pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-367 |
Genomic Coordinates | chr4: 112647874 - 112647941 |
Synonyms | MIRN367, hsa-mir-367, MIR367 |
Description | Homo sapiens miR-367 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Associated Diseases | ![]() |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-367-3p | |||||||||||||||||||||
Sequence | 44| AAUUGCACUUUAGCAAUGGUGA |65 | |||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||
Experiments | Cloned | DRVs in miRNA |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | TPPP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | TPPP/p25, TPPP1, p24, p25, p25alpha | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | tubulin polymerization promoting protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_007030 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on TPPP | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of TPPP (miRNA target sites are highlighted) |
>TPPP|NM_007030|3'UTR 1 CCCCCGCTCCATGCCTCGCGGCACTGCCGGTGTCCCCAGAGCAGGGACTCTGTCACCTCGCACTTCATTACATTCCTGTA 81 CTAACTGGGGCAGAACTCAGACGGGTGCCCCAGAGGGGGCTGGGGGGCGGCCAGGCCCAGGCCTCCCTCCTGCCCCTCCT 161 CCTACCGGATGCCCCCAGCACTCCCCTCTCAAACCAGGTTTGGGCCCCAGTTCGCTGACCCTCCTAATACACCTGCCTCG 241 TCCTCAGCCATTTCCAAAGTGTCTCGCGGATCACACCACACTGGGCACGTGGTTTGCAGGTCAAAGGGGCGTTTTAAAGC 321 AGCTGGCTGTCATGGCAACAGGAGGCTGTGCTGACCTCCTGAGCGGCAGACACCTTCCAGGAGCCCTGAGGGTGGCAGGA 401 GCTAACCCCAACCAGCAGGCAACTAACACGGAATTGGCCCCACACCGGACGTGGGAGGTGTCTGTGGGGCCCGAGGCCTG 481 TCCTGTGTGCAGCGGACACCACGGGGCCTTCCTGCTTTCCTGGGCAGAGGGCAGAGTGAGGCCACCTGGCGGGGGTGCTG 561 GGCGCCTGGCACATGTGTGGGGAAGCCGGTCACATGGACACACCTGTGCACACATGCCTACAGGCCAGCTCTGTGCCAAG 641 GGCAACCTAGGTAAAACGAAAGCCGTCAGGGGCAGTGGGCGGCTTCCCGGCTGACCACAGTGGCTTGGACTGTGAGGGTA 721 GAGTAGGCTCGCTTTGCTTTCCTGAGAAGATGCGGTGGCTGCCTATGTTCTCAGAGCGGGTCTGGGAAGATTCAGAATGT 801 CCGGTCCCTGTGGTGTTGCCAGGCAAGAGACACGAAGTGCCGAGACACTCCTCGCCTCACCGCGTGACAGAGCCTCTGCC 881 CGGCCCTCCCGTTCGCCCGTCCTCACTAGCTGCACCCTGTTTGCTCGCAGACCTCCCATTGCCACAGCCCAAGCACCTTC 961 TTCAACTCTCCCAAAATGGCTCAGCCTAACCTCTCCTGGCCAATCCCCCCCGCCGGAGAGCAGGACACTAGGGAGGACCC 1041 CCAGTCCTGCAGTGTCTGTGGGGGTTTCTCTGCCAGCAGGGGGCTGAGCAGAGCCCATCCAGGACACTCCACACTGCCAG 1121 GACACACCCAGGCGGCCCGCCCTTGCCTGTCTGCACCTGGGGAGAAGCCGGCGCTCCTGCTCCCTCCTGGGGAGGCTGAC 1201 GGGTGTGGCCACCCGCTGTCACAATGGCACACTGCCACTGTCCCTTGGCACGCACACAGCCACAGCCACACGTGTGACCT 1281 GCTGGGCCGTGGTTCTGGAGTCTACCTGCGGATGAGCCTGCGGCAGTCCTGGGGAAACTTTTCCAGAGCCTGTTAGCCCG 1361 TGGCTACGGTCAGGCTCTGGCCAGGGCAGAGGGCTGCCCAGGGCCAGGCTCACAGTACAGGAGGGTGGCGAGGCCCCTCC 1441 CTCACTGGCACGCATGAGCACCACCCGCCTCCCCGACTCCCAAGAGTGCACCTGCTGCGGCCACAGCTCCGTGGAAGGAC 1521 TCCCCCTACCTGAGCAGAGCAGAAGCCCCAGGGCGGAGCTCCCAGCCAGCATGGTCCGCTGAGGGCTGGGGGGCGGTCTC 1601 CGAGGCCCCTCAACAGAGAAGCCTCCACCTGAGGATGGGGAGGACCTGGCAGGCAGCTTCCACGGCAGGGCTGGGAAGTT 1681 CAGTGCCTGGAAATAAAGAGCAAGGAAAAATGGACCTCAGGCTTCGTGGCTCCTTTAGGATGTCACCTCACCGGCCTGGG 1761 