pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-4436b-1 |
Genomic Coordinates | chr2: 110086433 - 110086523 |
Description | Homo sapiens miR-4436b-1 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
pre-miRNA | hsa-mir-4436b-2 |
Genomic Coordinates | chr2: 110284853 - 110284943 |
Description | Homo sapiens miR-4436b-2 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | |||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-4436b-3p | ||||||
Sequence | 60| CAGGGCAGGAAGAAGUGGACAA |81 | ||||||
Evidence | Experimental | ||||||
Experiments | Illumina | ||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | RBMS2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | SCR3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | RNA binding motif single stranded interacting protein 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_002898 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on RBMS2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of RBMS2 (miRNA target sites are highlighted) |
>RBMS2|NM_002898|3'UTR 1 CAGTGGGATTCCCCTCCCCATCTTTACTGAATAGAAATGAATTCTTGGAGATACTCATGCTCCCAGATTCCAGAGGGTTA 81 ACCAGGAATGGAGACCATCCGTCGGCCCTGCTAAGGACTAACACTTAGCCATCGTTTTTCACAGGCCTGGGCCTGGAAAA 161 AGAAATCTCTACGTTCCTGCCCTTTACTATTGCTGATGGAGCCTGGGGGAACCATCACTTTTTTTGTGTGCTACATTCAA 241 GGAGATCAAAAAAACTTTTCTTCTTTTGCAAAGAAAGCTTTTTGTTTTTAACTGCAACGTACTTTTCCCCTACCTTGAAG 321 AGACATGGTGGTCGCAGCTTCTCATCTATATGAAAAAGTTTTCGATGTATTGGAATTATTTGGGAATGCTTTTAAAACAA 401 TTTGTAATTATTTCTTTACAAACCAAAACAGAACAGAAAGGTGTGGTGCTGGAACATCGATGAAGGAGCCCTACTTACTG 481 AGCTTAGTTATGGACTTTTTTGATGCATGTGTGTATGTGTTTTAAAAAGTATGCAGGCTCTAAAAATGTTATTTTGTAAA 561 GCTCTCAGCTCATGCACCCCATCTCCTCTTCACCCATATTATGCCTTCTTTCTCTTGTCCAGATTCTTCTTTTTCTCTTT 641 TCTAAACAGCTGAGCCTGCCTACTTTGCCCTTTTACAGCTTTTAATTTTATGGATTTTTAAAAATGAAATTTCATGTGGA 721 ATTTGGGGTTGGGGGGCAGGCTGGGCAAGGAACAAGGCAGAACACTAAGTAGGCCATGGAAGTGGCTGTTCTTTCCCCCA 801 CCCTGCCACACCCTGGGAGAAAAAACTAGACTTTGGCTTCAGAAAGCACAGATGTGACCCAGGCTTACTAAAGAGACAAC 881 TCCACAGCCCTGGGAACACACCCTTGAGCCAAACTTGGTTGAAGACTAGGTCTTCCCTGGCAAGTTCCGGAAGAATGGAC 961 TTACTGACTTTTATCAACTCTTCTCACTGCCAAGGCCAACAGCATCTGAGGTATAGCTTTTTGGGAGTACCTGCTTTCTT 1041 GCCTCCTGGAGGATATTTTCTGTCCTGGGCTTCATGGCCCCTCTCTTCCCTGTTACACATTGCTGTGCTCAGAGCCTTTG 1121 CAGCTGCGACCTAGTTGAATCCACATAGGCTCCTTCCACACGGTGGAAGATCTGCTGCTTCACTCACAGACCAGGAGTTC 1201 TCAATCAGAGGTGGTTTTGTCCCTCAGGCCTTTGGCAACATCTAGAGACAGTTTTGATTGCCACGCCTGGAGGTGGGATG 1281 TGTGTGCTACTGGCATCTAGTGGCTGCTAAACATCCTACACTGCATAGGATAGTCCCCACTACCCCCAGCCAAGAATTAT 1361 CTGACTCCAGGGGTCAATATTGCCAAGACTGGGAAACACTGATATAGACAGTGTTGTCCCTGCCTCCTGGGTTAGGGTAA 1441 