pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-4307 |
Genomic Coordinates | chr14: 26908642 - 26908725 |
Description | Homo sapiens miR-4307 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-4307 | |||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 56| AAUGUUUUUUCCUGUUUCC |74 | |||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||||||||
Experiments | SOLiD | |||||||||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | POU2F2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | OCT2, OTF2, Oct-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | POU class 2 homeobox 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_002698 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on POU2F2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of POU2F2 (miRNA target sites are highlighted) |
>POU2F2|NM_002698|3'UTR 1 TGGCAGCGGGAATCTGGTGCTGGGGGCAGCCGGTGCAGCCCCGGGGAGCCCTGGCCTGGTGACCTCGCCGCTCTTCTTGA 81 ATCATGCTGGGCTGCCCCTGCTCAGCACCCCGCCTGGTGTGGGCCTGGTCTCAGCAGCGGCTGCGGCTGTGGCAGCCTCC 161 ATCTCCAGCAAGTCTCCTGGCCTCTCCTCCTCATCCTCTTCATCCTCATCCTCCTCCTCCTCCACTTGCAGCGAGACGGC 241 AGCACAGACCCCTGGAGGTCCAGGGGGGCCCGAGGCAGGGTCCAAACCTGAGTGAGGGCCAGCCATGCCTCCCCTCCCAT 321 TCCTCTGGTCCCTGCCTTGGTCCCTTGCCTGGGAAGAGGGCGAGGAGGCCAGTGGTGGGGACGCAGAGGGTCCTCAGAGC 401 AGGAGTGACAAGGGAGGAAAGACCAAAAAAACAACCAACCAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAAAGAAACTAACCAACAAAAG 481 AGAAAACCAAAAATAATCACAACAGAAACCAGCTGCCCCAAAGGAACCAGAGGTGAAAAACAAACAAAAAAAAACCAAAA 561 ACAAACCAAAAAAAAAAAAAACCCACAAAATCAAACAAACCAAAAAACCAGTCGCGAGCCAGACCTCAGCGTGCTCACCC 641 TCACTGCTACGACGCCAAATAAAAACCCCAGCCAGGGGCGGAGAAGCCTCCAGCAGGTCAGACCTCATGCCACCGAGCCC 721 TGGCTGTGGGACCAACCCCCAACCCTGCCTCCCCCGTGGGGGCTACAGAAGGAAAAAGAGAAGATGCCAGCTTCCTAATC 801 CCAGCCCCCAGCCCTGGGCCAGCGAAGACAGGGCACAGCCTGGGCAGATGGGCTGGGGCTTAGCACCACCCACCAAATGT 881 TCTTTTCCAGAAGGTGAAAGAGAAAGGGCCTGAACAACCTTACACCAAATATTCAGTAGCTTCATCCAAAGGATGTACAG 961 AATTTTTAGCATTGTGCTCAACAGAATGTGTCCCTACCATGTGTCCCCTTCTCCCCTGGCCCCCAGCTCTCCCCACCTGG 1041 GCAGGGGGTCTTGCTTTAACCTCCTCCCTCCCCCCAGCAGGGGAGAGTTCAAGGGAAGGCCTGCGGACAACTTTTCATCC 