pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-3140 |
Genomic Coordinates | chr4: 152489327 - 152489416 |
Description | Homo sapiens miR-3140 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-3140-5p | |||||||||||||||
Sequence | 12| ACCUGAAUUACCAAAAGCUUU |32 | |||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||
Experiments | Illumina | |||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | PDPK1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | PDK1, PDPK2, PDPK2P, PRO0461 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | 3-phosphoinositide dependent protein kinase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_002613 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_031268 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on PDPK1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of PDPK1 (miRNA target sites are highlighted) |
>PDPK1|NM_002613|3'UTR 1 CGTGGCCTGCGGCCGGGCTGCCCTTCGCTGCCAGGACACCTGCCCCAGCGCGGCTTGGCCGCCATCCGGGACGCTTCCAG 81 ACCACCTGCCAGCCATCACAAGGGGAACGCAGAGGCGGAAACCTTGCAGCATTTTTATTTAAAAGAAAAGAAGAAAAAAA 161 ACACCCAACCACACAAAGAACAAAACCAGTAACAAACACAAAGGAATTCAGGGTCGCTTTGCTTGCTCTCTGTGCTCCGT 241 GGAGGCCTCCGTGTGCCCTCGTTGCCGTGGGGACCCAGCTCCATGCACGTCAACCCAGTCCCGCCCAGACTAGTGGACAG 321 ACCTGGTGTCACCAGTTTTTCCTAGCATCAGTCCGAACCATGCGCCCGCCCTGCCCCAACTGTGTGCTGGTCCTGCTGTG 401 GCCGAGGGGACCGGGTGTGTTTGGCTCTTTATGCCCCTCCCGCTGTGGTCCTGGAACTCTTCACCAGGGAGGGAGCCCTG 481 CGGGGGCCGCAGCTTTGTGGAGGGAGCCGCCGTGCTTCTGTCACCTGCTCCCTTTCTTGCGTCTCCCTGTGATGGGCCCT 561 TAGGCCTGGCTGGGCCCATTACATATCCCTGTGGTGGCTCTGGTGGCAGCTTTCTGTGGCCCCTGCTGTGTTGGCAGGCA 641 GGTTTGCGTGGTGAGGAGCGGGAGGGGTTGGAGTGGTGCGGGAGCAGGCTGCCGAGTGGAGGGTGCCATCGAGGGCTCCG 721 GATCCCTTATCCTACTTAGCAGTGTTGGTCTCTGGGGCTGGAAGCCGAGCGCATGCTGGGAGCGGTACTGTCAGAAGTGA 801 GCCCAGTTAGTACCCCGCTGGCTCACTGCACGAGAGAGTCCTGCCCCGAGCCCTAGGTGGGGCCAGGAGGTGCCTTGGAG 881 AAGCCAGCCAGAGCAGAGAGGGCTGCTGACTTCCGTGTGGAGCAGAGAGGCCTGAGGGCCTCCTAAAAGGTTTAAATGTC 961 CACGCCTCTCCAGTTGCTGAAGTAGGGTCTGAGAGAACCCTGGCATCAGCAGACCCAGGGTGCTTCTGTCTCCTGCAGAC 1041 CACGCCAGGGAGTGCAGACACCACCGTCACACACGCCCCTTTTGTGTTTTGGTTCAAGTTTCTCAGAGCCCCTCAGAGCT 1121 TCTACATCTGTGCATCAGAAATCTCACAGCCTTCTCATGCTGCCGGCTCATCTGGGCCCATAGAGTGGGCTTTGCCAGTT 1201 GCTGTTGCACAGGAGGCGAGAACAGCACACTTCAACCCCAGCTTGCTGGTCGGCTTTCCTCTAGAGAGAGCCGGTTTTGG 1281 GGCCATTTCCCTTTGATGCTTTGGTGGCCTTGCCCCGCTCTGCAGCACAGACAGGCCAGATGCATTTGTCCTTTGCCTAG 1361 CTACTCCCCAGGTAGAGAGTGCTCCTGGTGGCCTGGCAGGTCTGGGCCCTTCTCTCCCTGCCCAGGTTGTCCCTGGAGGG 1441 CAGCCCTCACTCCCTTTGGGGGAGAGGCAGACATTGCTGCCCACAGACCTGCCTCTGACTCAACTGTGTCCACCCTCCCT 