pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-4446 |
Genomic Coordinates | chr3: 113594876 - 113594942 |
Description | Homo sapiens miR-4446 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | |||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-4446-5p | ||||||
Sequence | 8| AUUUCCCUGCCAUUCCCUUGGC |29 | ||||||
Evidence | Experimental | ||||||
Experiments | Illumina | ||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | ATXN1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | ATX1, D6S504E, SCA1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | ataxin 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_000332 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_001128164 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on ATXN1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of ATXN1 (miRNA target sites are highlighted) |
>ATXN1|NM_000332|3'UTR 1 AGGCAGCGTGGGGGAAAGGAAACGTGGCTCTCCCTTATCATTTGTATCCAGATTACTGTACTGTAGGCTAAAATAACACA 81 GTATTTACATGTTATCTTCTTAATTTTAGGTTTCTGTTCTAACCTTGTCATTAGAGTTACAGCAGGTGTGTCGCAGGAGA 161 CTGGTGCATATGCTTTTTCCACGAGTGTCTGTCAGTGAGCGGGCGGGAGGAAGGGCACAGCAGGAGCGGTCAGGGCTCCA 241 GGCATCCCCGGGGAAGAAAGGAACGGGGCTTCACAGTGCCTGCCTTCTCTAGCGGCACAGAAGCAGCCGGGGGCGCTGAC 321 TCCCGCTAGTGTCAGGAGAAAAGTCCCGTGGGAAGGGTCCTGCAGGGGTGCAGGGTTGCACGCATGTGGGGGTGCACAGG 401 CGCTGTGGCGGCGAGTGAGGGTCTCTTTTTCTCTGCCTCCCTCTGCCTCACTCTCTTGCTATCGGCATGGGCCGGGGGGG 481 TTCAGAGCAGTGTCCTCCTGGGGTTCCCACGTGCAAAATCAACATCAGGAACCCAGCTTCAGGGCATCGCGGAGACGCGT 561 CAGATGGCAGATTTGGAAAGTTAACCATTTAAAAGAACATTTTTCTCTCCAACATATTTTACAATAAAAGCAACTTTTAA 641 TTGTATAGATATATATTTCCCCCTATGGGGCCTGACTGCACTGATATATATTTTTTTTAAAGAGCAACTGCCACATGCGG 721 GATTTCATTTCTGCTTTTTACTAGTGCAGCGATGTCACCAGGGTGTTGTGGTGGACAGGGAAGCCCCTGCTGTCATGGCC 801 CCACATGGGGTAAGGGGGGTTGGGGGTGGGGGAGAGGGAGAGAGCGAACACCCACGCTGGTTTCTGTGCAGTGTTAGGAA 881 AACCAATCAGGTTATTGCATTGACTTCACTCCCAAGAGGTAGATGCAAACTGCCCTTCAGTGAGAGCAACAGAAGCTCTT 961 CACGTTGAGTTTGCGAAATCTTTTTGTCTTTGAACTCTAGTACTGTTTATAGTTCATGACTATGGACAACTCGGGTGCCA 1041 CTTTTTTTTTTTTTCAGATTCCAGTGTGACATGAGGAATTAGATTTTGAAGATGAGCATATATTACTATCTTTAAGCATT 1121 TAAAAATACTGTTCACACTTTATTACCAAGCATCTTGGTCTCTCATTCAACAAGTACTGTATCTCACTTTAAACTCTTTG 1201 GGGAAAAAACAAAAACAAAAAAAACTAAGTTGCTTTCTTTTTTTCAACACTGTAACTACATTTCAGCTCTGCAGAATTGC 1281 TGAAGAGCAAGATATTGAAAGTTTCAATGTGGTTTAAAGGGATGAATGTGAATTATGAACTAGTATGTGACAATAAATGA 1361 CCACCAAGTACTACCTGACGGGAGGCACTTTTCACTTTGATGTCTGAGAATCAGTTCAAGGCATATGCAGAGTTGGCAGA 1441 GAAACTGAGAGAAAAGGGATGGAGAAGAGAATACTCATTTTTGTCCAGTGTTTTTCTTTTTAAGATGAACTTTTAAAGAA 1521 