pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-4708 |
Genomic Coordinates | chr14: 65335117 - 65335183 |
Description | Homo sapiens miR-4708 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | |||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-4708-5p | ||||||||||||
Sequence | 9| AGAGAUGCCGCCUUGCUCCUU |29 | ||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||
Experiments | Illumina | ||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | ZBTB44 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | BTBD15, HSPC063, ZNF851 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | zinc finger and BTB domain containing 44 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_014155 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on ZBTB44 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of ZBTB44 (miRNA target sites are highlighted) |
>ZBTB44|NM_014155|3'UTR 1 TACCGGACTACTTAAACCAGGAACAAGAAGAGACCCTTGTTCAATATGATCTTGGAGAACACGGTTTTGAAAGCAACTCC 81 TCTGTTCAAATGCCTGTCATTTCACAGGTCTCCTCAACCCAGAATTGTGAAAGCACTTTTCCCTTGGGGTCTCTTGGTGG 161 GCTGGCAGAAAAAGAGGAAGAAGTGCCAGAGCAGCCAAAGAGCAGTGCTTGTGCTGAGGCAACCAGAGATGACCCCCCAA 241 AATCAGAGCTGTCTTCTATAACTATTGAGTAGTTTTGTGATTTGGCTTCAGTTTTGTTTTTTGGAAAGTGCCTGTGCTTG 321 GTCTTGTACATTTAAATTTAATTTAATTTTTTAAACAAAAAAAGCCGGGTGGGAGGGAGGGGGAGATTGGGAAAGAATTT 401 CCCTTTTTACTTTCTGAGCCCTGAAACTGATTTTATTTTTCCTAACTGAGAGATTGCTTCTGTAAGTACACAATAACATG 481 ATGTTGAAACAGAAACTATGAGACTTAAGGAGAACTGGTTGACTTAAAACATATACCAGTTCCTTCTTCCATTGTTAAAA 561 GTAGGCTAACAACAGATCATTAGCTAGAGAGGAAATCAGATGATTATTGACCTTCTTGAGACAAGAGGGTACATGAGAAA 641 CTAATTACTAAACAGCTTGACAAATGGCCTGAGTAGATACTTACTGCTGTACACAGGATGTTGTATAATATTTTGTAAAG 721 CCTGTTGTTTTTGGAAGTATTTATGGTAAGCTTTCTTAAAAATTATTATGGTAAATACTTCTGAAATCCGGCGTACTTTT 801 CTTTAAGCTTTGTCATTTCTGTTATGATTTTTCATGGTGAAATTTTGGTACTGAGATGGGCATTCTCTGTACCTTTATAG 881 TACCACTCCAAAGGCAAGGAACCATGATTGACAACAGTCAAGCTGTGGATGAAATGACCAGGAACGGAGAATGAAGTATG 961 TAAATCCCAGCTTCATAGGAACTCTTCTCATACTGCTTTTCAGATTAAAATTGCTGTTTACCTGGTCTCCGAATGTAATG 1041 CCTGACTGTGTCATTGCCCGGATCAGTTTTCCCCCTGCCCCATCAATATGTTCTCTTGCATATATTGGCGTGCTGCCATA 1121 TAAAGTAAAAATACTGGAGATATTCTATATTTTATATATAGGTTTATGTGTTGTTGGGGATGTTTTCATTGTGCTCTTTT 1201 GGACATAATAAATAATTCTCTATTGAGGCTACATTCTTTTTTTTTTTCTTTTTTTTTAAAAGAATGGCATCTCACTCTGT 1281 TGCCCAGGCTGGAGTATAGTGGCTAAGTCATAGCTCACTGCAGCTTCGAACTCCTGGGCTCAGGCCATTCTCCTGCCTCA 1361 GCCTCTTGAGTATCTAGGATTATAGGCATGCTCCACCACACCTGGTTAACTTCATTTTTATTTTTTGTAGAGATGAGGTC 1441 TCACTATGGTGCCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTAGACCAAGTGATCCTCCTCCTTTGGCCTCCCAGACTGCTGGGATCAC 1521 TGCACCGGCCAAGGCTGCATTCTTAACCCAACTAGATTGTTTACTGAATCCCATATGACAGCGATACATTGTCCTTACAT 1601 ATTTATTTTTAGACATTGCAAAGTTATTAAAAACAGTTAACTATAGTTTTTACACAACGTAGGCAACAATGAAGAGTATA 1681 GACTGTAAGATTTTCATCTATGACTCATAAATCTGGGAGAAAAAAATTATTAAGACTAATGAGAAACTGAAAACCTTAAA 1761 CTAATGAATATTATTTCTGCTGCTAAAAATATGAAACTTTCTGGTCTGTAGTTGAAATTTGTATGATCCTCTAGACTTGG 1841 GTATACTTTTCATCTGGTGCCATTAAAGCATCTCTAATATTGATCCTAAATATTTGTAAGTCCATGAGCAGTGAACTTTG 1921 GAATAAGTTTCTGTGTAGATACCCAAAGTTTAATAATTATGAGAGCACCTGATTTGATAGACAGAAAATACAGTTCTTTA 2001 GTCAAAACACAAGATCTGAATTTTGTTCAGGTGCTAGACCATACTAAATGTATATATTTTTAATTATAGTGATTTGTTTC 2081 ATTTTTTTAGATTGGCTAATTCTGTAATTTTTTCCCCAAAAACATGTGAAGAAAGGAAAAGTAAATTAAATTCCTTAGAA 2161 CTGTTTTAGGTTAAGATTCTCTGTGTCTGCCCATATTCTGCAGTCCTTAACTTGTTTTCAACTCTTTACCTCACTCATGA 2241 ACTTGTTTTTACCCATTTGCTGCCAAACATAGGTGTGTTCCCTTCAGGAGAATCAGCATATACAGGTTATGATAGGCTCC 2321 CACCATTTATGCTTCTTCACTGATAGGGTTGCATTACTTTCTGCAGCAGACTATAATACTTCATATAGTACTGCTGTGTC 2401 TCAACTGGAAAGGTCAGGAATTTTAATGTTACGTTGTGGTCTTTGAAAACTGTTAGGCCTAGCAATAGATAAATCTCAAA 2481 ATTAATTTTAAAATCTGTATTGACAAGAATAGGTAAAATTATGACCAGGAATCATTGTTACCCTTAGTTCCAAGAGGTGG 2561 TTTTTGAAAGAGCAAGAGGAAAGAAAAAAGAAAAGAAGGAAAGAAGAATAAAGAAGAGAAACGTGTAAGAATGGTTTGCA 2641 GATTGATTGGTTAAAAGTGTTTTTAGCACATCCCCAACCCTGAAAACTTCGCATTAAGAGCCAAGCACAATGTTGGTAGC 2721 TCCAAGATATTCTGACTGTGTTCTCAGAATGAGGGATTACCCATCACTGGGTATTCCTTCCCAAGTAGAAACTTTAGATT 2801 TTCACTGGTAATACACATTGCCAAGTTTTATGGGAAATCTGAATATACTGTGAAAATGCATATCTGGTTAGTTGTCTGCT 2881 GCCCAGATCTTATCAATACCAGTAACTAACCAGTATTTAACATAAAATGATACAAATAAAGGCCTTTTTCTATTTCAGTG 2961 AGGGTACATTTTTCTTGATATATATGTACTTTAAGGATATTGGATCTGTTTATGGATCTGTTTTAGGAAACAGATTTGCA 3041 AGGGATAATTGTATATATAGTAGTATTTAGGTTTATTTCAAATTCATCTTAGGGATGCCTAGATGCATAATTTTTACCAG 3121 GACATATTGAAAATATTGCAAAGAGATAGCCAGTTATATTATCCCATTCATTAGAAATTACCAGTGTAACTAAACATAAA 3201 TATTCCAGTTTAGAGTGCTTAAACGTAGCTATCTTTCTTAAGGCCAGGAGGGTAACTTTGTGGTATCTAAAGGGCTTAAA 3281 TTTCAGAATGCAGAATAAATTGCCTTTTTAAAACCAAGCATTTTGTACAAGCTTTTATTTTCAGTTTTTTAACTACCAAA 3361 TAGGTGTGATGTACTTTAGAAGTAAACAAAGATGTTCACCCATGATAATGGATGTTAAAGCTCCTGCAGTTGTTCTTTTC 3441 GTGTTTAAAGGGTATATTCTAATAGTGGAAGCATCAAACATGTCAGTGATTTCATCTCATTCAGAAATAAAGAGATTAAT 3521 ATTGGTCTTTATTTTTTGGCATTTTAAGTTTTATATAAATGGATGCAGATGGAGATTATCACCCACAAATATATTTAAAT 3601 GGATTTTTCTTAATTTGAATTTCAAGTAATCTTTTTATTTCAAGTAATTAGTTACGCATTTAGTTACATTGCCAGTTTTT 3681 TTTTTTTATCAATTTCAGTAAGACAAAATATACTAAAATGTTTAAATAGCCTCATTCAATCTTACATTTTGACATTTCAG 3761 