1521 GGTCCCTACCCCCAAGTCACAGGTGACTCAGCAGTGACCCTGTGTGCCAGGCCAGATCCAAACTGAGAGGGAAGGTGTCG 1601 TTTTTACACTGCTAATGACGAGAGTGGCTCTTTTTAGCTAGGCGAGTACAGACGGGGCCTGGGAGGGGGCAGAGATGTTC 1681 CCCAGGCCCTGCCTGTGGTTCCTGCCTGGGCCTTGGCTGCTGCTGTGTGAGAGCTGCATGTGAGCCTGTGACCGTGAGCT 1761 GGGGTGAGCTGGGCCGCACCTACCCTGGGGCCCCAGGGAGCAGGACGCTCCGGGGCCCAGCACGTTGCCCTGGGCCTGTG 1841 GCCGGAGTCGGAGTCCTCTCTCCTCCTCCTGGCTTTTGGAAAGGCTTGGCTGTGTTGGGGAGTCTCTCTTAGCCCTTTCA 1921 GGAATTTCTGTTCAGGCTTCCTCCTCCTCATCAGCTATTTTACCCATCTCAGAACGTCCTGTGTCTCCATGTAGGAGAGT 2001 GGCTCTCTCAGATCTCTCAGGGCGTCTGGTTATAGGGAAACAAGTGGAGCAGGGACGTGGCTTTAATTGGAGCACTCGGC 2081 TGGGCTGCTTGGGGAGACTCTTCCGTGCGTTCTTCCTCTGGATAGAACCACCACCTCCTGGGCGTCACTGACAAGCTCCA 2161 TCTTAACCTCCAAAGCCACAGAACTAGGGGCTCAGAGCCAGAGCTGGCAGCCGCCAGCCAAAATGATGCCATTGCCTGAG 2241 CTGACAGCCAAGCCCTTCTGTGGGTCACCTTTCTCCTCACCCAGCCCCTTGCTCTTCCCTTTTGAAAGGCCCGTGTGTTT 2321 TCTTTCCTTACCCTGTGCTTGCTCATGTCTACTCCGGTTTTCTCTACCACATCCTTAGAGCCATCACCTGGCACGCAGGC 2401 GCCTTACATTCTACGGTAGAACGTGGGGTACTGTGTGTGCACATAGACACACTTACGTGGAATTACAGTTGTGGGTTTAT 2481 CCAAGATGAGGAAGATTTCACCTGCTGTTTAATAGACTTGGGGCCATGTGCCTCCCCACACATGGGCAAGGACAGGTGGA 2561 ATGTCGGGACCACACTGTGCGGCTTCTCGGCACAAAGCGGAGGGAGGCTGTGGTCGCTGCCGGCCTAGGTGTCCCAGGTG 2641 CCCCGCCTTTCTCTGGGACACAGTTGGGGGCTGGCTTCTGAGGGATTCCTTTCTCCCCTCTTTGTGTGGCCCCAGCCAGG 2721 GCGGTGGGCAGTCCTGGTGTAGAGCACAAGCCTCTCCACCCTAGAGAAATGCCTCTGTACCACGGCTACCATGTGGAACC 2801 TTAACTTGCAGAAGGCTTGTTAACAATTGTTTTGAGAGAGATGGCTGGTCATGCCACAGCTGCTGGGGACTCCGCCTACT 2881 CCAGCCCTCTTGGGACACACTGTGGGATTTGTGGCCCTTCCCCAGAGGAATTGTGGAGACTGTCCCATGGAACAAACCCT 2961 CAGGCACCAGCACAGGGCTCTGGGTGACTCAGTAAAACTAACGTTTGTCTCTGACAAGATCAGCTGTAGGCTCACCGGCC 3041 AGAGAAGACCACTGTGAGCATTTTGCCGTATATCCTGCCCTGCCATTTGTTCACTTTTTAAACTAAAATAGGAACATCCG 3121 ACACACACCGTTTGCATCGTCTTCTCCCTTGATATTTTAAGCATTTTCCCATGTCATGAGTTTCTCAGAAACATGTTTTT 3201 AACAATTGTACTATTTAGTCATTGTCCATTTACTATAATTTATCTGACCATTTCCCTACTGTAAAATACTTAAGACGGTT 3281 TCTGATTTTTCCACTATTTAAATAATGCTGTGATGAATATCTTTAAAATCTTCTGATTTCTTACTTTTTTCCCCCTTAGA 3361 TGCCTGGAAGTGGTATTTTGAGGTGAAAGAGTTTGTTCATTTTGAAGATATTTCTGTCTCTCTCTCGACCTGATGTGTAG 3441 ACGCTCACTTCCAGTAGCAGAACCACCTTAGTTGTGTCTTACAGATTCTGAACAAATCGGTTTCTGATAAGCCATGTGTT 3521 CCAAAGAATGTCTGAATAAGACCGCTCTTTATTTAAATGCTAAGAGGATGTCACTACTGCAATCCATCTGTGGCCGATTT 3601 TTTCCAAGAGCCAATTTCCTTGTTTTGGTTGCAAGAACCTGGCTCTGCCTGCATGTCAGCTCTCTGCCCTCCCTGCTGCC 3681 GTGGCTTTCAAGCGCTTGGCAGAATCTTGTACTTCGTGTCCACAATGGTACTGAATTTGCATCTGCACAGTCAGCAGAGA 3761 TAACAAGTGTTGAACTGACCTTGCCACATGCTTAGTGAGTGATTTGTAATTAAGTTTATAGACTCAGAAGGTATATTAGG 