pre-miRNA Information | |
---|---|
pre-miRNA | hsa-mir-19a |
Genomic Coordinates | chr13: 91350891 - 91350972 |
Synonyms | MIRN19A, hsa-mir-19a, miR-19a, miRNA19A, MIR19A |
Description | Homo sapiens miR-19a stem-loop |
Comment | This sequence maps to chromosome 13 and is named miR-19a precursor-13 in reference . |
RNA Secondary Structure | |
Associated Diseases |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Mature miRNA | hsa-miR-19a-5p | ||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 14| AGUUUUGCAUAGUUGCACUACA |35 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||||||||||||||||||||
Experiments | Cloned | ||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
|
||||||||||||||||||||||||||||||
Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
---|---|
miRNAs in Extracellular Vesicles |
|
Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Biomarker Information |
|
---|
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Gene Symbol | PGPEP1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | PAP-I, PGI, PGP, PGP-I, PGPI, Pcp | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | pyroglutamyl-peptidase I | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_017712 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on PGPEP1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of PGPEP1 (miRNA target sites are highlighted) |
>PGPEP1|NM_017712|3'UTR 1 GGGACGCTCAGGTCTCCTAAGACCTCATCCTGCTGGGGACCCCACGAGGGGACATCCACCCTCTGGGGTGTGGCCAGGAA 81 AAGACAAGCTCTTCAGCTTGGGGATCCGATCTGGAAGAGAGATTCTGATCTGCCCACCTCCTCTTCCTCCTTCTCTACAA 161 AAGCTCCGGTTGATTCGAGGGAAGTGGTGAAAATTTTTTTTTCTCCCATTTTCCTCCCTGCATCTGGGGACACAGCTGCC 241 GTGACCAGGGAGGCCAGCCTGGGAGGTCCAGATGCCCAGGGAGAATCTTGGTCTGGTGAATCCATGAGCTGCGATACCAC 321 GGCTGGGGCCATATGTTCACCTGCTTTCCTGTCCGTTGGTGAAGGAATTTCAGAATTCATTTTATATCCAAGACTGGCTT 401 TTACCAAATTTAAAAGCCTCTCAATGCGTCCTCGACCTTGAACTGTGCTCAACAGCCTGGCCCTTTCTGGGGCCACCCTG 481 GGATATGGCTGGCTGGCTGGCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTGCTTTCTTTCTTTCTTGCTTTCTTTCTTC 561 TCTCTCTCTCTTTTTTTTTTTTTTTAAATAGTGCTAGTTTGGGCACAGAGTAATTTATATTCCCTTTGGTTAAAATGCAG 641 GCTTTTTAGCCAACAACAAAAGTGTTTTCCCCCCACCCCCACTCGCCCACCAGGGTGATGCCACTTTTGCCTCCTGCCCT 721 GAAAATTGGACTTAAGATGCCATGTCTTGGCCAGGCGCAGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGAAGGCCAGGG 801 TGGGCGGATCACCTGAGATCAGGAGTTCAAGATCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCTGCCTCTACTAAAAATACAAAA 881 ATTAGCCGGGCATGGTGATGAGTGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCTGGAGAATCGCTTGAACTTGGGAG 961 GCAGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATTGCACAGCTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGCGAGACTCTGTCTCAAAACAATTG 