pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-1185-1 |
Genomic Coordinates | chr14: 101042977 - 101043062 |
Synonyms | MIRN1185-1, hsa-mir-1185-1, MIR1185-1 |
Description | Homo sapiens miR-1185-1 stem-loop |
Comment | This sequence was proposed as a miRNA candidate by Berezikov et al by RAKE analysis . |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-1185-1-3p | ||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 53| AUAUACAGGGGGAGACUCUUAU |74 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Not_experimental | ||||||||||||||||||||||||||||||
Experiments | |||||||||||||||||||||||||||||||
Editing Events in miRNAs |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
miRNAs in Extracellular Vesicles |
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Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | ATXN1L | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | BOAT, BOAT1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | ataxin 1 like | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001137675 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on ATXN1L | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of ATXN1L (miRNA target sites are highlighted) |
>ATXN1L|NM_001137675|3'UTR 1 ACCTCTTCCCCAGACCAGGACTGGGGCTTTACCCCAGAGCCTCGCCTCGCCGCCGTGAGCAGGCAGAGGATTTGCACACG 81 CCGAGCAGGGAATGGCTTTCTTGGCAGTGAGATTTGGGGGAAAGGGGAGGCATGAAGTCAGCCTCCCAAGGCAGGATCTG 161 TTGTTCATTACCCCATGGCATCCTTTCAGGACAACCCCAGAGGGTGTTGTGATGGGGAGCAGCAGGCCTGGGGCAAGGAA 241 GGAAGGGGGTGCACACAGGAGAAGAAACATTCCAAAATCAGGGCCTCCCTGTTCTTTCCTCCCCATCCCTAGCTCCTGCA 321 AGAGAAAGTCCAGGCTTTGGGAGCAGATGGCAGAGGGAGGGAGTAAAGAAAGAGCCAAAAATGATGATCCACAGCTTATA 401 GTAGCAGTTAAACTGTCAGAAGTTTTTTTTCTTTTTTGTGGTAGAAGGGCAGGAGGCCCCAAGGTTGGAAATAAGAGGGT 481 TCCCACCCAGAACCCTTCTTGTGAGAGATGCGCACTTTAAAGGGTGATTTTGTTCCAGATGTCTATGGCTGGGTGTGTGG 561 GGGAGGAGCACTCTCATCTGCAGGACTCTGCTTGATCCTCTGCTTCATAGCCCTTCCCCATCTCTCCTCACCATTCTGCC 641 TACAAGGCTTCTAGCAGCACGGGGGCCCGGAGGGAGAGCCCCTTCAGGGTTCAGAGTGAAGTACTACCTTGCCAGGGACT 721 CAGTCAGGGGACTTTGGGAGAAAGACTTGATAGCCAGGCTGACTGGGTTCTAGGCAGGCCCTCTGGAAAGGTAGCTCACC 801 TAACAAAGCTCCTCCATCTCAGCATGCCAGACCCACTTTGAAATCTCACAGAATCTTGCTGGTAATGGTGACTTTAGAAC 881 TAGTAGACCCTTTTTCCCAGGCACTGACCCCCCACCTTTGTCTGTGTTGTGCCCAAGTGCCTGCGCCACCCCCACCCTCC 961 TGCTGCGCTGACCGCTGCATGGTGTCGTGACCTGGGCCTCATTTGTAGCTGCACTGCCTTTCCTTGTCTGCAAAGTTGGT 1041 TTTGTCCACTCTGACCAAGACCTCTAGTTTTTGGTGGGTAGGGGGTCTCTCTGGTTTCCCCTTCAGCTATAATCTCTATT 1121 TTTAAAATCTCAAAATCATGTCCCCTCCACTTCCACTGCCAAACAGCTTGGTGAAGAAACAAGAAGGGAACTATGCCCTG 1201 GGCCAGGGCGAATGCGTGGCTGGGCAGTGCCCATCATGGCATTTTCACATGTCCCATATGCCCCTCCTGTCTTATTCCAC 1281 