pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-4760 |
Genomic Coordinates | chr21: 40212352 - 40212431 |
Description | Homo sapiens miR-4760 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | ||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-4760-5p | |||||||||
Sequence | 10| UUUAGAUUGAACAUGAAGUUAG |31 | |||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||
Experiments | Illumina | |||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | PTPN4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | MEG, PTPMEG, PTPMEG1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_002830 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on PTPN4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of PTPN4 (miRNA target sites are highlighted) |
>PTPN4|NM_002830|3'UTR 1 GAAAGCAAAAAGATCTGGGATATGTGTTGGAAAACTGCTTTCCCTTATGTTCACTGTGCCATAATGCTGCTCGCAGGAAA 81 TGGCATTTTACAAAAAAAAAATGAAGAACTCAAAAAAACTTTGAAAACTTCAGCACTGTTGCACTTTATGTTTTAAAAAA 161 TGTCACTCTTTCAAAATCTATAACTCATGTATTTGAAGACTGTTTCATGCTTTGCTCCGAACAAATAGTAAATAACTGAG 241 TATGTTCAGGGTAATTTATGAAATTTTGTGGTGGTGCCATGCAATCCCCTTTTGGTAGAATTGCCACAAACAAGGCTCAA 321 AATTCTCATCATCTCTGTTATACACCTGTATCATGAAAGCAAAAAGAAGTAAACATCAGGAGTCAGCTCTGGTCTTTTGC 401 AGTGGTTTGCGTACTTACTATACTGATTACCAGATTTTATTTTTAAAATTTTAGCAATATCGTTCTTAATATTAGCCAAT 481 ACACTGCCTATGGATGCAGCACATTTTTCCCTGCACACCCCCTGTAGAGACCTGCCTGCTGCTCAGAAGAAGAAAGATGG 561 AATTTGCTGTTCCCAGGAAATGCTGCACATTGTCCATTTACCAGCATCTTATAGAAAATATAAATATGAATCTACAAATT 641 CTCTTGGATTTAATAATGTAACTTATATTTATCATAAGGTTGGCTTATTCCAAATCATGTGATTTCACATACTTGATGTA 721 AAGGAATGCATGCATTGTGTCTTAACCCCTTAAGTGCCTTGAGACGTCCTTGTATGTCTAACGAAAAGGCACTCATTTGA 801 CCCCACTAGGAGGTATATATGTATATTGTACATTCGTATATTTTTATGCATTTTGAATAAGTTCACATTTTAAAAAACAG 881 CTATATTGAGTGTTATACAGTCAAAGAAGGGTAAGGAAATTCTGTTTCTTACTCAGTACTCGTGATTTGCTATAAGAAGC 961 AAAGATAATTTGTGTTCTACTGAGTGCACACTGCTGCTATGGAATTGTTCAAAATCTGCACATTCCTTTACTTGAGGGAC 1041 TGAGGGGTTACGGTTTAGCAGCTCAACTTTAAAAGATGCTTTTATGCTTCAAATTTCATATTTATTTCATCCCTAACTTT 1121 AGGAAGACATCTAACATGCAGATTAATGTTAAACATATTGATAATCTAAGCTAAAGTTAGAGCAAATAATTGTGATTTAT 1201 TCATGTCCATAACTAAAATATTATTCTTTAGCACTCATTTCAGTTAATATCAAGCTTTGTTCACACTGATATATTGATTG 