1121 CCTGTTCCTCCCTCTTTTCCCCTTTGAAGGGTGGGCTAGGCCATTTTGCCAAGTTCTAGCTCTCACAAGTCCCTCCTCAA 1201 CCCTGTCACCCTCCTCTGCTCTGGAACTGACTCCCTCCCCAGCCTATGGGAAGGTGGAAATTTCAGGCAAGAGGGGATGA 1281 AGACATTCAGTTGAGGGCATTCAGTTGTCTTTTTCCATCCTGTCTGTTTCCCTGAAAAAAAAAAAAATTCATATTCCAGT 1361 GCCTATCCGTGGGATCCTTCACGTTCTTTGACATTAACCAGAAACCAAAAAGAGAACTCACCTCGCTTTTCCCACCCTGT 1441 GCCCCTCTGGTACTGGCGAATGCCTCTCCCTCCCCCCACATGCACGCACGCACACACCCCAGTGGTGGGGTTCCTCGAGA 1521 TGGCATCCCCATCAGGGTCCATGTGGTGGGGACAGTGCCACAGCCTGTGGTCCCCATCTGAGAGGGCGCGGTGGTGGCCA 1601 CCACTCCCACAAGACCTCCACAACTCTTGGCTGGACCCTGTGTTTGACCAGCCCCGGACACGTCTCCACTGACGACGGAC 1681 AGAGGAGAGACACCACTGGGAGCCACCCTGCCCTCCTGCTATTGTGGAGGCCAACAAAGTTTTGAACCGAAAACCAAAAA 1761 AACAGAAACAAACAAACAATAAATTTAAACTAGAAAAAAAATTTATATATATATATAAACATATATATATATATATATAT 1841 AAAAGGGAAAGAAGATGAGGACTCTTCAAGAATAAGATGGAACCGCGAGGCGGAGCCAAGCCCCTGCACCGGTGGTCCAG 1921 GCCCTTGTTCCCCAAGGCGGATGGAAGGACGGATGCTTCTTTCTCTTCACAAATACCTCATGGACGTTGTCTTTGGGAAA 2001 GCCGGAGGGGGCGGCTGGGGCAGGGCCTGTCCCTCGGCCAGGGCAGATGGAAGCGGGTGGGCGGGGCTGAGAGAGGGTAT 2081 CAGGGACAGGGGTGAAGAGCCCCAAACTCCCCTCCCAAATCAACTGAAAAAGCTTTAAAAAAAGACAGGAAAAAAAGGAG 2161 TAAGAAAGCAAAAAGAACAGATGAAGGAAAACTTAACAACTTTTGGGTGGTTTGATTCCTCCTTTGATTTCTTTTTCGGT 2241 TCTCTTTTGTCTGACCTCTCTCCTCCCCTCCTTCCTCTCTCCTCCCCTCCTTCCTCTCTCCTCTCCTCCTTCCTGTCTCC 2321 TCTCTCTCCCTTTGCTCTCCTCTCTTCTCTCTCAATCTTGTTCTTTCTGTGTCTCTCCTCAAACCAAAGTGTTGCAGTGA 2401 AGGACACGAGCCATTGAAATCAGGGTGGGGCCTGACAGCCGTAGTGTGGCCCCTGCCCCTTGTTGGGCAGGAGCAGAGAG 2481 AGAGGAGAGCCCTGAGACCGCAGGGCTTTGGCCTGGGCAGCTTCCACTTTCTGCCGGACACTCTGAGGAGAGGCAGATGG 2561 AGCTCCAGGCCTCAGCGTTCTCTTTTTTCCTTGTCTCCCTTCTCCCACCCGGGAAATGAAACTGTTGGGCTGGGCGACGG 2641 AGGCAGCAGAGACTCGGCCATTGCAGGGGCCTCTGGGTGCCTTGTCCGGGCAGTGGTGAAGTAGCCGCCCCTCCCACCCC 2721 GGCACGATGGGGCCTGGCACCTCGTCTACCCAACCTCACCGGAATGTAAGCATCTCCGCTGAACGACTCCCTGCCCTTAC 2801 CCTACCTCTGAGTTTGTCCATGTTTATTTCCTGAAGAGAGAAGGGACTGGCAAGAGGGCTTGGGCCCCAGCCCAAGGGTG 2881 GAGAGGGGGCCAAGGGCTCCTGACCAAATAGGAAGGACATTTGAGCAGAGCAAAATGAAAGGAATTACAACCAAAAACCC 2961 CCTCCGAGAAGACAGGCAGCATGGAAGGCATGGTGGAGATGACTCAAACAAAAACTATGATTCTAGACCAAAAAGGAAAA 