pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-4473 |
Genomic Coordinates | chr9: 20411148 - 20411238 |
Description | Homo sapiens miR-4473 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-4473 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 57| CUAGUGCUCUCCGUUACAAGUA |78 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | ||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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miRNAs in Extracellular Vesicles |
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Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | DSTYK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | CAKUT1, DustyPK, HDCMD38P, RIP5, RIPK5, SPG23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | dual serine/threonine and tyrosine protein kinase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_015375 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_199462 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on DSTYK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of DSTYK (miRNA target sites are highlighted) |
>DSTYK|NM_015375|3'UTR 1 AAGCAAAGACCTTTCTCTTTCACTCTCTAGTTATTTCCTTCCCCCTCACCTTTTGGCCATGGGGAGAATTTGACATTTAT 81 TCACTATAGGACACACTCCCAAGGGAACTGGTGCTTGCTGGGAAACTTGGAACCTTCCCAGGCAGGGATGACTCCTGGAC 161 AGTGAAGAGTTGAATGACTGAGCATATTCAGCAGCTCACTGAAGCGCCAAGCTATCCCTTTAGCAAAAAAGTGTCTCAGA 241 TGTGTAAAAGCTGAGGAATGTGGTGTTCTGGCTTCACAAATGAAAAGGAGGCAGATGTTACCATTGTCTTTTCACTGTAT 321 ATACTTCTAAGACAGCAAGCGGGACACTGCAGTGGCAATAGTGTTAAAAAATCTCATTCTCATGATTTTTGGCTCTAGCT 401 AGGAATAGTTTAGTCAGGACTCAGAAAATTTGAGCTTAGTTCTGGGATTATGAAAACATGGGGACAAAAACAATAACTTG 481 TGGATGTCTGGTTCCTGCTGTCTGCAGCCAGGTATCTCAGGTTGCAATGGTCAGAAGTCCCAGTGAGGGAGCTAGAAACA 561 GAGCTATCTGTTCCTCATAGTGCCAGTGTGTTTACATTTATAGGACCACATATCCCTGGTTTCTGGGGGAGGGTTTCACT 641 GTTACATCACCAAGAGGCCCTGAAAAGAGGAAAAAAAAAAAAAAAGAGGCCAGGCATGGTGGCTCACGCCTGTAATCTCA 721 GCACTTTGGGAGGCTGAGGCGGGCGGATCACAAGGTCCAGAGTTCAAGAGCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCT 801 CTACTAAAGATACAAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGTGCATGCCTGTAATCCAAGATACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGA 881 ATCGCTTGAACCTGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCATGCCATTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGTGAGAC 961 TCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAATAGAATGTGTATGCATATATTTGTGTGTATATGTATATATGTGTGTGTGTCTATAT 1041 CTCTATCTATATAGACATACACACAGGAGTTATTGGATTTAGAGTTACTGCTAACCCCAGAACAGAATCTGTTCTTTTAC 1121 CTTTGAGTCTTTTCTTTTGTTTACCTCTTTTCATCTCAAAGTGGGAAAGCTCCAGATAACATGGTACTTAGGAGTGAGTG 1201 TCTAAGCAAAACCAACCCAATGCGAAGTATTTGGGTGAGAACTGAGAGGTGGGAGATGATTGGAGGCCATGGCCTATGTA 1281 CAAACATACTGGAAGAAAACCAGCTTGTTTTTAAAACTTAACACAATCAGAAATTTTTCTTTTTGTGTTTGAATCTAACA 1361 CACTGACGTTTGGAAAACTTGATCAATGAGCTTTTAACCACGATTTCTCCCGCAATTTGTTCCTTCTTTTTACCTTTTTA 1441 AAAATCTGTTAGAAGAAAAAAAGCAGCAGACGAAAGAGAAAAACCCTCCTCTGGTAGTTCTGTGTGTGCCCCTCACCCCT 1521 GTGTGCTAGTGTCTGGGAAGTTTCCCTGAAAGGTGGGAGGCGGGTGGGTGGTCTTTTGGAGGGTTCCTCATGAAGTGTGC 1601 TTGAGGAAAGAAATTCTGATTCTAGGCAGAGGAAGGGGAACAATTTAAATATTGGTGCATCTCAGATGCACTTGACTTCA 1681 AGCCTTCCTCAACCAAACTGGTCCATTAGATTCCGAAAAACAGGTAGACGAGGAAGTAGACAGTGGAAGTGAGTAGTCTC 