: AGO2. Condition:p53_D_AGO_CLIP_4_1
PAR-CLIP data was present in ERX177615. RNA binding protein: AGO2. Condition:p53_D_AGO_CLIP_3_5
PAR-CLIP data was present in ERX177627. RNA binding protein: AGO2. Condition:p53_D_AGO_CLIP_4_5
... - Krell J; Stebbing J; Carissimi C; Dabrowska et al., 2016, Genome research. |
Article |
- Krell J; Stebbing J; Carissimi C; Dabrowska et al. - Genome research, 2016
DNA damage activates TP53-regulated surveillance mechanisms that are crucial in suppressing tumorigenesis. TP53 orchestrates these responses directly by transcriptionally modulating genes, including microRNAs (miRNAs), and by regulating miRNA biogenesis through interacting with the DROSHA complex. However, whether the association between miRNAs and AGO2 is regulated following DNA damage is not yet known. Here, we show that, following DNA damage, TP53 interacts with AGO2 to induce or reduce AGO2's association of a subset of miRNAs, including multiple let-7 family members. Furthermore, we show that specific mutations in TP53 decrease rather than increase the association of let-7 family miRNAs, reducing their activity without preventing TP53 from interacting with AGO2. This is consistent with the oncogenic properties of these mutants. Using AGO2 RIP-seq and PAR-CLIP-seq, we show that the DNA damage-induced increase in binding of let-7 family members to the RISC complex is functional. We unambiguously determine the global miRNA-mRNA interaction networks involved in the DNA damage response, validating them through the identification of miRNA-target chimeras formed by endogenous ligation reactions. We find that the target complementary region of the let-7 seed tends to have highly fixed positions and more variable ones. Additionally, we observe that miRNAs, whose cellular abundance or differential association with AGO2 is regulated by TP53, are involved in an intricate network of regulatory feedback and feedforward circuits. TP53-mediated regulation of AGO2-miRNA interaction represents a new mechanism of miRNA regulation in carcinogenesis.
LinkOut: [PMID: 26701625]
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Experimental Support 3 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | Prostate Tissue |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
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PAR-CLIP data was present in SRX1760583. RNA binding protein: AGO2. Condition:AGO-CLIP-LNCaP_A
... - Hamilton MP; Rajapakshe KI; Bader DA; Cerne et al., 2016, Neoplasia (New York, N.Y.). |
Article |
- Hamilton MP; Rajapakshe KI; Bader DA; Cerne et al. - Neoplasia (New York, N.Y.), 2016
MicroRNA (miRNA) deregulation in prostate cancer (PCa) contributes to PCa initiation and metastatic progression. To comprehensively define the cancer-associated changes in miRNA targeting and function in commonly studied models of PCa, we performed photoactivatable ribonucleoside-enhanced cross-linking immunoprecipitation of the Argonaute protein in a panel of PCa cell lines modeling different stages of PCa progression. Using this comprehensive catalogue of miRNA targets, we analyzed miRNA targeting on known drivers of PCa and examined tissue-specific and stage-specific pathway targeting by miRNAs. We found that androgen receptor is the most frequently targeted PCa oncogene and that miR-148a targets the largest number of known PCa drivers. Globally, tissue-specific and stage-specific changes in miRNA targeting are driven by homeostatic response to active oncogenic pathways. Our findings indicate that, even in advanced PCa, the miRNA pool adapts to regulate continuing alterations in the cancer genome to balance oncogenic molecular changes. These findings are important because they are the first to globally characterize miRNA changes in PCa and demonstrate how the miRNA target spectrum responds to staged tumorigenesis.
