Gene Symbol |
BCAT1
|
Synonyms |
BCATC, BCT1, ECA39, MECA39, PNAS121, PP18 |
Description |
branched chain amino acid transaminase 1 |
Transcript |
NM_001178091
|
Other Transcripts |
NM_001178092
,
NM_001178093
,
NM_001178094
,
NM_005504
|
Expression |
|
Putative miRNA Targets on BCAT1 |
|
3'UTR of BCAT1 (miRNA target sites are highlighted) |
>BCAT1|NM_001178091|3'UTR
1 ATGGAAAATAGAGGATACAATGGAAAATAGAGGATACCAACTGTATGCTACTGGGACAGACTGTTGCATTTGAATTGTGA
81 TAGATTTCTTTGGCTACCTGTGCATAATGTAGTTTGTAGTATCAATGTGTTACAAGAGTGATTGTTTCTTCATGCCAGAG
161 AAAATGAATTGCAATCATCAAATGGTGTTTCATAACTTGGTAGTAGTAACTTACCTTACCTTACCTAGAAAAACATTAAT
241 GTAAGCCATATAACATGGGATTTTCCTCAATGATTTTAGTGCCTCCTTTTGTACTTCACTCAGATACTAAATAGTAGTTT
321 ATTCTTTAATATAAGTTACATTCTGCTCCTCAAACAAATGCAATTTTTTGTGTGTGTTTGAAAGCTAATTTGAGAAAATT
401 TCATAGGTTACATTTCCTGCAGCCTATCTTTATCCACAGAAAGTGTTTTCTTTTTTTTAAATCAAGACTTTTAAAACTGG
481 ATTTCCTCCCATCACTGTTTTTTGAAGGTCCTCCAAGTCCGTGTTAAGGTAAATATCTGTTTTCTTCCTGATGTCACAGC
561 CTGAGCATACTCTGTGCATTAGGAAGACCTGAGTGCATTTCCCACCATTGTCCTTTCCACATTATGTTGTAGCTGGCTGG
641 CTGTCAGGCGACTACAAGACTGAGGGTCTTGTGCCTTATAGATCTTTGTATCCCCCATGGCTGACATATAGTAGGTACTC
721 AGTAAATGGTTTTATAATGAATCAGTGAACATTTTGCTTCTATAGAAGTGTACCTTCTTTGTTTCTATATTATGAAACCT
801 CTTTATTAGAATTTGTGATTGATTCTGACAGTGTATAGATTTACCTTATATTGTCTTTATTTTCCATGAGCTACTAAGTC
881 ATTAGAGATACTCTGAAGCATAGTTAGTTTAGGAAATCACTTCATATTGATTGTATTAGAATTATCTTGGAATTGAAGAT
961 ATATCCCTAGAGCAGGGGACCCCAACCCCCAGGCCATGGGCCACACAGCAGGAAGAGGTGAGTGGTGGGCCATTGAGGAG
1041 CTTCATCTGTATTTATGGCTACTTCCCATCACTCGAATTACCACCTGAACTCCACCTCTTGTCAGCTCAGTGGCAGCATT
1121 AGATTCTCATAGGAGCACAAATCCTATTGTGAACTCTGCATGCAAGGGATCTAGGCTATGCGCTCCTTATGAGAATCTAA
1201 TGCTTGATGACCTGAGGTGTAACAGTTTCATCCTGAAACCACCCTTCACCCTGCAGTCTGTGGAAAAATTGTCTTCCACA
1281 AAACTGGTCCCTGGTGCCAAAAATGTTGGGGACCACTGCTCTAGAGAGAGGTCATGATATCATACCAACCAAATGGAAAT
1361 GACAAATGTTTTATGTCAAGTGTTAATTGCAGAAATAAATCTTTTTTTTTTTTTTTTGGTAGAAAACAAAGAGGCATACT
