pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-4445 |
Genomic Coordinates | chr3: 109602828 - 109602897 |
Description | Homo sapiens miR-4445 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-4445-5p | |||||||||||||||||||||
Sequence | 8| AGAUUGUUUCUUUUGCCGUGCA |29 | |||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | |||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | IKZF3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | AIO, AIOLOS, ZNFN1A3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | IKAROS family zinc finger 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_012481 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_183228 , NM_183229 , NM_183230 , NM_183231 , NM_183232 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on IKZF3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of IKZF3 (miRNA target sites are highlighted) |
>IKZF3|NM_012481|3'UTR 1 ATATCTGGTCTCAGGGATTGCTCCTATGTATTCAGCATCGTTTCTAAAAACCAATGACCTCGCCTAACAGATTGCTCTCA 81 AAACATACTCAGTTCCAAACTTCTTTTCATACCATTTTTAGCTGTGTTCACAGGGGTAGCCAGGGAAACACTGTCTTCCT 161 TCAGAAATTATTCGCAGGTCTAGCATATTATTACTTTTGTGAAACCTTTGTTTTCCCATCAGGGACTTGAATTTTATGGA 241 ATTTAAAAGCCAAAAAGGTATTTGGTCATTATCTTCTACAGCAGTGGAATGAGTGGTCCCGGAGATGTGCTATATGAAAC 321 ATTCTTTCTGAGATATATCAACCACACGTGGAAAAGCCTTTCAGTCATACATGCAAATCCACAAAGAGGAAGAGCTGACC 401 AGCTGACCTTGCTGGGAAGCCTCACCCTTCTGCCCTTCACAGGCTGAAGGGTTAAGATCTAATCTCCCTAATCTAAATGA 481 CAGTCTAAGAGTAAGTAAAAGAACAGCCATAAAATAAGTATCTGTTACGAGTAACTGAAGACCCCATTCTCCAAGCATCA 561 GATCCATTTCCTATCACAACATTTTTAAAAAATGTCATCTGATGGCACTTCTGCTTCTGTCCTTTACCTTCCCATCTCCA 641 GTGAAAAGCTGAGCTGCTTTGGGCTAAACCAGTTGTCTATAGAAGAAAATCTATGCCAGAAGAACTCATGGTTTTAAATA 721 TAGACCATCATCGAAACTCCAGAAATTTATCCACTGTGGATGATGACATCGCTTTCCTTTGGTCAAGGTTGGCAGAGCAA 801 GGGTATAAAGGGGGAAATTGTTTGGCAGCACCAACAGAAAACAAACAAACAAAAAACAGCTACCTAAAACTTCTTGAAAG 881 AGTTCATGGAGAATTGGTGATACAGACCCAAAGCAAATTTGCCAATGATATTTTCCACAAAAAAAGTCCAAAAAGTATGG 961 CTCAGCCTCCCCCTCCCCACAGGAGAGGAATTGGAGATAGATGGCATGTGTGTTTAGATCGGAGTTGAGCTCCGGAATGG 1041 GGTGAGGAGGGACACCTCTATTGAGAGGTTCTCCTTGATCAGGCAGGCTTCGGCCCTTTTTTTCCCATTTAAATGGAACT 1121 GCTGTATTCCATGAAAATTCCTGAAAGTCTGATCACGGTTCTGCAGATGTATAAGTCATCCTTGTCACTCATAATATGTA 1201 CATACTATCAGGAGGAGTGCTGTTATCATGGTAAAATTAGCACTGGAATAGGAGGTCACAAAATGCTGGCTAATTAGCTA 1281 TGTGACTTTGAGAAATCGTTTAACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGGATCTCACTCTGTTGCCCAGGCTGGAGT 1361 GCAGTGGTGCAATCATGGCTCAGTGCAGCCTCGACCTCCCCAGGCTCAGGTGATCCTCCCACCTCAGCCTCTTGAGTACT 1441 GGGACAACAAGTGCACACCACCATGTCTGGCTACATTTTGTTCTTTTTGTAGAGATAGGGGTCTCACTATGTTGCCCATG 1521 CTGGTCTTGAACTCCTGGGCTCAAGCAATCAGCCCGCCTCAGCCTCCTAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACCAC 1601 ACCCAGCCTTATTTAACTCTTAAAACTCAGTTTCCGGCCAGGCTCGGTGGCTCACACCTGTAATCCCAACACTTTGGGAA 1681 GCCGAGGCAGGCGCATCATTTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGACCCACATGGTGAAACCCTGTCTCTACTAAAAA 1761 TACAAAAATTAGCTGGGCAGTAGTGGCACATGCCTGTAATCCCAGCTACTCCGGAGGCTGAGGCAGAAAAATCGCTTAAG 1841 CCTGGGAGGTTGAGGTTGCGGTGAGTGGAGATCACACTACTGCACTCCAGTCTGGGCGACAGAGTGAGACCCTGTCTCAA 1921 ACAAAACAAAACAAAAACAAACAAACAAAAACAAAAAAAACTCAGTTTCCTCATCCATAAAATAGGAATTAGATTTCAAT 2001 GTTCTCTTAGGTCCCTTCTAGCTTTAATTCATATGTGATTATGCAGTAACCACAAGGTATTTTTTAAACCTCCTAATGTA 2081 TGGATATTAAGCAGAAGAGTATTTATATGAATACATGTTTCACATTCCTTTGGTATGAAAATGGTGTGTTAAGTTTTTCC 2161 TTTAACCACTGAGTTGTGAATGTGAAGAAGGTGGTGGAGAGGAACAAAAAACAGAAAGGTATTTTGATCTTGCCACAAAG 2241 CATACACACAAATTGGCACATGCAGCTGTTTGCCAAAGCCTTCTTTTTTTTTTTACTTTTTAAGAAATTATGTTAGGGAA 2321 AATAAATTCTGCTTCCAGGGACAACTTCATGGAGCCTATTTACAAATTAAGAGTCAGCTTAATTTGTAACATTTCTACCA 2401 GAGCCAAGAATCCCAAATTCCTGGTAGATTAGTGTTTTATTTCTAAGGGGCTTATGCATTCGGCTCCAACTCAACTCGTC 2481 TATGTGCTGCCAGTAATTAAAATGTTCCACCTCAGACTGCACAAATGGCTTATCCTTCTTTGTGGCATGGCGTCTGTCTC 2561 AGGAAAAAAGGTTTTATGAAATTCCATGGCAACAGTCCCAACATGTTTGAGACTTCAGCTAAAGGAATGGATGTATTTTG 2641 GTGTGTAGTCTTCAGTATATCACTGTATTTCCGTAATACTAGACTCCAAGCTATGCCAGATTGCTTATTCCCTTTGTGAA 2721 AGAGGAGTTGCTCATTACGTTCTTGAAATATCGCACATCCTGTTGGTTCTTCAAGGGACAAGAGAAAGAGAATTTGGAAG 2801 CAGGGATTAGTAGAAGAGAAAACGAGGGAAAGGAAGCCTTTCCACCAGATTAGTGTTCAAGTCTTTGCAGAGGAGACCAA 2881 CTTTTTTTGTTTTCTTTTGTTTTGAGACAGTCTCTCGCTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCGATCTCGGCTCA 2961 CGGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGTGCTCACCACC 3041 AAGCCCGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAAGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCCAGTCTCAAACTCCTGACCTCA 3121 GGTGATCTGCCCGCCTTGGCCTCCCACAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCTACCGCACCCAGCCTGAGACCACCTTTTG 3201 CATCTCAAGATTGTGAAACCAAGGCCCATTCCACCAGCCTGGGGACTCTTTTTATAGATATGATCCTCCTTTTTCCTGTG 3281 ACTAATGAATTTGCTGCATGATTTCTATTCTTCTGAGGTTAGTTTTCTGAGTAAGGTGACCACTCACAAAGGCACTTTCT 3361 TTGTGGCATTCTGAGCCTAGATTGGGGCCCATCAATTCCAGAAAAAATTTATGTGTGGAAACTCTGCATCCTTAAGTCTT 3441 GAAGTTGAACCAGATATGCAGTGGTTACCATCACACAGATAAACGCTGCCTTCTGTACATACCCCTTATGCTGTACTAAT 3521 TAACAAACCCCTTGCCAGGGCTGGGGAGGTGAGGGTGAAGGAGAATCTTAGCAGAAGGGCAGAGTCAGGACTTGCATCTG 3601 CCACTGCTGGGCACTGAAGCCCTGGAGCAGCTTCAGATAGTACCTGTACTTTCTCATGCAGACTCCCTCTGAACAAGAGC 3681 CTTGTAGGCCCCTCTCCTTCATTTCCCACCAGCCTCTTATCAGGCGGGCTTTCCACCATACACCCAGGAGGCCACGGTCT 3761 GAGGAACAACCAAACCCATGCAAAGGGCCGGGCGCGATAGCTCACGCCTGTAATGCCAGCACTTTGGGAGGCTGGGGCAG 3841 GCAGATCACCTGAGGTTGGGAGTTCGAGACCTGCCTGACCAACATGGAGAAACCCCCATCTCTACTAAAAATACAAAATT 3921 AGCCGGGCGTGATGGCACATGCCTGTAATCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCG 4001 GAGGTTGCGGTGAGCCGAGATGGCACCACTGCACTCCAGCCTCGGCAACAAGAGCGAAACTCTGTCTAAAACAAAAACAA 4081 ACAAACAAACAAAAAAACCCAGGCAAAGTTTCCTTGCAGCCAAGGTGACAGAACTGGGCTGAGGGTGGAAAAGAAACAGA 