pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-4477a |
Genomic Coordinates | chr9: 41233755 - 41233835 |
Description | Homo sapiens miR-4477a stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-4477a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 48| CUAUUAAGGACAUUUGUGAUUC |69 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | PDPK1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | PDK1, PDPK2, PDPK2P, PRO0461 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | 3-phosphoinositide dependent protein kinase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_002613 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_031268 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on PDPK1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of PDPK1 (miRNA target sites are highlighted) |
>PDPK1|NM_002613|3'UTR 1 CGTGGCCTGCGGCCGGGCTGCCCTTCGCTGCCAGGACACCTGCCCCAGCGCGGCTTGGCCGCCATCCGGGACGCTTCCAG 81 ACCACCTGCCAGCCATCACAAGGGGAACGCAGAGGCGGAAACCTTGCAGCATTTTTATTTAAAAGAAAAGAAGAAAAAAA 161 ACACCCAACCACACAAAGAACAAAACCAGTAACAAACACAAAGGAATTCAGGGTCGCTTTGCTTGCTCTCTGTGCTCCGT 241 GGAGGCCTCCGTGTGCCCTCGTTGCCGTGGGGACCCAGCTCCATGCACGTCAACCCAGTCCCGCCCAGACTAGTGGACAG 321 ACCTGGTGTCACCAGTTTTTCCTAGCATCAGTCCGAACCATGCGCCCGCCCTGCCCCAACTGTGTGCTGGTCCTGCTGTG 401 GCCGAGGGGACCGGGTGTGTTTGGCTCTTTATGCCCCTCCCGCTGTGGTCCTGGAACTCTTCACCAGGGAGGGAGCCCTG 481 CGGGGGCCGCAGCTTTGTGGAGGGAGCCGCCGTGCTTCTGTCACCTGCTCCCTTTCTTGCGTCTCCCTGTGATGGGCCCT 561 TAGGCCTGGCTGGGCCCATTACATATCCCTGTGGTGGCTCTGGTGGCAGCTTTCTGTGGCCCCTGCTGTGTTGGCAGGCA 641 GGTTTGCGTGGTGAGGAGCGGGAGGGGTTGGAGTGGTGCGGGAGCAGGCTGCCGAGTGGAGGGTGCCATCGAGGGCTCCG 721 GATCCCTTATCCTACTTAGCAGTGTTGGTCTCTGGGGCTGGAAGCCGAGCGCATGCTGGGAGCGGTACTGTCAGAAGTGA 801 GCCCAGTTAGTACCCCGCTGGCTCACTGCACGAGAGAGTCCTGCCCCGAGCCCTAGGTGGGGCCAGGAGGTGCCTTGGAG 881 AAGCCAGCCAGAGCAGAGAGGGCTGCTGACTTCCGTGTGGAGCAGAGAGGCCTGAGGGCCTCCTAAAAGGTTTAAATGTC 961 CACGCCTCTCCAGTTGCTGAAGTAGGGTCTGAGAGAACCCTGGCATCAGCAGACCCAGGGTGCTTCTGTCTCCTGCAGAC 1041 CACGCCAGGGAGTGCAGACACCACCGTCACACACGCCCCTTTTGTGTTTTGGTTCAAGTTTCTCAGAGCCCCTCAGAGCT 1121 TCTACATCTGTGCATCAGAAATCTCACAGCCTTCTCATGCTGCCGGCTCATCTGGGCCCATAGAGTGGGCTTTGCCAGTT 1201 GCTGTTGCACAGGAGGCGAGAACAGCACACTTCAACCCCAGCTTGCTGGTCGGCTTTCCTCTAGAGAGAGCCGGTTTTGG 1281 GGCCATTTCCCTTTGATGCTTTGGTGGCCTTGCCCCGCTCTGCAGCACAGACAGGCCAGATGCATTTGTCCTTTGCCTAG 1361 CTACTCCCCAGGTAGAGAGTGCTCCTGGTGGCCTGGCAGGTCTGGGCCCTTCTCTCCCTGCCCAGGTTGTCCCTGGAGGG 1441 CAGCCCTCACTCCCTTTGGGGGAGAGGCAGACATTGCTGCCCACAGACCTGCCTCTGACTCAACTGTGTCCACCCTCCCT 1521 