pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-155 |
Genomic Coordinates | chr21: 25573980 - 25574044 |
Description | Homo sapiens miR-155 stem-loop |
Comment | Human mir-155 is predicted based on homology to a cloned miR from mouse (MIR:MI0000177) . |
RNA Secondary Structure | |
Associated Diseases |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-155-3p | ||||||||||||||||||
Sequence | 43| CUCCUACAUAUUAGCAUUAACA |64 | ||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||||||||
Experiments | Cloned | ||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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miRNAs in Extracellular Vesicles |
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Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Biomarker Information |
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Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | CNOT6L | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | CCR4b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | CCR4-NOT transcription complex subunit 6 like | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_144571 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on CNOT6L | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of CNOT6L (miRNA target sites are highlighted) |
>CNOT6L|NM_144571|3'UTR 1 TGGAGTACTGCCCCGCCAAGACGGGGATCTGTTGCTATGGACCTGTACAGTTGTAAATCAAAGTATGTAGGAGTGAAGTA 81 TGGCCATCCTTAAGCTGCTTCTTCAGGTTTCTTTCATTATGTGTTTGCTGTAAGACTTTGTACATTTTTGTGCATATTGG 161 TATCATTTGGCAGTAGGGCTGGAACCAAAGTATTACTCTCTTTACAAAATTTTAATTTAACATGTTTTTAAATTGGACCT 241 TCTTTATATTGTATTAACAGCCAGCATTCAAAATTGATAAATTACCAATTTGAGGCCCAATAACAGTGTATTTGTTTTTC 321 CAAAACAAATACTTTCTTTTGAATGGTTTCAGTGAGCCAACCATTTTATAAAAGGCAATTTTTAAAAACTATAAATACAG 401 TATTTTAAACTGAATGATGATATGCCTTCCAGGGAAAACCTTGAATTTTTCCTTTATAACTGACTTTTGGATTCCAAAGT 481 CATTTGCACATTAACAGAGTACTTAAATTTACTTGTTCAGTCCATAAACTATGATATAGCCTCTATACATGGTAAGAAAA 561 TTTGAAAAATTAAAGATGGTTGCACAGTATACTTTTATAATCCAGCATGTAACACCACATGACAATTTGTTGGCCAAATG 641 CTGGTTTGGAGTTTTTTTGAGGAATCACTTTGGTTTTTTTGTCCTTTATATATAACCTTATTGGAAGTATTAATTCTAAG 721 CCTGTCTCTCAAGTTTATTTATAGAGAAAAAGTAAGTAATCTGTATTGCCACATACCTTGAAAATAGAATGTGGTATGTT 801 TAGGATGCCCACGGAATGAATTTTTCCTTATTCCAATTCAACCTTCTGTCTGGTTGTGCCAGGAAAACAGATGTTATATG 881 ACCTATGTCATTTTTGCCATTATAGTCAAATGTTAAAAGAAGAAAAAAGTCTGCTGAATAAAAAGGCCTTGATCAAAGTT 961 TCAGATGGGGAAAATCATACAGATATTTTATGTGTTTCCAACATAGATTATGTGGCTGTTGGTTTCTTGAGATGACAGTG 1041 CAAAGGATTTGGGAGAGAGAACAAATTTGGGGCAGTAGTTGAAAACGTTGGGTCATTTTCCTGACTCTAGCTGCCAAATG 1121 GCCATCATATGCTTTTAATCTTTGTTTCAGTTGTCTGTCAGGGTTGAATTAAGAAGCTACTGGTTTATTCCCAATTGTTG 1201 ATGCCTTTAGGTATGTTGGAATCTTTTTTTTGCCTAGGAGGGGCCAGTTGAAAATCTGTGACTCAAGAGGCAGTGAACAG 1281 AATACTGTTTTCTGGGGAAAAATTGGTTGGCTACTTGATGTTAATTATGGCACAGTAACAGGAAAAGGTTGTGTCTGTGT 1361 TTTTAAGTTTTTCTTTATTCTGCTTTTTTGCTGCTATAAGAGTTTTCTGAAATTTATATTTTAAACTTTTCATGCACTTT 1441 