pre-miRNA Information | |
---|---|
pre-miRNA | hsa-mir-3171 |
Genomic Coordinates | chr14: 27633205 - 27633278 |
Description | Homo sapiens miR-3171 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Mature miRNA | hsa-miR-3171 | ||||||||||||||||||
Sequence | 10| AGAUGUAUGGAAUCUGUAUAUAUC |33 | ||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | ||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
|
||||||||||||||||||
Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
---|---|
Human miRNA Tissue Atlas | |
Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Gene Symbol | PIAS1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | DDXBP1, GBP, GU/RH-II, ZMIZ3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | protein inhibitor of activated STAT 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_016166 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on PIAS1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of PIAS1 (miRNA target sites are highlighted) |
>PIAS1|NM_016166|3'UTR 1 TTCCCAGGCCCTGCTGCTCCCATCCCCACCCCAGATCGAATGAACTTGGCAGAAAGAAGAGAACTTTGTGCTCTGTTTTA 81 CCTTACTCTGTTTAGAAAAGTATACAAGCGTGTTTTTTTTCCTTTTTTTAGGGAAAAAATTAAAAGAAATGTACAGAGAA 161 CAAAACTATATTTTCAGTTTTACTTTTGTATATAAATCTAAGACTGCCTGTGTGATAAAACACTTGTTTAAAAAAAAAAA 241 GGAAAGAAAAGAAAAAAGAAAAACAAGCACCCACAAACCACCTTCAGTTCATTTTTTTCTGGATTCTGAAGATTTTTCAT 321 TATTTGTCCTATGGTTTTGGTTTTATTTGACTTCGATGGCATTATTTTATTTGCAATAACAGAAAAGGAATTGCATGTAT 401 GAAGTTTTCAATCGTGGGCTTTTCTTTGTTGTGGGGAGGGGGTCGGGGGATAGTTTGATTTCCATTTTCTGAAAACGACA 481 GACTTGGATTCTGTTTGTGTGTGCATATTTTATCCAGCCTTAAGTTATAAAGCTCATCTGTCCCGCTGCATTCCCTGTGT 561 ATTTTCAGGACATGGCTCGTGGGTGTGTGTGTTCATTGTGTGCGTCTGTATGTATTTTTCTGTCATCACTGTTCCCTCTC 641 CTCCCGAGTGTGCATTCAGTTAATATAATCAGTTGCTTGCTTCTTTCAAAGTGCTTTGAAGGTCTTGAACTCACGTGTGA 721 GCATCTTTATCAACTATCCCAATTGCATGTTCTCCATCACATATTCTCTTATTTGCTCTGTACCCCCTGAGAATATGTTT 801 TAGAGATATTGGAATAAAGCTGTCTGGGTAAGGAGTAGGCTTAGCCGACCTATGAATAATACACTTTAGTCTAGTTCTTT 881 ATTCTAAATCTGGATTGCCAGTATTGTGTATTTAAACCAAGTCTGTGAATACCTGCTTTTTTTGGCCACAGAGTAACAAG 961 TTTTCATGTAAGATCTTCATACCAAAGTAGGAAGTAAAAATAGCTTAGAAAGCTCTGTCAGGTGTTTTGTGCAGCTGACA 1041 GAGGTAATGTTACATCACCTAAAAAAGAAAGATACACGGTCAGTTATCCTAAAAATAAATTGTTTGGAAAGTACAATGCA 1121 CCACATTTTTGTAGAAGTCTACTATTTGATAAACAGTTGAAATTCAAGATGTGTTTGACCCTTAGTCATTTTTACTCTTT 1201 GGTTCTGAGTATACCTATTTTCTTAGCGTATCTGCCTTGTTTATCTTTTTCTTCACCTTTTAACAAGTATGACATAGGAA 1281 AGTCATTTTTTTTTAGAATTCATGGATCAGTCTGATCTACTCTTATTCATAATGGAACATGTAAATATACTGAAAACTGT 1361 TTTTCAGGAGAGAAATATGAGTTGGAGGGAAGGAAAAGTGGTTCTACTAATGTTCCAAAATCCTCATCAGAGAAGGTATG 1441 ATGTTCTCAGGTGTGGAAAATATTTTTTAGTTGATTGAGAATGCAGGTTTAACAGAAGAGATAAGGGGCATAATGACTGC 1521 TGGTTTTCCAGACTGGATTTTCCTACCGCAACTATTAATGTTCTCAGAGTTGATGAGGACCACCTTTGTGTATACACTTG 1601 TAGTTTTAAACCTTGCATTGGTAACAAAATGATCAACTTTAATCCAGGTAGAATTCAAGATGGCTGTACTTCAGTTGTAT 1681 GATAAAATTAATGGTTCTCATGACTTGTGTGGCATCTAAAAATAATGTTTTTATAGCATCTCTCTGCCACTAAATTGTTG 1761 ACTTGAATTTTGGGAAAAAAAAAAGTTGGTGTTGATATGTATATGTGTGTGTGTATATATGTATTTATAAACAAGTGTGT 1841 TTGAGTAACAAGTGAGTTTCATAGTCTTCCCCTACGCATGTGTATTCCACACACAAATGGCTGAGTTATAGTCATAAAAC 1921 AATTTGCAATAAAAAAAAAACCAAAACAGATTGTCAGTTAACCAGGAAACAGTTAATGTTTTTTAATGAATCTGGCATTA 2001 TAGTGAGCAAATGTCGTATTAATTTAGGCTAATTTCTAATACTACCATAATTTGTGTCTAAATTTCTGTTGGGGTAGAAA 2081 TTACTAAAATTGTGGGGAGTTTTTTCTGATTTTTACATTGCTTTAGGAAACATTTTTACTAATTCAGCTGTCTTAGGTAA 2161 AATGAATAGTTTTCTTCCTGTTTTTTTATGTGTCATTGTTAGTGGTCTCAGAATTCTGATCAGTAACTTTGTGTATGATG 2241 CTGAATTACAAACCGTTTGAATGATCCAGTTGAAAACGTATCCCTCTACTTTCTTCAGTTGTAGAAAAGGTTAATTTCCC 2321 TCAGTGTCCCACATTATACCAACCTAAGAGAAGAACAGGTAATAGGGAGAAATAAACATACGGTGGTTTCAGTGGTTTTG 2401 