pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-6737 |
Genomic Coordinates | chr1: 153962351 - 153962420 |
Description | Homo sapiens miR-6737 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-6737-5p | |||||||||||||||||||||
Sequence | 6| UUGGGGUGGUCGGCCCUGGAG |26 | |||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||
Experiments | Meta-analysis | |||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | PAQR3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | RKTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | progestin and adipoQ receptor family member 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001040202 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on PAQR3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of PAQR3 (miRNA target sites are highlighted) |
>PAQR3|NM_001040202|3'UTR 1 ATTAGGTATGGCCACCTGGTGAATTCAGTTGTTAAGCAATATATAATGGGGAATTGTATACCCCACTATTTCTAAGATTC 81 CCATTAGTTTTCCCTTTTTCCTTTTTAATATGAGTAATGCTTTATAAAAATGGGAAAAAAAGTATACTTAAGGATCTGTA 161 GTAATAACTGCTTTACAAAATCCTTAAAACTACTAATTTGCTGCTTGTACAGAAAGTGAAAATTAGTTGGCAATCATAAG 241 AAACATCTGAATAACAACGATGAATGGGAAACTAGTGTTGAAATAGGATTCATTTTACTTAGCACCAGCTTAATTTCCTT 321 AGGAAGGGCTCATGTCCATTAGAAAATGGAGTCATCTTATGTGCTTAATTATTTTCAGTTAATTGTCAAGTTTAAGTGCC 401 TAATCAAGGCAAGTGTTGTTTCAGCCTATGCTTAATGCAAGCTAGGATAGTGATTTTAAATAATCACTAAAATCACTAGA 481 TTTAAATAATCACTAAAATGATTTGTGAGAAACTGGCACTTCAGATATTATATCCTTTAGCTATAGGTTCTTCTCTCCCT 561 AAGAACATTAGATATTTTAGTTTTCCAGAACAAAAGCTTTAAACTTCTGCAGTAAGTTGAGAGAAGGGTTGAGAAGAGGA 641 AAAGAACTTCTCATTTTCTATCAGATAAGAATCACATTAGAAACTAAGTACAAGATTAGACAACAAATTATGTGGTCAAA 721 TAATATAGTCATTAGCCACCTAAACATTTTAATTCCAGATATTATTTAATTCCATATAATAACTGAATTCTTGTGAGTGG 801 ATTACAGGTTTTTGATCCCAAAATTCCAGAGCTTTCAACTCTCTGAATTTGTAGTCCTGAATATCCCAGTGGTGGGGGTT 881 CCCAGCATTGTGGGTGCTACTTGCAAGGCCATAGAATCTAGATGGCCCTGTCTTGACCCTGAAATGAACCTTAAGCCTTA 961 GAACAAAGTCATGCAGATGCCCCATTTGATAATAATCTTATTCACCTGTGCTCTGGTCCTCGGTTTCTGCATGTGTTAGC 1041 ATTGCATTGATAACTCAGAATCTTGATAAACACTTAATATTTGGGCCTGAAGCATTAAACTTTCTTTTTATTGTATATAC 1121 TTAAAAAATAGAACTCACTGCCCTATCATACATTGTAGCCCTCTTATTCTTTGGTCTTTCATATGCATTAGTTAAATCCC 1201 TTAAAGTAGACATTCATAAAAACTTACATTGTTTATTGGAGTATAAAATATTACCCAAGTTTCTTCATGAGTTGACATGA 1281 GCTGTTTTAAATACTGGTGTATTTTCAGAACAGTAAAATTACTGAATATCAGAAAAAATGTTAATTGATGATGAAGCTTA 1361 TTCCCAAAATGCCTTTTGTGCATATGATACTTGGAAAGTCACTAATGTGCCTCAGTTAATACATCAGTAAAATGTTGTGT 1441 TTCTTTTCCAGTGTAGTGTTTTTGGAATATAAATTCCCCATGCTAGTATAGTATCTCAGCAAAGAGAATTTCCCCCCAGG 1521 AGGCTCAGTAAAGGAATACCGTGTCTTACCCATCGTTATGATGGAAGGCTGCTTTGAAAATGGCTGTTTTACCTTATAAG 1601 GTTAAAATTTTGATCCATATGTTAAGTGATAGAAGATTTTGGTGCAACAGTAGTAGGATATATTTCTCCTAGAACATCCC 1681 TTATTGGCTTACATGATTTTATTGCCTTTTAATAGATATTTTGTCATTTTGGCCAAACAAAAGACACTGAGTAGTTACAC 1761 TTAAGTTAAAAATGAGGGGAAAATCATTATTTTAGGTGTGGAGCCATTTTTATTATAAAACTTTCTCAAAATAAAAAAAC 1841 ATTGAATCATTTCAATTTTTGCAGTCCCTGTATTAGTATATGAATACATACTTGCCATTTGAATTAATAACATGAAAAGA 1921 GTATACTGTGTTTTTAAATCCGTGTTTCTTTGAATTTAAAGGGTGTACAGGTCTTTCTGTAGGGAAAATTATTCCATGTA 2001 AACATTTCAACTCTGTATGAAAATGTTAAATATTGTAAGAAAGTTATCCTCTCATTTTTTCACTGCTATGATATATTTAT 2081 TATAAAATAGGGAATGAATGAATGAATATGGATTGCTGTTAACTAGAAACACTTCTGTATGTCAGTCAGCATTTAATGAC 2161 CACCTACTGTGTGCACAGCACTACTGGTAAAATTTTGAAGACATTGTTAACATTAAAAAATATTTTAAAGTTGTCTACAA 2241 ATCTGAGCCTTGTAATGATGTATATTTAAGTTATTTTTGTTTTTATAGATTAAAGTAAGATTAAAATATACTATCCAGTT 2321 TTATTACTAAAAAAGACTGGTTTTAATTTTACCAATGTGTGAACTATAAAAGCTTTTTGCCTACAGATTTTACATTTTAA 2401 AATTATCTATGGCTGTTTTAAATTGTCTAGCAATTTATATGGTTGTGGTTAACTCATTTAAGAAACAATTATCTTTCTAT 2481 ATTAAGCCATTTTCAAATAGCAAGACAGTGCTTGTCTTTTTTTGTTATTACACTAACTGCAATTCAGTAAGCTGCATGAC 2561 AAAATATGTATTATGTAAATAAACTGGGTTTACTAAATA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | HEK293 |
Disease | 152559.0 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
"HITS-CLIP data was present in GSM714642. RNA binding protein: AGO2. Condition:completeT1
... - Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al., 2011, Nature methods. |
Article |
- Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al. - Nature methods, 2011
Cross-linking and immunoprecipitation (CLIP) is increasingly used to map transcriptome-wide binding sites of RNA-binding proteins. We developed a method for CLIP data analysis, and applied it to compare CLIP with photoactivatable ribonucleoside-enhanced CLIP (PAR-CLIP) and to uncover how differences in cross-linking and ribonuclease digestion affect the identified sites. We found only small differences in accuracies of these methods in identifying binding sites of HuR, which binds low-complexity sequences, and Argonaute 2, which has a complex binding specificity. We found that cross-link-induced mutations led to single-nucleotide resolution for both PAR-CLIP and CLIP. Our results confirm the expectation from original CLIP publications that RNA-binding proteins do not protect their binding sites sufficiently under the denaturing conditions used during the CLIP procedure, and we show that extensive digestion with sequence-specific RNases strongly biases the recovered binding sites. This bias can be substantially reduced by milder nuclease digestion conditions.
LinkOut: [PMID: 21572407]
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Experimental Support 2 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | HEK293 |