4161 ACCAGTGCTCCAGGTGTTTTTTAATTTTTTAATTTATTTTTATTTTTTTTGTATATGTATATATATGTATGTATATTTTA 4241 GAGGACCAGGGTCTCACTATGTTGCCTAGGCCAGACTCAAACTCCTGTGCTCAAGCAATCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTA 4321 GCTGGGATTACAGGCATGCACAAACAATGCCCAGCTCTCCAAATGTTTTCTGTCACTACCTGAAGTGTTGCATCGGTACT 4401 TCCTACGGAAAGAAAACTAAATAGAAGTGTCTCTCCCGTGAGCCCCCACCACTACCACCAGAAAAAAAAAAGAGAGAAAA 4481 TGAACTCATCAGTCTTTAGTTTCCTCAAGTTATTCTCCCAAAAAGACATTCGCCTTGGCACAGATAAGCCAGCTAATCTT 4561 ATGCTTTATGACCCACTGTGAGCTGTTCCTGACACAGCTTCTGACTTTGTCAGTGACAAAATTTCTCACCTTTTAAATGC 4641 AGTGCTTAACATTTTGTTAGGCCCATACTCAAAATCGGCCAGATATAAAATGACCTCAGATTTTGATCTCCTAGGCTCAA 4721 ACAATCCTCCTACCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTATAGGCACACCACCATGCACAGCTAATTTTTTTTGTATTTTT 4801 CTGCAGAGATGGCGTTTCGCCATACTGCCCAGGCTAGTCTCAAAATCCTGGGCTCAAGCAATCTGCCCACCTCAGCCTCC 4881 CAAAGTGCTGGAACTACAGGCAAGAGCCACTGCGCCCAGCCACAACCTCAGATTTCTTTGGCAAACAGAAATGTTTAAAA 4961 ACACAAAATTTTGCTCAGGTGAAACACTGTGTTACTATCAAATCTCACATCCACATAAAGTTTTTCTTTTCGGCTTTGTT 5041 TCGTGAGGAACAGACAGAACAAAGTTTTTCCAGGTAGCATCTGTATCACTATTATTCTCCTATTTCCTGTACCACCCCCA 5121 CCTCCCCAAGCCCTACTGAATGTGAGGTTTAGAATGTTTTAAGGAGGGTCAGGTGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAG 5201 CACTTTGGGAGGCCAAGGCGGGCGGATCACCTGAGTTTGGGAGTTCGAGACCAGCCTGACCAACATGGAGAAACCCTGTC 5281 TCTACTAAAAATACAAAATTAGCCAGGCGTGGTGGCACATGCCTGTAATCCCAGCTACTTAGGAGGCTGAGGCAGGAGAA 5361 TCGCTTGAACCCAGGAGGAGGAGGTTGTGGTGAGCCGAGATCGTGCCATTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGTGAGACT 5441 CCATCTCGAAAAAAAAAATACAAAAATTAGCTGGGTGTGGTGGTGCACACCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGACG 5521 CAGGAGAATTGCTTGAACCTGGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCATTGCAATCCAGCCTGGACAACAGA 5601 GTGAGACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAGAATGTTTTAAGGAAAAAAATAGTACTGTTACATATAATCCCAGGTGA 5681 TAAGACCACAATGGAAATGTTTAAGTCCTCACTTTAAAGAGTACCCCACTGAGAAGAGGTATGTTGGACTCTAGCAGAGA 5761 TTTGGAAACTCTGGGACACTCAAGATGTGAAAGAGCCTGGCTATCTGAGGACTCAAAGAGTCAGCATCGGGACTTGTGAG 5841 CTCAAGAAGAGAAAAGGGAGTGGTGAAACTTTGTCCTAAAAGTTAGCACCAGGAACAGAAGAAAAAAACCCGATATATAG 5921 TGATACCTCATCTTTTAGAGAATGGGAAGCTATTTTTGTGTTCACACAGAAAGTATAGTTCAAAAAACCTCTATATCCAG 6001 AGTTCAGACAAGGAGAATGATTTGAGATATAAGTGCCGATGAAGGAGGTCAATTTTGATCTGAAACCAGCAGCTGGACCT 6081 GGGCCACCTCAGGAAAAGGACTCTGTTCTCCAAGGCAGCACGACTGAATGGTTCTGAGAATAAGCCAGGGTTCAGGACTC 6161 CTGACCCTTTAGGACCATGGACTCAGAAGAGCCTGAAGGACAATTGTGGGCTTTAAACTTCTGAGAGCTTGTAAAGTAAC 6241 ACAAGACTGTGCCTCTCCCTTGCCCCAGCTGTAGATAGTCTTTGCCCCACCATTGTTATGAAGATACACAGGGTTTTGCA 6321 GTTTGAATAAATTGGATACAAGTTTCCTCTTTTTTTTTTTCTTTTTGAGACAAAGTCTCGCTCTGTTTCCCCAGGCTGAG 6401 TGCAGTGGCACAATCAAGGCTTACTTGCCGCCTCAACCTCCTGGGCTCAAGCAACGAGCCATCCTCCCGTCTTAGCCTCC 6481 