3041 AAAAAAAAAAAAAAGGAAAGAAAATCCAGGACTCACCACCACCCACTTCATCCTGCTTCCTCCCCATCAAGTCCCACCAC 3121 CTGGGACCTCTCCCCACCCCAGTATGTGGGAGTGGGGTAAAGAGGAGAGGAGGAGCAGGGGGCAGGGATGGGGCAGATGC 3201 CCTGATGTTGGTGGAGGGACCCCTGTGCAGCCGGGGGTGCTGGGGACCCTCCCCATCCAACCCTCACACCTAGGAAAAGA 3281 AAAACAAGAAAAAAAAATTCCTGGGAGGGGGAAAAATAACCAAATCCCAAGCTTTAACTACAGCTGTGAAACCAAATATT 3361 GGGAAGGGGGTAGGAGGGAGGGAGGGGCAGGTGAGCCCCAGGTCTCCCCCTGGGCCCCCCTCCCCTGAGGACTCGAGATA 3441 AGGCACCAAATACCTCATAGAACTTTAATGTTAAAAAAAGGAAACCAAATATCGTTGGCTGGGGGCCAGCCAGGGCAAGG 3521 GGCTGGGGGGCTGGAGGGAGCCAGGGTTGGGAAGGTGATGGGGGAATTCATGCCCCCCACCCCCATCTGCCCCTTACACT 3601 CTGGTCCCCCGTCTCGACTCCGGGAAACAAAACTATCTCATCGTTTTTATTTTGTGGTCTGTACAGAGCCTGTGTCCGTG 3681 TGTCTGTGTATGAGCGAGAGAGTTGGAGGGCTGGGGAGCTTTATGTGGGGGATGGGGAGGGCAACCCCAGGCTAGGCTAT 3761 GGGCTAGGTTAGATGTCCGAGGTTGGGGGCCAAGGGCCTGGGCTAGAAAGAGAGGAGAGATGAGTGGGTTGGAGCAGTGG 3841 GGAGCCCTCTGAATTTCTCTTCTCCCCAACCCTGACCTCCTACTTAAGGGAGGGACAGAGACTGGGTCTACCCTAATGGT 3921 GGGCCTTTTCATTGTGCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTGATGCCAGTAACTAAACCACCTCTCTCTGTTCTCTTCTGGG 4001 GGGTGGGGTGGGTGTGTGTGTGGGGGTGGGTAGGGATGGGGAACCCAAGCCCCAGTAGGAGTTGGGGCTGAGATCAGGAG 4081 GAGGGGAAGGATATGAGTTTTCCATCCATCTCCCTGGAGAAGGCCATGACGGGCTCTCCAAGCCCTGGGGAGATCTGGCG 4161 AGGGACTAGCCAAGTCAGGGTGACCTCTTGACCTGACTAGTTTTTCTAACCCACATGAACACCAGGGTGCCTCTCTCTTC 4241 CTCTAGCCCAGGGTAGGGGGACCTGAGTGAGAGAGAGAGTGAGACAGACAGCAAGATTGAGACACGCGGGCCCCCACTGG 4321 TCTCTGAGTGGGAAAGGCAAGTGCGAGAGATAAAGGCCTCCAAGAGAAAAAAGAAACAAACCAAAGATTTAACCATTTAA 4401 AAAAAAAAAAAAACCCACAGACAACTCCGCTACCTTTTTATATGTTGGAAAAAAAGTGAAAAAAAATTAAAAATAAAAAT 4481 AAAAAAAAATACACAAAAACTCCAAGCCGCAAGTCCTTCATGCGGTTTAAACTTTGACCTCAGCAGTCTCCAAAGCAAGA 4561 CGACGATGACAAAGGCGGAAACAAAGAAAAAATAATGTATATTTTTAAGTATTTGTCCTTGAATTGTTAGCTCCTTGTTA 4641 AACAAACAAAAGGAGAGAAAAATCCAGAGAGAAGTGTTGCTGGGATGGAGACAACTATTTACTATGTCTGTGACCCCTCC 4721 CTTCTGCCTCCCTCCCCTTCCTCTCTTTCCTGTCCTCTATCCTTGCTGCCCCTCCCCCAATATGTCCCCCAAACCCAGGG 4801 GCTCAGTATTTATTTATTTATATAATTGCAGGGTGACTGGGGGCCTCTCTCGGCAACTCGTAGAGAGCCTTTGGATAATG 4881 GCAGGGTGGGGAATGGGCGAGGAGTCTTTGGGAAGAGCAGGGGCCTGAACTTTCAACTCCTTTCTGGCCTCTTGTCCCAC 