pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-6818 |
Genomic Coordinates | chr22: 30007049 - 30007113 |
Description | Homo sapiens miR-6818 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-6818-5p | ||||||||||||||||||
Sequence | 6| UUGUGUGAGUACAGAGAGCAUC |27 | ||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||||||||
Experiments | Meta-analysis | ||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | FBXL20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | Fbl2, Fbl20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | F-box and leucine rich repeat protein 20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001184906 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_032875 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on FBXL20 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of FBXL20 (miRNA target sites are highlighted) |
>FBXL20|NM_001184906|3'UTR 1 CAATGGAGGTGGTCAACCTTGGCGAACTGAGTATTTAATGACACTTCTAGAGCTACCGTGGAGTCTCTCCAGTGGAAGCA 81 ACCCCAGTGTTCTGAGCAAGGGTTACAAAGTGAGGGAGGGCAGTGTCCAGATCCCCAGAGCCACACATACATACACATAC 161 ACACCCTTACCCCCATCCACTCTAGCTTTGTGACCATGGGACTGAAGTTTGTGATGGCTTTTTTATCAAGTAGATTGGTA 241 AAATTTAACCATTCCTGTTGAGGTGCCCATAAGAAAATCATAGGCCAAGATAGGGAGGGGCATTCCAGCAAACCCCGTGT 321 TAATGCTACTGTGGTTTTTAAATTTTTGTCTAGGGGTTTCTTTGGGGATTTTAGAACAGCATCTGCTGTCCTCCGGGGTC 401 AAGAAAAGCATGGAAAGACAATATATGATGTACCCAGGGACCAGAAAGAAAATTTCTTTGCATCTTAGAAATGGTAGACA 481 TTCATTGTGACTAAAGAGCTTCTATGCTTCCTTGTTTCCATGCCAACATGCTGAGCATGCTCACAAAGAAGGCTCGTCCA 561 TTCCTCCTGTGTTTTAGTATTTGGCCCAGAGGTTTCCTAAATGGTTGCCTTGAAATCACTGTGGTCCAAATGTAATTCTT 641 ACACACTCAAATTATCACTGTCTGTAGCACACTTGTGCACCTGTCTTACATTCTCTGTTGCTCCCCCCCACACTCTTGCT 721 CAGTCTGTCACCTGTTCAGTCTGCTTACTCACTCAATTGTTACCCTTTTGCTGTTGTCGTGTTTACAGTTTGCATTTTGA 801 ATGATTAGTTGGGATTACCAAACATTTTTTAAAAAGATATTATCAATAAATATTTTTTTAATTCTAAATTTTACCATTAG 881 GGGACCCTGCCTGAATCTTTGCCAACCTGCAAGGAAACTCTAATGAAAGCAAGAAAAGTTATGAGAAGAAACTGTTTTGA 961 TGAAAACAGATGCTACCTTTTGGTTTCTATTTTATCTTCTGATATGTGATAATTCGCATGGTATCCCCAATATTCCCCCT 1041 ACATATTCTTCCTTCTGTCAGACTCCACCAACTGTATCATAAGGAAAGAGAGAGATGTATTATTAGGAAAGAGTGAAAAT 1121 GATAAATCACAAAACAGAGCCTGAAAGTCCCCAACACCCAAGTTCAGACATTAATGATTAATGTTATTATATATTTACTG 1201 AAATCTAGGAGTGATCAGTGGCATCTCTGACCTATGAGGTTGTTTTAACAGGAATGCCACTAGAGGAGCTGTGTATTCTA 1281 GCCAGTCTGTTTCTCTCTTTTCCCCCATTTCAGCCTTTCAGGGATACAAGAATGGCTCTATAACAGCTGGTCAATTGTAT 1361 GTCAGTGTTAATGGATTCATATCTAGTGTTGGCACCCCAAAGGGCCAGAACCTTCCCATAACCTGTCAGTCATCTCTCTT 1441 TTCTGCCCCAGTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAGACGGGTTCTCACTCTTGCCCAGACTGGAGTGCAGTGGTG 1521 CGATCTCGGCTCACCGCAACCTCCACTTCCCAGGCTCAAGCGATTCTCTTGCCTCAGCCTACCGAGTAGCTGGGATTACA 1601 GGCATGCACCACTACTGCCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACATGTTGGCCAGCCTGGTCTTGA 1681 ACTCCTGACCTCAAATGATCCACCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGACTACAGGCATGAGCCACCATGCCCGGCCCT 1761 GTTCAGACTTCTGAATGAAGTATGAATGTAGCCAGGTGAAGCATTGAGGCAGCTGAAAGAGAACACTGAGAGGAAGTAAG 1841 GGGTTTAGTGTCTCTGCTTAGCCTGGGCACTAGAACTGAGGGAGGAATTTAGTGTCCAGGACTCAAGAGTCCAAGAAGAA 1921 GCACCCTCTGTCTTCCCAAAAAATCAGAGGATAAAGGAAGTAAAATGAGTTTTTAAAGCATAAGAAGAAAATTTCTAAAC 2001 CCCAAGATTAGAAACCCAGTGTGATTTTTAGTAGGGTGATTTTGGCGGGGGGTGTCCTTTGAGACATTAATGTGCAATCC 2081 ATCATAATATTAATCTTCTATATGATCCAGACTATTAAAAGGCTTGTTTTATTTATTTATTTTATTTTATTTTATTTTTT 2161 TAGAGATGGGGTCTCGCTATCTTGCCCAGCCTGGACTCAAACTCCTGGGCTCAAGCCTTCCTCCCACCTCAGCCTCCCAA 2241 GTAGCTGGGACTACAGGTGTGTGCCACTGTACCCAGCTTAAGAGGTTTGTTTTAATGCTGCAGTTGCTGATTATACCAGC 2321 ATATATAAGAATAAAGTCTGATTTATTTATCCATTGATTTAGAAGGCAATTGGATGAAAGGGTCTTAGAAGTCTATACTA 2401 TCCATTAATATTTATCATATTAAATTTATTTTAAATCCTGTTTTATTGTGCCGCTTTAAAAACGCAGATTACTTGTTTAT 2481 TCATTCCCCTTTCCCCTTATTCTCTTTCAGATTACCTTATAAGGAATATAGTTTTTAACATGAAACTCAGTTTCTTGTCT 2561 GTACCCCTACACATAAAAATACATACGTGCATACACACATACTTCCAGATGTGGTTAATAATATTCAGATCCCTAGGTTA 2641 CTCAAACAAAACTAAAGGAGAGAACTATTTAGGGGCCATCTGCTTTAAAGTTTAAGGTGTTTTGTTGTTGTTTTAGTGCC 2721 TGTACAAATTGACCATAAAACCCAGATTGATTAGTGAGTGTGGATTTGAGTTGCCTAAGTTGAGGCTATTAAGGTACTTC 2801 TTTACTTAAAAGATAAGTTTAAAAGACTCTATTCATCAGTTCATGATGATCTTGGAAATGCTGTTTCTCTGCTCAAAGGA 2881 TATACCCACAGGCAGGTCCATGGGGACTTGCTCTGGTGATCTCTGCTATTAAGGCAAATTCCAGCCTGTTTGTGCCAAGA 2961 ACAGAGTCAAGTGAGAGAGAATGAAGACTCAGAGATGTGCAGCACTGGCTTGTATGTTGTCAGGCAGAAGCCTTGTTCCT 3041 TTCTCAAGAAAACTTCAGGCCTATCAAGCTTGGAAGGAAATACATTTTTTTATGCTGATTTGCAGCCTACACCAGCTGAT 3121 GAATATGCTAGGACTTTGAGAGAACACAAAGCATGGTAAGTTTTGGTCAGGTGGAAAGGAGCCTGACATCTGAACATAAT 3201 GCTTCCTCTCTCAACATCTGGGATACTTTTGAAAATTCAGTAAGGCTTAATGTAGGAAAAATTCTTTACAGGAAAAGCTA 3281 ATTGATCTGTTTGTCTAACCTCATAGCCACTCCAAAATATGCCTTTTATAATGGAAAAAAACAGTGAACAGAGAGAAGAG 3361 ATTTGGGGATAAGTTAGAAGGTACCCTCAAAACTACTGCCGTAAACCTACAGGTGGGCAAGGAGGAATTACTGTAGTGTC 3441 TCTGGAGAAAGTTCTTGAACATCCAAATCATCTCTTTTCTAAGCAGTTTTTCCCCTAATCTCATACCTTACATCTTCCAG 3521 CATCATTTGCTACATCAATGTCTTTTCATCCTCTTCATCAGCCCCATTGAGCTGACTCCAGCTTATTTTTGCACTGATTT 3601 CCACCATTTCCTTCCCACACCCATCCTTTCCCTCTATTTAAAGCCTCCATCTCACCCTCAGTAATGCTGCTGATTTACTC 