pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-4307 |
Genomic Coordinates | chr14: 26908642 - 26908725 |
Description | Homo sapiens miR-4307 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-4307 | |||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 56| AAUGUUUUUUCCUGUUUCC |74 | |||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||||||||
Experiments | SOLiD | |||||||||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | OPCML | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | IGLON1, OBCAM, OPCM | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | opioid binding protein/cell adhesion molecule like | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001012393 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_002545 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on OPCML | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of OPCML (miRNA target sites are highlighted) |
>OPCML|NM_001012393|3'UTR 1 TAAGAAATCCTAGGTCCTCTGAGCAACGCCTGCTTCTCCATATCACAGACTTTAATCTACACTGCGGAGAGCAAACCAGC 81 TTGGGCTTCTTTTTGTTTTTTTCTGTTATTCTAGATTTGTTTTCTTTTTGTTTTTGTTTATTTGTTTGTTTGCTTTTATT 161 TCCAGCTTGAATGAGTGGGGTTGGGGGCGGGGTGGGCAGGGTTCTACCACGTGTAGGATAATCATTCATTGGTGTGTCCA 241 AAAATGGGGTCTGCTCCTGCTACCTTGACCCTTCCCTTTCCTCTGCTTCTCTCCTCATCATCATTCCCAACAACATCCTC 321 TGCCACACACAACAAAACGTAAGTTTCATTTGGGCAAAAATTGAGCCTCACAATAAACACCCTGAAGACACAACTTGACT 401 TATAACATAGTGCACAGCAAGAGCTACATCCAAGTGTCCTATTATCTGTGATTATTTTCTTAATGACAATGTACATATGC 481 CCCCATCCATGTTAATTATTATCTAATTCCATTAGGGTTCACGTCTTTTCTTTCTGGGACACTATCCTACTATATCCATA 561 TCTATAGATTTCAATATAGATGATTGTGCCATCTTCTGTAGCCCCTCCGCTCTACTCATTCCTTCCACCATCTGCAGAGA 641 TTTGAAGTTTGGGGCTATGCATGAAACCCAACACTAAATTTTGCAAGTCAAGTAACCAAAAAAGGGGGAGGCATTTTGAA 721 GATAGAACCTCTATTTTAAAAAGAGAAGTTCAACTCATAAACGTGATTGATAGGTGGCTGATTTATTTAGGTTTTGTCAA 801 GCTATCTATCAAAGTAATGGTACAGTTACCCATCTACTCAAATATCTGATTTATCTCACCATCCAATTATCTACCCACCT 881 GTCTTCCTCTCTAGCAATCTATTTACTGTTTATCAATCTATCAATGTAATTGTCTAACACTCCTTTCTATTCTCTCCCTA 961 CTACTCACTATCAATTCATCCCCATATGAATCTCTAACCATATTGTATCTCTCCCACTGTATTCATTTATACACCATCAG 1041 CAGACATTGGCATCTTCAAAATTATCTTTCAACTTCTGTGAAAGCCAACGATCTCACAGGTTAACAAAATACAAAAGCAA 1121 TACCCTGTGTTGTGGACTCTTTAAAATCTGGTATCCTATCCACCCAAGGGAGACACTAACAGATAGGCCAAAGTAGCAAG 1201 CTAATGATCAGTCACTCACTATTCCCAGAAGAGCCTGTGTTTTCTAAAACACTTTCTTGGGAAGCAGATCAGCCTAGAAA 1281 AGTTTTGATTAGCACTGTGGTTTTCCTTTTGCACTTGAAGGACAAAGGTGCCAGCCTTTATGCTTCTCTCAACCCTTCAA 1361 GAAAGTACATGTCAGGAACCTATGGCTGGCTTTCCTTAGCAGCAAGAACTTGAGAGAAAAACACATCTGTCTCTGCAATG 1441 CAAAGTGAAGAGTCCACCCGCCTGAGTGGGATGACTTCAGCTAGAGTCTCCTTTCTGCTCCAGTTCTGGTTTAATCTGTT 1521 TGAAAACTATCCAGTAAAAAGCTGATGGAGGCCAATTACATGGCGGGTGTATTGACAACTCTGGTATTTGTTTCAGGAAG 1601 CTCTTCTAAGCTGAGGGCACTTGAGCAACTGACTTAATTTTCAAGCACTTGATTAACACAACACTGCAAACAGAAGGGAG 1681 