pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-1268a |
Genomic Coordinates | chr15: 22225278 - 22225329 |
Description | Homo sapiens miR-1268a stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-1268a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 5| CGGGCGUGGUGGUGGGGG |22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
miRNAs in Extracellular Vesicles |
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Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | TRIM72 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | MG53 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | tripartite motif containing 72 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001008274 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on TRIM72 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of TRIM72 (miRNA target sites are highlighted) |
>TRIM72|NM_001008274|3'UTR 1 GCCGCCGGACGGGTAGTGGAGGGGCGCGGGGGCCTGGGTTGAAGCTTAGGTCTCCTTGGTCGGGTCTGACGGGAGAAGGG 81 TGGGGAGCGGGTTGCCAGGGCCCAGGGGGCTGGGAACTGGGGGATCTCCCAGAATACTGACAAGCGTGGGGTAGGACTGG 161 CTTGGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGACGGAGGCGGGTGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCAAGACCA 241 GCCTGGCCAACATGGTGAAACTCCTCTCTACTGAAAATACAAAAATGAGCTGGGCGCGGTGGCATACGCCTGTAATCCCA 321 GCTAGTTGGGAGGCTGAGGCAGGATAATTGCTTGAACCCAGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCAGACATTGCGGCACTGCA 401 CTCTAGCCTGGGTGACAAGAGTGAGACTCTGTCT Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | hESCs (WA-09) |
Disease | 493829.0 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
"PAR-CLIP data was present in SRR359787. RNA binding protein: AGO2. Condition:4-thiouridine
... - Lipchina I; Elkabetz Y; Hafner M; Sheridan et al., 2011, Genes & development. |
Article |
- Lipchina I; Elkabetz Y; Hafner M; Sheridan et al. - Genes & development, 2011
MicroRNAs are important regulators in many cellular processes, including stem cell self-renewal. Recent studies demonstrated their function as pluripotency factors with the capacity for somatic cell reprogramming. However, their role in human embryonic stem (ES) cells (hESCs) remains poorly understood, partially due to the lack of genome-wide strategies to identify their targets. Here, we performed comprehensive microRNA profiling in hESCs and in purified neural and mesenchymal derivatives. Using a combination of AGO cross-linking and microRNA perturbation experiments, together with computational prediction, we identified the targets of the miR-302/367 cluster, the most abundant microRNAs in hESCs. Functional studies identified novel roles of miR-302/367 in maintaining pluripotency and regulating hESC differentiation. We show that in addition to its role in TGF-beta signaling, miR-302/367 promotes bone morphogenetic protein (BMP) signaling by targeting BMP inhibitors TOB2, DAZAP2, and SLAIN1. This study broadens our understanding of microRNA function in hESCs and is a valuable resource for future studies in this area.
LinkOut: [PMID: 22012620]
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CLIP-seq Support 1 for dataset SRR359787 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | hESCs (WA-09) / 4-thiouridine, RNase T1 |
Location of target site | ENST00000322122.3 | 3UTR | CGCCAGGUUAGUUUUUUC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 22012620 / SRX103431 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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44 hsa-miR-1268a Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT035845 | POLR2I | RNA polymerase II subunit I | 1 | 1 | ||||||||
MIRT035847 | FASN | fatty acid synthase | 1 | 1 | ||||||||
MIRT053736 | SOX12 | SRY-box 12 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT053737 | CAMK2G | calcium/calmodulin dependent protein kinase II gamma | 1 | 1 | ||||||||
MIRT473717 | MAPK1 | mitogen-activated protein kinase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT483654 | QSOX2 | quiescin sulfhydryl oxidase 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT484277 | AIP | aryl hydrocarbon receptor interacting protein | 2 | 4 | ||||||||
MIRT486674 | WDR81 | WD repeat domain 81 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT488672 | WWP2 | WW domain containing E3 ubiquitin protein ligase 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT493453 | ITFG3 | family with sequence similarity 234 member A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT495902 | ZNF641 | zinc finger protein 641 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT500188 | BARX1 | BARX homeobox 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT512015 | DNAJC10 | DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member C10 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT521134 | SGPL1 | sphingosine-1-phosphate lyase 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT530047 | TRIM72 | tripartite motif containing 72 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT531519 | NOM1 | nucleolar protein with MIF4G domain 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT543736 | DHCR7 | 7-dehydrocholesterol reductase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT558054 | EVI5L | ecotropic viral integration site 5 like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT569603 | TRIM29 | tripartite motif containing 29 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT570027 | FAM228A | family with sequence similarity 228 member A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT573595 | CERS1 | ceramide synthase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT623884 | FRMPD4 | FERM and PDZ domain containing 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT630000 | PDE6B | phosphodiesterase 6B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT632716 | MSANTD4 | Myb/SANT DNA binding domain containing 4 with coiled-coils | 2 | 2 | ||||||||
MIRT633497 | ERO1L | endoplasmic reticulum oxidoreductase 1 alpha | 1 | 1 | ||||||||
MIRT637076 | SELPLG | selectin P ligand | 2 | 2 | ||||||||
MIRT638183 | TLN1 | talin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT638767 | EPB41 | erythrocyte membrane protein band 4.1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT668073 | GMPS | guanine monophosphate synthase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT669874 | RAET1E | retinoic acid early transcript 1E | 2 | 2 | ||||||||
MIRT670664 | KIAA1551 | KIAA1551 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT671283 | RPL37A | ribosomal protein L37a | 2 | 2 | ||||||||
MIRT675055 | OR7D2 | olfactory receptor family 7 subfamily D member 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT682784 | BLOC1S3 | biogenesis of lysosomal organelles complex 1 subunit 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT683344 | SCARF1 | scavenger receptor class F member 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT690283 | ZNF154 | zinc finger protein 154 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT695172 | SLC25A33 | solute carrier family 25 member 33 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT695222 | SCAMP3 | secretory carrier membrane protein 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT700485 | PTPRF | protein tyrosine phosphatase, receptor type F | 2 | 2 | ||||||||
MIRT700601 | PRKCA | protein kinase C alpha | 2 | 2 | ||||||||
MIRT701410 | NKRF | NFKB repressing factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT703995 | EIF5A2 | eukaryotic translation initiation factor 5A2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT711232 | RETSAT | retinol saturase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT719510 | TMEM175 | transmembrane protein 175 | 2 | 2 |
miRNA-Drug Associations | ||||||||||||||||||
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miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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