pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-2355 |
Genomic Coordinates | chr2: 207109987 - 207110073 |
Description | Homo sapiens miR-2355 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Associated Diseases | ![]() |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-2355-5p | |||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 11| AUCCCCAGAUACAAUGGACAA |31 | |||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||||||||
Experiments | SOLiD | |||||||||||||||||||||||||||
Editing Events in miRNAs |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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miRNAs in Extracellular Vesicles |
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Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | XIAP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | API3, BIRC4, IAP-3, ILP1, MIHA, XLP2, hIAP-3, hIAP3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | X-linked inhibitor of apoptosis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001167 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on XIAP | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of XIAP (miRNA target sites are highlighted) |
>XIAP|NM_001167|3'UTR 1 TCTAACTCTATAGTAGGCATGTTATGTTGTTCTTATTACCCTGATTGAATGTGTGATGTGAACTGACTTTAAGTAATCAG 81 GATTGAATTCCATTAGCATTTGCTACCAAGTAGGAAAAAAAATGTACATGGCAGTGTTTTAGTTGGCAATATAATCTTTG 161 AATTTCTTGATTTTTCAGGGTATTAGCTGTATTATCCATTTTTTTTACTGTTATTTAATTGAAACCATAGACTAAGAATA 241 AGAAGCATCATACTATAACTGAACACAATGTGTATTCATAGTATACTGATTTAATTTCTAAGTGTAAGTGAATTAATCAT 321 CTGGATTTTTTATTCTTTTCAGATAGGCTTAACAAATGGAGCTTTCTGTATATAAATGTGGAGATTAGAGTTAATCTCCC 401 CAATCACATAATTTGTTTTGTGTGAAAAAGGAATAAATTGTTCCATGCTGGTGGAAAGATAGAGATTGTTTTTAGAGGTT 481 GGTTGTTGTGTTTTAGGATTCTGTCCATTTTCTTTTAAAGTTATAAACACGTACTTGTGCGAATTATTTTTTTAAAGTGA 561 TTTGCCATTTTTGAAAGCGTATTTAATGATAGAATACTATCGAGCCAACATGTACTGACATGGAAAGATGTCAAAGATAT 641 GTTAAGTGTAAAATGCAAGTGGCAAAACACTATGTATAGTCTGAGCCAGATCAAAGTATGTATGTTTTTAATATGCATAG 721 AACAAAAGATTTGGAAAGATATACACCAAACTGTTAAATGTGGTTTCTCTTCGGGGAGGGGGGGATTGGGGGAGGGGCCC 801 CAGAGGGGTTTTATAGGGGCCTTTTCACTTTCTACTTTTTTCATTTTGTTCTGTTCGAATTTTTTATAAGTATGTATTAC 881 TTTTGTAATCAGAATTTTTAGAAAGTATTTTGCTGATTTAAAGGCTTAGGCATGTTCAAACGCCTGCAAAACTACTTATC 961 ACTCAGCTTTAGTTTTTCTAATCCAAGAAGGCAGGGCAGTTAACCTTTTTGGTGCCAATGTGAAATGTAAATGATTTTAT 1041 GTTTTTCCTGCTTTGTGGATGAAAAATATTTCTGAGTGGTAGTTTTTTGACAGGTAGACCATGTCTTATCTTGTTTCAAA 1121 ATAAGTATTTCTGATTTTGTAAAATGAAATATAAAATATGTCTCAGATCTTCCAATTAATTAGTAAGGATTCATCCTTAA 1201 TCCTTGCTAGTTTAAGCCTGCCTAAGTCACTTTACTAAAAGATCTTTGTTAACTCAGTATTTTAAACATCTGTCAGCTTA 1281 TGTAGGTAAAAGTAGAAGCATGTTTGTACACTGCTTGTAGTTATAGTGACAGCTTTCCATGTTGAGATTCTCATATCATC 1361 TTGTATCTTAAAGTTTCATGTGAGTTTTTACCGTTAGGATGATTAAGATGTATATAGGACAAAATGTTAAGTCTTTCCTC 1441 