pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-7161 |
Genomic Coordinates | chr6: 158609707 - 158609790 |
Description | Homo sapiens miR-7161 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-7161-5p | ||||||||||||||||||||||||
Sequence | 1| UAAAGACUGUAGAGGCAACUGGU |23 | ||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | ||||||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | LRRC58 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | leucine rich repeat containing 58 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001099678 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on LRRC58 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of LRRC58 (miRNA target sites are highlighted) |
>LRRC58|NM_001099678|3'UTR 1 ACAGGAGTGCACAGTGTTGTGAAATACTTAAAAAACTGAGCAAAATGGTTAGACAAGAAAATAGAGCTTGAAGTTCACTA 81 GAAATCTTATCTTCATCTTAAGTGTTCATCAAAGAGTCTGGGATGATATAAAACATTTTGTGTTTCATCTACCCATTCAG 161 CAAGAATGAGTCCAGTCCCATGTTTAGATTATTTTAACATAATTTGTGAATGATAGTTTCACATTTGGCTGATGGTTTGC 241 AGTTTTCACTCAAGTTTTGCATGAATCACAAAGCAGAATGGTACCTTTTGAAGAGCAGTTCTGCAATAAGTCATGAGTAG 321 TATAACTTTTGGACATTGAGATGGAGAAAGTGAGAAATTATCAAAGCTATAATTGCCAGAGTTGCCCTTGGGTTTAGGTA 401 GAACACTGTATACCATATATACTATATACCATATATACTATATATACCATATATATTATATGCCATAAACAGGATTAACC 481 CTCCCTTTTCTAATTGCCTGTATGTCTAGATTACAGAACTATTCAAAGAAGCTCACAGATGGTTACATGGGACAAACCTT 561 TCTGACAAACTAACTGGTAAAGTAAGGCATATAACATTTACATGAGATATTAAAACTTTTTCATTATTATCCTTTGTTCT 641 ATATGATTGCTATTAACCTTATGTAATCTAGCAATGACTGTTATAGTGCCTTAATCCAGCAAGGATATAAAAATGTATTC 721 AAGAAGTAATGCCAGAGCAACCTATAACCTGACATACCATGCAGAACATTGTAAAATATTCTTTAACAGAACTAGGTAAA 801 TAACTGTGTATCTAATATCCGATCTCATGGCCCTCTTAACATTTTTTTGTTTAAATGTGCACTCATCCCTTATAAGCACA 881 TTACTTTTACACTTAATGGTAGGCCACAATCTTCATCAATCTGTTCATCATAAGACAGAGTAAGAATTTTTAACAGAAAA 961 TTCTAAAAGAGATAGAAGCTAGGAAAGCTTCTTTATATCTTGCATTAAATGGGTAGGGAAAAAATATGACTCTCACCCAT 1041 GTCATGTACTGGACCATCTTTCTCTACTTTTTAAAGAAAAACTAATACAACTAGAAAAACATCACAACAAGCCAAATAAA 1121 AATGGAGAAAAGGAGTCATTGTCCTTATACCTAATGGAACAGTTTCCAGAACTACTTTAACTATGGAAGCATTTTTGAAA 1201 ATAAAGTATTAATAAAATAGAAAAAAATTATTAAATATATTGTATCCTTAATGTATAGCAGGAAAATAGTTTCACAAATT 1281 AATTGCTATTAGAAATTACCAAATTTTTATTAAGTACTTTAATATGCAATACAAATTGAATAATAGTACAACTATAAGTT 1361 GATATAAAGTAAGTGCTTACTGGTAATCATTAAATAACTAATAACATGACTTGTTGGTTAATGTTAAACCTACAGTAAGA 1441 AATGTTATACAGATCAGATAGGCATTAGAACATCAGGTGTACCTTTTCTGATTTCTGGCATTCATGGCACACCATTTCTT 