pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-6818 |
Genomic Coordinates | chr22: 30007049 - 30007113 |
Description | Homo sapiens miR-6818 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-6818-5p | ||||||||||||||||||
Sequence | 6| UUGUGUGAGUACAGAGAGCAUC |27 | ||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||||||||
Experiments | Meta-analysis | ||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | CLOCK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | KAT13D, bHLHe8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | clock circadian regulator | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_004898 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on CLOCK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of CLOCK (miRNA target sites are highlighted) |
>CLOCK|NM_004898|3'UTR 1 CACACGTGCTTCCTCTCTTGACATCAAGGGAGGAAGGGGATGGCCCATTAAGAGTTACTCAGATGACCTGAGGAAAGGAG 81 GGAAAGTTCCAGCAGTTTCATGAGATGCAGTATTGAGTGTTCTAGTTCCTGGAATTAGTTGGCAGAGAAAATGCTGCCTA 161 GTGCTACAGATGTACATTAAATACCAGCCAGCAGGAGGTGATCATAGGGGCATAGCCAGTTCTGACAGTGTTTTAGGTGC 241 CTGGATATTTTTTGATGGAAAAAGAATATATTGCCAAATATTAAGAAGCTCAGCTATGAAATGACCTCCAGGGAATCAGA 321 AAGGCACTAATGATGTTAGTAACTTTTAGTGGTTCTGTGCCTCTTATCAAGTGTTACAGAGGACATACCACTGCCATGTC 401 AGGGGTTTGCTTACAGTGATGCCATGAAGACAGTCCAGTAGACTTGGTAGCGACCCCCTCCCCCAACCCCTCTCCCTTTT 481 CAGATAATGATGGAACAGTAATTACTTTCAGAATGTTGTGTGGGTTCAAATTCTCTATGTACAGATGATGTAAAAATATG 561 TATATGTCTAGATAAAAGGAGAGAAAGCAAAACATTTTGTATGCTGCATGAAAGCGTTATCTCTTCCTTACAGGTGTGAG 641 CACCTTTCCTGAAATTCTGACACCATGTGCAAACTGATCCATCCTGTTTTTCCTTTTGTTTACAACACAGTAGTGTTCTG 721 TTCACTTTTCCGGGGCACAAGTTTTTTTGTTCATACTTTGGCTGTGATGTCACAGTTTGTTCAGTGAGGTATGATGTGCT 801 GCTGGGAATGGATTTTTTTTTTCAGGTTAAATTATTGATACAACAGGATTTTCAAGTTATTCAGAAATATCCCTCATTTC 881 ATTATTTTTCAATTATGTTTGAAAATAGGATTTGCACTGCTTTATTTTAGGTGGCTGGGAGTTTTGATTGCATATTTTGT 961 TATAGTTCATAGTTGGAAATATTTGCGTAAATGGTTTTCAACAAGCCTGAAAGTAATTTCAAGAATGTTTCAGTTATAGA 1041 GGTAAAATTTGCACACAAAACATCTTAGGCACTTTTTAACATTCTCAATCATGGGAATTTTAACTTTTGGGATTTGTTGA 1121 AATCTTTTTTATTATCCTTCACAATTTCAATGCTTCTTTTAGTCAGAAATGATTCAGGGTTATTTGAGGGGAAAAAACCC 1201 CATAGTGCCTTGATTTTAATTCAGGTGATAACTCACCATCTTGAAGTCATTGTCCGGTTTCCGTAGCAGTTTTGAAACCT 1281 TAGTACCTTTTTAACAGCATGTGGGTGTCAGTGTCATTATTAGTCTCCTAATAAGTTCCTCTGAAGACTGCTATCAGTCT 1361 CTTGGACTGGAGGTACAAATAATTTAGAAATAAAAGATGATAACCTAACACTATCATAGTTATTAATGTGATCCTAAAAT 1441 TGTTTCCTAAATCAGCATTTTTCTTTAGTCATTTAAGAATTTACCAGAAATATTTGCTCAATATGATCTTGATATTCCTA 1521 CAAAGAAAAAAGAAGGGGTAGGGATTTGGCTATGCCTTCACTACAACATTAGAATATTGTAACTCACATGCCTTCTAAAC 1601 GTGAACTAAGATTTCCTTTGGCAATATCATATTCTAAAAGTAATAAATTCCAATACAAGTTACATACATTTAAAAAACAT 1681 TTTACAGATTTTATGGTACTAATGAAATTTACAGTGATAGAACAAAAGAGGATTAGTAGAAAATACATTATTAGAATATA 1761 AAAAATGTTATTACTGAGGAAAGGGAGGAGAGGACAAGTGTAATAAATCAAAATTGACCTCAAAAGAAAATGTGTAACAG 1841 AGTTGAGGTTGTTAAAACAGAAAAGGTTCTGAATAATGAAGATTAACCTAATGCAGAATTGCTAGGTAAAGAGGTCAGGG 1921 GAATGCTAAGCCAGTTCTTAAGACTTCTCTGTCCTCTGCTTTGCTGTTATCCTTAAGGCATATACTTTGTCTTTCTGCAG 2001 AAAATTCTACCTGGCTACAATTACTTTGAACATTAATGTTGAAAAAGAAAACAACCAAAGAAAATTGGTACTTACCCTTC 2081 TACAAAAGAAGTGTGACTAGATATCAATCAGTAATTAACATATCAAGGAGCTCTTCTAGCTAAATGACCATCCAGTAGAG 2161 ATTTCCCACATTCCCATGAATATCAAGAATAGTTGTCAGAATATGTATGTACCTGAGCATATGTACACAGACAAGGGGGA 2241 TGTTGTGGAATATGGCAATAGCATTGTTCTTCTCCCCTTTCAAATTGCCTTTCTTGACCTTATGCCATTCCATATATATC 2321 TGAGTTGTGCCTCATTTATTTATTGGCAATACCTAGTGATACGGATTTAGCTAACAAAAGATATGAAGAACTATTATATT 2401 GAGGCCTGTCCTCTACATACCACACTTAAAAGATGGTGAACTGTGAGTACTACTTAGGTTGACAGCAACAAAGCATAAGA 2481 CAAGCCCCAGGTAAACGTCTAAACTGTTTACTCACATTGTCCTACTCCAGCCCCTTCAATTATTTCCCATCTCCACAAAT 2561 AGTCGGGGGAAAAAATTAAAATTTTCCTTTATGATTCTTACTGTTCTTCGCAGCTCATCTTTTCCTGCTTAGAATTAACC 