1041 GACTTAAGATGGCATGTCTTTGTTTTAGGGCCAAAAATGAGGCCCCCTTGCTTAAGGCATGGGGTCCGTGGCCAGGCAAC 1121 GGGGTGGGACTGCTGCCCCAGATGTGGCCATGGGGGTCGTGGTCCTTTCAACACCAAGCTATGAGCTGTCGCCATGGAGA 1201 CCAGGGCCACCTGTGGAAAGGCGGATTTTGTCTGCTTTTGACTTTTCTTTTTTAATATGTAAAACTCCACATCAGCGGAA 1281 ACCCCCCCCTACTTCTGGCCTGGAGCTTCAGGGTTTTGGTGCTGGGACGAGTTTGTTGTTCTCCTTAGCGGGGTGGCGCG 1361 GGGGGCTCAAAACGGGGGCGCGGGGGCTGGAGTTGGCAGAGCTCTGCATGTCCCGGCATGTCTGAGCAGGAGGAATTCCG 1441 GGCGGCCAAAGGGTTTTATGTAGATTGCTTTTGGACACTCGCCCAGGAGTCAGGAGTTGATTTTTATCTCACTTCCTGGT 1521 AACCTTGAACTTACCAGGCAGGGATGAGATGACGTAAACTTCCTCAGATGATGTAAGTTCAGCCACATCTTGCTGCCCAT 1601 TAGGGAGAGAGGACGACCCCCACAGTGAAAGTAATTGAGTGAAATGCACGTTCTGGAAATCAGTTTCTATTTTGGCCTGG 1681 AGGAATGTGGCTATACTGCTTCCCTGAGTGTGACACAGTTGGAATCTAATCTTGTTGGTTTCCCAACATCTAGGTTTTTG 1761 TTTGTTTGTTTGTTTTTATGATAGGGTCTTGTTCTGTTGACCAGGCTGGAGTACAGTAGTGTGATCATGGATCACTGCAG 1841 CCTCTACCTCCTGGGCTCAAGTGATCCTCCCATCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGGCATGCACCACCACACCT 1921 GGCTAATTTTTAAATTTTTTATACAGACAGGGTTTCACCATGTTGCCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGGACTCAAACTGA 2001 TCCTCCTTTCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCACCCAGCCCAGTTCTTTCTTAAAACAGC 2081 TGAGAGTTTTGTTTTCTTCAGCGTTCACCTTCCTTGTCTCCAGTTCCGATGCTGGCAGTGGTTCCTACCTCTGTTGGGTT 2161 TCTAGATAGTTTGGGAACGGGGTTGATGGGTTTCTGTGAAACACATTTTCCAAGTCTTGGGCTTTCTCTGGAGGGGAAGG 2241 TGGATGCTGGCGGGTGACTTGCAGTGGGCGCCTGGCAGTGGGTGTGGACTGTAACTGACAGGTGGAAATGAGTAGGGACA 2321 CTATTGTTCCCTCCATGCCAGCTTTTTTTTTTGCTGGAAATGCCCCCTCCACACCCCTGGTAGCTCTGTGTCCTGAGAAA 2401 TCCAGAGTGTGGGAGACATCACTGCATCTGTCCCCCCAGCTTCTGTGAAGGGAAGCTGTGGCCTCTTTTGAATGTGGGGA 2481 ACAACTGAAGACTCAGGGGTCACCCAGAGGTCTGGTGGAAAGCAACTTCAGGTTTCATCTTGCTCTATTCCTCAAAGGTC 2561 TGGTCTGTGGGCCTCTGAGGAGAAAACAGGTCTAGCCAAGACAGGGACAAAATGGGGAAGGGGATGTGCCAGGCCTGAAC 2641 TGAGCTAAGCACCTGCCCCGGGCTCCACACTTCCATCTTTCTTTTGTCTTCATTTCACCTCTGTGTTTAAAGCACTGTGT 2721 GACATAGCTCCTTAGAGATATAACCTATTGTCTGCTCATTGTCACGTGTGTGTGTGTCATCTTTGTATTCTTGCAGTGGT 2801 TTCACATTTCCTTACCCAGTCAAGCCAGTATCCCATCCTTCCTCATAATGCACAACATTTGGCTCATTTTATTTTTCTCA 2881 TTGTTATTTTTTATTTTTATTTTTTGAGATGGATTCTCACACTGTTACTCGGGCTAGAGTGCAATGGCGTGATCTCGGCT 2961 CACTGCAACCTCCACCTCCTGGGTTTACACAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGCGCCCGTCA 3041 CCACACCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGCAGCTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTTGAAATCCTGACCT 3121 CAGGTGATCTGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCTACTGCGCCTGGCCAAGTTTTTTACAA 3201 ATATTTTTCTTTTGGTGGAACTCATCTGTGCACTCTCTGGTGTGTTTTTCCACCTTTGTTGGGTCTTGGCTTAAAATATC 3281 