pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-1284 |
Genomic Coordinates | chr3: 71541970 - 71542089 |
Synonyms | MIRN1284, hsa-mir-1284, MIR1284 |
Description | Homo sapiens miR-1284 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-1284 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 30| UCUAUACAGACCCUGGCUUUUC |51 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | DRVs in miRNA |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
miRNAs in Extracellular Vesicles |
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Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | BRI3BP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | BNAS1, HCCR-1, HCCR-2, HCCRBP-1, HCCRBP-3, KG19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | BRI3 binding protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_080626 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on BRI3BP | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of BRI3BP (miRNA target sites are highlighted) |
>BRI3BP|NM_080626|3'UTR 1 AGGTCAGCCGGCCGGGCGGGTCCACAGTTACCAGCACGCTGTCTCAGAAAACGAAAACGGAGGAAAAAAACCCCAAACCC 81 CAAACAATCTTAATAAACACGACTGAGCAAGAAAGTGGCGCTGTGTAGGGCTATTTCCACCCACCCGGCAGCTCTTAGGA 161 CACATTCCCAGAAGAGCGGAAAGATCATTGACGTGGAACTACACACGAAGTGTAATTAGTGGGGGAAAAAATATTTTTTA 241 AACAAAGGATATAACCATATTTAGTTGTACAGTAAGAGAAATTTATCTGTGCATAGAGCATAAAGTTAATTTTTTCAAGC 321 ATTTAAATACATCTTTTGTAAGGTTTTTTAATAAAGGCAGATTGAGTCAAGTT Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | hESCs (WA-09) |
Disease | 140707.0 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
"PAR-CLIP data was present in SRR359787. RNA binding protein: AGO2. Condition:4-thiouridine
... - Lipchina I; Elkabetz Y; Hafner M; Sheridan et al., 2011, Genes & development. |
Article |
- Lipchina I; Elkabetz Y; Hafner M; Sheridan et al. - Genes & development, 2011
MicroRNAs are important regulators in many cellular processes, including stem cell self-renewal. Recent studies demonstrated their function as pluripotency factors with the capacity for somatic cell reprogramming. However, their role in human embryonic stem (ES) cells (hESCs) remains poorly understood, partially due to the lack of genome-wide strategies to identify their targets. Here, we performed comprehensive microRNA profiling in hESCs and in purified neural and mesenchymal derivatives. Using a combination of AGO cross-linking and microRNA perturbation experiments, together with computational prediction, we identified the targets of the miR-302/367 cluster, the most abundant microRNAs in hESCs. Functional studies identified novel roles of miR-302/367 in maintaining pluripotency and regulating hESC differentiation. We show that in addition to its role in TGF-beta signaling, miR-302/367 promotes bone morphogenetic protein (BMP) signaling by targeting BMP inhibitors TOB2, DAZAP2, and SLAIN1. This study broadens our understanding of microRNA function in hESCs and is a valuable resource for future studies in this area.
LinkOut: [PMID: 22012620]
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CLIP-seq Support 1 for dataset SRR359787 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | hESCs (WA-09) / 4-thiouridine, RNase T1 |
Location of target site | ENST00000341446.8 | 3UTR | UAUAGCAUUUAAUUUGGCACUUAAUAUAAAUCCAUUUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 22012620 / SRX103431 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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46 hsa-miR-1284 Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT035831 | PRRC2B | proline rich coiled-coil 2B | 1 | 1 | ||||||||
MIRT079621 | DNAJB4 | DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member B4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT149901 | LDLR | low density lipoprotein receptor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT182786 | TOR1AIP2 | torsin 1A interacting protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT188827 | TMTC3 | transmembrane and tetratricopeptide repeat containing 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT198187 | EIF4A1 | eukaryotic translation initiation factor 4A1 | 3 | 1 | ||||||||
MIRT245472 | ARID5B | AT-rich interaction domain 5B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT252245 | PMAIP1 | phorbol-12-myristate-13-acetate-induced protein 1 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT269363 | WEE1 | WEE1 G2 checkpoint kinase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT320406 | HOXA9 | homeobox A9 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT474722 | KIF13A | kinesin family member 13A | 2 | 6 | ||||||||
MIRT497926 | BTG1 | BTG anti-proliferation factor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT504264 | C1orf147 | chromosome 1 open reading frame 147 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT520449 | TSPAN2 | tetraspanin 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT524092 | DNAJB14 | DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member B14 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT528639 | SENP6 | SUMO1/sentrin specific peptidase 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT537385 | FGF2 | fibroblast growth factor 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT538902 | BRI3BP | BRI3 binding protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT542095 | KCNK10 | potassium two pore domain channel subfamily K member 10 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT543976 | PRR23A | proline rich 23A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT549625 | ADCYAP1 | adenylate cyclase activating polypeptide 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT554298 | SIPA1L2 | signal induced proliferation associated 1 like 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT554872 | RCAN2 | regulator of calcineurin 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT567623 | FAM210A | family with sequence similarity 210 member A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT571137 | TTC33 | tetratricopeptide repeat domain 33 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT576361 | Pxdn | peroxidasin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT611088 | PHF8 | PHD finger protein 8 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT612380 | TCTE1 | t-complex-associated-testis-expressed 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT613725 | MTPN | myotrophin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT614627 | YAE1D1 | Yae1 domain containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT615818 | KIAA1549L | KIAA1549 like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT620949 | TBCK | TBC1 domain containing kinase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT622339 | SCN4A | sodium voltage-gated channel alpha subunit 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT623219 | MTA3 | metastasis associated 1 family member 3 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT628932 | SLC1A4 | solute carrier family 1 member 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT632121 | FKBP9 | FK506 binding protein 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT635877 | COX17 | COX17, cytochrome c oxidase copper chaperone | 2 | 2 | ||||||||
MIRT636485 | IKBKG | inhibitor of nuclear factor kappa B kinase subunit gamma | 2 | 2 | ||||||||
MIRT653097 | SRSF7 | serine and arginine rich splicing factor 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT655048 | PKN2 | protein kinase N2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT686946 | SFT2D3 | SFT2 domain containing 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT692724 | INPP5B | inositol polyphosphate-5-phosphatase B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT697282 | ZNF800 | zinc finger protein 800 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT698995 | SPAG9 | sperm associated antigen 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT704462 | CRNKL1 | crooked neck pre-mRNA splicing factor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT715163 | FIG4 | FIG4 phosphoinositide 5-phosphatase | 2 | 2 |
miRNA-Drug Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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