ACTGTTTCTAGTCTCAAAATGTGATATTTTTAATAAACAAGAAATTTTCCATTATGTGAATGAAATTTTAAAAGACAATA 1521 GCCTATATTTGTGTCTCACTAATATATAAAGTATAGGTCAAATTTAAATTATTTAATTAGTTTTAAATATACACAATTTG 1601 TCTCCTCTTTCAAACCTGACATCTTCGGCTGTTTTATTAGTCTTAAATGATGCATTTACTTTGGTCATTTTATGCTAATT 1681 TCTTCCATAGTAAATTAATCAGGCTATATAAGGTAATATTTCCCCAGAGGGTAATTTTAGTGGGACGAGGGTGGTGGGAT 1761 GATGTCATATCATACATGGGATTGCATCAGAAGGGTTCTGTAAAGCCTGAACTCCCTTTTAAAAGTGCCTAGTGATAGAG 1841 GCGTTGTTTGTCATCTATTATAATTGGAATGTCATTGTAGTTCAGTGAATTTTGATGTAAATAAAATATCTTTTAAAAAT 1921 GTTAAAGTACCAGGATAAACAAACAAAAAGAAACAACCCTTAAGATGACAGATTTTCCTCAACATGCAGGTTTCCCTTCT 2001 TATATACCTCAAGTATCCAACATCTAGCCATGCAAATTGATTACCTGAAGCATAGTACTGGAAAGTAGAATAGCATGAAA 2081 AACTTAATTTTGTGGACATTACCTTTTTTTGTAATCAGCTACTGTATGTTTTATTTTAGATCTTTTGTTTTGGGTGGGTT 2161 TTCTGCTCTGGAGGTATATGCACTAACAAAACATTTTCCTCCTTTCATATACGCATGTTAATTAGCAATGTGAGCAATAT 2241 TTCCTACCATACTTCACTCCCAATATTTTTTGAGATGTTTGTATAAAATGGAATTTAAAGTTCACTTATGATTGTATATG 2321 AACCACAGAGGAGCCCATTTATTAATAAAAAACTTTTTTAATAGTTAAATGTAGAGGGAAAAAATAAAAAAAAATGGGAA 2401 ACATTGTAAACAGCTTAAGTTTATTTTGTGTATGATCGAGGCACTCTGTTGCAGGAAGGTGTGTAATTGGGTTCTCTCTG 2481 CTTCAAATGCGCTCTTTCAAACCATTCATTATCCTGTGTATTTTTAATGTGGTTTTAGTAAATGTTGGTAGTAGCTCTGT 2561 TGAAGTAGGTAATTGTGTTATGTTTTGGGTGGTACACACTTGGGGCATGGTAACCCAAATTTCATGTGCACGGTTTCCCT 2641 TTAGCCCACTGCCCAAATTTCACATACCCTTCACCCTTTGTTCCCTTTGTAAAAGGAGTGGTATCTGTTTTGAGCTGCCA 2721 ATTCAGATGATCAGAAATGCTGCTTTCCTCAGCATTGTCTTGTTAAACCGCATGCCATTTGGAACTTTGGCAGTGAGAAG 2801 CCAAAAGGAAGAGGTGAATGACATATATATATATATATTCAATGAAAGTAAAATATATATGCTCATATACTTTCTAGTTA 2881 TCAGAATGAGTTAAGCTTTATGCCATTGGGCTGCTGCATATTTTAATCAGAAGATAAAAGAAAATCTGGGCATTTTTAGA 2961 ATGTGATACATGTTTTTTTAAAACTGTTAAATATTATTTCGATATTTGTCTAAGAACCGGAATGTTCTTAAAATTTACTA 3041 AAACAGTATTGTTTGAGGAAGAGAAAACTGTACTGTTTGCCATTATTACAGTCATACAAGTGCATGTCAAGTCACCCACT 3121 CTCTCAGGCATCAGTATCCACCTCATAGCTTTACACATTTTGATGGGGAATATTGCAGCATCCTCAGGCCTGACATCTGG 3201 GAAAGGCTCAGATCCACCTACTGCTCCTTGCTCGTTGATTTTGTTTTAAAATATTGTGCCTGGTGTCAACTTTTAAGCAA 3281 CAGCACTGCCTAAAAGCAAGCAGAGAACAGAATCCCAGCACCATTCTATAGGCAACTTTTTAGAATTCAGATATAGTAAA 3361 TCTGTTCCAGATTTATGATGTTTTATGTAAAAAAAATTTTGTATAATAACATAGCTGAATATTTTTGTTTCATTTCTTTG 3441 ATGTAAGGCGTGTGAACATTCGTTTGAATATCACATGTTGAAGTCAGGTATGGCACAATGGGTTCTGAGACCAGCTTTTC 3521 CTCCCCTCCCATTTGCCTTGTTCCAAGCTCTTTCTTTTCAAATTACTTTTCTGATATTCATAGGCAGGTATTTAATTTTA 3601 CTAATTAGCATCCTGTGTGAATGTATTAAAGAAGCCACTGTGTTTTAGTGTAGTTGGCAAAAATATAAAAGCTGTTTCTT 3681 ATTTGCCCCTATTTTTTTGGTGTCTTAAAGTTATATATTAAATCACAGAGAAGCAAGGGAGAAAGTTGAAAGATATCTAA 3761 GGCTCATATCACTTGATTCTATGGTAGATTATATTAGAATTGAGGATGTGGCACATTAAAACTGGAACATGGGCAAATAT 3841 AGTGTTCCATTTTAAAATTCTAAGTTTATATTGTTAAATGGGTGAAAATTTAAGTTTATATTTGCATTTCCAAGCGTTTC 3921 TAAAAATCACTAATGCCATCTATACTTTTAGTATGAAACAGCAGACTATAGAAAGCACAGGGAAGAATAGGCTAAATACA 4001 TTCTTTGAAGAACCAGAGGCATATAACCACATCATTATGTCATTCCTAATACATGGCTAGATTTTCTAATGATAAAATTG 4081 ACTGTGTCCCAATGCTTATTTGATTCTAAGCTTTTTTATTCTGTTTCTGAGATATTTTAATAGCTTTGCAAAATATGCTG 