ATTTTCACCCCAACCCTGGACAAACAGTGCCTTTTGACACTCATGCAACTGTTGGGGAAGGACTGGACTGGGATCCTTGA 1521 ATTCTCCCCAGACTTTGACTTTTGATAACTCTGCATATAGCAAGAGTGATTCTTGAAAGAGCTGTGGCTCCATGCTGAAT 1601 GCACACATGTACTCAGAGGGATTCAGGTGGGCATTGTTCTGGTGTGTGCTGTGCAATGGTGGGAAAGGACAAAGCTCTCT 1681 AAACTGTCCAGAGCAACCTGCCCTGCCCCGGTGTGCTTGGACCCTTTGCCCAGGGAACCAGGACATCAGAAATAATGTTC 1761 CTTCTGTGGAAGGACAACGGGGAGCTAGGGTAGCAAAGAGCAATAAATTCCAACTCTTTATGAGGTCAGGAGTCCTTTAA 1841 AAAAGCCTATGTCTTGGTCTTTAACTGTCCCCTTCTGCAAGATGTGACTCTATACACATGGAGACAGATTGAAGAAAGAC 1921 TTCACCCATCTTCTAGGAAATAAAATCCTGCTCTTGTCTTCTCCCAGTCACTCCCTTATGCACTGAAAGGAGAATTTGAC 2001 TCCCTTGCACTTCAAGGCCAGGTGCCTCTCCACTAGACAGTCAGACAAAGGCAAATAATGGAGGATAGAGAGACAGGTGT 2081 TCATTAGGCTGGCCATAGGGAGAGGAAGGGGGTGACAGCAGGGGAAAAGAAACTGTAGTATCAGTTGTCACAAGTAGAGC 2161 TCGGCCCAGCTTTCCCTCCCTTCCCAGCCACCCTAGAATTGAGAGTCCCAGTGCCCCTAGTGTCGACTTTCTATGTACAT 2241 CCTAGGGGTGAGGGAGTGCGGGGCAATGGGTAGGATATAAAGCGTAAAGGACAAATTGCCGCAGTCTTCTAATTGATGCT 2321 TCCAAACTCAGGAAGGGCTTATCCAGTGTAAAATAGCCCCAAGCCCAGCAACCTTCTAGAGGGCTCTGGCTGGGCAGATA 2401 GCTTTTGTTTTTGAGTCTCCAGCCCTCAGTCAAGGAAAATATACCATAGCTGCTTTCTTGTCAGTGGCCTTTGAGAGAAA 2481 GAGAAAACAAATCTAGAATTCTGTTCATCTGATAGACCGGGGGAGCTTTGCTATGGTAGGAGGTTTAGGAAGGGCCTTTC 2561 ACGCATAGAAACCATTGTTGATATTGCCACTCCCCTCTCCTCTGCCTCACAGAACTCCTGATTCTGTCTTCTTTCTCTCT 2641 CTATATATATATTTTAAAATGTTTAAATGGCTCTAATTTTTTGTTTTGAATTTTGAATTTACCTTTTGGAGTTCTTCTCA 2721 TGTGAATCTACTTGTTAGATTGTATTAATGAGTGTTTCTGGTTTGGGCATGGGAAGTGATGGGGGCCTGAAGTTATTTTG 2801 CAGTGGCTAATGGCACTGAGGAATTTCTTTTTTGGTGCATTTGGTTTACACTCATTTCCTCTCCTAATTGTTAGTTCATT 2881 TGTAACAGTGGGTGAGTGTTTGGAGGAAAGGAGGGAGAAGAAAGGAGGGATACTGTTTCTCCCATGAAATAGTCTAATTG 2961 GTTGGGTTGATGGCAGAAGGAAACATAGGGGAGCCTTCCAGCTCACAGCCAAGGGTTGGGCTCTTAAACACTATGCCTAG 3041 TGTTTTCTGAATGCTGTCTTCATGGAGCCCAGCTCTTACTCTCTTTGTACTTTACATCTCACCCCCACTCATTACAGATG 3121 CTCATAACATTCTTAAAATATTTTAGTACTTGGCATTTTTCTGTTTTCAGTCAGCTAGAACACACTAGAGTCCTTTCCTC 3201 AGATGGCATAATCCTTTATAGGCTCTGAGCCTGCCTAGCCATCTCCTATCGGTGTTATTACTCCTCATCTCAGGCTCTGA 3281 GATGATACTCAGACCCTAAACTGATTGGACTTTTTGGAGGAGGGTGCCAGTAGAGAGGTCAGGAAGATGTGGAGATGATG 3361 ATGGAGAGAGATGTTTTTATTTTATTTTATTTTTTCAGACAGAGTCTTGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCAC 3441 GATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCAGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCATGTAGCTGGGATTACAG 3521 GCACCCACCACCATGCCCGGCTAATTTTTTTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAA 3601 CTCCTGACCTCAGGTGATCTGCCCGCCTTAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCTTT 3681 ATTTTATTTTTTAGAGATGGTCTTGCTGTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGATGCAGTCGTAGTCTACTACAGTCTTGA 