pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-4529 |
Genomic Coordinates | chr18: 55479221 - 55479298 |
Description | Homo sapiens miR-4529 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | |||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-4529-5p | ||||||||||||
Sequence | 6| AGGCCAUCAGCAGUCCAAUGAA |27 | ||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||
Experiments | Illumina | ||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | SHISA9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | CKAMP44 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | shisa family member 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001145204 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_001145205 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on SHISA9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of SHISA9 (miRNA target sites are highlighted) |
>SHISA9|NM_001145204|3'UTR 1 GCTTTCACCACAGGGAGCACCCTGGAGACCACACTCAACTGAGAGAGGCAAAAAACAACCCCGCCCACACCCTCCCCATC 81 CTCCCCTAATACATGCGTCCACACACTCACTCTCAACAAGAACCAACTCTAAACCTACTGGGGACACAGAGTCGCGCTTT 161 TCCTAGGTCATGCCTGTAACGTGTCGGCGGGCAGCTGAGAAAGACCGAAGCGTGGACATTCAGCAATACAGCAAAGGGGA 241 AAATGAGGCACACTCTTTCCACTTCAGGCCCAAGATGGCCAACTCACATGCCCAAACCGTGGGGCTGAGTTTTCTTTTCC 321 TCCTAACTTGAAACTGAAATCCATGGTGACAAAATATAAAAGTAGCACAATTTAGAGAAATTGTCCATTTGAGCACATAC 401 ACTACTTGCCACGTGCTGTCTGTTTCTAGGTTCGAAAGCCAGGGTGGAAATGGGGGTAGAGAATGAGGGAGGACACAAGA 481 GAAGAGTGTATTCTGGAAGAGGAGTTGTTCTGGGAGGAATTTGCCCACATTAGAAGCATTTTTCTAATTCCAAGAAGTGG 561 TGACGTGGACGTAAAATTTTGACGAGCATGAAACAGTAACTGGACCCCAACCATTCTATTTATAGTACTTTTCATATCAT 641 CCATGTTGAAAGCAAAAAACAACACACCCTCAAACTCACAGAAAGTAAATAGACCCTGAACCCACCGACAATGATGGGAA 721 GGAAAAAACAAAAAACAAAAAACATTTTAGAGAACTCCCATAAGGACCATGACCGTGGAAATGGGAGGGATGGGCTTTTA 801 CGGAGAGGGTCCGGAGAGTATCAAATAACTTTTTAAAAAGAGGATTAAAATGTAAGCCCACTACAAAACAGATAAAAACG 881 GCAAATTAGGTGTTTTTTTTTTTTCAAAAATCTTGAAGACTTGTTGACATTAACAACAACAAATCCACAGTTGGAAAAGT 961 CCACAGGAGATCAGATGAGGATCCAGAAGCCTCTGATTTCTGGGTTTTGCCTCCAAGACCTGAAACAGCCACAGAAACAA 1041 GTCCTCTATAAACTGTATGTCCCTGACATCCCTTTCCCTTCAGCGCGTTGCCGCCGCCGCTGCCAAACTTCAACTGCTTT 1121 GGACTGAAAATGTCATAAGCGTGGGTGGTGCCTTCAATGTGTTACTGTTGTTTAATGACAGTCTTGTTTCCCAAGTGCAA 1201 CCTGTGTTCTTTTAGCCTTCCTTCCTCTTCTTTTTCTGCAGTAGTAGAAGATGTTTCCATCCTTCCTTTGTAGGTGAGCC 1281 CACCCCATAACACCCTCTGAGGGGCTGCTACAATGTCAGGGGTACCCAAGAACGAAGACCTCCCTACTCTCTACACTATC 1361 AAAATTAGTCCTTCCATTTTCTAGCCCTCTCAAACCTGTCAGATGTTTCTTGGTCCCGTAATTCCCATGGTCCCTCCAAA 1441 TTACCTCCCCACATACTTCATGTGTTCATCTCCCATCCAGAATGTCCTGAGGTTGTTTTTCTGGTTGGTTCTCATAATCC 1521 ATAGTCCTTGGGGTCCCAGCAAAGTCAGTTTTCCTACAAGTTGTGTTTGTTTTGTGGAAGCCCAAAGAAGTGGATTGAGA 