CAACTAGCTGAGACTACAGGCGTGGGTCACCACACCCAGCTAATTTTTGTACTTTTTGTAGAGACAGGGTCTCACCATGT 6561 TGCCCAGGCTGGTCCTGAACTCCTGGGCTCAAGTAATCTGCCCACCTCAGCCTCCCAAAGTGTTGGGGTTACAGGCGTGA 6641 GGCACCGCGGCTGGCCTGAGTTTCTTCTTAATACTGTATCACAATTGTGGGCTGTCTTATGTGTTGATATCGATTGAGCT 6721 ATTTGAAATAGGAATGTTAATGGGTGTATTAAATTTTTGTAAGGATATAACAATATCTACCTTCCAAGGATGTTGTGAGG 6801 TTTTCCATGATTTTGTATATGAGCTAATGTTACCTTTGAGGGGTGGTGTGCATTATGTTGGATGATTGTAAATTTTCAGT 6881 GGAAAATGTACCGTGTCCTAAATTTAAAGACATGAAAAATATCCCAAGATCATACTAGATCATAATAGCAATTCCTTTAC 6961 AAATGAATTATGGAGGTAACTGATCTCTAACAGTTTCCTTCATGTTGTTTTAATGCACAAGGGCAGAGGATCTGCTGACC 7041 CTTGGAACCAGCGTGAGCTAACCACGTGCTATAGACACTTCATGGTGTCGCACCCAGGGAAGTCAAAGCGCTTTGCTCCC 7121 TCACTGTCTGTGAGTCCTCAGCCATTAGTACCCCACCCCCCGCTGCTCCAAAACTTGAGTTATTTCAAATGTTTCTCACT 7201 GTTCATCTCTCCACTGACCCCACTCCAGAAAGCCTGGAGAGAGTCCCAAGATGCCACCCACCTTCCCCAATCCCTCGCCA 7281 CAGATCTGTGTCTATCTCACACTCTGTAAGTGCCGCTTTGCTTCTTCCTCTCTTGAAAAGACTGAGAACACACATTTTAA 7361 CATGTTAGGAAAATGGGGCAGCCTAAAAAATGACTGATCCCACCGCCAGTGACTCATGTATACTCCAGGCTAGCAGACAA 7441 GGCCCTTTTTGGTGGGCCTGCTTCTGTGGGTTCACAGAAACCAAATTACTGTGGGTTGCAAAGAATTAGCAGGTCATTTA 7521 CAAAGCAGACATCCCTTCACCCAGACTGTGGTTTTGCATGCTCAGGTTCTCAGTCTATGAGCTTTGGTGCAGGATCATTT 7601 TGGCTACTGGAAAAACCATAGCTTATTTTAAATTTCTGGTTGCCAAAGCCACCACACGTGTGGTCTGTGGATGACCATTG 7681 TCTGCAGAATGACGAGGAAGGAACAGAATGTGGTTTGGGGCTCAGGGTGGCCTTCCCACTGGGAGGGAAGGCGGGAGGGA 7761 GCCCTTGCCCTGGGTTTTGACACAGCCTGTGCTCACAGCCTCTCCTCTCATCTGCATTTCTCAGAAATGCCCTCCCTGCC 7841 CAGTGGTGACTTTCCCTCGTCACTCCTATGGAGTTCTACCTGGAGCCCAGCCATGTGTGGAACTGTGAAGTTTACTCCTC 7921 TGTAAAGATGGTTTAAAGAAAGTCAGCTTCTGAAATGTAACAATGCTAACCCTTGCTGGAACCCTGTAAGAAATAGCCCT 8001 GCTGATAGTTTTCTAGGTTTATCATGTTTGATTTTTACACTGAAAAATAAAAAAATCCTGGTATGTTTGAAATTAAAAAA 8081 AAAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | HEK293 | ||||||
Disease | 22806.0 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
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"PAR-CLIP data was present in GSM1065669. RNA binding protein: AGO1. Condition:4-thiouridine
... - Memczak S; Jens M; Elefsinioti A; Torti F; et al., 2013, Nature. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Memczak S; Jens M; Elefsinioti A; Torti F; et al. - Nature, 2013
Circular RNAs (circRNAs) in animals are an enigmatic class of RNA with unknown function. To explore circRNAs systematically, we sequenced and computationally analysed human, mouse and nematode RNA. We detected thousands of well-expressed, stable circRNAs, often showing tissue/developmental-stage-specific expression. Sequence analysis indicated important regulatory functions for circRNAs. We found that a human circRNA, antisense to the cerebellar degeneration-related protein 1 transcript (CDR1as), is densely bound by microRNA (miRNA) effector complexes and harbours 63 