pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-4749 |
Genomic Coordinates | chr19: 49854591 - 49854651 |
Description | Homo sapiens miR-4749 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-4749-3p | ||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 42| CGCCCCUCCUGCCCCCACAG |61 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | DRVs in miRNA |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | SPTLC2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | HSN1C, LCB2, LCB2A, NSAN1C, SPT2, hLCB2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | serine palmitoyltransferase long chain base subunit 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_004863 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on SPTLC2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of SPTLC2 (miRNA target sites are highlighted) |
>SPTLC2|NM_004863|3'UTR 1 GCCTTTTTGGTGCTCCCTCAGAGGAACTCTCCCTCACCCAGGACAGCCTGTGGCCTTTGTGAGCCAGTTCCAGGAACCAC 81 ACTTCTGTGGCCATCTCACGTGAAAGACATTGCCTCAGCTACTGAAGGTGGCCACCTCCACTCTAAATGACATTTTGTAA 161 ATAGTAAAAAACTGCTTCTAATCCTTCCTTTGCTAAATCTCACCTTTAAAAACGAAGGTGACTCACTTTGCTTTTTCAGT 241 CCATTAAAAAAACATTTTATTTTGCAACCATTCTACTTGTGAAATCACGCTGACCCTAGCCTGTCTCTGGCTAACCACAC 321 AGGCCATTCCCCTCTCCCAGCACCTTGCAGACTTGGGCCCATCAAGAGCTACTGCTGGCCCTGGCTCCGCAGCCTGGATA 401 CTTACCTGGCCCTCCTCCCTAGGGAGCAAGTGCCTTCCACTTACTTCCCATCCAGGTCTCAGAGGTCTCAAGGCCAACCT 481 TGGAATCCTTATTTAACCATTCAAGTAATCAACGGAAGTTTTCACCCTTTAATCTTAAGTTTAGCCTTTTAAGAAAAACA 561 GTAAGCGATGACTGCTGAAAGGCTCATTGTGTAATCTCCCAAGGGTTTGGTCTTATTCCATTTTCTTCTGGTCACCAGAT 641 GATTTCTTCCTTTACCATCAAATACTTCTTCATAATGGTCACAGTCTGAGGATGTGCGCAAATTCTGGTTCTTCCCAAGC 721 TCTAACCGTAACACGTCCCACCCCCTTTTTAAAGCACTTACTGTTTTCAGAGCACCCATATCCCACCCTGGTGAGAAGGC 801 CACTCTCACATCTGAGTGTTGGGTACAAAGCTGCTCCGTAGAGTGATGTGCACTCCTGGTGGGTGAGGGGCAGGGGCAGT 881 GGCAGTGTGCAAAGAATTGATTACTCCTTGCAGAGCCTGTGGCTTGCATTTCCTACTGCTTTCTACGTTTGAAAATTATG 961 ACAGTCTCTGGCTAGGTCTGGGTCCAGATTAGGATTTAAACTGATAAAGGAAACTGTTGGTAAATCCTCTGCTCAGAAAG 1041 CATTTATCATGTTCCTATTTAAGGATTAGGTTTATTAATTTAGGCCTCTTAGAAGCTAACCCACTTAAATATTACTCTTC 1121 TGAATGCTAGTTCTCTTTTATTCTTGATGTCCTAAGTCAATTGAATCTGGCATCTGGGGCTAGGGTCTGCCTGTCTACAT 1201 ATTTTTTATTTTTTTCTGAGAAATTCTGAACACATAGATCTCTTTCCTAAACTGACATTTTCTATTTTGACTGTTTTCAT 1281 ACTATAACCAGGTAAAGGGACTTCTTTCAGAGAGCTTTATACTGCCTGACCAAAGAACAAATCTGAAAATCACCATTTTA 1361 