pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-3921 |
Genomic Coordinates | chr3: 99964314 - 99964398 |
Description | Homo sapiens miR-3921 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-3921 | |||||||||||||||
Sequence | 52| UCUCUGAGUACCAUAUGCCUUGU |74 | |||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||
Experiments | Illumina | DRVs in miRNA |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | STK4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | KRS2, MST1, YSK3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | serine/threonine kinase 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_006282 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on STK4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of STK4 (miRNA target sites are highlighted) |
>STK4|NM_006282|3'UTR 1 GCAAGGCCAGGCTGTGAGGGCCCCAGCTCCACCCAGGCTTTGGGTGAATTCTGGATGGCTTGCCTCATGTTTGTTAGCCA 81 GCACTTCTGCTCTGTCGTCTCTCCACAGCACCTTTGTGAACTCAGGAATGTGCGCCAGTGGGAAGGGCTCTCTTGACAGT 161 CAGCGTGCCATCTTGATGTGTGTATGTACATTGGTCAGGTATATTATCTCAAAGGATTTATATTGGCGCTTTTAACTCAG 241 AGTTTTAAACCCCAGGAACAGAGACTCCTAGTTGAGTGATAGCTGGGAAAGTTTTACATTGTCTGTTTTTCTTCTCCCAA 321 TAGCTTTCAATTGTTCTTTCTGGAAGACTTTTAAAAAAATATAAATATGCATATATATATATAAATTATAAATAGATTCC 401 CCACGCAGTGTGGTGGCATCTCTGTACAGGTACAGTTTTAAACGGTTTGCCTCTTTTCTGTAAGATTATGGTACTGTGGA 481 ACATGAGGGCAGAGGACACCGGGAGGCTGTTAGGGGGTCACTGAATCCCAGGAGCCAACCTCCCCCTTTGCAGGGCTGCA 561 TTTAAAAATTAGGTTTGGGACAGTTCTTGTACCGTGGTTTCAGCCTTGTGTGGTCATCACTGGCTTCTGGAGCTATTGGT 641 GATGTCCAAGGGAAAGCTTTGAGAGTTTATGTTTACTCTTTGAGTCCCAGGAGAAGCCTGGCACCCTCTTTGCAAATTGG 721 CCTTTGCTCTTTCAATGCCTTTCATCCATCTCCACTCTCTCAACTGCCTAAAGTCACAGCACAGATACTGCCCAGTGCCT 801 TAAGAGGAGACATGATCTCTACCAGGGACTCTCAGCAAACACGGGACTGTGTTCAGTCCACAAAGGAAAAGCGTTTTTGA 881 AGCTCTCATTGTTCATGTAAAAATCATACACGTGGCATGTTGCTCCACATTCCTTACACACAGGGGTAGAGGGGATTGCT 961 TTTGTGACCCACGTTCAAATATGTGACTGTTTTCTTTTCTCTTTTACTGCTAAGCAGCCTGGAAAGGATAAATGAATATT 1041 AGACTAAGATTTGTTTTCCAGGAGGCTCAATCTGAACACACAGAATGTCAGAGCTGGAAGGGACTATAGAGATCATCTGA 1121 TCTGATCCTCTTGTACGGATGATCGCAAAACTGAGGTGTAGAGAGGGGAATGGCCAAAATCACAAAGCAAGTTAGCGTTA 1201 AGAGCTGAGACTAGAATTCAGGGTCCTCACTCCCAGGCCACCGAACCATGCAGCCCCTTCTTTGGGGGAAGAGACCTGTG 1281 TCAGTCTTGGTTAATTGTTCCAGGGAACCTTGCTAACAGAAACTTGCTCTTGCCTTGGCTCTTCAGTAGATGACCTGGCT 1361 GTAAAGAGATTCCCTGGACGAGCCAGATCATTCAGTTTCAGCGAGTCCTTGAGCTCCACAACATCTACCAGATATAGCAG 1441 ACAAGCACCCATGGAGGCAGGTTTCGGGCCTGAAGCAGATCAGAGGGCTTTGCAAAAGACAGCATAGAGCCATCTTCCTG 1521 CAACTTTACCTCTTTCCCTCAGATGGGGAGCCATGACTGGGTTGCACCTCAGGATACTGTAATTTGACTCCATAATTGCT 1601 TTTGCTCCTGAAACCTGGGAATCAATGGAAAGGCAGGGAATGTGCCTCTTCTGTGGCCAGATTCTGTTATTTGCAATTAA 