1761 CCTCCATCTGCCTAATCCCCAATAACTGTGGTCTGGCCCCTGTGTTCAGCCCGAGAGTTTGTAAAACAGGTCCCCAGGTA 1841 GGTGTATAAGATGAGTTGCAAATTAGCCGGGCATGCTGGCACGCACCAGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGG 1921 AGAATCACTTGAACCCGGGAGGCAGAGGTCATGGTGAGCCGAGATCACGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAGCGA 2001 GACTCTATCTCAAAAAAAAACAAAAAAAAAAACAAAAAACAAAGATGAGTCGCACATCTGCTGCTGGGATTTTCTAGGGT 2081 TGTCTATGACAGAATGACCATCTTTTAAATATTAATGGAGTATAAATGGAGTCTATAATGGGTCTTTCATATAACTTTTA 2161 ACTCTTTGGCTATCCTGGGCTCTGATCATGATATGTTTGAGCATAGTAGCTCCCTAAACTCTTGGAGCCTTTCAGAAATT 2241 CCATGTAGTGCTAATAACCTTTTTACTTGCAAATGATAAAGTAACTGACTCAGTGTCTTTGGGCTCTGCAGGCTTTAGCC 2321 TTGTTTTGGTAGGATGTTCAGTATATTCTCAGAATTTTTACCACCTATTTAGCTATACTTCAAGTACTCTATTCTCTGCA 2401 CTAACTTACTGTCCTTCTGGGAACTATGATGGGGCTTCAAGGGAGTCAGGTGTCAAGAAAGGAGGGGTAAGTACTCTCTA 2481 CTTGCTGGAAAATCATTGTAAGTCTGTTGTGTATGAAATTTTAGGAAAAGTCTTATATAGTTCCCTTTCCAGACTGTTTT 2561 CTTTTGACTCTAACTATAATCATAAGTCTGTGCTTCCATTATGAAGGTCACATTCCTAGCATTCTTGGGAAGTATTAGCT 2641 CATACTCTCATTCACATATGGGAGGTTAGATTTTTTTCCTCTACCCAGAGTCCCTTTTTAGTTTACCCCACGGCTTAGTT 2721 TGCTGTCAGATACCAGTTCTCTAGCAGATTCCCCAACAGTTTTTTCCCCAGTGGGGAGGGTGGAAGGGAGGGACTGATAT 2801 AAGTAAGGAGATGAGTAGTTGTGTTACAGTTCATTTTCTTTAAAAAAAAGTATTTTGAGAAAAGGTGCAAAATATTCTTG 2881 AAAGTCTCTAGGCCAGCCAAAGTCCACATATGGATATTTGGGGATGTTATTTAAATACTCAGCAGGCTGAGTGCAGGTAT 2961 ACGTGTGTATAGAGTGTGTATACTTTGCTTTTGTTTTATAACATTGTCAGCTAATTTTGGCTTTGTTCTTTGGCATCCAT 3041 TCTTATTATAAGTGATGGAATGCCATGAAATGTACTGTATTGTATATTACTTGGGAGGACACTAGGTTTTCAAAGAAGTC 3121 TGGCAGCACTTGGGTTATAGAGGGCTCAGCATGACCAAAGTCCTAAAGATTTTACCTCCCAGCTTTGGTTGTATGTGTTC 3201 CCAAGTGGTGAGGTGAGATTGTGGCTGGAGGAAGAAAAAGGATGGCATGAAAGAATGACCCTTATTGTGGTCTGTCCTTC 3281 TAATCAACATAATTAGGGCAGCTTACCCCAACATGAAAATGATGACCTGGCCATTTTTAATGGCCAGAGCTTGAAGTCTG 3361 GTCTCTCATTTTGTTTCAGAAATGAGTGAGAGGCCTTCCTGCAGAGCAGTCAGGAGAAATGGTGGAGCCTGGGGCCCTGG 3441 AATGGCTGACCCTGTGCCTAGAGAGCTGATGGCAAGGGCTGTCTGGCATGGCTCATTTGGGTGGGGTTTCCCCAGGCATA 3521 CCTTAGTTCCCTGATCCTCTGCAAAGAGTAGCTCATTGACTGAGCAAGCGCTTCAGGAGGACTGTGCTGGTTGTTCCCAG 3601 ACCAAAGAGAGTCACTTTTGACTCCATCAACTTCAAGGGGACAGAGCCTAGGCAGCAGATTCTCCTAATTTTTAACACTA 3681 AAATTCAAGGAAGCAGTGGAGGAAAGAATGCATTACTACCACAGATAGAAATAGGGGACTCATAGAACTCTCGACTAGTA 3761 CCTGTCAGCTCTCAAATGCATTCTTGTGTCTTTGCTTGAGCTGCCAAAGAAGGGTCACAAAGTGTTCTTCCTCATGGAAG 3841 AAGTGCCTCGGGGTTGCAGGGCTGCAAAGTGACAACTGCACTGAATGACACTTTATTTTTTGGCTTTGGCTTATTATTTA 3921 GCACTGGGAGGCCCAGGGGAATTGGTGATTACAGTAGCACTTTGGGAAGTTAAAGCCCCCTTTGGGCTTGCTTTGGAGAG 4001 ATGATGGCATGCTTGGTATTCCATTTGGATAATCAGGAAGCCTCCCTAGTCCATCCATATTGTGTCAGAGTGGGATTAAC 4081 AACCCTGGAAGAGTCCACTGCCAAAAGAGTAGTTGCTTTCCTGGAATTTCCAAAGCTTTTGGATTTTCTGGATCAAGTAA 4161 CCCACTTTTTAAAACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGTAACATGGTGAAACCCCGTCTCTATTAAAAATAGAA 4241 AAAATTAGCCAGGCATGGTGGCGGGCACCTATAGTCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGTAGGAGAATTGCTTGAACCCAG 4321 GAGACAGAGGCTGCATTGAGCCAAGATCACACCACTGCACTCCAGCCTGGGCAGCAGAGCAAGACTCCATCTCAAAAAAA 4401 AAAAAAAGAAAAAGAAAAAGAAGGTTAATCCTTCAGTTATGGAGGTGGGATGAATAGAGCTTGTTTGATGTTAAAGTGGG 4481 TAAGGAGGGAGTGGCCTTGAGACACTTGTATTCCAAACTCTCCTGGAGGTTTCCAGTAGCACTACTGTTCCTAAAAGGGT 4561 