pre-miRNA Information | |
---|---|
pre-miRNA | hsa-mir-4793 |
Genomic Coordinates | chr3: 48644194 - 48644280 |
Description | Homo sapiens miR-4793 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Mature miRNA | hsa-miR-4793-3p | |||||||||||||||
Sequence | 58| UCUGCACUGUGAGUUGGCUGGCU |80 | |||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||
Experiments | Illumina | DRVs in miRNA |
|
|||||||||||||
SNPs in miRNA |
|
|||||||||||||||
Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
---|---|
Human miRNA Tissue Atlas | |
Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Gene Symbol | TFDP2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | DP2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | transcription factor Dp-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001178138 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_001178139 , NM_001178140 , NM_001178141 , NM_001178142 , NM_006286 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on TFDP2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of TFDP2 (miRNA target sites are highlighted) |
>TFDP2|NM_001178138|3'UTR 1 AGACAAGAGAAAGCCTACGTTTCAATATGTGATGCTCATGTGTGTTTGTAGTGTGAGCTCTTGTTTTTGAAATGATTGCT 81 TCAGTCTTTGCCTTTGTTTGCACTGTGTGTTCAGTGAAAACTAGAGAAACACAATAAGCAAATCACATGAAGGCTGAGAT 161 GATTGAGATGAAAGTTAACATAGTGTGAATGAAAGTCTGGCCAACAGAGCAGTAGATGATATAACAAAGAAAGCATGCTT 241 TCTGAGGAGATAGTGGGGATAATCCCTGAAGAGTTGGCAGTGTGAGTGCAACTCATTTATCTTCTGTGAGGTGGGATTTT 321 TGTGTTCCTCACACCCATGTAATTATTCTTAGAATTGAGATTGCTACACGGAGCAGTCCTTGACGATCGTGTTTCTGACG 401 TTTCTCTTCCTTGCCTGGACTGCCTTTGACAAGGCAGAAATGAACATGAAAAGTCCCCAGGAGAGGGGAGCTGTGTAGTG 481 AGGGATACTGAGGGCAGTCCTGTGGCTGAGGGGCACAGATTGAACTGCTGAACTAGTTGGAGGTCTAGATGAGGTGCTTT 561 ACGCATCAGCTGCCTTAGACAGCTTCTAGAAAGGAGCGAGCGCTACTTCTTAAGTACTTAAGTGACATTTAGATAATTTA 641 TAGTAAAACTGAAATTATTATTAGCCAATGCATTGGTGCATAGAATTTACTAGGGCTACTTCTGGAAGCCAAAATAGAAT 721 AGCATTTCCATGTGCATTAAATACTTTGCCAGCACTGCCTTTGCCAGCATCCTAAATCTGGAGTTTTACAAAGAAGGAAA 801 CTGTATCTTTAGGTTAATCAAAGCTATGCATTTCATATAGCTTTTTCATTTAAAACAAGACAAAGAAACAAATTCCTATG 881 ACCAAATTGCTTGCCTACAGTTCCCTGCAGTAATTGTATGATCTCACCCAGTGTGCAATTTGTGAAAATGAACCAAATGT 961 CATTACTTTTGTCTTAAAGAAAAGTCTATTTCAAGAATATGAACAGCAGTGTTTCCTTGTACATGTCACCTTTTTTCACA 1041 TTTTCATTAATCAGAATGACCTTATTGAGCCTACTCCTGGGGTCAATTGCATTTCAAACTAATCCAATATTTAGTGTTTC 1121 ACAGAAACACTAGAAAACGTTGAACACTCCTACTGCCTGGATATATGGTAGTGCAGTTATGTTGTTTATGGCTCAAGATG 1201 TCATTAGAAATACTGCAGTGGTGTATTCACAGCTGCTCCTTCTCTGAATGAAAGAGTGTAGGGACACCTGCCACCATGGC 1281 CAGACCCTGACTGAATTTCACATTAAGGCTTTGGAAAGGAGCAAATAATAATGGGAGAATTAACTCCAAAACTTTGACCT 1361 GAATCATGTGGATTTGTCCCAAGATTATGCTAGATGCACCAAGCATGGCCCAAATTGGTTCTTTTTTAAATCCCATGGGG 1441 GAAGTGCAGGCTCCTTCCTGTGGTGCCTCTTTATAGCCTCACCACCATGCTAACACTGAGCATGGTGAGGAGGAGGAAGC 1521 TTTGGCTAGCTAAACATGTTTAATAAGGCCATAAAAACTGAGAAAGAAAAACATTCAACTTTAGCTGAAGCTCCTTTGAT 