1681 AGCAAGTTTTTAAAAAATGCAAGAGGCAGTTGTTAGTCTTCAGGGCTTGGCAACTGAAATAGCTATGTGGCGGATACGGA 1761 AAACAGAGGACAATTTGAGGATCTTGCTGGAATAATAAATGACAGCTACCATTTGTTGAGCACCTATTATATATCAGGCA 1841 CTGAGCTGGGTAGGCTCTAAACTTCACAATAACCCTGTGACTTAACTACTTTATCTCCATTTTGTAGTTGAAGAAATAAG 1921 TTCAGAGAGAAAGATTCCTTCCCAAGGTCATGCAGCTAGTAAATGATAGAATCAGGATTCATAGCATCACTATAGGGGGT 2001 CAATATTTACACAAAAAAGGAAAGTCACAAGCCTGTTTAAAATGAAGTGACCACCTTTTCTTGCATAGACTAAATAACTC 2081 GAACTGGCATTTTTAGGTTGGAAAGACAGCTGAATTAGTAGTTAAGTCTGATAGCCAAGTAAGTTTTAAAAACCAAAGCA 2161 TCCAGGATGCACACCCCTGCACCATTTGCTGTGCGAATTAATAGTTCTGTCTCTCTCTCTCTTTCTTTTTTCTTTTTATT 2241 CTTTGAGATGGATTTTCGCTCTTGTCGCCCAGGCTGGAGTACAATGGCACGATCTTGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCC 2321 GGGTTCAAGCGATTCTTCTGCTGGGATTACAGCATATGCCACCATGCCCAGATTATTTTTTTGTATTTGTAGTAGAGACG 2401 GGGTTTCACCATGTCAGTCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACCCGCCTCAGCCTCCCACACTGCTGG 2481 GATTACAGGCATGAGCCACCGCTCCTGGCCTCTCTTTCTTTTTTAAACAAAGAACTTTGCACTTGGCCAGAGAGGAGGAG 2561 AAAGCCCATTTTCTCCCTTCCTAAGCTAGATCCAAATAAAAGAAAGTTCAGTTTTCCCCCATAACTATTCTTGGGTCATG 2641 AACTTTGATCTGGAGTTTGTTTTGTTTCAGGAATGTGTGCACCCAGCTTGCTGATCCAACAAAGTCTATTGCTTACCAGT 2721 CTAGCTTGATGAAGCCTTTTGGCCAGAAGTCAATTTGTTTTGGATCAGAGAAATTTCCTGACAAGGTATATTTGTTTTCT 2801 AGTGACAGAAAGGCAAAGGAACAAGTCCTAGTTGTTGTTGTTGTTGTTGAATACTAAATTTAAGATATGTCAGCTTGCTT 2881 TCAATGAGCCTTGGGCTTCTGTTATTGCTTGAGCATTTGGAACTCGAGCTTCCAGAGAAATTTGAGGTCCTCGCTTGTTC 2961 TCTGCCTTCAAGAAACAATGACCTGATTCTGTCTTTAAAAAAAAAAATCTCAGAATTCTTTTTTTGTTTGTGTTTTTTTT 3041 TTTTTTTGAGACAGAGTCTCACTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCCATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCCTC 3121 CCAGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAGGTAGCTGCCACTACAGGTGCTGCACCACCACGCCCGGCTAATTT 3201 TTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCATATTAGCCAGGTGGGTCTTGAACTCCTGACCTTGTGATCCACCCGCCTC 3281 GGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCTTGCCTGGCCAAAAATCTCAGAATTCTTTAAGACTGTTTTAA 3361 TTGCTCCATCAGTAATTTTGAAGCACTTTCCTTTTTTTTTTTTTTTCCCCTTTTTGTCCCTTTCCCCAAGCCACCAATTG 3441 GATGGATGAATGTTTGACGGGGAAGAGGAAGGGTAGGAGGATGCATGGATGAGTGGATGAGTGGATCGATGGATGTATTG 3521 ATAAATAGATAGAACCAGTCATCTGAAGCAACTTAAGAATTGTAGCCTTGACTCCTTGAGACTGTAGATTTCGATCCAGG 3601 AAACATTTATTTAGCACCTGCCAGATGCCAGAAATTTATACCATTTAAAACTCAGTAAGTCTTTTAAATATCAGGAAGGA 3681 GAGAAGCGACATCATGATACATCCTATGGGTATTAAAAAGCCAATAGAATATTATGAATAATTTTATGCTAATAAATTTA 3761 ACAACTTCAACATCATAAACAAATTCCTTGAAAAATAAAAAGTACCAAAATTCATTCAAGAAGAAATAGATACCAGCCTG 3841 AGCAACATGGCAAAATCCCATCTCTACAAAACATCAAAAAAAAAAAAAATTAGTCGGGCATGGTGGTGCACACCTGTAAT 