GGTCCCTACCCCCAAGTCACAGGTGACTCAGCAGTGACCCTGTGTGCCAGGCCAGATCCAAACTGAGAGGGAAGGTGTCG 1601 TTTTTACACTGCTAATGACGAGAGTGGCTCTTTTTAGCTAGGCGAGTACAGACGGGGCCTGGGAGGGGGCAGAGATGTTC 1681 CCCAGGCCCTGCCTGTGGTTCCTGCCTGGGCCTTGGCTGCTGCTGTGTGAGAGCTGCATGTGAGCCTGTGACCGTGAGCT 1761 GGGGTGAGCTGGGCCGCACCTACCCTGGGGCCCCAGGGAGCAGGACGCTCCGGGGCCCAGCACGTTGCCCTGGGCCTGTG 1841 GCCGGAGTCGGAGTCCTCTCTCCTCCTCCTGGCTTTTGGAAAGGCTTGGCTGTGTTGGGGAGTCTCTCTTAGCCCTTTCA 1921 GGAATTTCTGTTCAGGCTTCCTCCTCCTCATCAGCTATTTTACCCATCTCAGAACGTCCTGTGTCTCCATGTAGGAGAGT 2001 GGCTCTCTCAGATCTCTCAGGGCGTCTGGTTATAGGGAAACAAGTGGAGCAGGGACGTGGCTTTAATTGGAGCACTCGGC 2081 TGGGCTGCTTGGGGAGACTCTTCCGTGCGTTCTTCCTCTGGATAGAACCACCACCTCCTGGGCGTCACTGACAAGCTCCA 2161 TCTTAACCTCCAAAGCCACAGAACTAGGGGCTCAGAGCCAGAGCTGGCAGCCGCCAGCCAAAATGATGCCATTGCCTGAG 2241 CTGACAGCCAAGCCCTTCTGTGGGTCACCTTTCTCCTCACCCAGCCCCTTGCTCTTCCCTTTTGAAAGGCCCGTGTGTTT 2321 TCTTTCCTTACCCTGTGCTTGCTCATGTCTACTCCGGTTTTCTCTACCACATCCTTAGAGCCATCACCTGGCACGCAGGC 2401 GCCTTACATTCTACGGTAGAACGTGGGGTACTGTGTGTGCACATAGACACACTTACGTGGAATTACAGTTGTGGGTTTAT 2481 CCAAGATGAGGAAGATTTCACCTGCTGTTTAATAGACTTGGGGCCATGTGCCTCCCCACACATGGGCAAGGACAGGTGGA 2561 ATGTCGGGACCACACTGTGCGGCTTCTCGGCACAAAGCGGAGGGAGGCTGTGGTCGCTGCCGGCCTAGGTGTCCCAGGTG 2641 CCCCGCCTTTCTCTGGGACACAGTTGGGGGCTGGCTTCTGAGGGATTCCTTTCTCCCCTCTTTGTGTGGCCCCAGCCAGG 2721 GCGGTGGGCAGTCCTGGTGTAGAGCACAAGCCTCTCCACCCTAGAGAAATGCCTCTGTACCACGGCTACCATGTGGAACC 2801 TTAACTTGCAGAAGGCTTGTTAACAATTGTTTTGAGAGAGATGGCTGGTCATGCCACAGCTGCTGGGGACTCCGCCTACT 2881 CCAGCCCTCTTGGGACACACTGTGGGATTTGTGGCCCTTCCCCAGAGGAATTGTGGAGACTGTCCCATGGAACAAACCCT 2961 CAGGCACCAGCACAGGGCTCTGGGTGACTCAGTAAAACTAACGTTTGTCTCTGACAAGATCAGCTGTAGGCTCACCGGCC 3041 AGAGAAGACCACTGTGAGCATTTTGCCGTATATCCTGCCCTGCCATTTGTTCACTTTTTAAACTAAAATAGGAACATCCG 3121 ACACACACCGTTTGCATCGTCTTCTCCCTTGATATTTTAAGCATTTTCCCATGTCATGAGTTTCTCAGAAACATGTTTTT 3201 AACAATTGTACTATTTAGTCATTGTCCATTTACTATAATTTATCTGACCATTTCCCTACTGTAAAATACTTAAGACGGTT 3281 TCTGATTTTTCCACTATTTAAATAATGCTGTGATGAATATCTTTAAAATCTTCTGATTTCTTACTTTTTTCCCCCTTAGA 3361 TGCCTGGAAGTGGTATTTTGAGGTGAAAGAGTTTGTTCATTTTGAAGATATTTCTGTCTCTCTCTCGACCTGATGTGTAG 3441 ACGCTCACTTCCAGTAGCAGAACCACCTTAGTTGTGTCTTACAGATTCTGAACAAATCGGTTTCTGATAAGCCATGTGTT 3521 CCAAAGAATGTCTGAATAAGACCGCTCTTTATTTAAATGCTAAGAGGATGTCACTACTGCAATCCATCTGTGGCCGATTT 3601 TTTCCAAGAGCCAATTTCCTTGTTTTGGTTGCAAGAACCTGGCTCTGCCTGCATGTCAGCTCTCTGCCCTCCCTGCTGCC 3681 GTGGCTTTCAAGCGCTTGGCAGAATCTTGTACTTCGTGTCCACAATGGTACTGAATTTGCATCTGCACAGTCAGCAGAGA 3761 TAACAAGTGTTGAACTGACCTTGCCACATGCTTAGTGAGTGATTTGTAATTAAGTTTATAGACTCAGAAGGTATATTAGG 3841 