1601 GAGAAGAGATTTTTATCTAAGGTGGAAGGTTTTTCAACTAGCCCCTAAAGGTCTTTGGTAGTTAATTAACATTCAACAGA 1681 CCCACAGCAACTCTGGTGTCAGAAGCTATAAATGGTCTGGCCAAACAAGACTCAGAGTATTTTCTGAAATCCTGAGCTGC 1761 AAGGTTCTGCCTCACCTGTCTCTCCACTCTGACATCACGAAATCAGCAAAACCAGATATTTATTCTCCTCACTCCCAGCA 1841 GATACGAGGACACCAACAATGCAGTTGATCCCTCTGGGCCTGAGTCTCCCATCTGAAACATGGGGAATTGGGGTAGGTCA 1921 AGCTTTTTGAAACTGCAAAACCTCTACCTGTTTTTAAAAATGAGATCTTTTGACCAGGCACAGTGGCTCACACCTAAAAT 2001 CCCAGCACTTTGGGAGGCTGAAGCAGGTGGATCATCTGAGGTCAGGAGTTTGAGATCAGCCTGGTCAACATGGTGAAACC 2081 CCGTCTCTACTAAAAATACAAACATTAGCTGGGCATGGTGGTGGGTGCCTGTAATCCCAACTACTCGAGAGGCTGAGGCA 2161 GGAGAATCGCTTAAACTTGGGAGGTTGCAGTGAGCTGAGACCACACCACTGCCCTCTAGCCTGGGTGACGGAGTGAGACT 2241 ATCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAAAAAAAGAGATCTTTCAAAGAACGCATAATAGGAGATCTCCATGTATAAAAAGG 2321 TACCATGCTGTACAAAGCTGGGGTCAGAGATTTAGTGCCCACCTTCTCAGCCTCCTTGGGAAGACCCCAGAGCTTCCCAG 2401 AGTCAAGTAAATACCACTGGGCATGGTCAGAGTTTCCTTGACGTTAATGAGCTATGTACCTGCAACACACTTTGGCATCT 2481 CTGTATATCACCTTCACAATATTTGTATCTAAATTGATTCATTTTAATGCATTTTGTTTTTAAAATGAAAACTTCCTGTC 2561 TTCATCACAAATTTAAAAAAAATCATCAGTTGCCATAAATAGAAAGCAAACATAAAAATAAGTACAAAGGAAACAAGCAG 2641 CGATGATTAAATTCCAGCTGGAGTCTGTTGTCTGTGAGTCTGAACTAAAGCCTGGGGTTCTTTCTTTCTCTCTCCATCTC 2721 TCTGTTTCTGTTTCTCTCTCTCTCTTAAAATGATATCATCAGGTATTAAATAATTGTTAAAAATACCAGCACCCAATGAA 2801 GACTTTCTCTTTGTACTAATAAGATGGACCAAAAAGTAAATGAAAGGGGAATCATTTCCTATGCAAGTCAGTGTTGAACA 2881 ATGCTGTAGCTATGTACTGCCTATGATCATTGTGCATACACTAGGGGTGCATAGCCCACACTTCAGAAAACCCTGGGTTG 2961 ACTTATCTGTGAGGCTCTTTCCAGCTCAAAGTTTCCATAATTCTTATCTCCCTTTTACCTCGTGGTTGCTCTTTGCCCCC 3041 AGTCCACTTCGTCCCACCCTTATCTCAACTCTGATTAAGAGTCTTTCTTGGCCTCTAAATCTGTAGTATTGTATTCCTTC 3121 TGCATGCTCCTTCTCCTCTGAATAAACTTCATCAATTGAACTGGGCTCCTTGGGGTCTGCAGTTGTAATTTTGGCAGCAA 3201 AGGTGCAGACTGGTCATTAAGATGTAGCCACAATGATGGCCCAAGAAGGACACGTACTTTCCAAGTAGTCCTGTCTAGGA 3281 TGGAAAGCTCAGGAAGTGCTTCATAGTTTATTATCTTCCAGTTGGTTTTGGGAGATGAACTGAAGAGGGAAGTTTGGATA 3361 GGGAAGGTCTTTTTATTCTTTTTTTTTTAATGTATCCATGGAGTATTTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTAT 3441 TATACTTTAAGTTTTAGGGTACATGTGCACAATGTGCAGGTTAGTTACATATGTATACACGTGTCATGCTGGTGTGCTGC 3521 ACCCATTAACTCGTCATTTAGCATTAGCTATATCTCCTAATGCTATCCCTCCCCCCTCCCCCCACCCCACAACAGTCCCC 3601 AGAGTGTGATGTTCCCCTTCTTGTGTCCATGTGTTCTCATTGTTCAATTCCCATCTATGAGTGAGAACATGCAGTGTTTG 3681 GTTTTTTTGTCCTTGCGATAGTTTACTGAGAATGATGATTTCCAATTTCATCCATGTCCCTACAAAGGACATGAACTCAT 3761 CATTTTTTATGGCTGCATAGTATTCCATGGTGTATATGTGCCACATTTTCTTAATCCAGTCTATCCTTGTTGGACTTTTG 3841 GGTTGGTTCCAAGTCTTTGCTATTGTGAATAGTGCCGCAATAAACATACGTGTGCATGTGTCTTTATAGCAGCATGATTT 3921 