CCTTGCGATTTGCACATATTGAGTTTATAACTTGTGTGATATTCCTGCAGTTTTTATCCAATAACATTGTGGGAAAGGTT 1601 TGGGGGACTGAACGAGCATAAATAAATGTAGCAAAATTTCTTTCTAACCTGCCTAAACTCTAGGCCATTTTATAAGGTTA 1681 TGTTCCTTTGAAAATTCATTTTGGTCTTTTTACCACATCTGTCACAAAAAGCCAGGTCTTAGCGGGCTCTTAGAAACTCT 1761 GAGAATTTTCTTCAGATTCATTGAGAGAGTTTTCCATAAAGACATTTATATATGTGAGCAAGATTTTTTTTAAACAATTA 1841 CTTTATTATTGTTGTTATTAATGTTATTTTCAGAATGGCTTTTTTTTTTCTATTCAAAATCAAATCGAGATTTAATGTTT 1921 GGTACAAACCCAGAAAGGGTATTTCATAGTTTTTAAACCTTTCATTCCCAGAGATCCGAAATATCATTTGTGGGTTTTGA 2001 ATGCATCTTTAAAGTGCTTTAAAAAAAAGTTTTATAAGTAGGGAGAAATTTTTAAATATTCTTACTTGGATGGCTGCAAC 2081 TAAACTGAACAAATACCTGACTTTTCTTTTACCCCATTGAAAATAGTACTTTCTTCGTTTCACAAATTAAAAAAAAAATC 2161 TGGTATCAACCCACATTTTGGCTGTCTAGTATTCATTTACATTTAGGGTTCACCAGGACTAATGATTTTTATAAACCGTT 2241 TTCTGGGGTGTACCAAAAACATTTGAATAGGTTTAGAATAGCTAGAATAGTTCCTTGACTTTCCTCGAATTTCATTACCC 2321 TCTCAGCATGCTTGCAGAGAGCTGGGTGGGCTCATTCTTGCAGTCATACTGCTTATTTAGTGCTGTATTTTTTAAACGTT 2401 TCTGTTCAGAGAACTTGCTTAATCTTCCATATATTCTGCTCAGGGCACTTGCAATTATTAGGTTTTGTTTTTCTTTTTGT 2481 TTTTTAGCCTTTGATGGTAAGAGGAATACGGGCTGCCACATAGACTTTGTTCTCATTAATATCACTATTTACAACTCATG 2561 TGGACTCAGAAAAACACACACCACCTTTTGGCTTACTTCGAGTATTGAATTGACTGGATCCACTAAACCAACACTAAGAT 2641 GGGAAAACACACATGGTTTGGAGCAATAGGAACATCATCATAATTTTTGTGGTTCTATTTCAGGTATAGGAATTATAAAA 2721 TAATTGGTTCTTTCTAAACACTTGTCCCATTTCATTCTCTTGCTTTTTTAGCATGTGCAATACTTTCTGTGCCAATAGAG 2801 TCTGACCAGTGTGCTATATAGTTAAAGCTCATTCCCTTTTGGCTTTTTCCTTGTTTGGTTGATCTTCCCCATTCTGGCCA 2881 GAGCAGGGCTGGAGGGAAGGAGCCAGGAGGGAGAGAGCCTCCCACCTTTCCCCTGCTGCGGATGCTGAGTGCTGGGGCGG 2961 GGAGCCTTCAGGAGCCCCGTGCGTCTGCCGCCACGTTGCAGAAAGAGCCAGCCAAGGAGACCCGGGGGAGGAACCGCAGT 3041 GTCCCCTGTCACCACACGGAATAGTGAATGTGGAGTGTGGAGAGGAAGGAGGCAGATTCATTTCTAAGACGCACTCTGGA 3121 GCCATGTAGCCTGGAGTCAACCCATTTTCCACGGTCTTTTCTGCAAGTGGGCAGGCCCCTCCTCGGGGTCTGTGTCCTTG 3201 AGACTTGGAGCCCTGCCTCTGAGCCTGGACGGGAAGTGTGGCCTGTTGTGTGTGTGCGTTCTGAGCGTGTTGGCCAGTGG 3281 CTGTGGAGGGGACCACCTGCCACCCACGGTCACCACTCCCTTGTGGCAGCTTTCTCTTCAAATAGGAAGAACGCACAGAG 3361 GGCAGGAGCCTCCTGTTTGCAGACGTTGGCGGGCCCCGAGGCTCCCAGAGCAGCCTCTGTCACCGCTTCTGTGTAGCAAA 3441 CATTAACGATGACAGGGGTAGAAATTCTTCGGTGCCGTTCAGCTTACAAGGATCAGCCATGTGCCTCTGTACTATGTCCA 3521 CTTTGCAATATTTACCGACAGCCGTCTTTTGTTCTTTCTTTCCTGTTTTCCATTTTTAAACTAGTAACAGCAGGCCTTTT 3601 GCGTTTACAATGGAACACAATCACCAAGAAATTAGTCAGGGCGAAAAGAAAAAAATAATACTATTAATAAGAAACCAACA 3681 AACAAGAACCTCTCTTTCTAGGGATTTCTAAATATATAAAATGACTGTTCCTTAGAATGTTTAACTTAAGAATTATTTCA 3761 GTTTGTCTGGGCCACACTGGGGCAGAGGGGGGAGGGAGGGATACAGAGATGGATGCCACTTACCTCAGATCTTTTAAAGT 3841 GGAAATCCAAATTGAATTTTCATTTGGACTTTCAGGATAATTTTCTATGTTGGTCAACTTTTCGTTTTCCCTAACTCACC 