pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-4695 |
Genomic Coordinates | chr1: 18883202 - 18883275 |
Description | Homo sapiens miR-4695 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-4695-3p | |||||||||||||||||||||
Sequence | 51| UGAUCUCACCGCUGCCUCCUUC |72 | |||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | |||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | SAMD5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | dJ875H10.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | sterile alpha motif domain containing 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001030060 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on SAMD5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of SAMD5 (miRNA target sites are highlighted) |
>SAMD5|NM_001030060|3'UTR 1 ATATCATTTTTGAGACCTCGTGGAGGACTGATGAGGTGCCTGAAGACTGGAAAAGGGCATATTTAGAACCTTCTTTCAAA 81 AAGGGAAATGGATGATGACCCTGGAAATACTCATCAGCTTAACTTTTTGCTTGGACAAATTCTGGAATAATCAACTTAGT 161 AAACTGGGTAACTGGCTTATAACAGCTAGAAATAAGGCAGTGAACTATCACGCATAAAGAAGTATTGAGTTCATTTTTTT 241 AAGAAGATATCATGATGAGATACAGTCTTATGCATTTCTTGGCATTCTCCCTTCCATTCTTAATGAAAACAGATGAGGTT 321 GGCTAAGGCATTTGAGTCATAACTTAGTTTAAGTACAATATAACAAAAAGGTAGATTTCTGACAGTAAGTAGTAATTATA 401 TTATTTCCAAATTTGCTTTTAACTTGAGAACAGTAGCTTTAATTTTTATATTCAAGCATACATTCTACTTCATTTCATAT 481 AGGACCATGTTTTTATAAGATAAGATACATAATTCTATGTAGAATAGTTTGGTGAAGGAATTCTTATTTTAAGGTGCTTT 561 TATATAGTTATTTTGTATATTGGTACAATGTTAAAGGTGATGAATTAAGGAACATCACCAAGAGAGGACAATTTCTTCTA 641 ACTTCTCTTTTTAAATTTAATCTGGCTGAGGTTTAGTATTAGGACTAATACAAGTGTCTTGCTCTGACATGCATCAAGCA 721 AGAGCTAGCTATTTTACTTCATAGCTAGTTTCTTGCACTCTGTGGAGACTGCCAGGGCCGCAGCTCACAGCCTGTTCTGA 801 GCTGCAGTGCTTTATCCCACCTTGCTCTCCAGGCTTCTGACTTCAGGCCTGTGGGGGCCGGGAGGTGGGCAGCGGCAGTG 881 GCCTGAGGAGCCCTGTAGAACTACGGCTGAAAAAGAAAGTAGATTGAGGTGGGGGGAGGAAATTAACAGGAATCTAGAGT 961 TTTTCTAATTCTTATCGTCTTATCGTTCTTGTGTTTGGATGCTGGTAGTTTTTTTTTTTTTAGACAGAGTCTCGCTCTGT 1041 CACCCAGGCTGGAGTGTAGTGGCACAATCTTGGCTCACAGTGACTTTCGCCTCCCAGGTTCAAGGAATTCTCCTGCCTCG 1121 GCCTCTTGGTAGCTGGGATTACAGGCACGCATCACCACACCCAGCTAATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTT 1201 ACCATGTTGGCCAGGCTGTTCTTGAACTCCTGGCCTCAAATGATCCACTCGCCGTGGCCTCCAGTAGCGCTGGGATTACA 1281 GGCGTGAGCCATCACACCCGGCCTGGATGCTGGTAGTTTTATTTTCTGCTTAGAAAACGCAACCATGTTGATGGGACCAA 1361 AAACTTAGTTGAAAGAAGCCATGGCAAAAGATGTTGACGTACAACTGGCTCCTGAGGCTGTCAATTGTTTAGAGCTCCCA 1441 AGTAGTACTGCATTACGGAATCTACTACTTAGAAGAATGTACAAGATGTAAGTTCCCATCGGCACCGTCATGGTAAGAAG 1521 AATAAGAAACTCTCAAAGGAAAAGAAACTTACATTCACTTTTTCCTGGTCCATTTTGGTTCCTAAGAATAGATAGGCCAT 1601 TAAGAAGGATATTAGGTTTCTAAGGACAATTTTAACACAATACTGCTTTAAAAATCTGAAGTTTAAATAGTTTAGCTATT 1681 TCTGTAGGTTAATTCAGGCACTGACTAAAATCAGTCTCATTATCATATACAAATGTAAGGAAGTTAAATTTTAAAAGCAT 1761 GTATAGGTTGTCCTTAAATTATACAAAAGCTTTTAGTTTCATCAGGATTATATTCCAGTTAACCTTTCATCTTTTTTTTT 1841 TTTCCAAATGAACTAGGGTCTTTAAAATTCCTAAGTAGATTCTTTTGAGTGGTAGGGGAGTCTGTATAGATTACAGATAT 1921 AATTTATTGTGATAACAAATGGCTTCCTGTTTGACCTCATTTCCAGGTGTCGCATCCGTGGCTGATTTATTTCACAGATG 2001 TACATTTGCATGTACTTGTTGAACTTTGCTAGGAAGGACTCAATTTTTGAAAAATCTGTTATTTTCACTGTGGGCCTTAT 2081 GAGGCAATCTACTGCAATGGAAAAAGGGTTCCTTGGTCATTTCAAGTTTTATTTTCTATTAGAGTAATATCTAACTTCAA 2161 TTATTTTGCCAGGTTTAAACCTTCTCTCTGTGTCTGTGGTTAGAATTTGAAAATAACAATGCTCTGCTTAAAGTAAGAGT 2241 CACAGTCAGCAAAAAAAGCCAATGGATTTTAAAAAGACATCTTAGTTAAAGCTAGAGGAAGAAAACTTCAAATAAGCAAA 2321 GAAGTATTGAAGGATGCCCACGAATTCCTTTGCATTAAAATCAAGATGAGGTAAGAGGTAGAATATAAGAGAAAGGGATT 2401 ATTTTTACCATGAATTGTATCTGGGGACAGTTAGTCTTAGAAGGAGTAATTTTTTCAGCGTTTTTCCTCTGTATCTAAAC 2481 ACCAATAATATACTTAATTTTTGAATATAAAAGAAGTAGCAATTGACTAAGAATAAATATGTTATAAAAACTAGGGGATT 2561 ATCTTGATTTACATTTCCTAGAGTATTAAAAGAGATTAATTACAGACTTTCACTTGATAATATTGAGGAGTCTGGAGGGT 2641 CATAGCAAAATTTTCTTTAGTTCATCTTAAAATTTAGGGAGGTAAAAAAAGATTTTATTCACATAAAAGATTTCTTGGCA 