3681 TCAGATGTCTCAAGTCTAGCTTCCTTTTTGAATCCTTCTCCTACTCCAGGGGCTGTCAAAGGCAGCCTTAAAGTTCAGTG 3761 ACTGTTAGGTGGCTCAGGCCATTTTTCATTGGGTGGTCTTTGGTGTTTGCATACTGAATTTGAATTCAGTTTAAAAGCAA 3841 ACTGTTGGATATGAGGAAGAAAGGGATATGGCCTTAGCCCTTTTTCCAATATTTGGAATATGAAAGCATATTGTGCTTTG 3921 TGTAAAAAATGTTTTCTTCTCCTATTCTGCTCTTGTCTTTACTGAAGGTAAAAGTATTCCTTAAGTAGCTTTTGCAAATT 4001 TCTAGTCTGATTTCCACATTCATTAAGTTGATTTAGCAGACATGTAAGTCAGAAGTTTCACATATCCCTTGTATCAAACA 4081 TTTTATAGGGAAACCTAGTAAATTTATGATGCTTCATTTTGGGCTTTCCAGACTATTTGAGTTATTCAAGATAGCCATAA 4161 TGTTTTAGTAGCGACATTCTTTTATTACTTCTAATTGCCTTGTAAAATGCATTGTTATGGCCCGGCACGGTGGGTGGATC 4241 ACAAGGTCAGGAGTTCAAGAACAGCCTGGCCAAGATGGTGAAATGCTGTCTCTACTGAAAATACAAAAATTAGCCAGGTG 4321 TGGTGGCAGGTGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGAGAATTGCTTGAACCCGGGAGGTGGAGGTTGCAG 4401 TGAGCTGAGATCGCACCACTGCACTCCACCCTGGGCGACAGAGTGAGACTATCTCAAAAAAAAAGAAAGAAAGAAAGAAA 4481 AAAATGCATCGTTACTAGTTTGATAGCCCACTAATGCCATGGGGGACTAAACAAAATATGTGATGAAACCTGTCTTGGTT 4561 TGAAGTTGTTAGAAAGTGTGAGAGTGTCACTGGAAAGAAGAGAGTGGCTTCCTGCCTGCTTGTTTAGTCAGCATGTCCTT 4641 AGGTGACTGTGTTGTTGGGAGAAGAGCACTCATGGGTCATGGGTGACCCTTGGCCATTTTATGTTTATTGTGCTGAAAGT 4721 CACAGGCGGCTCATGCCAGTTGCTACCAGTGAGAGGAGGGGTTTAAAGGAAATTGCTCTATTTTGCCTTATTCCTCCTTA 4801 TGTGTATGATTTAAGGGTAGGCTTTTATCCTGGTTGTATCTCCTGGCTGACAGACTTTCTCAATCATATGTTTGAGCTCT 4881 GAAGCATTTTACAAAAAGATTGCCTCTCTATCTGCCTGCCAATCCTAGAATCTTTAGCCACCTCAAACCCAGGCACTGTG 4961 AATTAGCCAAGTCCTGTTTGAGAAGAAATGTAGGATGTTTGGTTGGAATTCTTGAGACAGAACCTCTCTCCCCATTAATG 5041 ATGTTGTACCAAAGAATTCTAAAGCAGTAAAAGGATAATGGGGAAAAATGGAGTCACAGCCTTTCCTCGCCTATATTTCT 5121 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTGACATGGAGTCTCGCTCTGTCACCCAGGTTGGAGTGCCATGGCACAATCTCAGTTCACTGC 5201 AACCTCTGCCTCCTGGGTTCAAGTGATTCTTCTGTTTCAGCCTCCCAAGAGGCCAGGATTACAGGTGCCCACCACCACGC 5281 CCAGCTAATGTTTGTATTTTTCATAGAGATGGGGTTTTGCCATGTTGGCCAGGCTAGTCTCGAACTTCTGACCTCAAGTG 5361 GTCCACCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTAAGCCACCGCACCTGGCCAGTTTCTATCATAAATTTT 5441 AAATGTAAGATTGGAAGATACAGAGAGCTGTATAAAATCATACCAGTAGGGTATAATTAGCCCAGGTAGTTTAGGAATAA 5521 AATTGGGTTGTATCCGAGTGCCCTAACTTGACATTTTGATTCTCCAGCAAAGAACATAGGTTACTAGGTTACTAACCTTG 5601 CCTTCTCACTTGGGATAAACTTTTTTTTTTTTTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATAGTGAGATCTCGGCTCACCGCA 5681 ACCTCCGCCTCTTGGGTTCAAGCGATTCTCCTCCCTTAGCCTCCCGAGTAGCTGGAATTACAGCCTGTGCCACCACGCCC 5761 GGCAAAATTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGGTCAGGCTGGTTTCAAACTCCCAACCTCAGGTGATC 