3921 CAGTTTAGTTTGGGATGATTTGATTTCTGTTGTTGTTGATCCCATTTCTAACTTGGAATTGTGAGCCTCTATGTTTTCTG 4001 TTAGGTGAGTGTGTTGGGTTTTTTCCCCCCACCAGGAAGTGGCAGCATCCCTCCTTCTCCCCTAAAGGGACTCTGCGGAA 4081 CCTTTCACACCTCTTTCTCAGGGACGGGGCAGGTGTGTGTGTGGTACACTGACGTGTCCAGAAGCAGCACTTTGACTGCT 4161 CTGGAGTAGGGTTGTACAATTTCAAGGAATGTTTGGATTTCCTGCATCTTGTGGATTACTCCTTAGATACCGCATAGATT 4241 GCAATATAATGCTGCATGTTCAAGATGAACAGTAGCTCCTAGTAATCATAAAATCCACTCTTTGCACAGTTTGATCTTTA 4321 CTGAAATATGTTGCCAAAATTTATTTTTGTTGTTGTAGCTCTGGATTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTAAGGAAACGATTGA 4401 CAATACCCTTTAACATCTGTGACTACTAAGGAAACCTATTTCTTTCATAGAGAGAAAAATCTCCAATGCTTTTGAAGACA 4481 CTAATACCGTGCTATTTCAGATATGGGTGAGGAAGCAGAGCTCTCGGTACCGAAGGCCGGGCTTCTTGAGCTGTGTTGGT 4561 TGTCATGGCTACTGTTTCATGAACCACAAGCAGCTCAACAGACTGGTCTGTTGCCTTCTGAAACCCTTTGCACTTCAATT 4641 TGCACCAGGTGAAAACAGGGCCAGCAGACTCCATGGCCCAATTCGGTTTCTTCGGTGGTGATGTGAAAGGAGAGAATTAC 4721 ACTTTTTTTTTTTTTAAGTGGCGTGGAGGCCTTTGCTTCCACATTTGTTTTTAACCCAGAATTTCTGAAATAGAGAATTT 4801 AAGAACACATCAAGTAATAAATATACAGAGAATATACTTTTTTATAAAGCACATGCATCTGCTATTGTGTTGGGTTGGTT 4881 TCCTCTCTTTTCCACGGACAGTGTTGTGTTTCTGGCATAGGGAAACTCCAAACAACTTGCACACCTCTACTCCGGAGCTG 4961 AGATTTCTTTTACATAGATGACCTCGCTTCAAATACGTTACCTTACTGATGATAGGATCTTTTCTTGTAGCACTATACCT 5041 TGTGGGAATTTTTTTTTAAATGTACACCTGATTTGAGAAGCTGAAGAAAACAAAATTTTGAAGCACTCACTTTGAGGAGT 5121 ACAGGTAATGTTTTAAAAAATTGCACAAAAGAAAAATGAATGTCGAAATGATTCATTCAGTGTTTGAAAGATATGGCTCT 5201 GTTGAAACAATGAGTTTCATACTTTGTTTGTAAAAAAAAAAAAGCAGAGAAGGGTTGAAAGTTACATGTTTTTTTGTATA 5281 TAGAAATTTGTCATGTCTAAATGATCAGATTTGTATGGTTATGGCCTGGAAGAATTACTACGTAAAAGGCTCTTAAACTA 5361 TACCTATGCTTATTGTTATTTTTGTTACATATAGCCCTCGTCTGAGGGAGGGGAACTCGGTATTCTGCGATTTGAGAATA 5441 CTGTTCATTCCTATGCTGAAAGTACTTCTCTGAGCTCCCTTCTTAGTCTAAACTCTTAAGCCATTGCAACTTCTTTTTCT 5521 TCAGAGATGATGTTTGACATTTTCAGCACTTCCTGTTCCTATAAACCCAAAGAATATAATCTTGAACACGAAGTGTTTGT 5601 AACAAGGGATCCAGGCTACCAATCAAACAGGACTCATTATGGGGACAAAAAAAAAAATTATTTCACCTTCTTTCCCCCCA 5681 CACCTCATTTAAATGGGGGGAGTAAAAACATGATTTCAATGTAAATGCCTCATTTTATTTTAGTTTTATTTTGATTTTTA 5761 TTTAATATAAAGAGGCCAGAATAAATACGGAGCATCTTCTCAGAATAGTATTCCTGTCCAAAAATCAAGCCGGACAGTGG 5841 AAACTGGACAGCTGTGGGGATATTAAGCACCCCCACTTACAATTCTTAAATTCAGAATCTCGTCCCCTCCCTTCTCGTTG 5921 AAGGCAACTGTTCTGGTAGCTAACTTTCTCCTGTGTAATGGCGGGAGGGAACACCGGCTTCAGTTTTTCATGTCCCCATG 6001 ACTTGCATACAAATGGTTCAACTGTATTAAAATTAAGTGCATTTGGCCAATAGGTAGTATCTATACAATAACAACAATCT 6081 CTAAGAATTTCCATAACTTTTCTTATCTGAAAGGACTCAAGTCTTCCACTGCAGATACATTGGAGGCTTCACCCACGTTT 6161 TCTTTCCCTTTAGTTTGTTTGCTGTCTGGATGGCCAATGAGCCTGTCTCCTTTTCTGTGGCCAATCTGAAGGCCTTCGTT 