3841 ACATTTGGAATCAGTAGCAGAGCAAAGCCTCTTTGAAAAAAACCACGTAGCTGATTGGGTTTTACAAGAGTGCATTTGTC 3921 TCCCCCTTCCACCCGTGGGGCCCCACCTTCAGGTCTTAGTGGTTCACAAGAGCCCAGCAGCCAGGCTGGCTTTTTCATTG 4001 TAGGGCGTGGTTGTCCCAGCTGGTGTAGATTTCAGGCCGCCCCCCCCAACTCCCTGCCCACAGTGTTGCAGATTGCCTGG 4081 CTGGCAGCAAGTCCAGACCACCCAAATTTGGTTGGATTCTTCATTTCTCCACTGTAGTTGGGGTCCATTGATTGTGCAGG 4161 GGAACGTGCAGGAGGTTTTTCTAGGCACCGTGTTCAGTGCTGCTTCACTCTACCAGAGATTATGGCCAAATTGCACGGAA 4241 TTTGGTTTCTTGCCCTCTGAAGCCTGAGGGCCCCCCCTTGCCTGGCTGGTTGACAGACCCGGGGTGGTCACTGCTGAGAC 4321 TTCAGAGATCGCAGCTGCTGTGAGAATACGGTGAAGGTACTTTGTTCTGGAAGATGTTGTCATACACTTTTCCCCAGTTA 4401 TTTTCAAACTTGACATGAGCCTATGTTGACTCACTGGGTGGGGGTCCCTTCTTACGCAGCACACGTGGCAAGTGCCTGAA 4481 TCGGGGCTGGAGGCACTTCAGAGCCTCTGAGGGGCCACCACTTCTGGCCCAAAATTGCAGGGTTGTAGATGAGGCTGCCT 4561 GTGGAGAACTGGTGTGAGGAGGAAGCTGTTTCCAACAAAGAGCACTTTCATCTGTTGAGATGGCTGTGGTGAGCAACTGA 4641 ACGAGCCTACGTGTGTACCTGAATTTTCCCCGTAACTCATTTCTTCCATATGAAGAAACACCAAACTATGTACAGAGAAC 4721 TTTTTACAAAAGGCAGACCTTTTTTAAGCTGTGTAACCCACATAGCCTAACCACCTGGCAGAATGACTACGAATAGGGGT 4801 CATTGTGCTGGTAAAAGCCTCTATTACGACTGTAAGTAAGTTGGATGTTGGCAAAATTAAATTGTTACAGTATTTAGAGC 4881 TGCTGTAGCTGTTCCTTCACAACATAAAATAGGATAAATGACTAGTACGTCTTTCAGGTGGGTGGCAAGCAGAACATGCG 4961 TAATATTCTCTACCTGGTCTGTAGCTGTAACTGTGATGTACAGACAAAGCAAAAATTAAAAGAACTTATGAAAACAAATG 5041 CAATGATACTAGGATATACACTTTTGTATTTTTATTCTTATATAAGGTTATTTGCTGGCTATTGTTGGCCTCTAGTTCAG 5121 TCTGTGTTATTTAAATTCTAATATATGAATTATTTGAATTGAATTCATGTTCGGGGCCACGTTGTTGTATGTATTGATGT 5201 ACAGCCTTGAATGTGAATAATTATTGTAAACTATATTTTACAACTTTTTTTCTGGCTTTATTATATAAATTTTCTATTGG 5281 GTCAGTGATTTAATCATATAATTTAATGAATCTGTTTATCCTTTTTTTTTTTCCAAATACTTGTGCTTTAGGTGTAGTTA 5361 CCAGATGATGAATTTTCCTCGTATGGTCAGTAGTCTTGTAATAAAAAGCATGTAGAGTGTAGA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | HEK293 | ||||||
Disease | 5170.0 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
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"PAR-CLIP data was present in GSM714644. RNA binding protein: AGO2. Condition:completeT1
... - Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al., 2011, Nature methods. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al. - Nature methods, 2011
