pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-4639 |
Genomic Coordinates | chr6: 16141556 - 16141624 |
Description | Homo sapiens miR-4639 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-4639-5p | |||||||||||||||
Sequence | 1| UUGCUAAGUAGGCUGAGAUUGA |22 | |||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||
Experiments | Illumina | |||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | PDPK1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | PDK1, PDPK2, PDPK2P, PRO0461 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | 3-phosphoinositide dependent protein kinase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_002613 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_031268 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on PDPK1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of PDPK1 (miRNA target sites are highlighted) |
>PDPK1|NM_002613|3'UTR 1 CGTGGCCTGCGGCCGGGCTGCCCTTCGCTGCCAGGACACCTGCCCCAGCGCGGCTTGGCCGCCATCCGGGACGCTTCCAG 81 ACCACCTGCCAGCCATCACAAGGGGAACGCAGAGGCGGAAACCTTGCAGCATTTTTATTTAAAAGAAAAGAAGAAAAAAA 161 ACACCCAACCACACAAAGAACAAAACCAGTAACAAACACAAAGGAATTCAGGGTCGCTTTGCTTGCTCTCTGTGCTCCGT 241 GGAGGCCTCCGTGTGCCCTCGTTGCCGTGGGGACCCAGCTCCATGCACGTCAACCCAGTCCCGCCCAGACTAGTGGACAG 321 ACCTGGTGTCACCAGTTTTTCCTAGCATCAGTCCGAACCATGCGCCCGCCCTGCCCCAACTGTGTGCTGGTCCTGCTGTG 401 GCCGAGGGGACCGGGTGTGTTTGGCTCTTTATGCCCCTCCCGCTGTGGTCCTGGAACTCTTCACCAGGGAGGGAGCCCTG 481 CGGGGGCCGCAGCTTTGTGGAGGGAGCCGCCGTGCTTCTGTCACCTGCTCCCTTTCTTGCGTCTCCCTGTGATGGGCCCT 561 TAGGCCTGGCTGGGCCCATTACATATCCCTGTGGTGGCTCTGGTGGCAGCTTTCTGTGGCCCCTGCTGTGTTGGCAGGCA 641 GGTTTGCGTGGTGAGGAGCGGGAGGGGTTGGAGTGGTGCGGGAGCAGGCTGCCGAGTGGAGGGTGCCATCGAGGGCTCCG 721 GATCCCTTATCCTACTTAGCAGTGTTGGTCTCTGGGGCTGGAAGCCGAGCGCATGCTGGGAGCGGTACTGTCAGAAGTGA 801 GCCCAGTTAGTACCCCGCTGGCTCACTGCACGAGAGAGTCCTGCCCCGAGCCCTAGGTGGGGCCAGGAGGTGCCTTGGAG 881 AAGCCAGCCAGAGCAGAGAGGGCTGCTGACTTCCGTGTGGAGCAGAGAGGCCTGAGGGCCTCCTAAAAGGTTTAAATGTC 961 CACGCCTCTCCAGTTGCTGAAGTAGGGTCTGAGAGAACCCTGGCATCAGCAGACCCAGGGTGCTTCTGTCTCCTGCAGAC 1041 CACGCCAGGGAGTGCAGACACCACCGTCACACACGCCCCTTTTGTGTTTTGGTTCAAGTTTCTCAGAGCCCCTCAGAGCT 