pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-2115 |
Genomic Coordinates | chr3: 48316360 - 48316459 |
Description | Homo sapiens miR-2115 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | ||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-2115-3p | |||||||||
Sequence | 58| CAUCAGAAUUCAUGGAGGCUAG |79 | |||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||
Experiments | 454 | DRVs in miRNA |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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miRNAs in Extracellular Vesicles |
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Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | TRIM71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | LIN-41, LIN41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | tripartite motif containing 71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001039111 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on TRIM71 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of TRIM71 (miRNA target sites are highlighted) |
>TRIM71|NM_001039111|3'UTR 1 TTGCATTTCCTAGGTTTCTGTGTTTGGGGTGTGTGTGCGTGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTCTCTTTCTCTCTCTTT 81 TTGAATTTCAAAGAAGAAACAGTCTCAGGGAAATTTCTTTTTTCTTTTTTTTTTTTAAAGAGAACAAGAAAAGTACAACA 161 TTGCTTAAGTCCTACCTCATCTTTATTTTTTTACAGATGAATGTACTTATCTTTTCTGCAGGGATTGAGCCTGTGAAGTG 241 ATAATTTCTATCTACCTCATAAATCTTTACATTTCCTTCTGCAACAGGCCCTCTTCCCCTCCTCAGTGGAGTTTGCATTT 321 CCCTCTTCCCCTGCGTGGGGCATGATATGCACAAGCCTGGCATCTGTATGGCTGGGAGGGCACTGGATGTGTGTGGTGGG 401 GTGTATTCTGTAGATTGAGCCAAGGAAACACAAAAAAAAACTACTAAGTAAAAAAACAAAAAACTATAAAACATGGAAAA 481 AATAGGATTTGAAATGCATAATTATAGAATACCTGTGTTCTTGAGAATACTGTTTATATGGGGTTTAGATTATGTTGTGT 561 TGTTTTGATCTTTTTGGAAAATCTTCTCTTTTTAAATGCTGCAACAGAGAAATTTCCTCTGTTCTCTGTTTATACCTCAG 641 TGTGTTTAACATCCTCTTCTGCATCGTTTCTTGATCTTAGACGTTGTGGCTGTGGCTTGCTAGCCAAGAAAAGCAGACCC 721 TTCATATTTTAGGGTATATAATCTTTGTTTCTTTTAAGGGAGGGTGTGTGCATGTTTGTTTCAAAGCCATCTTGCACCCA 801 AGTAGTAAAGCTGAAAATGACACACTGCCTCCCAAAGAACCTCTCCTTTTCACACTTTGGTTTCTTAAAAAAGTATATAG 881 ATGGTAGCTCAGGATTTTTGATTAAACATATTCTCAAAAGTTATGCTTTCTTATTTTGCTGTTAGGTTATAAAGGGTTAA 961 ATGGAAGGAAAAAGGAAATTAACCTCGTTCTCAGAGAGAGGGTTTTCAGGCATGGGCTGACGTGGACATGAATGTGGGTG 1041 GACATGCGTGTGCTGAGGGAGTCAGGGAGCACATTAAAGAACAAGGCACCCCCAAACTATAGGAACTCCACAGAAAGGGC 1121 AGGGTCTGCCCTGACCCGCGAGTGCATGTTGTTCTGTAGTGCTAGGGGTTTCTTTTCCTAAGAAGAGTAGGCAAAGGAAA 1201 GAACTTTTATTTTACAAGCACAATTTTTTCCTGCTTTGAAAGTTCAGGGAAATAGAAGGTTTGAAAGTCAAATTAATACC 1281 AACAGCCCAGTCCCACACCCTCTGCTTGGGTCACTTTTTATAGGATTGTTTGCACCCAGGCCATGCTTTAGGACCTCATG 1361 GTTAACATGAATCCCCCCGCCCCCTCTCCCCCCAAGGCCTTTGACCATAAAGGATCTAGAAACCAAATTGTCCCAACCTG 1441 AAATGTAGGATGTAATGTCTTTTCTTAAACCTGTAACTCGGTACCAAAGAATGAAAATTTAAGGCTCCCACTGCAGAACT 1521 GTGGGGTAGAATCTGTGTCACTTTACAGGATTGGTTGGTTGTAAGCTGGACTTGGGTACAAAACTTGTGCTTCTGGGCAT 1601 TGTCTGTCTTTCAAGTGCAAAGCAGATGTAGCTGATACCCTGCTTGTCAGAACCCAGTGGGTTCCTGCAATGCCCCAAAT 1681 ACTGAAATAAGAACCAAATTCTGGAGGAGCCCTCCTCAGGGAAAAGAGGGACTCTCAAACAAACGTCAGTGACTTACAAG 1761 GGAGACCTCTTGTTTAAAGACTTATGGATCAACTTCTGTTCCTCTGTTTAAGAGAAATTTCTATTGCAAAATGGGTATCG 1841 TTTTAAATGAGCAGAACAGATTAACAAATGGAGCAATTTGTTTCTGTTATCCCAATAGAAAAGGAGATGATGGGGACAGT 1921 GTGACAAGTCAATCAAGTTGCTTTTCCCGTACACCTCTTTTGGACGTTTAATTTACTACTACTACAAGCTACTCTGTCTC 2001 TTCCCATTGCTTTAATTCTAGGGTTTCTGAGTGACCAAAATGGGAAGGAAAAAAAAAACCTCATCTCACAGAGGAGAACT 2081 GCATGCAATAAAAGATTCAAAAGTTGGAAAGTAGCTTCAAACTGCTGCTGGCTCCCAGCTGCTGTTACAGGGTGGGAAGG 2161 TGTTAGGAAATGTTGTTTGTTAGAAGCTCCTTTTACTGTAGAATTTAATAGTGAATCCTTCCCCAATGCCTATTCAGTTG 2241 CCTTTTGGCCGTTAAGCTCTAAGTTCTTTGGTAAAGAGTTAATATAATTAAACATTTTTACTGTTTTCTATTTTGGAGTA 2321 ACTTGGTGCTGATCTTCCTTCCCTTTCCCCAGCTGCCCAACAAGCCACCCTTTAAACACCAAAGACAACTGGTTTTAAAT 