3761 ATTCCTGGGCCCAAGGGTTCTTCCCACCTAAGCCTCCCAAGTAGCTGGAAGTACAGGCACATACTACCAAGCCCAGTTCG 3841 TTATTTTAAGTTTTTGTAGAGACAGGGGTCTTACTATGTTGCCCAGACTGGTCTTGAACTCCTGTCAAGTGAGCCTCCCA 3921 CCTCAGCCTCCCAAAGTGCTATGATTACAGGTGTGAGCCTCCATGCTTGGATGAGATGTTGTTTTTAATGTTTTTGGTTT 4001 TTTGGTTTTGTTGTTTTGTTTTTTTGAGACAGGGTCTCACTCTGTGGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACCATAATGGCT 4081 CACTGCAGCCTCGACCTCCCAAGGCTCAGGTGATCCTCTTGCCTCAGCCACCCCTTCCCCGGCCACCAAGTAGCTGGGAC 4161 TATGGGCTTGTGCCACCATGCCTGGCTAATTTTTTTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTTACCACGTTGGCCAGGCTAGTG 4241 TCCAACTCCTGACCTCCAAACAGCTAATTTTTGTATTTTTAATAGAGACAGGTTTTCGCCATGTTGCCCAGCCTCGTCTC 4321 GAACTCCTGGGCTCAAATGATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTATAGGCATGAGCCACCACACCTGGCC 4401 TTTTCAGTTTTTTTATTTTTATTTTTTCTTTGAGACGGAGTCTCGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGTGATC 4481 TTGGCTCACTGAAACCTCCATCTCCTGGGTTCAAGCAGTTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGTGC 4561 CTGCCACCATGCCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTTGCCACATTGCCCAGGCTGGTGTTGAACTCC 4641 TGGGCTCAAATGATCCACCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCACCCGGCCCTTTGTA 4721 GTGTTTTTAACTAAAGAATTTGTAGAGTTGCCCAGGCCAGGAAGCCTGGTGGCTCTAAAGGGTAATAGACCTTGTCAGTA 4801 ACAGATAAGGAGTGGTAAGAGGACATTACTCATATTGAAGATGAAGACCAGACTTTGCTGCTTCACAGGCCATGCGCTGG 4881 GTTGGGCCACTTCAGCTCCACTCCATTCGTTTTCCTTTCCTAACTTGACAATCAGCTCACTCACCCTCCCTTAGTGCCTC 4961 CAGTGCCTACTCCTGTCACTCCAATGTCAACCCATTGGGAGTTGAGGCCTGTCACTCCAATGTCAACCCGTGGGCTGTTA 5041 CTTTGCGTCATATGATGCTGTGAGAGGCCTTGCTGGAATGTCCTAGGAATCCCTAGTAGCAGTGGCTATTAGTCTTCTAG 5121 AAAAGAACTATTGCTGCTGCCTTGTGCACATGCCCCACCTTCTGGGCAAGTGGCAGCATTGCGCTCATGAGGGGCTTTGC 5201 ATTCTTAGCCAAGGGCAATAAACTGGGTGGGTGATCTGGCCCAAACTTGCCCCTAGGCTCTGCTAGCCCTGAATCAGCAG 5281 GCTTCAGAGACGAGGGTGGGTGTTATAAAAGCCAGTCTGTAAAGGGTAAATTCCAAATCTTGTGCCTTGTTATACCAATC 5361 CTTCCTGATTCCCGTTTAAACCAACTACTCTATTTCTGTGCTGCCTACATTTTCAATCCTCCCACGCATTAGCAAATTCC 5441 TGAAATTTCCTCATTTGGTAGGCCTTCCATAGGAGTCAGCTATGGACTTCCATAGGAGTTGGCAGCTAAAACCAGACTGT 5521 GAGCTTCTGTCTCCGTTCTGATTTTTGCTGCACCTCCCAGGGGACAGTCCCCACATGATTACAAAAGCCAGGTGCCCTCA 5601 TCACCCGTTACCCCTGACCTGTCCACTTGTTTTGAATAAACCTTCATTCTCCAAGCAGATCCCCAAACTTCCTTGTCCTT 5681 GTTACACGTCTACCTCACAACCTCACAATTCAACAACAGGTAAATACCTGGATTCACTGATTTCTTTACTGTCCTTCTCT 5761 GAGGGTTGGGAAGGTGGGGGCTAGAAAAGGCTCATAATTTTTAAACTCTTGGGAATTAAACTTGGGAATTTCTATTCCTA 5841 CAGTGTTTTCTCTGGGATTTTTAGCTCACTGATCGCCCTAGAATAGTGTGAACTCTCCAGATAGGTCCTGCTGTGATAGG 5921 CCAGGGGAGTAGGCTGTGCAGTGACGGCTTAGGGTAATAAGTAATGGTTGGAGGACACCAGCATAGGAGCAGAGTTTAGA 6001 