1121 TCTACATCTGTGCATCAGAAATCTCACAGCCTTCTCATGCTGCCGGCTCATCTGGGCCCATAGAGTGGGCTTTGCCAGTT 1201 GCTGTTGCACAGGAGGCGAGAACAGCACACTTCAACCCCAGCTTGCTGGTCGGCTTTCCTCTAGAGAGAGCCGGTTTTGG 1281 GGCCATTTCCCTTTGATGCTTTGGTGGCCTTGCCCCGCTCTGCAGCACAGACAGGCCAGATGCATTTGTCCTTTGCCTAG 1361 CTACTCCCCAGGTAGAGAGTGCTCCTGGTGGCCTGGCAGGTCTGGGCCCTTCTCTCCCTGCCCAGGTTGTCCCTGGAGGG 1441 CAGCCCTCACTCCCTTTGGGGGAGAGGCAGACATTGCTGCCCACAGACCTGCCTCTGACTCAACTGTGTCCACCCTCCCT 1521 GGTCCCTACCCCCAAGTCACAGGTGACTCAGCAGTGACCCTGTGTGCCAGGCCAGATCCAAACTGAGAGGGAAGGTGTCG 1601 TTTTTACACTGCTAATGACGAGAGTGGCTCTTTTTAGCTAGGCGAGTACAGACGGGGCCTGGGAGGGGGCAGAGATGTTC 1681 CCCAGGCCCTGCCTGTGGTTCCTGCCTGGGCCTTGGCTGCTGCTGTGTGAGAGCTGCATGTGAGCCTGTGACCGTGAGCT 1761 GGGGTGAGCTGGGCCGCACCTACCCTGGGGCCCCAGGGAGCAGGACGCTCCGGGGCCCAGCACGTTGCCCTGGGCCTGTG 1841 GCCGGAGTCGGAGTCCTCTCTCCTCCTCCTGGCTTTTGGAAAGGCTTGGCTGTGTTGGGGAGTCTCTCTTAGCCCTTTCA 1921 GGAATTTCTGTTCAGGCTTCCTCCTCCTCATCAGCTATTTTACCCATCTCAGAACGTCCTGTGTCTCCATGTAGGAGAGT 2001 GGCTCTCTCAGATCTCTCAGGGCGTCTGGTTATAGGGAAACAAGTGGAGCAGGGACGTGGCTTTAATTGGAGCACTCGGC 2081 TGGGCTGCTTGGGGAGACTCTTCCGTGCGTTCTTCCTCTGGATAGAACCACCACCTCCTGGGCGTCACTGACAAGCTCCA 2161 TCTTAACCTCCAAAGCCACAGAACTAGGGGCTCAGAGCCAGAGCTGGCAGCCGCCAGCCAAAATGATGCCATTGCCTGAG 2241 CTGACAGCCAAGCCCTTCTGTGGGTCACCTTTCTCCTCACCCAGCCCCTTGCTCTTCCCTTTTGAAAGGCCCGTGTGTTT 2321 TCTTTCCTTACCCTGTGCTTGCTCATGTCTACTCCGGTTTTCTCTACCACATCCTTAGAGCCATCACCTGGCACGCAGGC 2401 GCCTTACATTCTACGGTAGAACGTGGGGTACTGTGTGTGCACATAGACACACTTACGTGGAATTACAGTTGTGGGTTTAT 2481 CCAAGATGAGGAAGATTTCACCTGCTGTTTAATAGACTTGGGGCCATGTGCCTCCCCACACATGGGCAAGGACAGGTGGA 2561 ATGTCGGGACCACACTGTGCGGCTTCTCGGCACAAAGCGGAGGGAGGCTGTGGTCGCTGCCGGCCTAGGTGTCCCAGGTG 2641 CCCCGCCTTTCTCTGGGACACAGTTGGGGGCTGGCTTCTGAGGGATTCCTTTCTCCCCTCTTTGTGTGGCCCCAGCCAGG 2721 GCGGTGGGCAGTCCTGGTGTAGAGCACAAGCCTCTCCACCCTAGAGAAATGCCTCTGTACCACGGCTACCATGTGGAACC 2801 TTAACTTGCAGAAGGCTTGTTAACAATTGTTTTGAGAGAGATGGCTGGTCATGCCACAGCTGCTGGGGACTCCGCCTACT 2881 CCAGCCCTCTTGGGACACACTGTGGGATTTGTGGCCCTTCCCCAGAGGAATTGTGGAGACTGTCCCATGGAACAAACCCT 2961 CAGGCACCAGCACAGGGCTCTGGGTGACTCAGTAAAACTAACGTTTGTCTCTGACAAGATCAGCTGTAGGCTCACCGGCC 