Cross-linking and immunoprecipitation (CLIP) is increasingly used to map transcriptome-wide binding sites of RNA-binding proteins. We developed a method for CLIP data analysis, and applied it to compare CLIP with photoactivatable ribonucleoside-enhanced CLIP (PAR-CLIP) and to uncover how differences in cross-linking and ribonuclease digestion affect the identified sites. We found only small differences in accuracies of these methods in identifying binding sites of HuR, which binds low-complexity sequences, and Argonaute 2, which has a complex binding specificity. We found that cross-link-induced mutations led to single-nucleotide resolution for both PAR-CLIP and CLIP. Our results confirm the expectation from original CLIP publications that RNA-binding proteins do not protect their binding sites sufficiently under the denaturing conditions used during the CLIP procedure, and we show that extensive digestion with sequence-specific RNases strongly biases the recovered binding sites. This bias can be substantially reduced by milder nuclease digestion conditions.
LinkOut: [PMID: 21572407]
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Experimental Support 2 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | HEK293 | ||||||
Disease | 5170.0 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
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"PAR-CLIP data was present in GSM1065670. RNA binding protein: AGO2. Condition:4-thiouridine
... - Memczak S; Jens M; Elefsinioti A; Torti F; et al., 2013, Nature. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Memczak S; Jens M; Elefsinioti A; Torti F; et al. - Nature, 2013
Circular RNAs (circRNAs) in animals are an enigmatic class of RNA with unknown function. To explore circRNAs systematically, we sequenced and computationally analysed human, mouse and nematode RNA. We detected thousands of well-expressed, stable circRNAs, often showing tissue/developmental-stage-specific expression. Sequence analysis indicated important regulatory functions for circRNAs. We found that a human circRNA, antisense to the cerebellar degeneration-related protein 1 transcript (CDR1as), is densely bound by microRNA (miRNA) effector complexes and harbours 63 conserved binding sites for the ancient miRNA miR-7. Further analyses indicated that CDR1as functions to bind miR-7 in neuronal tissues. Human CDR1as expression in zebrafish impaired midbrain development, similar to knocking down miR-7, suggesting that CDR1as is a miRNA antagonist with a miRNA-binding capacity ten times higher than any other known transcript. Together, our data provide evidence that circRNAs form a large class of post-transcriptional regulators. Numerous circRNAs form by head-to-tail splicing of exons, suggesting previously unrecognized regulatory potential of coding sequences.