1441 CTGATTTTTATACTCTGTTTTTGCAGGTGCTCTTTTCTTTGAATGGAGATTTGATGAGCAAGTGGTTAGGATGCAGGGAG
1521 AGCTACTATGGGTGATATTTTCCTTGTTTAGGAGCTGTGAGTTAAAATTGTATCCTTTGTGGTTTATCTAAGGAAAGTCA
1601 AATCTTGACAGAAAACATTTTTCCTTGGAAGGTCAACTCTCAGACATTGTATTTTGGTTTCCCTCAGTCCTCATAACTTC
1681 CTTCTTGCTGAACATATTTTATTCTCTTTTCAGAGAAGGAAAATAAAAAGGATTCTAAAAGTTTGATGCATTGGAAAAAT
1761 TTCCTTGAGGCATTTAGCAACACATAGAAAATGGGCTTTGATTCTTTTCCAAAACTTTTAGCCATAGGGTCTTTTATAGA
1841 CAGGGATAGTAAAATGAAAATTGAGAAATATAAGATGAAAAGGAATGATAAAAATATCTTTTAGGGGGCTTTTAATTGGT
1921 GATCTGAAATCTTGGGAGAAGCTGTTCTTTTCAGGCCTGAGGTGCTCTTGACTGTCGCCTGCGCACTGTGTACCCCGAGC
2001 AACATTCTAAGGGTGTGCTTTCGCCTTGGCTAACTCCTTTGACCTCATTCTTCATATAGTAGTCTAGGAAAAAGTTGCAG
2081 GTAATTTAAACTGTCTAGTGGTACATAGTAACTAAATTTCTATTCCTATGAGAAATGAGAATTATTTATTTGCCATCAAC
2161 ACATTTTATACTTTGCATCTCCAAATTTATTGTGGCGAGACTTGTCCATTGTGAAAGTTAGAGAACATTATGTTTGTATC
2241 ATTTCTTTCATAAAACCTCAAGAGCATTTTTAAGCCCTTTTCATCAGACCCAGTGAAAACTAAGGATAGATGTTTAAAAA
2321 CTGGAGGTCTCCTGATAAGGAGAACACAATCCACCATTGTCATTTAAGTAATAAGACAGGAAATTGACCTTGACGCTTTC
2401 TTGTTAAATAGATTTAACAGGAACATCTGCACATCTTTTTTCCTTGTGCACTATTTGTTTAATTGCAGTGGATTAATACA
2481 GCAAGAGTGCCACATTATAACTAGGCAATTATCCATTCTTCAAGACTTAGTTATTGTCACACTAATTGATCGTTTAAGGC
2561 ATAAGATGGTCTAGCATTAGGAACATGTGAAGCTAATCTGCTCAAAAAGATCAACAAATTAATATTGTTGCTGATATTTG
2641 CATAATTGGCTGCAATTATTTAATGTTTAATTGGGTTGATCAAATGAGATTCAGCAATTCACAAGTGCATTAATATAAAC
2721 AGAACTGGTGGCACTTAAAATGATAATGATTAACTTATATTGCATGTTCTCTTCCTTTCACTTTTTTCAGTTTCTACATT
2801 TCAGACCGAGCTTGTCAGCTTTTTTGAAAACACATCAGTAGAAACCAAGATTTTAAAATGAAGTGTCAAGACAAAGGCAA
2881 AACCTGAGCAGTTCCTAAAAAGATTTGCTGTTAGAAATTTTCTTTGTGGCAGTCATTTATTAAGGATTCAACTCGTGATA
2961 CACCAAAAGAAGAGTTGACTTCAGAGATGTGTTCCATGCTCTCTAGCACAGGAATGAATAAATTTATAACACCTGCTTTA
3041 GCCTTTGTTTTCAAAAGCACAAAGGAAAAGTGAAAGGGAAAGAGAAACAAGTGACTGAGAAGTCTTGTTAAGGAATCAGG
3121 TTTTTTCTACCTGGTAAACATTCTCTATTCTTTTCTCAAAAGATTGCTGTAAGAAAAAATGTAAGACAAAAAAAAAAAAA