3041 AGAGAAGACCACTGTGAGCATTTTGCCGTATATCCTGCCCTGCCATTTGTTCACTTTTTAAACTAAAATAGGAACATCCG 3121 ACACACACCGTTTGCATCGTCTTCTCCCTTGATATTTTAAGCATTTTCCCATGTCATGAGTTTCTCAGAAACATGTTTTT 3201 AACAATTGTACTATTTAGTCATTGTCCATTTACTATAATTTATCTGACCATTTCCCTACTGTAAAATACTTAAGACGGTT 3281 TCTGATTTTTCCACTATTTAAATAATGCTGTGATGAATATCTTTAAAATCTTCTGATTTCTTACTTTTTTCCCCCTTAGA 3361 TGCCTGGAAGTGGTATTTTGAGGTGAAAGAGTTTGTTCATTTTGAAGATATTTCTGTCTCTCTCTCGACCTGATGTGTAG 3441 ACGCTCACTTCCAGTAGCAGAACCACCTTAGTTGTGTCTTACAGATTCTGAACAAATCGGTTTCTGATAAGCCATGTGTT 3521 CCAAAGAATGTCTGAATAAGACCGCTCTTTATTTAAATGCTAAGAGGATGTCACTACTGCAATCCATCTGTGGCCGATTT 3601 TTTCCAAGAGCCAATTTCCTTGTTTTGGTTGCAAGAACCTGGCTCTGCCTGCATGTCAGCTCTCTGCCCTCCCTGCTGCC 3681 GTGGCTTTCAAGCGCTTGGCAGAATCTTGTACTTCGTGTCCACAATGGTACTGAATTTGCATCTGCACAGTCAGCAGAGA 3761 TAACAAGTGTTGAACTGACCTTGCCACATGCTTAGTGAGTGATTTGTAATTAAGTTTATAGACTCAGAAGGTATATTAGG 3841 ACATTTGGAATCAGTAGCAGAGCAAAGCCTCTTTGAAAAAAACCACGTAGCTGATTGGGTTTTACAAGAGTGCATTTGTC 3921 TCCCCCTTCCACCCGTGGGGCCCCACCTTCAGGTCTTAGTGGTTCACAAGAGCCCAGCAGCCAGGCTGGCTTTTTCATTG 4001 TAGGGCGTGGTTGTCCCAGCTGGTGTAGATTTCAGGCCGCCCCCCCCAACTCCCTGCCCACAGTGTTGCAGATTGCCTGG 4081 CTGGCAGCAAGTCCAGACCACCCAAATTTGGTTGGATTCTTCATTTCTCCACTGTAGTTGGGGTCCATTGATTGTGCAGG 4161 GGAACGTGCAGGAGGTTTTTCTAGGCACCGTGTTCAGTGCTGCTTCACTCTACCAGAGATTATGGCCAAATTGCACGGAA 4241 TTTGGTTTCTTGCCCTCTGAAGCCTGAGGGCCCCCCCTTGCCTGGCTGGTTGACAGACCCGGGGTGGTCACTGCTGAGAC 4321 TTCAGAGATCGCAGCTGCTGTGAGAATACGGTGAAGGTACTTTGTTCTGGAAGATGTTGTCATACACTTTTCCCCAGTTA 4401 TTTTCAAACTTGACATGAGCCTATGTTGACTCACTGGGTGGGGGTCCCTTCTTACGCAGCACACGTGGCAAGTGCCTGAA 4481 TCGGGGCTGGAGGCACTTCAGAGCCTCTGAGGGGCCACCACTTCTGGCCCAAAATTGCAGGGTTGTAGATGAGGCTGCCT 4561 GTGGAGAACTGGTGTGAGGAGGAAGCTGTTTCCAACAAAGAGCACTTTCATCTGTTGAGATGGCTGTGGTGAGCAACTGA 4641 ACGAGCCTACGTGTGTACCTGAATTTTCCCCGTAACTCATTTCTTCCATATGAAGAAACACCAAACTATGTACAGAGAAC 4721 TTTTTACAAAAGGCAGACCTTTTTTAAGCTGTGTAACCCACATAGCCTAACCACCTGGCAGAATGACTACGAATAGGGGT 4801 CATTGTGCTGGTAAAAGCCTCTATTACGACTGTAAGTAAGTTGGATGTTGGCAAAATTAAATTGTTACAGTATTTAGAGC 4881 TGCTGTAGCTGTTCCTTCACAACATAAAATAGGATAAATGACTAGTACGTCTTTCAGGTGGGTGGCAAGCAGAACATGCG 