2721 TAGGGAAGGCGTAATGTTAAGGGCTTCTTCCTTACCCAAGTGGGAGCTGAACCAGTAATTGTGGGGAAAACTGAATTTAT 2801 AGCAACAAAGGATAGTAGTTTCTCAACTGGGAGCATACGAGCAATTTCTCAGTTCAGAGATATTTATAGCATCTTGGTGT 2881 TATGCAATAAACAATGACAACAACAAGCATTGAGCTTTCACTTTGGAGTTACTCAGATCTGAGTTTAAATTCTAAAATTA 2961 TTCTAGTAGTATTTTCCTGCGGTGAATCTGTTAAGGATGTAAGCTATAGTGTAGCTTGGGGAATCATCTTGAACAGTTAT 3041 GAAACTCATTAAAGCTTCTTTTCCCTTGTCTGTAAAATGGGAAAAATAAATACCTCTATAGCTCTTAAGAGGCTTAAGAG 3121 TTCTATGGCTTACACCCACATACAGTCCTTGGCTCAGTGCTAGGCATGTAGCAGGTGCTGACTGCCTCTCTCCCTTCCCT 3201 TCTTTACTCTCAGTTGTCTTATTTCTTCTTATGCAGAAGAGATTACCTTAAAGCTGACTAGAAAACTCAGACATAAATTG 3281 ACATTTCCTTATCATTGCCTGAAACCCACTGAATAAGTCCCCTTTGATTTCTCTCAGGAAGGATAAAAAAGGCTACAGTA 3361 CCTGCTCATAGGAGTTCAGTAAATGTTTATTGATTGAATGAAAAGAATTTGATTTAAGGAAACAATAACACTCCATCCTG 3441 GGCAACAGAGCAAGATCCCGTCTCAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAGCAAATTCATAAAGGCCAGCAGTTTTCAAG 3521 TCTGGGGAAATAGGCACATGGACAGATTATATGAAGGTATTTCATTAGCTTTCTTCTCTTTATGGCAGCTTCAGATTGAT 3601 GAATTTGAGGTACAAATGAGTGAGTGACATATGTATATTTTCCTCTGATTTTATGACTGATTTACAAATTAGGAGTGCAA 3681 ATGGGCTGTTCCCCGATAGCATCTTCTGGGAAGAATCCAACCAAGATACAAAGCAGATGATGGTGGATCGGCAAACTCTT 3761 TTCTATGAAAAGAAAAACCAGATATACCAGGGACTGGAAAGCACCTGCTTGAAAATTGATATGAGCATGTCTGAATTTTT 3841 CCCTTATAAGAGCCTGAGTATTGTAACAGGTCTCTTGCACAGGGGGTTGAAAAATAAAAAAAGAAGTTAACATAATTAAA 3921 ATGCTTGGACAAAACATTTGCTTTATATAGATTCTTACAAGTAATATTTGATTAGGTATCAAAATAGGTTTAGGCAGGTG 4001 GAAGTTCTGAATTTCAAGGCAAATAAGGCATGAAGGGTGGAACATTGCATCTAGGGAAAATAAGAGAAATAAGTGAAAGT 4081 CTGACCCTACATTGCCAATTCTCAGACCAAGTACAAAGTATTAGGAATTTTTTATATCAGCTGACATCTTGTGCTTACAG 4161 TAAAGCCATATAGATGCACACATAGTGACTTTATTAAATCAAATGAGTTGTGCAGAGCAGAGCAAATCTATTAGGCTTTC 4241 TCTTTTAGAGTTTTCTAATTTTACTCTTATTAGCTCCCTCAGTTGTCATCAATTACATATTCCTACATCAGATATTTTAC 4321 ACTATCAGATTCTTTGATTAAAAAATCATCTTCAGCTTTACATTATTAATCTCTGAGGACATAAAATCAAATAACTTTCT 4401 AGTCCATGATCATTAATCCCTACTATTTTAGATATTTCCATAAAAGGCTTAAAGGGAAAAAAAAATGGTAGGTAGTTCAG 4481 AAAAAAATGGCTGGGCACGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGGGGTGGGCAGATCATTTGAGGTC 4561 AGGAGTTTGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCTGTGTCTACTAAAAATACAAAAAAAATTAGCTGAGTGTGGTG 4641 GTGTGCGCCTGTAATCCCAGCTACTAAGGCAGGAGAATGGCTTGAACCCAGGAGGTGGAGGTCGCAGTGAGCTGAGATCG 4721 CGCCAGTGCGCTCCAGCCTGGGCAACAGAGTGAGACTCTGTCTAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAAGAAAAAAGAAAAATTG 4801 AAGAACATAACTTTTCTACTTATGAAATAGATAATTTTTTAAAATTGTTTAAACTCCTGGAAATTAAGTGTTATTTTTTA 4881 TTACTGCAGTTGAGAGATACCTTTTCAGAGGAAAACAAGAGGCTAAATTCCATGTTAAGAGCTAAGTAGTATTTTTTTCT 4961 TAACAATTTTGCCAAAATTTCTTCTACTGGACCAAAAGGAAATAAATCTACAATAAATCTACTTTCTAAATATTATTTAA 5041 GATGGGAAATGTCTTTTATAGGTATATTCTGTATAATACCCTTAATTAGATGAATTATCCCTTATCATTCCAAAAATGAA 5121 ATGCTGTGTTAAATATCTCCAGGGCAAAGTGGTATGTTGACTGGGACAAACGTTAGAAATTGTATTGTTCATTGCACTTG 5201 TTGCCCTGTTCCCCAAGCTTGTCAATGTTTAGAGATACTATTCGGGTTGCTAAAGCCATTATTCATAGAAAATTTCTGCC 5281 CCTACAGAAGTGTGTGCATGGGCCTTGGAAAATCTACATGTGTATATCTGAGTAGCGAAGCACAGATTCACTCTAATTGA 5361 AAGCAGCAGTTTGGTTTTGTAAATGTAATTGCAATTGACACTTTCTTTTCCCTTTCAGTTATTATTTTTTTTAAAGGACG 5441 TTATGAGAAGGCACTATGAAAAGCCTAATTGGAATAGCATTATGAACCATGTAATGCATGCCCATGCACACTGTGATTTG 5521 CAAACATATGTCCGCTCTTCAATAAATGTTACGGCTTTCACAGCG Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | HEK293 | ||||||
Disease | 389432.0 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
"PAR-CLIP data was present in GSM714646. RNA binding protein: AGO2. Condition:mildMNase
"PAR-CLIP data was present in GSM714647. RNA binding protein: AGO2. Condition:mildMNase
... - Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al., 2011, Nature methods. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al. - Nature methods, 2011