3921 CCCAGCTTGTCAGGAGGCTGAAGTGGGAGGATCACCTGAGCCCAGGGAGGTCAAGGATGCAGTGAGCCATGGTCTCACCA 4001 CTGCACTCTAGCCTGGGTGACAGAATGAGACCCCGTCTCAAAAAAAAAGAAGAAGTAGATAATCTGAATAGCCCTATATC 4081 TATAGAAACTTAATAGTGCTGGGAGATATAGGTATTATTATCCTCATTTTACAGATGTGAAAATTGAGGCTCAGAGAAGT 4161 AAAGTCTATTGCTCAAGGTCATGTGGCTAGAATATGGCAGAGCCATGATTCAGATCCAGGTCTTCTGATTCTTATTCCAG 4241 TGTCCTTTCTAGCATACCATGTTGCCTCTAAAGATTGCAGCTCCTTATTTACTAGAAAATTGTTCCTGCCCAATCTACAT 4321 CTCCACCTCACCCCATCTTTTCTTAAGCACTATGTTTGTGTTTTTATCAGTATTATATTCATTGTCTTTGGAATACATGT 4401 TCTTGTTTGTGTTTGGAAAAAAAATCTCTTTTACCAGCTTGCACTCGGACCAACTTGGAAAAAAAAAAGCTTAAATGTTT 4481 TTGCTATGTACAGTTTAAAAATGTGAAGTTTGTAGCTTTAACTTTTTGTAAGAAAATCTAATAACACTGGCTTAAGTGCT 4561 GACTTGAAATGCTATTTTGTAAGGTTTGGATGTAAGTAATCAATTGAGGTCAGCAGTTTGTATGAGACATAGCTTCCTCC 4641 ATTGCCCCCACTCCTTTTTTCTTTTTTAAGTTTGAGATGCTTCCTGTGTTTTTATGTTAGAATTGTTGTTCTCCTTCTTT 4721 TCTTCTTCCTATACCTCATCACGTTTGTTTTAAATAAACTGTCCTTTGGACCACAAACCCTTATTAACGAGAACCTCAAT 4801 AAAAAAAAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | hESCs (WA-09) | ||||||
Disease | 6789.0 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
"PAR-CLIP data was present in SRR359787. RNA binding protein: AGO2. Condition:4-thiouridine
... - Lipchina I; Elkabetz Y; Hafner M; Sheridan et al., 2011, Genes & development. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Lipchina I; Elkabetz Y; Hafner M; Sheridan et al. - Genes & development, 2011
MicroRNAs are important regulators in many cellular processes, including stem cell self-renewal. Recent studies demonstrated their function as pluripotency factors with the capacity for somatic cell reprogramming. However, their role in human embryonic stem (ES) cells (hESCs) remains poorly understood, partially due to the lack of genome-wide strategies to identify their targets. Here, we performed comprehensive microRNA profiling in hESCs and in purified neural and mesenchymal derivatives. Using a combination of AGO cross-linking and microRNA perturbation experiments, together with computational prediction, we identified the targets of the miR-302/367 cluster, the most abundant microRNAs in hESCs. Functional studies identified novel roles of miR-302/367 in maintaining pluripotency and regulating hESC differentiation. We show that in addition to its role in TGF-beta signaling, miR-302/367 promotes bone morphogenetic protein (BMP) signaling by targeting BMP inhibitors TOB2, DAZAP2, and SLAIN1. This study broadens our understanding of microRNA function in hESCs and is a valuable resource for future studies in this area.