TGCTTCTCCCAGCATTCTGGTGCCTCCAAGCCATCCCCTCCCACCACCAGCTCTAAGATTCTAGGATAGTCTTGATAACA 1361 TTTCAGTACCTGAATAGATGTCATTTTGTGTTGGTATATTCCTCTGCAAAAAGTATTTTCAATCTTGGTTGCATTGGCAC 1441 CCCCCCTACCCCCCACCAATGTCTTAATCCCACATTTTCTTCACAACTTTTAGCATCAGCTCAGACCGTGGGGTTCCACT 1521 GGGTATTGGGAATTAGGCTCCCCCACTAGCTTTCAGGTGGGTAAGTTTTTTTGTTTGTTTTTTGGGGGTCTTTAGACTCT 1601 TGAAGGCAACTCAGGGTATTGTCCACGCAGCTCTCTGGTTAGACTTCTCCCAGGCTATGATCCTGGCATGTCCTTTATAA 1681 GGTATACTTGGATTGGCCGAGACCTGGCCTGGCATCAGGAGTCCAAACCTCTGAGGTCTGATCTCTGCTCTGTCAAGGAC 1761 TTTCGGCAAGTCTCGTGACCTCTGGCTCTTTCACTTCCTCCCCACCTGCCAAATGGGGATAAATAATCTTACCTACCTCC 1841 TGGGGGGAGGGGAAGTTCTGAGAATGGAGTCATTCTTAGTGTTCAGGTGCTAAAGGTTGTTCTCCTGGGGGAACAGAGTG 1921 ACTGAAACTGGCTTGTTTGCTACAAGCCCTACCCTCCACTCTTTCATTCCTTGAAAGCAGTTTGCCTGGTCAGTCAGCTT 2001 TTGGGGGTCCATCAAAGGAGGTTGCTGACCTGACCGTGAGTGCTTCAGTATCTGGTTTGTGTCAGAACCAGACGCCAACT 2081 TTGTACTGCATTTGGGATCATATCTTTCCCCTTCTCTGTCCCCCATTCTCTGAATGCTGCTTTCTCTGGCTTGTTTCCTA 2161 CAGTGGGGGCCTGTGGGGTTGAGTCTTGAGGAATCCCCTCAAATGAGAAGGCCTTGGGAGAAGGCCTCATCTCTGGCTGT 2241 TTCATGAGCAACTCATTCCTAGAGTTCATTGTTTGCATGGGTTTCTCACAAGCGTCCTTCCTCATAGGAAGGCTCATCAA 2321 CTGAATTTAGTGACATGTACACAGTAGATGCTCAAGCAGTGTCTGCAAGGACACAAGCTGAGCTTTCTCCTTATGGGGCA 2401 AACCTATGTCTAACCAGATACAGACCAATTAGTTTAGATCAAATCACCTTCCACTTGGGCTACTTGTGACTTTCCAACCT 2481 GGTAACTTCCACTGAATTCTGGAAAGAGAAATTCTTGAGGACCCTGGCAAGTTGGGCCCTGACCTTTCTGTTGCTGTCTC 2561 TTGCTGGTGAAGCAATACCAGCAGTTCCTGTAATACCACAATATCGTTCCATGCATATATAACATATTAATACTTGATTT 2641 TGCTGAGCTGCAAAGGTATCTGTCATAAAATATGGTCCCCAGGAAAAGAATCTCTGTGCTCTAAATCTCGGTCAGAGCTG 2721 TGGCCTCCCCCTTGCCTTTAACCTCTAGTTTAGTCTTTTCCTCCAGGCATGAAAAATATGACTAACCTGTGGTGTGTCCA 2801 TTCTTCCTTATAGGAATTTCCTGAGTTTGCAGGAGACATGAGAGCAGTTTTTAGCGAGTATTTTAGTGGGAAGTTGCCAA 2881 CTTTTTAAGAATGAGCAGTTGACAAGGGCCAGAGCCTGTCCCTTGTCAGCAGTAGGACATTTCCAGCTCTTAGGAATAGA 2961 AAGGAGGACTGCTGACTGTCTGGCGCTGTATAAAAATGTGTATACCAATTTGGGAATAGGGGAACCCAGTCATGGATGGA 3041 TAATAAGCCAAGTCTTGAATCATTCCTATCAAGATTAGTATACATGAGGAAGAGGTGGCATGGGGGGAAGGGGCTCTGGG 3121 AGTTCAGAGCTGAGTACTTGTACCTGAGGGAGGGCCCCCAGCCAATCTGGGCTGGTCCTTCTATATTCTTGGTCCCAGTT 3201 GGTCATAACACCAAGGGCTTTGCCCTGCGCTGCTTTGCCACTGCTGCTGTCCGCTCACTGTCCTGCCTGCTGTCCTCTAC 3281 AGCTCCCTATCCTTCCATGTCTTTGGCCATGTAGATTAAGTGTAGGCGTCCGGTTCATTCTTACCTGTGTTAGGCCATGT 3361 TATTTTATAGCGAAGTCATGTTCGATAGGGATGGTATGAAATGCTGCTGGTGGGCTGGTAAATCCAAAGGGATAAGGCTT 3441 CAGTGCTGTTGGGAGCCCTCTGGCTCCAAATGTCTGACTATCTTGAGGGAGAAACAAGCAGGTTTCTACTAGTGGTGTCT 3521 TCTGTTGTATTAACTTCTTTCCTTTGTGGTATCTTGTATCCTGTTTTAAAAACTAAATGAAGGGAACCACATTAGGGCCC 3601 ATGCCAGCATCCCAGTGAAGTTCGTCCAGCTCCAGTTAGGTGGATTCTGGAGTTCGGAGAGGGTTTAAAGTTTGGCTGAA 3681 