pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-6871 |
Genomic Coordinates | chr20: 41169023 - 41169078 |
Description | Homo sapiens miR-6871 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-6871-3p | |||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 35| CAGCACCCUGUGGCUCCCACAG |56 | |||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||||||||
Experiments | Meta-analysis | DRVs in miRNA |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | LRRC27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | leucine rich repeat containing 27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001143757 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_001143758 , NM_001143759 , NM_030626 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on LRRC27 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of LRRC27 (miRNA target sites are highlighted) |
>LRRC27|NM_001143757|3'UTR 1 CACCAGGTGGCTGGACTGATGGAGACGTCTTCAGACAGGAGCCGCTCAGTCTTCTTTCCCGGGCGTCGCCTCCTGTGTGG 81 TGCCGGAAGAGCGCCAGGTTCAGTGTTACCCTGAGGGCTGATTTCGCGCAGCCTGTTGTTTTCCTTAGACAGGTCCACGT 161 CCCTCTCCTGAGGCTGTGGAAGATTTCAGCCGTATTAAAAGAAAGGACACTGTGAGCACGTGGTCTCGCCTTCCCTTCTT 241 CCTGCAGGTTCCCGCCAAGCCATGTGACAGAGTGCTCACACTCAGGCACTTGCCTCTCTCCTGTCCTGGAGCCCTTGTTA 321 CAAAAGTACTCACAGCTTTCCTTCACTTAGTTATTTGAGTGTGGGAGAGGAGACCAGGTCACCCGATTCCCGCCAAGCCG 401 GAAGTCCCTGCAGCACCACCTTTGGCTAGGAGGGAGGGGTGACAGCCAAAAAGGGCTTCGGGGGAGTGGTTACCCTGCTC 481 CCTGCCCAGTGACAAGCCCTCCTTTCCCCTGGGGGCCCTCCTTTCCCCTGCTCCCTGCCCAGCTACGGGGCCCTCCTTTC 561 AGCCTTGACCCCTTCCTGGTTGCTACCACTCAGGCTGCCACTCAGTGGACTCCACCCCAGGGACACGGCAGGGTCTGCAG 641 ACCTCCCCATGCTAGATCAGCCGTATTTCATGCTCTGTCTGCCCAGGCTGTGTAGATTCTGTGTGACTTAGTCTCTTGTG 721 CTGAGTGTTTGCTTGGATCTTGAAAACATCTTTGGTTTGATTTCTTTAACAGAGGTGAGACTATTCAGACTTTGTTTATT 801 TTTGTGTTAATTTTGGTAAATATGGTTTCAGTGAGTTTCCTCATTTCATCCAAGTTGTGCAATGTATCAGCATAAAGTTC 881 CTCTTATTTTCAGTATCTTTAGGATCCGTAATAATGTCCCCTCTTTTATTCTTGACCTGGTGTTCTTCATCATTCTTGCT 961 ATGGATTTATCAATTTTGTTCCTCTTTTCCAAAAGCCCCAGGTTTTGGCTTCACTGGATTTGCTGTTTGTCTTCTGTCTC 1041 ATGGGTCTCTGCGCCCTGCACTTCGTACTTTCCGAGAGTTTAACTGGTGCTTAGAGAGAAATGCATCACTTCCAAACCCA 1121 TGTATTAGAGAAGAAGGGCGTGAAATTTATCACCTAAGCTTTCCATTCAGGAAGCTAGAAAAGGTGTCAGTGACCTGTTG 1201 CGGCCCAGCGGCTGGAGCAGCAGACGTTTGCCATTTCTCACGCCTGAGGGCAGGCGTTGGAGCAGCTCAGCCGGCGTTGC 1281 TGGTCAGGGTCTCCCGTGAGGCTGGAGTCAGCCGTGGGTTGAGCTGCTCTCCTCTGAAGGTTTAACTGGGCTTGGGGCTC 1361 AGCTTCCAAGGTGCTCACCTGGTTGTTGATCAGAGAGCGTGTCCGTTGTGATCCCAGTCCTTTGAAACTGTGAAGCCTCG 1441 CCCCGCGGCCTGCCGCAGGATATGTTTTGGTAAATGTAGACTGTGCACTTGAGAAGAATGTATTTTGAGTTGTTGGGTAC 1521 ATTGTTTTGTGTGTGTCAGGTGACATTGACTAATCCTGTTGCTCAGAGCTCCTGTACCCTTACTGACTGACTTAAGCCTG 1601 GTTTCTCAGTTACTGAGAGAGGCCTGTGAACAGTTCTAGCTATGATCATGAACATGTGTTTTCTTCTTAGTTATGTGAGT 1681 TTTTGCTATACGTGTTTTGGGGCTATTTTGTCAGATGCCTACAAATTTAGGATTGTTTTATCTTCCTGTCGAACTGACCT 1761 TGTCATTATTATGAACTATTTCTCTTCGCCTCTCCTTTTCACTTCTTGCCTTCTGTGGATTTTGTCTGATACTAATCCAG 1841 GCACACTGCTGCTGTTTTGGTCAGCGTTTTCATAATGCATCTTCTTCCCTCCTTCTACTGTACTGGATTTAAAGCGCACC 1921 TTATAGAGACATCATATACTCGGGACTCCTTTTCTTTCTCTAGCTGCCAGTTCTGTGTTTCAGTTACAGTGTTTGGCCCT 2001 CACATTTAAGGTGCGTGTGCGTACGGCGGATTCCGTGCCCATCTCATGTTTTTATTCCCTTTATTCTTCTTTTGCTGCTT 2081 TCTGATAGTGATCAATTTTTTTATTTATATCTCTTGTATTAGAGTTTTAGTAATATCTTTTAATATTATTCTCTTGGGTG 2161 TTGCCTTAGAGATTTCATACATGCCCTTGAGTTCATTAGCATTTCCTGAATGAGCCAATGACCCTGAGAAGGTCCCTCCC 2241 ATCTGCCAGTTCCCTGCCATTGATGCTGTTGCTCTCGTCCGCCTCCCTTCCACAGGTAAGCACGCAAGACACAGGTACCG 2321 TGTGCCCCAACGGTGTCTTGACTCGCTGTTCCTAGACATCAGTGTTTGCTTCACTTTACCCATCCCGATGCTCTTCCTTC 2401 CTGCAGCTTCATGCTCCAATGAGGGCTGATTTTCATTTAGCTAAATAACTTTTTTTTAAGTATTTCTTTGTATCATGGTT 2481 ATGCTTTGACTGGCCGTAAGTTCTCTCAGCTTTTGTTTGTCTGAAAATAAATTTAGTTCGCCTTTATTCTGCACAGGACA 2561 GAATTCTAGGTGGATGATTTTTGCCATTCCCAGAACTTTAAAGATGGGCTCCACTGTCTTCTGGCTCCCATGTGTTTTGT 2641 TAAAAATTCAGTGTTCAGGCCGGGTGCTGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGAGTGGATCA 2721 CGAGGTCAGGAGATCGAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAAATACAAAAAATTAGCCGGGC 2801 GTGGTGGCTGTAGTCGCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCGGGAGAATGGCGTGAACCCAGGAGACGGAGCTTGCAGTGAGC 2881 CGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAGATTCAATGTTC 2961 ATTGTTATTTGTTGCTCCTTTGAAGGTAATGGGTCTTTTTTCTTTGTCTTAAAATTGTTTCTCCTTATCTTTGGTTTTCA 3041 GCAGTCTGTGCTGTGCCTGGATGTAATTTTCTTTTTACGTATTTTTCTTGGAATATACAGAACTCAAATCTGGGAGTTAG 3121 CATCTTTCATCAGTTTTGGAAAATTCTTAGCCATTTTTTTTTTTTTTACTATTTTTTCCCCTGTTCTCCCTCTTCTCCCT 3201 GAGACTTCAGTTTTGTGTGTGTGTGCACATGTGTGTATGCATTCGTGCGTACGAGTGTGTGCATGTGTGCGCCCGTGTGT 3281 ATGTGCATATGTGAGTGTGTGTGGCTGTAACCTGCACGTCTCTTCTGTCATGTGTTCTATTTTTCATTCCTCTCTGTACA 3361 TCAGGCTAGATGCCTCCTGTCTACGTGGTTTTAGATTTACGAATCCTGTCTTCTGTTGTGTCCCACAGAAAAACCCATGA 3441 GGTTTTTTAACATTAAAAACAGCAGCTTTATGATAGAGAAAAAAACACAAACATAGACGATTGTACCATTGCACTCAGAA 3521 GAAACATCCCAGGCCCTGAGCAGCGTGTCTTTCCTCGGCCGAGTCAGGCTTCCTGGTGAGCCTCAGGGAGTGCATGGTCT 3601 CAGATGCCATCCTTCTCTTCTCCAGCATTTCCACTCACCTCCGTGTTCTTGGGGAGTGCGTGGTGTCAGATCCCATCCTG 3681 CTCCTCTCCAGAGTTTCCGGTCACCTCCGTGTTCTCAGGGAGTGCGTGGTCTTGGATGCCATCCTGCTCATCTCCAGCAT 3761 TTCCTCTCACCTCCGTGTTCTCGGGGAGTGCGTGGTGTCAGATCCCATCCTGCTCATCTCCAGCATTTCCTCTCACCTCT 3841 GTGTTCTCGGGGAGTGCGTGGTGTCAGATCCCATCCTGCTCCTCTCCAGCATTTCCTCTCACCTCCGTGTTCTCGGGGAG 3921 TGCGTGGTGTCAGATCCCATCCTGCTCCTCTCCAGAGTTTCCTCTCACCTCCGTGTTCTCGGGGAGTGCGTGGTCTCAGA 4001 TCCCATCCTGCTCCTCTCCAGAGTTTCCTCTCACCTCCGTGTTCTCAGGGAGTGCGTGGTCTTGGATGCCATCCTGCTCA 4081 TCTCCAGCATTTCCTCTCACCTCCGTGTTCTCGGGGAGTGCGTGGTGTCAGATCCCATCCTGCTCCTCTCCAGCATTTCC 4161 TCTCACCTCCGAGCTCTCGGGGAGTGCGTGGTCTCAGATCCCATCCTGCTCCTCTCCAGAGTTTCCTCTCACCTCCGTGT 4241 TCTCGTTCTCATCTCTGCCGGAATTCCACATCTGCTCGTGCATGCCATCCACCTTTTCCACTAGATCCTTTTACATCATC 4321 ATTATAATGATTTTTTTTTAATAAGTGTTTTCTTTCAGTTTTAAATTTCAGATGTTGTGTTTTTCAGGTCTAAGGTGTCT 4401 GGTAATTTTTTGTGGATGCCGATTCTCTGTTGAAATTCTCCATCTTTTCATTTCCTTTATATCTCTTTTCTTCTTTTTTC 4481 TATAATATATTACATTTTTCTAATAAGTTTTTAGTGAGTGTCCAGCATTGTATAAGTTGACCCTTGAACAAGAGTTTGAA 4561 TTATAAGGGTCCACTTATAAGTGGATTTTTAAAAAAATATATATTGCAAAAATTTTTGGAAATTTGCAACAATTTGAAAA 4641 ACTTTGCAGATGAGCCACATAGCCTAGAAATATCTGAAAAAAGAAAAAGTTATGTCATGAATGCATAAAATATACAGACC 4721 ATACATGGACCATTCACAGTAGAGAGAAATGTCGCCGTAAAGATGCAGCATTGGCCGAGTGCAGTGGCTCACGCCTGTAA 4801 TCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGCAGATCACCTAAGGTCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGAGAAAC 4881 CCCGTGACTACTAAAAATAAAAAATTAGCCAGGCATGGTGGCACATGCCTGTAACTCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCA 4961 GGAGAATCACTTGAACCCGGAAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCACGCCATTGCACTCCAGCCTGGGCAACAAGAG 5041 CAAAACTCTGTCTCAAAAAAAAAAAAATGCAGCATTAAATTATAACTGCATGAAATTAACTGCAGTCCACAGTGTGCTGC 5121 TGGAATAATTACAAAGCCACCTCCTGTTGCTATTGCAGTGAGCGCAAGCATGTCAAGGATCCGCTTAAAACATCGTGTGG 5201 TGCTAATCTCTGCACGAGCGGTTCATGTCTTCAGTACATTGTGTATCACGGTAAAAAGTGATCTGTTTTAACTGGACATG 5281 GTGGCACACGCCTGCAGTCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGGATCCCTTGAGCCCAGGAGGTCGAGGCTGCAGT 5361 GAGCTGTGATTGCACCACTGCACTCAAGCCTGGGCAACAGAGTGAGACCCCAACTTGAAAAAAAGGGGACATCGGGATGT 5441 TCTTGTGTATTTTTCATGTTGAGCGCAATACTGTAAACCTTGAAGAACACTTTGGGACCCATAGAGTGCCACCAGTCATG 5521 CCAAAGAGCTCCTGAGAAGCAGAGAAAAGTCATGACATTTCAAGAAAAAGTTGAATTTCTTGATATGTTCCGTAGATTGA 5601 GGTTTACAGCTGCGGTTGCCTACCAATTCAAGATAAATGAATCCAGCGTAAGGACCATAGTAAAAAAATAAGGAAATTTG 5681 TGAGCAGGCACAAAAGCCTTAACACTTTCTGTGAAATACCTTTTTATCTTGTATTGGGAATGCAGCTTTTATGTGGGTAT 5761 AGGATTGCTGTGTGTGATGGTTCATATTAAATGTCAACTTGATTAGATTGAAGAATGTAAAGTATTGTTTCTGGGTGTTG 5841 CCAGAAGAGATTAACATTTGAGTCAGTGGACTGGGAGAAGACCCACCACAGTGTGGGCAGGCACCATCCAGTCGGCTGCC 5921 AGCATGGCTGGAAAAAGCAGGCAGAAGAAGGTGGCTGAAGCTGACTGGCTGAGTCTTCTGGCCTTCATCTCTCTCCCATG 6001 CTGGATGCTTCCTGCCCTTGAACATCAGACTCCAAGTTCTTTAGCTTTTGGACTCTTGGACCTACACTGGTGTTTTGCCA 6081 GGGGCTCTCGGGCCTTCGGCCACAGACTGAAGGCTGCACTGTCGGCTTCCCTCCTTTAGAGGTTTGGGGACTCAGACTGA 6161 GCTACTACTGGCTTCCTTGCCCCTCAGTTTGCAGACAGCCTATTGTGGGACTTCACCCTGTGATCCTGTGCCTCAGTTCT 6241 CCTTAATAAACTCCATTTCATATG Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | HEK293 | ||||||