AAAGTGTCAGTGACACAGTTTCCTCTGATGCAGCTGCTTCTCCAATGGCTTTGGGGAAGAACTTCACCAGCTCTTCAGGT 1761 TCAAAGCAGACCCAGCATACAAACAAGAGCTGAGCCACCTTTGCTGTCTTGTCTCCTGGGACGAGAAGGACTCATCCAGC 1841 AAAGTTGCCTGGGATTCAAAATAAAGGCATTGCAGACCGCACAGGTGTGCTGCAGGGACTGATCCACAGAGAGGATGAGA 1921 ATGCAGCATCAATCGCAGACCTGCCCTGCCTCAGTTGGAAAACCTTTTCAGGCCCTCAGTCTAAAAAATAAAAAATATGA 2001 GCACCATTGAATTCTGTGCCCTTAATGCTTAACTGGTCTTCTTCCTCTGGTATCAGTGTCCTCTTTGTTTTTGTCCATCA 2081 AGGCACATGAGTGTGACCTCTGCCATGGGGAAACACACACAGAGATATCTATACATATATACATACATACAAACATAGGC 2161 TATCTTGGCACACTAAATGCTAAGCACTGTCTTAAGAGGTAGAGCTGGTGTGAGTGAAATTAATGTTACATTTTCCAGCT 2241 GTAAACAGACATCTGCATTTCCTAGTGAGCTGCCAGGAGCCAGATTCGGGAACCGTAACTGATGTGCCAGGAATGGTGCA 2321 TTGATTCCCAGTTCCAGGGATGATCATGAGCAGGCGCAAAATCAGAATTAAAGGTCGCACATAGACGTTTCAGATCTGTC 2401 ACCACCTTCAGCATCTGGAGTTGAGTTGGTGTCAGATAGTGTATGAGAATTAAATGTGTCATCTGAGCATGCTACTGATG 2481 ATAAATTTGTTACTTTGGAGTTGAATAAATGTGAAGGCTGTGAAGAGTGGACAGTCTTGGAGAACACAGTGCTTGAAATG 2561 GACAAGCTGGACCTATTCCTCACTCCAAGACTTGTTCTACAGGAAAGGGTCCATGCTCCTTTGGCCAAGATCATCAGAAC 2641 CTCTCAACCCAACAAGGCTGGCTTCAGGGCCACTATGGAACCCTGCTGTTCCCCCTTCCAAAGGATACTAAGATGCCCCT 2721 CTGGTGGGTACCTATCCCAGCCACGTTTCAGAGGGAGAGAAATGCTACAGTTGATCCTCATCTGTCTGGGGTAAAGACAA 2801 CAAAGTAAATACAACCCAAGGCAACTGGGGTACTCACTGGGAGTGAAAATGACTTCTTCACAACAGACATATTTCTGCTT 2881 CTGTGTTTTTGTGTTTCTTTGGTGGGGATGGCTTCATGGGAGAGTGGCTGTCACCCATCATTTTGAAGCATATAGAACAA 2961 CAAATGCTTACACAAGACAATATCCACACTTTTCCAACTTCACACACGGAGAGTACATGGAGAATGCCTACAGGCTAGAT 3041 TTGTTCAGGGTGCCAGTAGTGGGCATGGGGTGGGGGCAAGGCAGGACAAAACATACAAGTCTGAGCAAGTACATCTCTTG 3121 CAGGTTTTCCACATGAAAAGGAAGCCAAATAAGTCCTGTTAGGAGATTAGGTGAGAGGAATTAGCAATGTAGGGACTCTG 3201 AAACCCTTCCCCTTCCCAAAACAGAGTTCATATGCACTTCCACCAAAGTAATGCCAATGAAAGTGCTCGTGTTAAGGCTG 3281 CAGCCAAGCTTGTTTTTCAGTAGTTTAATGTCAAGTGCCTGATACAGTCGACTGCAAGTCTAAACAAGCATGTTTAGTTT 3361 TTCTCATTCTTGCTTTAATTCAGGGAGGGGGAGATGTAGAGAAGTGGTTGTGAAAACATGTACAGGCTTTATGCAGAGCA 3441 CTGCGCATGGCTGTTCTGCTGCAACTGTGCTCCACGAAACAGAAGAAAAGGTAAGGTGTTGTGTCACAAAGAGGCCCCAG 3521 TCTCTTTCTTCTTACATCCATGCCTCTTACTAGATGATACATTTACAGATTGGGCAGTTTGTTCTCAAAACCTGGGTGAG 3601 AAGACTATTCCTGGACTCTAGCAACTTCAAAACTGAGGCTGGGTTTCAGAATCTTTTTCTGCATCAATTCAGTCAATTTG 3681 CCTTCAACAAAGAGAAGTCAGCAAGTTCTATTTATGCTGAAAGAACTATTCCATGAGAAAAGCAGAGAACCCCAAAGTGG 3761 GCAGGCAACCCCGACGAGAGCTTATCCCTGTGGCGGCATCAGGAGTGGCTGTACATTGAATTTTCAAGTGCTGGTTGGCT 3841 GTCGCCAGCCCATGGTAGGAGGGGAGGAATGGCTTAAGATGAGGTAAGATCTGGTGGTGGGGCATCTTTCCTCAATTCCA 3921 TACTGACTTTGATCTTGAGAAAGAAAAACTGGCTATGCATTACCTAAAACCAGTCCAAAATGAAACAGACCAACACACAC 4001 ACAAAAGCAAATTGTCAATCCCTTTGGAATTAAGGGAAGCAGCATAAGGTTTTTCTTTTTGGAAAAAATGCATTTATTTT 4081 CTTTTTCTCCAACAGCAAGAATCTTTTGTTTTCATTTTGCACGTGACCTTATCTTGGAAACTCTTATACCCAATTGCCTC 4161 CCCTCCTATTATTCAGAGCTTCCCTGTCTTTTTACTTGAAGACAAATAAGTTTGAGCACTTGAGTAAAACTTCACAGGTG 4241 TGTAAGTAGGAAGGCAACATTTTCAAAAAGAGACCATATGATGAGAACGCCTAATGATCACCACATGCAAACAAACAAAA 