2401 GCTTGAAAAAAATTTTATTGAGGAGATGGATCTTGATTAAAATCTTTTCATCATCATTTTCATTCTGCTCTTTTCTTTCT 2481 AATTTCCCCAGATGTAGGAAAATTTTGGGACCTGAATGAGAAATGTTCTTGGTGCATAACAGTAACTAGAGCTCCTTATT 2561 TGACATTTTACTATGGATGTGATCGAAAAGCCAAGATTTTCGCTCCATGGCTGAAATTATCAGGTCTTAATTTACAGACT 2641 TGTAAATTTGCAGGCTTAGAGCAACTAGAACTATCCCCTGAAATAGGTGTGTAGGTCAGAGATACTACCTCTTTGTCCTC 2721 AGTGGTGGTATATCTATCTCCTTACCTTTCTGTACCCAAAATGGTGCATGACTGGTATTTGAGAAACATGGTCACATTTG 2801 GAAAGCTTTTGTTTTTAAAACATTGGCGGTTTTTCCTGCCCGTGGTTGACTCCTGACCCATAGGGATTGGTGCGAAGCAC 2881 TTTGGAGAGTGTTTATTGTATGATGTGAAATGTTCTAAATCAAAGAAAGATGATAAAAGCCAACATTTGGCAGTCCCTAG 2961 TGTGAAACTGTGAAAAGTACCTGTGTTTAAATGCATAATCTCCTGCCCGGGTAATGCCAGGTAGCCAGGAGTTGGGTCAA 3041 AGAAGGGAGTCGTCATCCTGATGGAAAAAATAAGGTCCTGGGTATTATGAGGTAGGAGAATAAAAAGGTTTCTGGGGAGT 3121 AAGTATGACAATTACTAGTCCCCATGGAGGTCTGATCTGGTCAGGTGGCAAGGGTTGGGTGGGGTATGATGTAAGCTCAG 3201 TTTATGTGTGGAGATGCCCATTGGGTTTGGATATATAGGTTTGAGTATTGAGATGTTTAAAGGACATCTAACCCATAGGT 3281 AAAAACTACTTTTGCTTGACACTGACTTAACATTTCAAAAGTGTTATTTTTGGTCCCAAGATCTAATGCTGTCTCAGAAC 3361 ATGTGCCCTGTTGTGGCTGCAAGTGGCACTCAAGTTGACTAGAGCACAGTGACCTGGGTTGTACCCCAAGTGCACTAACT 3441 CCTCAATGCCCTTTTAAGTCTAACTTATTTGGGAAACACATAACAAAGGGTACCATAAACCGAATCCAAATTACGTGTTG 3521 GGCCAAAAATGTTGCCAGAACTGAGGCACTTTGTGATGGAGTTGCAAGAGATAGCTTGAGATCGGCTCAGTCTGATTTAT 3601 TCTAGTTAAGCCAAAGCTTAATTATTTGAGGAGGAAAGTCTTTTAGGCTTGAAGCAGCAAAATACTGTTTATATATGTGT 3681 TACCTTCCTCGTTGGAAGATTCTACGATTGCTCTGTTCTGGTAGGTGGTGAAAGATATGCCAAAGTTTTAGGCTTGTTTT 3761 TCTGATCTTATTTTTTTAATCCAGTGGTGCCAAAAAGTATTTAGGGTATGTTTAAGGTATATTTAAAACATCACTCTGAA 3841 TGAGTTTCCAACAGTCTGGGGCTGTATAAAAGTCACACTCTTGTACTTGCAGGTGATGGTGTCACAGGGCCAGGGCCTCC 3921 AGAGCTCTACGGCTTTCTCTGGTTTTCTATAGGGCCAAGGGCACAGGACGCAGCATTCCAGACCACACTGACTGCTTTTG 4001 CTGAGTTTCTACCTCACTTGTGGCAAGTCATCTACCTCATGTTAGCATCTGACAGGTCTCAAAAAGAATAGTATTAATCC 4081 AGTGGGCAGTGGGTGGGAGTGGGAAGCTACCTCTAAAAGAAATGTTACCATAAATCTACAACTGATTTCTCCCAGGAGAA 4161 ATGTTCTACTTACCTTGAAAGAGAAATGTCAGGCAAATGTAGTCATAAATCCAAGTAGTTCTTAGCAATCTGGCTTTTCC 4241 CCCTCAAAAAGAATTATGCATACCATTACTGTTGTTCAGTATTATGAAACTACTGGTTAATCTGACCTATTGGAGGACTT 4321 AACTACAAATAAAGACCTTTAGGTCTCTTTCTCTTCAAGAGAAAAATATTTTATCTGTATTTCGAATGTCTGCAAATAAT 4401 ACCCTTTAGGAGCAATTCTAAAGGTCTAGATCTTGGAAACATCAAATATTTGAAGGGAATGAGAATCCTCTTGACTTCAT 4481 GATTGTATTTGTAGCTCTCTGGACCCGGCAGGACGTTCATCACCATGATGTTGCAACAATCACTGTTTTGACTGAGCAGT 4561 GACTGTTGAAGTGTGTATTGCTCTTTTGTTTTGTTTTTATTTTTTTCTACCAAAGGTAACATGTTGACGGGTTTTTTTTT 4641 TCCTTGTTTATTAAATACTTGATAAAGTTGAGAAGCACATTACCAGGATATACTGTATTGACCCTCCCACCTCTCTTCTG 4721 CCCTAATTTTTGGTTGTTTGGAAGAGAGGAGGGTCCTAAGACCACTGTCATTATCATGAGGGGCTTATAAATGTCATGGT 4801 GAAGAAATACCTCAATGATGTCTATTTTTAAAACTGATCTTACGGGTTAACAAGCCAGCCTGGTGGGATATTTTCCATCA 4881 TCATTTAACCAATAATGGTTCTAAAAGTTTTGTGTATCCACATGGTCTTAGACCTCCTTTTAATGATTGTATTAACTTAC 4961 AAGCTCAGGTAGTATTTTTCTTAAGACTCTATCTCAGAGCACACTGACTGAATGTTGATGTGTGTAGCAAAGTGTTTACT 5041 TTCTTTAAATAACCAGCTCTGTAACTCTGTAAGTTCTTTGTGTTTCTAGCAGTCTGTGTAGTTGTCTTTCTTCAGAGGAA 5121 GATTTTTCACATTTCTGGGGTTTTCTTGCTTTTAGGGTGGTAAGATTCCTTTCTTTTTTTCCCTTTTCTCCTAAAATCGA 5201 TGCAGGTAAGGGTGGGTGGGTAAGGGGTGTTGTTTTTTAACTAGCATGTTAGTTATACTTGGGTGGGTGGGAGGGTTGTT 5281 AAACTGAATCTTGCTTAATACTGTCCATTAGCTCTCATGCCGGGTCAGCAAAATGCTTTAATTTTTAACTGCAGAACATG 5361 TGACTCGGTTGAGTCTTTTTGTCTTTTTTTTTTTTAAATAAACAATTGGGGGAATTAATGTGGGCAAGTTGCCTTATGTT 5441 AGAATGACTAAGTTAAACCTCTTAATTTGTATTTGTCCAAGGCAGACATGATATAAGGAATATGCACTACCGTAGTAACT 5521 CCCCTGGCCGCAGAAACCACACTGCAAGCCTGTCCGGGGTGGGGTGCTGACTGCCATTTGCCACTTTTAAATGGGCACTG 5601 CCGTGGTAATGTGAATCCCATCAATGCAGTAGATGGGTGGGGAAATGAAGATTTCCCCCCAAACCTTTAGGCAAAAGTGA 5681 GTTTTTGTTTGGTTGATTTTGGGTTTTTTTCCCCCCTCCTCTTTTGGCTTTCACATTTTAAATCTTAAATGTTACTATTG 5761 CAGGCCGCAGGCATGACAGGCAATGAGCAGGTGAAGAACCAATGGAAAAGTGTTCAAAAACTCCTGTGTTAGCTAACAGG 5841 CTTCTGAATGTATCACTGTGGTCCACAGAGAAGGCTGGAGGAGGTAGCAAGGAGATGCTGTATCAGCTACTACAGCCTTA 5921 AAACAAAGTTGGTGTCTCTTTGGACTTTAAAATTGTTCCTATGCAGCTTATTTTATTTTTGTTTAATCAAATAAACGAGG 6001 GTTTTTCCATGGCTAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | hESCs (WA-09) |