ACTTAAGAGGACAAGAAAGCTGCTCAGTGGCTGGCGTATAGCTGTGAAGGTAACCAAACACCAAAGAGGGAGTCTGTCAT 6081 TTTTATAAGGCTGGAAGCGAATGTTCCTTTTCTACCTTAACATACAGTTTAGGGGGTTGCACCAAGACAAAGTTTCCAGG 6161 CTGGAGGGTAATACATATCCAGCGCGAGTGAAGTCCCCACTCCAACATATACCCTTTTTGGGTGGGTAAACACCTCTTTG 6241 CATGTGGACAGAAAATGTTTATACTTAAACAGACATATTTTGCATATTTTTATCTGGAGACTTCTTCTAGTTTTATACTC 6321 TTCCCACATCTATGCCAATGCCACCATTCTAAAACTTACACTCCTTTTCTACCCCTGGTCTTTTCCTTGTCCTTCCCTAC 6401 AACTTGGTAGAGGTCCATTTTGTCTTACTTCACACTTTTTTTTTTTTAAATAAAACACAAAAGTCTACGTCTTGGTGTCT 6481 TATCCGTGAGTGGGAAGTGGTAAGCTGGTGATGGTCCCATATTTGCTATGACAGGAACACAGAGGTGGCAGCTTAGGAAG 6561 CTGGGGCCACATCTCACAAGGCAGGACCTGGATGCACTGAATCCCCCTTTGCTCCAGCAACTCAGCCAGACATTTAGGCA 6641 GGAGCACTAATGACCCTTTCCATCCACACAGAGGGTATGGAACAGGAGCCCCTGTTGTTCCCTTGCCTGTGGTCTCTTAA 6721 GCCAGTCATACCTATCCCAACGCCGTCTCCCCCTCAGGTGTGTAGAAGGGAAGATGAATACACAGAGTCTTTTGAATCTC 6801 TATCAAATGTGGTTTTTTTTATTCAACAACTGACAAGCACTTTTCTACAGCTGCACTTGTGGAACATCACATGGCAAAAA 6881 CAGGAGTTTTTTCGCTAGACTTTTTTTTTCTTTTTAACCTTATTAAAAATGAGATTGGTCCTAAAAATATAGAAAGAAAT 6961 AAATTTAAATTCACAAAAAACTGTACATTATCAAAAAGTCACTAAAACACCACATTTGGTTATATAAAAAGTCCCTTTTG 7041 CTGTAAAAGGAACACAGAAACTTAAAAAAAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | hESCs (WA-09) | ||||||
Disease | 5939.0 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
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"PAR-CLIP data was present in SRR359787. RNA binding protein: AGO2. Condition:4-thiouridine
... - Lipchina I; Elkabetz Y; Hafner M; Sheridan et al., 2011, Genes & development. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Lipchina I; Elkabetz Y; Hafner M; Sheridan et al. - Genes & development, 2011
MicroRNAs are important regulators in many cellular processes, including stem cell self-renewal. Recent studies demonstrated their function as pluripotency factors with the capacity for somatic cell reprogramming. However, their role in human embryonic stem (ES) cells (hESCs) remains poorly understood, partially due to the lack of genome-wide strategies to identify their targets. Here, we performed comprehensive microRNA profiling in hESCs and in purified neural and mesenchymal derivatives. Using a combination of AGO cross-linking and microRNA perturbation experiments, together with computational prediction, we identified the targets of the miR-302/367 cluster, the most abundant microRNAs in hESCs. Functional studies identified novel roles of miR-302/367 in maintaining pluripotency and regulating hESC differentiation. We show that in addition to its role in TGF-beta signaling, miR-302/367 promotes bone morphogenetic protein (BMP) signaling by targeting BMP inhibitors TOB2, DAZAP2, and SLAIN1. This study broadens our understanding of microRNA function in hESCs and is a valuable resource for future studies in this area.