4161 ACCAGTTTTTGGAAAATAATGGTTTTTATAGCAAGCAAAGACTTTATGGCACATTTTCAAAATAGCACTCATACATACTT 4241 ACATTTTGACAGAAATGTGAATTCTCACATTGATGAGATATTCTTTTTCCCACCTGCCCTACCCTTTAAAAAAGGTCACT 4321 TTTCTAATGTGTAGTAGATTCATTTACGCCTTTCCCTTTGAGTCATACCATGTTTGGAGAACTGTGTGAATTGTAGGTAG 4401 AGAAATTAACTAGGGAAGCCAGAAGCTTGAACTAAAGTTTTAAATTTGTAGGCAGATGAGAACTTTTATACTATGGTTGC 4481 TTTGGGCGATTCTAATTTTGTAATAGCATCATGATCACCAAAATTAATTCAAACATTTTAGTACATCTTTAATCTGTCTT 4561 ATTTACCAAAGTTCTAATCTGTTTAAGAACAGGATGCCAAGAGCATCTTTCATTTTATAGAATGATATGCTCACCTTTAT 4641 AAGTGTCACCTAAAAGCTTGAGGGTAAAAAAGAAGCAGCCCATATATCTAAACTACAGGATGTCTTGAACAAGATTCACA 4721 GAAAGAAAGAAAAAAAAGCAGTTCTTTCCAGGAAGGTGGTAAGGAAGAGCATGCATATTTCTTGTTTTAACCAAATACCT 4801 TTTTTATGTAAATGTCTCTATTAAACCCCAGGTCCTACACCAGGAAATAGGGTGATAACCAGGAAAATACCAAGCTTTAA 4881 CCCAGTTGGCAGTTCCTTGTGGCATACATTTGGTTAGACTTGGGTTTTTCCTGGAACCAAAGGAAAATAAGCATGTTGAG 4961 TTCTTCGTTCAACAGACATGACATTGAAGTAATAGAATATTTTTTAAGTAAAATAGTTTTCACTTTCAAAGCCTATGACA 5041 TAAGGACATTTGTGCTTATTAATTGTTAATTTTTTTTTATGGTACATTGTATAAACTGAGTAGCATTGAACTGCATTTTA 5121 GAAGTATGTCATCAGAAACAAATCACATTATGGAAAGGATATACAAATGCCAAGTGATATGACTCTTTTGGCATGGTGGT 5201 AGCATGGTCCATTCAGCTTTCAGAATCTTTCGGAGGCTCTAGTTTGGTGCCTAGTACTAGTTATTTTTGTTAGAACAATC 5281 TCTCAAAATTTAGATAATTTTCCAGTTGTATGTCTGTCACTTTTAACTCTAAAGCGTAAGAATCATGGTAACCCTCTCAG 5361 AAGTGGTCCTTTCTTGCTCATTTCAGTTTCGTATTAACTTCAAATCACTGATGTATTGTCTTTCAAGCTATCAATTGTTA 5441 TATGTACCAATTTAATTTAGTTTGTAGTTATCTGAAGTCACAAAATTGGTTCAGCATTGATGTCAAACAATGGCTTTGCT 5521 TCTTACCAAACAGACTTAGTATCCTGCTGCTTGTTTCAATCTTGATGCAGTAAGTGATGCAGTATCTGGGTCTGTATTTA 5601 CTTAGAAACTGTACTGTCCTTTCTCTGTGCTTAACTTGCTAAAAATATATTCCCTTACCTGTGAAATTCCTGAGCGGTGC 5681 TCTGCCAACTTTTCAAGGGGAGGGATTTGGATGGCTGTGTTACTGCACACTGGATCTGGAATTGTTCAGGGTTATGAGTG 5761 ACAAATTTCTTAAACACCAGCAGCACTGAGATGTGCACTATGGGCATTCGTACAGTTGTTGTCCAAATGCAAACAACTTT 5841 TTCATCTTGGAGAAGCTGAGATACAGAGTTCAATAGAACTACTTGGAATATTTTGAGAAGGTTGAATGTTTCATCTTTGG 5921 CTTTGTTGTCTCTGGAGTGGGGAAGTATGGAGGGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAAGAGAG 6001 TGTGTATGTACTTTTTCTCTCTATAAGGGCCAGGGTGTTGGTCAAATTCACCATCGATTAATTTATATCTTCTGTTGTGA 6081 TTTTTTTCAACTATATAACAAGTGCCAACTAATTGTCCATGGGACAATCTACTTTTCCACTCAATTTATCGTTTTGAGTA 6161 GGGAAAGGTTCATTTATTTTCATTACCTGGCATTAAGTTAAAGAATTCATTATTTTGCATACATTTGAGTCATTCTGTGA 6241 CCTATAAAGTGTTTTTGTAACTATCTAATTCTAATGGTTGCAAAGCAAAGCACATGACTGTAAAACCAAGCAAGGTGTTT 6321 TAGTAACTTTTTCCCTGAATACTTGGTAGTTTCCATTGATACTATTCCAAAACAAATTCTGCTGTTTTAGGTTGTATATT 6401 TACTTTGCTTTTGTTCTAAGAAAAAGCCAAGGACTAAATCAACTTGTTTTTGTGTTTCAGTAATCAGTTTAAAATCTAAG 6481 ATTTTTTTTTAAATTAGACTATTTAATGAAGTGCCATGTAATTGTAGCTTGCTAGTGTTTAATGTTTAATAGACTGGTTC 6561 TGTAGGTGTTTTAACCATTTAACACTCTCTGCCATCCCTGGAGAAAGTGGTTCTACTCTTACTGAACACATTCTCTCTGA 6641 CAAAATCACCAGCTGCTTTATTTTTCTATTTATTACAGTTAAACAGTTGATGAGGTCTGAATCTTGACCAAAACTGCTCA 6721 GCTGAGATGTTTTTCACAATAGACACTGTACAAAGTGTGCGTGCAAAAGGACACGGTTGGTAGTATTTTTTCATTAATGT 6801 GAACATTGACTAAAAAAAAGCAGTCCTGCCTTTTAAATCTTGTGGCAGCTCAGAAGGGAGGTGCTTAAGAACCTTAACTA 6881 CTATGTCAGATAACAAAATATTTTTTTCCATTTTGGAGATTGGTTACTGCTCACACATGATGTATAGGGCTAAATATATG 6961 CTTGTTTCCTTGCACCTGTGTACTTCCCCTCTCTCCCTCCCTTTCCTTCCCCTGTAGGCAATAAATGGCCATTTTGCAAC 7041 TGCA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | HEK293 |