4321 CTGCCAGTCTCATTTCCCACATTTCTTACTTAAGAGAAGAGAAGTAAATGAAAGGAAGAAGAAATAGATTTGTAATTAAA 4401 GATGTGGCAAAAAAGATAGGGCTGAGCCAGTTCAATTTAGCCTTCAGGTGCAGAATACTTAGAGTCCAAAGAAATGTGGA 4481 GTGGACTTAATTAGATGCAGTTGTCTTTATCCTGAAAGTAGTGAGCTAAGCCTAATTTCCAGCATTTTGAAAGAGATTCC 4561 TTTTTGTTTCTTTCCATGGTGCCCTCTTTAAGGCACAGAGTTGCTCCACACCACTGGGTGGAGAAAGAAAGATTGCGAAC 4641 CCTCGACCATCCTTTTGAGGCTACATTCTATGTTATTTGGCAGATTTATAAAGCTATCAGTAATAACAATGCTATGTACT 4721 GCAAGCTGCCCTTGTGTTAGTTAAAGGGAGCATTTTTAATCGTTCGGAAATTTTCGTGACATGTCAAGTGCAGTTGTGAG 4801 GACTGTGTGGGTGAACGAAAATGTGTCTGTCAAGTTCAGAGTCCTTTAGATTTAAAAAAAAATTATGACTTATCAATGGT 4881 GCCGTTATAGCTGTGTCAGACAATGGGTGTGCCCATTCTCACAATTATCCTTCAAAAAAAATCTATGTTCAAATGCTTTA 4961 AAAATTTATCACACGATACAAGAGTATGACTTTGTCAGCCTTCTAGAGTTCTTTTTTTCTTTTATTTTCTTTCGTATTTT 5041 TTCCTTCAAAAAATCAATGAAGACTTGATTTCTGTCAATAATTGTATCAAGGGTGAATATACTACCTGAATTTTGTGCAT 5121 GTTACATTGTAGTTGTAACCTTTTCTAATTCAGGATGAATACGAGATGGTTGTGATTGTGCAGTGTACCAATAAAGTTCG 5201 AGAAATTTGTAACTTTTGGGGGGCTGTTTATTAGGACATCTCATTGATATCCAGGACGGGAAAAATATGAAGCGAGCTCT 5281 GCTTCTCCCATATGTGCGTTTTTGGCCCTGGAGAGTAGATGCACTCAGAAAGCCTGGAGCTGCACCCCCCACCTCTCTCT 5361 CTCCCTCCTTCTCTCTCTCGCACACACTGTAGAAAGCAGCCTTAGCACTGTCCGTATGACATTTGTATATCAAAGATCTA 5441 TGCTGTTTACAAACAATATAAAATGTAGCTGCAGCCTCAAAGTCTAAATTGTTTGTTGGTGTAGGCGAAAACGAAAGCAG 5521 AAGAGAAG Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | HEK293 |
Disease | 4978.0 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
"PAR-CLIP data was present in GSM714644. RNA binding protein: AGO2. Condition:completeT1
... - Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al., 2011, Nature methods. |
Article |
- Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al. - Nature methods, 2011
Cross-linking and immunoprecipitation (CLIP) is increasingly used to map transcriptome-wide binding sites of RNA-binding proteins. We developed a method for CLIP data analysis, and applied it to compare CLIP with photoactivatable ribonucleoside-enhanced CLIP (PAR-CLIP) and to uncover how differences in cross-linking and ribonuclease digestion affect the identified sites. We found only small differences in accuracies of these methods in identifying binding sites of HuR, which binds low-complexity sequences, and Argonaute 2, which has a complex binding specificity. We found that cross-link-induced mutations led to single-nucleotide resolution for both PAR-CLIP and CLIP. Our results confirm the expectation from original CLIP publications that RNA-binding proteins do not protect their binding sites sufficiently under the denaturing conditions used during the CLIP procedure, and we show that extensive digestion with sequence-specific RNases strongly biases the recovered binding sites. This bias can be substantially reduced by milder nuclease digestion conditions.