4961 TGCTTCCACCATCACCTTCCAAATCCAGGGCTGCACTAGGGCAAGGTGACCACCCTACTTGGTAAAGACCTGATTGGCGC 5041 AGCCCATTCTGGTGTGGGTGTCTTTCACCACCCAGAATGACCAGGTTGGAATGGGGGTGGGTGAAGTTGGAGGGGGTGGC 5121 AAGTACAAGGCAAGGGTGCCCAGGAACCGGCATCCAGAAATCAGCCCTGGAGTAGACCTGCCTTTCCTCCATCCTTACCA 5201 AGTTAGCCTCCCTTTCAGTTCCGTCTGACCCCTGTGTTGGTAGCCCCTTCCTTCCCTTCCTGTACCCCCTCCGTCTCTTC 5281 TCGTGGTAGCGGGTTAGTGTTTCAGTGTTCTTAACTCCAATCTGCTTGTTCATTGTACAATGTGCTTCTTTTAAGGCCCC 5361 ATTTTTGTAACTTGAGTGTGTCATTCATCTGAACAACAAACATCAAAAAATAAAAAATTAAAAACTGTACAGAGAGAAAT 5441 GAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | HEK293 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
PAR-CLIP data was present in GSM545216. RNA binding protein: AGO2. Condition:miR-124 transfection
... - Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al., 2010, Cell. |
Article |
- Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al. - Cell, 2010
RNA transcripts are subject to posttranscriptional gene regulation involving hundreds of RNA-binding proteins (RBPs) and microRNA-containing ribonucleoprotein complexes (miRNPs) expressed in a cell-type dependent fashion. We developed a cell-based crosslinking approach to determine at high resolution and transcriptome-wide the binding sites of cellular RBPs and miRNPs. The crosslinked sites are revealed by thymidine to cytidine transitions in the cDNAs prepared from immunopurified RNPs of 4-thiouridine-treated cells. We determined the binding sites and regulatory consequences for several intensely studied RBPs and miRNPs, including PUM2, QKI, IGF2BP1-3, AGO/EIF2C1-4 and TNRC6A-C. Our study revealed that these factors bind thousands of sites containing defined sequence motifs and have distinct preferences for exonic versus intronic or coding versus untranslated transcript regions. The precise mapping of binding sites across the transcriptome will be critical to the interpretation of the rapidly emerging data on genetic variation between individuals and how these variations contribute to complex genetic diseases.