TACCTACATTTGTTTTCTTGGCTAGTAATAGTAGTAGATACTTCTGAAATAAATGTTCTCTCAAGATCCTTAAAACCTCT 1521 TGGAAATTATAAAAATATTGGCAAGAAAAGAAGAATAGTTGTTTAAATATTTTTTAAAAAACACTTGAATAAGAATCAGT 1601 AGGGTATAAACTAGAAGTTTAAAAATGCTTCATAGAACGTCCAGGGTTTACATTACAAGATTCTCACAACAAACCTATTG 1681 TAGAGGTGAGTAAGGCATGTTACTACAGAGGAAAGTTTGAGAGTAAAACTGTAAAAAATTATATTTTTGTTGTACTTTCT 1761 AAGAGAAAGAGTATTGTTATGTTCTCCTAACTTCTGTTGATTACTACTTTAAGTGATATTCATTTAAAACATTGCAAATT 1841 TATTTTATTTATTTAATTTTCTTTTTGAGATGGAGTCTTGCTTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGAGTGATCTCTGCT 1921 CACTGCAACCTCCGCCTTCTGGGTTCAAGCGATTCTCGTGCCTCAGCTTCCTGAGTAGCTGGAATTACAGGCAGGTGCCA 2001 CCATGCCCGACTAATTTTTTTTTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTATCAAACTCCTGAC 2081 CTCAAGAGATCCACTCGCCTTGCCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCTTGAGCCACCACGCCCGGCTAAAACATTGCA 2161 AATTTAAATGAGAGTTTTAAAAATTAAATAATGACTGCCCTGTTTCTGTTTTAGTATGTAAATCCTCAGTTCTTCACCTT 2241 TGCACTGTCTGCCACTTAGTTTGGTTATATAGTCATTAACTTGAATTTGGTCTGTATAGTCTAGACTTTAAATTTAAAGT 2321 TTTCTACAAGGGGAGAAAAGTGTTAAAATTTTTAAAATATGTTTTCCAGGACACTTCACTTCCAAGTCAGGTAGGTAGTT 2401 CAATCTAGTTGTTAGCCAAGGACTCAAGGACTGAATTGTTTTAACATAAGGCTTTTCCTGTTCTGGGAGCCGCACTTCAT 2481 TAAAATTCTTCTAAAACTTGTATGTTTAGAGTTAAGCAAGACTTTTTTTCTTCCTCTCCATGAGTTGTGAAATTTAATGC 2561 ACAACGCTGATGTGGCTAACAAGTTTATTTTAAGAATTGTTTAGAAATGCTGTTGCTTCAGGTTCTTAAAATCACTCAGC 2641 ACTCCAACTTCTAATCAAATTTTTGGAGACTTAACAGCATTTGTCTGTGTTTGAACTATAAAAAGCACCGGATCTTTTCC 2721 ATCTAATTCCGCAAAAATTGATCATTTGCAAAGTCAAAACTATAGCCATATCCAAATCTTTTCCCCCTCCCAAGAGTTCT 2801 CAGTGTCTACATGTAGACTATTCCTTTTCTGTATAAAGTTCACTCTAGGATTTCAAGTCACCACTTATTTTACATTTTAG 2881 TCATGCAAAGATTCAAGTAGTTTTGCAATAAGTACTTATCTTTATTTGTAATAATTTAGTCTGCTGATCAAAAGCATTGT 2961 CTTAATTTTTGAGAACTGGTTTTAGCATTTACAAACTAAATTCCAGTTAATTAATTAATAGCTTTATATTGCCTTTCCTG 3041 CTACATTTGGTTTTTTCCCCTGTCCCTTTGATTACGGGCTAAGGTAGGGTAGAGTGGGTGTAGTGAGTGTATATAATGTG 3121 ATTTGGCCCTGTGTATTATGATATTTTGTTATTTTTGTTGTTATATTATTTACATTTCAGTAGTTGTTTTTTGTGTTTCC 3201 ATTTTAGTGGATAAAATTTGTATTTTGAACTATGAATGGAGACTACCGCCCCAGCATTAGTTTCACATGATATACCCTTT 3281 AAACCCGAATCATTGTTTTATTTCCTGATTACACAGGTGTTGAATGGGGAAAGGGGCTAGTATATCAGTAGGATATACTA 3361 TGGGATGTATATATATCATTGCTGTTAGAGAAATGAAATAAAATGGGGCTGGGCTCAGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAG 3441 CACTTTGGGAGGCTGAGGCAGGTGGATCACGAGGTCAGGAGATCGAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAAACCCCGTCTC 3521 TACTAAAAAACAGAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGGGCGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAAT 3601 GGTGTGAACCCGGGAGGCAGAGCTTGCAGTGAGCCGAGATCTCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAGCAAGACTC 3681 TGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAGAAATAAGAAAATGGGAAGCAATATTTGACATAGTTCTTTTTAGTCAAATCTACTTGT 3761 