pre-miRNA Information | |
---|---|
pre-miRNA | hsa-mir-605 |
Genomic Coordinates | chr10: 51299573 - 51299655 |
Synonyms | MIRN605, hsa-mir-605, MIR605 |
Description | Homo sapiens miR-605 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Associated Diseases | ![]() |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Mature miRNA | hsa-miR-605-3p | ||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 51| AGAAGGCACUAUGAGAUUUAGA |72 | ||||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | ||||||||||||||||||||||||||||
Editing Events in miRNAs |
|
||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
|
||||||||||||||||||||||||||||
Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Gene Symbol | EPM2AIP1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | EPM2A interacting protein 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_014805 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on EPM2AIP1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of EPM2AIP1 (miRNA target sites are highlighted) |
>EPM2AIP1|NM_014805|3'UTR 1 GGCTTTGTAGTACAAGATTGAAAAACTCAACAAGAATTTAATTCTAAAAGCAAAAATTGGTTTGAGTTTTCAAGTTTACT 81 AATTTGGATTGTGAGAAAGTACCAAGTACCAGCCGTCCAAACTGATCACAATTAAAATTCTGACAGTTGCCTTTTTTTTC 161 ATCTCAAATGGCAGCATGGGACTGAAACATGAGAATGCCACCTTTTTTAAAACTTAGTTTAGTGACAAAGTCATTGTCTT 241 TTATGATATAGTTAATTTTAAAGAGATTTAGTATTAATGTGAGTTGAATTTGCAGTCTGTTTTTTAGGTGTTCTGAAGAT 321 AAATGCCAAAAATTTCAGCTCTTATTTTAATGGAGTGTTAAAATTCTGATTCATATAGTCTTAAATTATCAACTCCTTAA 401 ATGTGCTTTTGAACCAATTTGCAGAAGCTCACATAGCAAGTTCATAAGTTTCCAAAAAGGAAGCCCATACATAACAGTGG 481 AGGTGTTTTGTCTAACCATCAAAATGTTTGAGACTTTTTTTTAAACATTTCTGAGTTCGAAGGTAATACTGACAGATTTC 561 TTCCCTCTTCCCTCCCCATCACCCACCTCAGTGATAACACATTACTGATAGAGGAAGTCATTAGAATCATTTTTAAGTTT 641 CAGATATAGGAGACTTCATGCAATTTGGAGATAAGACTAATTATTGGGGGTTTTCCTTGGATTTTTTTTTTAATAACTGG 721 GGGCTATTTTATCAGCTTGCCTATTAAAGGACTATGGTAAGTATAGAATCTTAATGGTTGCCAGTTAGTAATTCTTTTTT 801 TTTTTTTTTTTACTGTAGACACAAGTTTGGCCCTATCAAAAACGATGAGGAAAAAAGATTGCACTCCAGGATTAGGAGGT 881 GTGAGATATTTTAGCTTTTTTGTCTTATCTGCGTGGGTATTGCTGCTTTATTTTAAAAAATCCTGCCTAAAGTAAACACT 961 TTGTTTTAAAATGATACAGTATCAGATTTTGTTAGATGCTAGAAATGGATTTATTCTAAAATTTGGAACTGTCGTACACA 1041 TTCTATATGTAAGATAGCACACAAGTAGAAATATTTAAAAGCAGTCTTATTCACAGATTGCAGTAATTCTGTATTTCTAC 1121 TAAGATAATCTGCTTTGTGCCAAAACAGTAATTTCCAAACTTCTGTTCACCATGAAAAGGCAATCTTAAAGTTCATTATG 1201 TAAAACTAATTATAAACAGGACCCAATTTATATTCATAGATCCTCTCAAGTATTATACAATTTAAAAACTCTTGTTCCAA 1281 AGTCCTGTCTTAACTATTGAAACACCTTAATCTGTGGTTACTAATCCAGCAAATTCAAGGAACCAGGCTATGACTAAGAA 1361 TTTAGGTGGAATTGATGTCTGGGCAATTAAAATAAATGGCATAAGAGCTTAAAAACCAAAGTTGTGCCAGTGGCTTTCAA 1441 CTAGAGGCAGTAACCTGTCATTCCAGAGGATGCTGAGAAATGTGTAGGGGCACTTTTTTGGTTGTCATATTTACTAGGGG 1521 CTTCTGTTGGCATTTAAGCCTAAAGACACTCACCCCTGCAGTGCATGGGACAGCCTGGCACAATGAAGAATTAGCCCTCC 1601 CAAAATGTAGATTATTTTATTTCAAGGGATAGGGCAGATTACCATTAGAAGCAAAATTAAAAGTACAAGCTGGGCAAACT 1681 GACAGAATACTAGATAGGAGAGACTAATTCCAACCTTCTAAATTTGGCTAGTAAAGTGCAATAAAGGCATTGATAAGTTC 1761 TGTTAGCTCACCATAGCACTTGTAAATCAGGAATTAATAATTGAATCAGATTTAAGGGCTCTGTCCTGTTATACATATTT 1841 AAGGCAGAAAAAAAGTTACATGTCGATTAGGTACTTATCAAGAATGGTCAAGCTGAGATTTTGGTTAATAGAGTAAGCTT 1921 ACATATCTAGAGAAACAACATAGTGGAAAACCGAAAAAAAAAAACAGAAAAATCTACCGGTAATTTCCCAATAGCTTTGA 2001 ATATTCACAGCAGAGCTTTATTACTTGAGAGAAAGACTGGAAGACCTGAAAGCCACTTCTGCTTTCTAACCCCAGTTCCT 2081 TAAATATTGAAATCTTGTACATTTTGTGAAATTCCAGTATGTTTTGCTTAAGGTGTTAATAAAATTAGTTTGCATCATGT 2161 AGTCATTGAGTGAGGGGGAGATATAAGCCAAGGATTTTAAATTGACCCTTAGCTATAGAGAATTTGCTATAAGCTAGTCT 2241 TGTTTGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAAAGAAAAAAGTGTATTTTACTGTTTTCTGTATTAAGTAATTCTGTAACTG 2321 CATGGCAGTCTTTTTTTTTTTAAATAAATATAGTTGTTACTGGTCCTGTTGTAGCAGTGAATATAGTTAAAATACGTACA 2401 TTAAAAAAAAAATTATTAGGTCCTTACCAGTTACTGTCCTATAGCTCATTCCTACTAGTTTTCTTGACAGATTTGTATTC 2481 CCAGTGTCCCGTATTGCCACTCAAATTGCTCTACTATGCTAAGTCCTTGTTAATAGTCTTACCCTCCTTGAAACACTTGA 2561 ACACTTGATGACTTTAGCTTTGAGGAGATACCATCTCCAGGTGTGCTTTCTTAGTCTTTGCAGGCACCTCTTCCCTTCAA 2641 