Disease | 131405.0 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
"PAR-CLIP data was present in SRR359787. RNA binding protein: AGO2. Condition:4-thiouridine
... - Lipchina I; Elkabetz Y; Hafner M; Sheridan et al., 2011, Genes & development. |
Article |
- Lipchina I; Elkabetz Y; Hafner M; Sheridan et al. - Genes & development, 2011
MicroRNAs are important regulators in many cellular processes, including stem cell self-renewal. Recent studies demonstrated their function as pluripotency factors with the capacity for somatic cell reprogramming. However, their role in human embryonic stem (ES) cells (hESCs) remains poorly understood, partially due to the lack of genome-wide strategies to identify their targets. Here, we performed comprehensive microRNA profiling in hESCs and in purified neural and mesenchymal derivatives. Using a combination of AGO cross-linking and microRNA perturbation experiments, together with computational prediction, we identified the targets of the miR-302/367 cluster, the most abundant microRNAs in hESCs. Functional studies identified novel roles of miR-302/367 in maintaining pluripotency and regulating hESC differentiation. We show that in addition to its role in TGF-beta signaling, miR-302/367 promotes bone morphogenetic protein (BMP) signaling by targeting BMP inhibitors TOB2, DAZAP2, and SLAIN1. This study broadens our understanding of microRNA function in hESCs and is a valuable resource for future studies in this area.
LinkOut: [PMID: 22012620]
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CLIP-seq Support 1 for dataset SRR359787 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | hESCs (WA-09) / 4-thiouridine, RNase T1 |
Location of target site | ENST00000383763.5 | 3UTR | UUCUGAUCUUAUUUUUUUAAUCCAGUGGUGCCAAAAA |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 22012620 / SRX103431 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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80 hsa-miR-2115-3p Target Genes:
Functional analysis:
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Target | Description | Validation methods |
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Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
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MIRT057089 | DDIT4 | DNA damage inducible transcript 4 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT071216 | FCF1 | FCF1, rRNA-processing protein | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT226901 | RAD23B | RAD23 homolog B, nucleotide excision repair protein | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT235961 | BACH1 | BTB domain and CNC homolog 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT294569 | ZNF460 | zinc finger protein 460 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT321046 | RAC1 | Rac family small GTPase 1 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT359666 | NUS1 | NUS1 dehydrodolichyl diphosphate synthase subunit | ![]() |
![]() |
2 | 8 | ||||||