CAATCATTCTGGCTTACAGTAATTAGATCCCCTGTTACGACACATGCCCTTTGTTCTTAATAACTAGCAAAAAAAAAAAA 3841 AAAAAAAAACTTTCATCTTGTTAAAATACTTTGCCAAATGAAATAGACTAGTCAATACATCTGATGTCCATAATTATTGG 3921 TAACTCAGTTACCTTCTAACTAATAGGCTGGTTCAGGAGACTCTCCCAGTTTATAAATGGTTCTCTTGGGAGCCTTTGGA 4001 AGCTGTATTAAATCTTTCAGTCTTTTATTTCTAATTTTTTCTCTTAATCTAAATAGAGGCCAGTTATCTATTTTATCAGC 4081 TTTTATTCTTGAAGATTCTCAGATTATGTTTTAGTCCCTTTTAGCTTTAATAGTCCTTGAAAAATACATTACTGTATAAT 4161 GTGGCAATTCTGTAACAGAGACTTATTACTTGAATGAATAATCCTAAAATTTTAATATTTTAGCTGAAGTTTGAGATTTG 4241 TGGAATGAACAAAAGAATTAGAAACTTTCATATGTTACTTTGTTTCAGTCATCTGCAAAGTATGAAGCTGTAATTCTGAA 4321 ATACACATCCAAGTGAATGAGAATTAAAAATTTTCTAAATATTAATACTAACTGGGAAAAAAAAACTAGTGTGAAGTTTA 4401 CAGTTAGAAGAAACAGACCCAAAGTTGCCAGAAGGTAATAAATAAATGTAGTTTTCACTGTAAGTAAGTTATTGACGTAA 4481 GATGCTTTATTTGTAATATATTTAGATTTTGAAAGTTATTGAGAGATGAATGTATAAAAGCTAAATTTTCTTTTCTGAAG 4561 CAGTGAAACAAAATTGGGGTAACAAGGAAGCTCTGTTGTGGCAAACATGTCTATGAGGAATATTAAAACTAAGCATACTC 4641 CCACAGGCTTTAAACTCAAACTATGAACATTTAAATTAAGTTGTTCCTTATTTTGCCTATACCCATTTTTATCTTTCATT 4721 GTCGTTTTTGCTTGACAGTATGGTGACAGAGTATTTTTATTTGGAAAGTCCTCAGCAAGATGAATTAGCCAAAAGCAATA 4801 ATGGTTCAGATTAAACAATAAAGTGGAATTGATTCAATCCCAGGCTCAACTAAGAACAGTCGCTCTCTGGATGTTTCATT 4881 TTAGACGATAGATAAGTTGAGATGTTGTAATATTTATGGGGGGTTAAGCCTGTGTCAGTTATGGGATGAAGACTTGTAGT 4961 ACCAGTACCATCAGTGGTCATACTTTTTTTTAACTTTTTACTAAACTAATACAGTTAGACATTTCCACTCTATCGTGATT 5041 ATATTTTTATGATGGGAAAATAAAAACACTTCCATGTTTTTATAAATAGTCTCTGCAAAGATTTCAGATGTTATTGGTAT 5121 CTCGGTTTGGCAGTATCTGAAAAATTGAGATTGTCTTTGAAATGTTTGTGCTACTTTTACTTAAGTAAACCCCCACTGTG 5201 CAAGACCCAGGCCGGCTTCAGCTAATACCAAGGTTTCTGTGTGCATAATAGTTTACAGAGAACTTAAGAGTAAGGACTGC 5281 GGATTAAAAACAAAACTTTTTTTAACTTTAAAATTTTTAGTTTTTGTTCAAAGTACCTGGTTTATAAAGTCAAATTCTTT 5361 TATTAGTTCCTTTCTCGTTTAAATTGACTGATGTTGCTGATGAAGCTTAAAGTCCCAGGCACGGTTGTGGCGATATACTG 5441 ATAAAATTGGTGCCTAGTGGTGGGAGGAGCTCCAGTGTCAGGACTTTTATTAAAAGGCCCTTGTTTTCCCAAATGCCAAT 5521 CTAGCCACATTTAGATTTCATTATTCAATAAAACAGATGAAAAATCATCCCATAAATGAATGTTGAGGTTACCAAAGTAC 5601 ATCACCTGCTGAGGAAGGATAAATCTTCCTGCTTTAAGGGAGCCCTGTCATCTCTCCTCTTAATGCACGTTTCCCTTGGT 5681 ATTAGTGGAAGCTGTGTTCAAGATGGGAAGCCTTTCCTGCAGTTCTTAGAAACACCTGCTTTCTAAGGAGAGCCTTTTCT 5761 AGGATTAGCTTATGTGTGTTTTCTCTAGGCGATTTTTTATTTCAGTTACCAATTTAATTTTCAAGTTGACAGATGCTGTG 5841 TAAAGTCTCTCATAATGAGAGTAGTCCATTAAATTGTTGAAAGTTGCACTGCTTTTCATCTTTCAGGTACCTGAAATGAG 5921 TGACATCAGGTATTTGGAAGGAGTAAGATCATAAACTGTATTCATTTTCTTCCTTGTACAAAGTGATGACTTCTAATGCT 6001 TATATCTCAAGGTATTTTTTAAAAAAGCAACGGTCCCTAATAGAGTAAAATTTGGTTTTGGTCCAAGTTCCCAATAATGT 6081 