4961 TAATATTCTCTACCTGGTCTGTAGCTGTAACTGTGATGTACAGACAAAGCAAAAATTAAAAGAACTTATGAAAACAAATG 5041 CAATGATACTAGGATATACACTTTTGTATTTTTATTCTTATATAAGGTTATTTGCTGGCTATTGTTGGCCTCTAGTTCAG 5121 TCTGTGTTATTTAAATTCTAATATATGAATTATTTGAATTGAATTCATGTTCGGGGCCACGTTGTTGTATGTATTGATGT 5201 ACAGCCTTGAATGTGAATAATTATTGTAAACTATATTTTACAACTTTTTTTCTGGCTTTATTATATAAATTTTCTATTGG 5281 GTCAGTGATTTAATCATATAATTTAATGAATCTGTTTATCCTTTTTTTTTTTCCAAATACTTGTGCTTTAGGTGTAGTTA 5361 CCAGATGATGAATTTTCCTCGTATGGTCAGTAGTCTTGTAATAAAAAGCATGTAGAGTGTAGA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | HEK293 |
Disease | 5170.0 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
"PAR-CLIP data was present in GSM1065668. RNA binding protein: AGO1. Condition:4-thiouridine
... - Memczak S; Jens M; Elefsinioti A; Torti F; et al., 2013, Nature. |
Article |
- Memczak S; Jens M; Elefsinioti A; Torti F; et al. - Nature, 2013
Circular RNAs (circRNAs) in animals are an enigmatic class of RNA with unknown function. To explore circRNAs systematically, we sequenced and computationally analysed human, mouse and nematode RNA. We detected thousands of well-expressed, stable circRNAs, often showing tissue/developmental-stage-specific expression. Sequence analysis indicated important regulatory functions for circRNAs. We found that a human circRNA, antisense to the cerebellar degeneration-related protein 1 transcript (CDR1as), is densely bound by microRNA (miRNA) effector complexes and harbours 63 conserved binding sites for the ancient miRNA miR-7. Further analyses indicated that CDR1as functions to bind miR-7 in neuronal tissues. Human CDR1as expression in zebrafish impaired midbrain development, similar to knocking down miR-7, suggesting that CDR1as is a miRNA antagonist with a miRNA-binding capacity ten times higher than any other known transcript. Together, our data provide evidence that circRNAs form a large class of post-transcriptional regulators. Numerous circRNAs form by head-to-tail splicing of exons, suggesting previously unrecognized regulatory potential of coding sequences.