GTCATGTGTCCACAGGAGAAACTAACCATTCAGTTGTCTTAATTTTAGTTCGTTCTACCCTGTGAGGAGTTTGTTTCCAT 2481 CAGTTGTTGACTTTCCAAAATGTTGCATTAAGTAATAGTTGTCACTCTGTTGGTCTCATGGTCAATATCAATCAGACTTT 2561 CATGATCTCTACTAATTATTAGTAGAGTCCTGTACTATGTCTGTAACTACTAAGTTTAAAGAAAAGCACATAGTCACTTC 2641 ATCTCTTTTTTTCTTAGCCTACGCTCACTCCCCAACCCATCCCAACATTGACATGCTATCTGTGGACAAATAGCAGTTCT 2721 CAGAATCTAGTCAAGTTGCCATCATCCCCCTTGCCTTGGCCGTTCATAGTAGGTATGCATATGTTTGTTTCTGTACAGTA 2801 CTGTGTGTGTGTGTGTGTATATATATATACATCTGTATGCACACATCTTTGATAAAATAGCTATTTGACTAGCAGGGTTA 2881 AAGTGGCTTTTAATTACTTCGTGAGTGTTATTGGATACATCTTAAAAAAAAAAAATCTGAACCAGAACCATGCCATACTT 2961 GGTTGACTATTTTGAGCATTAAAATTGCTTTACTAATTATTTAGACATGATCACAATTCTGTATCTTTACTGAGGAAAGA 3041 TTCACGTAAGCTCTGAAAAATCGGATTCTTTGGCAGATTTTCCTTTGAGTCAAGTGTCTGAAATGGAGTGAAAATATATC 3121 CTAACTAAATTAATGTGGAAAGAGCATTTTTTTAGACAATTTCAATTTTAAACACATAAAACTTTCAAGATCTTCAGGAC 3201 TTTTTAAAGCACATTTGAAATTATTTTAGTAAGAATTTTGTTTTATCAATAGATGTTGAATTCTGTTTTTTAATTAAATA 3281 CAAAGCTTAGATTTCAGAAAGAGAGGGAAAATAGCTGGTGGTCCCAGAGTGTGCTGCTGTTAATTGTTTAACAAAGGGGA 3361 AAATGTACATAAACAGATAAAGTTACCATAAATTCCATGAACTTAAATCTGTGATTCATTGCCTTAAAACTTTCTCTCTT 3441 AGAATTTCCATACCGCATGCCAAACCAGTAAAATGGCTTTTAAAAATGTATAGTAGACAATGTCAGTTTGTATAAAAGTA 3521 CCAAGTGAAAATATTTATTACATGCATTGGAAAAAAATTGTTTACCTATTGAATGTTACCTGTTTATGTAGAGCTCTTTA 3601 GATGTAATAAAAGAAAAGCCTTCAGTTAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DRVs in gene 3'UTRs |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in gene 3'UTRs |
|
Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
|
||||||
Conditions | HEK293 | ||||||
Disease | 8554.0 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
"PAR-CLIP data was present in GSM1065667. RNA binding protein: AGO1. Condition:4-thiouridine
... - Memczak S; Jens M; Elefsinioti A; Torti F; et al., 2013, Nature. |
||||||
miRNA-target interactions (Provided by authors) |
|
||||||
Article |
- Memczak S; Jens M; Elefsinioti A; Torti F; et al. - Nature, 2013
Circular RNAs (circRNAs) in animals are an enigmatic class of RNA with unknown function. To explore circRNAs systematically, we sequenced and computationally analysed human, mouse and nematode RNA. We detected thousands of well-expressed, stable circRNAs, often showing tissue/developmental-stage-specific expression. Sequence analysis indicated important regulatory functions for circRNAs. We found that a human circRNA, antisense to the cerebellar degeneration-related protein 1 transcript (CDR1as), is densely bound by microRNA (miRNA) effector complexes and harbours 63 conserved binding sites for the ancient miRNA miR-7. Further analyses indicated that CDR1as functions to bind miR-7 in neuronal tissues. Human CDR1as expression in zebrafish impaired midbrain development, similar to knocking down miR-7, suggesting that CDR1as is a miRNA antagonist with a miRNA-binding capacity ten times higher than any other known transcript. Together, our data provide evidence that circRNAs form a large class of post-transcriptional regulators. Numerous circRNAs form by head-to-tail splicing of exons, suggesting previously unrecognized regulatory potential of coding sequences.
LinkOut: [PMID: 23446348]
|
CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1065667 | |
---|---|
Method / RBP | PAR-CLIP / AGO1 |
Cell line / Condition | HEK293 / 4-thiouridine, ML_MM_6 |
Location of target site | ENST00000249636.6 | 3UTR | UGUGUGUGUGUGUGUAUAUAUAUAUACAU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23446348 / GSE43573 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | ||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