LinkOut: [PMID: 20371350]
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Experimental Support 2 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | HEK293 |
Disease | 5452.0 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
"HITS-CLIP data was present in GSM714642. RNA binding protein: AGO2. Condition:completeT1
"HITS-CLIP data was present in GSM714643. RNA binding protein: AGO2. Condition:completeT1
"PAR-CLIP data was present in GSM714644. RNA binding protein: AGO2. Condition:completeT1
"PAR-CLIP data was present in GSM714646. RNA binding protein: AGO2. Condition:mildMNase
... - Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al., 2011, Nature methods. |
Article |
- Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al. - Nature methods, 2011
Cross-linking and immunoprecipitation (CLIP) is increasingly used to map transcriptome-wide binding sites of RNA-binding proteins. We developed a method for CLIP data analysis, and applied it to compare CLIP with photoactivatable ribonucleoside-enhanced CLIP (PAR-CLIP) and to uncover how differences in cross-linking and ribonuclease digestion affect the identified sites. We found only small differences in accuracies of these methods in identifying binding sites of HuR, which binds low-complexity sequences, and Argonaute 2, which has a complex binding specificity. We found that cross-link-induced mutations led to single-nucleotide resolution for both PAR-CLIP and CLIP. Our results confirm the expectation from original CLIP publications that RNA-binding proteins do not protect their binding sites sufficiently under the denaturing conditions used during the CLIP procedure, and we show that extensive digestion with sequence-specific RNases strongly biases the recovered binding sites. This bias can be substantially reduced by milder nuclease digestion conditions.
LinkOut: [PMID: 21572407]
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Experimental Support 3 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | HEK293 |
Disease | 5452.0 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
"PAR-CLIP data was present in GSM1065667. RNA binding protein: AGO1. Condition:4-thiouridine
"PAR-CLIP data was present in GSM1065669. RNA binding protein: AGO1. Condition:4-thiouridine
... - Memczak S; Jens M; Elefsinioti A; Torti F; et al., 2013, Nature. |
Article |
- Memczak S; Jens M; Elefsinioti A; Torti F; et al. - Nature, 2013
Circular RNAs (circRNAs) in animals are an enigmatic class of RNA with unknown function. To explore circRNAs systematically, we sequenced and computationally analysed human, mouse and nematode RNA. We detected thousands of well-expressed, stable circRNAs, often showing tissue/developmental-stage-specific expression. Sequence analysis indicated important regulatory functions for circRNAs. We found that a human circRNA, antisense to the cerebellar degeneration-related protein 1 transcript (CDR1as), is densely bound by microRNA (miRNA) effector complexes and harbours 63 conserved binding sites for the ancient miRNA miR-7. Further analyses indicated that CDR1as functions to bind miR-7 in neuronal tissues. Human CDR1as expression in zebrafish impaired midbrain development, similar to knocking down miR-7, suggesting that CDR1as is a miRNA antagonist with a miRNA-binding capacity ten times higher than any other known transcript. Together, our data provide evidence that circRNAs form a large class of post-transcriptional regulators. Numerous circRNAs form by head-to-tail splicing of exons, suggesting previously unrecognized regulatory potential of coding sequences.
LinkOut: [PMID: 23446348]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM714642 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / completeT1, repA |
Location of target site | ENST00000342301.4 | 3UTR | AUAUAUAUAUAAACAUAUAUAUAUAUAUAUAUAU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 21572407 / GSE28865 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM714643 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / completeT1, repB |
Location of target site | ENST00000342301.4 | 3UTR | UAUAUAAACAUAUAUAUAUAUAUA |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 21572407 / GSE28865 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 3 for dataset GSM545216 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / miR-124 transfection |
Location of target site | ENST00000342301.4 | 3UTR | AUAUAUAAACAUAUAU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 20371350 / GSE21578 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 4 for dataset GSM714644 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / completeT1, repA |
Location of target site | ENST00000342301.4 | 3UTR | UAUAUAUAUAUAUAAACAUAUAUAUAUAUAUAUAUAU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 21572407 / GSE28865 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 5 for dataset GSM714646 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / mildMNase, repA |
Location of target site | ENST00000342301.4 | 3UTR | UAUAUAUAUAUAUAAACAUAUAUAUAUAUAUAUAUA |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 21572407 / GSE28865 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 6 for dataset GSM1065667 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO1 |
Cell line / Condition | HEK293 / 4-thiouridine, ML_MM_6 |
Location of target site | ENST00000342301.4 | 3UTR | UUUAUAUAUAUAUAUAAACAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAAA |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23446348 / GSE43573 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 7 for dataset GSM1065669 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO1 |
Cell line / Condition | HEK293 / 4-thiouridine, ML_MM_8 |
Location of target site | ENST00000342301.4 | 3UTR | AUAUAUAAACAUAUAUAUAUAUAUAUAUAU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23446348 / GSE43573 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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107 hsa-miR-4307 Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
