pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-7161 |
Genomic Coordinates | chr6: 158609707 - 158609790 |
Description | Homo sapiens miR-7161 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-7161-5p | ||||||||||||||||||||||||
Sequence | 1| UAAAGACUGUAGAGGCAACUGGU |23 | ||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | ||||||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | NUCKS1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | JC7, NUCKS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | nuclear casein kinase and cyclin dependent kinase substrate 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_022731 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on NUCKS1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of NUCKS1 (miRNA target sites are highlighted) |
>NUCKS1|NM_022731|3'UTR 1 AAGTGATGATGGTCTGGGGAGAGATTTTATTAAAAAAAAAAAGAAAAAAAAAGAAAAAAGAGGGAGGAAAAAAAAGAACC 81 TACTTAAGATAGAACATGGTTTTGGCTATGGCTTGACTCATGGGCTTTCAGTGCTTTTTTCCATTTGTTGAAAGTAACAT 161 TTCTCTCTCTCTCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAAGCAAACCATTGTATGTGTAAGTGTTTAAGTTACCTTTTTGTCT 241 ATTGGTCTCTTTGCCAGCCCTCCCCTTTCCCAATGAAAGCCATGTCAAATTAATCACTGGATTGACTGCTTCATCTTTTT 321 ATTTTTAATGAAAGGTGTACCACGGTTGTAAAGCAATAAGATTTGAGATGAACACTATTGAAACTTCGCTTTTTGCTAAA 401 AAATAGCAAGTTGAATAGTAATCAAAAAACATAGAAAGATTTTAGTTCAAAATGATTGCTCCTTTCTCTACCTGGACTTT 481 TAAAAAATCAATTGTCATCTAATATGAGTTTATTTGTCTATAGACACAAGTATCAATGTCTAAAAAAAATCATGACTTTA 561 AACTTCCACCGATGAGGCAGGTAGGAGATAAAGATGAATTCTGAACTGTTACTAAAAGTACTCATTTTTTACCTTGTAGG 641 GAGGGTGGGCAATGGGGTTACCTGACCTTATTTGAGGGTATGGGCTTTCTTTTTTATTTCATCACTTGTTATCTCAAAGA 721 GACTCGGAGCCAGTGATCCTTTTATCCTGCTACAGTCTTTAGGGAGCTAAAAAAAAAAAAAAAGCAGGGGCTGCCAAAAC 801 TCTTGATTTCATATTTCCTTCTCTAAATATATATGTATCCTGTTTTTTGGATAAAATTTTACCAAGAATCCAAAAAAAAA 881 AAAACCCTAGAATTTAATCAACAAGATCAGTCTACAGGTCACAGTGGATTTCTTTTCAAACTGACAATGTTTAGGTTTTA 961 AGCAAATAAAGTTCCAGTTAATGTGAAACTCAGTCACAAAGAGTTGAGATTTTTCCTTTATGAAATAGAATTGACATTCT 1041 TTTATGCTATAAATGTGCATTCAGGTCCCATTAACCATGCTCTGCTTTTATTTGGGGATAGAACATTTTCTTTTTCATAT 1121 CCCGATCTTCCCATTTCTTCATAGAAATGTGATAAGAAGTACATCCCTGTGATCCTGCTGCTTCGTAGAGCACCACTGCA 1201 CACCCTACCCCGAGTGCCAACCACCTCTGCTATAGGACACTATTTTCCTGGCCCTATTCTTCACTTACTTCCCATCCTGT 1281 CCTTGACTAGGAATATGTTAAATGCTGCTCCCATACAATTCAGTTAGCTCTTGTCTTTTTATTTGGTCCAACCCCTGCTT 1361 TACTGCTCATGCTGCTTAAAGCAGGAGGGACTAGAGAAACAAGGCATTTTAGGAGGCCTGTGTGCAGTTGAAAACCGACT 1441 TTTACACGCCTTATAAAAGCAGTCAGGAGATAGATCCGTAGGTTTGATCCTTCACATCTAATACCAGGCGCTAATGGGAA 1521 CAAGGTTTAAAGGGTCCTGGTATGCTAATAAATTGAAAAATTAGTGAAATTTAAACTTCTGCCTTTTTTTCCTGCCTTTT 1601 AATCTAGATTTGCTTCCTCAATATCCTACTTTGTGGTTTACTAGGAACATGCTTACTCTGATCTTTTTTTAAAAAACACA 1681 CAGTGGCAGAGTCATTTCACTATTGCACTGTGTGTTAAAGAATGAATAAGGAGTTTTCAGTTACATGGCCAAAAATACAG 