conserved binding sites for the ancient miRNA miR-7. Further analyses indicated that CDR1as functions to bind miR-7 in neuronal tissues. Human CDR1as expression in zebrafish impaired midbrain development, similar to knocking down miR-7, suggesting that CDR1as is a miRNA antagonist with a miRNA-binding capacity ten times higher than any other known transcript. Together, our data provide evidence that circRNAs form a large class of post-transcriptional regulators. Numerous circRNAs form by head-to-tail splicing of exons, suggesting previously unrecognized regulatory potential of coding sequences.
LinkOut: [PMID: 23446348]
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Experimental Support 2 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | HEK293/HeLa | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
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HITS-CLIP data was present in GSM1067870. RNA binding protein: AGO2. Condition:Ago2 IP-seq (mitotic cells)
... - Kishore S; Gruber AR; Jedlinski DJ; Syed et al., 2013, Genome biology. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Kishore S; Gruber AR; Jedlinski DJ; Syed et al. - Genome biology, 2013
BACKGROUND: In recent years, a variety of small RNAs derived from other RNAs with well-known functions such as tRNAs and snoRNAs, have been identified. The functional relevance of these RNAs is largely unknown. To gain insight into the complexity of snoRNA processing and the functional relevance of snoRNA-derived small RNAs, we sequence long and short RNAs, small RNAs that co-precipitate with the Argonaute 2 protein and RNA fragments obtained in photoreactive nucleotide-enhanced crosslinking and immunoprecipitation (PAR-CLIP) of core snoRNA-associated proteins. RESULTS: Analysis of these data sets reveals that many loci in the human genome reproducibly give rise to C/D box-like snoRNAs, whose expression and evolutionary conservation are typically less pronounced relative to the snoRNAs that are currently cataloged. We further find that virtually all C/D box snoRNAs are specifically processed inside the regions of terminal complementarity, retaining in the mature form only 4-5 nucleotides upstream of the C box and 2-5 nucleotides downstream of the D box. Sequencing of the total and Argonaute 2-associated populations of small RNAs reveals that despite their cellular abundance, C/D box-derived small RNAs are not efficiently incorporated into the Ago2 protein. CONCLUSIONS: We conclude that the human genome encodes a large number of snoRNAs that are processed along the canonical pathway and expressed at relatively low levels. Generation of snoRNA-derived processing products with alternative, particularly miRNA-like, functions appears to be uncommon.