3201 AAAAACAAACAGAGGCAGAGGCAGGCAGTAGCAAGAAAGCAGAGCGTAACATCAGCTAGATGGTAACATGCAATGTCAGC
3281 TCTCTTGAAGACATGGGAAACCTAAGTTACACCTTGGGTTAAAATTCTTCACCATATTAGTTTTGTTGCTTCATAAAATT
3361 TACCTAAGCAAGTGGTCTTGCTTGCCTCAAATCCAAGCAGTCTTGAACACTTGGAGGCAATTAATGAGTATATCTTAGTC
3441 AAAAGAATTGTTGGAGCTTTTTATTAAAGCTACAGTTTCAGTTCTGCTTTTGGGGAATTGTGCTATGAAAGCAGCTGCCA
3521 AAATAAGCTCATTTATTTTCTTCAATCCCACTCAGTGCTCAGTCACTATATTCTGTTTCCTTTTTTTTTTTCAAGTTGCA
3601 TATTTGGTTTCCCCTTATGATTGGGAAAGATGAATTTTCAGCAGAAAACATTGTTTGTTCACTTTCAAAGAGTGATAGTT
3681 TCTAAAACATTTAGAGCAATAAATATTCATCAGAGGTACCAAGTAAGCCGGCAGAAGAGTTAAGGGTTAGAGAAATCCCT
3761 TATTTCATGTCTTGACTCTAAAATTATCAAAGTACTTTTCCTTGTAATGTGGATTTCTTCTTATGCGGATATGCAAAAAC
3841 TTCAGTTATACGTAGTAATGCTAGCAGGTAATTTTAGTAGACATTTTATAACAACTGTCACTTTGTTTCGCCACATGTAG
3921 AGTTTGTTCAGCTATTTTCCAGATATCTCCCCACAAAAGGAGGCAAAGGGTACCAGCTTTTCAATGAGCATTACCTATTA
4001 CTTGGCAAAGATGATGAAGACTCTATTAATAGTTCATTTGATAAATGTTGACATAACCAACAATAGAGATTAGGAAGTTA
4081 GTTTTAAGAAATCAATGGCATATAGACATTACCCTCATGGAGTTTGTATTCTACTACTTGAACTGATTGTAGCTATAAAA
4161 GCATAGTTAGATAGCTGAATAGTTAGATCATAAGCAAAGAAGGCCAGAACACATCTCTTATCAAGAAATCAATGAATAGT
4241 TTATCTCATTTTTAAAGCAACTTTATCCTTCTTTAATTCCTTCCTTTCTTCTAGTGCAAAACTACTTAATAAGGTTGGTG
4321 TTTAGGTTAGTGTTCACACCATTCCTCATCTGGTGTGAATTACCTTCTCTTTCTTTACTATTTACTACCAACCTAGTACA
4401 TGTGTTGACTGAATTCTTTTCAAACAATGTTGAGTTATCATGGTGCACCTAATAAATTAACACCACAGATTACAGCATCC
4481 TTGCTGATTTTCTCAGCAAAGCCAGATTAGATGGAAATAAACAAAGAAAATGATCCTAGAGTGAATTTTTCTAGAAAATA
4561 TCTATTATGAACCATGCTGTTTAAAGTATTAGCTTGAAGGTGATGGATCCAGCTATTCAGAAAATAACTTTCATATAACC
4641 ATGATTTTGCACAGTATGAGGTCTTAAATGTGTGGAAAGAGATAAATTTTTTATCATTACCACAAACCCCTTTTAAAGAT
4721 TCAAAGGTGGAAGAAAGTGATTTATTTTTTCTCTTCAGCATACATATATAAAAGACTTGTCAGATGTTTAATTTGGGGAG
4801 GTTGATAATGAAACATATCAACAGAGTATAGTAGTTATAGTAGTGTTTGTGGGTAAATAATTTCCTGGGGTCAGACATAT
4881 ATAAACATATTTGCTTCAAAATGATAAAGGCATGAAATCAGTCTTAAAAATTGAAATGGGGGTGATGGGGGAGAAAAAGA
4961 AGAACAAATTTGAAGTGCCCTTTCAAATCTGCTGGATACAAGTATTGAAGTTTTAAGTCATCTTATTCTGTCTGAAAGTG