5841 TGCCCACCTCAGCCTCCCAACATGCTAGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCGCCCAGCCCAGGATAAACATTCTACCTGCC 5921 TGAAAGTACCATAAGAGGCAAGTGAGTTTCTTGCATGATGGGCTTCTGCAGCTTCCCCCTCAAGTCACATCTACCTGTTG 6001 TATTTATTTATTTATTTATTTTTGAGACAGAGTCTCGCTCTGTTTCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGTGATCTCGGCTCA 6081 CTGCAAGCTCCACCTCCCAGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGCTCCCGCCACC 6161 ACGCCCGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCCTGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTC 6241 ATGATCCACCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCCGTTGTATCTATTTTT 6321 TTTAGACGCATCAATTCAGTGTCTCTGAAGCCTTTGATCGTTAGGAAGGTCAGTACATAACCTCTTAGGTGAAGCTGAGT 6401 TGATCTTTGGAGCCCAAGAGAGTTAATTTTCAGGAGAAAAAGAATTAGGGCAAGCTCCCCTGTGGGATGTTAAGAGAAAG 6481 TCCATATGCGCTTCTTCCATCTCTGCCTCTTGTTTTTAAATAAGTGCTTGTGAAGTTCAGTTTATAGAGGTTGAGTCTCA 6561 GTGCTTCCTCAGCCAGGGTGGTTTATTGCTGTTTTACAAAGAACCATGAACAAGCAAAATCCTATCAATAGTCCTTTCTG 6641 TTTTATGTTTTATAGTCTTATTTTGAAGAATCGGCATGGTAAAATGATAGACAAGTTTCAAATAAAGCAGATAATTAGCT 6721 CTAGAATTGGGGTACTTTGCCTCAGGTACAGCATCTGTCTTGAATACATAGTGATGGCTGTGTCACACATGGGTACATTT 6801 ACTTTCCTCTCTGATCAACTGCACCCCTTTTTACTGGCAAAGAGGGCTCCTACTTTCTACACACTTAACCAGTCAAACAG 6881 ATAGGTTTTGGCACCACCGAAAGAACCACAAGTGCACCCCAGCTGCATCTGGGCATGGTTTTGGTACTAGGACTAGAGAA 6961 GTGAGCAGTAAATGACAGTCCTTACCCTAGGAAGAGATGGGAGAAGAGAGGTGTCCAGACATATTTACCTTTTCTCTTCT 7041 GTCATGCCCCAAGAACCAAGGATCATCTTTGAAGTGACGTCTTTTTTGTTAAATTGGAAGAAGAAAACTTTGCAGCCAGG 7121 CGTGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACAAAGTGTCAGGAGTTTGAGAACA 7201 GCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCATCTCTACTGAAAATACAAAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAAGAGAATCA 7281 CTTGAACCTGGGAGGCGGATGTTGCAGTGAGCCGAGATCACGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACGGAGTGAGACTCCA 7361 TCTCACAAAAAAGAGAAAAGAAAAGAAAACTTTGCTTCACTAAGTTTCTCTTGCCATTATCTCATTAATTCAGATCTGTA 7441 CCTCATTGCTGCTCACACATATATGTTTCTTACCTTAGCCTGAACCTTCTCAGGCCTTGAAGTCATTATTCTACTCTTTT 7521 TTTTTCTTTTCCTTTTTTATGGCACTAGAGAATGAAAACCTAAGGTCTTAGAAAATCTTAACTTGAAAAAGTCTCTAACT 7601 GGCATGATTTGATTACTTTTTTCCCCTGTGGACAAATAATTTTCTTTCCTATATAATAGATTTTTAGTAAGTGAAACCTT 7681 TGCTGCTGCTTTCCTGGGTTTACATTAGTTTTTTCCTGCCCTTAAGAATAATTTATCTGTGCTTCTCTGATGACTGTTAA 7761 TTTCTAATAGTGCAGGAAGGGATGAGCTTTTGATTTCTTCTCACTCCCCTCCTCACCCTACTTCCAAATTACACACTAAC 7841 TTCTAACCCTTACAGCCTGTTGGCACATACACAAGATCCACGAGACCATGCTCCTCAGAAGCTACCCATGTCCTTTCTCA 