1761 GACTTGAACATAAATAGCAGTTGGATCATTCTCTTTCATGACGGTTAAATTCAGAGGTGTGAACTTTGTAATGAGGGTGT 1841 TAAAGATTAATCTATTTGCCTAAATGGGTTTGTTCAGGTATCCATTTTTAACAAAGAAGTTTGTGTTCATATAGTAAAAG 1921 ACCTATCAGTGTTTCCACCATGCACTTCTATTTTTTAGGAGTTTATAATTTTAAGTCTTACATTCCTAGTAACATTTGGG 2001 CTTTTCTTAGGTTATGTTTCGTGAAGATTTGGGGGGAGGGCTCTTTTAAAACTTCAGCCTCAGTTGTTTAACAGTCTCTT 2081 TAATATATTAATCTGCACTAACATCTCTGTGATATATGCACATATTTTAGAGGTAATCATGTCTTCTAGATTACTTGTGT 2161 GCATTTGATTGGGCTTCTTGTTTAGGGTCCCTTTTAAAATTAATTCATTAGATTGAAAAATGTATTCTATATTTCTGATA 2241 GACTGGACAGAAGGATCTGTGTCCCCAAGTGAGACAGGCTCTGAATAACCTTTGTTTTCTCCACTTTTTATTGATGATTT 2321 AAAACACTCTAGTCTTCCCCTCAAATCATGCATGCAAATAGGAGGACAGTGGTGGTGACTCAACTGGATACAGGTGCTCA 2401 ATAGTCAGGCTTGATAGTGATGTCAGGACGCATTACAAGCTGTAAGCCGATACTGACTGGCCATTGGCACCATCCTTGAC 2481 TAACCTTCCTCTTTTTCTCTAGTGTGCCTATGGTGAAATGGCAATAGCATTCACTGTCGTATTTTGCAGTGCTCAGGAAG 2561 TGGGACGTTAACTTTGAAGGTGCTTGTTTGTATTAGCTCTGCTAGGTTTACCTCTACAACGTAGATTTCAGCAGCTATGC 2641 TGACTGACACTACATTCTAGTTCTTAAGATTTTTTTTCCAGATCCCCCCTTCCCCAGCTAGACATACGTAGCATACTTTC 2721 ATCTTATTCAGTCTTTCTGTAACCTGCTGCTGCTTTTAGTCCTCCTCACCTCAGATCGGAATCAATGGAGTGGGCCCAGA 2801 GGATACATTTTAATTCCAGTAATGGTAGGTAGATTTGTCCTGCTTTCTAAAACATCTCCTCATTTCATATTTCCACTCCA 2881 TATTGATTCCATAAGGGAAAATTAATGGGTGTTTCCTCCTTTAGGGAGGTAATGCAAAGAGTGTGGACATCTTCTAATCT 2961 TGAGGAACAGTAGTTGATTTCCCTTGAAGGAGCTTACATATTGACTGTTTTCACAATAACCTGTTTGCCCCAGTTCAATC 3041 CTCATTTTAATACTTAATTTGGTACTGGCTCAAATAGCATTTTCTTACAGATAACAAATCAAGAGTGAAATTTGAGGTTA 3121 TACTCCAGTAAAGTTTTTAACACTTGTGAATATGGTCAGCTAGACTAAACTTGACTCTTTTTTTTAATGGCTTTTTTATC 3201 TGTGAACATTCAGATAAGTGGATTTTCAAGTACTGGTTGGGGATGGGAATCGTGCTTTTCTTTAAACTTCAGTTTACGAG 3281 ATGCTTTGAGAGCGTTAGGCAAAAGCAGAAATAAATATCAGGAGCAACGGGGAAAGCTTTATAAAAGATCATGGTGGCCA 3361 CTGTTGCAGCTTTGAAGAATGAGTGCTGGCTTGAACAGTTCTTTGCCTGCATCATTGGTAGCTGCACTGAAAGGAAAAAA 3441 CTTTCACCTTAAGAATTTGAAAAGGAAGAAACCTGGGCTCTGGTCTTCATGGCATTTAGACTGAGATGCTTAAACAGAAC 3521 AGAAGTAATACGCATTTCCTGCCATAGGATAGGGAAAATGTAACAAGCTGGTTGCTCTTGAGGTTAGAAAATTGTCTGTT 3601 TCTCTGTGGATGAAGCTGGATTTACTTGAAAATGGAGAGTTGGCTTATTGTTTGAATATTGGGACATCAAGCTATCTATA 3681 GCCAAGTTTCAGTCGCAACCAGTTTTCCCTTTGTCTGGGGTAAATTCGATACAAAATGATTCTTTTTGAATCCTGAATCC 3761 ATAAATTACACTTTTTTTTTTCAAATTCACAAAATTCACAGTGGTGCTGACTGTGTAATAACCACTATTGGGAAACATCC 3841 CGTAAACCTGCCTGTTGCCATGCCAATGGAGTGACTGAACTGGTGACATCTGTTTGAGCATGCTTTGTGTGGCTGGTAGA 3921 ATGCCACCGTTGTGCATACACTTTGTACATCAGGGGTGAAGGGAGGGTTTTCTAGATTATTGGGGGAGGGTAAAATTGGG 4001 ATTTTTTTGTTGTTCCTTTTTTGATGGGGTGTGGGGGTATAGTACTCAGCTTATGCCCTAAAATAACATGTATAAAAACC 4081 CCTGAAGTATTGTGTGGGTGTGTACGTGTGAGTGTGTGTTTGTATACATCTGGCAATTAAAGCTTTGTCTTCTGGAACTT 4161 AGTGAATTCTTTTCTCTTTTTCCTCCAGAAGTATTTGTTACAAGATTTGTAAATAAGAGCTCTACTTAGTTTGTTTACCA 4241 TGAACATGTTGCAGCAAACCTTATGCATCTAATTCCTACAAGGTTAAAGAAAGGCTTTTAGACTTGCCAGGTTAAGCAAC 