2641 ATTGCTAATTTAAAGGAGCAGCTAGCTGCTTTTCTGTCAGTCTGAAGCGTAGTAGTGGAAGAGGTAGTAAGCACCAGCTG 2721 CCTCTTTGCTGCTTTGTTTTCCTCCTGATTCTCTTAAATTTGGGTTGCAAAGCTATCCCGCCCCCCACCCTGCCCCATGA 2801 AACTTGAGCATTCAAATGAAGATTCAGCAGTGTCTGTTCTTCATTTCTATAGCCAAAGCTGTTAGTTAAAATCCCAAATC 2881 TATAGCATTTAAAGATACCAAATAGAAACACCTTCCAGCTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTCTTCCCTCTGCTTTATTC 2961 TCACTTTCTTAAAAACACTTATTCTGGGTGGTACTTTTTAGGTAAGAAACTACTGAGTTTCAGGAAAAATGCTAGCTACT 3041 CTGCAGTTACCGTGCTTTGGACTTGCAGTTATCATAGTTTTGGGAGAGTCAGTATTGTTTAACAAATGCAAGTGAGAACT 3121 AGAAGGGTTAATAAAGTTGCTCCTTAGAGTGGTGTCAAACCAGAACCGAGACACTTAAAAAGTACTTCATTTTTTGAATG 3201 GAAAATATTGGAGAAAAGTATGGGAGATGCAGGTAGCATGTGAGTAAATACTACGGTCTAGCCTTCGAGCATCCCAAATT 3281 CCGGGGGTAACTTGACAGTGCTGTGCTCTCCTTTGTCATTTATATCTGGCTTAGGAATGGAATAGTAATAACAAGATGCC 3361 AGTGATTTGGAATAGTTTGTTATAGAACATTCAGTGCAAAATAGTGAAAATGTTTGGTCTTCAGAAGTGCTGTAGTTGTT 3441 GGTCATTGCCTTAAAGCAGTCTGCTTGACGCTAGGAGCACTGAAGCAGTCCAGCTCCATCAAGAGCACTGTTGAAGGGAG 3521 AAGAACCCTTGTTCAGGAAGCCTTAGAAAGGGATCCTTAAAATAGTACTCTACGCAGACAAGTGAAAATTCTTTTAAACT 3601 GGATATTACTCAACATGTTTTCAGATGTTTCCACTACATTGAGGCAAACTTTTTAAAAGTGGAATGCAAATAGCATTTTA 3681 CTTTAGTATTTCTGCTTTTTTCTTTCTGTTTCTTTGGTAATTGAAAGTTTGTTGATGAATATTTGTGTAAAACGCATTCA 3761 AGTCTATAACCTTTCCAATTACCTGTGGCCCTTAGTCCCACAGGAGTCCCTGTTGGAAGGGGGTAAACACTGGATATTAA 3841 TGTTGCTGAGTGAGTCTTTCTAGCCAGGACAAGCTGATTGGAATTTTTGAATGGTAGAGAAGAAACAGCACAAAGGCACT 3921 TGCCATTTTAAGTGTTTGGAGAAAGAGAACCTTTTAAGTTTGGATTGGGTGAGCTTTCTTCTAAAAGGAGCTTCTGAAGT 4001 AATTGCAAAGGAATAGAATCGACTATTTTTATAGTATATTTAATATATTTGTATATAACTATAATAGGAACCCTCTACAT 4081 GCCTCCCACTTTTCTAATTTACTTCCCCTTTTGCCATAGCACTAGTATAGCCTCATCCGCATGGGTAATGTGCCTATTGT 4161 CAGCCTACCAAAAGATAGTGCTGCTGCTTTATGAGACAGGTGAGAAGACCCAACTCTCATGCCTGGGGATCCTTTACGGA 4241 AGGAATAGCACACACTTTTAAAACAACATACCACAGTCTAAAAGCATCATTTTGAAATGTAACAAGCACTTTATTGCAAT 4321 TACTCATTTTGATAAAGTTTATTCTTAGGCGTTAACCATTTCTAAAGGATCCCCAAATCATCACTTACTTAGGTGAAATT 4401 ATATAAAATGACACATTTCTGAGAAATGTTTAGGTCCAGTGAACCGTAGTTGGTTTATGGGAGTGATTTCAAGATAGCCA 4481 AATGAACTTTGATTTTTGTTTTGAATGTGGTGGAGTCAAGAGATTGTAGATGCCTAGTTTGATTTAAACACTATTGTAAA 4561 CCTATCTTGCCTATTGTGTGGACACCAAAAGAGACCAATGAGCCTGTTTATTTTTCAGAGGTCTAGGAAAATTGCATCCG 4641 TGTGAGTAGATGTACAGAACTAATCTAAAAGTGATTGCTAGTAACATTTTAGAATATAATAATTTCAAGAATTATTCTGA 4721 GTGTTTTAAATGTGCCCTGAAATGTTGGCATGTCATTTCAGCATTTCCATTTGAATTGCTCTTGTAATATTTTTGCACAA 4801 AAAGGACTGAGAAAAAGAATACTTTGGTTAAAGGAAAAAAATAGTATAATTTGGTCTTTAATTTTAATGTCTCCTGTGGA 4881 AACACTGGGGATGAATTTTGTTGGCACAGTTATTCAGGATATTTAAAACAGTGTTGAACAGTTCACAAGAAATTAAGCAA 4961 ACTTGGATTTTAAAAATTAAAATACTTTCTTTCCATGTGACTGTTTTGCATAGTTTTTTCCCCCTATGTCATAACACTAC 5041 ATTCCTTGTTTTTCTTAAATAAAATACTCTGCAGGTTTTGTTGTGAGTGTTTATAACAGTATTTTGTAAGCTGCCTGGGT 5121 TTCCTCAGGGAAACATTATTTAGTGGAATAGGATATAGTTTATGGAGAGACAACTAAGTGAAATTCCATCACCACCACCA 5201 GCAAACACTGAGGTGCTGCATTAAGTGACAATCAAACTAGTAAGTATTTATGAAAGAATTTAGAAAGGGGTTCAAAGAAG 5281 CAATTGCTTTTAAAGCAGTTCTCTGGGGTTCTTGAATAAAAATGGCTAAATGTATTTATTTATATTTTAAAATACCTGTG 5361 TGTTCTGTTTTCTCATCAAAGTGATTTCGGTGTCATGTATTTAATGTGTGGTTTGTTTTGTTTTGCACCATATTCTTCTT 5441 AGGGAACTGGCTCTGATTTGGGGTGCAGTCACCAACTCTCATGATAATCTTTACGGACAGTCTGAATCTACTTTACTTCA 5521 GGACGGCAGTGGAGGGGCCAACTCCAGATGCCCCTGCACTTCCCTCCTCAAGTCATCTAAGAAAGAATTTTAGAAATAAC 5601 TCCTTTCAAATCTGATTCATACAGTTCCAACCTTTTTCTAGTTTCACTTGCTGCCTTCTTTGTTTTATGGGCACTTTTTG 5681 TGTGATTACTTCCCCAACACAGTCAAAGGCCAGTATGACAGAACCAATGGCACATGATGCCTCTATTTTGCCCATTTGGG 5761 GAAATGTTAGTAAAAGAAATAGCATCTTTTAATGGCTGTCATTATCATATCCATATTAAAATCCATTTAAAGTTCTTAAA 5841 TTTGGCGGAATAATGTATACAGGCTGTAAACTTCTACAAAAAATGTTTGCTGTCTTTAATATGGTGTCAAGTTACTTGGT 5921 CCTTTGAAAACAAAACAAAACTTCCATACACAGCACTGCCCAGTAAAGCAGTGTTGGAATATTGGAAACCTAGACATTTG 