pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-122 |
Genomic Coordinates | chr18: 58451074 - 58451158 |
Synonyms | MIR122A, MIRN122, MIRN122A, hsa-mir-122, miRNA122, miRNA122A, MIR122 |
Description | Homo sapiens miR-122 stem-loop |
Comment | The mature sequence shown here represents the most commonly cloned form from large-scale cloning studies . |
RNA Secondary Structure | |
Associated Diseases |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-122-5p | |||||||||||||||||||||
Sequence | 15| UGGAGUGUGACAAUGGUGUUUG |36 | |||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||
Experiments | Cloned | |||||||||||||||||||||
Editing Events in miRNAs |
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SNPs in miRNA |
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miRNA Oxidation Modification |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
miRNAs in Extracellular Vesicles |
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Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Biomarker Information |
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Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | GLUL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | GLNS, GS, PIG43, PIG59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | glutamate-ammonia ligase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001033044 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_001033056 , NM_002065 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on GLUL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of GLUL (miRNA target sites are highlighted) |
>GLUL|NM_001033044|3'UTR 1 GTGGACTAGACCTCCAGCTGTTGAGCCCCTCCTAGTTCTTCATCCCACTCCAACTCTTCCCCCTCTCCCAGTTGTCCCGA 81 TTGTAACTCAAAGGGTGGAATATCAAGGTCGTTTTTTTCATTCCATGTGCCCAGTTAATCTTGCTTTCTTTGTTTGGCTG 161 GGATAGAGGGGTCAAGTTATTAATTTCTTCACACCTACCCTCCTTTTTTTCCCTATCACTGAAGCTTTTTAGTGCATTAG 241 TGGGGAGGAGGGTGGGGAGACATAACCACTGCTTCCATTTAATGGGGTGCACCTGTCCAATAGGCGTAGCTATCCGGACA 321 GAGCACGTTTGCAGAAGGGGGTCTCTTCTTCCAGGTAGCTGAAAGGGGAAGACCTGACGTACTCTGGTTAGGTTAGGACT 401 TGCCCTCGTGGTGGAAACTTTTCTTAAAAAGTTATAACCAACTTTTCTATTAAAAGTGGGAATTAGGAGAGAAGGTAGGG 481 GTTGGGAATCAGAGAGAATGGCTTTGGTCTCTTGCTTGTGGGACTAGCCTGGCTTGGGACTAAATGCCCTGCTCTGAACA 561 CGAAGCTTAGTATAAACTGATGGATATCCCTACCTTGAAAGAAGAAAAGGTTCTTACTGCTTGGTCCTTGATTTATCACA 641 CAAAGCAGAATAGTATTTTTATATTTAAATGTAAAGACAAAAAACTATATGTATGGTTTTGTGGATTATGTGTGTTTTGC 721 TAAAGGAAAAAACCATCCAGGTCACGGGGCACCAAATTTGAGACAAATAGTCGGATTAGAAATAAAGCATCTCATTTTGA 801 GTAGAGAGCAAGGGAAGTGGTTCTTAGATGGTGATCTGGGATTAGGCCCTCAAGACCCTTTTGGGTTTCTGCCCTGCCCA 