4321 AGCCAAGTTCTCAGTAATTGTTTGCCTTGATTTATCTTTTAGACTTCATTTTGCCAGCTCTAAAACTCCCAGTCTTCCTT 4401 GATTTTAGTCCTTAATCTTTTATGTTCTGAGCAGGAAGGGTAAAAGACAGGAACCTGCTTCACTGTATTAACTAGTCCAT 4481 GGGCTGAGACCGGGGCATCTCTTTTCTTCATACTGCAATGTTGCTAGATACATGATCAGACACCAGAGGGTTGGGCATTC 4561 TTGCAATACCTTAACAGTGCTGAAATCTGCAGCATGGTACTAAGGAAGTTAAAGTTTGAATGTAACCACTTTATTTAAAA 4641 GGTTTTTTTCTTTAATTTAAATGAAATGGGGTTGAAGTGAACATGATTTTGTTGACCATGTTCGTGAATTACAGATGCAA 4721 CATGCATTGGTAGAATCGTGTGATGGTCTTTTGTGATACTTAATTTTTACATATCCCAGTCTCTGTATGTATCTGCATAG 4801 ACAAAGAAAAAACAAACTCCTGCTTTGCTTTTATTGAAGGGTTTCCAGGACTGCGTGTCTGCTCCTGAGCTCTGTTTTAA 4881 GTATGTGTATCCTTTGCTTGTATTTTGTATTAAAAAAATAAGAAAAAGAAGCCTTTATTGTTGAGCATGTTGGCATTGTC 4961 CCCTTTATTTTTTTCTCTTTTTGGGACATATGAAGCAAGTTATTCTTTTTCTGTATCTTTTTTTCTTTTGTAAACTTTTT 5041 TTTTGTTTTGTTTAAAAATGGCTTTATAAAAGGGCTTTTATAACCCAGATGTGTGCTCTGTGTACTTCTTGTAATACCTT 5121 AAAGCAAACACACTAACTTACACAGCTTTGTTAATCAGCTCCCAGTTCAGCCTGACTTTGTGGGAACTTATTTCCCTAAT 5201 AAATTATTTAGAAACTTTAACAGTGACCATCCCTGTTGTTGGTAAAAGATAAACATGTCTTGGTTCAAAAGTTAATACCT 5281 CAGGATGGAATCAAGAAGCAGTAGACTTACCAGTTTGATTAATTAAGGGAGCACTGGACTGGGTGCGTAAGGATTCTTAA 5361 TTAGCATTTTTTCTCATGTTTACATCCAAGGTTATGAAGTGTTGTGGAAAGCAAAGTTTAACAATCATATATAATAAAAG 5441 ATAATGTTTATACTCACAGAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | HEK293 |
Disease | 64710.0 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
"PAR-CLIP data was present in GSM714645. RNA binding protein: AGO2. Condition:completeT1
... - Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al., 2011, Nature methods. |
Article |
- Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al. - Nature methods, 2011
Cross-linking and immunoprecipitation (CLIP) is increasingly used to map transcriptome-wide binding sites of RNA-binding proteins. We developed a method for CLIP data analysis, and applied it to compare CLIP with photoactivatable ribonucleoside-enhanced CLIP (PAR-CLIP) and to uncover how differences in cross-linking and ribonuclease digestion affect the identified sites. We found only small differences in accuracies of these methods in identifying binding sites of HuR, which binds low-complexity sequences, and Argonaute 2, which has a complex binding specificity. We found that cross-link-induced mutations led to single-nucleotide resolution for both PAR-CLIP and CLIP. Our results confirm the expectation from original CLIP publications that RNA-binding proteins do not protect their binding sites sufficiently under the denaturing conditions used during the CLIP procedure, and we show that extensive digestion with sequence-specific RNases strongly biases the recovered binding sites. This bias can be substantially reduced by milder nuclease digestion conditions.