Cross-linking and immunoprecipitation (CLIP) is increasingly used to map transcriptome-wide binding sites of RNA-binding proteins. We developed a method for CLIP data analysis, and applied it to compare CLIP with photoactivatable ribonucleoside-enhanced CLIP (PAR-CLIP) and to uncover how differences in cross-linking and ribonuclease digestion affect the identified sites. We found only small differences in accuracies of these methods in identifying binding sites of HuR, which binds low-complexity sequences, and Argonaute 2, which has a complex binding specificity. We found that cross-link-induced mutations led to single-nucleotide resolution for both PAR-CLIP and CLIP. Our results confirm the expectation from original CLIP publications that RNA-binding proteins do not protect their binding sites sufficiently under the denaturing conditions used during the CLIP procedure, and we show that extensive digestion with sequence-specific RNases strongly biases the recovered binding sites. This bias can be substantially reduced by milder nuclease digestion conditions.
LinkOut: [PMID: 21572407]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM714646 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / mildMNase, repA |
Location of target site | ENST00000367474.1 | 3UTR | GAACCCAGGAGGUGGAGGUCGCAGUGAGCUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 21572407 / GSE28865 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM714647 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / mildMNase, repB |
Location of target site | ENST00000367474.1 | 3UTR | AACCCAGGAGGUGGAGGUCGCAGUGAGCUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 21572407 / GSE28865 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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133 hsa-miR-4695-3p Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT271431 | ETNK1 | ethanolamine kinase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT287899 | ZNF652 | zinc finger protein 652 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT405482 | ARID1A | AT-rich interaction domain 1A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441675 | CXXC4 | CXXC finger protein 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442163 | ARL10 | ADP ribosylation factor like GTPase 10 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442924 | TFDP2 | transcription factor Dp-2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443908 | ZNF256 | zinc finger protein 256 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT444792 | TMEM251 | transmembrane protein 251 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT447161 | MFSD8 | major facilitator superfamily domain containing 8 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT452992 | CABP4 | calcium binding protein 4 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT454347 | CDKL1 | cyclin dependent kinase like 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT461937 | TNFSF14 | TNF superfamily member 14 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT462299 | PPM1H | protein phosphatase, Mg2+/Mn2+ dependent 1H | 2 | 2 | ||||||||
MIRT463127 | ZNF451 | zinc finger protein 451 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT469460 | REL | REL proto-oncogene, NF-kB subunit | 2 | 6 | ||||||||
MIRT470528 | PPIF | peptidylprolyl isomerase F | 2 | 2 | ||||||||
MIRT473758 | MAP3K9 | mitogen-activated protein kinase kinase kinase 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT482910 | ZNF845 | zinc finger protein 845 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT497070 | GTF2H5 | general transcription factor IIH subunit 5 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT497169 | EPGN | epithelial mitogen | 2 | 2 | ||||||||