1521 AAAAGCAGATTGTTGTATAATAACATATACATGTATTAGGGTTTTTTTCATATATATTTTTTATTTTAGAAGAAACTAGC 1601 ATAATTCAGGGTTTATGTGTTTATTTGTATATTAATTCATGAAACATGAGAGTTTCATGAACTGCAGATGTGAAACGCTG 1681 CTATAGAATGAATCCCTTCACCTTTACCTTGTTATAATGTAGTAAGATTTTGTTTTCCTTTTGACTCAGAAATTTTCTAT 1761 GTCTATAGAGGTAATCTAATATGTTCCTACTGCCTAGAAGAGTAATACATAGGTGATTATATCATAAAATAGAGGTATAA 1841 AGTCTTTGCTTACTTCTCCATGTGGGCCACAGCAAGCTGCAGACTGTACAGTTATGAAAGGTAAAGATGACTTAGGCTGT 1921 GCCTAAGTGACAAATGTAAAATGTTTTGTAAATAAGTGACTTACCTAAGATACATAAGATATTTTCATAGAAAATAATGT 2001 ATTCATAGTAAAATACTCAAATTGATAGGACCAATTTTTTCTGGCCTAAATGCTTATGCCTACTTCCTAATCAATTACCA 2081 GCTTGACTTAAGTAACTGCTTGAGTAGTCTTCTAAGAGTTAGTCTTCGTAAAATAAATGGATAGGTATGTAAATATATAA 2161 TCTTACATACCCTTTCCAGCTTCCTAGAAAGGTCTACTGCTTCATCTTTTACAGATGTAAATAGGTCCAACCAGAGACAG 2241 TTTCTGGCCTTTGCATATAAGAATATAGATGTATACCACAGTATTATTTCAACAAAATGTTATGGTTCTATGTATAGTTG 2321 AAAACTCTATGATCAGCATACAACTGTCTTTTGGTAATTTTTAATGAAGTCTACATTTAGCCGTCGGTTTTATCTTTCTT 2401 AAATCTTTGACCTAAACTTTTGTAAGAGCAGCTAATAATTTCTAAGATTTTCCCTGTTTCTTTTTCCTACCTTTCCTTTT 2481 CTCATAACTGATTGGAGAAATTAATCAGAAGTCAAATACAAGGGACTTCATAATCTAGAAACCAGATAATCAGCTCCCAA 2561 GTCATGTAGCTAACTATGCATTTAAAATAAGTCTGTCTCTTTAGTTCTTAAGTCATATATTTGTTTGTTAATTACAGTAA 2641 ATGAACTTTAATTGGGGTTTTTAAAAGACAGAATTAGCGAAGTCTAATTTTTATAATGAAATAAGTTTTTGATATTGCTC 2721 TACTTGGACGATTTTAGTGACCAAAACTATGGATAAAACTGCCTAAGCATAACATTAATATATTTAGAATGGCATTCTTC 2801 AGTGCTAGTATTTGAAATTGGAATTAGTACATTGTGCATTCTTAGTAGTCTTTATCCCTAGAATCAATTCTCTCAGCATC 2881 ACCAAACTGAATTGGTGAAATAGTGCTAAGATTCTGGGCAATAGGAAGATTAGTGAATATGATACATTGATTCCAGGGTG 2961 CCAGGGATTGGCTGACATTAAGGACCAGCTGGCTATGGTCCTCAGGCTACGGTCCTCAGTATTCTAGTATTTGAGTAGTG 3041 GAGGTAAATCCAAAGGCGACTGGTTATATTTTACTTCTAAATGTGTGCTGAAGTGTCTCTTGTTCAAAAATTCTTGATAT 3121 TTAGAGCTTCAAGTTACCACATTTAAAAGTAAAGACTTGGCACGGTGGCACACACCTATAATCTTAGCACTTTGGGAGGC 3201 CGAAGTGGATGGATCATATGCAGTCAGGAATTTGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCTCATCTTTACTAAAAATA 3281 CAAAAATTAGCCGGGCGTTGTGACGCACACCCATAGTCCCAGCTAACTCCGGAGGCTAAGACAAGAGAATCACTTGAACT 3361 TGGGAGACAGAGGTTGCAGTAATCTGAGATCACTCCGCTGCACTCCAGCCTGAGTGAGAGTGAGACTGTGTCTCAAACAA 3441 ACAAACAAAAAACAAACAAAAAAATTTGCATTGTAAATTGTACCTCAAATTTGAGCAGTTTTTGTGTTTGTGTAAATTAA 3521 AGTAAAAAGCAGTCCACAATAATGTTTTGTAATACTGCACACCAGTTCTACCAGATTTTGTAACTATCAGATTTAAATGA 3601 AAAAAGAGAAGGAAGAGGCTGATTGCTGGAGTGTTAAAGAAATCTTGGCCGGGCGTGGTGGCTCACGCTTGTAATCCCAG 