LinkOut: [PMID: 22012620]
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Experimental Support 2 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | HCT116 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
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PAR-CLIP data was present in ERX177611. RNA binding protein: AGO2. Condition:p53_D_AGO_CLIP_3_1
PAR-CLIP data was present in ERX177603. RNA binding protein: AGO2. Condition:p53_D_AGO_CLIP_2_5
PAR-CLIP data was present in ERX177599. RNA binding protein: AGO2. Condition:p53_D_AGO_CLIP_2_1
... - Krell J; Stebbing J; Carissimi C; Dabrowska et al., 2016, Genome research. |
Article |
- Krell J; Stebbing J; Carissimi C; Dabrowska et al. - Genome research, 2016
DNA damage activates TP53-regulated surveillance mechanisms that are crucial in suppressing tumorigenesis. TP53 orchestrates these responses directly by transcriptionally modulating genes, including microRNAs (miRNAs), and by regulating miRNA biogenesis through interacting with the DROSHA complex. However, whether the association between miRNAs and AGO2 is regulated following DNA damage is not yet known. Here, we show that, following DNA damage, TP53 interacts with AGO2 to induce or reduce AGO2's association of a subset of miRNAs, including multiple let-7 family members. Furthermore, we show that specific mutations in TP53 decrease rather than increase the association of let-7 family miRNAs, reducing their activity without preventing TP53 from interacting with AGO2. This is consistent with the oncogenic properties of these mutants. Using AGO2 RIP-seq and PAR-CLIP-seq, we show that the DNA damage-induced increase in binding of let-7 family members to the RISC complex is functional. We unambiguously determine the global miRNA-mRNA interaction networks involved in the DNA damage response, validating them through the identification of miRNA-target chimeras formed by endogenous ligation reactions. We find that the target complementary region of the let-7 seed tends to have highly fixed positions and more variable ones. Additionally, we observe that miRNAs, whose cellular abundance or differential association with AGO2 is regulated by TP53, are involved in an intricate network of regulatory feedback and feedforward circuits. TP53-mediated regulation of AGO2-miRNA interaction represents a new mechanism of miRNA regulation in carcinogenesis.