LinkOut: [PMID: 27292025]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1065670 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / 4-thiouridine, 3_ML_LG |
Location of target site | ENST00000545712.2 | 3UTR | CUCCUGGCUUAGAUUGAAGUGUGUGUGAUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23446348 / GSE43573 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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111 hsa-miR-216b-3p Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT071722 | CCNK | cyclin K | 2 | 2 | ||||||||
MIRT074768 | CNEP1R1 | CTD nuclear envelope phosphatase 1 regulatory subunit 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT101407 | SSR1 | signal sequence receptor subunit 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT241289 | AASDHPPT | aminoadipate-semialdehyde dehydrogenase-phosphopantetheinyl transferase | 2 | 4 | ||||||||
MIRT268292 | CCND1 | cyclin D1 | 2 | 8 | ||||||||
MIRT445347 | IFNA6 | interferon alpha 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT446663 | MXI1 | MAX interactor 1, dimerization protein | 2 | 4 | ||||||||
MIRT447595 | MSH3 | mutS homolog 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT448485 | SEMA4F | ssemaphorin 4F | 2 | 2 | ||||||||
MIRT450309 | DRAXIN | dorsal inhibitory axon guidance protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT451850 | TXNDC5 | thioredoxin domain containing 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT483613 | SMC5 | structural maintenance of chromosomes 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT485633 | EEPD1 | endonuclease/exonuclease/phosphatase family domain containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT499766 | CIRH1A | UTP4, small subunit processome component | 2 | 6 | ||||||||
MIRT503337 | MMAB | methylmalonic aciduria (cobalamin deficiency) cblB type | 2 | 2 | ||||||||
MIRT513007 | MAN1A2 | mannosidase alpha class 1A member 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT513529 | RHOQ | ras homolog family member Q | 2 | 4 | ||||||||
MIRT521499 | RAB11B | RAB11B, member RAS oncogene family | 2 | 2 | ||||||||
MIRT524335 | CRK | CRK proto-oncogene, adaptor protein | 2 | 4 | ||||||||
MIRT524731 | BRI3BP | BRI3 binding protein | 2 | 8 | ||||||||
MIRT525326 | SNX29 | sorting nexin 29 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT526264 | CCDC169 | coiled-coil domain containing 169 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT527428 | NRL | neural retina leucine zipper | 2 | 2 | ||||||||
MIRT527512 | ZNF134 | zinc finger protein 134 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT528881 | ATF3 | activating transcription factor 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT529578 | IGBP1 | immunoglobulin binding protein 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT531122 | ZYG11B | zyg-11 family member B, cell cycle regulator | 2 | 2 | ||||||||
MIRT531341 | TGIF2LX | TGFB induced factor homeobox 2 like, X-linked | 2 | 2 | ||||||||
MIRT532433 | DHX33 | DEAH-box helicase 33 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT534032 | STX7 | syntaxin 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT534538 | SACS | sacsin molecular chaperone | 2 | 4 | ||||||||
MIRT538886 | BRWD3 | bromodomain and WD repeat domain containing 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT539628 | CD19 | CD19 molecule | 2 | 8 | ||||||||
MIRT540327 | ATAT1 | alpha tubulin acetyltransferase 1 | 2 | 8 | ||||||||
MIRT540353 | OCLN | occludin | 2 | 6 | ||||||||
MIRT540699 | ATG10 | autophagy related 10 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT541033 | STRBP | spermatid perinuclear RNA binding protein | 2 | 8 | ||||||||
MIRT541945 | NBPF10 | NBPF member 10 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT543505 | PLS1 | plastin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT551164 | UBTF | upstream binding transcription factor, RNA polymerase I | 2 | 4 | ||||||||
MIRT551790 | ZNF117 | zinc finger protein 117 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT553227 | TWF1 | twinfilin actin binding protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT559622 | AKIRIN2 | akirin 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT559719 | ADORA2B | adenosine A2b receptor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT564600 | ZNF781 | zinc finger protein 781 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT567015 | KLHL15 | kelch like family member 15 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT569564 | C7orf26 | chromosome 7 open reading frame 26 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT572155 | DDX3X | DEAD-box helicase 3, X-linked | 2 | 2 | ||||||||
MIRT575399 | Zdhhc22 | zinc finger, DHHC-type containing 22 | 2 | 5 | ||||||||
MIRT607322 | PKNOX1 | PBX/knotted 1 homeobox 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT607953 | NFAM1 | NFAT activating protein with ITAM motif 1 | 2 | 10 | ||||||||
MIRT607979 | ZDHHC22 | zinc finger DHHC-type containing 22 | 2 | 7 | ||||||||
MIRT609145 | ZNF610 | zinc finger protein 610 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT609206 | GOSR2 | golgi SNAP receptor complex member 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT609338 | HRASLS5 | HRAS like suppressor family member 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT609725 | KIF5C | kinesin family member 5C | 2 | 4 | ||||||||