3681 CACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGTGGATCACGAGGTCAGGAGATCGAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAAACCCCGTCTC 3761 TACTAAAAATACAAAAAAAAATTAGCCGGGCGTGATGGCGGGCGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAAGA 3841 GAATGGCGTGAACCCGGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCCGAGATTGCGCCACTGCACTCCCGCCTGGGCCACAGAGCGAG 3921 ACTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAATCTTTAGAAGCCACAGGGCTAGAAGAGAAGTCACCAAACACCTA 4001 GGGACAGTCCTAGGCCTAGAAAGCCCTTTAAAGTAATAGTGAATTGTTTTAAAATTAAGTTATTGAGTGGCCTACTGACT 4081 ACCATCCAAAAACCTTTATCACCAAATTTGTTCAGTGTTTGCTATTGGGAGATTGTCCATATCCCTCCGTAATTAAGGGC 4161 CAGCAAGTAATACGATCTTCTTACAGCCAACCTTGCTCTTCCCAAAGGGAGAAAGTAATACATCATTAACCTGGAATTTG 4241 TGATATAACAGGTAGCCTTGGTTAATGTTTACCTTTTCACTATGTAAAAAAGAAAAAACACACAGCAAATAGTGCAAATA 4321 AAATTTGGTCTTTTAAAGCATTTTAGCAGTAGCTATGTAAAAAAAGTTAATGGTTATTATTCCTAAATTTTCATAAGACC 4401 CTTGGTAGACAAAACTATCGGTTATATTATGTATATATGAGGTTAGTTAAGCTGCATTTAGTTAGGAACATTTAATTTTT 4481 ACCTAAATGATCCTTTTTTCATCCAGAGGTAGAGATTTTATTGTCATTATGAATGTTACTCCCCATTTAGTCCAAAATAG 4561 TGAGCTTTTAAGTTGTGCCAGGTACTTAACAATAGTAAAAGCTATTGTATAGATTTTTATTCAATGTGACCTATAATACA 4641 TTTCTGATTCCTTCTGTATTGAATGTCCCAGTTTCCATATTAAGTGCTATGCCCTGTATAACATTAATGAATTTAATAGT 4721 GTACAATTTTGGGCCAGGCATGGTGGCTCACGCCAGTAATCCTGGCACTTTGGGAGGCAGAGGCAGGCAGATCACCTGAG 4801 GTCAGGGGTTCGAGATCAGCCTGGCCAACATGGCAAAATCACATCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGGCGTGGTG 4881 GTGCATGCCTGTAGTCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCAGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAG 4961 CCGAGATCATGCCATTGCACTCCAGCCTGGGAGACAGAGCAAGACTCTATCTCAAAAATAAAAATAAAAAAAAAATTGCG 5041 TGCAATTTTGTATTTTCATAGTCGTATCTTTTTAAAGGTATCATGATTTCAGTTGTGGTCAGGAAGTATGTGCCTTAAAT 5121 CCTCTACTCTAGACCCAAAGTTTGGAGAGCTATATTATTTAATAAGTTGTTTGTGACAGCCTTGTTACCTTTTTCATTTG 5201 ATTTGAGGGAGAAAGACTGTGATCCTGACAGATTCCTTCTCATAAAATGGCCTAATGTGTATCAGTCTAGGACTTCTGGG 5281 GAGGGAACCTCTACCATGCATTCTGTCCCAGGATGTCAAAGTCATAAGAATCAGGGTCCCCTGAAATAAAATCACTGAAA 5361 AGATATGTTCTGTTATATATTATTTAAAAAATTTATCTGGTGCCACCAAAGAATGACAGCAGTTTCTAACCAACTTCATA 5441 TTTATAGCATCTTATGAAGATATTGTAAGGCTTAGCATATTTTGCCACTGGTTTTCTTTGTAATATAGGTTGAAAGTGAG 5521 ACATGTTTGAATACTTTTGTATGTAAATATCTCCCATTCTTTTTCTATCTCTTCTTGGTCTATATTTACTAAGAATTGAT 5601 ATTTAAAAAACAGTTCACTAATGAACTCTACATATTATTGAACACTCACAGGGCAATATTGATTTGGGTGCTACTAGACT 