pre-miRNA Information | |
---|---|
pre-miRNA | hsa-mir-3135a |
Genomic Coordinates | chr3: 20137565 - 20137641 |
Description | Homo sapiens miR-3135a stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Mature miRNA | hsa-miR-3135a | ||||||||||||||
Sequence | 10| UGCCUAGGCUGAGACUGCAGUG |31 | ||||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||||
Experiments | Illumina | ||||||||||||||
Editing Events in miRNAs |
|
||||||||||||||
SNPs in miRNA |
|
||||||||||||||
Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
---|---|
Human miRNA Tissue Atlas | |
Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Gene Symbol | IKZF3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | AIO, AIOLOS, ZNFN1A3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | IKAROS family zinc finger 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_012481 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_183228 , NM_183229 , NM_183230 , NM_183231 , NM_183232 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on IKZF3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of IKZF3 (miRNA target sites are highlighted) |
>IKZF3|NM_012481|3'UTR 1 ATATCTGGTCTCAGGGATTGCTCCTATGTATTCAGCATCGTTTCTAAAAACCAATGACCTCGCCTAACAGATTGCTCTCA 81 AAACATACTCAGTTCCAAACTTCTTTTCATACCATTTTTAGCTGTGTTCACAGGGGTAGCCAGGGAAACACTGTCTTCCT 161 TCAGAAATTATTCGCAGGTCTAGCATATTATTACTTTTGTGAAACCTTTGTTTTCCCATCAGGGACTTGAATTTTATGGA 241 ATTTAAAAGCCAAAAAGGTATTTGGTCATTATCTTCTACAGCAGTGGAATGAGTGGTCCCGGAGATGTGCTATATGAAAC 321 ATTCTTTCTGAGATATATCAACCACACGTGGAAAAGCCTTTCAGTCATACATGCAAATCCACAAAGAGGAAGAGCTGACC 401 AGCTGACCTTGCTGGGAAGCCTCACCCTTCTGCCCTTCACAGGCTGAAGGGTTAAGATCTAATCTCCCTAATCTAAATGA 481 CAGTCTAAGAGTAAGTAAAAGAACAGCCATAAAATAAGTATCTGTTACGAGTAACTGAAGACCCCATTCTCCAAGCATCA 561 GATCCATTTCCTATCACAACATTTTTAAAAAATGTCATCTGATGGCACTTCTGCTTCTGTCCTTTACCTTCCCATCTCCA 641 GTGAAAAGCTGAGCTGCTTTGGGCTAAACCAGTTGTCTATAGAAGAAAATCTATGCCAGAAGAACTCATGGTTTTAAATA 721 TAGACCATCATCGAAACTCCAGAAATTTATCCACTGTGGATGATGACATCGCTTTCCTTTGGTCAAGGTTGGCAGAGCAA 801 GGGTATAAAGGGGGAAATTGTTTGGCAGCACCAACAGAAAACAAACAAACAAAAAACAGCTACCTAAAACTTCTTGAAAG 881 AGTTCATGGAGAATTGGTGATACAGACCCAAAGCAAATTTGCCAATGATATTTTCCACAAAAAAAGTCCAAAAAGTATGG 961 CTCAGCCTCCCCCTCCCCACAGGAGAGGAATTGGAGATAGATGGCATGTGTGTTTAGATCGGAGTTGAGCTCCGGAATGG 1041 GGTGAGGAGGGACACCTCTATTGAGAGGTTCTCCTTGATCAGGCAGGCTTCGGCCCTTTTTTTCCCATTTAAATGGAACT 1121 GCTGTATTCCATGAAAATTCCTGAAAGTCTGATCACGGTTCTGCAGATGTATAAGTCATCCTTGTCACTCATAATATGTA 