pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-3689a |
Genomic Coordinates | chr9: 134849487 - 134849564 |
Description | Homo sapiens miR-3689a stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-3689a-5p | |||||||||||||||||||||
Sequence | 10| UGUGAUAUCAUGGUUCCUGGGA |31 | |||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | |||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | LPGAT1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | FAM34A, FAM34A1, NET8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | lysophosphatidylglycerol acyltransferase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_014873 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on LPGAT1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of LPGAT1 (miRNA target sites are highlighted) |
>LPGAT1|NM_014873|3'UTR 1 GAATTGACGTGGACTTGTCAAGGTCACCGTAGGAGTTCAGACTTTCTTTCATAAGTGTGCATTATTTTACATGTGCAAAT 81 CAGAATATATTTAAAAAAAAGCAAAAGAAATTCAATGGATGGATTAATATTTATCCCCCTTTGGGATATTTTAAAATCTA 161 CTAAAATGAGGATTAGTAATATAATGACCTGCTAATATATTTTAAGAACATGTTTTAAAAAGATACACTCTATCACATAT 241 TTAAGCAAACATCACATTTGGAGAAGAGGAAATCATAAAATCATCCTAGAAGACTATCTGAGAGAAATTCTGTTGCCACC 321 AGTTATACTTGACAATTTAGTTGAAGCTCAGAAAGTTATATTCATCCCTCTTAGCTGTAGTCTATATTAGGGCAGTTCTC 401 TAGAACGCCCACATTTCCACCAACTCAGTAAACTTGAGGGGAGCTGGTTGGCACCTCGTGAAGAACTCTTTCCCTGTCGT 481 TTGCAGTAACAAACTCCAGTCTGTTGCAGTAACAAACTCCAGTCTGTTGCAGTAACAAACTCTAGAATATTGACATTCTC 561 TGTGGGGGAAAAGCAGTGTCCACTGGACCCCTTCTGGTACTGGATGTGTTCTTTACAAAGGCTAGCTCAGTCCAACACTG 641 TGTTTACATACACTCGTGCTTTTCCTTATCTGACTTCTCATTTTGTATCAGAGGCATATCATAAATTGATAATTTTGCAA 721 AATGCACTTTTTTGAGATGCAGATATAGCAAAGGATTAGTAATATAGCCTGAAAACAAATGGGAGCATAGCAGTGTGTGA 801 GGTTCTCGAGAACTGTCTTGTCTCTGTGTGTTTATTTGCCTGCCAGTGCTCTCCAGCGCCATCCTGCCCTGGACACCACC 881 CTGACGTGATGCCTCTATTGCAGCTCAGAGGCTTTATTTTTTCCATTTTGACATTGGCACTAAATGCATTTGGGGATGGT 961 TAAAACAAATTACTATAGAACATTTAAATGATCAGTTTAAGGGGAAATAGGCTAGTTTATAGAAAAATAAGAGCTAGTGG 1041 CTTATAATGGTGACAGGTTCTCATGTGGCACCCCTAGGACCTGTGCAGACAGTAGTCTGTTGAATCATTACATCAAGGAG 1121 CTGCCCCTGTCAGGGTGAGTGTAATTAGGAACGATACCAGCACATAAGGCTCCCCCCAATCTCTTCCAGTTGCTTTTTCT 1201 TTTTTCTTTTTTTTTTAGACAGGTCTTACTCTGTCACCCAGGCTGTAGTGCAGTGGCATAATCTCAGCTCACTGCAGTCT 1281 CTGCCTCCCGGGTTCGAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCACCCACCATCATGCTTGGC 1361 TAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGCCTCGAACTCCTGACCTCAGGTGATCTG 1441 CCCACCTCGGCTTCCTAAAGTGCTGGGATTGCAGGCGTGAGCCACCACGCCCGGCCTCCAGTTGCTTTTGAAGAGGGTAA 1521 AGTCAAGTTTCTATTTCTAGAAAACATTTTTTAGAAATTTGTTGCGATGTTTGTACAATTTACCTCATAAGAGAACCACA 1601 CCCTTCTCCAAAAGTGCTGGTACTGCATCAGTGAGATGAGTAGGGTTTTTGTTTGGGATTGTAAGACTATTAAGATCCTA 1681 GTAAGTCAGTGGTAGTTTACTGTGATGTGAGCATTGTAGATTCCCCCGTTGTCACTAATCACACAACAATTTTGAGAAGT 1761 AGGCTATAAAACAAAAAAAGGTTGCTGTTTTCTATTTTTAAATAAACCAAAAAAAAACAGAAAAGATGTGAATTTTCCCC 1841 AGTTATGTGGGAAAGGTAAAGCAACACCAAATAAAAGCCCACAGCAGCTTCATCTTTACGATAACTCAGTGCATATGTGA 1921 AAGAGAATGATGCATTAACTGAAATACCTCATTGAATATTATACTACTACTGGTAAAATGCAGAAGACAGTGTTAATGTG 2001 TTTGGTTTGGGGACTGGTTGTTATAAAATGCAATTTTTTTTTAAATCTAAGCATTTCATTATGTGTTCTACAGTGTCGGT 2081 GAATAAATGAAACCAATCTCAATTTAGAGGTATGGATGATGACAGAAAGCCCAATAGAAGCTTAATGATGCTTCTGTTTG 2161 AGGCCCAGCAAGCACCACTAAATTACTGGATGAAATGAAATTGTTCACTTGAGGGATTAGTCAACCATCTGGGGGAGAAG 2241 TTGCTCACTGTCAAATACAGCATGCACGGTCCTAGCTGATAGACCTTTTCCTCATTGCTACAGCAAGCCACAGGGTAGAG 2321 TGACCAGTTCTCCTATCCAAAAATAAATGCGAACATGCATACATAAATGTGGCTGAGGGCCACTTTTGCCATCACTGTGC 2401 TCCAAAGGAACATGATATTGTTAAATATACTGTACACATTAAACTATTCTATAAGATGCTTTACTTTTCAAGTACGGTGT 2481 CATTTTCACAGTCTCCAGGGTGACAAATGCCAATAGATATGTGAGTTAATTTTTTTAAATATCTCCGTGAGTTGTAAATA 2561 GATGTGTATTTGATCTGCCCTATCCTTCTTTGATTCTTTAACATGTTCTCTCTCTTCTGTTTGCAAAATATGTTTGAAAG 2641 CATTGGTAGTGCTTTCCTTATCAGTAACTGGAGTTCTCCTGCTTGCACTAGAGAAGGTAAAGAGAGAATCAGTATTCTTA 2721 TATGGCAATCTGGGGAAGCAGCAATATGCCACTGTACAAAACTGAAGAAAAGTTCCTAATTTGTACTTTGTGAAGGGAGA 2801 TGAAAGGACGTTTAAAGTATATATATTTTGTCAAGAGGAAAGAAGATAAAACTATGCCAGTTTTATATCAATAGCTTGTA 2881 GAAGCTCAGCTCTTCTTGGTCTTGGCTAGACTGCCTAGATTCCCACAGCAGACAAGGTTGAGAATCCATTGCTGGAATCT 2961 TGGTATTGATGAGTTACAGTGATGGAACATGTGCTTGGCCACAGGCAGGTCCAGTCACTGCAAAAGTGACCAAGCCAGCA 3041 GGTCACCCTTAACTTCAGAAACAATTATTGGTGGTGAACTGTACTTAAATTGCAGAGAAACCTGTAAGTAATGGAAGGTA 3121 AAGAAAAATTACAGAATGGAAAATAATATTTTGGGCAAGCAAACAAATTCACTGAGAATTCCAAAAGTATATTAAAAAAG 3201 AAGATAGCTATGAGTTCAGATCTATCTTATTGGTCTTTAATATTACAACCAATCCTTAACTTTCCACTATAAAGGAAGGA 3281 TTACTAGATTGATTACTTTCTGGATAGATAATCTGGTAATAAATGATAGGTAAATCAAAAATTACTTTTATTTAGGAGTT 3361 TGAATTCTTACTCTCATCAGACATTTTTTTTCTAGGGACGCTTACTAATTAAATGATTTAAGTTGTTTCTTAGGGGTTTT 3441 TTGCCTATATATTTATGACTGTGTTAATGAGTAGTGAAATGATGCGGAAAGACAGCTATCAGGAAGAGGAAATACAGAAG 