CTCATGTGGGCTAGGTGTGGTTACTCACACCTGTAATCCTAGCACTTTGGGAGGTTGAGGCAGGAGAATCCCTTGAGCCA 3361 GGAGTTCAAGACCAGCCTGGGCAACATAGCAAGAGATCCCATATCTACCAAAACATACAAGAATTAGCCAGATGTGGTGG 3441 TGCATGCCTGTGGTCCCAGATACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGGATCACCTATGCCTGGGAGGTTGAAGCCCCAGTGAGC 3521 CATGATCACACCACTGTAGTCCAGCCCGGGTGACACAGCAAGACTCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATCCTCATG 3601 CAAGAAGGGAAGGACCAAGTCCCATTCCCTCTTGCCTCATTTTCAGAGCCTGGGGTAGGGGCTACAGGTGGCATAGGAAG 3681 GGTCTGCAAGGTGGGTGGGACTTGGCAGGTGTTGGGAAGAGGAATAGGGGTGGCAAGTGTCAATGGTGAAAAGACAGGCT 3761 GAGGGGTGTGGTGGGAAGGCTGGGGGAGAAAGGTGAGAAGTGATTGGGGGGGCTTCCCTGATGAGTCCTCATGGAGGGTG 3841 CTGAGGCAGGGAACAGGGGTGCAGGGACAGTGATCAGGGCACCTGGTACCCTGACCAACTTGATGATGGCATCTCTTTTA 3921 AGATGCCCAAGTCTGCGCACTTTTATTCCTTTATTCGGCCCCTAGCACCCCCTCCCCACCCCAAAGAAGGTCAGTTGCAT 4001 GCGTGTGGGGATGTAGCTCAAAAAAGAAATAAGATGGAGTGGAAAGGAAAGAAAGGAAGAAGCAGGAATTCAAGGTGGGT 4081 GGGCTGAGCTTGGGGCCACCTAGCCCACCTGCTCCAATCAAGGGCTGGAACAAACCTGAGGCCACTTGGAGAGGCAGGGC 4161 TGGGCAGGGACAGGGGGTGGGGGCCGAAATCACAGCTTCCCCATCAGAGCCAGATGTGTGAAGGAAATGTCCCAGATGGC 4241 AGTAGTTTCTCGGCAAGGAGGGGAATCCTGGAGATGGTTCATGTCTGTGATCCCAGTGCTTTGGGAGGCTGAGGTGGGAG 4321 GATTGCTTGAGCCCGGGAGTTCGAGACCAGCCCTGGGCAACATGGCGAGACCCCATCTCTACAGAAATTAAAAAAAAAAA 4401 TTAGCCAGTTGTGGTGTCAAGCACCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGTTGGGAGGCTTATCTGAGCCCAGGAGG 4481 TGAAGGCTGCAATGAGCCATGATTACACTACTGTACCCCAGCCTGGGCAACAGAGCAAGACCCTGCCTCAAAATTAAGAA 4561 AAAAAAAAGGGGGGCCAGGCGCAGTGGCTTATGCCTGTTATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGCAGACTGATCGCTTGA 4641 GGCCAGGAGTTTGCGACCAGCCTGGCCAACATAGCAAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGTCAAGAGTGGA 4721 TGGTGCGTGCCTGTAATCCCAGCTACCTGGGAGGCTGAGACAGGAGAATTGCTTGAACCTGGGAGGCAGAGGTTGCAGTG 4801 GTGTGAGATCACGCCACTGCATTCCAGACTGGGCAACATAGCAAGACTCTGTCACAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAATTCC 4881 CTGCTCTGCTTTTCTGCTCGTTGCTGGCATAGAAACATCTAGAACAGAAAGTATCCACTCTGGGGCAGATGGGAGAGCTG 4961 GAAAAGTAGATTCAAGATGCCTTTTAGTCTTGGAAGTTTCTTCCAGGAAGCAAGACCAGCTGGTATGTTTACACCTGCAC 5041 TCCAGTGCCCTGGGGAGGTGACCAGGTGGAGGGGGATGGCTCATGGAAATCTGTCCCGCACAGCTGGCCCCCTTTTGGCT 5121 GCCACTGTCTAGACTGTTGGCCTTTGACCTCTCTGCCTCTTGTGGCGTCTGAACCTAGACGTCCCTTTTGGAGACAGCTG 5201 GACAAAGCCCTATTCTCCGCAGCCCCAGCCTCTATCCTGAGGCCTCTGGGAGCTGCGTGACGGCCAGCATGGGGTGCTGA 5281 TCATGGTCAAGGAGGCAGGTCTTTGCCAGGTTGCCCCATGCAGCCACCCATCCTCAGCATCCTAACTTGAGGGGGCAGGA 5361 GAGGGCTTTGTTTTTATAATCCGGATTAAATTTCCCTTCCCTGGGCACAAGTGCCTCATGAGGGCCCGGGGCTGCTGGTT 5441 GGGAGGGAAAGCATCCCCGTTTTTGCAGTGAGGAGGCCGGCCGAGGGCTGGGGTTCCACTTAGACCCTTGGCAGAATGGC 5521 TGTTGAGGGGCAGGCGCTGCCCAGTGCCCACGTCTGGAAAGCTAATTCCCGGGTGGACGCTGAACATACCTGCTGAGAGA 