MIRT497196 | DRP2 | dystrophin related protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT514518 | SHISA9 | shisa family member 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT516415 | COPA | coatomer protein complex subunit alpha | 2 | 2 | ||||||||
MIRT525259 | TLK2 | tousled like kinase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT525804 | SOD2 | superoxide dismutase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT533723 | TMEM246 | transmembrane protein 246 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT540226 | SAMD5 | sterile alpha motif domain containing 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT566417 | PIM3 | Pim-3 proto-oncogene, serine/threonine kinase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT572422 | PTGES3L | prostaglandin E synthase 3 like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT575206 | Entpd4 | ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT575327 | Fbxo6 | F-box protein 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT575383 | Ang | angiogenin, ribonuclease, RNase A family, 5 | 2 | 3 | ||||||||
MIRT607069 | POM121L7 | POM121 transmembrane nucleoporin like 7 pseudogene | 2 | 2 | ||||||||
MIRT607660 | BTN3A2 | butyrophilin subfamily 3 member A2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT607845 | PHLDA3 | pleckstrin homology like domain family A member 3 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT607935 | ANG | angiogenin | 2 | 3 | ||||||||
MIRT608144 | SYAP1 | synapse associated protein 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT612151 | SIX1 | SIX homeobox 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT615709 | MYO16 | myosin XVI | 2 | 2 | ||||||||
MIRT617556 | MTO1 | mitochondrial tRNA translation optimization 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT618062 | ZNF799 | zinc finger protein 799 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT618515 | SELPLG | selectin P ligand | 2 | 2 | ||||||||
MIRT618906 | CDK9 | cyclin dependent kinase 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT621160 | RTTN | rotatin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT624169 | DGKE | diacylglycerol kinase epsilon | 2 | 2 | ||||||||
MIRT624953 | SERF2 | small EDRK-rich factor 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT625465 | ZNF135 | zinc finger protein 135 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT627786 | RAB11FIP1 | RAB11 family interacting protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT629274 | CD84 | CD84 molecule | 2 | 2 | ||||||||
MIRT629311 | ZNF566 | zinc finger protein 566 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT629569 | FAM180B | family with sequence similarity 180 member B | 2 | 4 | ||||||||
MIRT629667 | USP1 | ubiquitin specific peptidase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT630486 | DHTKD1 | dehydrogenase E1 and transketolase domain containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT631017 | DNAJC22 | DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member C22 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT631192 | TSPAN14 | tetraspanin 14 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT631970 | YIPF5 | Yip1 domain family member 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT632246 | VPS41 | VPS41, HOPS complex subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT632890 | GINM1 | glycoprotein integral membrane 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT634499 | NYAP2 | neuronal tyrosine-phosphorylated phosphoinositide-3-kinase adaptor 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT635431 | LRP10 | LDL receptor related protein 10 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT636017 | GNPNAT1 | glucosamine-phosphate N-acetyltransferase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT636343 | PHAX | phosphorylated adaptor for RNA export | 2 | 2 | ||||||||