AAGTTATTTTTTCAGTTGAACCAAAGTTTAAGTGAAGAGGACTTTTGGCATATTATACCCAGGATCAGTTTGTCTTTTTG 1441 TATCCATCAAGTATTACAGGAGAAGGATTGGGAACAGAATGGAAAAACAGTGTATGAAAGTCATGTTACAGGCCGAGTGC 1521 GGTGGCTCACACCTGTAATCCTAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCAGGTGGCTCACTTGAGGTCAGGAATTCAAGACCAGCC 1601 TGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAAGACAAAAAATTAGCTGGGCGTGGTGGCGGGCACCTATAATCCCAC 1681 CTACTTGGTAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCAGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGACGAGATTGTGCCACTGCAC 1761 TCTAGCCTGGGTGACAGAGCAAAACTGTGTCTCAAAAAAAAAAGTCATGTTACACATTTAAGTTTTTGAAATTGCTCCTT 1841 TTATCGGTAAAGATTCTCAATCCAAATTCTCCTGGGTGTGTTGTCATCAGCTGTGATATGTTTGTGCACATTACGTATAG 1921 CAGAGGATGTAAGCAATATTATTGTTTGTGAAGTTTTGTTTTTAATGTCTTGAGTATGAGTTATGTTTAGTCACTGTCAG 2001 CATCTGAGAACTTTAATAAGCCCTTGAGATATTCCAAAGTTTTATTTTACTTTTTTAAAGAACAGAAAAAGATGAATGAA 2081 AGAACCAAGGAGAGATGCAGAGACTATATTTAGCATGTATAGGTTAAAGTAAGAAGGAGGTTGTGGTAACTAAATAGGAG 2161 TCCTATAAAATCAAATACATTGTCAACCTTTTCTGCACATCTAGTTTCCTACCATAGAATCCCACTGGAATACCACATAG 2241 CTTTTGCACTGCAGTTACTATTTACTAATGTAAACGTAGGGTTTGTAAAAGTCACAAACTTATAAGCAATGAACTTACCT 2321 GCTAGTCTTTTTATTTTGGCTTGCATGAAGTCACTGCAAATTCAAATGTCAGTACCGGCATTTAAAATATATCTATATCA 2401 CTTTGTTGGTACAAAGTTATTTCAAGATAAGTGTAATTTTGTTACAAGTTTATTTTGAAGAGACAAATCTCCTGTGATCT 2481 ATGCAGGACCTCTGTACTTTCTAAAGAACAAAATGTTATGTAGACATTATACATGGTTGGTTGTCTCTTCTTGAAACTGT 2561 AATGTAAATCTAGGGTCCAGTCATATCCTAGGTATCATCATTTATCCAAGTACTTGGAGGAATACAAGTATATATAAATA 2641 CAGTCATTGAGAATAAGTCGATTTGAGGCATACAAGAGTAGTTTCTTACACAGTTTAACACGGCCTGATTCAAGACTCTG 2721 ATAGGATTCAAACAGATACCGGTTAACCATGACTACCAAAACTGATCATCTGAGTCGATTGATAGAGGTGTGACTAGTCC 2801 TTAGCACTTTTTCTCATTCCTCTTTTTATTCAGCATTGCTGTTACCTATTTCAGGTTTATAAGACCTCTTTCAGCAGATC 2881 ACATCAGAAGCCAGGAAATGCATAGCTAGGAGATGTCAAAAGCCCATATGAGGAGTGGACCAAGCAGCAGTGGCGGTTTC 2961 TCCTCGCATCTTTTTTTTTTTAAGCTTTAACTTAGCAGGGGCATGGACTTTATAGCACTTTTTCAACTTTTTGCTTTGCT 3041 TTGGATAAGAAATCCTTACCTTTAAAAAAAGCTTCTAGTCTCCATAACCCCCAAAGTACTGCTTATTTGTTTGAAGAATC 3121 CAGCCATCGTAGTGCTTTAGTCACTATCGTAAACATTCATGATAGGGCAAGGATTTTAAAACAGGATTCTTGCTTCTGTA 3201 GTCATCAAGGTGAACAGAAGCATCCTACACAACCACTAAGGGCTCTATGTTTGTGTCATGCCTCTTCAAACACCAAGGAG 3281 TTGAACATGCTTCCAGTGATTTGTCTCCGTAATGCCTTCTTCCTTTATTTGGCCTTTCTTTCTTTCTGTACCTTCAAGTT 3361 CTTGATTTTTAAAATTCCAACTCTAGAGAAAACCAATATATGGTGGTGCTGGGCTTTGAAGATAGCATATCAGACGCCTT 3441 