6241 GGAAGTGTTGTTTACAGTAATCCTTACCAAGATAACATACTGTCCTCCAGAATACCAAGTATTAGGTGACACTAGCTCAA 6321 GCTGTTGTCTTCAGAGCAGTTACCAAGAAGCTCGGTGCACAGGTTTTCTCTGGTTCTTACAGGAACCACCTACTCTTTCA 6401 GTTTTCTGGCCCAGGAGTGGGGTAAATCCTTTAGTTAGTGCATTTGAACTTGATACCTGTGCATTCAGTTCTGTGAATAC 6481 TGCCCTTTTTGGCGGGGTTTCCTCATCTCCCCAGCCTGAACTGCTCAACTCTAAACCCAAATTAGTGTCAGCCGAAAGGA 6561 GGTTTCAAGATAGTCCTGTCAGTATTTGTGGTGACCTTCAGATTAGACAGTCTTCATTTCCAGCCAGTGGAGTCCTGGCT 6641 CCAGAGCCATCTCTGAGACTCGTACTACTGGATGTTTTAATATCAGATCATTACCCACCATATGCCTCCCACAGGCCAAG 6721 GGAAAACAGACACCAGAACTTGGGTTGAGGGCACTACCAGACTGACATGGCCAGTACAGAGGAGAACTAGGGAAGGAATG 6801 ATGTTTTGCACCTTATTGAAAAGAAAATTTTAAGTGCATACATAATAGTTAAGAGCTTTTATTGTGACAGGAGAACTTTT 6881 TTCCATATGCGTGCATACTCTCTGTAATTCCAGTGTAAAATATTGTACTTGCACTAGCTTTTTTAAACAAATATTAAAAA 6961 ATGGAAGAATTCATATTCTATTTTCTAATCGTGGTGTGTCTATTTGTAGGATACACTCGAGTCTGTTTATTGAATTTTAT 7041 GGTCCCTTTCTTTGATGGTGCTTGCAGGTTTTCTAGGTAGAAATTATTTCATTATTATAATAAAACAATGTTTGATTCAA 7121 AATTTGAACAAAATTGTTTTAAATAAATTGTCTGTATACCAGTACAAGTTTATTGTTTCAGTATACTCGTACTAATAAAA 7201 TAACAGTGCCAATTGCA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | HEK293 |
Disease | 6310.0 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
"PAR-CLIP data was present in GSM714644. RNA binding protein: AGO2. Condition:completeT1
... - Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al., 2011, Nature methods. |
Article |
- Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al. - Nature methods, 2011
Cross-linking and immunoprecipitation (CLIP) is increasingly used to map transcriptome-wide binding sites of RNA-binding proteins. We developed a method for CLIP data analysis, and applied it to compare CLIP with photoactivatable ribonucleoside-enhanced CLIP (PAR-CLIP) and to uncover how differences in cross-linking and ribonuclease digestion affect the identified sites. We found only small differences in accuracies of these methods in identifying binding sites of HuR, which binds low-complexity sequences, and Argonaute 2, which has a complex binding specificity. We found that cross-link-induced mutations led to single-nucleotide resolution for both PAR-CLIP and CLIP. Our results confirm the expectation from original CLIP publications that RNA-binding proteins do not protect their binding sites sufficiently under the denaturing conditions used during the CLIP procedure, and we show that extensive digestion with sequence-specific RNases strongly biases the recovered binding sites. This bias can be substantially reduced by milder nuclease digestion conditions.