MIRT636657 | CDK4 | cyclin dependent kinase 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT637378 | HINFP | histone H4 transcription factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT637727 | EXO5 | exonuclease 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT638580 | HYPK | huntingtin interacting protein K | 2 | 2 | ||||||||
MIRT638611 | HIF1AN | hypoxia inducible factor 1 alpha subunit inhibitor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT640797 | HEYL | hes related family bHLH transcription factor with YRPW motif-like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT641965 | PWWP2A | PWWP domain containing 2A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT642621 | CDKN3 | cyclin dependent kinase inhibitor 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT643125 | FAM71F2 | family with sequence similarity 71 member F2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT643352 | TRIM10 | tripartite motif containing 10 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT643838 | PPP5D1 | PPP5 tetratricopeptide repeat domain containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT645613 | TSPAN6 | tetraspanin 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT647206 | NPTXR | neuronal pentraxin receptor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT649302 | IGSF6 | immunoglobulin superfamily member 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT650008 | KLB | klotho beta | 2 | 2 | ||||||||
MIRT650166 | USHBP1 | USH1 protein network component harmonin binding protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT650441 | CPXM2 | carboxypeptidase X, M14 family member 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT651906 | UEVLD | UEV and lactate/malate dehyrogenase domains | 2 | 4 | ||||||||
MIRT652158 | TRIM66 | tripartite motif containing 66 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT654719 | PRR11 | proline rich 11 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT654846 | PPM1K | protein phosphatase, Mg2+/Mn2+ dependent 1K | 2 | 2 | ||||||||
MIRT656063 | MTMR10 | myotubularin related protein 10 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT657240 | IDE | insulin degrading enzyme | 2 | 2 | ||||||||
MIRT657261 | HSPA4L | heat shock protein family A (Hsp70) member 4 like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT659504 | CIAO1 | cytosolic iron-sulfur assembly component 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT660210 | BMPR1A | bone morphogenetic protein receptor type 1A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT661075 | FFAR2 | free fatty acid receptor 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT662239 | PGBD4 | piggyBac transposable element derived 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT662336 | MYLK3 | myosin light chain kinase 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT662449 | SEMA5A | semaphorin 5A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT662740 | LRRC3C | leucine rich repeat containing 3C | 2 | 2 | ||||||||