GGTTCTGTTTGTACACTTAGCCTTACATTTCAGGAGGAGGCTTTTCATTAGGGGCTTAAGCTAGCTCCTTTGGCTTTTAA 3521 AAAAAATTTTTTTTCAAATTTCTTCATTACCTAAGGGAGCCTGCATCTAAATTTCTCAACTAGTTCAGCCTAGCTGAATT 3601 TTCTAGTGTGTTATACACTTTGCTTCCTTCTTATTGGTGAAAACCAGGGGGATGAGTGGCTTCCATGGAGAGATTTCCTG 3681 ATTTCTCAGGGAGGAAAAAAGTGATGACATTTACCACTACTTTTATGTTTTTCCCCTTTTTCCAAATTGATAAGGATTTC 3761 TGGTTCCTAGTGATCCGGGATTGGGCAACAGTGCAGAACTGCCAGTCATGCCGTAGGCCGTGAAGAAAGAATGTGAGTAA 3841 CTGTTGTTTTGCAAGGATTTGTAGGGTTATGGGCAGTTGTTGTTTGAAGCATTGCTATGACCTAATTCCCAAGGTATCTT 3921 TCCTCTCTTGGTGTTCTAGGTAAGCCAATGAGCTTTAATCTCTACTTGCTATAACCGTGTGCTTAGAAAAAGAGGTGAGA 4001 GTAGTGGTTTTCCTTCAAACTGTCCACATTCATGAAGATTATGAATTGTTAGGACAGCCAGGGCAAGATAGACCCTGTCT 4081 CTACAAAAATTTTTTTCTAAATTAACCGGGCATGGTGGTGCCTGCCTGTAGTCCCACCTGTGTGGGAGAATCACTTGAGC 4161 CTGGGAGGTCAAGGCTGCAGTGAGCCATGATTGCACCCCTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGTGAGACCCTGGCTCAAT 4241 AAGAGGGGGAAAAAAAATTGTTAGGAGCTGGGTGCGGATGCAGCCTGCAATCCCAGCTACTTGAGAGGCTGAGGCCGGAG 4321 GATTGCTTAAACCCAAGAATTTGAGCGTAGCCTGGGCAACACAGCAAGACCCCATCTAAGAAAAAAATGTTTTTTAAATC 4401 AGCTTAGCCCAAAGGGGTTGTGAATGGGGAGGTATAAAAAGCAAAGATTATTTTTTGGCTACTAAGCCAAGAACTTACAG 4481 GGATTTTTTTTTTCAGTCCCAGAACCTACAGATACCCTGCTACTTGCTTCACGTGGATGCTCAGTGCCCAGCAGCCATCT 4561 TAATACATTAAACCAGTTTAAAAAATACCTTCCATGTGGAGAAAAACATGTCTTTTTCTCGCCTCAACTTTATCCACATG 4641 AAATATGTGCCCATGGCTGGGCGCAGTGGCTCACCTGTAATCCCAACACTTTGGGAGGCTGAAGCAGGCAGATTGCTTGA 4721 GGCCAGGAGTTCGAGAACAGTCTGGCCAACATGGCGAAACCTCATCTCTACTAAAATTACAAAAATTAGCCGGGCATGGT 4801 GGCACATGCCTGTAATCCCAGCTACGTCAGGAGGCTGAGGCACAGGAATTGCTTGAACCCAAGAGGCAGAGGATGCAATG 4881 AGCCAAGATCACACCACTGCACTCCAGCCTTGGCGACAGAGGGAGACTCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAGGTGTGCCC 4961 AGGCCCCTAGCCATTGCCATGTGCCCAGCCAGAGAGCCAAATTAGAGGGCTGGCTTCCCTATCACACAGAATAAATGCTA 5041 GTGCTAGCCAATGATCCCTTTGCTTTTAATGTATAGAAAATACTGTTGTTCCTTTTGTCATTTCCAGTGACATCTGTTTT 5121 CTAAGCAGCTCTTTTCTAGGGAGGAAACCAAAGGGGCTAGGTTAAGACCCTAATAGAAATGTTTTTTCTAATCTCTGGTG 5201 AGTCTGGAAGTGTCACATTCACAGTCCACCCTTGGGAGTGGCTTGGTGGAGCTGGGGACAAGGTTTTGTTTACTACATAG 5281 TGCACATGATAAATGGCCTTAAACTGTGATTCTTTCTGGTAGGATAAGTTATAATAAACTGACCCTAAAGAATGCAATGG 5361 CTTTTAAACTGCAGTTACTGTGTTCTTAATGAAGCAATACCCAAAGCTCTGTTCTTTTGGAGCACTTGAGGGGAGCTTGA 5441 ATGAAAGGTGCAGATAAGAGCAGTACCTTGATCTTATGCTTTCTGAGTGTCCTGCCTTGTTGCCATCTGCATGGATGAGT 5521 GAATGCTTCTATGCACGAGGAGACTCAAGCCAACTCAGAGTCTGCTTTTTCCAACGCTCTTCCCAGGTTTCTTTTGCAAA 