5041 TATTTTTCATTCTACAATAGACCCAATCAACAAGACGTATAACTTGAGTTGCATGATGTTCAGTTTATGTAATCTACTGT
5121 TGGGATGGTAAGAATTGATGTAGGCTGTGGTGTAAGAATGAATTAAAATATAGTTTCACTGGCTTTTCTCTACATATCCA
5201 CTATCACAATGGCTAGGTTTCCTGTTGCTCACTATTGGATTCTGGAGAAAAATTTAATGAAAGATGATATCAGAGGAAGA
5281 ATAAGTGGAGGTAGAGAAGAAAGGAATGATAGAGGAGGGGAAAAAAACAAAACATATTTTTGTGTTATCCAAAGGAGCTT
5361 TTTCCTTATTCTGTCAAGCATTGAGATCTTCTTCAGCTTTCAATGTAGTTGCTAAATACAAATAATGCTACTAGGTAGTG
5441 ACTAAATATAGCAAACACTTCATCAGATATTAGAATTAGGTCACACTATTGAGGTTATAATCTGAAGGTTGTGTTACATA
5521 GAAACCACTTTAGATTATTATCAACTTGGACTAGGCTTTATTTTATAATAGCATAGTAAGTAATATCTATTGTGTCATTT
5601 CTTCAACCATTTTATTCTAAGATCCATGAAGCTTCTTGAGGCCAAATAAAATAATAAGTTTAGACAAGAAGTAGATTGTG
5681 ACTTTTTTCCCTTAGAGATACTATTTACTATCTCCTATCCTGATAGGTGGAAGGTTTACTGAATTGGAAATTGGTTGACT
5761 ATTAGTTTTTAACTAAAATGTGCAATAACACATTGCAGTTTCCTCAAACTAGTTTCCTATGATCATTAAACTCATTCTCA
5841 GGGTTAAGAAAGGAATGTAAATTTCTGCCTCAATTTGTACTTCATCAATAAGTTTTTGAAGAGTGCAGATTTTTAGTCAG
5921 GTCTTAAAAATAAACTCACAAATCTGGATGCATTTCTAAATTCTGCAAATGTTTCCTGGGGTGACTTAACAAGGAATAAT
6001 CCCACAATATACCTAGCTACCTAATACATGGAGCTGGGGCTCAACCCACTGTTTTTAAGGATTTGCGCTTACTTGTGGCT
6081 GAGGAAAAATAAGTAGTTCGAGGAAGTAGTTTTTAAATGTGAGCTTATAGATAGAAACAGAATATCAACTTAATTATGAA
6161 ATTGTTAGAACCTGTTCTCTTGTATCTGAATCTGATTGCAATTACTATTGTACTGATAGACTCCAGCCATTGCAAGTCTC
6241 AGATATCTTAGCTGTGTAGTGATTCTTGAAATTCTTTTTAAGAAAAATTGAGTAGAAAGAAATAAACCCTTTGTAAATGA
6321 GGCTTGGCTTTTGTGAAAGATCATCCGCAGGCTATGTTAAAAGGATTTTAGCTCACTAAAAGTGTAATAATGGAAATGTG
6401 GAAAATATCGTAGGTAAAGGAAACTACCTCATGCTCTGAAGGTTTTGTAGAAGCACAATTAAACATCTAAAATGGCTTTG
6481 TTACACCAGAGCCATCTGGTGTGAAGAACTCTATATTTGTATGTTGAGAGGGCATGGAATAATTGTATTTTGCTGGCAAT
6561 AGACACATTCTTTATTATTTGCAGATTCCTCATCAAATCTGTAATTATGCACAGTTTCTGTTATCAATAAAACAAAAGAA
6641 TCCTGTTTGTGTGGTTTCATGAAATCAGCATTGTTGAATGCATGAAGTAATAATGCTAAATTAACATTTTTATGATGTCT
6721 CAAGGTTTCTGGTCAAGGGAAGTAAATGTAGGATAGTATTTTTACACCAAAATGACACAGAGAGAATTGAGCACACCAGA