MIRT366451 | KLHL15 | kelch like family member 15 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT405375 | ZBTB18 | zinc finger and BTB domain containing 18 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT441794 | TCEAL5 | transcription elongation factor A like 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT443295 | TCEAL3 | transcription elongation factor A like 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT455275 | DDX39B | DExD-box helicase 39B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT458523 | C5orf22 | chromosome 5 open reading frame 22 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT464960 | TWIST1 | twist family bHLH transcription factor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT466848 | STX6 | syntaxin 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT469252 | RHOB | ras homolog family member B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT469825 | RAB14 | RAB14, member RAS oncogene family | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT470047 | PTGFRN | prostaglandin F2 receptor inhibitor | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT471420 | PDP2 | pyruvate dehyrogenase phosphatase catalytic subunit 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT472024 | NPM1 | nucleophosmin 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT484156 | CENPN | centromere protein N | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT485490 | HMGN2 | high mobility group nucleosomal binding domain 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT490462 | PROSER2 | proline and serine rich 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT493069 | MTCH1 | mitochondrial carrier 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT493573 | HSP90AA1 | heat shock protein 90 alpha family class A member 1 | ![]() |
![]() |
2 | 8 | ||||||
MIRT494919 | NDUFC2-KCTD14 | NDUFC2-KCTD14 readthrough | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT500439 | ZMAT3 | zinc finger matrin-type 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT500931 | SRPR | SRP receptor alpha subunit | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT501551 | POC1B-GALNT4 | POC1B-GALNT4 readthrough | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT501809 | NEURL1B | neuralized E3 ubiquitin protein ligase 1B | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT502415 | GALNT4 | polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 4 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT506504 | MSANTD4 | Myb/SANT DNA binding domain containing 4 with coiled-coils | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT507861 | CCNE2 | cyclin E2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT510511 | YOD1 | YOD1 deubiquitinase | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT516073 | RAB42 | RAB42, member RAS oncogene family | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT519030 | KYNU | kynureninase | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT521762 | PPIL1 | peptidylprolyl isomerase like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT522898 | KCNJ3 | potassium voltage-gated channel subfamily J member 3 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT527370 | MGARP | mitochondria localized glutamic acid rich protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT530691 | C8orf46 | chromosome 8 open reading frame 46 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT530867 | TRUB1 | TruB pseudouridine synthase family member 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT531832 | MTPAP | mitochondrial poly(A) polymerase | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT533035 | ZBTB5 | zinc finger and BTB domain containing 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT533165 | WIPF2 | WAS/WASL interacting protein family member 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT533464 | TRIM71 | tripartite motif containing 71 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT534331 | SHCBP1 | SHC binding and spindle