5601 GCTTGGTCATTTGGCCCAGGTCTTCCTGGAAAGTGGAGTACATGTCACTGACTAGGGTGGCGTGGTGTCTTTACCCTTAA 5681 CATTAAGTCTTGTTACCTCAGTGATGTGAAGCCAATGGTTGGAATTATAAAAAGCATCCTTGCTGGTTCTTCACAGGACA 5761 CTGGAACCCACCCTGTCAATTCAGCTAGCATGTCCACACAGTCTTGATGATCCCTCTCTGTAACAGGCAGCTAACATTAA 5841 GAGAAGGGGGAAAGAGAAGAAGAGAGCAATAGCTTATGGGAGAGCTGAGATCTTACTTCGTTGACCCATATTTTTCCCCT 5921 GACCAAGTTACCTGTAAACTGGAATTTGCAAGGGGATGCTGTGATGATAACCCCTTTCTATTGCTGTAATGTTCATATAA 6001 CCTGGGAAACTGAGAGAAGGGGATGTGTAAATAAAAGCTTAAACATTTTAGTAATGTGTTAAAATGTCACTCTCTCTTAC 6081 CCTGTTTCCCTTTTTTGCCAGATGATGATTTTTTTATTTTTATTTTGTACTTTACTGGATGACTGTGAAGCGATGAGTAT 6161 TGGGTTGGGGTAGGTGTGTTGATTTTGAGAGTGCATGTTAAGAACTGAAGGGGAACTACTTGAGATGACTTAAGAAGCAT 6241 CCCATGCAAATATCTTGTTTTGCCCTAATAAAATATTCAGAAAGATA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | hESCs (WA-09) | ||||||
Disease | 9517.0 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
"PAR-CLIP data was present in SRR359787. RNA binding protein: AGO2. Condition:4-thiouridine
... - Lipchina I; Elkabetz Y; Hafner M; Sheridan et al., 2011, Genes & development. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Lipchina I; Elkabetz Y; Hafner M; Sheridan et al. - Genes & development, 2011
MicroRNAs are important regulators in many cellular processes, including stem cell self-renewal. Recent studies demonstrated their function as pluripotency factors with the capacity for somatic cell reprogramming. However, their role in human embryonic stem (ES) cells (hESCs) remains poorly understood, partially due to the lack of genome-wide strategies to identify their targets. Here, we performed comprehensive microRNA profiling in hESCs and in purified neural and mesenchymal derivatives. Using a combination of AGO cross-linking and microRNA perturbation experiments, together with computational prediction, we identified the targets of the miR-302/367 cluster, the most abundant microRNAs in hESCs. Functional studies identified novel roles of miR-302/367 in maintaining pluripotency and regulating hESC differentiation. We show that in addition to its role in TGF-beta signaling, miR-302/367 promotes bone morphogenetic protein (BMP) signaling by targeting BMP inhibitors TOB2, DAZAP2, and SLAIN1. This study broadens our understanding of microRNA function in hESCs and is a valuable resource for future studies in this area.