ACATTTGGAATCAGTAGCAGAGCAAAGCCTCTTTGAAAAAAACCACGTAGCTGATTGGGTTTTACAAGAGTGCATTTGTC 3921 TCCCCCTTCCACCCGTGGGGCCCCACCTTCAGGTCTTAGTGGTTCACAAGAGCCCAGCAGCCAGGCTGGCTTTTTCATTG 4001 TAGGGCGTGGTTGTCCCAGCTGGTGTAGATTTCAGGCCGCCCCCCCCAACTCCCTGCCCACAGTGTTGCAGATTGCCTGG 4081 CTGGCAGCAAGTCCAGACCACCCAAATTTGGTTGGATTCTTCATTTCTCCACTGTAGTTGGGGTCCATTGATTGTGCAGG 4161 GGAACGTGCAGGAGGTTTTTCTAGGCACCGTGTTCAGTGCTGCTTCACTCTACCAGAGATTATGGCCAAATTGCACGGAA 4241 TTTGGTTTCTTGCCCTCTGAAGCCTGAGGGCCCCCCCTTGCCTGGCTGGTTGACAGACCCGGGGTGGTCACTGCTGAGAC 4321 TTCAGAGATCGCAGCTGCTGTGAGAATACGGTGAAGGTACTTTGTTCTGGAAGATGTTGTCATACACTTTTCCCCAGTTA 4401 TTTTCAAACTTGACATGAGCCTATGTTGACTCACTGGGTGGGGGTCCCTTCTTACGCAGCACACGTGGCAAGTGCCTGAA 4481 TCGGGGCTGGAGGCACTTCAGAGCCTCTGAGGGGCCACCACTTCTGGCCCAAAATTGCAGGGTTGTAGATGAGGCTGCCT 4561 GTGGAGAACTGGTGTGAGGAGGAAGCTGTTTCCAACAAAGAGCACTTTCATCTGTTGAGATGGCTGTGGTGAGCAACTGA 4641 ACGAGCCTACGTGTGTACCTGAATTTTCCCCGTAACTCATTTCTTCCATATGAAGAAACACCAAACTATGTACAGAGAAC 4721 TTTTTACAAAAGGCAGACCTTTTTTAAGCTGTGTAACCCACATAGCCTAACCACCTGGCAGAATGACTACGAATAGGGGT 4801 CATTGTGCTGGTAAAAGCCTCTATTACGACTGTAAGTAAGTTGGATGTTGGCAAAATTAAATTGTTACAGTATTTAGAGC 4881 TGCTGTAGCTGTTCCTTCACAACATAAAATAGGATAAATGACTAGTACGTCTTTCAGGTGGGTGGCAAGCAGAACATGCG 4961 TAATATTCTCTACCTGGTCTGTAGCTGTAACTGTGATGTACAGACAAAGCAAAAATTAAAAGAACTTATGAAAACAAATG 5041 CAATGATACTAGGATATACACTTTTGTATTTTTATTCTTATATAAGGTTATTTGCTGGCTATTGTTGGCCTCTAGTTCAG 5121 TCTGTGTTATTTAAATTCTAATATATGAATTATTTGAATTGAATTCATGTTCGGGGCCACGTTGTTGTATGTATTGATGT 5201 ACAGCCTTGAATGTGAATAATTATTGTAAACTATATTTTACAACTTTTTTTCTGGCTTTATTATATAAATTTTCTATTGG 5281 GTCAGTGATTTAATCATATAATTTAATGAATCTGTTTATCCTTTTTTTTTTTCCAAATACTTGTGCTTTAGGTGTAGTTA 5361 CCAGATGATGAATTTTCCTCGTATGGTCAGTAGTCTTGTAATAAAAAGCATGTAGAGTGTAGA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | HEK293 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
PAR-CLIP data was present in GSM545212. RNA binding protein: AGO1. Condition:Control
PAR-CLIP data was present in GSM545213. RNA binding protein: AGO2. Condition:Control
PAR-CLIP data was present in GSM545214. RNA binding protein: AGO3. Condition:Control
PAR-CLIP data was present in GSM545215. RNA binding protein: AGO4. Condition:Control
... - Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al., 2010, Cell. |
Article |
- Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al. - Cell, 2010