1201 CATACTATCAGGAGGAGTGCTGTTATCATGGTAAAATTAGCACTGGAATAGGAGGTCACAAAATGCTGGCTAATTAGCTA 1281 TGTGACTTTGAGAAATCGTTTAACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGGATCTCACTCTGTTGCCCAGGCTGGAGT 1361 GCAGTGGTGCAATCATGGCTCAGTGCAGCCTCGACCTCCCCAGGCTCAGGTGATCCTCCCACCTCAGCCTCTTGAGTACT 1441 GGGACAACAAGTGCACACCACCATGTCTGGCTACATTTTGTTCTTTTTGTAGAGATAGGGGTCTCACTATGTTGCCCATG 1521 CTGGTCTTGAACTCCTGGGCTCAAGCAATCAGCCCGCCTCAGCCTCCTAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACCAC 1601 ACCCAGCCTTATTTAACTCTTAAAACTCAGTTTCCGGCCAGGCTCGGTGGCTCACACCTGTAATCCCAACACTTTGGGAA 1681 GCCGAGGCAGGCGCATCATTTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGACCCACATGGTGAAACCCTGTCTCTACTAAAAA 1761 TACAAAAATTAGCTGGGCAGTAGTGGCACATGCCTGTAATCCCAGCTACTCCGGAGGCTGAGGCAGAAAAATCGCTTAAG 1841 CCTGGGAGGTTGAGGTTGCGGTGAGTGGAGATCACACTACTGCACTCCAGTCTGGGCGACAGAGTGAGACCCTGTCTCAA 1921 ACAAAACAAAACAAAAACAAACAAACAAAAACAAAAAAAACTCAGTTTCCTCATCCATAAAATAGGAATTAGATTTCAAT 2001 GTTCTCTTAGGTCCCTTCTAGCTTTAATTCATATGTGATTATGCAGTAACCACAAGGTATTTTTTAAACCTCCTAATGTA 2081 TGGATATTAAGCAGAAGAGTATTTATATGAATACATGTTTCACATTCCTTTGGTATGAAAATGGTGTGTTAAGTTTTTCC 2161 TTTAACCACTGAGTTGTGAATGTGAAGAAGGTGGTGGAGAGGAACAAAAAACAGAAAGGTATTTTGATCTTGCCACAAAG 2241 CATACACACAAATTGGCACATGCAGCTGTTTGCCAAAGCCTTCTTTTTTTTTTTACTTTTTAAGAAATTATGTTAGGGAA 2321 AATAAATTCTGCTTCCAGGGACAACTTCATGGAGCCTATTTACAAATTAAGAGTCAGCTTAATTTGTAACATTTCTACCA 2401 GAGCCAAGAATCCCAAATTCCTGGTAGATTAGTGTTTTATTTCTAAGGGGCTTATGCATTCGGCTCCAACTCAACTCGTC 2481 TATGTGCTGCCAGTAATTAAAATGTTCCACCTCAGACTGCACAAATGGCTTATCCTTCTTTGTGGCATGGCGTCTGTCTC 2561 AGGAAAAAAGGTTTTATGAAATTCCATGGCAACAGTCCCAACATGTTTGAGACTTCAGCTAAAGGAATGGATGTATTTTG 2641 GTGTGTAGTCTTCAGTATATCACTGTATTTCCGTAATACTAGACTCCAAGCTATGCCAGATTGCTTATTCCCTTTGTGAA 2721 AGAGGAGTTGCTCATTACGTTCTTGAAATATCGCACATCCTGTTGGTTCTTCAAGGGACAAGAGAAAGAGAATTTGGAAG 2801 CAGGGATTAGTAGAAGAGAAAACGAGGGAAAGGAAGCCTTTCCACCAGATTAGTGTTCAAGTCTTTGCAGAGGAGACCAA 2881 CTTTTTTTGTTTTCTTTTGTTTTGAGACAGTCTCTCGCTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCGATCTCGGCTCA 2961 CGGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGTGCTCACCACC 3041 AAGCCCGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAAGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCCAGTCTCAAACTCCTGACCTCA 3121 GGTGATCTGCCCGCCTTGGCCTCCCACAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCTACCGCACCCAGCCTGAGACCACCTTTTG 3201 