Disease | 246175.0 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
"PAR-CLIP data was present in GSM714644. RNA binding protein: AGO2. Condition:completeT1
... - Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al., 2011, Nature methods. |
Article |
- Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al. - Nature methods, 2011
Cross-linking and immunoprecipitation (CLIP) is increasingly used to map transcriptome-wide binding sites of RNA-binding proteins. We developed a method for CLIP data analysis, and applied it to compare CLIP with photoactivatable ribonucleoside-enhanced CLIP (PAR-CLIP) and to uncover how differences in cross-linking and ribonuclease digestion affect the identified sites. We found only small differences in accuracies of these methods in identifying binding sites of HuR, which binds low-complexity sequences, and Argonaute 2, which has a complex binding specificity. We found that cross-link-induced mutations led to single-nucleotide resolution for both PAR-CLIP and CLIP. Our results confirm the expectation from original CLIP publications that RNA-binding proteins do not protect their binding sites sufficiently under the denaturing conditions used during the CLIP procedure, and we show that extensive digestion with sequence-specific RNases strongly biases the recovered binding sites. This bias can be substantially reduced by milder nuclease digestion conditions.
LinkOut: [PMID: 21572407]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM714644 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / completeT1, repA |
Location of target site | ENST00000504123.1 | 3UTR | AGUGAAGUAUGGCCAUCCUUAAGCUGCUUCUUCAG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 21572407 / GSE28865 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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73 hsa-miR-155-3p Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT005808 | IRAK3 | interleukin 1 receptor associated kinase 3 | 4 | 1 | ||||||||
MIRT082844 | ZNF460 | zinc finger protein 460 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT256047 | UBE2K | ubiquitin conjugating enzyme E2 K | 2 | 4 | ||||||||
MIRT437787 | PTEN | phosphatase and tensin homolog | 2 | 1 | ||||||||
MIRT456168 | ZDHHC6 | zinc finger DHHC-type containing 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT464916 | TXNIP | thioredoxin interacting protein | 2 | 4 | ||||||||
MIRT475559 | HNRNPF | heterogeneous nuclear ribonucleoprotein F | 2 | 2 | ||||||||
MIRT499608 | DNAJA1 | DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member A1 | 2 | 8 | ||||||||