ATTTAATGTTTCTGTTGTTTACTGGTGCCTCCCGTTGCATCAGGTAGAGATTGCCTGCCTCTTTGTAGGGCAGCCTTGTG 6161 GCACCTTATGTCCAACTTGGAGGATAGTATATGGCTTCTTTGTGCCTCTACTATCTTTTCAAAAGCCATTTTATAAAAAT 6241 CCTAGGTAGCCTATTTTAATATTTAAATATATATATTTGTGAAAGAACTTTTAGAACAGACCTTTTCTTTTTACTTTAAA 6321 ATTCCTGTATTTCCATTTTTAAGAGTAAATTTAATCTCCAGGATTTAGAAGTGTCTTTCCAGAGAAGCATAATGAGAAAG 6401 TCAGACTGAGGTAATAAGACCAGAATTAAGTGATAGAAGAAACTGTTGTTTGGTTAAAGGACACAGATTTGAAGGAAAAA 6481 AATTTTGATGTAACAATTTTTTAAATAAAATTTTGTTTTTCTGTAATGTCATATTTGCTGCTACAGTAGCTCAATATTTT 6561 ACAGGGCTAACATAAAGCTGGCTCCATTTAAAAACTGGAGTACTTCCTAGTGCAGCCAGCCTAGGCGGAAACTGTACACC 6641 ATGGTCTTCCAGATGGGTGACTGATGGCTTTGGGTAGCTGATGCATGCTTTAATATTTGCCTATAGCCCGGCAGCAAGGA 6721 AGTCGGGGCGGGGGGACTTTTTTACCCTGCCAGTTATAGCATTGTGATTCTTTCTGGGCACTGGCATTTTGTGAAACTCT 6801 CAAGGGAAGGTGATGCAGGGGAGAAAATGTGAATTAAATTACATAGATGGGTGTTTTTATGTCTTCTACCCCTTTCCTAG 6881 AATTAGTACAACTCTTAACTGTGCCAGTCCCCAGTTCACCAGCTTTGTATCCAGTCGTCATCTCATTCAAGTATGGCTTT 6961 ACTTGGTGACACTGGCCATAGCTAAGTTAACTTGGCATGTTTGACTTTTGACAATAACAAAAATGGTTTTGGATTTTGTT 7041 TTATTTCCAAAAAATGTATACAATATCAGAACTTCACATTTTATATACTAGTATCTGGCTATTAGTATTTTACAGGAACC 7121 ATAGTTCTTGGTGACTACATATATATATATATTTTTGTGACCTTTTTTGTAAACTAAGTGCCGTTTCAACGTTACAATCA 7201 TTTTTAGGGTTATTGTAATCAATGTGAATATCATGTTTTTTCAAATCTGTTCTGAGCCTATAGTGTTTGCTTTGTGAACA 7281 TGTGTATTGTATATATTCTGTATAGTTATATTGTACTGAAATTAGCTTGTTTGATATAAGGAAAATATGTATTGAGTACC 7361 TTTTTGCTAGCCTGATTGTTTAATCTTTTTAAAAAAGGTTTAAACTTTTTTTAAAAAAAAAATCTTTAAACTGGCCTTTA 7441 TTACATGGTCACACATAAAGTTGCAGTTAGGAAAGGGATGGGCAGGGAAAAACTAGTTTTGAGTGTCTTTAGATAGAAAC 7521 ATGAGACTAAGGTTTGATTTTGTTTTCGTTTTCTCATTAAAATATCTTATGCTTTATGGAATAAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | HEK293 |
Disease | 29068.0 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
"PAR-CLIP data was present in GSM714647. RNA binding protein: AGO2. Condition:mildMNase
... - Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al., 2011, Nature methods. |
Article |
- Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al. - Nature methods, 2011
Cross-linking and immunoprecipitation (CLIP) is increasingly used to map transcriptome-wide binding sites of RNA-binding proteins. We developed a method for CLIP data analysis, and applied it to compare CLIP with photoactivatable ribonucleoside-enhanced CLIP (PAR-CLIP) and to uncover how differences in cross-linking and ribonuclease digestion affect the identified sites. We found only small differences in accuracies of these methods in identifying binding sites of HuR, which