GAAGGCGGGGGGTGCCCAAGCCCAGCCCTGTGCCCCCGCTGAACCTGGCTGGACCGCGTGTGAAAGGCAGAACTAACGTG 1841 CGGAAACATTTGAAAACAACTCTGAATGTGCGGTTCGGAATCACCCGATCACAGACGAGCGGTCACCGGAATCGCCCGGT 1921 CACAGACGAGCAGTCATCGGACTCACCCGATCACAGACGAGCGGTCACCGGAATCGCCCGATCACAGACGAGCGGCCACC 2001 GGAATCGCCCAATCACAGACAAGCAGTCATCGGAATCACCCGATCACAGACGAGCAGTCATCGGACTCACCCGATCACAG 2081 ACGAGCGGTCACCAGACTCGCCCGATCACAGACGAGCAGTCATCGGAATCACCCGATCACAGACGAGCAGTCATCGGACT 2161 CACCCGATCACAGACGAGCGGTCACCAGAATCGCCCGATCACAGACGAGCAGTCATCGGAATCACCCGATCACAGACGAG 2241 TGGCCACCGGAATCACCCGATAACAGCCCATCACAACTCCAAAGCCCTTGTGTTGAAAAGGCCGAGGACGAGTGGTCACC 2321 AAACAGGGTGGCTCCCCAGGTCCCGAAGCCTGAGACCCGGAAGGCCCTGGCACCCTTACACCCTCGGACTCCTGCCCTCC 2401 TCGGCCTCCCTGGCCCCAGCGCGGCTCCACCCTGGGCTGCGTCTCCTGGTCACAGGCTGCGTTTCTCCTTTCTGTCCGTG 2481 GGCAGCCCAGTCCCCACAGTCACGGCCAAGCCACGCAGAACGAACATGACTCCAGAGGACCTCGCCCTGGAGCTGAGCCT 2561 GGCGCCGGGTCAGGACGGAGGGAAGGGCGGGTTGGGGTCCGCGGGTCCTCACACCGCACGGCAGGCACAGAGGCTCGCCA 2641 GGCCCTGATCCGGTCTGTGGGGACGAGGGACACTGAGGAGAGGTGCTGGGCACCAGGACGCTGCCTCCTGGTCCCTGGTT 2721 GGCCTCAGACAAGCACGGCCTCGAGAAAAGAGCCAAGCGCATCGGGAGCACACCAGAAACCGGCCCTGAGCACGAGAAGA 2801 GCCTCCGCCCGGCCCGGGCACCACCCGACCTCGCAGGGAGCAGGCCCTGTCACCGACGGGTCACCTCGCCCACACGGCCA 2881 GCACCGACTCACCACAGCCCTTCCCAGACCTGGCTGGAGTGGCCGGAGCGGCGGGGCTCATGGCTCCCATCTTGGCCCCT 2961 GGAGGTGAGCTCATTCACAGAAGTGGTCCCTTCACTCTGAGAGAGAAAATCGTGGCGTGCATCCCAAACCCTAGGCCACG 3041 CCTGTGGGTTTCGTGAATGAGATCGAGGCTGCTGTGGCACCCTGCCCGTCCTGGCCTGGAGCACCCTGGGATCCTGGAGG 3121 GAGAGGCCCCACGCCCCCACTCTCCCTCCACACTTCCAGGGTTGGTGCCCACGAGTTAGAGGCACGCCCTCCCCCAGCGG 3201 CCCTCAGGCTTTTCTCAGACATGCGGGAGCCAGGAGAGCACCCTTCTCCACTCAGCTCCAAAGCGAATCTTTGAAAACAC 3281 CCACTCGGCTCCCATCTCTGTCACCTAGCCAGGAGGGGTAGCAAAAATAAAGTCACGAGGACATAGTGGTCACCACTGTC 3361 AGTTACAACTTGTCTGTGGAATCCGTAATTGCATCTGTGTGCCGCCTCCGAACACAGAACATTGTTTGGACGGCAGCCCC 3441 ACTGCACATAACAGACCCGTGCATCTTCCTCAGTCAGTTTCTGAATATTGTGAATTCAGGCAGGTGTGTGTTCTCTTCTG 3521 CATGTTTTTATGCACTGCCAATTAGCTTCTACTAACCACGGTTCAACAGAAAATAAATGTGTATTTGTGAATAACAAACT 3601 GCACAACCTGCAAACCAGGAGAGAGGGACAGGTTCTGTCAGGGGTGACACCAGGACACAGGGACAGGTTCTGTCGGGGGT 3681 GACACCAGGACACAGGGACAGGTTCTGTCATGGGTGACACGAGGACACAGGGACAGGTTCTATCATGGGTGACACCAGGA 3761 GAGAGGGACAGGTTCTGTTGGGGGTGACAAGAGGAGACAGGGACAGGTTCTGTCGGGGGTGACACCAGGAGAGAGGGACA 3841 GGTTCTGTCAGGGGTGACACCAGGAGAGAGGGACAGGTTCTGTTGGGGGTGACACCAGGACACAGGAATAGGTTCTGTCG 3921 GGAGGACAGTGCTGATCGTGTCTCAGCATCAGGAAAGGAGAAAGGCAGAGGGAGAGCGCTGAGAAGACTGTTCACGCCAG 4001 AGTGCTTATTTATTTTTAATTTACTGCTATAGGATAAGCAACCAGGTAGTGTTCCTAACAATTAGCGTTACCAAAATTAA 4081 AGTTCAAATTATATGTTTAAAATATTGTAGAAGATATATATTTATACTGGACTACTTTTACACCTTCTAATATCCTGTCC 4161 AAGTTTGGGCGCAGATGGTGGAGTTGGGCTGGCATCATGTCCTGTGGCCGCCCCACTTGCCTGTTGGTGCCACTCCATCC 4241 CGGGCCCCAGGGATGCCAGCTCAGGGCTGACCACAGCAGCCCTGCGTGGGCATCACCTCCTACCCCAGCCCCCATCCTGG 4321 GCTGCTGCGGCCGCCTGCTTTTGTGAATGGTGTTTTGTTGGCACAGGGCCTGTCCTGTGTTTTCACACAGGCCTGTGGCT 4401 CCTGCTGTACAAGTGGAGTGGGGAGGAGTTGAGATGGAGATGCCTTGGCCCTGGACACTTACCTGTCCCTCTACTGGCCC 