LinkOut: [PMID: 22012620]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM4903833 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / CTL_TD_21_a |
Location of target site | NM_006282 | 3UTR | AGAGUUUUAAACCCCAGGAACAGAGACUCCUAGUUGAGUGAUAGCUGGGAAAGUUUUACA |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM4903833 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / CTL_TD_21_a |
Location of target site | NM_006282 | 3UTR | UAUCUCCAUUUUGUAGUUGAAGAAAUAAGUUCAGAGAGAAAGAUUCCUUCCCAAGGUCAUGCAGCUAGUAAAUGAUAGAAUCAGGAUUCAUAGCAUCACUAUAGG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 3 for dataset GSM4903834 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / CTL_TD_21_b |
Location of target site | NM_006282 | 3UTR | AAGUUCAGAGAGAAAGAUUCCUUCCCAAGGUCAUGCAGCUAGUAAAUGAUAGAAUCAGGAUUCAUAGCAUCACUAUAGG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 4 for dataset GSM4903836 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / 124_TD_21_a |
Location of target site | NM_006282 | 3UTR | UUAUCUCCAUUUUGUAGUUGAAGAAAUAAGUUCAGAGAGAAAGAUUCCUUCCCAAGGUCAUGCAGCUAGUAAAUGAUAGAAUCAGGAUUCAUAGCAUCACUAUAGG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 5 for dataset GSM4903836 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / 124_TD_21_a |
Location of target site | NM_006282 | 3UTR | AUCCUCAUUUUACAGAUGUGAAAAUUGAGGCUCAGAGA |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 6 for dataset GSM4903838 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / 124_TD_21_c |
Location of target site | NM_006282 | 3UTR | AUAAGUUCAGAGAGAAAGAUUCCUUCCCAAGGUCAUGCAGCUAGUAAAUGAUAGAAUCAGGAUUCAUAGCAUCACUAUAGG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 7 for dataset SRR359787 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | hESCs (WA-09) / 4-thiouridine, RNase T1 |
Location of target site | ENST00000372801.1 | 3UTR | AUUUAUAUUGGCGCUUUUAACUCAG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 22012620 / SRX103431 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | ||||||||||||||
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77 hsa-miR-3921 Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT118184 | ZNF544 | zinc finger protein 544 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT332934 | PRKAB2 | protein kinase AMP-activated non-catalytic subunit beta 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442165 | ARL10 | ADP ribosylation factor like GTPase 10 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442388 | CLVS2 | clavesin 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442594 | SIX1 | SIX homeobox 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT448015 | HLA-DOA | major histocompatibility complex, class II, DO alpha | 2 | 2 | ||||||||
MIRT448062 | MMP15 | matrix metallopeptidase 15 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT489018 | C1QTNF6 | C1q and TNF related 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT494457 | BTG2 | BTG anti-proliferation factor 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT495651 | SLC35B2 | solute carrier family 35 member B2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT504018 | ACSL6 | acyl-CoA synthetase long chain family member 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT506778 | KLHL15 | kelch like family member 15 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT507230 | FOXN2 | forkhead box N2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT512551 | MFN2 | mitofusin 2 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT512843 | A1CF | APOBEC1 complementation factor | 2 | 6 | ||||||||
MIRT513943 | DDX3X | DEAD-box helicase 3, X-linked | 2 | 8 | ||||||||
MIRT516104 | GADL1 | glutamate decarboxylase like 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT519832 | ZFP69B | ZFP69 zinc finger protein B | 2 | 4 | ||||||||
MIRT523209 | HIST1H3E | histone cluster 1 H3 family member e | 2 | 2 | ||||||||
MIRT525007 | ACTN4 | actinin alpha 4 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT528859 | PKP1 | plakophilin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT529061 | ZNF675 | zinc finger protein 675 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT531720 | TARS | threonyl-tRNA synthetase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT534038 | STK4 | serine/threonine kinase 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT543849 | APIP | APAF1 interacting protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT545865 | ZNF264 | zinc finger protein 264 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT556038 | MXD1 | MAX dimerization protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT561346 | ZBTB18 | zinc finger and BTB domain containing 18 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT562706 | ZNF415 | zinc finger protein 415 