1281 GGATTCTTCAAACGAAGAATGAAACATTATTGACTTATTTCTAAGTGTAATAACTCAATAACTAAATTGAGAATTTTCTT 1361 GTTTTTTTGTGTACAATTAAATTATTCCATTTTATATATACTTATTAAGTTATAAGCATGTTAATAAGGAGACTTTTGAC 1441 TGTCCAGCCTAATGGAGGATCTGATTCCCATTAAGGATGTGGGAATTCCCGTATTTTCCTCTTCAGGTTTTTTTGTTTTT 1521 AAGTCTACAGAGAGATAGAACCTTAACATTGCCCAGTTTGATAAAAGTGAAAATTTGCTCACCTATACAAATGTTATTTT 1601 ACACAATTATTTTATGTGGATTGGGGTTTTAAAAGATTCATTTCCTAGCAGTTTCTGAATATTTCTGTAAGATCTTGATA 1681 AAGTTTAGAGTCAAATGGCAGATATTTTGGAAAGCCATTTAGTATGAGGGGAAGAGTACACATTTTAAATCTTTGGTATA 1761 ATCTAAACGATGTCATTTCAGACATTCAAAACTCATAATAATAAATTTCAGGAAATCAAGCTCCTAAACATTAATAGCCA 1841 AGATACCAAATAAATTATCATATTAAAATATTTAAGTTTATTTAAAGAGAGAAGTAAACATAAACTTATGTCAAAGAGAA 1921 ATTCTCTTAATCTATTTCCTGACTTCACAGTCAAAACAGTATAAGATAGTGAAGTAACTTATAATCTTATTTGGTCATTC 2001 TGTTCTATAAACAGACAAATATAATTTAGGCTGCTATATGACATGATAAATTAAAAACTGAGAAAGTAAAATTATGTCGG 2081 GGTCTACACATTAAATGACTGTTTTGGCAGTTTTTCACCTGAATTTAAAAATAAAATTTGTCTGTTCTATCTGTATGGAC 2161 AGAATATGACAACCATAGACCAAAAGATATCATTGTATAGATGTAAAGAGACAAAAGTCATGGTTGGCATGTTCTTTAAT 2241 TTAGGGCCTTGTTTATACTTGTGAGTTTAATAATTTCTTGGCAATGAGCACTGCTGCCTTTTTAAATCATCAATGCCTGT 2321 CTTTAAATGCCAATCATTAGAAGTTTAGAATTACATTTAAATTTCTCATATATGAATTTTTCATCTGGGAACTACCCACT 2401 GTCGTCATTTTTATGTGCAGAAAAGATCCTTTTTGAAAACCATATTTATTGGGATCTTATTTAAATTTAAATTATCCTTT 2481 ACAACTTCTTAAAATGAATATGCTAATAGATAAGACTTTATCCATTACATCTAAGAACTTTTTAACCTGTATATCAATCT 2561 AAATAGGTTTCTAGAAATAATCCTAGCTTTCATACACCATGTAGTTCTAGACTCCGTCCATATCAGTGTAACATTGTGTG 2641 ATAAAATGCCAAATGTCTTGTATCTAAGCTACGCTCCCACTCTTCCAGCCACCCCTACCTCCCACCTTGACACCCTTAAG 2721 AAAGCAATGCTGACTTTTATTCTGACAAGTGGAAATCAATAGTGGTTAATCAAGTGGATTTTGTAAATGCTAAGAAGTGT 2801 TTGTGAAAACCTTCCCTTTCTGAGTTAGGATTGTTTTTTCCTGTTCATTTCAGGTGTTTTATTGAGCATCTGATTTGTGT 2881 CAGCACCATGTAAATATGATGAGGAGTATTTGGAATAGACTTTACATTCACCAGAAAATTGATAGTATTTGTTAAACCAA 2961 TGCATCCATTCAAAATAGAGGCAGAGTAAACAGCCTAAGAAATGATTTCCTTTCTACAGTCTGCTAGGAGAAAGAGGTGA 3041 GAGGGGAGTGGTTGATGATTTTAATCAAGAGTAAAGGGAACATTTATTACATGAAATCTGACTTCAGTTGTGCAAAGGTA 3121 TGTTAAGACATTAAGACAATTGCTGGAAGGTTTCAAATATGTGTACACACACATAGAGCTACTTTTGTGTGTTTATTTAT 3201 ATGTATATTTCACAAAGGCTAATGCCCACAGAGGAAAATGATTATTTTAACTTCTGGGTTATCATCTGCTGGCAGGGTCT 