Disease | 80313.0 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
"PAR-CLIP data was present in GSM1065667. RNA binding protein: AGO1. Condition:4-thiouridine
... - Memczak S; Jens M; Elefsinioti A; Torti F; et al., 2013, Nature. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Memczak S; Jens M; Elefsinioti A; Torti F; et al. - Nature, 2013
Circular RNAs (circRNAs) in animals are an enigmatic class of RNA with unknown function. To explore circRNAs systematically, we sequenced and computationally analysed human, mouse and nematode RNA. We detected thousands of well-expressed, stable circRNAs, often showing tissue/developmental-stage-specific expression. Sequence analysis indicated important regulatory functions for circRNAs. We found that a human circRNA, antisense to the cerebellar degeneration-related protein 1 transcript (CDR1as), is densely bound by microRNA (miRNA) effector complexes and harbours 63 conserved binding sites for the ancient miRNA miR-7. Further analyses indicated that CDR1as functions to bind miR-7 in neuronal tissues. Human CDR1as expression in zebrafish impaired midbrain development, similar to knocking down miR-7, suggesting that CDR1as is a miRNA antagonist with a miRNA-binding capacity ten times higher than any other known transcript. Together, our data provide evidence that circRNAs form a large class of post-transcriptional regulators. Numerous circRNAs form by head-to-tail splicing of exons, suggesting previously unrecognized regulatory potential of coding sequences.
LinkOut: [PMID: 23446348]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1065667 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO1 |
Cell line / Condition | HEK293 / 4-thiouridine, ML_MM_6 |
Location of target site | ENST00000392638.2 | 3UTR | AGGCCGGGUGCUGUGGCUCACGCC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23446348 / GSE43573 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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88 hsa-miR-6871-3p Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
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Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
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MIRT061678 | BTG2 | BTG anti-proliferation factor 2 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT116181 | NUFIP2 | NUFIP2, FMR1 interacting protein 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT150139 | MIDN | midnolin | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT197058 | NKIRAS2 | NFKB inhibitor interacting Ras like 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT225108 | GOLGA7 | golgin A7 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT376288 | CALM3 | calmodulin 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT454810 | NEDD9 | neural precursor cell expressed, developmentally down-regulated 9 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT464228 | VEGFA | vascular endothelial growth factor A | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT466961 | STAT3 | signal transducer and activator of transcription 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT468219 | SGK1 | serum/glucocorticoid regulated kinase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT472460 | NASP | nuclear autoantigenic sperm protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT474203 | LEPRE1 | prolyl 3-hydroxylase 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT475836 | HDGF | heparin binding growth factor | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT478667 | CTC1 | CST telomere replication complex component 1 | ![]() |
![]() |
2 | 14 | ||||||