MIRT504220 | MYO6 | myosin VI | 2 | 4 | ||||||||
MIRT504256 | C1orf147 | chromosome 1 open reading frame 147 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT507642 | CREBRF | CREB3 regulatory factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT522858 | KIAA1551 | KIAA1551 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT527505 | MYD88 | myeloid differentiation primary response 88 | 5 | 2 | ||||||||
MIRT530713 | ORMDL3 | ORMDL sphingolipid biosynthesis regulator 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT532851 | ZNF699 | zinc finger protein 699 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT535952 | MIA3 | MIA family member 3, ER export factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT539041 | ATXN1L | ataxin 1 like | 2 | 4 | ||||||||
MIRT556391 | LUC7L | LUC7 like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT558617 | CNOT6L | CCR4-NOT transcription complex subunit 6 like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT559869 | ATXN3 | ataxin 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT569208 | SHC3 | SHC adaptor protein 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT573122 | C18orf25 | chromosome 18 open reading frame 25 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT575076 | Ddit4 | DNA-damage-inducible transcript 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT607597 | ABCF3 | ATP binding cassette subfamily F member 3 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT609386 | PHEX | phosphate regulating endopeptidase homolog X-linked | 2 | 2 | ||||||||
MIRT610550 | MDN1 | midasin AAA ATPase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT612390 | TCF7L2 | transcription factor 7 like 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT612910 | GTDC1 | glycosyltransferase like domain containing 1 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT613314 | ARL5C | ADP ribosylation factor like GTPase 5C | 2 | 2 | ||||||||
MIRT613356 | ADAMTS5 | ADAM metallopeptidase with thrombospondin type 1 motif 5 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT613541 | CLMP | CXADR like membrane protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT617029 | SYT6 | synaptotagmin 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT618044 | MRVI1 | murine retrovirus integration site 1 homolog | 2 | 2 | ||||||||
MIRT619307 | KIRREL | kirre like nephrin family adhesion molecule 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT623209 | MTFR1L | mitochondrial fission regulator 1 like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT625448 | RANGAP1 | Ran GTPase activating protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT634551 | MACC1 | MACC1, MET transcriptional regulator | 2 | 2 | ||||||||
MIRT640740 | EPB41 | erythrocyte membrane protein band 4.1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT640906 | RAB13 | RAB13, member RAS oncogene family | 2 | 2 | ||||||||