6801 AAGACCAGAAACCACACCACTGGATAGAGATTCAATATGTTTCTTTTTCAAACATTTGGACAAGAAAAAAATGGGCATTT
6881 AAAAATTCTTCCTTCCCCTGGTTATGGATTTATCTGTAGTAAAACTTAGCTTTGTCGTTTGAGATTTGCACAGAATGGGG
6961 GGAGTAGATTACCTCTTCCCATTCATTGTCATAATGGATCTACATCACTGATAAACACCATACTTCTATATGTGGTTAAC
7041 TAGCTTTAGAATAAAAGACACTTTAAAAAGTAAAAGGCCTAGAGATCTTCAATGAAGTGTCCCTTTTAGCCAAACCAGGC
7121 CTTGCAGAAATTGTCCTCAAAAGCACCAAGGGAGAACAAAGCCAAGTGCAGAATTACCCAAGGGTCACACATTTTGTATT
7201 CATTTTCTTATAATTTGCCCAAATGATTTGAAGTACAGCAAAACCTGAAGTTTTGCAAAGAGTTACTGTAAACTGAACTT
7281 AAAAATGTCAGAGTGCTCGGTGACCCACTTCTCCAGACCCTGTCAACCTGTGAAAATATTGGCCTTTATTCAGATCTCTC
7361 AAGAAGTTACGCGCAGAGTTTGGAAGGTCTAGGCAAAGGTTATTAGTCAAGTGTTCTTACAGTGTCAACGCTCAATTCCC
7441 ACAAGCGTGAGAAAGAGAGACCTGTCATTCCTGAGGGTGATGACATACATTTACTGGAGCTTATATAATTTATCAGATAA
7521 GACAGCAGTTTCCTTCAGGGTAGAAAGTGTGTTTTCTACATTGATTTAGTACAAAACAAAAAGAAAAGGGGATATTTCAA
7601 ATTTTATAATTATTTTTCTGCTAAGCTGATTCAGTGTGATTTAAGCATATTTTTCAAATCATGAATCTGATTCCATATAC
7681 ATATGTGCCTTATATTGTGATAATTTATTTTTAAGTGAAATATGCTATCATAGCCTGACTTTATGTATAGTGGTGACAAC
7761 TTGCAGGATCGCATTTCTGTAACCAAACGGCCGACAGCTGAGGTGTAGATGCTTCCTATGGTCTGTAGAATAATCACTGG
7841 GCTTGTTCTCTAGCTATGTCTGTATGCAATCGCGACAGTGTTGATCAAAACCCATGATCATTCTCTCCAAAGGTCTTTGT
7921 CACTAAGCCACTAGGGATTCTGAAAAGTTCGTGAGCTGAAACAAATAAATTGAGTTGGAAGATTAAAAAAAAAA
Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
|
miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
ID |
Duplex structure |
Position |
Score |
MFE |
1
|
miRNA 3' agUGGUAA-C-------GAUUU--CACGUUAa 5'
||:||| | ||||| |||||||
Target 5' tgACTATTAGTTTTTAACTAAAATGTGCAATa 3'
|
5756 - 5787
|
158.00 |
-9.00 |
2
|
miRNA 3' agUGGUAACGA-----UUUCACGUUAa 5'
|:: | ||| ||||||:|||
Target 5' ggATTTTAGCTCACTAAAAGTGTAATa 3'
|
6363 - 6389
|
144.00 |
-11.30 |
3
|
miRNA 3' aguGGUAACGAUUUCACGUUaa 5'
|| || :| |||||||
Target 5' cttCCTTTCTTCTAGTGCAAaa 3'
|
4280 - 4301
|
139.00 |
-9.10 |
|
DRVs in gene 3'UTRs |
|
SNPs in gene 3'UTRs |
|