7921 CCATGGTGTGGCTCTTGGAGCCCTGAGTATCTGTGACTACCCACTCCAAAGGTTGACTGTAAGAGGAGAGCGGCCTTCTT 8001 AATTTTGCATTTCTTAATTTTGTTTTTCTCCATTCCTGTTTTATGACTTGGCCTTCAGATGCTTCCTACTCTGGCCTCCT 8081 CCTTTTTTCTCCTAGGAATTGTTTCCAGGTAACCTACCATGTGCACTTCTCAGCTGCTCTGCTCACCTTTGCCCACCTTC 8161 CCGTGACCCTGAGAGTACAGATCCGAATAATGTGGCCTGTGCAGAGCTCAGAGAACTGTGAGGACTACCCATGCCTGTCA 8241 GACTCTGCTCAGGGACAGAGATGGATGGGTAAATGGTGCTGTTGGAGACATTTTTATCTTCATACCAGGCTCTGTTTCAT 8321 CCCTGCACCCCGCACCCCCACTCACTCCCCTGAGGGGGTAAAATGCAGAGGTGGTTGACCTGAAGGGTCTGATTCCCTCC 8401 TTCCCAAGCCTTAGGGCCTACCCTGGAGTGCTGCAGTGTGTGAGAGCTGCTGCTTGCTTGTTTCTCCACTAGGCCTGCTC 8481 CAAATGCTTAGCCAATCTCTGGAGCCGACACAGTTGCCTACGGGGTGACTTAGCACCAGGTTCCATTAGCTCTCCAAGTG 8561 ACTGTTTCCACCCAGTACTTTTGGCGCTTGAGGATGGGGGGAGGGGGATTATTTAAAATAAATAAAATCCGAGGTGGCAG 8641 TAGAGGATTCCTTTTGCTTTAAAAATCTTTGGACTAAAAAAAAAAAAAAAAAGTTTTTTATATATAAATATATAAAGTAA 8721 ATTGTTATGTAACTATTATTGTTTCTTGTATGTTCTAATTTTGTTTTATGATGTAATTAAAGAAAGTAAGCTGTGAAGAC 8801 TTTTCATTTTCCTGTG Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | HEK293 | ||||||
Disease | 84961.0 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
"PAR-CLIP data was present in GSM714645. RNA binding protein: AGO2. Condition:completeT1
... - Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al., 2011, Nature methods. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al. - Nature methods, 2011
Cross-linking and immunoprecipitation (CLIP) is increasingly used to map transcriptome-wide binding sites of RNA-binding proteins. We developed a method for CLIP data analysis, and applied it to compare CLIP with photoactivatable ribonucleoside-enhanced CLIP (PAR-CLIP) and to uncover how differences in cross-linking and ribonuclease digestion affect the identified sites. We found only small differences in accuracies of these methods in identifying binding sites of HuR, which binds low-complexity sequences, and Argonaute 2, which has a complex binding specificity. We found that cross-link-induced mutations led to single-nucleotide resolution for both PAR-CLIP and CLIP. Our results confirm the expectation from original CLIP publications that RNA-binding proteins do not protect their binding sites sufficiently under the denaturing conditions used during the CLIP procedure, and we show that extensive digestion with sequence-specific RNases strongly biases the recovered binding sites. This bias can be substantially reduced by milder nuclease digestion conditions.