MIRT478707 | CSRNP2 | cysteine and serine rich nuclear protein 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT478982 | COMMD2 | COMM domain containing 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT479693 | CCNT2 | cyclin T2 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT488440 | ULBP2 | UL16 binding protein 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT492511 | RAET1L | retinoic acid early transcript 1L | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT492975 | NCS1 | neuronal calcium sensor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT494158 | COL4A1 | collagen type IV alpha 1 chain | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT495934 | SLC7A5P2 | solute carrier family 7 member 5 pseudogene 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT496210 | PLEKHG2 | pleckstrin homology and RhoGEF domain containing G2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT496356 | PPY | pancreatic polypeptide | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT496385 | ZC3H6 | zinc finger CCCH-type containing 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT496463 | DCTN5 | dynactin subunit 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT497642 | GLDN | gliomedin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT498496 | FRK | fyn related Src family tyrosine kinase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT501928 | MCL1 | MCL1, BCL2 family apoptosis regulator | ![]() |
![]() |
2 | 8 | ||||||
MIRT513286 | PDPK1 | 3-phosphoinositide dependent protein kinase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT514767 | RBM4B | RNA binding motif protein 4B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT514916 | MDM2 | MDM2 proto-oncogene | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT515669 | LRRC27 | leucine rich repeat containing 27 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT520367 | UBE2G2 | ubiquitin conjugating enzyme E2 G2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT523960 | DYNLT1 | dynein light chain Tctex-type 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT526859 | KIFC1 | kinesin family member C1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT527673 | CASP8 | caspase 8 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT527828 | TMEM74B | transmembrane protein 74B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT529553 | EI24 | EI24, autophagy associated transmembrane protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT530547 | SYNPO | synaptopodin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT531725 | TARS | threonyl-tRNA synthetase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT533340 | UNC119B | unc-119 lipid binding chaperone B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT533620 | TNFRSF13C | TNF receptor superfamily member 13C | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT537226 | GAN | gigaxonin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT544430 | ZNF460 | zinc finger protein 460 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT546905 | PTP4A1 | protein tyrosine phosphatase type IVA, member 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT547102 | PLAG1 | PLAG1 zinc finger | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT547820 | ISG20L2 | interferon stimulated exonuclease gene 20 like 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT548236 | FEM1B | fem-1 homolog B | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT550034 | WWTR1 | WW domain containing transcription regulator 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT554337 | SH3GLB1 | SH3 domain containing GRB2 like, endophilin B1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT565483 | SPRTN | SprT-like N-terminal domain | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT568200 | CBX6 | chromobox 