881 CCCTCTGGAGAAGGTGGGCACTGGATTAGTTAACAGACAACACGTTACTAGCAGTCACTTGATCTCCGTGGCTTTGGTTT 961 AAAAGACACACTTGTCCACATAGGTTTAGAGATAAGAGTTGGCTGGTCAACTTGAGCATGTTACTGACAGAGGGGGTATT 1041 GGGGTTATTTTCTGGTAGGAATAGCATGTCACTAAAGCAGGCCTTTTGATATTAAATTTTTTAAAAAGCAAAATTATAGA 1121 AGTTTAGATTTTAATCAAATTTGTAGGGTTTCTAGGTAATTTTTACAGAATTGCTTGTTTGCTTCAACTGTCTCCTACCT 1201 CTGCTCTTGGAGGAGATGGGGACAGGGCTGGAGTCAAAACACTTGTAATTTTGTATCTTGATGTCTTTGTTAAGACTGCT 1281 GAAGAATTATTTTTTTTCTTTTATAATAAGGAATAAACCCCACCTTTATTCCTTCATTTCATCTACCATTTTCTGGTTCT 1361 TGTGTTGGCTGTGGCAGGCCAGCTGTGGTTTTCTTTTGCCATGACAACTTCTAATTGCCATGTACAGTATGTTCAAAGTC 1441 AAATAACTCCTCATTGTAAACAAACTGTGTAACTGCCCAAAGCAGCACTTATAAATCAGCCTAACATAAGATCTCTCTGA 1521 TGTGTTTGTGATTCTTTCAAATCCCTATGTGCCATTATATTTCTTTATTTCCTAAAACAGGCAAAATAAGCTCAAGTTTA 1601 TGTACTCTGAGTTTTTAAAACACTGGAGTGATGTTGCTGACCAGCCGTTTCCTGTACCTCTCTAAGTTGGGTATTTGGGA 1681 CTTAAGGGATTAAGTTTTTCACCTAGACTTAGTTACACACAATCTTGGCATTTCCTAGCCTAGAGGTTTGTAGCAGGGTA 1761 CAAGCCCCACTCCTCCCCCTTCCTTTGCTCCCCTGAGTTTGGTTTTGGCTTACCATAACATTGTTTTGACCATTCCTAGC 1841 CTAATACAATAGCCTAACATAATGTAAGATTAACTGGCTTTACGATTTCTATTCTCTGCTCTCAGTGATAAGAAACAAAT 1921 ATTAGCTACCCTGCTACCCTGGTTGAAGCCTTCCAAGGCTGGCTATGCCCTAGGCATGGGCTCATCCTTGGGTGTATCTT 2001 GCCTTGCAGGAAGACCAGTGGACCGATTGTGATTCTCAAAAGCTCTGTGTTGTCACCTGTGCCCTTGCCCCTTGCTCTTA 2081 TCTTGGTCCGTGTATCTGGGAGTTCTTCCACCTTATCTTGGCCAATTCCTACCTTCGTTCATTCCTCATGAGGTTGGGTA 2161 AAAGCTCCCTCCGGCTCCCATGATGCTGTGCATATACCTAGCAAAAAGCAATTATTGGACACATTGGAGTGCAATATTAT 2241 TAATAGCATTAATACTACTAATAATGTGGGCAATAGTGATTGTTTTTAAAAGGCAGTATACTCTTACCAGTGCGAGGTAG 2321 CTGGGGCCTGTGATAGTTTTTAGAGATAAGTTCTTCAGGCAACTGTGTATTTTACACTAGTCAAGTAATCCTAGATATCC 2401 GTGGTTTTTCTTAAGAAAGTTGGCTCGTAATATGATTTAATATTCAAAGTAGAGTCATCTACCTATTAGCTTGCTGGCGT 2481 GGTCCTAGTTTATGCCTGTTTCAGCATGATTGTTGAGTACCCTGTTTCATCCTTAGCATTTTCTTGATTTTGTTGTTAAA 2561 TGATGTATACCCTTATTTCCATTGAATCTGTGCTTCCACCCCCCCAACTGAAGTTGTCTTCCCTTTGCTTGGCCACCCTT 2641 ACAGCCTCTTGGATGGTGTATCCTACAGTGTAAGCACTAAACTGAAGAGGCAGTGACCTGAGCACTTTGGATTTTGTTCA 2721 TTGTAATCAATTCCATGACAAAATGATTGCATGAGAAGGAATTTTAAATTCATAGGATCAGAATTTAGGTGAAAACAACC 2801 AGCATATTTGTTTCTTCACCCTCTCACCTAGAATTAGCTTTGACCTACAGGTCACAGTGCAATCCCCTTGTATTTCTAAG 2881 GTGTTTTTTATAGTTCATTTGCAGACAATGGGTTATGTGATAACTTTTATCAGTGATAGATTAAACAGAATAATGACCAA 2961 GCTTTCAACCTTAAGGAGTCAGGCCAGTATTTACAAAAGGAGGTCTCCATGAACTCCTTAAATATGAGTTCCCCTAATAT 3041 CATCTTGCCAGGTACTAAATAACAACTGATAGCACAAGCTATAGGGAATTTGAAAGAATTCCATGGATGGGTGTTGTCTA 3121 GGGCCTTTTGTTGTTTTTGAGACGGGGTCTGACTCTCACCCAGGCTGGAGTATAGTGTGGCGCAATCTTGGCTCACTGCA 3201 ACTTCTGCCTCCCAGATTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGAGACTACAGGTGTGCACCACCATGCT 