LinkOut: [PMID: 23446348]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1065668 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO1 |
Cell line / Condition | HEK293 / 4-thiouridine, ML_MM_7 |
Location of target site | ENST00000282077.3 | 3UTR | GCAGACAUUGGGUGCUU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23446348 / GSE43573 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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63 hsa-miR-4639-5p Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT063335 | ETNK1 | ethanolamine kinase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT077667 | IGF2BP1 | insulin like growth factor 2 mRNA binding protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT080431 | NARS | asparaginyl-tRNA synthetase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT130192 | TXNIP | thioredoxin interacting protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT132966 | WNK1 | WNK lysine deficient protein kinase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT138729 | MPP5 | membrane palmitoylated protein 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT152230 | ZNF460 | zinc finger protein 460 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT197361 | ZNF652 | zinc finger protein 652 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT282675 | SYNM | synemin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT292617 | CEBPG | CCAAT/enhancer binding protein gamma | 2 | 6 | ||||||||
MIRT314026 | PAPD7 | poly(A) RNA polymerase D7, non-canonical | 2 | 2 | ||||||||
MIRT325195 | PSAT1 | phosphoserine aminotransferase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT329855 | SHOC2 | SHOC2, leucine rich repeat scaffold protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT336755 | ZNF678 | zinc finger protein 678 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT445350 | ARSK | arylsulfatase family member K | 2 | 2 | ||||||||
MIRT456953 | EDARADD | EDAR associated death domain | 2 | 6 | ||||||||
MIRT467718 | SLC38A1 | solute carrier family 38 member 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT468229 | SGK1 | serum/glucocorticoid regulated kinase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT474606 | KLF3 | Kruppel like factor 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT476880 | FBXW7 | F-box and WD repeat domain containing 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT494065 | DUSP2 | dual specificity phosphatase 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT496020 | ZBED3 | zinc finger BED-type containing 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT496201 | EFCAB1 | EF-hand calcium binding domain 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT499084 | ZDHHC21 | zinc finger DHHC-type containing 21 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT507188 | FZD9 | frizzled class receptor 9 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT513283 | PDPK1 | 3-phosphoinositide dependent protein kinase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT526260 | CCDC169 | coiled-coil domain containing 169 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT527080 | UBE2E3 | ubiquitin conjugating enzyme E2 E3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT528231 | SPIN4 | spindlin family member 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT529764 | SF3B1 | splicing factor 3b subunit 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT530881 | SLC18A2 | solute carrier family 18 member A2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT531217 | IFNGR2 | interferon gamma receptor 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT532602 | SPTLC2 | serine palmitoyltransferase long chain base subunit 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT533026 | ZBTB5 | zinc finger and BTB domain containing 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT536151 | MAP4K5 | mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT536895 | HEPHL1 | hephaestin like 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT537051 | GPR180 | G protein-coupled receptor 180 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT537756 | ELAVL2 | ELAV like RNA binding protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT538736 | CALM1 | calmodulin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT544276 | SEC63 | SEC63 homolog, protein translocation regulator | 2 | 2 | ||||||||
MIRT546468 | SLC1A5 | solute carrier family 1 member 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT548128 | GAS1 | growth arrest specific 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT548406 | ENPP5 | ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase 5 (putative) | 2 | 2 | ||||||||
MIRT556717 | KLHL21 | kelch like family member 21 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT559767 | ABHD13 | abhydrolase domain containing 13 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT566192 | PTP4A1 | protein tyrosine phosphatase type IVA, member 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT566665 | NACC2 | NACC family member 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT573194 | FZR1 | fizzy and cell division cycle 20 related 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT628350 | CCDC117 | coiled-coil domain containing 117 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT630464 | FOXP1 | forkhead box P1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT645825 | INADL | PATJ, crumbs cell polarity complex component | 2 | 2 | ||||||||
MIRT646288 | GPX6 | glutathione peroxidase 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT646332 | ZNF37A | zinc finger protein 37A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT653169 | SPPL3 | signal peptide peptidase like 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT653302 | SMU1 | DNA replication regulator and spliceosomal factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT654443 | RASAL2 | RAS protein activator like 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT697598 | YAP1 | Yes associated protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT699238 | SLC6A8 | solute carrier family 6 member 8 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT699887 | RUNX1 | runt related transcription factor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT707267 | KCNB1 | potassium voltage-gated channel subfamily B member 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT708240 | ZNF160 | zinc finger protein 160 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT723227 | FAM91A1 | family with sequence similarity 91 member A1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT725078 | VCPIP1 | valosin containing protein interacting protein 1 | 2 | 2 |
miRNA-Drug Associations | ||||||||||||||||||
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miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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