pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-4491 |
Genomic Coordinates | chr11: 111347757 - 111347824 |
Description | Homo sapiens miR-4491 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-4491 | ||||||||||||||||||||||||
Sequence | 46| AAUGUGGACUGGUGUGACCAAA |67 | ||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | ||||||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | RNF217 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | C6orf172, IBRDC1, OSTL, dJ84N20.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | ring finger protein 217 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_152553 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on RNF217 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of RNF217 (miRNA target sites are highlighted) |
>RNF217|NM_152553|3'UTR 1 AAAACAGAGAAAACGATCACGGACAGGTATGCACTGGTAACATGCAGATGATTTCATCCAGCTAAGCTGGTTGGAGTAGG 81 AGCGATACCAAAGGGTACACCCATCTGTGAGTCACATCTTGAAAAACACTGAGAGGAACCTTCTACCATCTCATCTCCCA 161 GTGATTCTCCGTGGGCCACAATGCCTCTAGCTATGGTGCACTCCCAACATGGTATCCTGTCCTTTCCCTAAACAAATTGC 241 TGCTGCTTTTAAAAAATGGTCACTTTCATAAACTATAAACATCTATATCATAACTCTGACCTTTGTGGTTCTTGGAAGAA 321 GATATTTTAAGAACCAGTTATCCTAAGAATTCTGAGCACGCCTCTTCTGAGAATTGCTTGGACTGTCTTTGAACTCTGCA 401 CCTCCTTCCAGGCCATCTTGTGAGACTTGGTGTTAATAGCTGAAGTCCTATCTGTACCAACAAGCAAGGCCACTTTTCAG 481 AAGATAAGAGTTCACTGAATGCACCTATTATAATCTGTGGCCCCAGCAGTATAATTCTTTTATCTTTCAAATGTTATAAT 561 TGCAAAAAATCTCAATGTCCAAAAGGGAATGAGTGAAACTAAATTAATGAGAAGAATATTAAGTTACTGAAGTGTATATG 641 CGTAGGGGCGTGAATGTGTGTGTATATAAATATGTATTAAAACTAGGCCCAGTAACCTTGTACTTACCCAGTTCCATGCC 721 GCTACACTATTTTTCCACATTTTCATAGACCTATTGAAAGATGATGGCTCCTTTGTGGACATAATTTAGCAATGTATTAA 801 ATTAAAGTCAATGTAGACAACAGGCCATTTCGATACTGAACTTTTCTATTTCTTGCTCTTTCTTTTTGTCACACAAACAC 881 AGAAATTTGTGCAACGTCACCCCAAGGAGTATTAAGCTTTGTAAACTGACAAAACTGGCTGCTTTTAGGAAATTCTCAAG 961 ACACAAATATTCAGTCTTTTTAAAATTCTTACATTTTGGAAAACATGCTTCACTCTATAGATAGATCCTTCACATTGGGA 1041 TTATTTAATCCCAAAAACAAGTTTGCTGTAGACAACTGCTTAAGCCTTTAAAAAATTCCTATTCTGCTAATTTTTTAACC 1121 AACTTGTAATTATAGATAATTCTGCTTTAGGTCAAGGTCTTACATCATTTAATATCCTAACCTTGTTATCTCTTGCCTCC 1201 TCCTCTCTGTTTTTATTTGTTTTCAAGGTTTTTCATAAAAACAAATACTAGTTTTGAAGGATTTTTTCTTACATTTAACT 1281 GCTCAAACATAATATTTTTGGGGACACCTTCTTATGGAGGAGTTTGAAAACTTTTTATGTTCTTGAGTTTGTCCAATATC 1361 AGCTGCTTTTGGGAAAGGAAACAAAAAAGTGAAGGAAATATTTTCAGGAAGTTTTTCTCAACCTACAAAAGCTTTAAAAA 1441 