3281 CAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTACAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGATCTCCCAAAG 3361 TGAGGTCTTGAACTGGTCTTGAACTCCTCCACCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCACCCGGCCTAG 3441 GGCCATGTAAAAAGCCAGATCTGTGCTGCTGTCTGTGTAGAAGGGTAGACAAGTGGATGAGAAGTTCCTGAACTATTCTT 3521 GGCCCTTTTACCACTAAGTGAAAGTAACTTGCTGCCCCAAAGAAAGATGTCTCATCATTCGACAGGACTTTCTAGTTGAA 3601 CTTCATGAAAGCAAGAGATCCTGTTTTTCTTGCTCACCACTGTATCTTGAGACCTGTTGTAGTGCCTGCAATACTTATTT 3681 AATAAGTTATTTTTAAGTATCAGTTTTGTGAGCTTTAACTCTATGAGGTCTTTGTTGTTTGACTGTATTTTAACTCTGGC 3761 CATGACAGCAAGACAAAGTTCCATTTTTATTGAGCTTAAAAAGAATCAAGGCCAGGTGAAGTGGCTTACGCCTGTGATCC 3841 CAACACTTTGTGAGGCTGCAGCAGGAGGATCTCTTGAGCCCAGGAGTTTGAGACCGTTCTAGGCAATGTAGTGAGGTCCA 3921 GACTCCACAAAATAATTTTTTTTTAAATTGCACGCCTGTAGTCTCAGCTATCAGGAGGCTGAGATGGGAGGATGACTTGA 4001 GCCCAGGAAATTGAAGCTGCAGTGAATTGTGATTGCACCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGATCAAGACCTTGCCTAA 4081 ACAAAACAAAACAAACAAAACCCCAAAAAACAAATTGAAAATGTTGATTCTTTTTACTACAAACATTATGGCAGCACTAA 4161 AAACTTCGTGGGAGTGTACTGTGGAAAATAGTGTACTTAATTAATTCTCATTGTAATCAGGCTACCAAGAGCCTTGTGTT 4241 GCTTTAAGAGTTATAACTGCCAGGCACAGTGGCTCATGCCTATAATCCCAGCACCTTGAGAGGCCGAGGCAGGTGGATCA 4321 CCTGAGATCGGGAGTTTGAGACCAGCCGGGCCAATATGGTGAAACAAGCTGTGTCTCTACTAAATACAAAAAATTAGCCG 4401 GGCGTGGTGGCACATGCCTGTAATCCCAGCTGCTTGGGAGACTGAGACAGGAGAATTGCTTGAACCTGGAAGGCGGAGGT 4481 TGCAGTGAGCTGAGATTGCAACATTGTACTCCAGCCTGGGCAACAAGAGGGAAACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAGT 4561 TGTAACTGAGGCTGGGCATGGTGGCTCATACCTGTAATCCCAGCACTTTGAAAAGCCGAGGCAGGTAGATCACTTGAGCT 4641 CAGAAGTTCGAGACTAGCCTGGGCAACATGACAAAACCCCATCTCTACAAAAAATACGAAAAATTAGCTGGGCGTGGTGG 4721 CATGCACCTGTAGTCCTAGCTACCTGGGAGGCTGAGGTGGGAAGATTACTTGAAGCTGCAGTGAGCCATGGTTGTGCCAC 4801 TGCCCTCCAGTCTGGGCAACAAAGTGAGACCCTGTCTCAAAAAAACAAAAAAAAATTATAACTGATGTAAACTGGCAGTT 4881 TAGGCTGGGTGTGGTGGCTCAAGCCTGTAATCCTAGCACTTTGGGAGGCCAAGGCAGGTGGATCACCTGAGTTCAGGAGT 4961 TCGAGACCAGCGTGGCCAACATGGTGAAACCTTGTCTCTATTAAAAATACCAAAATTAGCAAGATGTGGTGGTGGGTGCC 5041 TATAATTCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGGATCGCTGGAGCCAGGGAGGCAGAGGTTACAGTAAGCAAAGATCA 5121 CTCCACTTCACTCCAGCCTGGGCAAAAGAGTGAGACATATCAAAAAATAAACAAATAAATAAATAAATAAGTGGCAGTTC 5201 ATCATTTAACTCCAAAGACTTTGCGTACATTTCTACTGAAAACAATCTGAGCTGATTAGAACCCTGCCATTTTATAGCCT 5281 TTAGCTCGATCTCCGACCGTTCATTTAAAAAAATTCTACTTCAGGCCGGGCATGGTGGCTCAAGCCTGTAATCCCATCAC 5361 TGTAGGAGGCCAAAGTGGGCAGATCACTTAAGGTCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGCCACCATGGTGAAACCCCATCTCT 5441 ACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCTTGGTGGTGAGCACCTGTAATCCCACCCTGCCGAGTGGCAGGCTGAGGCAGGAG 5521 AATCGCTTGAGCCCAAGAGCCGGAGGTTGCAGTGAGCCAAGCTTGCACCATTGCACTCCAGCCTAGGCAACAGAGTGTGA 5601 CTCCATCTCAAGAAAAAAAAAATTCTATTTCATTTTACAATATGCAGATATATGTCCATACACATGCATAATATAAATGT 5681 ATACCATATTTGTGAGAATATGCATATATGTACACATTAGATACACAATACAAGCACAATACATATGTCTTTTGCCCAAG 5761 ATACAGCATTTTGTAAAGGAGACAGGAATTTAGTAATATATGTTCCAGAAACAGTACACAAGAGAATTCGCCGAGATGAG 5841 AAAGTTGTCACTAGGAATGGGGAGTGGTAAGATGTAGAAGGTATAATTGTTCTTAAAGTTCTACTGCCAACTCTTTCCAA 5921 TTAATTACCCACTCTGCCATGCTTTATGGACAGGAGGTTGTCGGACACTGTCAATTAATAAATATTTGAGCATGATACAC 6001 TGCTTGGAGCTCCTCTAATATAGGAGAGTGATATCCTAGTGCATGTTACAGAGGGAGTGTCCACACAGTTCCTATTGTCA 6081 TTTGATGAGTTACTTTTCAGGGGCCTTGTACCTGAGCAAGTTGTCCTCTTTTTGATGGATTTCAGATTGAGTTACCTGCA 6161 TTGTCTTGAGATTGCAGCGTGTTTCCTCCACTGTACGGCGTAGTCAGCAGATCTATTAGTTAAACTCCAGTGGGCCCTCA 6241 GTCACTAAATCTATCCTCTGTGTTGAAGGCTTTCTGCATTTGCCTTTCAATAAAGGTTTAGAATAACTCCTTAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | HEK293 | ||||||
Disease | 2752.0 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
"PAR-CLIP data was present in GSM1065667. RNA binding protein: AGO1. Condition:4-thiouridine
... - Memczak S; Jens M; Elefsinioti A; Torti F; et al., 2013, Nature. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Memczak S; Jens M; Elefsinioti A; Torti F; et al. - Nature, 2013
Circular RNAs (circRNAs) in animals are an enigmatic class of RNA with unknown function. To explore circRNAs systematically, we sequenced and computationally analysed human, mouse and nematode RNA. We detected thousands of well-expressed, stable circRNAs, often showing tissue/developmental-stage-specific expression. Sequence analysis indicated important regulatory functions for circRNAs. We found that a human circRNA, antisense to the cerebellar degeneration-related protein 1 transcript (CDR1as), is densely bound by microRNA (miRNA) effector complexes and harbours 63 conserved binding sites for the ancient miRNA miR-7. Further analyses indicated that CDR1as functions to bind miR-7 in neuronal tissues. Human CDR1as expression in zebrafish impaired midbrain development, similar to knocking down miR-7, suggesting that CDR1as is a miRNA antagonist with a miRNA-binding capacity ten times higher than any other known transcript. Together, our data provide evidence that circRNAs form a large class of post-transcriptional regulators. Numerous circRNAs form by head-to-tail splicing of exons, suggesting previously unrecognized regulatory potential of coding sequences.