5681 TTTACCTAACATTAGTCTTTCTCAATAGTTGTTGTAAAGGATAGTATTCAATCCAGTAAATATTAAAGTGTATTAGTTTA 5761 ATGAAGGTTATTTATATACTGTCATACCACAAACCTATGGTGGAAAGAACATCTGCATTCACCAGAATGTACTTGTTCCT 5841 TTGGCTGTGAATAAATTGGATAAGACTTTTTTATTGTAAGTTCCAGCTGTTGGAAGATACGGGGATAAGATTGACATTGC 5921 TGTTGCAGTATTGCAAAAACATGACTAAATTGGTTAATTATGTCTACCGCTTATGTTTAAGAGAATCCTTTCACTAACTT 6001 AAATTGTTAACATTGTTGTGATATTGAGAAAGAATATTAACCTAAACAGTCACTTTACAACAATCATGTAAAGACGTGTG 6081 CCTGCAGTTGAGGTTTTTTGCATTTCTGAGCCTGCTTTGTATTCATGAGAAACAAAAACATAATGGGAGAAAAGTTTTAG 6161 ATAAGCAGCATTGTAAGTTTTTGTAAAGTTTGGGATGTCAAAGTATTAACGAAGGGTACTGAAAACATACTTTTACTTGG 6241 GTCAAATTACTTTTTATGATCTGATTTCTTAATTTTCTGTATTTGAAATCTTGCAAATTAGGAATATCTACATCTATAGA 6321 TAAATAAGTAAAACTTAATGGTAGAAATAAGTGTAATTCAGCAACATGATTCAACAATTTTTATATTTAGGATAAGTTAT 6401 TGTTTATTATATTAATATCAAATTTATATATTGCCTTGTAATGCTAAATGCTCTTAAAAGAATATATGGGC Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | HEK293 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
PAR-CLIP data was present in GSM545217. RNA binding protein: AGO2. Condition:miR-7 transfection
... - Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al., 2010, Cell. |
Article |
- Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al. - Cell, 2010
RNA transcripts are subject to posttranscriptional gene regulation involving hundreds of RNA-binding proteins (RBPs) and microRNA-containing ribonucleoprotein complexes (miRNPs) expressed in a cell-type dependent fashion. We developed a cell-based crosslinking approach to determine at high resolution and transcriptome-wide the binding sites of cellular RBPs and miRNPs. The crosslinked sites are revealed by thymidine to cytidine transitions in the cDNAs prepared from immunopurified RNPs of 4-thiouridine-treated cells. We determined the binding sites and regulatory consequences for several intensely studied RBPs and miRNPs, including PUM2, QKI, IGF2BP1-3, AGO/EIF2C1-4 and TNRC6A-C. Our study revealed that these factors bind thousands of sites containing defined sequence motifs and have distinct preferences for exonic versus intronic or coding versus untranslated transcript regions. The precise mapping of binding sites across the transcriptome will be critical to the interpretation of the rapidly emerging data on genetic variation between individuals and how these variations contribute to complex genetic diseases.