TAAGAAATTGACAAGTAACTAGACTATGATATGCCTTTGCTTTCATCACAAAAGTTCATCAGCAAACAGGAAAAAAAAAG 1521 ACCCCTAAAAAGCCTAAAGCTTTAAATTGTCTCCAAATTCTTAAAATTAGTCATCTGTCTTAGATGTACATTTATTTGTC 1601 AGCAACCTTGTCTGATTTGAAATAGATGATATGATAAAACATGCATTAACATGAGTAGTTTATTTTTGTTGGGCTCCAGA 1681 GTGTAAGAATATTTTATTTTTTGTTTGACATAAAAAGTGAAGTTGACTTGCGTGAATAACAATCCAGCATGCTTTCATTC 1761 TTTCTGAATAACACAGAATAACTGTGCTACAGCTTCTGGATTAGTTGTCTATTTCCAGTTAGAGGAGTGTGTGACATTTA 1841 TGGTTTGGGAATAGCATATTTCTAAAGCATAATATAATACAAGAAATAGTGATGCTCTGTTTTCACAAATTTATCTTTTC 1921 ATTCACCCATCCATCCATTTAACAGATATTTATTGAGTGCCTATCTTAGGTGTAATAGTATTTAAGACTGAAAGAAGGAG 2001 AATTTCTAACCTGTCATAAGAGTAAGGTTTCGTAAATTCATCTTTCCTGAACTTAGGCATTAGTTTGGCAATATGTGAAT 2081 ATGATGAACTCTAAACCTAGCTGATCTGTATATGTATGATGTATATATGTCATATGTATGATATATATGAAATATTCCCA 2161 TAACTGCATATGAACACATATGCCATATACATATATACCAACGGGCTGAATAACATACTCTTTTGTCTTGGATAATCTGT 2241 TTTCTGGGTTATGTATCTGTTGTCTTTGGCCTACTCAGGGATTTTTATTTCTTTAAATAACTTATCTTTTGGACATATTT 2321 TTATATTATTTGGAAAACTTTCCAATATTCCTGTTACAAAGTGGTGTCTGTTTTCAGTGATGGCTATTTCATCAGTGCTT 2401 GAAATAGTGTGCACTGTGTTGCACAGGTTTTTCATTTTTCTATTGAGTAGATATTTTTAAATTAACATACACATTTTTCT 2481 CTTTAAAGGGTCATATCTATTAGGCCTTTCCCTGCTGGTAACTTAAAATGATTATTTGTGAATTTTTTACTAAGTTTCAT 2561 CAAGATCTTAAAAAGAGAGAAGAAAATAAAAAGTATTATTTATATGTCAGTGCCAACTTTGAAGGTAAAACAGTAGTAGT 2641 AACTTTTGGGAGAAATTCTAAAAACTACTTTAAAAAGAAGCGTGCACATAAAATAAATATCTTTCTATCCAAGGCTTGTC 2721 ATTTTATATGCTTTTATTGTAAATTTAATATATACTACTTTAAAAAATTGAACTATACAGAATTTATAAAATACAACTTT 2801 CTCTACTTACCCCACCTCTTATTTTCTAGGGGTAACCACTGTTAATGGTTTGGTATGTGTCCTTCCAGACACTTTCTACA 2881 AATATACAAATAAGTGTGTTTGTGTATGTGTCTGTGTGTGTATTCATTTTATACAAATAGAAAAATATTCTTACTGTGCT 2961 GTGACTCTTTGTCATTTTATTATATATTAATAGATACCTTTCCATAAGCGTTTAAATAGATTTACCTCATTCTTTTATAA 3041 ATTACTGCATAATCCATTGTAGGAGTATACTTTAACTTATTGAATTAGTCCCCTGTTGAATGGACTACAAGATTATTTTC 3121 ACTTCTCTATTACAAAGAAAGCAAGAGTGAAGACCCTTTTGCATATATTTTTGTCACCTTGCATGAACATATCCATAAGG 3201 TTGTACATTTGTTTTTTACAAGATCTTTGTAATAAACATTTTAATGTAATTTCAGGAGATGAGGTCATAGAGATAATATG 3281 AGACCCTTTTTTGGATAAAAAGAAAGATTGTACAGGAGTGCATAATTTTTAAAGAAAATCGTCTTTTGAAGGGTAATTTC 3361 CTTTCTGCCTGATTAGCCAAATAAATACCTTGCCAAAACTTACAATAGGAAATTTTTTTTCAATAAAAATAAAATTTGAG 3441 GAGATGTGTGTCAGATAATGTGAGAGAGATGAATTGACTTTTGGATTGCCTCATTTTAAAACTTGAGGGATTTAAATCAA 3521 ATACCCAAGCCAAATTGGTGATACTTTTCGCATTTTTAGTAACACTATCCACTTTTGTGTATGTTGCTTGACAGAGGAAC 3601 TTAATTATGCCATTGTGAAAAGTAGGAAAGAATATGTTGGCAATTATAAATGCCCACAGCAATTCCCAGAAAAATACATT 3681 