binds low-complexity sequences, and Argonaute 2, which has a complex binding specificity. We found that cross-link-induced mutations led to single-nucleotide resolution for both PAR-CLIP and CLIP. Our results confirm the expectation from original CLIP publications that RNA-binding proteins do not protect their binding sites sufficiently under the denaturing conditions used during the CLIP procedure, and we show that extensive digestion with sequence-specific RNases strongly biases the recovered binding sites. This bias can be substantially reduced by milder nuclease digestion conditions.
LinkOut: [PMID: 21572407]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM4903833 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / CTL_TD_21_a |
Location of target site | NM_014155 | 3UTR | AUGAAACUUUCUGGUCUGUAGUUGAAAUUUGUAUGAUCCUCUAGACUUGGGUAUACUUUUCAUCUGGUGCCAUUAAAGCAUCUCUAAUAUUGAUCCUAAAUAU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM4903834 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / CTL_TD_21_b |
Location of target site | NM_014155 | 3UTR | AAACCUUAAACUAAUGAAUAUUAUUUCUGCUGCUAAAAAUAUGAAACUUUCUGGUCUGUAGUUGAAAUUUGUAUGAUCCUCUAGACUUGGGUAUACUUUUCAUCUGGUGCCAUUAAAGCAUCUCUAAUAUUGAUCCUAAAUAU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 3 for dataset GSM4903835 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / CTL_TD_21_c |
Location of target site | NM_014155 | 3UTR | UAUGAUCCUCUAGACUUGGGUAUACUUUUCAUCUGGUGCCAUUAAAGCAUCUCUAAUAUUGAUCCUAAAUAU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 4 for dataset GSM4903836 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / 124_TD_21_a |
Location of target site | NM_014155 | 3UTR | GUAGUUGAAAUUUGUAUGAUCCUCUAGACUUGGGUAUACUUUUCAUCUGGUGCCAUUAAAGCAUCUCUAAUAUUGAUCCUAAAUAU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 5 for dataset GSM4903838 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / 124_TD_21_c |
Location of target site | NM_014155 | 3UTR | UUAUUUCUGCUGCUAAAAAUAUGAAACUUUCUGGUCUGUAGUUGAAAUUUGUAUGAUCCUCUAGACUUGGGUAUACUUUUCAUCUGGUGCCAUUAAAGCAUCUCUAAUAUUGAUCCUAAAUAU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 6 for dataset GSM714647 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / mildMNase, repB |
Location of target site | ENST00000525842.1 | 3UTR | AUCUCACUCUGUUGCCCAGGCU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 21572407 / GSE28865 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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