RNA transcripts are subject to posttranscriptional gene regulation involving hundreds of RNA-binding proteins (RBPs) and microRNA-containing ribonucleoprotein complexes (miRNPs) expressed in a cell-type dependent fashion. We developed a cell-based crosslinking approach to determine at high resolution and transcriptome-wide the binding sites of cellular RBPs and miRNPs. The crosslinked sites are revealed by thymidine to cytidine transitions in the cDNAs prepared from immunopurified RNPs of 4-thiouridine-treated cells. We determined the binding sites and regulatory consequences for several intensely studied RBPs and miRNPs, including PUM2, QKI, IGF2BP1-3, AGO/EIF2C1-4 and TNRC6A-C. Our study revealed that these factors bind thousands of sites containing defined sequence motifs and have distinct preferences for exonic versus intronic or coding versus untranslated transcript regions. The precise mapping of binding sites across the transcriptome will be critical to the interpretation of the rapidly emerging data on genetic variation between individuals and how these variations contribute to complex genetic diseases.
LinkOut: [PMID: 20371350]
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Experimental Support 2 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | HEK293 |
Disease | 5170.0 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
"PAR-CLIP data was present in GSM714647. RNA binding protein: AGO2. Condition:mildMNase
... - Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al., 2011, Nature methods. |
Article |
- Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al. - Nature methods, 2011
Cross-linking and immunoprecipitation (CLIP) is increasingly used to map transcriptome-wide binding sites of RNA-binding proteins. We developed a method for CLIP data analysis, and applied it to compare CLIP with photoactivatable ribonucleoside-enhanced CLIP (PAR-CLIP) and to uncover how differences in cross-linking and ribonuclease digestion affect the identified sites. We found only small differences in accuracies of these methods in identifying binding sites of HuR, which binds low-complexity sequences, and Argonaute 2, which has a complex binding specificity. We found that cross-link-induced mutations led to single-nucleotide resolution for both PAR-CLIP and CLIP. Our results confirm the expectation from original CLIP publications that RNA-binding proteins do not protect their binding sites sufficiently under the denaturing conditions used during the CLIP procedure, and we show that extensive digestion with sequence-specific RNases strongly biases the recovered binding sites. This bias can be substantially reduced by milder nuclease digestion conditions.