CATCTCAAGATTGTGAAACCAAGGCCCATTCCACCAGCCTGGGGACTCTTTTTATAGATATGATCCTCCTTTTTCCTGTG 3281 ACTAATGAATTTGCTGCATGATTTCTATTCTTCTGAGGTTAGTTTTCTGAGTAAGGTGACCACTCACAAAGGCACTTTCT 3361 TTGTGGCATTCTGAGCCTAGATTGGGGCCCATCAATTCCAGAAAAAATTTATGTGTGGAAACTCTGCATCCTTAAGTCTT 3441 GAAGTTGAACCAGATATGCAGTGGTTACCATCACACAGATAAACGCTGCCTTCTGTACATACCCCTTATGCTGTACTAAT 3521 TAACAAACCCCTTGCCAGGGCTGGGGAGGTGAGGGTGAAGGAGAATCTTAGCAGAAGGGCAGAGTCAGGACTTGCATCTG 3601 CCACTGCTGGGCACTGAAGCCCTGGAGCAGCTTCAGATAGTACCTGTACTTTCTCATGCAGACTCCCTCTGAACAAGAGC 3681 CTTGTAGGCCCCTCTCCTTCATTTCCCACCAGCCTCTTATCAGGCGGGCTTTCCACCATACACCCAGGAGGCCACGGTCT 3761 GAGGAACAACCAAACCCATGCAAAGGGCCGGGCGCGATAGCTCACGCCTGTAATGCCAGCACTTTGGGAGGCTGGGGCAG 3841 GCAGATCACCTGAGGTTGGGAGTTCGAGACCTGCCTGACCAACATGGAGAAACCCCCATCTCTACTAAAAATACAAAATT 3921 AGCCGGGCGTGATGGCACATGCCTGTAATCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCG 4001 GAGGTTGCGGTGAGCCGAGATGGCACCACTGCACTCCAGCCTCGGCAACAAGAGCGAAACTCTGTCTAAAACAAAAACAA 4081 ACAAACAAACAAAAAAACCCAGGCAAAGTTTCCTTGCAGCCAAGGTGACAGAACTGGGCTGAGGGTGGAAAAGAAACAGA 4161 ACCAGTGCTCCAGGTGTTTTTTAATTTTTTAATTTATTTTTATTTTTTTTGTATATGTATATATATGTATGTATATTTTA 4241 GAGGACCAGGGTCTCACTATGTTGCCTAGGCCAGACTCAAACTCCTGTGCTCAAGCAATCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTA 4321 GCTGGGATTACAGGCATGCACAAACAATGCCCAGCTCTCCAAATGTTTTCTGTCACTACCTGAAGTGTTGCATCGGTACT 4401 TCCTACGGAAAGAAAACTAAATAGAAGTGTCTCTCCCGTGAGCCCCCACCACTACCACCAGAAAAAAAAAAGAGAGAAAA 4481 TGAACTCATCAGTCTTTAGTTTCCTCAAGTTATTCTCCCAAAAAGACATTCGCCTTGGCACAGATAAGCCAGCTAATCTT 4561 ATGCTTTATGACCCACTGTGAGCTGTTCCTGACACAGCTTCTGACTTTGTCAGTGACAAAATTTCTCACCTTTTAAATGC 4641 AGTGCTTAACATTTTGTTAGGCCCATACTCAAAATCGGCCAGATATAAAATGACCTCAGATTTTGATCTCCTAGGCTCAA 4721 ACAATCCTCCTACCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTATAGGCACACCACCATGCACAGCTAATTTTTTTTGTATTTTT 4801 CTGCAGAGATGGCGTTTCGCCATACTGCCCAGGCTAGTCTCAAAATCCTGGGCTCAAGCAATCTGCCCACCTCAGCCTCC 4881 CAAAGTGCTGGAACTACAGGCAAGAGCCACTGCGCCCAGCCACAACCTCAGATTTCTTTGGCAAACAGAAATGTTTAAAA 4961 ACACAAAATTTTGCTCAGGTGAAACACTGTGTTACTATCAAATCTCACATCCACATAAAGTTTTTCTTTTCGGCTTTGTT 5041 TCGTGAGGAACAGACAGAACAAAGTTTTTCCAGGTAGCATCTGTATCACTATTATTCTCCTATTTCCTGTACCACCCCCA 5121 CCTCCCCAAGCCCTACTGAATGTGAGGTTTAGAATGTTTTAAGGAGGGTCAGGTGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAG 5201 CACTTTGGGAGGCCAAGGCGGGCGGATCACCTGAGTTTGGGAGTTCGAGACCAGCCTGACCAACATGGAGAAACCCTGTC 5281 TCTACTAAAAATACAAAATTAGCCAGGCGTGGTGGCACATGCCTGTAATCCCAGCTACTTAGGAGGCTGAGGCAGGAGAA 5361 