TTCATTTTTAACTTCATCTGTTTTGTTAACATCCAGTCCAATTGAGGTGATCTCAGAGGTGCATCAGGACATCTAGCACT 4641 GGGGAGGCCACCTTGCCCAGATAGTTGAAAAGAAAATTGGTCTGGGCAGCCTGTTGTCTTTTGTCTTCATGTAATGTTTT 4721 TTCTTTGTTTTAAAGGACTAATGTTTATTACAGTGTTAAATAAAAGTGTAAGATACTAAGTGTGTAGAATAAAAGTGCAA 4801 TAACAAAAGACAATGACTTTGGCACACACTTCAGTCTTTATCCTCTCTCCTTTCTTGTGCTACCTGGCTCTTTCCATAAT 4881 ATTGTTACAGCAGGACCGTCTTAATTGTGTGCATTTTGAAGAGATGCGACTCTGGGTTAATCTTCATTAGTGTAATATTG 4961 AAGGGTTGGGTTTGGTTTTATAGAGTATTCTGTATACTTGTTGGGATACACAAATACCAGATGTGCTGTATAATAAAGAT 5041 CACATTAACGTTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | hESCs (WA-09) |
Disease | 25778.0 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
"PAR-CLIP data was present in SRR359787. RNA binding protein: AGO2. Condition:4-thiouridine
... - Lipchina I; Elkabetz Y; Hafner M; Sheridan et al., 2011, Genes & development. |
Article |
- Lipchina I; Elkabetz Y; Hafner M; Sheridan et al. - Genes & development, 2011
MicroRNAs are important regulators in many cellular processes, including stem cell self-renewal. Recent studies demonstrated their function as pluripotency factors with the capacity for somatic cell reprogramming. However, their role in human embryonic stem (ES) cells (hESCs) remains poorly understood, partially due to the lack of genome-wide strategies to identify their targets. Here, we performed comprehensive microRNA profiling in hESCs and in purified neural and mesenchymal derivatives. Using a combination of AGO cross-linking and microRNA perturbation experiments, together with computational prediction, we identified the targets of the miR-302/367 cluster, the most abundant microRNAs in hESCs. Functional studies identified novel roles of miR-302/367 in maintaining pluripotency and regulating hESC differentiation. We show that in addition to its role in TGF-beta signaling, miR-302/367 promotes bone morphogenetic protein (BMP) signaling by targeting BMP inhibitors TOB2, DAZAP2, and SLAIN1. This study broadens our understanding of microRNA function in hESCs and is a valuable resource for future studies in this area.
LinkOut: [PMID: 22012620]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM4903833 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / CTL_TD_21_a |
Location of target site | NM_199462 | 3UTR | UGUUUUGGUAGGAUGUUCAGUAUAUUCUCAGAAUUUUUACCACCUAUUUAGCUAUACUUCAAGUACUCUAUUCUCUGCACUAACUUACUGUCCUUCUGGGAACUAUGAUGGGGCUUCAAGGGAGUCAG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM4903834 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / CTL_TD_21_b |
Location of target site | NM_015375 | 3UTR | UUACCACCUAUUUAGCUAUACUUCAAGUACUCUAUUCUCUGCACUAACUUACUGUCCUUCUGGGAACUAUGAUGGGGCUUCAAGGGAGUCAG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 3 for dataset GSM4903835 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / CTL_TD_21_c |
Location of target site | NM_015375 | 3UTR | UUUACCACCUAUUUAGCUAUACUUCAAGUACUCUAUUCUCUGCACUAACUUACUGUCCUUCUGGGAACUAUGAUGGGGCUUCAAGGGAGUCAG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 4 for dataset GSM4903836 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / 124_TD_21_a |