3521 CCTGAATAATCTATGGGTTAGAAAAGCATCCCTGAATAATCAAAAATTGGCAGTATTGGCATTGTTCTCAAGCCTTTTTA 3601 TGAAAATGAAATCTGAAATCACCAAATGTAAACCTGGGAACATTATTCTAGTGTTGCTGTCTTGGATTCATGTTAAGAAG 3681 CGTCTTCATTCTTTGCTCATGTTGCCCACTTCTTGTGGATTTGTCTGAGTGTTTTTTGACAATCACTTCCTTAAAGACTC 3761 TTCTGAACTAGTTGGACCTGGTTAATCATAGAGAGTAGCCTTTAATCATGGATAGTCTTCTTGGATTATTTTTATATTTG 3841 AAAAGAAAATGTTTTATTTGCACTACTGAGTAGGAAGAGTTAATTGTTTTCTTTGTTCTTTTTTTGAAGTCATTACACAG 3921 GACTTCACTCCAGAGTTACCATTATGAGTGTGTTCAGCTCTGGTCCACAGAGGATGGATAAAAATGGTTTGTTATGTTTT 4001 TTTGCTCTGCAGTGCTATGAGCCTTATATCTGTTAATATGAAGGACAAAGTCAAAAGCAGCAGTGGATAGCAGGAAGGGT 4081 AGAGACTAATATGTTTGGGACCAAAACCATCTAAGTTAGAGATTTCCAGATCACAGAGGGGCTGGGCATTCTCTGGAGCA 4161 GTCATTGGTTGGTGCTTTATTGTAATCATTTTGCGCCAATCCCCAACAATTAGGAACTGGACCCTGGGAATAAGCTGAGG 4241 GTGCTGAACTGTTGGGGAAGGGTGACTGTAGCCACATGGAAGATAAAATATGGGTTTTTCTGCAAAATTTCCATCTGAGG 4321 GTTTTTACATTTAATATTTTTTTAAGACAGTTTAAAGAGCAAACGTTTTTTAAGTGTATTCTAGTTGCAAAGTATGCACA 4401 CATATCTTGAATGGCTTTATTTTTATTGTGTAAAACTGTTGAACACATGACTGTGATGCACAAATTCTTTACGTGTAAGG 4481 AGTCTATGCATTTTACAGTAACTTATTTTATGATCGGGTGATGAGACAGTTATACTTTCAACTGCCATTATTTTTATTAA 4561 GTGCTTTCATTTTCTTTACAGTTATTATAAAATTGTATTTATTTTATACAGATGGGTTTTCATTTTCCTGATGCTGTAAT 4641 GTTTACTTCAGCTTGTTGACCTTTCTTTGTGTTATCTGCATGTTGTAACGTGTGATAAGAATGAATGTAAAGGCTGTGGC 4721 AACTGTAATTAATTTTTGTAAAGGGCTGGTCACACGTGGATCTGGTTTATGAATGCATTTGGGATGATTTTGGTAACCAG 4801 ATCACCTTTTCAGAAATTTAGATGTGAACACCAAAAGAAGCATTTTCTCAACAAAAATTAATAGCTGGTTCTATTTTTTT 4881 TAAACCTAGAAAAAATAAAGTTGATTTTTTTCAATTAAAGTGCTTTTAATTCTTAGCAGTGGGGATGGGGCATGTGTGTT 4961 TTACCAGAGCTATTTGGGCATTAATATCTGCAGGCAAGTACTTAAAGCACACTGTGGCAGTTGGATGCTGAAGGCAAACT 5041 GAAAAACCAAATGAAAAAACATCAGACTTCCTTCTTTGGTTTAAAAATATTTCCCCCTTTCTCCCCATTCTCCCAATCCA 5121 GTGGTGTGCTGGTAAATGTTTAGCAGTTCACTCTTCTGGGAGAAAATTATGTATTCAACTATACATGTTTGTTATAAATT 5201 TTGCTGATAGCAAGAACATATAACACAATTAACAAATAATAAGATACAAATACTTTATTGTAAATCCCATATAGCCAGTT 5281 GATTCTCACAGTATACTTAGTTGCTCAGGAAAGAACTAAAATGCTTTTTTAAAAGGATACTTAATTGCTTTTTGCTCAAC 5361 TCCTACAGTCAACCTATGATTGATTGTCTTTCAACTGTGATTTGAAAAATGGCAGACTGTCCAAATCTAACTCATTTCCC 5441 AATAAATTTATTATCATTCAATCTGATACGTGATCTACTGTTAAAACTGTTTCTTACCATGGTACATATTAGACTCATTA 5521 AGCCGAAACCACTTTTAGCTTTAACATTAATTGTAAATTTATATGATTCAATTTTCATAACCAATGCTTAACAACTGCAG 5601 GCAAAATTCTAAAATGTGACCACTGGGTCTTGGGAATCAGTAGGGGCTGTATCCAGCACACCACTGCCCCATCCTTTTTT 