4481 AGCTCATCTCCTCCTGTGGGCAATCACGCGTGCACTGGCCACCCTCCCACCCCACAGCACACACCACGAGGGGATGGCAC 4561 AGGGGGAAGATGAGGCTGGACCGTGATGTTATCAATAGGCTAGAACGTCCTTCAAACACTGAACCTGCATCTTTCCTCCT 4641 CTTACTACTGAACACTTTGTGAGCTCTGGTGGTCCAGGGTGCAGCGTTTGTCCCTGGGCATGTGATGGGGAGTCCTGGGC 4721 ACATCGAGATGCTTTACTTCTTTCTTTCGACCTCTTAAAAAACTAAACCAAGCCAAACCACAAAGGAAATCTGCACAACT 4801 TAAGAGAAACTTGAAAGGGATCGTGTAACTACTAGTTTGTACTAAGTTTTTTTCAAGAAAGGGAAACAAATTTATATATA 4881 TATATATATATATATATGTGCAATATATTTTTACACTGTGTGATTAACATTAGGGAGTACTGAGTGCATCACTTTATCAG 4961 TGTGACGGGTGATGTCCACGTCATGGCTGTTCTGACTCTGAAAGCCACTTCTGCTGATGTCTAAACCGCACTCACCGCGG 5041 ACGTCCGCGGGGTGGGGTGGCCCTGCTGTTCCTCCTGCAGGTGAGAGGTGTGGTGTTGCCTGTTGGACTTGCTGTTGAGC 5121 CTGGCTTGCAAACCTGTAGTGAAACAGCTCGTGTCTGTGTGCACACTGCTCCTGTGTCTGCTGTCGTTAACATTGTGTGT 5201 CAAGTTGGTAAAGTGACAAATAAAGGTGTTAAAACATGGAAAAAAAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | HEK293 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
PAR-CLIP data was present in GSM545216. RNA binding protein: AGO2. Condition:miR-124 transfection
... - Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al., 2010, Cell. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al. - Cell, 2010
RNA transcripts are subject to posttranscriptional gene regulation involving hundreds of RNA-binding proteins (RBPs) and microRNA-containing ribonucleoprotein complexes (miRNPs) expressed in a cell-type dependent fashion. We developed a cell-based crosslinking approach to determine at high resolution and transcriptome-wide the binding sites of cellular RBPs and miRNPs. The crosslinked sites are revealed by thymidine to cytidine transitions in the cDNAs prepared from immunopurified RNPs of 4-thiouridine-treated cells. We determined the binding sites and regulatory consequences for several intensely studied RBPs and miRNPs, including PUM2, QKI, IGF2BP1-3, AGO/EIF2C1-4 and TNRC6A-C. Our study revealed that these factors bind thousands of sites containing defined sequence motifs and have distinct preferences for exonic versus intronic or coding versus untranslated transcript regions. The precise mapping of binding sites across the transcriptome will be critical to the interpretation of the rapidly emerging data on genetic variation between individuals and how these variations contribute to complex genetic diseases.
LinkOut: [PMID: 20371350]
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Experimental Support 2 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | HEK293 |
Disease | 11076.0 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
"HITS-CLIP data was present in GSM714642. RNA binding protein: AGO2. Condition:completeT1
"PAR-CLIP data was present in GSM714644. RNA binding protein: AGO2. Condition:completeT1
... - Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al., 2011, Nature methods. |
Article |
- Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al. - Nature methods, 2011
Cross-linking and immunoprecipitation (CLIP) is increasingly used to map transcriptome-wide binding sites of RNA-binding proteins. We developed a method for CLIP data analysis, and applied it to compare CLIP with photoactivatable ribonucleoside-enhanced CLIP (PAR-CLIP) and to uncover how differences in cross-linking and ribonuclease digestion affect the identified sites. We found only small differences in accuracies of these methods in identifying binding sites of HuR, which binds low-complexity sequences, and Argonaute 2, which has a complex binding specificity. We found that cross-link-induced mutations led to single-nucleotide resolution for both PAR-CLIP and CLIP. Our results confirm the expectation from original CLIP publications that RNA-binding proteins do not protect their binding sites sufficiently under the denaturing conditions used during the CLIP procedure, and we show that extensive digestion with sequence-specific RNases strongly biases the recovered binding sites. This bias can be substantially reduced by milder nuclease digestion conditions.
LinkOut: [PMID: 21572407]
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Experimental Support 3 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | HEK293 |
Disease | 11076.0 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
"PAR-CLIP data was present in GSM1065667. RNA binding protein: AGO1. Condition:4-thiouridine
"PAR-CLIP data was present in GSM1065669. RNA binding protein: AGO1. Condition:4-thiouridine
... - Memczak S; Jens M; Elefsinioti A; Torti F; et al., 2013, Nature. |
Article |
- Memczak S; Jens M; Elefsinioti A; Torti F; et al. - Nature, 2013
Circular RNAs (circRNAs) in animals are an enigmatic class of RNA with unknown function. To explore circRNAs systematically, we sequenced and computationally analysed human, mouse and nematode RNA. We detected thousands of well-expressed, stable circRNAs, often showing tissue/developmental-stage-specific expression. Sequence analysis indicated important regulatory functions for circRNAs. We found that a human circRNA, antisense to the cerebellar degeneration-related protein 1 transcript (CDR1as), is densely bound by microRNA (miRNA) effector complexes and harbours 63 conserved binding sites for the ancient miRNA miR-7. Further analyses indicated that CDR1as functions to bind miR-7 in neuronal tissues. Human CDR1as expression in zebrafish impaired midbrain development, similar to knocking down miR-7, suggesting that CDR1as is a miRNA antagonist with a miRNA-binding capacity ten times higher than any other known transcript. Together, our data provide evidence that circRNAs form a large class of post-transcriptional regulators. Numerous circRNAs form by head-to-tail splicing of exons, suggesting previously unrecognized regulatory potential of coding sequences.