6001 AGGATCCTTCTTGCTCACAAGCATTGGAACAGAATCCTCCACTTTAGGACTCAGAGAAGCTATGGAGTCCCACAGGCTAG 6081 GTATAGCACACAACTTAGAGAACGGTAGTTAAAGCACGTCAACCACAATTGAATTTAATGATCTAAAAAATATTTCTTAA 6161 CTCTGAGGGTTAAACTGAAGATACGTTTTCAAATAAAAGCTTTTAAATTTCTTAGGAAACAAACTGTGACATCGCTTTTA 6241 AAAATGACATTCAAATGTTTATAATGTGTGTTTTTGAGTTGGCTTGGACTAGTGCAAGTTCACTGCTGGCAATGGTTATG 6321 CCAGTAGTTAAGTTAAAATAAGTTGTTACCTTCAGATTGATGTCTTGTATAACCAGACAATCATCTTCAAGCAAAAAAAT 6401 TGGCCAGGAAATGTCTTTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGATGTGTCAGCCAGAACAGTTACCATTCAGACCATACTG 6481 GAATGATTTTGAAATCTTTACTATGGTTTAAGTTGGGGAAGGCCTCAGTATGGCATTTTCATATTCACTCTATGTAAAGA 6561 TTGAAGCCCAAAGATGAGTTAAATTCAGTGCTGTATTGAAACCAGTCAGTGCAAAAAAAAAAAAAAAGTTTTACCTTTGT 6641 AAATTTTTCATTGTTAACATCAGTTGGTAGTTGTTAAAACATGCACCAAATTCTTTATAATGTTCTGTGTGGTTCTCAAT 6721 GTGATATTCTTGACATTGCTGTCCTTACTGCTTGGTTCTTGGTTTTAAATTAAAAAGTAGATGTAGCTCATCATTTTTAC 6801 TTCCAAAACGGTGGAGCTAAAAACGGCTAATTGATCTTGAGATAAGAATACCCTTTACTAAGGCAAAGATTTAATTGAAA 6881 TCCAAAATGATTTATAGAAACGAAAGGCATTTTCCATTTGTTGTCTTCTGCCGAAATTCTGAATTGCATACACACATGAA 6961 GGATAATGAATGGTTTCAACGGTGCTATATTAGGTTCTCTGATTTTCATGACCTATGTATGTTTGGAAATACAATATTGT 7041 ATAAAATGTGGATCGTTTTGTTACCGATTTAATATTGCCATTTTAATTTGGTGTAACAATTGGTTACACTTGTTTTTCAA 7121 AGCTATCCTTTGAGGAGAAAGTCAAAATGTGTTGTTAGCCTACCTCCACTCAGGCCTCTTGCTGTGTAATCATTATTCCA 7201 GGTTATGATGTGCATAGCTTTTAAAACTGCGTGTACTATTATTCTGCTCTTTCCCATACTCTTGTCATGTATTCAGAACC 7281 TAAACTTATAGCAAAAGAGCCAAGCAGTAGCAGTTTTTGTAAATGTAAAAATAATTAGATCCAGACTTTGTTTCCTTCAA 7361 TTTTAAAAATAAAAAATACCTCAGTGCTATGTTTTTCAGTTATCACCTGCATTTCTCAAAAAATAACACCTGCTTCATGT 7441 GGCACATAACTTGTAAGAATCACATTTTGGATTTTAAAGAAAGACTATTAAATATTTTAAGATCACTATCAATG Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | ||||||||||
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miRNA:Target | ---- | |||||||||
Validation Method |
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Conditions | hESCs (WA-09) | |||||||||
Disease | 9575.0 | |||||||||
Location of target site | 3'UTR | |||||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | |||||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
"PAR-CLIP data was present in SRR359787. RNA binding protein: AGO2. Condition:4-thiouridine
... - Lipchina I; Elkabetz Y; Hafner M; Sheridan et al., 2011, Genes & development. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Lipchina I; Elkabetz Y; Hafner M; Sheridan et al. - Genes & development, 2011
MicroRNAs are important regulators in many cellular processes, including stem cell self-renewal. Recent studies demonstrated their function as pluripotency factors with the capacity for somatic cell reprogramming. However, their role in human embryonic stem (ES) cells (hESCs) remains poorly understood, partially due to the lack of genome-wide strategies to identify their targets. Here, we performed comprehensive microRNA profiling in hESCs and in purified neural and mesenchymal derivatives. Using a combination of AGO cross-linking and microRNA perturbation experiments, together with computational prediction, we identified the targets of the miR-302/367 cluster, the most abundant microRNAs in hESCs. Functional studies identified novel roles of miR-302/367 in maintaining pluripotency and regulating hESC differentiation. We show that in addition to its role in TGF-beta signaling, miR-302/367 promotes bone morphogenetic protein (BMP) signaling by targeting BMP inhibitors TOB2, DAZAP2, and SLAIN1. This study broadens our understanding of microRNA function in hESCs and is a valuable resource for future studies in this area.
LinkOut: [PMID: 22012620]