5681 TCTTAACTATTAGTGTTGAATAAACTTCTCATAGTTAATCTACTTGCTGAACTCAGGAAATTCCTATCACTGACCCTGGC 5761 CAGGGCTTTAAAGGGTAGGAAAAGCATTAATGTCAGTCCTACACAGCGAACTTTTGATTTAGAAGAATGTGACAGAAAGA 5841 AAACATTTACTGAAATACATGGGAAGCTTGCATATTTCTAAAGTTGTCTTTATACTTTTCATTTCTCAAAGCTAAGTAAA 5921 CTGTGGTATAGGCATCTCTAAGATGTTAGCATTTAAAACATCAATTGTTTTATTGATGTTTAAACAATTGTTTAAATCCC 6001 ACTGAAAAATTTAAATATTAAAATATCTTGCACAGTCTACCAAATGAGTTAAATCGTTACAGTCGTGTCTACCTCTTATT 6081 TTTCTATCTGTATTTAGGCTGCTGTTTTGGTGAGATTCTAATTTCTTTTTCCCCTGGAACTACTTTCTGTGGAAGACAAG 6161 GAACAGACTGGGGACAGAGGCCTGAAAACAAATTGGAAGCACTCAGAGATCTATTGCTGACCAGCCCTATTCCTCATGAG 6241 TTGGCGGGGGGAAAGCCATTGTTTTTAATTTCCACTTAATATGAAAATGCTTGTTTTTAAAATGTTTTTTCCTGCTGAAC 6321 AAATGTATTTTTAAAAGGAAAAAAATTCTCTTTTGGCTCTAAGAAGTCAGCTGTATGAGCAGGCGTGACCATATCATAAC 6401 ATGCTGATATGATAGAAATCAATAAATTTTTACCTCTCAGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | HEK293 | ||||||
Disease | 9926.0 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
"PAR-CLIP data was present in GSM714645. RNA binding protein: AGO2. Condition:completeT1
... - Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al., 2011, Nature methods. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al. - Nature methods, 2011
Cross-linking and immunoprecipitation (CLIP) is increasingly used to map transcriptome-wide binding sites of RNA-binding proteins. We developed a method for CLIP data analysis, and applied it to compare CLIP with photoactivatable ribonucleoside-enhanced CLIP (PAR-CLIP) and to uncover how differences in cross-linking and ribonuclease digestion affect the identified sites. We found only small differences in accuracies of these methods in identifying binding sites of HuR, which binds low-complexity sequences, and Argonaute 2, which has a complex binding specificity. We found that cross-link-induced mutations led to single-nucleotide resolution for both PAR-CLIP and CLIP. Our results confirm the expectation from original CLIP publications that RNA-binding proteins do not protect their binding sites sufficiently under the denaturing conditions used during the CLIP procedure, and we show that extensive digestion with sequence-specific RNases strongly biases the recovered binding sites. This bias can be substantially reduced by milder nuclease digestion conditions.