AGATTATGTACGATTTAGTGATTTGGTGGGATAATTATAAATCGTGGAATAATTTATATATGTGGAGTAAGAAGAGAGGG 3761 GTCAAACCTTTTGGTACAAGCAACATCTTGTTGCCACCACCTTGATTTTCTCATAGGTGCTATTGTGTCCTAAGAGTAGA 3841 ACAGACAAGAAAACAAAGATAATTAAACACAAGTCAGGTTACAACATGATATCTTTAATTGTACTTTCTCTGCTGTGGTA 3921 TCAAGATTCAGTGGTGCTTGTCAGAAAATACCTTGTTCTGTGACTCTGACTATCTCTTGAGTCCCAAGGCTCCAATTGAG 4001 CCTTTATCTTTCAACCTTACCACCCAAGTATATGACCAACTGTTCTCCTAAAATACCTATGAACCACTGTAATCATTTCC 4081 AGTCCCTGATGCCCCTCTTCAACCTCATTTTTCTCCATACCTCTGCTATTCTAACTATTCCTCTTCACTGAAGGAGAAGA 4161 GGAGAGACAGGAGGGGCCTAAAAACTCACTCTGGTATGTGGGAAACATTAGAATTCCTTCCTGACCTTTGTCAAATGAGG 4241 GCACATCTGCCAAGACATCAGTCCAGCTTCTCCCTTGTTAAATGAAATTGTTTTTAACATTACACTTTTATACTGGCTGT 4321 TACATTAGAATTACAAAAAAGTTAGTGGCCTCTATAACCTTAATTGGCATACTTTACTACAAAAATAAGAAAATGTATGC 4401 CAAAAAACGTTTTTAGATTTTAATTTTATAAGCAACCTGCACATAAGCCTTAATGTGAGTCTTCACATTGGATTATATTT 4481 TTATTCTCCCATATTTGTGGCTGAAATCTCTCCCAACTATTGAGAGTGATCTTTCCCATGGTCTGCTTTATTGTTTTGTG 4561 TTAATATCTATTATAAATATAGCCTTAAAATTTTGTAATGCACTTTAAAATATTTGTGCCATTTAAATAATGACAAAGCA 4641 ATCAATGCATACATTTCAATGGAGACAGTATACAAAGTTAAAGCAACTGATACATATATTTCAGTGGAGACAGTAGGATA 4721 ACAGTGTTAGCAAATATGTGTCATCTCTTTAAATTTGGGAGGAATCAGAAGCTAAAGATTTAAAACAAATAAAACATACC 4801 TGAAGAAAAGTAGCAATTTCTGAAATTGTAGTAATCTTGGAATGGTTATCAAACCTAGCAAATAATACTTAATAAGTGTT 4881 ACCTAATATACCTAATTGGAATGTTTGTTTAAAATATTAAATTAATTTATACTGAAAGTTTTAACTGCAATTTCATAATT 4961 CATGAATTCTATAAAAGAAATCTCCCTCACTAAAAATATGATCAATCAAAACTACCAGTTTTGCACACCAATCCCAAGTT 5041 TAAGCATATTTTGTATTTAAAGTTATAATTTAATTATGATACTGTCCCCCTAATATGGAAAATAAGTTACAAAATTCTTT 5121 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGGTTCTCTCAATGTTGCCCAGGCTGGTCTCAAACTCTTGGGCTCAAGCGATCC 5201 TCCCTCCTCTGCCTCTGGAGTAGCTGGGATTACAAGCACGTGCCTACTATGCCTGTCTTCAAAATCACATTGTTAATTTT 5281 TATAGCCACAATTATTAATTTGATAAAACAAATAATTTTATAGAAGCATTAAAGTATTATCAGAACAAAATCAGAGTTCC 5361 AAAATTTGGGGAGTATTTTAAGATTGTGAAATGTTACCTTTTGGATGCAAACCAATGATACAAATCTTTAAGAAAGAATT 5441 ACAGTGGGACTCCTTTGAAACTCTGATTTTGAAAATAGAACAAATACACATTTCATAGCCAAACTTTGTGTGGGACTTCT 5521 ATTGTTACTAATTGTAAGGCTGTAACTTTGGTTGACTTCATCCAAATCCAAGAAACAGAGTCACAGTAGTGAGACTATTC 5601 TCATTGCTTCTTTGGAGCATTAGCTGAAGCTTTACCATATCACATACCTTACAAAATCCCTATACATATTGCCAGTTTTA 5681 AAAGAATGTAATTATGCATGTTACAAACTATATATATCTTTTTGGCTAGAGAAGTGACTATTTTAGAATAACAGTATGAA 5761 TGTAAAAGGCAATAATTTTTTTTAAATACACAAAACATTGCCATTGCCCTTTTTTGTCACTTCCTTTTTTCTTCTAAAAA 5841 