3281 GATCAGGTCTAGAGTATTTAAGGAAAAGTCTCCTGTCTTCTATCTCCACTAGAAGTACTGCAGCTTGAGAGCTGAAAGGA 3361 ACTTGAAAAATGTTATCCAGTCTTCACTTAGCCCATTTTTATCGGCATTAGGAAATAGGGTTCAGCAATGGTTATTGATT 3441 TAGCAGTCTGGTCTTATATGATCTGCTTTCTAATTATCTATCTAGTATTCCTATATTATACTGGAACTTCAATAAATTAT 3521 AACCTATGTGAATATCATAAATTCTTGTGAATTTTTGTCTATTTCCAGTAGAGAAGCATACTCAGCCAATGTTTTCACTT 3601 AATAACTATGACAACCTTAAAGGATGTCACTTAAGTTAGAAAATAAGCAGGCTTAAGAAGTGATTCTAATTAGGACCCCC 3681 ACTCAGTTTGCTAGTCATGCCTGCCTGACAGAACATAAGCTTTTGTAAAGTATTTAGACTGATAACACATGCAGTATGAA 3761 AACATTATAGACTGCAGTTAGAAGACTAATTTTTTAAAAGCACTCAAAACATAGAACTAAGATTTAGAATATATGTCCAT 3841 TTATAATGAAATAATTTGTGTTCATAATGTGAACATGTAAGATAAGTAAATAAAGCATTACTTGTTTTATAATATCAGGA 3921 AGAGAGAAGGAAACATTAGTTTATAACAATGTGCTATTTAATATCTGTATTTTGAACATTTAAAATACTCTGATGGTAAG 4001 GTTGCCAAAGTAATTTTGAATTCATAAAAATTGTTTATACCACAATAATGTGGGATATGTTTACAGGCTCTTTTATTTTG 4081 TGGTAGTTACTTTATAGTTCAGATGAATTTGCATTTCAGTCACTTATAGTAAATAAAGTATATTAAATATTTGTTGGAAT 4161 AAAAATCTCAATGTAATAGGACATAGATAAATTATGCAACAGCCTGCTTTGATGAAAGCTGGTGCATTATGTGAGCTGCC 4241 ACAGTTAATACTTTGTATTAACATTGCTTACTTCCCCCATTTGCTTCACCTATCTGACTACAATTGCTGGAATCATTCTT 4321 TTTGTGGTGCTTCCTCCAAGTGAAATAACTATGTTATTAAAACCTACTGGATTAATTTTATCAAATATCAGACTTACTGA 4401 TCTCTTGGCAGAGATTTATTGGTGTCTCAGTGTGATCACAATACAAGTTGTAGCAACCATTTTATAAAACTCTTAGAGAA 4481 TTATGTAGATAAAATGGAAATTACATAATCCTAAAACATTTTTGAGGGCTAATTGATAATAATTTCAGCAATTTTATTAA 4561 GAACCCAGTAAATTAATCCCTAATTTGTATGTTTTTTGTTCAACTTACCGTGTCTGCAACCATTATATAGACTTCATTGA 4641 TACTCAGCAATTACTACAGTGTGTCTTACAATGTTATAAAAAACAAACAGCAATCTCTGTTTCTGCCAGAAGTTAGATAT 4721 TTTTTTATAGTCCTGATGAATTTGTTGTGAGTAGACACCACATAGTTATTTCTGTTTGCATATAAATTTGCTGCTATTTA 4801 TTTGTATGTTTTTCTACTGTAGTATGCTATTGATTTCTGAAGTTATAATCATAATTTTTATTTTAGTAATCCAAGCTAAA 4881 TGGGCAACCAGAAGTAATATCTGCTAGGGTGCAATCCATCAGCATTGGTTCAGTGCATATACATAAGTAAACCAGTTTAA 4961 AAAAATTTTACTAAGCAAAAGGTAGTAGCAATATTGCTAGTTAAAGATTACCATTTTAGGGGAAAGTTCAAAGGTTTAAC 5041 TTCCTGAAACCTTTTAAACTTTTCAGTGCAAGAATGAAAATGTTTGAAAGCCTTGTTAAGCTCATAAAAGTTTCATTTAA 5121 ACACTGTAGAGTTTCCTACCTTTGTTGTGTAAAGGATATAGAAAATATTTTTCTATGGACAGAAGGTTGAAACTGTTAAC 5201 TTCTTTAATTTCATTGTTTAAAGGAGATAAAATGTTATTTGTGTGTCTTTCATGCTGTAAAGAAAATGAATGTATCTTTC 