LinkOut: [PMID: 21572407]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM714645 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / completeT1, repB |
Location of target site | ENST00000366997.4 | 3UTR | AUACACUCUAUCACAUAUUUAA |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 21572407 / GSE28865 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | ||||||||||||||
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45 hsa-miR-3689a-5p Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT112230 | MDM4 | MDM4, p53 regulator | 2 | 2 | ||||||||
MIRT188656 | FAM76A | family with sequence similarity 76 member A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT200911 | ZNF264 | zinc finger protein 264 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT210595 | KBTBD8 | kelch repeat and BTB domain containing 8 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT299207 | CSRNP3 | cysteine and serine rich nuclear protein 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT317524 | SLC39A7 | solute carrier family 39 member 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT355849 | SGMS2 | sphingomyelin synthase 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT443052 | THRB | thyroid hormone receptor beta | 2 | 2 | ||||||||
MIRT446631 | SDC3 | syndecan 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT449409 | TRIM5 | tripartite motif containing 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT463561 | ZBTB39 | zinc finger and BTB domain containing 39 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT465704 | TNFAIP1 | TNF alpha induced protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT472688 | MYCBP | MYC binding protein | 2 | 4 | ||||||||
MIRT493287 | LNPEP | leucyl and cystinyl aminopeptidase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT499338 | RAB25 | RAB25, member RAS oncogene family | 2 | 2 | ||||||||
MIRT501723 | OVOL1 | ovo like transcriptional repressor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT507977 | BCL2L13 | BCL2 like 13 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT511811 | HDGF | heparin binding growth factor | 2 | 6 | ||||||||
MIRT516711 | PIK3CG | phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma | 2 | 4 | ||||||||
MIRT527853 | SMOC1 | SPARC related modular calcium binding 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT531286 | SLC7A7 | solute carrier family 7 member 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT531894 | INVS | inversin | 2 | 8 | ||||||||
MIRT536807 | HNRNPA1 | heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT537807 | EFNB2 | ephrin B2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT544335 | LPGAT1 | lysophosphatidylglycerol acyltransferase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT547142 | PGM3 | phosphoglucomutase 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT547429 | MED4 | mediator complex subunit 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT563354 | ZNF181 | zinc finger protein 181 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT564849 | ZBED3 | zinc finger BED-type containing 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT566426 | PIGA | phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT572512 | KIAA0232 | KIAA0232 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT574682 | HNRNPA3 | heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT608820 | ONECUT3 | one cut homeobox 3 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT608886 | CLIC6 | chloride intracellular channel 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT608959 | GIMAP1 | GTPase, IMAP family member 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT609012 | HPS3 | HPS3, biogenesis of lysosomal organelles complex 2 subunit 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT641431 | SCUBE3 | signal peptide, CUB domain and EGF like domain containing 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT661841 | ZNF587B | zinc finger protein 587B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT690651 | RPF2 | ribosome production factor 2 homolog | 2 | 2 | ||||||||
MIRT704619 | CLIP1 | CAP-Gly domain containing linker protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT708714 | PTPLAD2 | 3-hydroxyacyl-CoA dehydratase 4 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT710663 | CSTF2T | cleavage stimulation factor subunit 2 tau variant | 2 | 2 | ||||||||
MIRT711260 | TPCN2 | two pore segment channel 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT714649 | FSTL1 | follistatin like 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT718518 | COL19A1 | collagen type XIX alpha 1 chain | 2 | 2 |
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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