Disease | 152559.0 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
"PAR-CLIP data was present in GSM1065667. RNA binding protein: AGO1. Condition:4-thiouridine
... - Memczak S; Jens M; Elefsinioti A; Torti F; et al., 2013, Nature. |
Article |
- Memczak S; Jens M; Elefsinioti A; Torti F; et al. - Nature, 2013
Circular RNAs (circRNAs) in animals are an enigmatic class of RNA with unknown function. To explore circRNAs systematically, we sequenced and computationally analysed human, mouse and nematode RNA. We detected thousands of well-expressed, stable circRNAs, often showing tissue/developmental-stage-specific expression. Sequence analysis indicated important regulatory functions for circRNAs. We found that a human circRNA, antisense to the cerebellar degeneration-related protein 1 transcript (CDR1as), is densely bound by microRNA (miRNA) effector complexes and harbours 63 conserved binding sites for the ancient miRNA miR-7. Further analyses indicated that CDR1as functions to bind miR-7 in neuronal tissues. Human CDR1as expression in zebrafish impaired midbrain development, similar to knocking down miR-7, suggesting that CDR1as is a miRNA antagonist with a miRNA-binding capacity ten times higher than any other known transcript. Together, our data provide evidence that circRNAs form a large class of post-transcriptional regulators. Numerous circRNAs form by head-to-tail splicing of exons, suggesting previously unrecognized regulatory potential of coding sequences.
LinkOut: [PMID: 23446348]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM714642 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / completeT1, repA |
Location of target site | ENST00000512733.1 | 3UTR | CAAAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUUUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 21572407 / GSE28865 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM1065667 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO1 |
Cell line / Condition | HEK293 / 4-thiouridine, ML_MM_6 |
Location of target site | ENST00000512733.1 | 3UTR | CAAAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUUUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23446348 / GSE43573 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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67 hsa-miR-6737-5p Target Genes:
Functional analysis:
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Target | Description | Validation methods |
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Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
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MIRT066215 | MARCH9 | membrane associated ring-CH-type finger 9 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT074413 | TNRC6A | trinucleotide repeat containing 6A | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT125300 | MID1IP1 | MID1 interacting protein 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT153951 | NCOA3 | nuclear receptor coactivator 3 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT452776 | FAM136A | family with sequence similarity 136 member A | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT452977 | CABP4 | calcium binding protein 4 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT454128 | FOXRED2 | FAD dependent oxidoreductase domain containing 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT455242 | DDX39B | DExD-box helicase 39B | ![]() |
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2 | 10 | ||||||
MIRT459007 | UQCRH | ubiquinol-cytochrome c reductase hinge protein | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT459463 | MUC17 | mucin 17, cell surface associated | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT460871 | UBE2S | ubiquitin conjugating enzyme E2 S | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT461264 | COX10 | COX10, heme A:farnesyltransferase cytochrome c oxidase assembly factor | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT464540 | UBTF | upstream binding transcription factor, RNA polymerase I | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT465268 | TRIM28 | tripartite motif containing 28 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT465871 | TMEM43 | transmembrane protein 43 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT466228 | TMED10 | transmembrane p24 trafficking protein 10 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT468417 | SETD1B | SET domain containing 1B | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT468684 | SEC22C | SEC22 homolog C, vesicle trafficking protein | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT473399 | MDM4 | MDM4, p53 regulator | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT473517 | MAX | MYC associated factor X | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT474511 | KLHDC8A | kelch domain containing 8A | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT475801 | HDGF | heparin binding growth factor | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT479493 | CDH6 | cadherin 6 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT480770 | BMP2 | bone morphogenetic protein 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT481418 | ASB6 | ankyrin repeat and SOCS box co |