ATAGCACCTCAAGTGGGGTTTAGTTTTATTTTTACCTGCGGGCATCATGGGCGATTTAGGGGGAAGCACAGGATGGTGGT 3761 GTGGTTTAAACCTGCAGCAAGCAGGCATGTTGAAGAGTTGAGTGATCACGCTGGAGATGAAGGGTTGGACATGGATTGAC 3841 TGGGAAAAGGCCTGGGTCCATTGGAGTAAAGATAACCTAGTCGATTGAATTGGCCATGGGAAGTTAGGTCACAGTCTTAT 3921 AAACAAAGTAAATAGGACAGAGACTAAGTTTTAGGGAGACATCTTGGCCTCCTAGGCTAAGTTTACTAAACCACACTGAA 4001 GCTATAGTACCTTCCAGATGGGCAAAAGTGTACACTACAGTTGAGGAGCTGAACCTTATTAGGTTGGATGTCGATCAGGA 4081 ACCTGTTTGCCCTTTGCTGGGAAGCCTTCACTCTCCAGCTTTCCTGGGGTAGGGAAGGTCTCCCACATTATGCAATAATA 4161 AAATAAGCATCTGGGTCTTTGCAGCTGTCAGTTGCTCTTTCAACTCTAGGATCCATCTTTGGACCAGAAGCCTGGTCTGT 4241 GCCTAGGATGACACTGGCCCCAGAGATGCTAGAGTCGACTGCACTCTCTCCTTAGCTGCAGACCATGCACAGTGCCTGGG 4321 GCGGAAGGAGGAGAGGTGTTGCGGTTTGCCCTGCTGCCTCCCCAGCAGGAACAATAGTCATAAATGCACTTTTCACACTA 4401 AAGGTTTCTTTATTAGTTCTCCAGTTAAACCTAGATCCCTCCCTGGTAGATTGCGAACTCAAAGTTTTGTGATCCCAAAG 4481 CCATTCCACTGCAAATGCCCAGCAGTGAAGATGGCCTCAAATTGGGTTCTTGCCTGCAGTGTGTGTGGCAGCAGCCCATG 4561 TGCCTTTACCTGTTGTCAAACTTGCAAGCATTTATTTGTCTTTATGACTGTCATGGGGACTGAGGTTCTTCAGAGAAAGA 4641 GTGTGAGCTGATGACACAGTGGTTTTACACCCACCCCCTGGGCAGGGAGTTTGCACGTAGTTGTGAGCTGTGAGTGGTTA 4721 GTGCATTGCTGGTATTGCTGAAGGCAGGGTTGATCCCTCACTTGACTGATACTTGCATTCAAGAGAATCTAGATTGTGTT 4801 GGGGGAGGGACTGACTGTACTCATGGCTAACTTAAAGTATTAAAATAAGGCTGTCCCCTACAACCTTCTTAGTCACACAG 4881 GATCCCTGTAGCCAAAACAGTATATGATCCAGCTGCAGAGAGCAGACTGCTCTCAGCTTGCACAGCACCTTAGGCGAGGG 4961 AAGAATATACGGATAGGGAATGGGGTGGAGAAAGGATGGGAATGTTGTCATCCAGGTGGCTTTAGGGTCCTAAGGAGTGG 5041 AGAAGGATGGCACTGGGGAGGTCTGGATGGATCTGTGTAGGAGTTCCCTGTAGATAAATTACTGATCCCCCATCTACTAT 5121 CCCCAGTATGTAATGGCTGAATTAATATGTAATCAACTGCATTGTATCTAAAGCCTTAGAACTAGTCAGGTGCTCCCTCC 5201 ACCCAATACCATTTCTTACCCTCTAATCCTACCTGATCTTTAACAAAGCATTAATAATTCTAAGGATAATCTCTATTTTG 5281 TTGTGCTTTTTTGTAACTGTTTTAAATAAATCAATTTGTACTGTATATTTGTACTTTTGTGAGATCCTTTTTGCTGTTTT 5361 ACCATTTTAAGTCTCTGTACTTGGCTACACACAGATTGTATTTTTATTGTTAATGCTCTTCTTATGGATACCTGCATTTA 5441 ACTTGTGGACTATGTAAACACAATATCTATCAATATCTATATATCTATATATCTATCTATATAAACTACTAGCTTTTCCT 5521 TTT Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | HEK293 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
PAR-CLIP data was present in GSM545216. RNA binding protein: AGO2. Condition:miR-124 transfection
PAR-CLIP data was present in GSM545217. RNA binding protein: AGO2. Condition:miR-7 transfection
... - Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al., 2010, Cell. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al. - Cell, 2010