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT563224 | ZNF286A | zinc finger protein 286A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT563861 | ZNF616 | zinc finger protein 616 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT563880 | PAGR1 | PAXIP1 associated glutamate rich protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT564653 | ZNF487P | zinc finger protein 487 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT566596 | NUFIP2 | NUFIP2, FMR1 interacting protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT570879 | ZFP1 | ZFP1 zinc finger protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT573069 | TRIB1 | tribbles pseudokinase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT573940 | ZNF708 | zinc finger protein 708 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT575967 | Slfn5 | schlafen 5 | 2 | 5 | ||||||||
MIRT607294 | CD300E | CD300e molecule | 2 | 4 | ||||||||
MIRT608188 | ERBB2 | erb-b2 receptor tyrosine kinase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT609538 | ADPRH | ADP-ribosylarginine hydrolase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT610153 | PRMT8 | protein arginine methyltransferase 8 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT611572 | SLFN5 | schlafen family member 5 | 2 | 7 | ||||||||
MIRT613336 | AGO2 | argonaute 2, RISC catalytic component | 2 | 4 | ||||||||
MIRT616561 | ZNF512B | zinc finger protein 512B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT617239 | SPATS2 | spermatogenesis associated serine rich 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT618012 | SLC9A3R2 | SLC9A3 regulator 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT618479 | IL17REL | interleukin 17 receptor E like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT619100 | IFI44L | interferon induced protein 44 like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT622266 | SH3TC2 | SH3 domain and tetratricopeptide repeats 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT623081 | NME6 | NME/NM23 nucleoside diphosphate kinase 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT625622 | LILRB2 | leukocyte immunoglobulin like receptor B2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT627845 | PLEKHA6 | pleckstrin homology domain containing A6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT630460 | GMPS | guanine monophosphate synthase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT630525 | BAZ2A | bromodomain adjacent to zinc finger domain 2A | 2 | 4 | ||||||||
MIRT631503 | TAF8 | TATA-box binding protein associated factor 8 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT634538 | MRPS17 | mitochondrial ribosomal protein S17 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT638808 | DCTN3 | dynactin subunit 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT641304 | SLAMF1 | signaling lymphocytic activation molecule family member 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT648348 | PPP1R16B | protein phosphatase 1 regulatory subunit 16B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT649706 | ZNF175 | zinc finger protein 175 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT652555 | TLX1 | T-cell leukemia homeobox 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT655563 | P2RX7 | purinergic receptor P2X 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT659066 | DEPTOR | DEP domain containing MTOR interacting protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT660342 | BCAT1 | branched chain amino acid transaminase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT664331 | RAB8A | RAB8A, member RAS oncogene family | 2 | 2 | ||||||||
MIRT688935 | ATXN7L3B | ataxin 7 like 3B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT689972 | ZNF185 | zinc finger protein 185 with LIM domain | 2 | 2 | ||||||||
MIRT699515 | SKIL | SKI like proto-oncogene | 2 | 2 | ||||||||
MIRT699976 | RREB1 | ras responsive element binding protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT702675 | IRS2 | insulin receptor substrate 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT709358 | ULK2 | unc-51 like autophagy activating kinase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT709838 | PAQR7 | progestin and adipoQ receptor family member 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT718717 | ANKRD18A | ankyrin repeat domain 18A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT718880 | PDIA3 | protein disulfide isomerase family A member 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT724106 | TMEM199 | transmembrane protein 199 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT724764 | PSG4 | pregnancy specific beta-1-glycoprotein 4 | 2 | 2 |
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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