TTTTCATTTGGTGTATCTAACTTTGTATCACTTAAATTATTCAGACTTACTAAGATAAAAAATACTTTTTTTCAGTTCTG 5921 TGCTATATTCTGTCACTCTATTCCATTATTAATACTAAATGACTTTCCTTGTGAAATGATACCCACATACTACAACATCA 6001 AGCTCCTTTTTCTCTTAAATTTCCTAATTATCTTGATTTTTGCCTCTGCAGTCTTCTTCCCATCTTGGCCAAGTGTGGGA 6081 TAAATTCTGTCTCGCCCGTAACTCCTTTCACTGTAATGAAATGAATTCAACACTGAACGCACTCCAGAATTTAGCTCTGG 6161 TAGTGAGCATAATTTACCTTGGCTTATTTTATTTGTAAATGGAAATGTATCAGGAGTGCCTGGAACACTTTTCCCTCTTG 6241 ATAGGAGTTGGAGAACACTGCCTAGCCCTCTGCCAAGAAGTAAGTCAAGCAAATGAAGATACCAGTTGGATCAGAGGGCC 6321 TAATAATAGTCTAAAACCAAGCTTCAGAAATTGCTTCGTGACTGTTGTAAGATCAATATTGTGTTTGCGTATTAGTTGGA 6401 CAGAAAGCATGTGTGGACATTCATCCAACCTGACCCCAGGTCATTCATTCTCCATCCAAAAAGGGTTATAGGTATGGTTT 6481 ATGGTCTTTGTTTCAGCAAAACGTCCTACAGCTTGGACTTGGGGTGGATTTATATAGTGTAGCATTTGTATATAAGATTC 6561 AATTATGGATTCATGCTCTGTGAACATTGTTAGATTTTTAATAATCTAAAGTAGGTCACATTGAATGTAACTGATATTAA 6641 CCCTATTCTAGAGAAAACATTTGTCATTTGCAAGTGTTTGACTTTTTTATTGATATGATTTAGATATGCCACACTCAATA 6721 TATTTAGTATAGATTCAGTACATAACAGGAAAGAAAAAGGGAGAGACAGACTTGAGTGTTAAAGGACCCCAGAAATTGCT 6801 GAAATGTCCTTTTAGATTCTTGTGGCTGGCAAGCTATGCTGTCATTGGTTCTCTGCGAATCTGTGATGTGTTCACTTCGC 6881 CATGCCCCAGCTTGGGAAATATTCTTAGTAATCCAATCAAATCCTTAAAAACAGCATTTTTGTGAATGTATTACTTCTTC 6961 AATATCCCCATATATTTGTATTGTTTCAAGCCACTAGTATCTAAATTTTTGATATAAATATCTAAATTCTTTCATTTTAT 7041 AGAAAATTAGCATGCTTTATGTTTCTTTATAATGAAAAGTCTAGATAAAGTATCATAATTTCATTATCAGCTGACAAGAA 7121 ACCCTTCTAAGACCCATTTTTTTAAGTGTCATATGGCAACTCCTCAATAGCTTACTTTTATTATTTGATCATTTTCATCA 7201 CAATTGCAATCCTCTAGAGGGTATTTTAAAAAGTAGACCAACCTTATGTTTCACGTGAAACATAGAATAATAATTAGTTT 7281 GTATATATATAAAACCATTTACCTTGACAAGGACAATCTGTTACAGATTTTTAATATGAAAATTGACAATTTTGTTGCTT 7361 TTAGAAGCAATTAACATAGTAATTAGTAAATTCTGAGAGATGACAGAAATGATTTTCTGTAGAAGGAACACAACAGTGAT 7441 GTTAAAATGTTAACAAAGAACCAGTTGTTTTGATTCTATTTTAAACAAAATTGTAAGGCAATTTTATGAAACAAACATTT 7521 ATATCAATGTATATCTATTTCAAAACTGTGGGACAATTATTCATTCTTTTCCCAAATAGAGTAAAATATTAAAGAGAAAA 7601 AAATTCGAGTGTTTATCTGTTATTACTGTATATTCAGAAATTACAGTTCTAAGGAATTATTGTCATCCTCTAAGTATCAG 7681 AATGTATTCCATTTTAATTATATTCTCCTTAACAATAGAAAATTAGAAGAAATTTCTTGATCATAAGATGAATAGTAATT 7761 TGTACCAGATCTTGTCCATCATTTCATTAGATTGCATATTTTTAGTTTTCTATAAAATTTGCAGCCATTTTCCAAATAAA 7841 GTAAGTTATAATATTTTTCAAGTTTAAAATGGACCGGGTTGAAAAGAGATTTCATTGATTCTTTTTAATGATATTGGAAA 7921 ATATTTATGCAATTTTATTTTTTAACCTTTTCTCCATTTCATTAGTTATACTATTAACTTTGATAATCACAAAACTATGT 8001 GGAAGAAATCATTCTGATTATATTTTATGAAAGAGAGGGGTAGAGTAAATTTTTTAATTAGACAATGTTGATATGCAGAA 8081 