RNA transcripts are subject to posttranscriptional gene regulation involving hundreds of RNA-binding proteins (RBPs) and microRNA-containing ribonucleoprotein complexes (miRNPs) expressed in a cell-type dependent fashion. We developed a cell-based crosslinking approach to determine at high resolution and transcriptome-wide the binding sites of cellular RBPs and miRNPs. The crosslinked sites are revealed by thymidine to cytidine transitions in the cDNAs prepared from immunopurified RNPs of 4-thiouridine-treated cells. We determined the binding sites and regulatory consequences for several intensely studied RBPs and miRNPs, including PUM2, QKI, IGF2BP1-3, AGO/EIF2C1-4 and TNRC6A-C. Our study revealed that these factors bind thousands of sites containing defined sequence motifs and have distinct preferences for exonic versus intronic or coding versus untranslated transcript regions. The precise mapping of binding sites across the transcriptome will be critical to the interpretation of the rapidly emerging data on genetic variation between individuals and how these variations contribute to complex genetic diseases.
LinkOut: [PMID: 20371350]
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Experimental Support 2 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
|
Conditions | HEK293 |
Disease | 342371.0 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
"PAR-CLIP data was present in GSM714644. RNA binding protein: AGO2. Condition:completeT1
"PAR-CLIP data was present in GSM714645. RNA binding protein: AGO2. Condition:completeT1
... - Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al., 2011, Nature methods. |
Article |
- Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al. - Nature methods, 2011
Cross-linking and immunoprecipitation (CLIP) is increasingly used to map transcriptome-wide binding sites of RNA-binding proteins. We developed a method for CLIP data analysis, and applied it to compare CLIP with photoactivatable ribonucleoside-enhanced CLIP (PAR-CLIP) and to uncover how differences in cross-linking and ribonuclease digestion affect the identified sites. We found only small differences in accuracies of these methods in identifying binding sites of HuR, which binds low-complexity sequences, and Argonaute 2, which has a complex binding specificity. We found that cross-link-induced mutations led to single-nucleotide resolution for both PAR-CLIP and CLIP. Our results confirm the expectation from original CLIP publications that RNA-binding proteins do not protect their binding sites sufficiently under the denaturing conditions used during the CLIP procedure, and we show that extensive digestion with sequence-specific RNases strongly biases the recovered binding sites. This bias can be substantially reduced by milder nuclease digestion conditions.