TATCTGTTCTTCGTATTTTTAAAAAAATTTGTTTTAGACTGCCTTGTTCTGTGTCAGCTCGCTAGCTGATCTCATTTCCT 2721 TCCATGGTTTCCTTACCATTTATATGCAAATGACTGTCAGATTCATATCTCCTTTCTAGATCTTCCCTAATTGATGTATC 2801 TAATTGCTAACAAATGCTCTTTGCTGTCTCAGGCACTACATGTCATTGATCTTGCCCCCAATCCTGCTCCTCCTCTCATG 2881 TTTCCTCTTTGACTAAATGGCATTACCACTACCAACCATTCATTTGTCCTTTTTACCAATTCTCCAATGCTGCCATTTTA 2961 ATTCAGGCCATCAACCTACCTAAATTATAGCAACAGCCTCCTTATTAGTCTCCCTGTTTTTTATTTTTATTCCTTTCTAC 3041 ACTACAACCAAATTGCTCCAAAAGACTTACTGATCATGTCACTGCATTGCTTTCACCATTGCTCTTAGGGTACAATACAA 3121 ATTTATCTTCATCTTTAAGGTCTCAGTATGCCACTTCATCTAGGAAACCTTCATTGATGCCCTCTAGATTAGGTGCCCTT 3201 ACTATCCATTCCCTATACACCCTGTTCTTTCCCAGACATACACTTGGCACACTTTATTGTTACTGCTTATTGATCACTGC 3281 TAGACTGTAAGCTTTGTAAGGGCAGGGACCATATAAGCCTTGTTCACTGTTATATCTCTAGTGCTTAGCACAATGCCTGG 3361 CATTTCAATAAATGTTTGGACAAACGAATATTTGTGTAGTGTTTTACAATTTTTGAAGCTCTTTCACAGTCTTATTTGAC 3441 CTTCACAGTCATTCTGCCTTAGACTGTCCATTGGGTAACTTTTATCCACATATTACTAATTGAAAAATGAAGACAAGTTC 3521 TTTGTAACTAGGGACCTCGTTGTATTCTCAGAATTTAGTGTAGTGCTTAGCATGTGACTTAAATATGTATTATGTGACTG 3601 TTAAACAAATTGTGGTTTTCTCTGTTGTATGAAAGGAGAGAAGGATAACAAATTGCGGTTTTCCCTGGTAAACACAGTAA 3681 GTAGTAAACTCAGGATTCAAAACCAAATATACACACCAAATCCACTATGTAATATTAAGTTTGCATATCCATGTATAGAA 3761 TCTTATTTTTTTTTACCCTTTGTAAACAGTGTCATATATATATATATATTTTTTTTTTTTTTTTAAATTTCCAAAGGAAC 3841 CTACATATAGAGGGAAAAGATTAGACAACTACTTAGTGAACTAAAACAATATGTTTTTACTAAATGTTACATTTAGTATT 3921 GGAAAAAGATAATGCCGCCTAAGAGTTAATAATCATTTTTCCTTTTGTAGGCATCAACACTAGGAGAAAATGGCATGCTA 4001 TTTACTTGCTACTTTCCTTTACAGATGATTTTTGGCTCTTCTGGGATTTAAAAGTAAGTAAATTTAACAAAGTAGAAGAC 4081 TGACTCAGCCCTTCTGGTCACTATATATTCAGTTCACTTGTTTTTACACCTGCAGAATGTCCTTATCACCCAAAGGGAGA 4161 TGACCCAAAAGTGACATCTAGTTAATGTATACTTCTAAAGTTTGCTGTATTCCTTTGCCTTCTTGTTCCCATGCCTCTCT 4241 GAACTTAATTTCTGGGTAACTGAGGCTTTTCAGGCTTAGGTGGGAAAGCCACACCCTTAGTCTGTTTCCTTAAGCCATTT 4321 TGACCAATTTATGGGATTAACTAGTATAATCTTAGTTGGAGTTTTAGTCTGAGGCATATTAAGTCATTCAGAGATCTTAA 4401 CAGTAGGTGTCATAGTCATCCAGTGATTTGGTGCTTGCTGCAAAACTGGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGGCGGG 4481 GTCTCACTTTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGAGGTACAATCTCAGCTCAATGCAATCTCTGCCTTCCTGGCTCAAGCAAT 4561 TCTCCCACTGCAGCCTCCTAAGTAGCTGGGAATACAGGTATACACGAGTACACCCAGCTAATTTTTGTATTTTTATGTGG 4641 AGACAGGGTCTTGCTGTATTCCCCAGGCTAGTCTCGAATTCCTGGACTCAAGCAGTCCGCCCGCCTCGGGCTCCCAAAAT 4721 GTTGGTGTTATACGTGTGAGCCTCTGCACCCGGCGGCAAAACTGGCTTTTAATCAACCTTTTGGCTAAAGGATTTCTCTT 4801 TTTATTTATTTGTAAAAGGATTTCCCATTTTTATCTTTCTTTTTGATATTAAAATGTTGCCTCATCCTACCCAGTAAGTA 4881 CTTGAATTTGAATTCTCTTCCTTTTCATTTTTGCCTGCAAACTGACCAGTCTTTTCTGAGTTCATCTCTTCTGTACGTTT 4961 TGTCAAGTGCAGTGAACAGCAACTACAAAATATTTTGTTTTTCTGTCTTTTTCTTTAGTAAAGGGTAGATGATCTGCCTT 5041 TCAGGTTATCTCAAGGGGCAGTTTCACCTTTCCATAATATAAATTACCCTTGTGTAAGTTATTTCTTCCATCTTCTGATA 5121 GCAATTTCCTGAATGCCTGCCAGCTAACCATTAAGCCAGTGTTCAGTATTTTAGCATTTTAAAAAACAAGGGACCAATTT 5201 CTGTGTCAGCATGGGCTAGCTTGCCATTGAATAACAAAGGCAAAATCTCACTGTCTCACACAACTTTTCTATTGCAACTT 5281 GCCTAGGGACTTTGGTTTAGATCATAGGTTGGCCATGATCAAACTATGGTCCATGGGCAAAATCTGTCTAGCTCCTTATT 5361 TATCTAAATAAAGTTTTACTGGAATATA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DRVs in gene 3'UTRs |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in gene 3'UTRs |
|
Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
---|---|
miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
|
Conditions | HEK293 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
PAR-CLIP data was present in GSM545216. RNA binding protein: AGO2. Condition:miR-124 transfection
PAR-CLIP data was present in GSM545217. RNA binding protein: AGO2. Condition:miR-7 transfection
... - Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al., 2010, Cell. |
Article |
- Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al. - Cell, 2010