associated 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT539372 | ADSS | adenylosuccinate synthase | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT545951 | ZBTB10 | zinc finger and BTB domain containing 10 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT553283 | TSR1 | TSR1, ribosome maturation factor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT553532 | TMEM185B | transmembrane protein 185B | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT556480 | LIPA | lipase A, lysosomal acid type | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT556975 | HSPA4L | heat shock protein family A (Hsp70) member 4 like | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT557697 | GATA6 | GATA binding protein 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT558901 | CCDC58 | coiled-coil domain containing 58 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT559224 | BLMH | bleomycin hydrolase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT559827 | SLPI | secretory leukocyte peptidase inhibitor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT563435 | SLC3A2 | solute carrier family 3 member 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT569270 | PCDH11X | protocadherin 11 X-linked | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT571386 | JKAMP | JNK1/MAPK8-associated membrane protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT572567 | AFF1 | AF4/FMR2 family member 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT610400 | AR | androgen receptor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT611058 | ZNF621 | zinc finger protein 621 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT635118 | TMEM233 | transmembrane protein 233 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT641617 | DEFB118 | defensin beta 118 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT642146 | CHORDC1 | cysteine and histidine rich domain containing 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT647295 | C8orf33 | chromosome 8 open reading frame 33 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT648155 | MPLKIP | M-phase specific PLK1 interacting protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT652780 | TENM3 | teneurin transmembrane protein 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT657356 | HNRNPA2B1 | heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A2/B1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT658718 | ELN | elastin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT662441 | RALGAPA1 | Ral GTPase activating protein catalytic alpha subunit 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT665302 | ZBTB38 | zinc finger and BTB domain containing 38 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT699898 | RUNX1 | runt related transcription factor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT700921 | PDS5A | PDS5 cohesin associated factor A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT700992 | PDE3A | phosphodiesterase 3A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT707397 | DCAF4L1 | DDB1 and CUL4 associated factor 4 like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT711895 | INSIG2 | insulin induced gene 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT712072 | XRCC5 | X-ray repair cross complementing 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT716121 | PTPLAD2 | 3-hydroxyacyl-CoA dehydratase 4 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT724470 | SMAD2 | SMAD family member 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 |
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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