1601 ACAAAAGTTTCATTCTGTCAGAAATAAGCCATAGTACAGACTCAGAGATAGAGGCAGTTTCTAGAGAACTCGGTCTTATC 1681 GTGGGTTCTGGAGCACACCTCTCAGACCAGTCAGGAACACTGGGGAGGTGACAGCAGGTCCCCAGGGGCCTGCAGGGAAT 1761 CTTTCAGCTGCACGGATTGGGATTTCCCTCCAAACCAAACTGTCCTTTAAGGGGCAGCCTCCTCTTTTACTAACTCCACC 1841 CTTTCTCATCTCTGGGACCCAGCAGGGACCTGGAGAGGCCAACAGCCACTGCTACCTTTGTAGTCTTCAAAATATTGAAC 1921 TGCAGGTCCCAAGATGCATTTCAGGATTTAAGACAGGTGCACTAATGATAACCATTCCTTCACCAAGTAGCAACATTCTT 2001 GCCAGAGTTCTTGGGAAACCTGTTTTTTTCTCTACTCTCCATCTCTGCTGCTCTCATGCTTTAAATTGATAAAATATGGG 2081 CTCAAAAAAAGAAAGCCGCCAAAGACTCTTATCCTTATTGGTGCCCCATCATTGGCCACCCCAGCCATAGGTGTGTGCTG 2161 TTGGTGGGAAATGGTCTCCTTCCTCAGCGTTGTGTTTGGGTTACTGGTGAGGCCAGCTCACAGAGTGACATCATGGTCAC 2241 CAGTACATGTCGCTGGAGTAAAATCTTGCCTTTAGAAACTAGGTTGAGCTGTTCAGAAAGGTCAATTCTCTTCTGTATTC 2321 CCCCTCAACATTTATCTGGGTCTAAAGCTCAGCACTGAGTCACAATTTCACACAAGATCAAAGTGAGGCAGTGTTAGGAA 2401 ACCATGGGCTGGGTGCAGTGCCTCTCGCCTGTAATCGTAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCACATTGCTTGAGCTCAG 2481 GAGTTCAAGACCAGCCTGGGCAACATGACAAAACCCTGTCTCTACAAAAATACAAAAATTAGCTGGGTGTGGTGGGGCAT 2561 GCCTGTAGTCCTGGCTACTCAAGAGGCTGAGGTGGGAGGATTGCTTGAGCGCAGGAGGCGGAGGTTGTAGAGCCAAGATC 2641 ACACCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGCAAGACCCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATGGAAGTTGTGGTCA 2721 CAATGCCCAGGCTTCTTTGTTATAGTGGCACGCTGGGTTACTTGCCACACACAGATCACTCCTCCCAGGGCTGCTGGCAC 2801 ACACTGATTGTGGGGAGTTCAAGAGGCCTTTTCCCCTTGAGGGTGTGGCTGTCCCCCTTTCAGGCGTGTGGCGTCATTCA 2881 TGGAGGAAGTGCTGGCTCTACTTAGCACACGCACAGTGGCACTAGGACCTGCGTGCCTGGCCCTCAGTGGGTAGGGCGGT 2961 GCTGCCTAGGCACACAGCAGCGCTTACGGGCCCCAGGTGCCTACTAGGCTGCCTTCCTCTTCCCCGCTGTCAGTCTGTGT 3041 CCTCCACGTGCTTATTTCCTGTGGTGAGAGCAGTTGTGGTGTTTGTATACCTTGTGCCTTATGATCAAGGTGGGCCTTGG 3121 AGGAGGGCGGGAAAGGAGCGACCAACATGGCGGTCCTCCACCCCTCAGCGACACCCACCGCCCGAGAAACTACAGACAAT 3201 GGCCACAAGTTTGGCGTCCTTCAATTTAATTCTTTAAAGAAGTGCTGGGAAGAAAAAGCTATGTGGTTTCTACCATTTTA 3281 GCAGGATAAAGAGGATAACTCCTTCCATTAGCAAATTTTACAGTTGTTAACAGTACTCTGCCATATTTGAAAAATAATGC 3361 CAGAGTCAGTCCTTGAAAACAAGGTAGCTCCTATCAGAATTCAAATGGAAATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAG 3441 ACTGAGTCTCGCTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGATCTCGGCTCACTGCAAGCTCCGCCTCCCGGGTTCACGC 3521 CATTCTCCTGCCTCAGCTGGGACCATGCCTGGCTAATTTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCGTGTTAGC 3601 CAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTTATGATCCACCCCTCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACC 3681 GCACCCGGCCTCAAATGGAAATATTTCACAGAGGAGTGGTTCAGTTTAGCCCTGCAAGACATCTATAACTTGACTGTTTG 3761 CTAAACCACAACTCTTTTTGGCTACTTGGGTCATAGAGACAGCAGAGTTGCTCCAAGTATAAATGTGACTTAGGCTCCCT 3841 CCAGCACACAGTGTGTATGTTGGAGGGAGTGTGGATTAGCAGAGAATGAGAACTACCTCAGCTATTCCTGCCATAACCAC 3921 ACTGAGAGAGGGGGGCACGGTGGGGAGCCTATTTAGCTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTGTCGCCAGGCT 4001 GGAGTGTAGTGGCGCAATCCCGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAG 4081 TAGCTGGGATTATAGGCGCATGCCGCCACACCCGACTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGTCAGGGTTTCACCGTGTTGC 4161 CCAGGCTGGTGTCGAACTCCTGACCTCAGGTGATCTGCCCACCTCAGCCTCCCGAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCC 4241 ACCGCACCCGGCTCTATTTAGCTTTTTAAAAATTATTTCCTTTCAAGGGCCCTTTAATATCTATCAAGCTCCCTCCCCTA 4321 ACAAAATGGGCTGTCCCTGCCCAACAAGTCTGAAATAGACCTTAAAACTGTGCTGCCTTAGTGGTAAGTAAGGGGTGGGG 4401 GTTGGACAGTGAATCTTAAGATTTCATCCTTCATTCAGTAAGCATTTGAGTACCTACTGTGAGCAGGCATTGGGGCGGAG 4481 CAGCGAGAGCCCTGCCGATGTTGGGTTCTCCTCCTATTGGGGAAACTTGATCACAGATGGAACACGTGCAGATTGATTGA 4561 TGAGTGCTGTGGAGAAAGCAGCAGCGTAGCGGGACCGTTTGGGAAAGGCTACTTTGGCTGGGGGTGGCTGGGAAAGGCCC 4641 CTCTGGGAAAGAGACAGTTTTACTGAGTCAGATGGTGGAAAGACAGATGTCTCTATACTTTCTTAACAAGCCACTCTGTC 4721 CCATAACATGCACTTGGAATCTCTCCTAAGTTCCAGAGGCCCCACTGTTCCAGTTTCAAGCCTTCATTTTGGAGTCTGTT 4801 TGGGAACTTTTAAGACTTCAAAGCAAAGTTAGCTACCAGCAATTTCTGTAAACCAAGAGAAGATTGTCACAAAGATTCAC 4881 TACTTTCCAACTGAATCTATGCAGTAGAAAAATCATTAGAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCACATGCCTGTA 4961 GTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCCAGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATCCCGCC 5041 ACTGCACTCCAGCCCAGGTGACAGAGCAGGACTCTGTCTCAAAAAAAGAAAAAAGAAAGAAAGAAAAATGATTAGAAATT 5121 GAGAACTATTTTACGTGTTTCTAAGTTGTTGGCTACATCAAAGAGATCATCTGTATTCTGCATATGGGCTGGCTTTGGTG 5201 AAGCTGATGACTGGACTTCTAAGAACCGTTTTCCCAAATGGGTTCCCATATTCATGCACCCAAAGCAATGGTCCCCAAGC 5281 ACTGATGAAAACTAATATGCATTTCCCAAAGACCCACACTATGTATCAGGAGCCTGCACCATGCCATTTGAATGACCCTC 5361 AGCAATGTGCCTCCCTGCCCTCAAATTCCCAGTTGATAACAGTGTTTGATTAAATTTCCACTCAAGCCAAACATGGTTAC 5441 TAAGAAGAGAAAAACCTGATGTTTGCATAATATTTTTTTTCCCCTCGAGATGGAGTCTTGCTCTGTTGCCCAGGCTGGAG 5521 TGCAGTGGCATGATCTCAGCCACTGCAACCTCTGCCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTTCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGTT 5601 GGGATTACAGACATGTGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCATGTTGACCACAC 5681 TGGTCTTGAACTTCTAACCATGTGATCTGCCTGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCTTGAGCCACCACGCC 5761 CAGCCTAAGATTTTATGATTAAAAAAAATTCAAGCTCAATACCCACATAAATTATAACGTTTCTCAGGAAGTAGTCCCTT 5841 AACCAAAACGTCTCTGAGAAGTGATGCTTAGGTAATCTCTGGGATCCGATTTTCCCACATGTCTCACTCCACAGTATGCT 5921 AAAGAAGAAAAAGTGAGTGGGCACAACACTTTGACCCTCTGGCTAAGCCCTGGGAGTCCCTGACAGGTCCAGAAACTTCT 6001 CTGACACCCATTCACCAGGGTGCTGAGATAGGAGAAAGTGCTCATTTATAATGTGTATTCTGTGCAGCTGTTCTCAGACA 6081 AGACCGGATCTTGTCATCTTACCTTTTGCTTTACAAAAAAGGCCTGTTGAAGTCAATGCTGTCTTGCCCCTTGCTGTTTC 6161 AGCAGGTTAGACTTTGGTCTTCACTGCTTATAGCTGCATTGGAGGCCAACGTAGCTGATGCTCAGGGTCAGGCCTCGCCC 6241 CTTCGCCGCAGGTCTCAGGATCGGGGATAACATCGCTCCCACCCTGCTCATTTAGAGATGGGAAACAAGCAAGAGCTTGA 6321 CTTGCCTCCCATCCCTCAGCCTGTCTGTGGCAGAGCCTGCACCAAAACCCAGAGCTTCTTCCCTCCGTGAGGGCCACGCT 