TCGCTTGAACCCAGGAGGAGGAGGTTGTGGTGAGCCGAGATCGTGCCATTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGTGAGACT 5441 CCATCTCGAAAAAAAAAATACAAAAATTAGCTGGGTGTGGTGGTGCACACCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGACG 5521 CAGGAGAATTGCTTGAACCTGGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCATTGCAATCCAGCCTGGACAACAGA 5601 GTGAGACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAGAATGTTTTAAGGAAAAAAATAGTACTGTTACATATAATCCCAGGTGA 5681 TAAGACCACAATGGAAATGTTTAAGTCCTCACTTTAAAGAGTACCCCACTGAGAAGAGGTATGTTGGACTCTAGCAGAGA 5761 TTTGGAAACTCTGGGACACTCAAGATGTGAAAGAGCCTGGCTATCTGAGGACTCAAAGAGTCAGCATCGGGACTTGTGAG 5841 CTCAAGAAGAGAAAAGGGAGTGGTGAAACTTTGTCCTAAAAGTTAGCACCAGGAACAGAAGAAAAAAACCCGATATATAG 5921 TGATACCTCATCTTTTAGAGAATGGGAAGCTATTTTTGTGTTCACACAGAAAGTATAGTTCAAAAAACCTCTATATCCAG 6001 AGTTCAGACAAGGAGAATGATTTGAGATATAAGTGCCGATGAAGGAGGTCAATTTTGATCTGAAACCAGCAGCTGGACCT 6081 GGGCCACCTCAGGAAAAGGACTCTGTTCTCCAAGGCAGCACGACTGAATGGTTCTGAGAATAAGCCAGGGTTCAGGACTC 6161 CTGACCCTTTAGGACCATGGACTCAGAAGAGCCTGAAGGACAATTGTGGGCTTTAAACTTCTGAGAGCTTGTAAAGTAAC 6241 ACAAGACTGTGCCTCTCCCTTGCCCCAGCTGTAGATAGTCTTTGCCCCACCATTGTTATGAAGATACACAGGGTTTTGCA 6321 GTTTGAATAAATTGGATACAAGTTTCCTCTTTTTTTTTTTCTTTTTGAGACAAAGTCTCGCTCTGTTTCCCCAGGCTGAG 6401 TGCAGTGGCACAATCAAGGCTTACTTGCCGCCTCAACCTCCTGGGCTCAAGCAACGAGCCATCCTCCCGTCTTAGCCTCC 6481 CAACTAGCTGAGACTACAGGCGTGGGTCACCACACCCAGCTAATTTTTGTACTTTTTGTAGAGACAGGGTCTCACCATGT 6561 TGCCCAGGCTGGTCCTGAACTCCTGGGCTCAAGTAATCTGCCCACCTCAGCCTCCCAAAGTGTTGGGGTTACAGGCGTGA 6641 GGCACCGCGGCTGGCCTGAGTTTCTTCTTAATACTGTATCACAATTGTGGGCTGTCTTATGTGTTGATATCGATTGAGCT 6721 ATTTGAAATAGGAATGTTAATGGGTGTATTAAATTTTTGTAAGGATATAACAATATCTACCTTCCAAGGATGTTGTGAGG 6801 TTTTCCATGATTTTGTATATGAGCTAATGTTACCTTTGAGGGGTGGTGTGCATTATGTTGGATGATTGTAAATTTTCAGT 6881 GGAAAATGTACCGTGTCCTAAATTTAAAGACATGAAAAATATCCCAAGATCATACTAGATCATAATAGCAATTCCTTTAC 6961 AAATGAATTATGGAGGTAACTGATCTCTAACAGTTTCCTTCATGTTGTTTTAATGCACAAGGGCAGAGGATCTGCTGACC 7041 CTTGGAACCAGCGTGAGCTAACCACGTGCTATAGACACTTCATGGTGTCGCACCCAGGGAAGTCAAAGCGCTTTGCTCCC 7121 TCACTGTCTGTGAGTCCTCAGCCATTAGTACCCCACCCCCCGCTGCTCCAAAACTTGAGTTATTTCAAATGTTTCTCACT 7201 GTTCATCTCTCCACTGACCCCACTCCAGAAAGCCTGGAGAGAGTCCCAAGATGCCACCCACCTTCCCCAATCCCTCGCCA 7281 CAGATCTGTGTCTATCTCACACTCTGTAAGTGCCGCTTTGCTTCTTCCTCTCTTGAAAAGACTGAGAACACACATTTTAA 7361 CATGTTAGGAAAATGGGGCAGCCTAAAAAATGACTGATCCCACCGCCAGTGACTCATGTATACTCCAGGCTAGCAGACAA 7441 GGCCCTTTTTGGTGGGCCTGCTTCTGTGGGTTCACAGAAACCAAATTACTGTGGGTTGCAAAGAATTAGCAGGTCATTTA 