MIRT644025 | ZNF792 | zinc finger protein 792 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT651489 | WT1 | Wilms tumor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT652037 | LINC00598 | long intergenic non-protein coding RNA 598 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT669093 | CDK6 | cyclin dependent kinase 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT696720 | WNT3 | Wnt family member 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT698085 | TPM1 | tropomyosin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT703284 | GID4 | GID complex subunit 4 homolog | 2 | 2 | ||||||||
MIRT707183 | ARHGEF33 | Rho guanine nucleotide exchange factor 33 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT710362 | CREB5 | cAMP responsive element binding protein 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT713501 | DCAF17 | DDB1 and CUL4 associated factor 17 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT717153 | LRRC3C | leucine rich repeat containing 3C | 2 | 2 | ||||||||
MIRT719038 | ATP1A1 | ATPase Na+/K+ transporting subunit alpha 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT719489 | LSG1 | large 60S subunit nuclear export GTPase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT720284 | DPYSL3 | dihydropyrimidinase like 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT732474 | NLRP3 | NLR family pyrin domain containing 3 | 2 | 0 | ||||||||
MIRT732620 | MS | multiple sclerosis | 1 | 0 | ||||||||
MIRT732968 | TGFBR2 | transforming growth factor beta receptor 2 | 3 | 0 | ||||||||
MIRT733063 | AGTR1 | angiotensin II receptor type 1 | 3 | 0 | ||||||||
MIRT733206 | ADAM10 | ADAM metallopeptidase domain 10 | 1 | 0 | ||||||||
MIRT733302 | CRP | C-reactive protein | 2 | 0 | ||||||||
MIRT734202 | PDCD4 | programmed cell death 4 | 3 | 0 | ||||||||
MIRT734467 | SIRT1 | sirtuin 1 | 2 | 0 | ||||||||
MIRT734701 | Foxo3 | forkhead box O3 | 1 | 0 | ||||||||
MIRT734889 | SP4 | Sp4 transcription factor | 2 | 0 | ||||||||
MIRT735047 | BATF | basic leucine zipper ATF-like transcription factor | 1 | 0 | ||||||||
MIRT735048 | SPI1 | Spi-1 proto-oncogene | 1 | 0 | ||||||||
MIRT735734 | PICALM | phosphatidylinositol binding clathrin assembly protein | 3 | 0 | ||||||||
MIRT735944 | TNF | tumor necrosis factor | 1 | 0 | ||||||||
MIRT736131 | MYLK | myosin light chain kinase | 2 | 0 | ||||||||
MIRT736780 | FOXP3 | forkhead box P3 | 1 | 0 | ||||||||
MIRT736781 | CEBPB | CCAAT/enhancer binding protein beta | 1 | 0 | ||||||||
MIRT736858 | WEE1 | WEE1 G2 checkpoint kinase | 2 | 0 | ||||||||
MIRT736873 | TLR3 | toll like receptor 3 | 2 | 0 | ||||||||
MIRT736902 | CFH | complement factor H | 2 | 0 |
miRNA-Drug Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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