RNA transcripts are subject to posttranscriptional gene regulation involving hundreds of RNA-binding proteins (RBPs) and microRNA-containing ribonucleoprotein complexes (miRNPs) expressed in a cell-type dependent fashion. We developed a cell-based crosslinking approach to determine at high resolution and transcriptome-wide the binding sites of cellular RBPs and miRNPs. The crosslinked sites are revealed by thymidine to cytidine transitions in the cDNAs prepared from immunopurified RNPs of 4-thiouridine-treated cells. We determined the binding sites and regulatory consequences for several intensely studied RBPs and miRNPs, including PUM2, QKI, IGF2BP1-3, AGO/EIF2C1-4 and TNRC6A-C. Our study revealed that these factors bind thousands of sites containing defined sequence motifs and have distinct preferences for exonic versus intronic or coding versus untranslated transcript regions. The precise mapping of binding sites across the transcriptome will be critical to the interpretation of the rapidly emerging data on genetic variation between individuals and how these variations contribute to complex genetic diseases.
LinkOut: [PMID: 20371350]
|
CLIP-seq Support 1 for dataset GSM545216 | |
---|---|
Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / miR-124 transfection |
Location of target site | ENST00000322716.5 | 3UTR | CCUUCCUGGCUCAAGCAAUUCU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 20371350 / GSE21578 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM545217 | |
---|---|
Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / miR-7 transfection |
Location of target site | ENST00000322716.5 | 3UTR | CCUUCCUGGCUCAAGCAAUUC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 20371350 / GSE21578 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
100 hsa-miR-605-3p Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
![]() |
![]() |
|||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
|||||
MIRT061339 | WEE1 | WEE1 G2 checkpoint kinase | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT061584 | BTG2 | BTG anti-proliferation factor 2 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT076140 | WDR81 | WD repeat domain 81 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT079361 | CCDC137 | coiled-coil domain containing 137 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT079547 | VAMP3 | vesicle associated membrane protein 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT096242 | CANX | calnexin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT243877 | G3BP1 | G3BP stress granule assembly factor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT249186 | AKIRIN1 | akirin 1 | ![]() |
![]() |
2 | 8 | ||||||
MIRT273604 | SP1 | Sp1 transcription factor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT316766 | FOXC1 | forkhead box C1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT322410 | PPP2R2A | protein phosphatase 2 regulatory subunit Balpha | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT370117 | TRIB3 | tribbles pseudokinase 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT392725 | UBN2 | ubinuclein 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT406910 | PTBP1 | polypyrimidine tract binding protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT407440 | CTDSP1 | CTD small phosphatase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT441887 | RD3 | retinal degeneration 3 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT444979 | C15orf52 | chromosome 15 open reading frame 52 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT445241 | FOXD4 | forkhead box D4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT445500 | FOXD4L5 | forkhead box D4 like 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT445503 | FOXD4L4 | forkhead box D4 like 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT447025 | FOXD4L1 | forkhead box D4 like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT447743 | TMCC3 | transmembrane and coiled-coil domain family 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT448761 | HDX | highly divergent homeobox | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT450003 | HAX1 | HCLS1 associated protein