37 hsa-miR-3171 Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT117345 | MAPRE2 | microtubule associated protein RP/EB family member 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT152426 | ARID3A | AT-rich interaction domain 3A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT227670 | SET | SET nuclear proto-oncogene | 2 | 2 | ||||||||
MIRT293606 | PVR | poliovirus receptor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442923 | TFDP2 | transcription factor Dp-2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT447007 | RSF1 | remodeling and spacing factor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT450195 | ZHX3 | zinc fingers and homeoboxes 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT450883 | COL4A5 | collagen type IV alpha 5 chain | 2 | 2 | ||||||||
MIRT459707 | ZNF641 | zinc finger protein 641 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT467111 | SRI | sorcin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT468271 | SFXN1 | sideroflexin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT484168 | WDR82P1 | WD repeat domain 82 pseudogene 1 | 2 | 8 | ||||||||
MIRT502274 | H3F3B | H3 histone family member 3B | 2 | 4 | ||||||||
MIRT504190 | FAM127B | retrotransposon Gag like 8A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT507718 | CMPK1 | cytidine/uridine monophosphate kinase 1 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT513852 | JARID2 | jumonji and AT-rich interaction domain containing 2 | 2 | 8 | ||||||||
MIRT521900 | PIAS1 | protein inhibitor of activated STAT 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT525975 | SPA17 | sperm autoantigenic protein 17 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT534599 | RORA | RAR related orphan receptor A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT537572 | ESYT2 | extended synaptotagmin 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT539261 | ANKRD44 | ankyrin repeat domain 44 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT544214 | SRSF11 | serine and arginine rich splicing factor 11 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT553877 | SUPT7L | SPT7 like, STAGA complex gamma subunit | 2 | 4 | ||||||||
MIRT564547 | CCDC80 | coiled-coil domain containing 80 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT571228 | SYT9 | synaptotagmin 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT572016 | H3F3C | H3 histone family member 3C | 2 | 2 | ||||||||
MIRT613116 | EIF4EBP2 | eukaryotic translation initiation factor 4E binding protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT629028 | MMP16 | matrix metallopeptidase 16 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT635228 | CD59 | CD59 molecule (CD59 blood group) | 2 | 2 | ||||||||
MIRT641493 | POLA2 | DNA polymerase alpha 2, accessory subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT648008 | ZNF431 | zinc finger protein 431 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT697344 | ZNF544 | zinc finger protein 544 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT700991 | PDE3A | phosphodiesterase 3A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT704714 | CHD9 | chromodomain helicase DNA binding protein 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT705320 | ATP2A2 | ATPase sarcoplasmic/endoplasmic reticulum Ca2+ transporting 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT705387 | ATP1B3 | ATPase Na+/K+ transporting subunit beta 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT715811 | NUDT7 | nudix hydrolase 7 | 2 | 2 |
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|