5281 AAATGTCATTAGAATTATGGCTTGATTCTAAGGATACTCTATTTGTTTTAAAGTCTACACGGGATTGAAAAGAAAGGGAA 5361 GAGTATTACACTTCATTGTACAAAATGTAATTTTAGAAGAAAAACATTTTCATTATAAACAAGAGCAATCATTGAAGCAT 5441 TTTCAGATATAATGTACATTCTTTTTCATTTTGCTTTGCCTCTAGAATAGAAACTTTTCAGAAAATTTGCACATACTGTT 5521 TGTAAGTATAAAATAATTGAATTCTAGACTTTTGGAGTGTGGAAGGGTGTTTGTGTGTGAAGGTAATAAATGTGTTGCTG 5601 CATGTGTTTACCATAGAGAACGTTGCCAGGCTTTGTCAAATGAGGACATTGTTGTGAGGGTGTGACTTTTGTGAAGCCAG 5681 AAAACTGTGCCTAAGATTCATTACAGTGAGTATGTGCAGAGGCCCCTGACCCAGTAAATGCTTTTTGCCTTTTTATTCCC 5761 AATGTCTTGGACAGTTGAGACAACTTGGCCCAACTCTGAATTGTAGCAGTGATGTCTTATATGCTTACGAGTTTATATTA 5841 ATTCAGCTGAACAAGAACTACATCTTAAACCACCTTTGTAGGTATGATTAATACGTGCAACAGCTGCTTTAAAAGGTGGT 5921 ATTTATTATTCATCACTCATGAAACTTGACTCAGTGAGGACTTCATTATTTTTATTTCTCTTTCCACGTCTCCAACTTTT 6001 TAAAAATCACTAATTTAACTCTTTGTTAAGTACTCAAGTACAAAGTGATCTCTTCTTTCATGAACTTTGCTATAACTGTT 6081 GAAAGGATTGGTGTCAGGCTCTCTCAACCCTGGGAGTTTCCAAAATTTAGCAAATATTACTTGTGATAAGCTTAAATGCC 6161 ACATCGCTAAGTACAATTATTACCAGGAATCCGTCAAGGGGGAGATAGCCCCGCTCACACCCTTAGACCCAAACAGGTGC 6241 TGGTTCATGCTTTCTCCACAAATTGGCAGTTGGGTACTTCCCCACTGTCATCACAGTTGAGCTCATTTTAACATATATTC 6321 AAAGAAGCTTTTTAGTTTCTACTCCTGAATTGTAGTGTTCAAGTTATTTGCCTTCCTGGGTAAGAAAATTTTAACCCAAG 6401 TCTGGGATTCTCTGGCACCTGTCTTTTCCCATCTTTTAATGAGTTGGCAAGATTAGGTCAAATTTCAATGCTAAATTTGA 6481 TTTTTTGAATTTTAAATAGTTGCACTTTATTTCATGCTGACCACCAACTTAATTTATACATTTTAAAATAAAATTATCCT 6561 AGAAGTGTTGTAAACGTGGGAAAATTTTAATTAGTGTTGGAGGTCATTAGATTGGACCCAGGTTTAAATATAATGATCTC 6641 TTCACAGCTTATTTGATGTTTAAGAGCAACTTGTGTGATCTTAGCTTTGCAGGTTTTCTGTAATTTATGTAGCACAATAA 6721 AGGATAACCAGTTGACTGTGTTACTGGACTCTGAGTTCTCACAGCTAGTTTCATCTAAGCTTGGTTTATTATCATTTCTG 6801 CTTTGGATTTTTTTGTGCATCACATGAATACTTAGAAATCCATTTGTTTTCAGTGTAGTACCTAGGGTGAAGTAGATGCT 6881 GCACAAGTAAGTTTAAGGGAATAAAAGTCCCGACACTTTATATACATGTTGAGGGGCACGATTTAAGAGACTGAAACAGT 6961 TTACATTAAACTGTTTTTATTTTCTGCCAGTAGACTCTATCTGCTTAAAAAAATAAAAATTGTTCAACCCAGTGTTCTCC 7041 AGCATCAGGACATTACAGTTGTAATCTATGTTGTAATCTTTTCAAATAAGAAAAGCTACTCCTTATTCTCTACAGTGTAG 7121 GCTTAATTTTAGAACCGATAATTTACTATATCTGCATTATTGATATTTTTAAGTAGTAGTTTTAAAAATAATTATTTCTA 7201 TGTGGAGGGTGTTTTAATTTGGGATTTTTTTTTTCTTGTAACAGGTGCTATTTGTAAATATGAAGGGGAAAAGTCACTTA 