LinkOut: [PMID: 21572407]
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Experimental Support 2 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | HEK293 | ||||||
Disease | 64710.0 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
"PAR-CLIP data was present in GSM1065670. RNA binding protein: AGO2. Condition:4-thiouridine
... - Memczak S; Jens M; Elefsinioti A; Torti F; et al., 2013, Nature. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Memczak S; Jens M; Elefsinioti A; Torti F; et al. - Nature, 2013
Circular RNAs (circRNAs) in animals are an enigmatic class of RNA with unknown function. To explore circRNAs systematically, we sequenced and computationally analysed human, mouse and nematode RNA. We detected thousands of well-expressed, stable circRNAs, often showing tissue/developmental-stage-specific expression. Sequence analysis indicated important regulatory functions for circRNAs. We found that a human circRNA, antisense to the cerebellar degeneration-related protein 1 transcript (CDR1as), is densely bound by microRNA (miRNA) effector complexes and harbours 63 conserved binding sites for the ancient miRNA miR-7. Further analyses indicated that CDR1as functions to bind miR-7 in neuronal tissues. Human CDR1as expression in zebrafish impaired midbrain development, similar to knocking down miR-7, suggesting that CDR1as is a miRNA antagonist with a miRNA-binding capacity ten times higher than any other known transcript. Together, our data provide evidence that circRNAs form a large class of post-transcriptional regulators. Numerous circRNAs form by head-to-tail splicing of exons, suggesting previously unrecognized regulatory potential of coding sequences.
LinkOut: [PMID: 23446348]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM714645 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / completeT1, repB |
Location of target site | ENST00000367142.4 | 3UTR | AUACGUAGCAUACUUUCAUCUUAUUCAG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 21572407 / GSE28865 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM1065670 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / 4-thiouridine, 3_ML_LG |
Location of target site | ENST00000367142.4 | 3UTR | GACAUACGUAGCAUACUUUCAUCUUAUUCAGUCUUUCU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23446348 / GSE43573 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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94 hsa-miR-7161-5p Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
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Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
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MIRT131193 | INCENP | inner centromere protein | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT318016 | CENPQ | centromere protein Q | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT405275 | ZNF678 | zinc finger protein 678 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT442570 | CCDC59 | coiled-coil domain containing 59 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT442611 | CRIPT | CXXC repeat containing interactor of PDZ3 domain | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT444013 | GOLGA8H | golgin A8 family member H | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT444024 | GOLGA8M | golgin A8 family member M | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT444339 | GOLGA6L4 | golgin A6 family-like 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT444611 | GOLGA6L10 | golgin A6 family-like 10 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT446342 | MAN1A2 | mannosidase alpha class 1A member 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT446558 | GOLGA8J | golgin A8 family member J | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT447671 | PACSIN2 | protein kinase C and casein kinase substrate in neurons 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT447975 | MSH6 | mutS homolog 6 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT448895 | CNNM3 | cyclin and CBS domain divalent metal cation transport mediator 3 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT448936 | CHD7 | chromodomain helicase DNA binding protein 7 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT449414 | TRIM5 | tripartite motif containing 5 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT450291 | ADH5 | alcohol dehydrogenase 5 (class III), chi polypeptide | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT454877 | PCNA | proliferating cell nuclear antigen | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT456615 | SFMBT2 | Scm like with four mbt domains 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT462108 | TMEM214 | transmembrane protein 214 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT471923 | NRAS | NRAS proto-oncogene, GTPase | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT474437 | KLHL21 | kelch like family member 21 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT476600 | G3BP1 | G3BP stress granule assembly factor 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT480573 | BZW1 | basic leucine zipper and W2 domains 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT483890 | IL20RB | interleukin 20 receptor subunit beta | ![]() |
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2 | 6 | ||||||
MIRT493363 | KIF5B | kinesin family member 5B | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT494934 | TMEM167A | transmembrane protein 167A | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT495915 | CLDN1 | claudin 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT501574 | PLEKHF2 | pleckstrin homology and FYVE domain containing 2 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT502193 | IGF1R | insulin like growth factor 1 receptor | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT502928 | CDC42SE1 | CDC42 small effector 1 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT506393 | NUCKS1 | nuclear casein kinase and cyclin dependent kinase substrate 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT506570 | MNX1 | motor neuron and pancreas homeobox 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT509478 | GNL3L | G protein nucleolar 3 like | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT518537 | FLCN | folliculin | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT519577 | ZNFX1 | zinc finger NFX1-type containing 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT524088 | DNAJC10 | DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member C10 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT524146 | LDHD | lactate dehydrogenase D | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT524659 | C1orf50 | chromosome 1 open reading frame 50 | ![]() |