LinkOut: [PMID: 21572407]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM714644 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / completeT1, repA |
Location of target site | ENST00000331898.7 | 3UTR | CUAUACAUAUAUACAUACAUACA |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 21572407 / GSE28865 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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107 hsa-miR-4307 Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
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Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
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MIRT091681 | RARB | retinoic acid receptor beta | ![]() |
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2 | 6 | ||||||
MIRT097311 | AGGF1 | angiogenic factor with G-patch and FHA domains 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT099878 | SOX4 | SRY-box 4 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT114514 | ARF6 | ADP ribosylation factor 6 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT163479 | WNT5A | Wnt family member 5A | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT186633 | COX20 | COX20, cytochrome c oxidase assembly factor | ![]() |
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2 | 8 | ||||||
MIRT194921 | TNRC6A | trinucleotide repeat containing 6A | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT230189 | AKAP17A | A-kinase anchoring protein 17A | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT281397 | MAPK6 | mitogen-activated protein kinase 6 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT328018 | RLIM | ring finger protein, LIM domain interacting | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT354896 | SEC62 | SEC62 homolog, preprotein translocation factor | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT361422 | PNRC1 | proline rich nuclear receptor coactivator 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT442526 | MOB3B | MOB kinase activator 3B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT442629 | NUDT12 | nudix hydrolase 12 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT442685 | SLC39A9 | solute carrier family 39 member 9 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT444131 | BRCA2 | BRCA2, DNA repair associated | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT444174 | RBM7 | RNA binding motif protein 7 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT446045 | TPR | translocated promoter region, nuclear basket protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT447984 | LINC00598 | long intergenic non-protein coding RNA 598 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT460527 | S100A11 | S100 calcium binding protein A11 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT466861 | STX6 | syntaxin 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT468806 | SAP18 | Sin3A associated protein 18 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT480269 | C8orf4 | chromosome 8 open reading frame 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT493119 | MKNK2 | MAP kinase interacting serine/threonine kinase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT499168 | YRDC | yrdC N6-threonylcarbamoyltransferase domain containing | ![]() |
![]() |
2 | 8 | ||||||
MIRT500507 | ZBTB34 | zinc finger and BTB domain containing 34 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT503021 | CAND1 | cullin associated and neddylation dissociated 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT505314 | TOR1AIP2 | torsin 1A interacting protein 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT506123 | PMAIP1 | phorbol-12-myristate-13-acetate-induced protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 8 | ||||||
MIRT509346 | CYP20A1 | cytochrome P450 family 20 subfamily A member 1 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT509446 | POU2F2 | POU class 2 homeobox 2 | ![]() |
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2 | 6 | ||||||
MIRT509598 | PEX26 | peroxisomal biogenesis factor 26 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT516008 | GPN2 | GPN-loop GTPase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT516120 | SRPX2 | sushi repeat containing protein, X-linked 2 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT522126 | NELL2 | neural EGFL like 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT523018 | IL1RAPL1 | interleukin 1 receptor accessory protein like 1 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT524015 | DONSON | downstream neighbor of SON | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT526307 | JAKMIP2 | janus kinase and microtubule interacting protein 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT526789 | SGCD | sarcoglycan delta | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT529141 | CLCC1 | chloride channel CLIC like 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT531336 | GDPD1 | glycerophosphodiester phosphodiesterase domain containing 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT531573 | ILDR1 | immunoglobulin like domain containing receptor 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT531831 | MTPAP | mitochondrial poly(A) polymerase | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT534994 | PRR11 | proline rich 11 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT535419 | PDZD8 | PDZ domain containing 8 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT535534 | PAK2 | p21 (RAC1) activated kinase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT536649 | INIP | INTS3 and NABP interacting protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT543498 | MDM2 | MDM2 proto-oncogene | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT545392 | PM20D2 | peptidase M20 domain containing 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT545881 | ZNF200 | zinc finger protein 200 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT547931 | HNRNPR | heterogeneous nuclear ribonucleoprotein R | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT548109 | GDAP2 | ganglioside induced differentiation associated protein 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT549370 | ANKS1A | ankyrin repeat and sterile alpha motif domain containing 1A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT549934 | RPL7L1 | ribosomal protein L7 like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT550455 | MYADM | myeloid associated differentiation marker | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT550640 | AR | androgen receptor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT550815 | FAM229B | family with sequence similarity 229 member B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT551258 | OPCML | opioid binding protein/cell adhesion molecule like | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT551768 | MED21 | mediator complex subunit 21 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT552214 | ATP5S | ATP synthase, H+ transporting, mitochondrial Fo complex subunit s (factor B) | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT555472 | POGZ | pogo transposable element derived with ZNF domain | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT556008 | MZT1 | mitotic spindle organizing protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT557878 | FEM1B | fem-1 homolog B | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT558486 | DBN1 | drebrin 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT560859 | GAL3ST3 | galactose-3-O-sulfotransferase 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT561521 | AZF1 | azoospermia factor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT562090 | KIAA0895 | KIAA0895 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT563065 | ZNF28 | zinc finger protein 28 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT563487 | ZWINT | ZW10 interacting kinetochore protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT564286 | CTCF | CCCTC-binding factor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT565627 | SLC16A1 | solute carrier family 16 member 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT566508 | PAWR | pro-apoptotic WT1 regulator | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT566978 | LBR | lamin B receptor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT567180 | IGFBP5 | insulin like growth factor binding protein 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT568432 | GDNF | glial cell derived neurotrophic factor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT570092 | KANSL1L | KAT8 regulatory NSL complex subunit 1 like | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT570565 | PABPC1 | poly(A) binding protein cytoplasmic 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT571385 | JKAMP | JNK1/MAPK8-associated membrane protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT572053 | GPATCH8 | G-patch domain containing 8 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT572333 | CACNA1A | calcium voltage-gated channel subunit alpha1 A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT574528 | PEG10 | paternally expressed 10 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT575818 | Igfbp4 | insulin-like growth factor binding protein 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT608587 | PPP2R1B | protein phosphatase 2 scaffold subunit Abeta | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT610442 | TSPAN15 | tetraspanin 15 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT614994 | GABRB1 | gamma-aminobutyric acid type A receptor beta1 subunit | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT615014 | ERGIC2 | ERGIC and golgi 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT615078 | CISD3 | CDGSH iron sulfur domain 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT616180 | SYT7 | synaptotagmin 7 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT617191 | CDH13 | cadherin 13 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT617287 | GTF2H3 | general transcription factor IIH subunit 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT618714 | ESD | esterase D | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT621825 | TIMM8B | translocase of inner mitochondrial membrane 8 homolog B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT624139 | DLX3 | distal-less homeobox 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT625991 | IBA57 | IBA57 homolog, iron-sulfur cluster assembly | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT626344 | BLOC1S4 | biogenesis of lysosomal organelles complex 1 subunit 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT634899 | ZNF701 | zinc finger protein 701 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT637848 | SLC2A9 | solute carrier family 2 member 9 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT639514 | FYB | FYN binding protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT642468 | RSL1D1 | ribosomal L1 domain containing 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT653670 | SLC26A7 | solute carrier family 26 member 7 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT655192 | PHAX | phosphorylated adaptor for RNA export | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT657011 | KCNMB4 | potassium calcium-activated channel subfamily M regulatory beta subunit 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT661008 | ABCB11 | ATP binding cassette subfamily B member 11 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT665816 | TMEM161B | transmembrane protein 161B | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT683852 | ZNF208 | zinc finger protein 208 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT700436 | PURB | purine rich element binding protein B | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT700517 | PTPN14 | protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 14 | ![]() |
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miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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