pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-4282 |
Genomic Coordinates | chr6: 72967687 - 72967753 |
Description | Homo sapiens miR-4282 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | |||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-4282 | ||||||||||||
Sequence | 40| UAAAAUUUGCAUCCAGGA |57 | ||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||
Experiments | SOLiD | DRVs in miRNA |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | TMEM192 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | transmembrane protein 192 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001100389 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on TMEM192 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of TMEM192 (miRNA target sites are highlighted) |
>TMEM192|NM_001100389|3'UTR 1 GAGGCTCACGGTCATGACAGCAATTGCAGAGGAACCCAGAGTAATTGAGACTGACTGACCACCTGACAAGCTGCCACGGG 81 GAACTGCAGCTTTTGCTGAATAGCATTTTACAGTGTTTGTTGGAAACCTGAATTTGGTTCTGACTTCTGTGGCTGTTTAA 161 AATATAGGGCTTGTGGGTCACTTGAAAAGTACCTGTAGAAGCCCGGATAACTTGAGGGGAATGTCTGTTTGTACTTTTGG 241 AAATTATTTAACTGCTTGGTTTATCCTAGGATCAGAGGCTAAACAACTCCATAGTCAACACTTTTCCACCTGACATTAGA 321 ACCCTGTAATGATTTCATTATGGATAGGGGAAGTCTAACAAGACAATCGATTTTAAACAGGGTTTTAATCAAATAAGTTC 401 TTCCCACTTTTAAGCTGATGAAAGAAGTCATTATTTCTTGTGAATATTTTTTCCTGGAGAGCCTTATCATGTATTTTATA 481 TGCTTATGTGGTGTTGGATGACATCATGGACCATATAGCTTTTATAGAGAATTTTTCTCACCATAGGACTGAGGTCTCAC 561 CAGGTGATCTACTATGCAAATTCCTACAGTTTTCTATTCTTAAGAAATAAGGGCTGGGCACGGCGGATCATGAGGTCAGG 641 AAATTGAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAAAAATTAGCCGAGCATGGTGGCG 721 GGCACCTGTAGTCCCAGCCACCTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGTGTGGACCCAGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCCG 801 AGATCACGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAAACAAAAAAGAAAAAGAAAAGAAAT 881 AAGATATGATGATTGATTACTTGGACCAGTGTTAGACCGACCTGTGTTAGACGAACCTGTGTTGCCTATTATATTGGCAG 961 CACCTTCCATTAGCAATAGCTGAAAAATTCAGAGAAGAATTTAGAACTTTCACTTTATTTTTGCCATTCTTCAAGAAGTT 1041 GCTGTATATTTCAGTCTGGTTATACCTTCAATTGATCAATAACTTCAATTATAGGAAAGGCATCTTCTATAATTTTAAAT 1121 TACTGTAAAAAAAAGATACCTTTTAAAGCCTTGGATTATACTTAAAAATTGTAATGGAAGAAATGCATATTAAGTTATAT 1201 GCAGATATTAAACATATCTGATTCTGAAGATAAAACTGAAGTATTTTTCAGAGCAAATGGCATTATTTCTCCATTTTTCC 1281 TAGTATGCCCCTTTAATTTGTCAGTTTGCTGTTAGCACTGTTATATGCTGCCTTAGAAAGACTTTTGGTTGAAGGCTGAA 1361 TATGAGGGGAGGGGATATTTATGACTGTGTTAATCTTTTTTGATCATTAGCTGAATATTCAATATTTGATATGTAACCAT 1441 ATAGGGATGTGTTCGATATAACTATATAGGCAAGGGATATATTGATTTGGCCACATCTATTTGACTTATGGAGGGCAAAT 1521 ACCTGTTTCTTTTAGATACAGCCATTGCCGGGGCATTCTAAAAGTTTTCTACTAAGATAAAGATGATTGTGTATGGCTGG 1601 GAGCAGTTGCTCATGCCTGTAATCTTAGTACTTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGGATCACTCAAGGCCAGGAGTTTGAGACC 1681 AGCCTGGGCAACAATGAGACACTGTCTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAGATCGTGTGTCACCTGCACACAACATTCACAAAC 1761 TAAAGCCAAATTGTATTTTTAAAATTTCCTTTCTCCCTTCCGTTTTTTTTTGTTTTTTGGGGGTTTTTTTTTTTGTTGTT 1841 GTTTTTGAGACAGAGTCTCACCCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGCCTTTCTTTCTTTCTTTTTTTTTCAGACGG 1921 AGTCTCGCTCTGTTGCCCAGGCTGGAGCGCAGTAGCATGATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCGGGATTAAGAAA 2001 TTCTCCTACCTCAGCCTGCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCACATGCCACCATGCCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAC 2081 AGGCGGGGTTTCACCATGCTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACCTTTTGATCCGCCCTCCTTGGCCTCCCAAAGTGT 2161 TGGGATTACAGGCATGAGCCACTGTGCCCGGCCTTCCTTTCTTTTTAATAAGTGTATGTATCTCAAAGCCATTGCCTTCT 2241 CTAGAAATCTGTTTCTCTGTTCTGGAAGAGCCTATAAACTTTGCCTTCAGTTGTTTTTCTTTTCAAAAGGGAACACCAGT 2321 GGTAGATGATTAACTCTTATTTATTTTTAAAATTTAATTTGGATCTATAGTCAGTATCTGAGATTTATAGGATGAACTTT 2401 GGTTTACAAGGAACAGTGTAGTTAAAAAGTTAGGGTGCCTATGTTCTTATGTAATCATCAACATGTTTGTTGTATAATCA 2481 TCAACATTTTTCTGAATGCAATGATGAACATTTCAAACAATAAATGAAAATGAAACTAAGTATCAGAAGTAGCAAAACAG 2561 CTGATGCAGTGGCTTACGCCTGTAATCCCAGCACTTCGGGAGGCTGAGGCAGGTGGATCACCTGAGGTTAGGAGCTCAAG 2641 ACCAGCCTGGCCAACATAGTAAAACCCCATCTTTACTAAAAATACAAAATAAGCCAGGCATGGTGGCACGCATCTGTAAT 2721 CCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACACAGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCTGAAATTGCACCAC 2801 TGCATTCCAGCTTGGGCAACAGAGCTAGACTCGATCTCAAAAAAAAAAGAAGTAACAAAACAGAAAAATGAACAAAACAA 2881 TTTAAATGTTAAACATTCTATTCACCAGGCTGGTAATTGTGCTAGCACTGAGGATACAAAAATTAAAGACTCTGGTTGGC 2961 AGCTTACATTCTAAAGAGAGCGAGGAATAGATTTCCAGACTCTGTGCTAAGTGCAGTAATGACAGTAGGCCCAACATGCT 3041 GTAGGAGCTCCACGTCAGGGGGTACCCTGGGGGCAGGAGGGTAGAGGGTTTTAAGAATGTCAGACAGAACAATGAGTAAA 3121 GTAGGAAGGCAAATAGCTACAAAATATCACAAGCACTGTGTATAGCTGGAACCAAAAGTGTGAGGCAGGACCTGGGTGGA 3201 GAGGTAGACAGGGTCAGAGCTTGGAGGGCCTTGATACTATGCTGGAAGACTGCACTTTATCTTGTTGATAATGGGATCCT 3281 CTGAAGCATTTCAAGCAAGGAAGTGACAATGTCAGTTTTAGTTTCAGCAGGATCAGATGGTAGTTCAATATGGAGGAAAT 3361 ATGTGTGGCAGAAAGATATGGCCCTGAACTAGGGCAGGTATAGTAAACCTTTTATTATAAGTATGTATGTGTATAGGTAT 3441 ATAGATAGATATAGGTATATATGTATGTATATGTATTCCAAATGACAACAGTATCATGACTTATTATAAAGTTAAAAGCT 3521 CATTTTTTAAAAAATGGCAATATGGAAAAATATAAAGCAAAACAATTATTTGAAATCTCAAAAAAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | HEK293 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