LinkOut: [PMID: 23446348]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1065667 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO1 |
Cell line / Condition | HEK293 / 4-thiouridine, ML_MM_6 |
Location of target site | ENST00000331872.6 | 3UTR | UCUUCAUCCCACUCCAACUCUUCCCCCUCUCCCAGU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23446348 / GSE43573 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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548 hsa-miR-122-5p Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT000012 | CYP7A1 | cytochrome P450 family 7 subfamily A member 1 | 3 | 1 | ||||||||
MIRT000364 | IGF1R | insulin like growth factor 1 receptor | 4 | 3 | ||||||||
MIRT000365 | SRF | serum response factor | 4 | 1 | ||||||||
MIRT000663 | RAC1 | Rac family small GTPase 1 | 5 | 2 | ||||||||
MIRT000717 | RHOA | ras homolog family member A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT003006 | CCNG1 | cyclin G1 | 7 | 5 | ||||||||
MIRT003079 | GTF2B | general transcription factor IIB | 2 | 1 | ||||||||
MIRT003080 | GYS1 | glycogen synthase 1 | 4 | 2 | ||||||||
MIRT003081 | ANK2 | ankyrin 2 | 3 | 1 | ||||||||
MIRT003082 | NFATC2IP | nuclear factor of activated T-cells 2 interacting protein | 3 | 1 | ||||||||
MIRT003083 | ENTPD4 | ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 4 | 4 | 2 | ||||||||
MIRT003084 | ANXA11 | annexin A11 | 4 | 2 | ||||||||
MIRT003085 | ALDOA | aldolase, fructose-bisphosphate A | 3 | 2 | ||||||||
MIRT003086 | RAB6B | RAB6B, member RAS oncogene family | 3 | 1 | ||||||||
MIRT003087 | RAB11FIP1 | RAB11 family interacting protein 1 | 5 | 3 | ||||||||
MIRT003088 | FOXP1 | forkhead box P1 | 3 | 1 | ||||||||
MIRT003089 | MECP2 | methyl-CpG binding protein 2 | 3 | 2 | ||||||||
MIRT003090 | NCAM1 | neural cell adhesion molecule 1 | 4 | 3 | ||||||||
MIRT003091 | UBAP2 | ubiquitin associated protein 2 | 3 | 1 | ||||||||
MIRT003092 | TBX19 | T-box 19 | 3 | 1 | ||||||||
MIRT003093 | AACS | acetoacetyl-CoA synthetase | 3 | 1 | ||||||||
MIRT003094 | DUSP2 | dual specificity phosphatase 2 | 3 | 1 | ||||||||
MIRT003095 | ATP1A2 | ATPase Na+/K+ transporting subunit alpha 2 | 3 | 1 | ||||||||
MIRT003097 | MAPK11 | mitogen-activated protein kinase 11 | 3 | 1 | ||||||||
MIRT003098 | FUNDC2 | FUN14 domain containing 2 | 3 | 1 | ||||||||
MIRT003099 | AKT3 | AKT serine/threonine kinase 3 | 3 | 3 | ||||||||
MIRT003100 | TPD52L2 | tumor protein D52 like 2 | 4 | 3 | ||||||||
MIRT003102 | GALNT10 | polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 10 | 4 | 2 | ||||||||
MIRT003103 | G6PC3 | glucose-6-phosphatase catalytic subunit 3 | 4 | 2 | ||||||||
MIRT003104 | AP3M2 | adaptor related protein complex 3 mu 2 subunit | 3 | 1 | ||||||||
MIRT003105 | SLC7A1 | solute carrier family 7 member 1 | 4 | 4 | ||||||||
MIRT003106 | XPO6 | exportin 6 | 3 | 1 | ||||||||
MIRT003107 | FOXJ3 | forkhead box J3 | 3 | 1 | ||||||||
MIRT003108 | SLC7A11 | solute carrier family 7 member 11 | 3 | 1 | ||||||||
MIRT003109 | TRIB1 | tribbles pseudokinase 1 | 3 | 1 | ||||||||
MIRT003110 | EGLN3 | egl-9 family hypoxia inducible factor 3 | 3 | 1 | ||||||||
MIRT003111 | NUMBL | NUMB like, endocytic adaptor protein | 3 | 1 | ||||||||
MIRT003112 | ADAM17 | ADAM metallopeptidase domain 17 | 3 | 5 |