![]() |
![]() |
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Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
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![]() |
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MIRT091681 | RARB | retinoic acid receptor beta | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT097311 | AGGF1 | angiogenic factor with G-patch and FHA domains 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT099878 | SOX4 | SRY-box 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT114514 | ARF6 | ADP ribosylation factor 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT163479 | WNT5A | Wnt family member 5A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT186633 | COX20 | COX20, cytochrome c oxidase assembly factor | ![]() |
![]() |
2 | 8 | ||||||
MIRT194921 | TNRC6A | trinucleotide repeat containing 6A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT230189 | AKAP17A | A-kinase anchoring protein 17A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT281397 | MAPK6 | mitogen-activated protein kinase 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT328018 | RLIM | ring finger protein, LIM domain interacting | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT354896 | SEC62 | SEC62 homolog, preprotein translocation factor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT361422 | PNRC1 | proline rich nuclear receptor coactivator 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT442526 | MOB3B | MOB kinase activator 3B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT442629 | NUDT12 | nudix hydrolase 12 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT442685 | SLC39A9 | solute carrier family 39 member 9 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT444131 | BRCA2 | BRCA2, DNA repair associated | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT444174 | RBM7 | RNA binding motif protein 7 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT446045 | TPR | translocated promoter region, nuclear basket protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT447984 | LINC00598 | long intergenic non-protein coding RNA 598 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT460527 | S100A11 | S100 calcium binding protein A11 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT466861 | STX6 | syntaxin 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT468806 | SAP18 | Sin3A associated protein 18 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT480269 | C8orf4 | chromosome 8 open reading frame 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT493119 | MKNK2 | MAP kinase interacting serine/threonine kinase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT499168 | YRDC | yrdC N6-threonylcarbamoyltransferase domain containing | ![]() |
![]() |
2 | 8 | ||||||
MIRT500507 | ZBTB34 | zinc finger and BTB domain containing 34 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT503021 | CAND1 | cullin associated and neddylation dissociated 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT505314 | TOR1AIP2 | torsin 1A interacting protein 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT506123 | PMAIP1 | phorbol-12-myristate-13-acetate-induced protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 8 | ||||||
MIRT509346 | CYP20A1 | cytochrome P450 family 20 subfamily A member 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT509446 | POU2F2 | POU class 2 homeobox 2 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT509598 | PEX26 | peroxisomal biogenesis factor 26 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT516008 | GPN2 | GPN-loop GTPase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT516120 | SRPX2 | sushi repeat containing protein, X-linked 2 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT522126 | NELL2 | neural EGFL like 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT523018 | IL1RAPL1 | interleukin 1 receptor accessory protein like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT524015 | DONSON | downstream neighbor of SON | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT526307 | JAKMIP2 | janus kinase and microtubule interacting protein 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT526789 | SGCD | sarcoglycan delta | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT529141 | CLCC1 | chloride channel CLIC like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT531336 | GDPD1 | glycerophosphodiester phosphodiesterase domain containing 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT531573 | ILDR1 | immunoglobulin like domain containing receptor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT531831 | MTPAP | mitochondrial poly(A) polymerase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT534994 | PRR11 | proline rich 11 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT535419 | PDZD8 | PDZ domain containing 8 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT535534 | PAK2 | p21 (RAC1) activated kinase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT536649 | INIP | INTS3 and NABP interacting protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT543498 | MDM2 | MDM2 proto-oncogene | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT545392 | PM20D2 | peptidase M20 domain containing 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT545881 | ZNF200 | zinc finger protein 200 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT547931 | HNRNPR | heterogeneous nuclear ribonucleoprotein R | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT548109 | GDAP2 | ganglioside induced differentiation associated protein 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT549370 | ANKS1A | ankyrin repeat and sterile alpha motif