MIRT663459 | FADS1 | fatty acid desaturase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT664177 | MYOZ2 | myozenin 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT664906 | PDE6A | phosphodiesterase 6A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT664924 | BHMT2 | betaine--homocysteine S-methyltransferase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT665528 | USP14 | ubiquitin specific peptidase 14 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT665534 | UROS | uroporphyrinogen III synthase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT666081 | SSTR2 | somatostatin receptor 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT666458 | SCRG1 | stimulator of chondrogenesis 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT668253 | FUT11 | fucosyltransferase 11 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT668722 | DIP2A | disco interacting protein 2 homolog A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT669551 | ALG14 | ALG14, UDP-N-acetylglucosaminyltransferase subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT670021 | TECPR1 | tectonin beta-propeller repeat containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT671098 | ZNF665 | zinc finger protein 665 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT671479 | FLYWCH2 | FLYWCH family member 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT671495 | SLC38A9 | solute carrier family 38 member 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT672908 | KRBA2 | KRAB-A domain containing 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT675102 | SNTB2 | syntrophin beta 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT676194 | GSTM3 | glutathione S-transferase mu 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT677349 | POC1A | POC1 centriolar protein A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT677551 | C19orf52 | translocase of inner mitochondrial membrane 29 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT677665 | UGGT1 | UDP-glucose glycoprotein glucosyltransferase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT677689 | SCO1 | SCO1, cytochrome c oxidase assembly protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT678246 | FITM2 | fat storage inducing transmembrane protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT678300 | GPR155 | G protein-coupled receptor 155 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT684176 | MOG | myelin oligodendrocyte glycoprotein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT688037 | GNE | glucosamine (UDP-N-acetyl)-2-epimerase/N-acetylmannosamine kinase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT689034 | ANGPTL3 | angiopoietin like 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT689618 | AKAP6 | A-kinase anchoring protein 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT691210 | KLHL30 | kelch like family member 30 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT692300 | CNNM3 | cyclin and CBS domain divalent metal cation transport mediator 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT703556 | FKBP14 | FK506 binding protein 14 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT709136 | GLG1 | golgi glycoprotein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT709392 | QRFPR | pyroglutamylated RFamide peptide receptor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT711949 | SLC7A14 | solute carrier family 7 member 14 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT712590 | ADCYAP1 | adenylate cyclase activating polypeptide 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT714007 | IL6R | interleukin 6 receptor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT714592 | CMBL | carboxymethylenebutenolidase homolog | 2 | 2 | ||||||||
MIRT716716 | SCN7A | sodium voltage-gated channel alpha subunit 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT718816 | PYGO1 | pygopus family PHD finger 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT719980 | MAPK1 | mitogen-activated protein kinase 1 | 2 | 2 |
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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