7521 CAAAGCAGACATCCCTTCACCCAGACTGTGGTTTTGCATGCTCAGGTTCTCAGTCTATGAGCTTTGGTGCAGGATCATTT 7601 TGGCTACTGGAAAAACCATAGCTTATTTTAAATTTCTGGTTGCCAAAGCCACCACACGTGTGGTCTGTGGATGACCATTG 7681 TCTGCAGAATGACGAGGAAGGAACAGAATGTGGTTTGGGGCTCAGGGTGGCCTTCCCACTGGGAGGGAAGGCGGGAGGGA 7761 GCCCTTGCCCTGGGTTTTGACACAGCCTGTGCTCACAGCCTCTCCTCTCATCTGCATTTCTCAGAAATGCCCTCCCTGCC 7841 CAGTGGTGACTTTCCCTCGTCACTCCTATGGAGTTCTACCTGGAGCCCAGCCATGTGTGGAACTGTGAAGTTTACTCCTC 7921 TGTAAAGATGGTTTAAAGAAAGTCAGCTTCTGAAATGTAACAATGCTAACCCTTGCTGGAACCCTGTAAGAAATAGCCCT 8001 GCTGATAGTTTTCTAGGTTTATCATGTTTGATTTTTACACTGAAAAATAAAAAAATCCTGGTATGTTTGAAATTAAAAAA 8081 AAAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DRVs in gene 3'UTRs |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in gene 3'UTRs |
|
Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
---|---|
miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
|
Conditions | HEK293 |
Disease | 22806.0 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
"PAR-CLIP data was present in GSM1065669. RNA binding protein: AGO1. Condition:4-thiouridine
... - Memczak S; Jens M; Elefsinioti A; Torti F; et al., 2013, Nature. |
Article |
- Memczak S; Jens M; Elefsinioti A; Torti F; et al. - Nature, 2013
Circular RNAs (circRNAs) in animals are an enigmatic class of RNA with unknown function. To explore circRNAs systematically, we sequenced and computationally analysed human, mouse and nematode RNA. We detected thousands of well-expressed, stable circRNAs, often showing tissue/developmental-stage-specific expression. Sequence analysis indicated important regulatory functions for circRNAs. We found that a human circRNA, antisense to the cerebellar degeneration-related protein 1 transcript (CDR1as), is densely bound by microRNA (miRNA) effector complexes and harbours 63 conserved binding sites for the ancient miRNA miR-7. Further analyses indicated that CDR1as functions to bind miR-7 in neuronal tissues. Human CDR1as expression in zebrafish impaired midbrain development, similar to knocking down miR-7, suggesting that CDR1as is a miRNA antagonist with a miRNA-binding capacity ten times higher than any other known transcript. Together, our data provide evidence that circRNAs form a large class of post-transcriptional regulators. Numerous circRNAs form by head-to-tail splicing of exons, suggesting previously unrecognized regulatory potential of coding sequences.