LinkOut: [PMID: 21572407]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM545216 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / miR-124 transfection |
Location of target site | ENST00000427980.2 | 3UTR | UUUUAAAUAAAUCAAUUUGUACUGUAUAUU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 20371350 / GSE21578 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM545217 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / miR-7 transfection |
Location of target site | ENST00000427980.2 | 3UTR | UUAAAUAAAUCAAUUUGUACUGUAUA |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 20371350 / GSE21578 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 3 for dataset GSM714644 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / completeT1, repA |
Location of target site | ENST00000427980.2 | 3UTR | UUUUAAAUAAAUCAAUUUGUACUGUAUAUUUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 21572407 / GSE28865 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 4 for dataset GSM714645 | |
---|---|
Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / completeT1, repB |
Location of target site | ENST00000427980.2 | 3UTR | UUUUAAAUAAAUCAAUUUGUACUGUAUAUUUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 21572407 / GSE28865 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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114 hsa-miR-1185-1-3p Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
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Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
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![]() |
![]() |
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MIRT066415 | TBK1 | TANK binding kinase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT073567 | NR2F2 | nuclear receptor subfamily 2 group F member 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT074516 | USP1 | ubiquitin specific peptidase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT080576 | PMAIP1 | phorbol-12-myristate-13-acetate-induced protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT086539 | HSPE1-MOB4 | HSPE1-MOB4 readthrough | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT086547 | MOB4 | MOB family member 4, phocein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT088684 | EML4 | echinoderm microtubule associated protein like 4 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT090811 | MBNL1 | muscleblind like splicing regulator 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT095500 | PURA | purine rich element binding protein A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT109530 | KLHL15 | kelch like family member 15 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT109807 | ZFX | zinc finger protein, X-linked | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT117888 | ZBTB7A | zinc finger and BTB domain containing 7A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT120273 | GSK3B | glycogen synthase kinase 3 beta | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT149892 | LDLR | low density lipoprotein receptor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT178475 | LCOR | ligand dependent nuclear receptor corepressor | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT193445 | RORA | RAR related orphan receptor A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT198527 | DSG2 | desmoglein 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT226427 | TP53INP1 | tumor protein p53 inducible nuclear protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT227669 | SET | SET nuclear proto-oncogene | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT320405 | HOXA9 | homeobox A9 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT407774 | MRPL35 | mitochondrial ribosomal protein L35 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT439228 | ZMIZ1 | zinc finger MIZ-type containing 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT439312 | VAT1L | vesicle amine transport 1 like | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT439421 | TMOD1 | tropomodulin 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT439446 | TMEM104 | transmembrane protein 104 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT439524 | STIM2 | stromal interaction molecule 2 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT439612 | SLC29A1 | solute carrier family 29 member 1 (Augustine blood group) | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT439997 | PFKFB2 | 6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-biphosphatase 2 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT440017 | PCSK1 | proprotein convertase subtilisin/kexin type 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT440131 | NCOA4 | nuclear receptor coactivator 4 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT440311 | LRRC1 | leucine rich repeat containing 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT440475 | IAPP | islet amyloid polypeptide | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT440511 | HERC2 | HECT and RLD domain containing E3 ubiquitin protein ligase 2 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT440617 | FOXA2 | forkhead box A2 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT440666 | FBXL16 | F-box and leucine rich repeat protein 16 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT440705 | ERO1LB | endoplasmic reticulum oxidoreductase 1 beta | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT441007 | CAPZA2 | capping actin protein of muscle Z-line alpha subunit 2 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT441018 | CAND1 | cullin associated and neddylation dissociated 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT441062 | C1orf43 | chromosome 1 open reading frame 43 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT441209 | ARCN1 | archain 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT449461 | HAT1 | histone acetyltransferase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT467104 | SRI | sorcin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT468060 | SHOC2 | SHOC2, leucine rich repeat scaffold protein | ![]() |
![]() |
2 | 10 | ||||||
MIRT468476 | SESN3 | sestrin 3 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT473533 | MAX | MYC associated factor X | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT473852 | MAP2K4 | mitogen-activated protein kinase kinase 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT474711 | KIF13A | kinesin family member 13A | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT481665 | ARAP2 | ArfGAP with RhoGAP domain, ankyrin repeat and PH domain 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT485120 | SF3B3 | splicing factor 3b subunit 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT493055 | MTFR1 | mitochondrial fission regulator 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT504258 | C1orf147 | chromosome 1 open reading frame 147 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT504361 | ARID1B | AT-rich interaction domain 1B | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT505748 | SENP1 | SUMO1/sentrin specific peptidase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 8 | ||||||