LinkOut: [PMID: 23446348]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM714644 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / completeT1, repA |
Location of target site | ENST00000441549.3 | 3UTR | UAACAAACACAAAGGAAUUCAGGGUCG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 21572407 / GSE28865 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM1065670 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / 4-thiouridine, 3_ML_LG |
Location of target site | ENST00000441549.3 | 3UTR | UAACAAACACAAAGGAAUUCAGGGUCG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23446348 / GSE43573 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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47 hsa-miR-3140-5p Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT104285 | CLDN12 | claudin 12 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT255698 | BHLHE40 | basic helix-loop-helix family member e40 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT442182 | SRP68 | signal recognition particle 68 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT446582 | FPR2 | formyl peptide receptor 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT458038 | MRPL12 | mitochondrial ribosomal protein L12 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT463006 | ZNF740 | zinc finger protein 740 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT468535 | SERPINH1 | serpin family H member 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT468783 | SCD | stearoyl-CoA desaturase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT482133 | AKIRIN1 | akirin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT492057 | TMEM59 | transmembrane protein 59 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT492858 | NRARP | NOTCH regulated ankyrin repeat protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT497701 | ARL6IP6 | ADP ribosylation factor like GTPase 6 interacting protein 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT498157 | FEM1C | fem-1 homolog C | 2 | 8 | ||||||||
MIRT506244 | PEX13 | peroxisomal biogenesis factor 13 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT506291 | PDPK1 | 3-phosphoinositide dependent protein kinase 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT534293 | SKIL | SKI like proto-oncogene | 2 | 4 | ||||||||
MIRT546463 | SLC39A14 | solute carrier family 39 member 14 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT565507 | SP1 | Sp1 transcription factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT572485 | PRR14L | proline rich 14 like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT573398 | DLC1 | DLC1 Rho GTPase activating protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT610713 | POU3F3 | POU class 3 homeobox 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT611829 | CACNG8 | calcium voltage-gated channel auxiliary subunit gamma 8 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT615701 | NEGR1 | neuronal growth regulator 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT621788 | TMEM55A | phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 4-phosphatase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT624127 | HID1 | HID1 domain containing | 2 | 2 | ||||||||
MIRT626051 | PDE4C | phosphodiesterase 4C | 2 | 2 | ||||||||
MIRT629867 | GATAD1 | GATA zinc finger domain containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT630544 | LGALS8 | galectin 8 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT630952 | PANK1 | pantothenate kinase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT634793 | ENTHD1 | ENTH domain containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT640130 | CYLD | CYLD lysine 63 deubiquitinase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT652784 | TEAD1 | TEA domain transcription factor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT654472 | RANBP2 | RAN binding protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT658126 | FNBP1L | formin binding protein 1 like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT666203 | SMARCC1 | SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin subfamily c member 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT667083 | OTOG | otogelin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT673472 | KDELR1 | KDEL endoplasmic reticulum protein retention receptor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT693340 | E2F2 | E2F transcription factor 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT700796 | PHTF2 | putative homeodomain transcription factor 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT703115 | GPRC5A | G protein-coupled receptor class C group 5 member A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT714839 | SCAMP2 | secretory carrier membrane protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT715244 | DHODH | dihydroorotate dehydrogenase (quinone) | 2 | 2 | ||||||||
MIRT717863 | BICD2 | BICD cargo adaptor 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT722764 | SIRPB2 | signal regulatory protein beta 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT723303 | MOGAT1 | monoacylglycerol O-acyltransferase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT724049 | GABRB1 | gamma-aminobutyric acid type A receptor beta1 subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT724219 | RAB6B | RAB6B, member RAS oncogene family | 2 | 2 |
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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