5601 CTCTGTCCCCTGGTTTCCAGGACAGTTGTCACAAGCTGAGTGGGGGGGGACTCCCAGGACTTGAGGGACCCAGTCCCACC 5681 CCAAACTGCTCCCCCTCCCCCAAATTCCCTTTCTCCTCCTGCTCTTTCTCCCCGCTGTGCCTCCCCCAGTTACCCACAGA 5761 AGTGCCTGCCTCTCCAGCGCTCACAGAACACACAAAAAGGGACAGGAATTGGTCACTGGGTAGTGGCCGTGGCTCCTGAC 5841 GATCCAGACCAGCGTCTGGCCCAAGCCATTCAGAGGTGGGGTCTGGGGCCTGGGGGTTTTGTGTCGTGACACTTTGTCTC 5921 AAGGAGATTCCACATAGGGATTTGAATTAGGCTTTCTGCTTGCCAAGGCCTGTGGCATCTGAGCCTGGCTGAGGGCCGGG 6001 CAAGCCTCCCCTGAGCCTTTGGAAGCCGAGTTCACTCTCTGCCTGCCCAGGGGAGCACCGGCTTGGTTCTGGGGGCTCCT 6081 CTAACATCTCAGGTTTTTATCTTGTCTTAAATTTCTTTCTAGGAAAAAACCCTTCCCTGCCAAAGGTGACTGTGTTTTCT 6161 GCCGCCGAAGGAGGGCCCGGTCCCTCCAGGCTCAGTGTGGCTTCTCCCTGACCCCCGCCCTAGAACTTTTGCCAGTGCCT 6241 TTTCTGAAACTCCTGTGTCCCGGGCCCCCCAGGCGGAGAAGGATATGCCGGATTCTGCCTGGGGCTGGGCTCTAGGAGAC 6321 CCCAAATTTGACACCACAGAAAGCAAATAAAACACTTGAAATACGCATAC Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DRVs in gene 3'UTRs |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in gene 3'UTRs |
|
Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
---|---|
miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
|
Conditions | HEK293 |
Disease | 54858.0 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
"PAR-CLIP data was present in GSM1065667. RNA binding protein: AGO1. Condition:4-thiouridine
... - Memczak S; Jens M; Elefsinioti A; Torti F; et al., 2013, Nature. |
Article |
- Memczak S; Jens M; Elefsinioti A; Torti F; et al. - Nature, 2013
Circular RNAs (circRNAs) in animals are an enigmatic class of RNA with unknown function. To explore circRNAs systematically, we sequenced and computationally analysed human, mouse and nematode RNA. We detected thousands of well-expressed, stable circRNAs, often showing tissue/developmental-stage-specific expression. Sequence analysis indicated important regulatory functions for circRNAs. We found that a human circRNA, antisense to the cerebellar degeneration-related protein 1 transcript (CDR1as), is densely bound by microRNA (miRNA) effector complexes and harbours 63 conserved binding sites for the ancient miRNA miR-7. Further analyses indicated that CDR1as functions to bind miR-7 in neuronal tissues. Human CDR1as expression in zebrafish impaired midbrain development, similar to knocking down miR-7, suggesting that CDR1as is a miRNA antagonist with a miRNA-binding capacity ten times higher than any other known transcript. Together, our data provide evidence that circRNAs form a large class of post-transcriptional regulators. Numerous circRNAs form by head-to-tail splicing of exons, suggesting previously unrecognized regulatory potential of coding sequences.