LinkOut: [PMID: 21572407]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM714645 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / completeT1, repB |
Location of target site | ENST00000394294.3 | 3UTR | CCUCAUUGCUGCUCACACAUAUAUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 21572407 / GSE28865 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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140 hsa-miR-6818-5p Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
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Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
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MIRT071796 | RNF11 | ring finger protein 11 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT077120 | NKIRAS2 | NFKB inhibitor interacting Ras like 2 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT079951 | RNF138 | ring finger protein 138 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT102968 | EN2 | engrailed homeobox 2 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT115694 | MGRN1 | mahogunin ring finger 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT121074 | FGFRL1 | fibroblast growth factor receptor like 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT143171 | GLYR1 | glyoxylate reductase 1 homolog | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT145635 | LASP1 | LIM and SH3 protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT282026 | ARID3B | AT-rich interaction domain 3B | ![]() |
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2 | 6 | ||||||
MIRT301684 | EP300 | E1A binding protein p300 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT328627 | AKIRIN1 | akirin 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT340977 | IPO5 | importin 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT371401 | STC2 | stanniocalcin 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT378008 | TMED7 | transmembrane p24 trafficking protein 7 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT445185 | CCDC88C | coiled-coil domain containing 88C | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT447120 | DUSP16 | dual specificity phosphatase 16 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT449153 | SORCS2 | sortilin related VPS10 domain containing receptor 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT450200 | ABHD15 | abhydrolase domain containing 15 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT453853 | ZNF12 | zinc finger protein 12 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT459077 | LSM1 | LSM1 homolog, mRNA degradation associated | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT461304 | MRPS27 | mitochondrial ribosomal protein S27 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT464137 | VPS28 | VPS28, ESCRT-I subunit | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT468114 | SH3PXD2A | SH3 and PX domains 2A | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT471401 | PDP2 | pyruvate dehyrogenase phosphatase catalytic subunit 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT478220 | DDX52 | DExD-box helicase 52 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT479695 | CCNT1 | cyclin T1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT479779 | CCND1 | cyclin D1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT484980 | UBE2V1 | ubiquitin conjugating enzyme E2 V1 | ![]() |
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2 | 8 | ||||||
MIRT485016 | TMEM189-UBE2V1 | TMEM189-UBE2V1 readthrough | ![]() |
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2 | 8 | ||||||
MIRT485034 | TMEM189 | transmembrane protein 189 | ![]() |
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2 | 8 | ||||||
MIRT485221 | PRICKLE1 | prickle planar cell polarity protein 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT490143 | TERF2IP | TERF2 interacting protein | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT508908 | DOK6 | docking protein 6 | ![]() |
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2 | 6 | ||||||
MIRT513877 | HNRNPUL1 | heterogeneous nuclear ribonucleoprotein U like 1 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT515966 | C9orf156 | tRNA methyltransferase O | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT517892 | CHAF1B | chromatin assembly factor 1 subunit B | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT518660 | CLVS2 | clavesin 2 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT520027 | YOD1 | YOD1 deubiquitinase | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT523884 | EPHA5 | EPH receptor A5 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT529237 | PORCN | porcupine O-acyltransferase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT535337 | PFN1 | profilin 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT537532 | EZR | ezrin | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT537695 |