domain containing 1A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT549934 | RPL7L1 | ribosomal protein L7 like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT550455 | MYADM | myeloid associated differentiation marker | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT550640 | AR | androgen receptor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT550815 | FAM229B | family with sequence similarity 229 member B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT551258 | OPCML | opioid binding protein/cell adhesion molecule like | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT551768 | MED21 | mediator complex subunit 21 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT552214 | ATP5S | ATP synthase, H+ transporting, mitochondrial Fo complex subunit s (factor B) | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT555472 | POGZ | pogo transposable element derived with ZNF domain | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT556008 | MZT1 | mitotic spindle organizing protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT557878 | FEM1B | fem-1 homolog B | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT558486 | DBN1 | drebrin 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT560859 | GAL3ST3 | galactose-3-O-sulfotransferase 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT561521 | AZF1 | azoospermia factor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT562090 | KIAA0895 | KIAA0895 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT563065 | ZNF28 | zinc finger protein 28 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT563487 | ZWINT | ZW10 interacting kinetochore protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT564286 | CTCF | CCCTC-binding factor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT565627 | SLC16A1 | solute carrier family 16 member 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT566508 | PAWR | pro-apoptotic WT1 regulator | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT566978 | LBR | lamin B receptor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT567180 | IGFBP5 | insulin like growth factor binding protein 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT568432 | GDNF | glial cell derived neurotrophic factor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT570092 | KANSL1L | KAT8 regulatory NSL complex subunit 1 like | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT570565 | PABPC1 | poly(A) binding protein cytoplasmic 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT571385 | JKAMP | JNK1/MAPK8-associated membrane protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT572053 | GPATCH8 | G-patch domain containing 8 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT572333 | CACNA1A | calcium voltage-gated channel subunit alpha1 A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT574528 | PEG10 | paternally expressed 10 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT575818 | Igfbp4 | insulin-like growth factor binding protein 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT608587 | PPP2R1B | protein phosphatase 2 scaffold subunit Abeta | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT610442 | TSPAN15 | tetraspanin 15 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT614994 | GABRB1 | gamma-aminobutyric acid type A receptor beta1 subunit | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT615014 | ERGIC2 | ERGIC and golgi 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT615078 | CISD3 | CDGSH iron sulfur domain 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT616180 | SYT7 | synaptotagmin 7 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT617191 | CDH13 | cadherin 13 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT617287 | GTF2H3 | general transcription factor IIH subunit 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT618714 | ESD | esterase D | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT621825 | TIMM8B | translocase of inner mitochondrial membrane 8 homolog B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT624139 | DLX3 | distal-less homeobox 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT625991 | IBA57 | IBA57 homolog, iron-sulfur cluster assembly | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT626344 | BLOC1S4 | biogenesis of lysosomal organelles complex 1 subunit 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT634899 | ZNF701 | zinc finger protein 701 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT637848 | SLC2A9 | solute carrier family 2 member 9 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT639514 | FYB | FYN binding protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT642468 | RSL1D1 | ribosomal L1 domain containing 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT653670 | SLC26A7 | solute carrier family 26 member 7 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT655192 | PHAX | phosphorylated adaptor for RNA export | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT657011 | KCNMB4 | potassium calcium-activated channel subfamily M regulatory beta subunit 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT661008 | ABCB11 | ATP binding cassette subfamily B member 11 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT665816 | TMEM161B | transmembrane protein 161B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT683852 | ZNF208 | zinc finger protein 208 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT700436 | PURB | purine rich element binding protein B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT700517 | PTPN14 | protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 14 | ![]() |
![]() |
2 | 2 |
miRNA-Drug Associations | ||||||||||||||||||
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miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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