6401 GTCACCACAGTCCTCCCAGATGGGTTTTGGATTAGCATCAGTCCTGTGTCACCAAGTGCCAAACAGCTGAGGGGTAGAAG 6481 TGGGACTCCTTTCCCGAGCCCCAGCATGAGGCTGTGGTGTCAGGTTTAGGCCTCTCTCAAGTCAGAAAACCCCGGGCTGA 6561 GACCTCCACAGACAAGGGCTCCCCATGCTGGCCATTGGCAGGGGCCCAAGAAGTTCAGTGACCAACTGGTCCTTCCACAC 6641 CACACCAGCTGGTGCTGCCCATGTCTGTCGAATCATAACGGAAAATTCCCCAGATCACGTTTGGATTTAAAAACTCATCC 6721 CTTGTCGTGCTTCAATGCATGCCATTTGTCACTTACCATACTTCACCATGGCCGAGCTTCATGTCACATGGCCTGGCGAT 6801 TGTGCTTGTTCACACTGGGGCCAGGATTTTCATACTAAAACGTCACTGACAATGGGGCTACTTTTCTCCTGAATAGCTCC 6881 TCTGGGCTTGTTGCAGTTCTAGTTTTCCCAGTAGTTCCATGGCAGGTTCAACCTCTCAGTGTCCTGAAAAATGGAACCAC 6961 CCACTAACCATATGCACTGGCTGCCCAGGTGGCTGCACTCCGGGGATCACGTTTCAGTACTGAGTTCCTTCACGCACTTG 7041 GTTCACCACCATCACTCTTGAGTTTTGGACAAAAGAGGTGGGTATGCCAGGCACAGTGGCTCACGCCTGTGATCCCAGCA 7121 CTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCGGGAGTTCGAAACCAGCCTGACCAACATGGAGAAACCCTGTCTC 7201 TACTAAAAATATAAAATTAGCCGGGTGTGGTGGCGCATGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATC 7281 TCTTGAACCCAGGAGGCAAAAGTTGCAATGAGCTGAGATCGTGCCATTTGCACTCCAGCCTGGGCAACAAGAGCGAAATT 7361 CCATCTCAAAAAAAAAAGGTGGGTAAAGGGCCATGAGCCCAAACCACTAGGTTGTTCACCTTTTCATCTGAAAATGCTTT 7441 ACTCTGACTATGTGCTATTGGGTTTTATTTCCAGAAAATATAGTTCTCCTTTTTTCTGCATGAAGGATACATCGTGGTGC 7521 CACATGCTTTAAGCAATTTAAACAAGAGAGATAAGAGGAAAATGCAACCACCACATCTGACTTGCCCAATGTAGACTTTC 7601 CTTTATTAGATTGAAGTACACAACCTAATATGATATATTATTTTGTAGTATCTCAGACTTTGTAAATAAATGCCATTATT 7681 TTTATATGGAAATTTTATAGAAGAGCTATTTCTGTATACGTAATTACTCCTGATTTTCTGAAATTGCTTCTGGTAGATAA 7761 CAGACAAGTCCTAAGCAGTGTTCCACTAAGGGTGGTTCCAGGCCTGCCTGCCGTGGAGTTGACTGGGGGAATTTTACAGT 7841 TTTGCGATCCTAGGATGCGTCCCAGACGCTCAGTCAGAAGTGCTGGAGGTGGGGCCTGGGAAGCTGTATTTGTAATGAAC 7921 TCTGGTGTTTTTTGTCCATTAAAGTGTATCTTTGTCCATCCTATAAGATTAAAGGAAAGAAAAAGCATCTCAAATGAGTG 8001 TAAGTTGTTCTTGAGAAAAAAATGTATCAGACTTTTATGATTTGAATGAAATGTATTATAGAAAAAAATAAACACTTTAA 8081 AATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DRVs in gene 3'UTRs |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in gene 3'UTRs |
|
Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
|
||||||
Conditions | HEK293 | ||||||
Disease | 7029.0 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
"PAR-CLIP data was present in GSM714646. RNA binding protein: AGO2. Condition:mildMNase
... - Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al., 2011, Nature methods. |
||||||
miRNA-target interactions (Provided by authors) |
|
||||||
Article |
- Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al. - Nature methods, 2011