LinkOut: [PMID: 23446348]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM714642 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / completeT1, repA |
Location of target site | ENST00000360578.5 | 3UTR | AAACAAAUUUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUGUGCA |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 21572407 / GSE28865 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM545216 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / miR-124 transfection |
Location of target site | ENST00000360578.5 | 3UTR | AAACAAAUUUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUGUGCAAUAUA |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 20371350 / GSE21578 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 3 for dataset GSM714644 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / completeT1, repA |
Location of target site | ENST00000360578.5 | 3UTR | AAACAAAUUUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUGUGCAAUAUAUUUUUACACUGU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 21572407 / GSE28865 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 4 for dataset GSM1065667 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO1 |
Cell line / Condition | HEK293 / 4-thiouridine, ML_MM_6 |
Location of target site | ENST00000360578.5 | 3UTR | AAACAAAUUUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUGUGCAAUAUAUUUU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23446348 / GSE43573 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 5 for dataset GSM1065669 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO1 |
Cell line / Condition | HEK293 / 4-thiouridine, ML_MM_8 |
Location of target site | ENST00000360578.5 | 3UTR | AUUUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUGUGCAAUAUA |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23446348 / GSE43573 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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255 hsa-miR-367-3p Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
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Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
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![]() |
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MIRT055315 | DUSP5 | dual specificity phosphatase 5 | ![]() |
![]() |
2 | 8 | ||||||
MIRT055791 | PLEKHA1 | pleckstrin homology domain containing A1 | ![]() |
![]() |
2 | 12 | ||||||
MIRT057114 | DDIT4 | DNA damage inducible transcript 4 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT059663 | GATAD2B | GATA zinc finger domain containing 2B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT059926 | ZDHHC5 | zinc finger DHHC-type containing 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT061610 | BTG2 | BTG anti-proliferation factor 2 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT066478 | HMGA2 | high mobility group AT-hook 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT069388 | ZFYVE21 | zinc finger FYVE-type containing 21 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT069972 | GEMIN2 | gem nuclear organelle associated protein 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT074764 | CNEP1R1 | CTD nuclear envelope phosphatase 1 regulatory subunit 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT076199 | GID4 | GID complex subunit 4 homolog | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT077512 | UBE2Z | ubiquitin conjugating enzyme E2 Z | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT077903 | TOB1 | transducer of ERBB2, 1 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT082250 | MED29 | mediator complex subunit 29 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT082434 | CIC | capicua transcriptional repressor | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT082474 | PPP1R37 | protein phosphatase 1 regulatory subunit 37 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT082778 | ZNF264 | zinc finger protein 264 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT084533 | BCL2L11 | BCL2 like 11 | ![]() |
![]() |
2 | 8 | ||||||
MIRT085309 | UBXN4 | UBX domain protein 4 | ![]() |
![]() |
2 | 8 | ||||||
MIRT086365 | SSFA2 | sperm specific antigen 2 | ![]() |
![]() |
2 | 8 | ||||||
MIRT087455 | NF2 | neurofibromin 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT088865 | FOXN2 | forkhead box N2 | ![]() |
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2 | 12 | ||||||
MIRT092185 | ITPR1 | inositol 1,4,5-trisphosphate receptor type 1 | ![]() |
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2 | 6 | ||||||
MIRT092326 | EDEM1 | ER degradation enhancing alpha-mannosidase like protein 1 | ![]() |
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2 | 6 | ||||||
MIRT093533 | GALNT7 | polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 7 | ![]() |
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2 | 6 | ||||||
MIRT096935 | PAPD7 | poly(A) RNA polymerase D7, non-canonical | ![]() |
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2 | 8 | ||||||
MIRT097026 | MAP1B | microtubule associated protein 1B | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT099137 | MYLIP | myosin regulatory light chain interacting protein | ![]() |
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2 | 6 | ||||||
MIRT099905 | SOX4 | SRY-box 4 | ![]() |
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2 | 12 | ||||||
MIRT102289 | DNAJB9 | DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member B9 | ![]() |
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2 | 10 | ||||||
MIRT102507 | KLHDC10 | kelch domain containing 10 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT102891 | INSIG1 | insulin induced gene 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT109188 | VMA21 | VMA21, vacuolar ATPase assembly factor | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT124567 | PRRC2B | proline rich coiled-coil 2B |