LinkOut: [PMID: 26701625]
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Experimental Support 3 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | Prostate Tissue |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
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PAR-CLIP data was present in SRX1760591. RNA binding protein: AGO2. Condition:AGO-CLIP-LNCaP_B
PAR-CLIP data was present in SRX1760632. RNA binding protein: AGO2. Condition:AGO-CLIP-22RV1_C
PAR-CLIP data was present in SRX1760641. RNA binding protein: AGO2. Condition:AGO-CLIP-LNCaP-MDV_B
PAR-CLIP data was present in SRX1760583. RNA binding protein: AGO2. Condition:AGO-CLIP-LNCaP_A
PAR-CLIP data was present in SRX1760639. RNA binding protein: AGO2. Condition:AGO-CLIP-LNCaP-MDV_A
... - Hamilton MP; Rajapakshe KI; Bader DA; Cerne et al., 2016, Neoplasia (New York, N.Y.). |
Article |
- Hamilton MP; Rajapakshe KI; Bader DA; Cerne et al. - Neoplasia (New York, N.Y.), 2016
MicroRNA (miRNA) deregulation in prostate cancer (PCa) contributes to PCa initiation and metastatic progression. To comprehensively define the cancer-associated changes in miRNA targeting and function in commonly studied models of PCa, we performed photoactivatable ribonucleoside-enhanced cross-linking immunoprecipitation of the Argonaute protein in a panel of PCa cell lines modeling different stages of PCa progression. Using this comprehensive catalogue of miRNA targets, we analyzed miRNA targeting on known drivers of PCa and examined tissue-specific and stage-specific pathway targeting by miRNAs. We found that androgen receptor is the most frequently targeted PCa oncogene and that miR-148a targets the largest number of known PCa drivers. Globally, tissue-specific and stage-specific changes in miRNA targeting are driven by homeostatic response to active oncogenic pathways. Our findings indicate that, even in advanced PCa, the miRNA pool adapts to regulate continuing alterations in the cancer genome to balance oncogenic molecular changes. These findings are important because they are the first to globally characterize miRNA changes in PCa and demonstrate how the miRNA target spectrum responds to staged tumorigenesis.
LinkOut: [PMID: 27292025]
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CLIP-seq Support 1 for dataset SRR359787 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | hESCs (WA-09) / 4-thiouridine, RNase T1 |
Location of target site | ENST00000262031.5 | 3UTR | UCUACGUUCCUGCCCUUUA |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 22012620 / SRX103431 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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87 hsa-miR-4436b-3p Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
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Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
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MIRT066957 | ATXN7L3B | ataxin 7 like 3B | ![]() |
![]() |
2 | 8 | ||||||
MIRT119284 | NABP1 | nucleic acid binding protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT128915 | KMT2A | lysine methyltransferase 2A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT150116 | MIDN | midnolin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT173040 | YTHDF3 | YTH N6-methyladenosine RNA binding protein 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT253117 | BCL2L12 | BCL2 like 12 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT256997 | RGMB | repulsive guidance molecule family member b | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT259746 | SNX12 | sorting nexin 12 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT267278 | TMEM109 | transmembrane protein 109 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT441934 | C1orf109 | chromosome 1 open reading frame 109 | ![]() |
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MIRT443625 | CPSF2 | cleavage and polyadenylation specific factor 2 | ![]() |
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MIRT445757 | AGO1 | argonaute 1, RISC catalytic component | ![]() |
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MIRT447835 | CTIF | cap binding complex dependent translation initiation factor | ![]() |
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MIRT451230 | ZNF444 | zinc finger protein 444 | ![]() |
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MIRT451966 | TMPRSS5 | transmembrane protease, serine 5 | ![]() |
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MIRT453127 | HOXC4 | homeobox C4 | ![]() |
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MIRT454604 | RPL13A | ribosomal protein L13a | ![]() |
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MIRT455176 | SUV39H1 | suppressor of variegation 3-9 homolog 1 | ![]() |
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MIRT455547 | GJB1 | gap junction protein beta 1 | ![]() |
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MIRT458197 | ATP6V0A2 | ATPase H+ transporting V0 subunit a2 | ![]() |
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MIRT458356 | NOC2L | NOC2 like nucleolar associated transcriptional repressor | ![]() |
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