7281 GTTAAAAGTCTAGCTTATGTCATAATTAAGATACAATTATTCATTTCATGTTTGATTCTATTAAACTAGTGGCAAAACAG 7361 AATTGGTCCCTTAGTTTTTTAGATTACCTTTCCCCCTATATCACAAAAATATCTCTTTCCATATGATCTCATAATTGAGG 7441 CAAAGAAGCTAAGGGTTTATTTAAAATGTGTATAAGCTTGAATTTGGTCAACACTGCATAATTTGAAATCACTCTGCATT 7521 TGTCACTGCAGCTTACTGTATGCTTGAAAGGCCTTGTGTGTTTGTCTTAATTTTAGTGAAAAAATTAGAATTTCTGCCAT 7601 TCATGTACAAAAAAATTACAACTACAGCAAACAAGATAAAAATGCTGGTTTGCATTAATACTGTTTTAGTCTTAAGAGCA 7681 ATTTATATTATGTGAAATGCTGTTACACATATTTTGTTGGCCATATTTCATTTTGAGAAACAGTTGTTCAGGTACAAACA 7761 TGACAAACAACTCTAGCTATGACTCTTAATGTTCAATTGCAAAATAAAGATGTGCTTTAGTAATCTAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | hESCs (WA-09) |
Disease | 5775.0 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
"PAR-CLIP data was present in SRR359787. RNA binding protein: AGO2. Condition:4-thiouridine
... - Lipchina I; Elkabetz Y; Hafner M; Sheridan et al., 2011, Genes & development. |
Article |
- Lipchina I; Elkabetz Y; Hafner M; Sheridan et al. - Genes & development, 2011
MicroRNAs are important regulators in many cellular processes, including stem cell self-renewal. Recent studies demonstrated their function as pluripotency factors with the capacity for somatic cell reprogramming. However, their role in human embryonic stem (ES) cells (hESCs) remains poorly understood, partially due to the lack of genome-wide strategies to identify their targets. Here, we performed comprehensive microRNA profiling in hESCs and in purified neural and mesenchymal derivatives. Using a combination of AGO cross-linking and microRNA perturbation experiments, together with computational prediction, we identified the targets of the miR-302/367 cluster, the most abundant microRNAs in hESCs. Functional studies identified novel roles of miR-302/367 in maintaining pluripotency and regulating hESC differentiation. We show that in addition to its role in TGF-beta signaling, miR-302/367 promotes bone morphogenetic protein (BMP) signaling by targeting BMP inhibitors TOB2, DAZAP2, and SLAIN1. This study broadens our understanding of microRNA function in hESCs and is a valuable resource for future studies in this area.