![]() |
2 | 10 | ||||||
MIRT526324 | UGT2A1 | UDP glucuronosyltransferase family 2 member A1 complex locus | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT526566 | UGT2A2 | UDP glucuronosyltransferase family 2 member A2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT526612 | ZNF780A | zinc finger protein 780A | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT526889 | PLEKHG2 | pleckstrin homology and RhoGEF domain containing G2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT527115 | ARHGAP15 | Rho GTPase activating protein 15 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT528023 | ACOT9 | acyl-CoA thioesterase 9 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT529589 | TMEM220 | transmembrane protein 220 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT532797 | STYK1 | serine/threonine/tyrosine kinase 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT537099 | GPC6 | glypican 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT539070 | ATP6V1C1 | ATPase H+ transporting V1 subunit C1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT545495 | DAPK2 | death associated protein kinase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT545814 | ZNF608 | zinc finger protein 608 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT553533 | TMEM185B | transmembrane protein 185B | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT557285 | HIST2H2BE | histone cluster 2 H2B family member e | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT559552 | ARGLU1 | arginine and glutamate rich 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT561069 | EIF4A3 | eukaryotic translation initiation factor 4A3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT561710 | PTP4A1 | protein tyrosine phosphatase type IVA, member 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT561995 | LRRC58 | leucine rich repeat containing 58 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT565896 | NHS | NHS actin remodeling regulator | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT567333 | HMGB1 | high mobility group box 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT568042 | CLDN12 | claudin 12 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT568315 | BAG4 | BCL2 associated athanogene 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT570677 | GFPT1 | glutamine--fructose-6-phosphate transaminase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT571047 | YRDC | yrdC N6-threonylcarbamoyltransferase domain containing | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT571359 | SFT2D2 | SFT2 domain containing 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT571935 | LCOR | ligand dependent nuclear receptor corepressor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT572786 | ZNF277 | zinc finger protein 277 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT573936 | CNTNAP2 | contactin associated protein like 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT576962 | Anxa4 | annexin A4 | ![]() |
![]() |
2 | 3 | ||||||
MIRT608297 | KATNAL1 | katanin catalytic subunit A1 like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT613342 | AFF1 | AF4/FMR2 family member 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT613529 | ANAPC7 | anaphase promoting complex subunit 7 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT614705 | TOR1AIP2 | torsin 1A interacting protein 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT616658 | ORAI1 | ORAI calcium release-activated calcium modulator 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT624731 | ANXA4 | annexin A4 | ![]() |
![]() |
2 | 3 | ||||||
MIRT626525 | TSC1 | TSC complex subunit 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT627647 | SCN1A | sodium voltage-gated channel alpha subunit 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT637423 | EPB41L3 | erythrocyte membrane protein band 4.1 like 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT641059 | TCP11L1 | t-complex 11 like 1 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT645591 | SAR1A | secretion associated Ras related GTPase 1A | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT646455 | ZNF705A | zinc finger protein 705A | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT656454 | MAPK6 | mitogen-activated protein kinase 6 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT676551 | TMPPE | transmembrane protein with metallophosphoesterase domain | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT682720 | KIAA1456 | KIAA1456 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT698307 | TMEM2 | transmembrane protein 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT701906 | MMGT1 | membrane magnesium transporter 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT702228 | LONRF3 | LON peptidase N-terminal domain and ring finger 3 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT708642 | UBE2W | ubiquitin conjugating enzyme E2 W | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT709326 | HMBOX1 | homeobox containing 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT711400 | RANBP2 | RAN binding protein 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT712130 | TGFBR2 | transforming growth factor beta receptor 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT714226 | ARMC10 | armadillo repeat containing 10 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT716914 | CACNB2 | calcium voltage-gated channel auxiliary subunit beta 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT723060 | FGD6 | FYVE, RhoGEF and PH domain containing 6 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT723846 | MN1 | MN1 proto-oncogene, transcriptional regulator | ![]() |
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