ATAGTCCTTTGGGTATATACCCAGTAATGGGATGGCTGGGTCAAATGGTATTTCTAGTTCTAGATCCCTGAGGAATCGCC 4001 ACACTGACTTCCACAATGGTTGAACTAGTTTACAGTCCCACCAGCAGTGTAAAAGTGTTCCTATTTCTCCACATCCTCTC 4081 CAGCACCTGTTGTTTCCTGACTTTTTAATGATTGCCATTCTAACTGGCGTGAGATGGTATCTCATTGTGGTTTTGATTTG 4161 CATTTCTCTGATGGCCAGTGATGATGAGCATTTTTTCATGTGTCTTTTGACTGCATAAATGTCTTTTGAGAAGTGTCTGT 4241 TCATATCCTTCGCCCACTTTTTGATGGGGTTGTTTGTTTTTTTCTTGTAAATTTGTTTGAGTTCATTGTAGATTCTGGAT 4321 ATTAGCCCTTTGTCAGATGAGTAGGTTGCGAAAATTTTCTCCCATTTTGTAGGTTGCCTGTTCACTCTGATGGTAGTTTC 4401 TTTTGCTGTGCAGAAGCTCTTTAGTTTAATTAGATCCCATTTGTCAATTTTGGCTTCCTCTTGGGAGGGTAGACAGACCT 4481 CACAATATGGAAAGACGGGACAACCTATGGAACTATCTGTGACTTCCATGTACCAAGACAAGGACGCTATAGCTAGGGTA 4561 GTGAGACCTAGAAGAGAGAAACCAGAACAAAGCAGACAGGCTGTCCTCTTCCTAATTCCATGCCCTGACATCAGCCCCTA 4641 TTTTTTGCCTTTAGCTGTCCCCCAGTTTCCAACCCAATGGGACCAGAGTCTGACTTCCCTTTGCCCTTTCACAGTGTCTC 4721 AGCCTCCATCTGCCTTGGGCTCCGCCTGGCCTCCCCATCTAACTCTTCCCAGTTTTTTGTGTAAATGGAGCATATTTTAT 4801 GTGCGAATATTTTAGTAACCGTATGTTCTGCAAGTAAACCTGTGTTAATACTTGTCAACAACTGCAGAGTTTATGATACG 4881 AATAATTCTTCCTACAATGAAGAAAAAAACACATTTGTTTGTTTTCTAAGAATGTTTATTTGTAAACATATGTATTCACT 4961 ATATTAATATGAATTTCTTACCTGGCAATAAAACTGATTATATGTGAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | HEK293 | ||||||
Disease | 729993.0 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
"PAR-CLIP data was present in GSM714647. RNA binding protein: AGO2. Condition:mildMNase
... - Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al., 2011, Nature methods. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al. - Nature methods, 2011
Cross-linking and immunoprecipitation (CLIP) is increasingly used to map transcriptome-wide binding sites of RNA-binding proteins. We developed a method for CLIP data analysis, and applied it to compare CLIP with photoactivatable ribonucleoside-enhanced CLIP (PAR-CLIP) and to uncover how differences in cross-linking and ribonuclease digestion affect the identified sites. We found only small differences in accuracies of these methods in identifying binding sites of HuR, which binds low-complexity sequences, and Argonaute 2, which has a complex binding specificity. We found that cross-link-induced mutations led to single-nucleotide resolution for both PAR-CLIP and CLIP. Our results confirm the expectation from original CLIP publications that RNA-binding proteins do not protect their binding sites sufficiently under the denaturing conditions used during the CLIP procedure, and we show that extensive digestion with sequence-specific RNases strongly biases the recovered binding sites. This bias can be substantially reduced by milder nuclease digestion conditions.