Cross-linking and immunoprecipitation (CLIP) is increasingly used to map transcriptome-wide binding sites of RNA-binding proteins. We developed a method for CLIP data analysis, and applied it to compare CLIP with photoactivatable ribonucleoside-enhanced CLIP (PAR-CLIP) and to uncover how differences in cross-linking and ribonuclease digestion affect the identified sites. We found only small differences in accuracies of these methods in identifying binding sites of HuR, which binds low-complexity sequences, and Argonaute 2, which has a complex binding specificity. We found that cross-link-induced mutations led to single-nucleotide resolution for both PAR-CLIP and CLIP. Our results confirm the expectation from original CLIP publications that RNA-binding proteins do not protect their binding sites sufficiently under the denaturing conditions used during the CLIP procedure, and we show that extensive digestion with sequence-specific RNases strongly biases the recovered binding sites. This bias can be substantially reduced by milder nuclease digestion conditions.
LinkOut: [PMID: 21572407]
|
CLIP-seq Support 1 for dataset GSM4903833 | |
---|---|
Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / CTL_TD_21_a |
Location of target site | NM_006286 | 3UTR | UCGAGAUGGAGUCUUGCUCUGUUGCCCAGGCUGGAGUGCAGU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM4903834 | |
---|---|
Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / CTL_TD_21_b |
Location of target site | NM_001178142 | 3UTR | CGAGAUGGAGUCUUGCUCUGUUGCCCAGGCUGGAGUGCA |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 3 for dataset GSM4903835 | |
---|---|
Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / CTL_TD_21_c |
Location of target site | NM_001178142 | 3UTR | UUUUUUUCCCCUCGAGAUGGAGUCUUGCUCUGUUGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCAUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 4 for dataset GSM4903836 | |
---|---|
Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / 124_TD_21_a |
Location of target site | NM_006286 | 3UTR | UCGAGAUGGAGUCUUGCUCUGUUGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCAUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 5 for dataset GSM4903837 | |
---|---|
Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / 124_TD_21_b |
Location of target site | NM_001178142 | 3UTR | CGAGAUGGAGUCUUGCUCUGUUGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCAUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 6 for dataset GSM4903838 | |
---|---|
Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / 124_TD_21_c |
Location of target site | NM_001178142 | 3UTR | CGAGAUGGAGUCUUGCUCUGUUGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCAUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 7 for dataset GSM714646 | |
---|---|
Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / mildMNase, repA |
Location of target site | ENST00000499676.2 | 3UTR | AGUGCAGUGGUGAUCUCGGCUCACU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 21572407 / GSE28865 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
|