LinkOut: [PMID: 23446348]
|
CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1065667 | |
---|---|
Method / RBP | PAR-CLIP / AGO1 |
Cell line / Condition | HEK293 / 4-thiouridine, ML_MM_6 |
Location of target site | ENST00000597431.2 | 3UTR | AACCCCAUCUCUACUAAAAAUACAAAAAUUAGU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23446348 / GSE43573 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
92 hsa-miR-19a-5p Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT038980 | WDR96 | cilia and flagella associated protein 43 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT063864 | RASSF8 | Ras association domain family member 8 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT077656 | IGF2BP1 | insulin like growth factor 2 mRNA binding protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT078461 | MAP3K3 | mitogen-activated protein kinase kinase kinase 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT095248 | FAM13B | family with sequence similarity 13 member B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT109490 | KLHL15 | kelch like family member 15 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT155378 | CCNT2 | cyclin T2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT163208 | EDEM1 | ER degradation enhancing alpha-mannosidase like protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT188326 | ARID1A | AT-rich interaction domain 1A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT204723 | BZW1 | basic leucine zipper and W2 domains 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT236399 | HMGXB4 | HMG-box containing 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT237114 | P2RY1 | purinergic receptor P2Y1 | 2 | 5 | ||||||||
MIRT286942 | SOCS7 | suppressor of cytokine signaling 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442523 | MOB3B | MOB kinase activator 3B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT473428 | MDM4 | MDM4, p53 regulator | 2 | 2 | ||||||||
MIRT476783 | FOS | Fos proto-oncogene, AP-1 transcription factor subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT476942 | FAM83G | family with sequence similarity 83 member G | 2 | 2 | ||||||||
MIRT480184 | CALM2 | calmodulin 2 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT489620 | ZNF384 | zinc finger protein 384 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT492246 | SLC39A9 | solute carrier family 39 member 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT492422 | RGL2 | ral guanine nucleotide dissociation stimulator like 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT494860 | ZNF99 | zinc finger protein 99 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT497001 | SNAP25 | synaptosome associated protein 25 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT501973 | MAPK6 | mitogen-activated protein kinase 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT504917 | CD38 | CD38 molecule | 2 | 4 | ||||||||
MIRT507019 | HMGA2 | high mobility group AT-hook 2 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT510820 | SBNO1 | strawberry notch homolog 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT514166 | PGPEP1 | pyroglutamyl-peptidase I | 2 | 2 | ||||||||
MIRT514328 | PSMG2 | proteasome assembly chaperone 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT514429 | SLC38A7 | solute carrier family 38 member 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT514537 | ESR2 | estrogen receptor 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT516117 | SRPX2 | sushi repeat containing protein, X-linked 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT517759 | ZNF366 | zinc finger protein 366 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT518495 | FAM161B | family with sequence similarity 161 member B | 2 | 4 | ||||||||
MIRT518512 | CASP10 | caspase 10 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT518561 | GDPD1 | glycerophosphodiester phosphodiesterase domain containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT518641 | NOM1 | nucleolar protein with MIF4G domain 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT518729 | ABCG8 | ATP binding cassette subfamily G member 8 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT523565 | GGCX | gamma-glutamyl carboxylase | 2 | 4 | ||||||||
MIRT526523 | YIPF6 | Yip1 domain family member 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT530254 | ZNF620 | zinc finger protein 620 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT531658 | ZFP14 | ZFP14 zinc finger protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT532699 | TCN2 | transcobalamin 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT534019 | STXBP4 | syntaxin binding protein 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT535748 | MYO10 | myosin X | 2 | 4 | ||||||||