X-1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT452830 | FAM131B | family with sequence similarity 131 member B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT452872 | LAX1 | lymphocyte transmembrane adaptor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT453506 | ARRB1 | arrestin beta 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT454169 | HIST1H2BK | histone cluster 1 H2B family member k | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT458742 | CES2 | carboxylesterase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT459166 | HSPA6 | heat shock protein family A (Hsp70) member 6 | ![]() |
![]() |
2 | 21 | ||||||
MIRT460246 | IL17RB | interleukin 17 receptor B | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT460514 | SDE2 | SDE2 telomere maintenance homolog | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT460698 | RNF157 | ring finger protein 157 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT461481 | METTL1 | methyltransferase like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT462617 | C20orf27 | chromosome 20 open reading frame 27 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT463233 | ZNF131 | zinc finger protein 131 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT465699 | TNPO2 | transportin 2 | ![]() |
![]() |
2 | 8 | ||||||
MIRT466304 | TIMM22 | translocase of inner mitochondrial membrane 22 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT468957 | RPS14 | ribosomal protein S14 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT469571 | RARA | retinoic acid receptor alpha | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT469685 | RAB5B | RAB5B, member RAS oncogene family | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT470800 | PMP22 | peripheral myelin protein 22 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT471649 | PANK2 | pantothenate kinase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT471722 | OTUB1 | OTU deubiquitinase, ubiquitin aldehyde binding 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT472281 | NFIB | nuclear factor I B | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT473680 | MAPKBP1 | mitogen-activated protein kinase binding protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT475859 | H6PD | hexose-6-phosphate dehydrogenase/glucose 1-dehydrogenase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT477326 | EPHA2 | EPH receptor A2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT477831 | DYRK3 | dual specificity tyrosine phosphorylation regulated kinase 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT478572 | CTNND1 | catenin delta 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT479634 | CD81 | CD81 molecule | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT481950 | ANKRD11 | ankyrin repeat domain 11 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT483696 | ZNF74 | zinc finger protein 74 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT488798 | MALT1 | MALT1 paracaspase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT489066 | STARD3 | StAR related lipid transfer domain containing 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT492533 | PSMD11 | proteasome 26S subunit, non-ATPase 11 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT492857 | NRARP | NOTCH regulated ankyrin repeat protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT496793 | BTRC | beta-transducin repeat containing E3 ubiquitin protein ligase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT500122 | ZNF106 | zinc finger protein 106 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT505359 | TMEM167A | transmembrane protein 167A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT506786 | KLHL15 | kelch like family member 15 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT510692 | SRM | spermidine synthase | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT515841 | CEP104 | centrosomal protein 104 