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CLIP-seq Support 1 for dataset SRR359787 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | hESCs (WA-09) / 4-thiouridine, RNase T1 |
Location of target site | ENST00000309964.4 | 3UTR | CACACAAAACAUCUUAGGCACUUUUUAACAUUCUCAAUCAU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 22012620 / SRX103431 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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140 hsa-miR-6818-5p Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
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Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
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MIRT071796 | RNF11 | ring finger protein 11 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT077120 | NKIRAS2 | NFKB inhibitor interacting Ras like 2 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT079951 | RNF138 | ring finger protein 138 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT102968 | EN2 | engrailed homeobox 2 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT115694 | MGRN1 | mahogunin ring finger 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT121074 | FGFRL1 | fibroblast growth factor receptor like 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT143171 | GLYR1 | glyoxylate reductase 1 homolog | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT145635 | LASP1 | LIM and SH3 protein 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT282026 | ARID3B | AT-rich interaction domain 3B | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT301684 | EP300 | E1A binding protein p300 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT328627 | AKIRIN1 | akirin 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT340977 | IPO5 | importin 5 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT371401 | STC2 | stanniocalcin 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT378008 | TMED7 | transmembrane p24 trafficking protein 7 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT445185 | CCDC88C | coiled-coil domain containing 88C | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT447120 | DUSP16 | dual specificity phosphatase 16 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT449153 | SORCS2 | sortilin related VPS10 domain containing receptor 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT450200 | ABHD15 | abhydrolase domain containing 15 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT453853 | ZNF12 | zinc finger protein 12 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT459077 | LSM1 | LSM1 homolog, mRNA degradation associated | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT461304 | MRPS27 | mitochondrial ribosomal protein S27 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT464137 | VPS28 | VPS28, ESCRT-I subunit | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT468114 | SH3PXD2A | SH3 and PX domains 2A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT471401 | PDP2 | pyruvate dehyrogenase phosphatase catalytic subunit 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT478220 | DDX52 | DExD-box helicase 52 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT479695 | CCNT1 | cyclin T1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT479779 | CCND1 | cyclin D1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT484980 | UBE2V1 | ubiquitin conjugating enzyme E2 V1 | ![]() |
![]() |
2 | 8 | ||||||
MIRT485016 | TMEM189-UBE2V1 | TMEM189-UBE2V1 readthrough | ![]() |
![]() |
2 | 8 | ||||||
MIRT485034 | TMEM189 | transmembrane protein 189 | ![]() |
![]() |
2 | 8 | ||||||