LinkOut: [PMID: 21572407]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM545212 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO1 |
Cell line / Condition | HEK293 / Control |
Location of target site | ENST00000282077.3 | 3UTR | UAUAGAGUUCUACAGU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 20371350 / GSE21578 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM545213 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / Control |
Location of target site | ENST00000282077.3 | 3UTR | UAUAGAGUUCUACAGUUACAG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 20371350 / GSE21578 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 3 for dataset GSM545214 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO3 |
Cell line / Condition | HEK293 / Control |
Location of target site | ENST00000282077.3 | 3UTR | UAUAGAGUUCUACAGUUAC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 20371350 / GSE21578 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 4 for dataset GSM545215 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO4 |
Cell line / Condition | HEK293 / Control |
Location of target site | ENST00000282077.3 | 3UTR | AUAGAGUUCUACAGUUAC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 20371350 / GSE21578 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 5 for dataset GSM714647 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / mildMNase, repB |
Location of target site | ENST00000282077.3 | 3UTR | UAUAGAGUUCUACAGUUAC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 21572407 / GSE28865 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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134 hsa-miR-4477a Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
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Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
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MIRT055843 | PLEKHA1 | pleckstrin homology domain containing A1 | ![]() |
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2 | 10 | ||||||
MIRT061259 | AMOTL1 | angiomotin like 1 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT071895 | BTF3L4 | basic transcription factor 3 like 4 | ![]() |
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2 | 6 | ||||||
MIRT076933 | MLLT6 | MLLT6, PHD finger containing | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT078652 | ICT1 | mitochondrial ribosomal protein L58 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT083633 | PRNP | prion protein | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT091629 | RPL15 | ribosomal protein L15 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT107076 | PPP6C | protein phosphatase 6 catalytic subunit | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT111191 | TRIM33 | tripartite motif containing 33 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT114515 | ARF6 | ADP ribosylation factor 6 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT175250 | PSAT1 | phosphoserine aminotransferase 1 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT175430 | ACSL4 | acyl-CoA synthetase long chain family member 4 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT178687 | FAM102B | family with sequence similarity 102 member B | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT189771 | CDADC1 | cytidine and dCMP deaminase domain containing 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT229450 | RPL10 | ribosomal protein L10 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT244899 | PHF6 | PHD finger protein 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT249189 | AKIRIN1 | akirin 1 | ![]() |
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2 | 8 | ||||||
MIRT261134 | TRIM8 | tripartite motif containing 8 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT275561 | ZIC5 | Zic family member 5 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT275652 | ABHD13 | abhydrolase domain containing 13 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT288082 | UTP18 | UTP18, small subunit processome component | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT303605 | MTHFD2 | methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+ dependent) 2, methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT307924 | ARL8B | ADP ribosylation factor like GTPase 8B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT316787 | FOXC1 | forkhead box C1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT326910 | SCML2 | Scm polycomb group protein like 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT327713 | SPIN4 | spindlin family member 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT331632 | AASDHPPT | aminoadipate-semialdehyde dehydrogenase-phosphopantetheinyl transferase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT342506 | TMOD3 | tropomodulin 3 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT354470 | LRRC58 | leucine rich repeat containing 58 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT378711 | TRIM24 | tripartite motif containing 24 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT407462 | YDJC | YdjC chitooligosaccharide deacetylase homolog | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT408226 | SMAD5 | SMAD family member 5 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT441824 | ALG14 | ALG14, UDP-N-acetylglucosaminyltransferase subunit | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT442783 | CHD8 | chromodomain helicase DNA binding protein 8 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT443184 | NHS | NHS actin remodeling regulator | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT447615 | CUL3 | cullin 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT450156 | DSEL | dermatan sulfate epimerase-like | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT454801 | NEDD9 | neural precursor cell expressed, developmentally down-regulated 9 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT463050 | ZNF644 | zinc finger protein 644 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT467400 | SOCS3 | suppressor of cytokine signaling 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT468174 | SGMS1 | sphingomyelin synthase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT468949 | RPS14 | ribosomal protein S14 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT469835 | R3HDM4 | R3H domain containing 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT470724 | POFUT1 | protein O-fucosyltransferase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT470902 | PLIN3 | perilipin 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT472467 | NAPG | NSF attachment protein gamma | ![]() |
![]() |
2 | 12 | ||||||
MIRT472602 | NAA50 | N(alpha)-acetyltransferase 50, NatE catalytic subunit | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT492350 | SEMA7A | semaphorin 7A (John Milton Hagen blood group) | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT493840 | FOXN3 | forkhead box N3 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT496318 | DOCK9 | dedicator of cytokinesis 9 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT500159 | CLEC2D | C-type lectin domain family 2 member D | ![]() |
![]() |
2 | 8 | ||||||