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT516448 | ADAMTS4 | ADAM metallopeptidase with thrombospondin type 1 motif 4 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT528855 | PKP1 | plakophilin 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT533848 | TET3 | tet methylcytosine dioxygenase 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT539025 | ATXN7L1 | ataxin 7 like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT542872 | NR6A1 | nuclear receptor subfamily 6 group A member 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT546543 | SATB2 | SATB homeobox 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT554114 | SMARCE1 | SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily e, member 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT560569 | ZNF460 | zinc finger protein 460 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT560796 | EPM2AIP1 | EPM2A interacting protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT562836 | GCFC2 | GC-rich sequence DNA-binding factor 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT563109 | IFRD2 | interferon related developmental regulator 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT564177 | MRPL49 | mitochondrial ribosomal protein L49 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT564283 | ASB1 | ankyrin repeat and SOCS box containing 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT564350 | USP22 | ubiquitin specific peptidase 22 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT565279 | TNFRSF21 | TNF receptor superfamily member 21 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT565338 | TMEM104 | transmembrane protein 104 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT565905 | SCAMP2 | secretory carrier membrane protein 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT567108 | ITGB1 | integrin subunit beta 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT567601 | FANCF | Fanconi anemia complementation group F | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT567779 | DGAT2 | diacylglycerol O-acyltransferase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT568075 | CENPQ | centromere protein Q | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT624304 | COL12A1 | collagen type XII alpha 1 chain | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT644395 | CDKL1 | cyclin dependent kinase like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT661547 | ZNF674 | zinc finger protein 674 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT670949 | IRAK3 | interleukin 1 receptor associated kinase 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT672951 | AKAP5 | A-kinase anchoring protein 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT697426 | ZFP36 | ZFP36 ring finger protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT700793 | PIAS2 | protein inhibitor of activated STAT 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT702657 | ITGA3 | integrin subunit alpha 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT708945 | FZR1 | fizzy and cell division cycle 20 related 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT713657 | PLCE1 | phospholipase C epsilon 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT719239 | CYSLTR2 | cysteinyl leukotriene receptor 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT719951 | BLOC1S6 | biogenesis of lysosomal organelles complex 1 subunit 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT722048 | HLA-E | major histocompatibility complex, class I, E | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT722201 | URM1 | ubiquitin related modifier 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT724790 | C1D | C1D nuclear receptor corepressor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT734347 | CYP2B6 | cytochrome P450 family 2 subfamily B member 6 | ![]() |
![]() |
![]() |
3 | 0 |
miRNA-Drug Associations | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|