LinkOut: [PMID: 21572407]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM4903829 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Human neurons / CTLTD_shCTL_a |
Location of target site | NM_001145204 | 3UTR | AUGGUAUCUCAUUGUGGUUUUGAUUUGCAUUUCUCUGAUGGCCAGUGAUGAUGAGCAUUUUUUCAU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161238 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM4903830 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Human neurons / CTLTD_shCTL_b |
Location of target site | NM_001145204 | 3UTR | GUGAGAUGGUAUCUCAUUGUGGUUUUGAUUUGCAUUUCUCUGAUGGCCAGUGAUGAUGAGCAUUUUUUCAU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161238 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 3 for dataset GSM4903831 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Human neurons / 124TD_shELAVL3_a |
Location of target site | NM_001145204 | 3UTR | GGUAUCUCAUUGUGGUUUUGAUUUGCAUUUCUCUGAUGGCCAGUGAUGAUGAGCAUUUUUUCAU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161238 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 4 for dataset GSM4903832 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Human neurons / 124TD_shELAVL3_b |
Location of target site | NM_001145204 | 3UTR | GUGGUUUUGAUUUGCAUUUCUCUGAUGGCCAGUGAUGAUGAGCAUUUUUUCAU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161238 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 5 for dataset GSM4903833 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / CTL_TD_21_a |
Location of target site | NM_001145204 | 3UTR | GUCUUUAUAGCAGCAUGAUUUAUAGUCCUUUGGGUAUAUACCCAGUAAUGGGAUGGCUGGGUCAAAUGGUAUUUCUAGUUCUAGAUCCCUGAGGAAUCGCCACACUGACUUCCACAAUGGUUGAACUAGUUUACAGUCCCACCAGCAGUGUAAAAGUGUUCCUAUUUCUCCACAUCCUCUCCAGCACCUGUUGUUUCCUGACUUUUUAAUGAUUGCCAUUCUAACUGGCGUGAGAUGGUAUCUCAUUGUGGUUUUGAUUUGCAUUUCUCUGAUGGCCAGUGAUGAUGAGCAUUUUUUCAU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 6 for dataset GSM4903834 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / CTL_TD_21_b |
Location of target site | NM_001145204 | 3UTR | UGGUAUCUCAUUGUGGUUUUGAUUUGCAUUUCUCUGAUGGCCAGUGAUGAUGAGCAUUUUUUCAU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 7 for dataset GSM4903835 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / CTL_TD_21_c |
Location of target site | NM_001145204 | 3UTR | ACUGACUUCCACAAUGGUUGAACUAGUUUACAGUCCCACCAGCAGUGUAAAAGUGUUCCUAUUUCUCCACAUCCUCUCCAGCACCUGUUGUUUCCUGACUUUUUAAUGAUUGCCAUUCUAACUGGCGUGAGAUGGUAUCUCAUUGUGGUUUUGAUUUGCAUUUCUCUGAUGGCCAGUGAUGAUGAGCAUUUUUUCAU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 8 for dataset GSM4903836 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / 124_TD_21_a |
Location of target site | NM_001145204 | 3UTR | UGACUUCCACAAUGGUUGAACUAGUUUACAGUCCCACCAGCAGUGUAAAAGUGUUCCUAUUUCUCCACAUCCUCUCCAGCACCUGUUGUUUCCUGACUUUUUAAUGAUUGCCAUUCUAACUGGCGUGAGAUGGUAUCUCAUUGUGGUUUUGAUUUGCAUUUCUCUGAUGGCCAGUGAUGAUGAGCAUUUUUUCAU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 9 for dataset GSM4903837 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / 124_TD_21_b |
Location of target site | NM_001145204 | 3UTR | AGAUGGUAUCUCAUUGUGGUUUUGAUUUGCAUUUCUCUGAUGGCCAGUGAUGAUGAGCAUUUUUUCAU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 10 for dataset GSM4903838 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / 124_TD_21_c |
Location of target site | NM_001145204 | 3UTR | ACUGACUUCCACAAUGGUUGAACUAGUUUACAGUCCCACCAGCAGUGUAAAAGUGUUCCUAUUUCUCCACAUCCUCUCCAGCACCUGUUGUUUCCUGACUUUUUAAUGAUUGCCAUUCUAACUGGCGUGAGAUGGUAUCUCAUUGUGGUUUUGAUUUGCAUUUCUCUGAUGGCCAGUGAUGAUGAGCAUUUUUUCAU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 11 for dataset GSM714647 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / mildMNase, repB |
Location of target site | ENST00000558583.1 | 3UTR | UUGAUUUGCAUUUCUCUGAUGGCCAGUGAUGAUGAGCAUU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 21572407 / GSE28865 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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57 hsa-miR-4529-5p Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT226211 | TMEM64 | transmembrane protein 64 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT241576 | LAMC1 | laminin subunit gamma 1 | 2 | 8 | ||||||||
MIRT311423 | LMNB1 | lamin B1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT458476 | RMI1 | RecQ mediated genome instability 1 | 2 | 10 | ||||||||
MIRT476949 | FAM83G | family with sequence similarity 83 member G | 2 | 2 | ||||||||
MIRT480886 | BCL9L | B-cell CLL/lymphoma 9 like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT492825 | NXN | nucleoredoxin | 2 | 4 | ||||||||