LinkOut: [PMID: 23446348]
|
CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1065669 | |
---|---|
Method / RBP | PAR-CLIP / AGO1 |
Cell line / Condition | HEK293 / 4-thiouridine, ML_MM_8 |
Location of target site | ENST00000346872.3 | 3UTR | CUCAAACAAUCCUCCUACCUCAG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23446348 / GSE43573 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | ||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
39 hsa-miR-3135a Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
![]() |
![]() |
|||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
|||||
MIRT092740 | SETD5 | SET domain containing 5 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT098840 | PCMT1 | protein-L-isoaspartate (D-aspartate) O-methyltransferase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT462095 | TMEM214 | transmembrane protein 214 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT467617 | SLC7A5 | solute carrier family 7 member 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT471258 | PGM2L1 | phosphoglucomutase 2 like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT474676 | KLF10 | Kruppel like factor 10 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT474882 | KCTD5 | potassium channel tetramerization domain containing 5 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT495898 | DESI1 | desumoylating isopeptidase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT511377 | IKZF3 | IKAROS family zinc finger 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT534180 | SLC8A1 | solute carrier family 8 member A1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT540056 | CEP104 | centrosomal protein 104 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT540147 | GTF2B | general transcription factor IIB | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT540184 | GSTM4 | glutathione S-transferase mu 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT540465 | ZNF71 | zinc finger protein 71 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT540584 | ERCC1 | ERCC excision repair 1, endonuclease non-catalytic subunit | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT542390 | WDR12 | WD repeat domain 12 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT542407 | SYNJ2BP | synaptojanin 2 binding protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT542657 | TAF11 | TATA-box binding protein associated factor 11 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT544052 | C9orf64 | chromosome 9 open reading frame 64 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT551350 | AGBL5 | ATP/GTP binding protein like 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT556685 | KLHL28 | kelch like family member 28 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT561678 | RAD54L2 | RAD54 like 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT576721 | Wars | tryptophanyl-tRNA synthetase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT610461 | SYNPO2L | synaptopodin 2 like | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT632361 | SRRD | SRR1 domain containing | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT636713 | ARSK | arylsulfatase family member K | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT637684 | PPM1D | protein phosphatase, Mg2+/Mn2+ dependent 1D | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT648531 | KIAA1143 | KIAA1143 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT658732 | ELK1 | ELK1, ETS transcription factor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT666554 | RNF115 | ring finger protein 115 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT667689 | KNSTRN | kinetochore localized astrin/SPAG5 binding protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT668169 | GDE1 | glycerophosphodiester phosphodiesterase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT668634 | DYRK1A | dual specificity tyrosine phosphorylation regulated kinase 1A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT668692 | DNAL1 | dynein axonemal light chain 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT679412 | GMCL1 | germ cell-less, spermatogenesis associated 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT692259 | SLC2A5 | solute carrier family 2 member 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT693281 | GINM1 | glycoprotein integral membrane 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT698158 | TNFRSF13C | TNF receptor superfamily member 13C | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT705567 | ARHGEF18 | Rho/Rac guanine nucleotide exchange factor 18 | ![]() |
![]() |
2 | 2 |
miRNA-Drug Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|