ATCTCTCAAAAGAAATTGCAAAGGAAAAATTACGTTGAGATGAAATGTTGAGAAATAAGGAGTATCTTAAAAACCTAATT 8161 TCTTACACTTTTTAGAGCAATCAACTTATTTCCAAATTATTATTTCATGCTGTTGTTTCCATGAATTGTGTTTTTAGCAT 8241 AGTATATACTTTTCTACCACGTTAGCATTTACACTCTAATTACTGAAAATAAAGGAAGAAGTTGGTGAATAAAAGCCAGG 8321 GAAACTGGGTTTATTCTCATTTTCCAATAGCACTAATGTATAATCCCTTTAACCTTCCATATGGTGCTTTGTGTGATGAG 8401 TATATAACATTCATATACGTTATTAGTGCCTTATTTTTTTCACTTGACTTTATTTCTTATCTAAAGAGCCATATATTTTT 8481 TGTGAGTGTTCTTTGGTCCCTCTATTTAAAGTGCTAAGGAGAAAGCATATCTTTAGGGATGTATATAGGCTGCGTTTGCT 8561 ACCTTAATCTACTGTATTATCTCTAAAACAGGTTAGCCAATGTATTTTTCTTAAATTCATTGTTCATTTTTAAGCTAACC 8641 TATACAAATGGATATTAAACACCAGAAATTAAAGCCATTAAAATTGAATTGTACTTTAAAACCATAAAAAATGCTAATTA 8721 AGTTTAGAACAGGAGTTGAAATGACTCTCAGTTTTATCTATAGCTCCAATTAGGACAAAATTACTTTACAAAAAGCATTA 8801 AAAATAAAAGTAACTGTATGGTACTTCAGGAATTTGACCAGTTCCTTACAACTTATTCTTGGCAATATTTTGTCAGTAAT 8881 ATACTTTCATACAGATGCTAGAGAACCATGGTGTCTGCTATTTACATGTTATTTGTTCCCAGTGAGCTTTATCAACATCA 8961 ACCCTGTTTATATAATATGTTATTTTGCTCTTCTTGATCTGTGCCTTTTGTTTTAGCTTTATACAAAATGCTAGGTTTGT 9041 TATATTCTTTATGTATCATAATATATAATTCAACTTTTCCTGATGAATGTATGCTGAATAATTAAACTAAACCATGTGCT 9121 TAGAAAAGACAAAGACAGGTTGTATATGCAGTTATGTGTAAATATTTGACAAAGAAAAAAAAAGGAAAAGAATCTTCCTG 9201 CCAACAGGTAGGTCCTGCTGGACAGGACCTGAAAATTAAGAGATTTTTTTTTTTAAGCAGTGAAATTTAAAAATCTATTA 9281 CCTCAAGAATTTTCAGTCGATATGTCAATGTACTGTTCCTTCTCAGTAAGTACAGTGTCACATGCTGCTGGCGGTAAAAG 9361 CAACCCAAGTGTCAGATCACACAAATTTTAGGGACAAGTCTTTCAAAAGACGGACACCTTGTGATATTTTGGAGTCTAAT 9441 TTCCGACTTTTCGTAATGTCCCAATGACCTTTTGTTGTGGTTGGGCTTTTATAAAAAATTATTTTCGGTTGGTTGTTGTA 9521 GAATGGAAGAGTAATCTTAATTATGAAATCAGATTGCATGGAAGAATATAAAGACACTCACTCGGATGAAAACTATAACG 9601 GTTTTCAAACTATTTTGATGGTCATTGTACGAGCTATTGTATGGATTACTGTGGAGTGCTGTTTACCACATGATGTGTGC 9681 AATACATCATGCAATGTTATTTAGCAATGCGTAATAAAAGTTTTTAAAAGAGAAAAT Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | HEK293 | ||||||
Disease | 154214.0 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
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"PAR-CLIP data was present in GSM714644. RNA binding protein: AGO2. Condition:completeT1
"PAR-CLIP data was present in GSM714645. RNA binding protein: AGO2. Condition:completeT1
... - Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al., 2011, Nature methods. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al. - Nature methods, 2011