Location of target site | NM_199462 | 3UTR | AGUACUCUAUUCUCUGCACUAACUUACUGUCCUUCUGGGAACUAUGAUGGGGCUUCAAGGGAGUCAG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 5 for dataset GSM4903837 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / 124_TD_21_b |
Location of target site | NM_199462 | 3UTR | UACUUCAAGUACUCUAUUCUCUGCACUAACUUACUGUCCUUCUGGGAACUAUGAUGGGGCUUCAAGGGAGUCAG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 6 for dataset GSM4903838 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / 124_TD_21_c |
Location of target site | NM_015375 | 3UTR | UAGCUAUACUUCAAGUACUCUAUUCUCUGCACUAACUUACUGUCCUUCUGGGAACUAUGAUGGGGCUUCAAGGGAGUCAG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 7 for dataset SRR359787 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | hESCs (WA-09) / 4-thiouridine, RNase T1 |
Location of target site | ENST00000367160.4 | 3UTR | UACUCUAUUCUCUGCACUAACUUACUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 22012620 / SRX103431 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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53 hsa-miR-4473 Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT193963 | GLCE | glucuronic acid epimerase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT232832 | NUPL1 | nucleoporin 58 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT306237 | ZMAT3 | zinc finger matrin-type 3 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT441353 | ZNF75A | zinc finger protein 75a | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443665 | FLT1 | fms related tyrosine kinase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT448553 | RAP1A | RAP1A, member of RAS oncogene family | 2 | 2 | ||||||||
MIRT448625 | OSBPL8 | oxysterol binding protein like 8 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT449138 | UQCRB | ubiquinol-cytochrome c reductase binding protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT462942 | ZNF800 | zinc finger protein 800 | 2 | 12 | ||||||||
MIRT463962 | WIPF2 | WAS/WASL interacting protein family member 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT466315 | THRA | thyroid hormone receptor, alpha | 2 | 2 | ||||||||
MIRT493504 | IL6ST | interleukin 6 signal transducer | 2 | 2 | ||||||||
MIRT502727 | CLIP1 | CAP-Gly domain containing linker protein 1 | 2 | 8 | ||||||||
MIRT503464 | ZNF154 | zinc finger protein 154 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT506738 | LMLN | leishmanolysin like peptidase | 2 | 4 | ||||||||
MIRT507282 | FEM1B | fem-1 homolog B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT510711 | SPG20 | spartin | 2 | 6 | ||||||||
MIRT524495 | CEP170 | centrosomal protein 170 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT529425 | MALT1 | MALT1 paracaspase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT533482 | TRIM71 | tripartite motif containing 71 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT533715 | TMEM30A | transmembrane protein 30A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT534115 | SOCS3 | suppressor of cytokine signaling 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT534473 | SAR1B | secretion associated Ras related GTPase 1B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT536519 | KCTD10 | potassium channel tetramerization domain containing 10 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT537263 | GALNT3 | polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT537597 | ESRP2 | epithelial splicing regulatory protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT537918 | DSTYK | dual serine/threonine and tyrosine protein kinase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT538074 | DIAPH2 | diaphanous related formin 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT538707 | CAPRIN2 | caprin family member 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT546187 | TPD52 | tumor protein D52 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT546942 | SFTPA1 | surfactant protein A1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT549590 | TMEM101 | transmembrane protein 101 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT551686 | ASB16 | ankyrin repeat and SOCS box containing 16 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT551948 | RNF157 | ring finger protein 157 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT553176 | UBE2D2 | ubiquitin conjugating enzyme E2 D2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT555074 | PURG | purine rich element binding protein G | 2 | 2 | ||||||||
MIRT556214 | MB21D2 | Mab-21 domain containing 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT556476 | LIPA | lipase A, lysosomal acid type | 2 | 2 | ||||||||
MIRT556683 | KLHL28 | kelch like family member 28 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT556863 | JMY | junction mediating and regulatory protein, p53 cofactor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT558402 | DEPDC1 | DEP domain containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT558716 | CLCN3 | chloride voltage-gated channel 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT559512 | ARHGEF26 | Rho guanine nucleotide exchange factor 26 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT566872 | LRP12 | LDL receptor related protein 12 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT567038 | KCNB1 | potassium voltage-gated channel subfamily B member 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT574515 | PRC1 | protein regulator of cytokinesis 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT642220 | RABAC1 | Rab acceptor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT651915 | UEVLD | UEV and lactate/malate dehyrogenase domains | 2 | 2 | ||||||||
MIRT654128 | RPL14 | ribosomal protein L14 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT654344 | RBM27 | RNA binding motif protein 27 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT669250 | C4orf36 | chromosome 4 open reading frame 36 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT683176 | UBL3 | ubiquitin like 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT718768 | ABHD15 | abhydrolase domain containing 15 | 2 | 2 |
miRNA-Drug Associations | ||||||||||||||||||
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miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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