TAAAAAAAGGGTAGCAGTTTATTCATCTGTGAAAGGAAAATAATACTTATCTTACAAGGTTGCAAGAGCTCAAGGAGACC 3841 ATGTATGTAAAGTTCCTGCTGTAAATATGAACTCCCATCCTAATACCCTTTTACCTCTCTGTGGGTTTGTCTTGACCTGG 3921 AAATTTGGGCTAAAACTTAGAAAAAATTCTTACATGATAACTCAGTGATGCTTACTCATAGTTTTTGGTGTTTCTCATAG 4001 ATAAGATATAAATCAGCTGGGCGCGGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCAGATCACCT 4081 GAGGTCGGGAGGTCGAGACCAGCCTGACCAACATGGAGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAATTAGCTGGGCGTGG 4161 TGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCAGGAGGCGGAGGTTGTGGTG 4241 AGCGAAGATCGTGCCATTGCACTCCAGCCTGGGCAACAAGAGCAAAACTCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAGATATAAATCA 4321 CAATAAATAAATAGGTCAATACAAATGTTAGCCAGGCGTGGTGGCACATGCCCATAGTCGCAGCTACTCTGGAGGCAGAG 4401 GCAGGAGGATCACTTGAGCCCATGAATTTGAGGCAGCAGTGAGCTATGATTGTGCCACTGTACTCCAGTCTGGGTGACAG 4481 AGTGAGACCCCATCTCTAAATAAATAGGTCAAACCCTTAAAAATATTTAAATTCTTAAAAAATTGAAAAGATTATTCTTC 4561 TCAAATTTAGTTGAGCTTTCTAAGAGAAGCAATTGGCTTTTTCCCACTTCAATAATCATTTTCAGTTTGACTCATACAGT 4641 TAACACAATGTGAATTTCTTCCTCAGCATAACAGAGTTATAGAATGACAGGGCTGGAAGTGACCTTAGAGAGTATCCAGT 4721 TCTTTCATTTTACAGGTGAGGCAACTGAGACTCAAAGGTGATGTAATTTGTGCAAAGATTATAGCTAATTAGTAGCAGAG 4801 CCCTGACTGGGACATAGTTTGAAGGTGAAAAACTTCACCAAGCTACCTTTCTTGAAAGGTCCAAATGTTTATGTTTTCAA 4881 CTACTCTTTCCACTGTACCATAACTTTCACTACATATTAAATGACACTTTATAACTAATATAATAGGACAATCATCAATG 4961 CATATATAGCCAGCCCTTCATATCTGTGGGTTTTGCATCCATGGATTCAACCAAGGAGGAATTGAAAACACTGAGAAAAA 5041 AAAAAAAGACCACACAATAAAAAAAAAAAATACAAAATAATACAAAGAAAAAGCCAAAATTGTCATACTGTTGTTAAGCA 5121 ACAGTATAACAACTATTTACATAGCATTAAGGTTGGTGCAAAAATGCAAAAAAAAAAAAAGCAATTATTTTTAAACCAAC 5201 CTAATATATTGTATTAGGTATTAAAGTCATCTGGACATGAATTAAAGTATATGATGCCAGCCTGGACAAAAGGCAAAACC 5281 CTGTCTCTACAAAAAATACAAAAATTAGCTGGGCATGGTGGTGTGTGCCTGTAGTCCTGGCTACTCCGGAGCCTGAGGTG 5361 GGAGGATCGCTTGAGTCTGGGAGGCAGAGGCTGCATTGAGCTATGATCATGGCACTGCATTCCAGCCTGGGTGACAGTGC 5441 AAGACCTTGTCTCAGAATAAATAAAGTATGTGATGAAGATGTGCATACATTATATGCAAATACTGTTTTTTTTTTTTTTA 5521 ATTTAAACAGTCTCACTGTGTTGCCCAGGATGGAGTGCAATGGCACAATCTTGGCTCATGGCAAACTCTGCCTCGCAAGC 5601 AGCTGGGACTACAGGCATGCTCCACGGTGCCCAGTTAATTTTTTTTGTATTCTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCATGTTG 5681 GCCAGGCTAGTCTTGAATTTCTGACCTCAAGTGATTCATCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCACGGCC 5761 GGCTAATTTTTGTATTTTTTAGTAGTGACTGGTTTCGCGGTGTTGACCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGATCTCAGGTGAT 5841 CTGCCTGCCTCGGCCTCACAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAACCACTGCTCCCGGCCTTGTGTGATTTTATCTAAGGG 5921 ACTTAAGCGTCCTCAGGTCCTAGGGGGTCGTGAAACCAAAACCCCAGGGATAGCAAGGGACAATTGTATCTTCAAAGTAG 6001 ACAAATGGCGCCGGGCACGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCAGTTTCCGAGGCTGAGGCAGGCGGCTCACCTGAGGTC 6081 AGGAGTTGGAGACCAGCCTGGCCAACATGCTGAAACCCTGTCTGTACAAAAATACAAAAATAGCTGGGCATGGTGGCGCA 