Cross-linking and immunoprecipitation (CLIP) is increasingly used to map transcriptome-wide binding sites of RNA-binding proteins. We developed a method for CLIP data analysis, and applied it to compare CLIP with photoactivatable ribonucleoside-enhanced CLIP (PAR-CLIP) and to uncover how differences in cross-linking and ribonuclease digestion affect the identified sites. We found only small differences in accuracies of these methods in identifying binding sites of HuR, which binds low-complexity sequences, and Argonaute 2, which has a complex binding specificity. We found that cross-link-induced mutations led to single-nucleotide resolution for both PAR-CLIP and CLIP. Our results confirm the expectation from original CLIP publications that RNA-binding proteins do not protect their binding sites sufficiently under the denaturing conditions used during the CLIP procedure, and we show that extensive digestion with sequence-specific RNases strongly biases the recovered binding sites. This bias can be substantially reduced by milder nuclease digestion conditions.
LinkOut: [PMID: 21572407]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM714644 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / completeT1, repA |
Location of target site | ENST00000521654.2 | 3UTR | CUACACUAUUUUUCCACAUUUUCAUAG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 21572407 / GSE28865 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM714645 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / completeT1, repB |
Location of target site | ENST00000521654.2 | 3UTR | CUACACUAUUUUUCCACAUUUUCAUAG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 21572407 / GSE28865 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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67 hsa-miR-4491 Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
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Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
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MIRT056779 | ARID5B | AT-rich interaction domain 5B | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT061577 | BTG2 | BTG anti-proliferation factor 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT063828 | SRP9 | signal recognition particle 9 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT102306 | DNAJB9 | DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member B9 | ![]() |
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