MIRT544509 | GTF2E2 | general transcription factor IIE subunit 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT546758 | RLIM | ring finger protein, LIM domain interacting | 2 | 2 | ||||||||
MIRT547929 | HNRNPR | heterogeneous nuclear ribonucleoprotein R | 2 | 2 | ||||||||
MIRT550130 | ZNF138 | zinc finger protein 138 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT551763 | MED21 | mediator complex subunit 21 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT557727 | FYCO1 | FYVE and coiled-coil domain containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT558924 | CBX1 | chromobox 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT562466 | CORO1C | coronin 1C | 2 | 2 | ||||||||
MIRT562759 | ZNF846 | zinc finger protein 846 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT563061 | ZNF28 | zinc finger protein 28 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT563336 | RPLP0 | ribosomal protein lateral stalk subunit P0 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT569170 | DMD | dystrophin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT573256 | TNFAIP6 | TNF alpha induced protein 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT575057 | P2ry1 | purinergic receptor P2Y, G-protein coupled 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT575360 | Zxda | zinc finger, X-linked, duplicated A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT613233 | CCDC39 | coiled-coil domain containing 39 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT613347 | ADRBK2 | G protein-coupled receptor kinase 3 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT613952 | TMEM59 | transmembrane protein 59 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT615488 | EDN1 | endothelin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT618710 | ESD | esterase D | 2 | 2 | ||||||||
MIRT630609 | ARHGAP1 | Rho GTPase activating protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT630619 | CXCR6 | C-X-C motif chemokine receptor 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT630631 | IMPAD1 | inositol monophosphatase domain containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT630674 | KLF7 | Kruppel like factor 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT630746 | COG6 | component of oligomeric golgi complex 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT636853 | ZSCAN2 | zinc finger and SCAN domain containing 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT638642 | GPATCH8 | G-patch domain containing 8 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT639106 | MMAB | methylmalonic aciduria (cobalamin deficiency) cblB type | 2 | 2 | ||||||||
MIRT639422 | PKP1 | plakophilin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT640187 | ABCC12 | ATP binding cassette subfamily C member 12 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT641757 | SF3A1 | splicing factor 3a subunit 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT666577 | RHOBTB3 | Rho related BTB domain containing 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT672166 | FANCF | Fanconi anemia complementation group F | 2 | 2 | ||||||||
MIRT688345 | ETS1 | ETS proto-oncogene 1, transcription factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT690120 | ZFAND1 | zinc finger AN1-type containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT696939 | CERK | ceramide kinase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT701361 | NR4A3 | nuclear receptor subfamily 4 group A member 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT703288 | GID4 | GID complex subunit 4 homolog | 2 | 2 | ||||||||
MIRT709146 | ZNF799 | zinc finger protein 799 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT710848 | FAM210A | family with sequence similarity 210 member A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT712621 | GTF2H5 | general transcription factor IIH subunit 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT714591 | CMBL | carboxymethylenebutenolidase homolog | 2 | 2 | ||||||||
MIRT716909 | CACNB2 | calcium voltage-gated channel auxiliary subunit beta 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT721165 | FAM200B | family with sequence similarity 200 member B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT722404 | BCAS2 | BCAS2, pre-mRNA processing factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT722517 | DSTYK | dual serine/threonine and tyrosine protein kinase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT724599 | AP3B1 | adaptor related protein complex 3 beta 1 subunit | 2 | 2 |
miRNA-Drug Associations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|