LinkOut: [PMID: 22012620]
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CLIP-seq Support 1 for dataset SRR359787 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | hESCs (WA-09) / 4-thiouridine, RNase T1 |
Location of target site | ENST00000263708.2 | 3UTR | AAUCUAAACGAUGUCAUUU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 22012620 / SRX103431 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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56 hsa-miR-4760-5p Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT076215 | ALKBH5 | alkB homolog 5, RNA demethylase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT087763 | H1F0 | H1 histone family member 0 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT093991 | SLAIN2 | SLAIN motif family member 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT109199 | VMA21 | VMA21, vacuolar ATPase assembly factor | 2 | 4 | ||||||||
MIRT243167 | SOX11 | SRY-box 11 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT290697 | POLI | DNA polymerase iota | 2 | 2 | ||||||||
MIRT352597 | PTMA | prothymosin, alpha | 2 | 4 | ||||||||
MIRT443107 | DENND5B | DENN domain containing 5B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT445651 | ATP6V1G1 | ATPase H+ transporting V1 subunit G1 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT449111 | PHEX | phosphate regulating endopeptidase homolog X-linked | 2 | 2 | ||||||||
MIRT449798 | ZNF74 | zinc finger protein 74 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT456143 | RWDD2A | RWD domain containing 2A | 2 | 18 | ||||||||
MIRT463303 | ZFP36L1 | ZFP36 ring finger protein like 1 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT466904 | STK38 | serine/threonine kinase 38 | 2 | 10 | ||||||||
MIRT492452 | RBPJ | recombination signal binding protein for immunoglobulin kappa J region | 2 | 8 | ||||||||
MIRT511574 | HIST2H3D | histone cluster 2 H3 family member d | 2 | 4 | ||||||||
MIRT519374 | FKBP14 | FK506 binding protein 14 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT520935 | SRSF4 | serine and arginine rich splicing factor 4 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT524345 | CREB1 | cAMP responsive element binding protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT530230 | WSB2 | WD repeat and SOCS box containing 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT531864 | POF1B | premature ovarian failure, 1B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT534916 | PTPN4 | protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT536707 | IKZF2 | IKAROS family zinc finger 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT543555 | RPF2 | ribosome production factor 2 homolog | 2 | 4 | ||||||||
MIRT545247 | GTF2E1 | general transcription factor IIE subunit 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT545376 | PM20D2 | peptidase M20 domain containing 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT548107 | GDAP2 | ganglioside induced differentiation associated protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT548301 | EPHA7 | EPH receptor A7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT551453 | CARKD | NAD(P)HX dehydratase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT553195 | UBE2A | ubiquitin conjugating enzyme E2 A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT559416 | ASH1L | ASH1 like histone lysine methyltransferase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT561360 | YOD1 | YOD1 deubiquitinase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT561380 | TWF1 | twinfilin actin binding protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT562062 | KLHL15 | kelch like family member 15 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT563482 | ZWINT | ZW10 interacting kinetochore protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT563510 | APOOL | apolipoprotein O like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT571391 | MRPL19 | mitochondrial ribosomal protein L19 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT573764 | PRKAG1 | protein kinase AMP-activated non-catalytic subunit gamma 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT576963 | Anxa4 | annexin A4 | 2 | 3 | ||||||||
MIRT611048 | DAB2 | DAB2, clathrin adaptor protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT614297 | ARL6IP6 | ADP ribosylation factor like GTPase 6 interacting protein 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT619715 | FCF1 | FCF1, rRNA-processing protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT622278 | SH3TC2 | SH3 domain and tetratricopeptide repeats 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT622624 | PPM1K | protein phosphatase, Mg2+/Mn2+ dependent 1K | 2 | 2 | ||||||||
MIRT624730 | ANXA4 | annexin A4 | 2 | 3 | ||||||||
MIRT626553 | ZYG11B | zyg-11 family member B, cell cycle regulator | 2 | 2 | ||||||||
MIRT649762 | USP22 | ubiquitin specific peptidase 22 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT652063 | TTC39B | tetratricopeptide repeat domain 39B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT653045 | STON2 | stonin 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT660573 | AQR | aquarius intron-binding spliceosomal factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT686243 | ZFR | zinc finger RNA binding protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT703405 | FZD6 | frizzled class receptor 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT709480 | LOXL2 | lysyl oxidase like 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT711268 | SDR9C7 | short chain dehydrogenase/reductase family 9C member 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT711426 | PROSER2 | proline and serine rich 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT720030 | CDK13 | cyclin dependent kinase 13 | 2 | 2 |