LinkOut: [PMID: 21572407]
|
CLIP-seq Support 1 for dataset GSM714644 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / completeT1, repA |
Location of target site | ENST00000244769.4 | 3UTR | AAACUCCAAACAACUUGCACACCUCUACUCCG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 21572407 / GSE28865 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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223 hsa-miR-4446-5p Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
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Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
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MIRT078060 | PCTP | phosphatidylcholine transfer protein | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT099072 | FOXC1 | forkhead box C1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT130186 | TXNIP | thioredoxin interacting protein | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT148786 | NARS | asparaginyl-tRNA synthetase | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT261965 | SEPHS1 | selenophosphate synthetase 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT345867 | SRSF2 | serine and arginine rich splicing factor 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT409087 | HNRNPA2B1 | heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A2/B1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT451883 | SOD2 | superoxide dismutase 2 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT469236 | RHOB | ras homolog family member B | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT469435 | REL | REL proto-oncogene, NF-kB subunit | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT483055 | FOXB1 | forkhead box B1 | ![]() |
![]() |
2 | 8 | ||||||
MIRT484640 | TBC1D5 | TBC1 domain family member 5 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT493106 | MKNK2 | MAP kinase interacting serine/threonine kinase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT497307 | TMEFF2 | transmembrane protein with EGF like and two follistatin like domains 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT497798 | GABRB1 | gamma-aminobutyric acid type A receptor beta1 subunit | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT501273 | SCARB2 | scavenger receptor class B member 2 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT506756 | KMT2D | lysine methyltransferase 2D | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT511986 | EEF2 | eukaryotic translation elongation factor 2 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT513126 | ZNF431 | zinc finger protein 431 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT519733 | ZNF394 | zinc finger protein 394 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT520351 | UBE2K | ubiquitin conjugating enzyme E2 K | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT520542 | TPPP | tubulin polymerization promoting protein | ![]() |
![]() |
2 | 8 | ||||||
MIRT530782 | HDHD2 | haloacid dehalogenase like hydrolase domain containing 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT531112 | ZYG11B | zyg-11 family member B, cell cycle regulator | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT532144 | GALNT8 | polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 8 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT533208 | WAPAL | WAPL cohesin release factor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT533419 | TWF1 | twinfilin actin binding protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT534063 | SRSF10 | serine and arginine rich splicing factor 10 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT534288 | SLAIN2 | SLAIN motif family member 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT537796 | EFNB2 | ephrin B2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT538017 | DNAJC10 | DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member C10 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT538058 | DMD | dystrophin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT538132 | DDI2 | DNA damage inducible 1 homolog 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT538680 | CCDC80 | coiled-coil domain containing 80 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT538788 | C3orf52 | chromosome 3 open reading frame 52 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT542762 | PPAP2B | phospholipid phosphatase 3 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT546861 | RAB10 | RAB10, member RAS oncogene family | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT547418 | MED4 | mediator complex subunit 4 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT551633 | TRUB1 | TruB pseudouridine synthase family member 1 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT552329 | ZNF704 | zinc finger protein 704 | ![]() |
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MIRT556124 | MFSD9 | major facilitator superfamily domain containing 9 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT559290 | ATXN1 | atax |