MIRT485221 | PRICKLE1 | prickle planar cell polarity protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT490143 | TERF2IP | TERF2 interacting protein | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT508908 | DOK6 | docking protein 6 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT513877 | HNRNPUL1 | heterogeneous nuclear ribonucleoprotein U like 1 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT515966 | C9orf156 | tRNA methyltransferase O | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT517892 | CHAF1B | chromatin assembly factor 1 subunit B | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT518660 | CLVS2 | clavesin 2 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT520027 | YOD1 | YOD1 deubiquitinase | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT523884 | EPHA5 | EPH receptor A5 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT529237 | PORCN | porcupine O-acyltransferase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT535337 | PFN1 | profilin 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT537532 | EZR | ezrin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT537695 | ELOVL6 | ELOVL fatty acid elongase 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT538494 | CLOCK | clock circadian regulator | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT539140 | ARHGAP35 | Rho GTPase activating protein 35 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT541380 | CDKN1A | cyclin dependent kinase inhibitor 1A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT545018 | PLP1 | proteolipid protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT547732 | KIF23 | kinesin family member 23 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT548257 | FBXL20 | F-box and leucine rich repeat protein 20 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT550372 | MYLK3 | myosin light chain kinase 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT551867 | TMEM47 | transmembrane protein 47 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT552289 | SNAP29 | synaptosome associated protein 29 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT552902 | VSNL1 | visinin like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 8 | ||||||
MIRT552990 | VAMP4 | vesicle associated membrane protein 4 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT554729 | RHOC | ras homolog family member C | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT555301 | PPP3CB | protein phosphatase 3 catalytic subunit beta | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT556832 | KATNAL1 | katanin catalytic subunit A1 like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT557523 | GPBP1L1 | GC-rich promoter binding protein 1 like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT558238 | EDA2R | ectodysplasin A2 receptor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT558920 | CBX1 | chromobox 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT559198 | BLOC1S6 | biogenesis of lysosomal organelles complex 1 subunit 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT559611 | AMER1 | APC membrane recruitment protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT559769 | URGCP-MRPS24 | URGCP-MRPS24 readthrough | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT564648 | ZNF487P | zinc finger protein 487 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT565856 | NHS | NHS actin remodeling regulator | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT569044 | ZNF655 | zinc finger protein 655 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT569154 | SIGMAR1 | sigma non-opioid intracellular receptor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT569166 | DMD | dystrophin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT569205 | CASZ1 | castor zinc finger 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT569264 | BRWD3 | bromodomain and WD repeat domain containing 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT569431 | FLVCR1 | feline leukemia virus subgroup C cellular receptor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT569476 | CTSE | cathepsin E | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT570232 | NCAN | neurocan | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT570519 | SHH | sonic hedgehog | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT570680 | FZD5 | frizzled class receptor 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT572161 | CRK | CRK proto-oncogene, adaptor protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT575142 | Cd93 | CD93 antigen | ![]() |
![]() |
2 | 3 | ||||||
MIRT575644 | Mitf | microphthalmia-associated transcription factor | ![]() |
![]() |
2 | 3 | ||||||
MIRT575653 | Synpo | synaptopodin | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT576375 | Runx1t1 | runt-related transcription factor 1; translocated to, 1 (cyclin D-related) | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT576388 | Fhl2 | four and a half LIM domains 2 | ![]() |
![]() |
2 | 3 | ||||||
MIRT576413 | Pla2g16 | phospholipase A2, group XVI | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT576697 | Hps3 | HPS3, biogenesis of lysosomal organelles complex 2 subunit 1 | ![]() |
![]() |
2 | 3 | ||||||
MIRT606872 | CHST11 | carbohydrate sulfotransferase 11 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT606940 | GFRA1 | GDNF family receptor alpha 1 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT607025 | ZEB1 | zinc finger E-box binding homeobox 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT607028 | PPY | pancreatic polypeptide | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT607081 | MITF | melanogenesis associated transcription factor | ![]() |
![]() |
2 | 3 | ||||||
MIRT607769 | HS6ST3 | heparan sulfate 6-O-sulfotransferase 3 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT607881 | SATB1 | SATB homeobox 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT607996 | BTBD9 | BTB domain containing 9 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT608124 | TSC22D2 | TSC22 domain family member 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT608132 | TGFBR2 | transforming growth factor beta receptor 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT608209 | ADAT2 | adenosine deaminase, tRNA specific 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT608337 | SPN | sialophorin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT608416 | SYNPO | synaptopodin | ![]() |
![]() |
2 | 5 | ||||||
MIRT608459 | CD93 | CD93 molecule | ![]() |
![]() |
2 | 3 | ||||||
MIRT608555 | SBK1 | SH3 domain binding kinase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT608585 | PPP2R1B | protein phosphatase 2 scaffold subunit Abeta | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT608785 | JAKMIP2 | janus kinase and microtubule interacting protein 2 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT608791 | CDH12 | cadherin 12 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT608816 | ONECUT3 | one cut homeobox 3 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT608876 | CNTF | ciliary neurotrophic factor | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT608881 | CLIC6 | chloride intracellular channel 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT608894 | ZNF860 | zinc finger protein 860 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT608954 | GIMAP1 | GTPase, IMAP family member 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT609007 | HPS3 | HPS3, biogenesis of lysosomal organelles complex 2 subunit 1 | ![]() |