LinkOut: [PMID: 23706177]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1067870 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293/HeLa / Ago2 IP-seq (mitotic cells) |
Location of target site | ENST00000346872.3 | 3UTR | AAACAAUCCUCCUACCUCAGCCUCCC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23706177 / GSE43666 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM1065669 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO1 |
Cell line / Condition | HEK293 / 4-thiouridine, ML_MM_8 |
Location of target site | ENST00000346872.3 | 3UTR | CUCAAACAAUCCUCCUACCUCAG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23446348 / GSE43573 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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43 hsa-miR-4445-5p Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT063885 | RASSF8 | Ras association domain family member 8 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT087576 | PTMA | prothymosin, alpha | 2 | 8 | ||||||||
MIRT092537 | KBTBD8 | kelch repeat and BTB domain containing 8 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT204613 | HSPE1-MOB4 | HSPE1-MOB4 readthrough | 2 | 8 | ||||||||
MIRT204644 | MOB4 | MOB family member 4, phocein | 2 | 8 | ||||||||
MIRT249009 | PUM1 | pumilio RNA binding family member 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT305656 | MBNL1 | muscleblind like splicing regulator 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443971 | SSH2 | slingshot protein phosphatase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT457186 | ERC1 | ELKS/RAB6-interacting/CAST family member 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT463721 | YWHAE | tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation protein epsilon | 2 | 8 | ||||||||
MIRT466974 | STARD7 | StAR related lipid transfer domain containing 7 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT473413 | MDM4 | MDM4, p53 regulator | 2 | 2 | ||||||||
MIRT484984 | UBE2V1 | ubiquitin conjugating enzyme E2 V1 | 2 | 8 | ||||||||
MIRT485021 | TMEM189-UBE2V1 | TMEM189-UBE2V1 readthrough | 2 | 8 | ||||||||
MIRT485040 | TMEM189 | transmembrane protein 189 | 2 | 8 | ||||||||
MIRT503747 | CEP19 | centrosomal protein 19 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT505080 | ZBTB18 | zinc finger and BTB domain containing 18 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT505649 | SHMT1 | serine hydroxymethyltransferase 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT507020 | HMGA2 | high mobility group AT-hook 2 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT507080 | GXYLT1 | glucoside xylosyltransferase 1 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT507679 | COIL | coilin | 2 | 6 | ||||||||
MIRT511378 | IKZF3 | IKAROS family zinc finger 3 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT528246 | BMS1 | BMS1, ribosome biogenesis factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT537033 | GREB1 | growth regulation by estrogen in breast cancer 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT537063 | GPR176 | G protein-coupled receptor 176 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT540927 | OIP5 | Opa interacting protein 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT544346 | SNAP47 | synaptosome associated protein 47 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT544749 | C8orf33 | chromosome 8 open reading frame 33 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT552417 | ZNF460 | zinc finger protein 460 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT554646 | ROBO1 | roundabout guidance receptor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT555803 | PCMT1 | protein-L-isoaspartate (D-aspartate) O-methyltransferase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT557337 | HECTD2 | HECT domain E3 ubiquitin protein ligase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT563240 | QRFPR | pyroglutamylated RFamide peptide receptor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT572692 | NCMAP | non-compact myelin associated protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT607777 | HS6ST3 | heparan sulfate 6-O-sulfotransferase 3 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT612106 | CHRM3 | cholinergic receptor muscarinic 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT616193 | SATB2 | SATB homeobox 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT627774 | RAB30 | RAB30, member RAS oncogene family | 2 | 2 | ||||||||
MIRT691689 | FLOT2 | flotillin 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT712623 | GTF2H5 | general transcription factor IIH subunit 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT719695 | STX6 | syntaxin 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT723575 | SWAP70 | SWAP switching B-cell complex subunit 70 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT724077 | NCKAP1L | NCK associated protein 1 like | 2 | 2 |
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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