MIRT506298 | PCMTD1 | protein-L-isoaspartate (D-aspartate) O-methyltransferase domain containing 1 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT508442 | ZNF608 | zinc finger protein 608 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT512782 | COL4A3BP | collagen type IV alpha 3 binding protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT520447 | TSPAN2 | tetraspanin 2 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT522133 | NRBF2 | nuclear receptor binding factor 2 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT522395 | MYADM | myeloid associated differentiation marker | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT523397 | GRIK3 | glutamate ionotropic receptor kainate type subunit 3 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT523938 | E2F8 | E2F transcription factor 8 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT524349 | CREB1 | cAMP responsive element binding protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT524711 | BRMS1L | breast cancer metastasis-suppressor 1 like | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT525134 | ZNF256 | zinc finger protein 256 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT525710 | DCAF12L2 | DDB1 and CUL4 associated factor 12 like 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT531264 | PPIL3 | peptidylprolyl isomerase like 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT538844 | BTG1 | BTG anti-proliferation factor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT541366 | CDKN1B | cyclin dependent kinase inhibitor 1B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT542093 | KCNK10 | potassium two pore domain channel subfamily K member 10 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT543770 | RBM12B | RNA binding motif protein 12B | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT543940 | NCOA7 | nuclear receptor coactivator 7 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT545150 | GABRG1 | gamma-aminobutyric acid type A receptor gamma1 subunit | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT545842 | ZNF264 | zinc finger protein 264 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT548057 | GOLGA7 | golgin A7 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT549242 | ATXN1L | ataxin 1 like | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT551829 | AASDHPPT | aminoadipate-semialdehyde dehydrogenase-phosphopantetheinyl transferase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT552484 | ZNF136 | zinc finger protein 136 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT553663 | TGFBR2 | transforming growth factor beta receptor 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT554988 | RAB39B | RAB39B, member RAS oncogene family | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT555760 | PCTP | phosphatidylcholine transfer protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT556923 | IRF2BP2 | interferon regulatory factor 2 binding protein 2 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT564991 | WNK1 | WNK lysine deficient protein kinase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT566458 | PGGT1B | protein geranylgeranyltransferase type I subunit beta | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT566538 | PANK3 | pantothenate kinase 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT567732 | DLX2 | distal-less homeobox 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT570081 | KANSL1L | KAT8 regulatory NSL complex subunit 1 like | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT571735 | RNF11 | ring finger protein 11 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT573529 | MDM2 | MDM2 proto-oncogene | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT574459 | RPS16 | ribosomal protein S16 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT574992 | Phka1 | phosphorylase kinase alpha 1 | ![]() |
![]() |
2 | 3 | ||||||
MIRT576349 | Pxdn | peroxidasin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT610196 | CD99 | CD99 molecule (Xg blood group) | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT612920 | GPRIN3 | GPRIN family member 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT615021 | DUSP6 | dual specificity phosphatase 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT623573 | IRS1 | insulin receptor substrate 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT624437 | CASD1 | CAS1 domain containing 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT628714 | ZNF585A | zinc finger protein 585A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT639565 | PCK1 | phosphoenolpyruvate carboxykinase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT641485 | POLA2 | DNA polymerase alpha 2, accessory subunit | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT641657 | PAPOLG | poly(A) polymerase gamma | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT642210 | RUVBL2 | RuvB like AAA ATPase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT653010 | STX7 | syntaxin 7 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT656130 | MSH6 | mutS homolog 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT656893 | KIAA2018 | upstream transcription factor family member 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT660130 | BRPF3 | bromodomain and PHD finger containing 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT660855 | AFAP1 | actin filament associated protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT676843 | PHKA1 | phosphorylase kinase regulatory subunit alpha 1 | ![]() |
![]() |
2 | 3 | ||||||
MIRT681473 | DIP2A | disco interacting protein 2 homolog A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT682253 | RS1 | retinoschisin 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT694296 | COPB2 | coatomer protein complex subunit beta 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT694401 | ALDH1A3 | aldehyde dehydrogenase 1 family member A3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT705277 | BACH1 | BTB domain and CNC homolog 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT720833 | C1orf52 | chromosome 1 open reading frame 52 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT735713 | SIRT1 | sirtuin 1 | ![]() |
![]() |
2 | 0 |
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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