![]() |
2 | 3 | ||||||
MIRT609045 | INVS | inversin | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT619037 | CASS4 | Cas scaffolding protein family member 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT625226 | RPSAP58 | ribosomal protein SA pseudogene 58 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT625545 | GABRB2 | gamma-aminobutyric acid type A receptor beta2 subunit | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT627333 | TTLL7 | tubulin tyrosine ligase like 7 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT627954 | NLK | nemo like kinase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT629280 | UNC13A | unc-13 homolog A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT634982 | TNFAIP8 | TNF alpha induced protein 8 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT646129 | C1orf147 | chromosome 1 open reading frame 147 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT646370 | SLC22A6 | solute carrier family 22 member 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT652743 | TGFA | transforming growth factor alpha | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT653984 | SEMA6A | semaphorin 6A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT660038 | C15orf61 | chromosome 15 open reading frame 61 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT663504 | NKAPL | NFKB activating protein like | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT667117 | OCIAD2 | OCIA domain containing 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT683747 | C3orf36 | chromosome 3 open reading frame 36 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT683922 | SLC43A3 | solute carrier family 43 member 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT684101 | LHFP | LHFPL tetraspan subfamily member 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT684224 | FGF14 | fibroblast growth factor 14 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT685560 | SRD5A3 | steroid 5 alpha-reductase 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT687408 | NRXN1 | neurexin 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT687467 | NHSL2 | NHS like 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT687695 | LEPREL1 | prolyl 3-hydroxylase 2 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT688094 | GLRA3 | glycine receptor alpha 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT688255 | FHL2 | four and a half LIM domains 2 | ![]() |
![]() |
2 | 3 | ||||||
MIRT688851 | CAMKK2 | calcium/calmodulin dependent protein kinase kinase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT700293 | RABGEF1 | RAB guanine nucleotide exchange factor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT704679 | CHST2 | carbohydrate sulfotransferase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT706392 | PPID | peptidylprolyl isomerase D | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT707388 | SLC35F6 | solute carrier family 35 member F6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT707509 | PPP1R16B | protein phosphatase 1 regulatory subunit 16B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT709808 | AR | androgen receptor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT715491 | MAZ | MYC associated zinc finger protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 |
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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