PAR-CLIP data was present in GSM545216. RNA binding protein: AGO2. Condition:miR-124 transfection
... - Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al., 2010, Cell. |
Article |
- Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al. - Cell, 2010
RNA transcripts are subject to posttranscriptional gene regulation involving hundreds of RNA-binding proteins (RBPs) and microRNA-containing ribonucleoprotein complexes (miRNPs) expressed in a cell-type dependent fashion. We developed a cell-based crosslinking approach to determine at high resolution and transcriptome-wide the binding sites of cellular RBPs and miRNPs. The crosslinked sites are revealed by thymidine to cytidine transitions in the cDNAs prepared from immunopurified RNPs of 4-thiouridine-treated cells. We determined the binding sites and regulatory consequences for several intensely studied RBPs and miRNPs, including PUM2, QKI, IGF2BP1-3, AGO/EIF2C1-4 and TNRC6A-C. Our study revealed that these factors bind thousands of sites containing defined sequence motifs and have distinct preferences for exonic versus intronic or coding versus untranslated transcript regions. The precise mapping of binding sites across the transcriptome will be critical to the interpretation of the rapidly emerging data on genetic variation between individuals and how these variations contribute to complex genetic diseases.
LinkOut: [PMID: 20371350]
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Experimental Support 2 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | HEK293 |
Disease | 201931.0 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
"PAR-CLIP data was present in GSM714644. RNA binding protein: AGO2. Condition:completeT1
... - Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al., 2011, Nature methods. |
Article |
- Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al. - Nature methods, 2011
Cross-linking and immunoprecipitation (CLIP) is increasingly used to map transcriptome-wide binding sites of RNA-binding proteins. We developed a method for CLIP data analysis, and applied it to compare CLIP with photoactivatable ribonucleoside-enhanced CLIP (PAR-CLIP) and to uncover how differences in cross-linking and ribonuclease digestion affect the identified sites. We found only small differences in accuracies of these methods in identifying binding sites of HuR, which binds low-complexity sequences, and Argonaute 2, which has a complex binding specificity. We found that cross-link-induced mutations led to single-nucleotide resolution for both PAR-CLIP and CLIP. Our results confirm the expectation from original CLIP publications that RNA-binding proteins do not protect their binding sites sufficiently under the denaturing conditions used during the CLIP procedure, and we show that extensive digestion with sequence-specific RNases strongly biases the recovered binding sites. This bias can be substantially reduced by milder nuclease digestion conditions.
LinkOut: [PMID: 21572407]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM545216 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / miR-124 transfection |
Location of target site | ENST00000306480.6 | 3UTR | CAUCUUCUAUAAUUUUAAAUUACUGUAAA |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 20371350 / GSE21578 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM714644 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / completeT1, repA |
Location of target site | ENST00000306480.6 | 3UTR | CAUCUUCUAUAAUUUUAAAUUACUGUAAAAAAAAG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 21572407 / GSE28865 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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280 hsa-miR-4282 Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
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Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
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