MIRT610014 | MED24 | mediator complex subunit 24 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT610407 | TMEM245 | transmembrane protein 245 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT610559 | NBPF14 | NBPF member 14 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT611291 | PAGR1 | PAXIP1 associated glutamate rich protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT611399 | ATP9A | ATPase phospholipid transporting 9A (putative) | 2 | 2 | ||||||||
MIRT611432 | C11orf45 | chromosome 11 open reading frame 45 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT611710 | SLFN13 | schlafen family member 13 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT611721 | ANK3 | ankyrin 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT611830 | CACNG8 | calcium voltage-gated channel auxiliary subunit gamma 8 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT611977 | ZNF175 | zinc finger protein 175 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT612073 | CEP135 | centrosomal protein 135 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT612195 | CCDC77 | coiled-coil domain containing 77 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT612320 | UBE2H | ubiquitin conjugating enzyme E2 H | 2 | 2 | ||||||||
MIRT612354 | TNRC6C | trinucleotide repeat containing 6C | 2 | 4 | ||||||||
MIRT612635 | PTEN | phosphatase and tensin homolog | 2 | 2 | ||||||||
MIRT612773 | MLXIP | MLX interacting protein | 2 | 4 | ||||||||
MIRT612788 | MAP3K9 | mitogen-activated protein kinase kinase kinase 9 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT612853 | JAZF1 | JAZF zinc finger 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT612965 | GID4 | GID complex subunit 4 homolog | 2 | 6 | ||||||||
MIRT613132 | DUSP6 | dual specificity phosphatase 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT613388 | AAK1 | AP2 associated kinase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT615058 | CRY2 | cryptochrome circadian clock 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT616046 | HSPA12B | heat shock protein family A (Hsp70) member 12B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT617962 | SEPT9 | septin 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT618413 | ATP2A2 | ATPase sarcoplasmic/endoplasmic reticulum Ca2+ transporting 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT622448 | RNF213 | ring finger protein 213 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT623611 | IPCEF1 | interaction protein for cytohesin exchange factors 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT625709 | SHROOM1 | shroom family member 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT630646 | ELK1 | ELK1, ETS transcription factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT630970 | KIAA2022 | neurite extension and migration factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT631003 | SPAG7 | sperm associated antigen 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT640385 | EMC1 | ER membrane protein complex subunit 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT641064 | WBSCR17 | polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 17 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT641780 | ZDHHC7 | zinc finger DHHC-type containing 7 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT646310 | MPHOSPH8 | M-phase phosphoprotein 8 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT646624 | CENPL | centromere protein L | 2 | 2 | ||||||||
MIRT659653 | CDH2 | cadherin 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT666161 | SP1 | Sp1 transcription factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT667638 | LHFPL2 | LHFPL tetraspan subfamily member 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT668988 | CHRFAM7A | CHRNA7 (exons 5-10) and FAM7A (exons A-E) fusion | 2 | 2 | ||||||||
MIRT680949 | PLCXD1 | phosphatidylinositol specific phospholipase C X domain containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT695238 | PBK | PDZ binding kinase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT700036 | RPL22 | ribosomal protein L22 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT707685 | GPR50 | G protein-coupled receptor 50 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT709324 | HMBOX1 | homeobox containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT710176 | MTRF1L | mitochondrial translational release factor 1 like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT712007 | F9 | coagulation factor IX | 2 | 2 | ||||||||
MIRT714219 | C10orf71 | chromosome 10 open reading frame 71 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT714496 | HSPA4 | heat shock protein family A (Hsp70) member 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT714575 | GALNT10 | polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 10 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT715982 | TFRC | transferrin receptor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT717870 | TRAPPC3L | trafficking protein particle complex 3 like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT718289 | MINA | ribosomal oxygenase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT725200 | PTRF | caveolae associated protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT737338 | TPX2 | TPX2, microtubule nucleation factor | 3 | 0 |
miRNA-Drug Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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