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT569754 | C2orf71 | chromosome 2 open reading frame 71 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT571369 | ZNF45 | zinc finger protein 45 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT609886 | CLASP1 | cytoplasmic linker associated protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT640543 | C3orf36 | chromosome 3 open reading frame 36 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT640885 | ENTPD1 | ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT643494 | LRCH3 | leucine rich repeats and calponin homology domain containing 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT643627 | YY2 | YY2 transcription factor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT644384 | ZNF286A | zinc finger protein 286A | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT646126 | SLC26A9 | solute carrier family 26 member 9 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT655939 | NDUFA4P1 | NDUFA4, mitochondrial complex associated pseudogene 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT656057 | MYLK4 | myosin light chain kinase family member 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT658767 | EIF4EBP2 | eukaryotic translation initiation factor 4E binding protein 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT661583 | EPHX2 | epoxide hydrolase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT664285 | RNMTL1 | mitochondrial rRNA methyltransferase 3 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT689391 | ZNF850 | zinc finger protein 850 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT694530 | TRIM72 | tripartite motif containing 72 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT694626 | ZFPM1 | zinc finger protein, FOG family member 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT695133 | PRY2 | PTPN13-like, Y-linked 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT695150 | PRY | PTPN13-like, Y-linked | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT697468 | ZC3H4 | zinc finger CCCH-type containing 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT701919 | MLXIP | MLX interacting protein | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT704548 | CNBP | CCHC-type zinc finger nucleic acid binding protein | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT704791 | CDK6 | cyclin dependent kinase 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT705696 | ANKRD13A | ankyrin repeat domain 13A | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT707992 | OTUD4 | OTU deubiquitinase 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT708739 | FAM71F2 | family with sequence similarity 71 member F2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT713401 | FAM179A | TOG array regulator of axonemal microtubules 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT713846 | FAM3D | family with sequence similarity 3 member D | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT716998 | ARL6IP4 | ADP ribosylation factor like GTPase 6 interacting protein 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT718511 | DIRAS1 | DIRAS family GTPase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT718698 | BTBD9 | BTB domain containing 9 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT719578 | TYRO3 | TYRO3 protein tyrosine kinase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT720892 | CSGALNACT1 | chondroitin sulfate N-acetylgalactosaminyltransferase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT722633 | C8A | complement C8 alpha chain | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT723333 | DGAT1 | diacylglycerol O-acyltransferase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 |
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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