MIRT495860 | CLCN6 | chloride voltage-gated channel 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT495919 | FBXO41 | F-box protein 41 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT497150 | PRDM15 | PR/SET domain 15 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT498695 | LYRM2 | LYR motif containing 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT499954 | ABI2 | abl interactor 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT501309 | RPS21 | ribosomal protein S21 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT505941 | RAP2C | RAP2C, member of RAS oncogene family | 2 | 4 | ||||||||
MIRT508422 | SFTPB | surfactant protein B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT510705 | SREK1IP1 | SREK1 interacting protein 1 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT513225 | RYK | receptor-like tyrosine kinase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT513775 | PER1 | period circadian clock 1 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT514948 | CD36 | CD36 molecule | 2 | 2 | ||||||||
MIRT515902 | AGTPBP1 | ATP/GTP binding protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT516066 | RAB42 | RAB42, member RAS oncogene family | 2 | 2 | ||||||||
MIRT523010 | IL6R | interleukin 6 receptor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT525065 | FRK | fyn related Src family tyrosine kinase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT530304 | TNFRSF10D | TNF receptor superfamily member 10d | 2 | 2 | ||||||||
MIRT530445 | SULT1B1 | sulfotransferase family 1B member 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT532421 | ITFG2 | integrin alpha FG-GAP repeat containing 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT532626 | PHF5A | PHD finger protein 5A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT535128 | PLK2 | polo like kinase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT539608 | SHISA9 | shisa family member 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT539640 | BUB1 | BUB1 mitotic checkpoint serine/threonine kinase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT540213 | RAB32 | RAB32, member RAS oncogene family | 2 | 2 | ||||||||
MIRT540333 | OPHN1 | oligophrenin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT544350 | EGLN1 | egl-9 family hypoxia inducible factor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT547521 | MARCH9 | membrane associated ring-CH-type finger 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT548546 | DR1 | down-regulator of transcription 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT554545 | RRN3 | RRN3 homolog, RNA polymerase I transcription factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT558545 | CSNK1A1 | casein kinase 1 alpha 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT558619 | CNOT6L | CCR4-NOT transcription complex subunit 6 like | 2 | 4 | ||||||||
MIRT563009 | U2AF2 | U2 small nuclear RNA auxiliary factor 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT565148 | TUBB2A | tubulin beta 2A class IIa | 2 | 2 | ||||||||
MIRT567297 | HNRNPA0 | heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A0 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT569071 | CADM2 | cell adhesion molecule 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT570338 | VAV3 | vav guanine nucleotide exchange factor 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT573548 | RHOA | ras homolog family member A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT573955 | FIGNL1 | fidgetin like 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT608235 | PARP15 | poly(ADP-ribose) polymerase family member 15 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT610627 | SPTA1 | spectrin alpha, erythrocytic 1 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT613784 | RPS6 | ribosomal protein S6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT620437 | CARNS1 | carnosine synthase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT629393 | CLEC17A | C-type lectin domain containing 17A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT637409 | NKX2-3 | NK2 homeobox 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT659086 | DENR | density regulated re-initiation and release factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT687349 | NUP98 | nucleoporin 98 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT688532 | DCAF7 | DDB1 and CUL4 associated factor 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT701007 | PCSK6 | proprotein convertase subtilisin/kexin type 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT715878 | ACIN1 | apoptotic chromatin condensation inducer 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT723149 | NQO2 | N-ribosyldihydronicotinamide:quinone reductase 2 | 2 | 2 |