LinkOut: [PMID: 22012620]
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CLIP-seq Support 1 for dataset SRR359787 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | hESCs (WA-09) / 4-thiouridine, RNase T1 |
Location of target site | ENST00000216484.2 | 3UTR | CAGGGGCAUGGACUUUAUAGCACUUUUUCAACUUUUUGC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 22012620 / SRX103431 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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63 hsa-miR-4749-3p Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT082256 | MED29 | mediator complex subunit 29 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT112161 | OTUD3 | OTU deubiquitinase 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT150036 | MIDN | midnolin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT246308 | HIST2H2AA3 | histone cluster 2 H2A family member a3 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT246320 | HIST2H2AA4 | histone cluster 2 H2A family member a4 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT248254 | SP1 | Sp1 transcription factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT257944 | GIGYF1 | GRB10 interacting GYF protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT466973 | STARD7 | StAR related lipid transfer domain containing 7 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT492322 | SETD1B | SET domain containing 1B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT496204 | EFCAB1 | EF-hand calcium binding domain 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT497568 | CCR6 | C-C motif chemokine receptor 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT502990 | CCDC71L | coiled-coil domain containing 71 like | 2 | 8 | ||||||||
MIRT508300 | SIX5 | SIX homeobox 5 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT522472 | ZAK | mitogen-activated protein kinase kinase kinase 20 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT525825 | VIMP | selenoprotein S | 2 | 4 | ||||||||
MIRT528154 | BCL2L1 | BCL2 like 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT532606 | SPTLC2 | serine palmitoyltransferase long chain base subunit 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT551302 | RPRM | reprimo, TP53 dependent G2 arrest mediator homolog | 2 | 2 | ||||||||
MIRT568777 | FAM53C | family with sequence similarity 53 member C | 2 | 6 | ||||||||
MIRT570896 | METTL21A | methyltransferase like 21A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT570963 | TMBIM4 | transmembrane BAX inhibitor motif containing 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT571167 | ZNF85 | zinc finger protein 85 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT576751 | Tmem127 | transmembrane protein 127 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT609854 | DAZAP2 | DAZ associated protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT627101 | PDRG1 | p53 and DNA damage regulated 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT637060 | PRKAG1 | protein kinase AMP-activated non-catalytic subunit gamma 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT639423 | PKP1 | plakophilin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT643208 | TYW3 | tRNA-yW synthesizing protein 3 homolog | 2 | 4 | ||||||||
MIRT646251 | PRSS38 | protease, serine 38 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT647145 | CYP27C1 | cytochrome P450 family 27 subfamily C member 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT647429 | ZKSCAN2 | zinc finger with KRAB and SCAN domains 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT650666 | GAPDHP44 | glyceraldehyde 3 phosphate dehydrogenase pseudogene 44 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT651816 | USP49 | ubiquitin specific peptidase 49 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT657376 | HMGA1 | high mobility group AT-hook 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT658105 | FOXK1 | forkhead box K1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT658161 | FCHSD1 | FCH and double SH3 domains 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT662754 | LRRC3C | leucine rich repeat containing 3C | 2 | 2 | ||||||||
MIRT667209 | NIPAL1 | NIPA like domain containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT687003 | RPL35 | ribosomal protein L35 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT707057 | NACC2 | NACC family member 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT709048 | MRO | maestro | 2 | 2 | ||||||||
MIRT709054 | MGAT5B | mannosyl (alpha-1,6-)-glycoprotein beta-1,6-N-acetyl-glucosaminyltransferase, isozyme B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT709446 | VWA2 | von Willebrand factor A domain containing 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT709847 | SNX12 | sorting nexin 12 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT710790 | IFNLR1 | interferon lambda receptor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT711696 | GMPR | guanosine monophosphate reductase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT712462 | KCNC3 | potassium voltage-gated channel subfamily C member 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT713884 | MOB3A | MOB kinase activator 3A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT715329 | NTN1 | netrin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT715927 | CHD4 | chromodomain helicase DNA binding protein 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT716533 | ATF5 | activating transcription factor 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT716937 | CACNB1 | calcium voltage-gated channel auxiliary subunit beta 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT717007 | MFSD6 | major facilitator superfamily domain containing 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT719139 | DPYSL5 | dihydropyrimidinase like 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT720853 | MEF2D | myocyte enhancer factor 2D | 2 | 2 | ||||||||
MIRT721484 | LTB4R2 | leukotriene B4 receptor 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT721517 | DKK3 | dickkopf WNT signaling pathway inhibitor 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT722895 | LRRC20 | leucine rich repeat containing 20 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT723066 | GGA1 | golgi associated, gamma adaptin ear containing, ARF binding protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT723086 | INSIG1 | insulin induced gene 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT723353 | ASCL2 | achaete-scute family bHLH transcription factor 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT723483 | MINOS1 | mitochondrial inner membrane organizing system 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT724576 | NOTCH2 | notch 2 | 2 | 2 |
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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