MIRT500535 | XPO4 | exportin 4 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT503916 | FBXL13 | F-box and leucine rich repeat protein 13 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT504003 | SAT1 | spermidine/spermine N1-acetyltransferase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT505647 | SHMT1 | serine hydroxymethyltransferase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT506574 | MIER3 | MIER family member 3 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT506945 | HS3ST3B1 | heparan sulfate-glucosamine 3-sulfotransferase 3B1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT508196 | RPS19 | ribosomal protein S19 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT511417 | HSPA13 | heat shock protein family A (Hsp70) member 13 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT512326 | ACTB | actin beta | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT515376 | RPL7 | ribosomal protein L7 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT520422 | TUBG1 | tubulin gamma 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT524844 | ARPP19 | cAMP regulated phosphoprotein 19 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT526320 | UGT2A1 | UDP glucuronosyltransferase family 2 member A1 complex locus | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT526561 | UGT2A2 | UDP glucuronosyltransferase family 2 member A2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT528027 | FEZ2 | fasciculation and elongation protein zeta 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT529874 | RBM43 | RNA binding motif protein 43 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT530826 | CLEC4D | C-type lectin domain family 4 member D | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT531334 | GDPD1 | glycerophosphodiester phosphodiesterase domain containing 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT532068 | CCNB1 | cyclin B1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT532870 | ZNF566 | zinc finger protein 566 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT535580 | NUP35 | nucleoporin 35 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT537644 | ERGIC2 | ERGIC and golgi 2 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT537725 | ELAVL2 | ELAV like RNA binding protein 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT538894 | BRI3BP | BRI3 binding protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT538945 | BMP2K | BMP2 inducible kinase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT540703 | PDPK1 | 3-phosphoinositide dependent protein kinase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT543210 | TMEM117 | transmembrane protein 117 | ![]() |
![]() |
2 | 3 | ||||||
MIRT543357 | LYRM2 | LYR motif containing 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT544905 | CLSPN | claspin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT545532 | ARF3 | ADP ribosylation factor 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT546446 | SMOC1 | SPARC related modular calcium binding 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT546882 | PURB | purine rich element binding protein B | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT547440 | MED13 | mediator complex subunit 13 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT548027 | GOLIM4 | golgi integral membrane protein 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT548673 | CRNKL1 | crooked neck pre-mRNA splicing factor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT550435 | LLGL2 | LLGL2, scribble cell polarity complex component | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT551850 | RPS3 | ribosomal protein S3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT556072 | MRFAP1 | Morf4 family associated protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT556554 | LIMS1 | LIM zinc finger domain containing 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT557132 | HOXA13 | homeobox A13 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT557875 | FEM1B | fem-1 homolog B | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT558146 | ELK4 | ELK4, ETS transcription factor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT558862 | CD2AP | CD2 associated protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT558884 | CCNE1 | cyclin E1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT558907 | CBX5 | chromobox 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT559175 | BRAP | BRCA1 associated protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT560860 | GAL3ST3 | galactose-3-O-sulfotransferase 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT561729 | PPIF | peptidylprolyl isomerase F | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT564024 | CEBPB | CCAAT/enhancer binding protein beta | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT564366 | TRMT5 | tRNA methyltransferase 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT564609 | ZNF703 | zinc finger protein 703 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT565494 | AZF1 | azoospermia factor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT565577 | SLC6A8 | solute carrier family 6 member 8 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT566947 | LEPROT | leptin receptor overlapping transcript | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT567293 | HNRNPA2B1 | heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A2/B1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT567308 | HMGN2 | high mobility group nucleosomal binding domain 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT568048 | CHSY1 | chondroitin sulfate synthase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT571807 | PHF19 | PHD finger protein 19 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT609234 | RBM23 | RNA binding motif protein 23 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT610328 | SSX5 | SSX family member 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT611428 | UGT8 | UDP glycosyltransferase 8 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT611709 | SLFN13 | schlafen family member 13 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT612069 | CEP135 | centrosomal protein 135 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT617676 | JRKL | JRK like | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT623684 | HNRNPA1 | heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT635634 | PRR15L | proline rich 15 like | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT636422 | MBOAT2 | membrane bound O-acyltransferase domain containing 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT637011 | GPATCH11 | G-patch domain containing 11 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT644150 | C4orf3 | chromosome 4 open reading frame 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT648562 | MEMO1 | mediator of cell motility 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT650752 | WNT16 | Wnt family member 16 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT651914 | UEVLD | UEV and lactate/malate dehyrogenase domains | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT653556 | SLC38A7 | solute carrier family 38 member 7 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT692277 | XRN2 | 5'-3' exoribonuclease 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT697650 | WNK1 | WNK lysine deficient protein kinase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT703876 | ERCC6 | ERCC excision repair 6, chromatin remodeling factor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT704615 | CLIP1 | CAP-Gly domain containing linker protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT708562 | BBOX1 | gamma-butyrobetaine hydroxylase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT709614 | KBTBD6 | kelch repeat and BTB domain containing 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT712955 | SGCD | sarcoglycan delta | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT713502 | DCAF17 | DDB1 and CUL4 associated factor 17 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT720239 | GPBP1 | GC-rich promoter binding protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT724255 | GLUD1 | glutamate dehydrogenase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 |
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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