6161 TGCCTGTAGTCCCAGCTACTAGAGCGACTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCTGGGAGGCGGAGGTTGCAGGGAGCCAAG 6241 ATGGCGCCACCGCACTCCAGCCTAGGTGATAGAGTGAGACTCCCTCTCAAAAACAAAACAAAACAAAAAAATTAGACAAA 6321 TGCTACATTAATGTTTGGGTGGTCAGATTCTACTTTGAATCTGAAGTTTGCAGATATGCCTATAGATTTTTGGAGTTTAC 6401 CACTTTCTTATTCTGTATCATTAATGTAATATTTTAAATTACTATATATGTTACCATTTTTCTGGATTTAGTAAGAAATT 6481 TGCAGTTTTGGTTTGATGTAACAAGGGTTTTAATGTAATTTATGTTAGATTTTGCATTTTTTTCATTACTGTTATATTTT 6561 AACCTGACTGACTGATCTAATTGTATTAGTATTGTGAATAATCATGTGAAATGTTTTGAGACAGAGTACTATATTTGTGA 6641 ATATAATTTTATGGTTTTTTTCACTTAGAACCTTTCTGTGTGGAAAACTAAGAAAATTGCTTTCTGCTGTATAATCTGGC 6721 ATTCATTGTAGATTAAAGCTTATTTTTCTGTGAATAAAACGTATTCAATAAAATACTATTCTTTAAAATTATATCATAAA 6801 AAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | hESCs (WA-09) |
Disease | 331.0 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
"PAR-CLIP data was present in SRR359787. RNA binding protein: AGO2. Condition:4-thiouridine
... - Lipchina I; Elkabetz Y; Hafner M; Sheridan et al., 2011, Genes & development. |
Article |
- Lipchina I; Elkabetz Y; Hafner M; Sheridan et al. - Genes & development, 2011
MicroRNAs are important regulators in many cellular processes, including stem cell self-renewal. Recent studies demonstrated their function as pluripotency factors with the capacity for somatic cell reprogramming. However, their role in human embryonic stem (ES) cells (hESCs) remains poorly understood, partially due to the lack of genome-wide strategies to identify their targets. Here, we performed comprehensive microRNA profiling in hESCs and in purified neural and mesenchymal derivatives. Using a combination of AGO cross-linking and microRNA perturbation experiments, together with computational prediction, we identified the targets of the miR-302/367 cluster, the most abundant microRNAs in hESCs. Functional studies identified novel roles of miR-302/367 in maintaining pluripotency and regulating hESC differentiation. We show that in addition to its role in TGF-beta signaling, miR-302/367 promotes bone morphogenetic protein (BMP) signaling by targeting BMP inhibitors TOB2, DAZAP2, and SLAIN1. This study broadens our understanding of microRNA function in hESCs and is a valuable resource for future studies in this area.
LinkOut: [PMID: 22012620]
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CLIP-seq Support 1 for dataset SRR359787 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | hESCs (WA-09) / 4-thiouridine, RNase T1 |
Location of target site | ENST00000371199.3 | 3UTR | UACACAGGUGUUGAAUGG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 22012620 / SRX103431 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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