LinkOut: [PMID: 20371350]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM545217 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / miR-7 transfection |
Location of target site | ENST00000295628.3 | 3UTR | UCUUUGCUUACUUCUCCAUGUGGGCCAC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 20371350 / GSE21578 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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94 hsa-miR-7161-5p Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
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Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
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MIRT131193 | INCENP | inner centromere protein | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT318016 | CENPQ | centromere protein Q | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT405275 | ZNF678 | zinc finger protein 678 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT442570 | CCDC59 | coiled-coil domain containing 59 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT442611 | CRIPT | CXXC repeat containing interactor of PDZ3 domain | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT444013 | GOLGA8H | golgin A8 family member H | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT444024 | GOLGA8M | golgin A8 family member M | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT444339 | GOLGA6L4 | golgin A6 family-like 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT444611 | GOLGA6L10 | golgin A6 family-like 10 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT446342 | MAN1A2 | mannosidase alpha class 1A member 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT446558 | GOLGA8J | golgin A8 family member J | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT447671 | PACSIN2 | protein kinase C and casein kinase substrate in neurons 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT447975 | MSH6 | mutS homolog 6 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT448895 | CNNM3 | cyclin and CBS domain divalent metal cation transport mediator 3 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT448936 | CHD7 | chromodomain helicase DNA binding protein 7 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT449414 | TRIM5 | tripartite motif containing 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT450291 | ADH5 | alcohol dehydrogenase 5 (class III), chi polypeptide | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT454877 | PCNA | proliferating cell nuclear antigen | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT456615 | SFMBT2 | Scm like with four mbt domains 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT462108 | TMEM214 | transmembrane protein 214 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT471923 | NRAS | NRAS proto-oncogene, GTPase | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT474437 | KLHL21 | kelch like family member 21 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT476600 | G3BP1 | G3BP stress granule assembly factor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT480573 | BZW1 | basic leucine zipper and W2 domains 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT483890 | IL20RB | interleukin 20 receptor subunit beta | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT493363 | KIF5B | kinesin family member 5B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT494934 | TMEM167A | transmembrane protein 167A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT495915 | CLDN1 | claudin 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT501574 | PLEKHF2 | pleckstrin homology and FYVE domain containing 2 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT502193 | IGF1R | insulin like growth factor 1 receptor | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT502928 | CDC42SE1 | CDC42 small effector 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT506393 | NUCKS1 | nuclear casein kinase and cyclin dependent kinase substrate 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT506570 | MNX1 | motor neuron and pancreas homeobox 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT509478 | GNL3L | G protein nucleolar 3 like | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT518537 | FLCN | folliculin | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT519577 | ZNFX1 | zinc finger NFX1-type containing 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT524088 | DNAJC10 | DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member C10 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT524146 | LDHD | lactate dehydrogenase D | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT524659 | C1orf50 | chromosome 1 open reading frame 50 | ![]() |
![]() |
2 | 10 | ||||||
MIRT526324 | UGT2A1 | UDP glucuronosyltransferase family 2 member A1 complex locus | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT526566 | UGT2A2 | UDP glucuronosyltransferase family 2 member A2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT526612 | ZNF780A | zinc finger protein 780A | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT526889 | PLEKHG2 | pleckstrin homology and RhoGEF domain containing G2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT527115 | ARHGAP15 | Rho GTPase activating protein 15 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT528023 | ACOT9 | acyl-CoA thioesterase 9 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT529589 | TMEM220 | transmembrane protein 220 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT532797 | STYK1 | serine/threonine/tyrosine kinase 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT537099 | GPC6 | glypican 6 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT539070 | ATP6V1C1 | ATPase H+ transporting V1 subunit C1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT545495 | DAPK2 | death associated protein kinase 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT545814 | ZNF608 | zinc finger protein 608 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT553533 | TMEM185B | transmembrane protein 185B | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT557285 | HIST2H2BE | histone cluster 2 H2B family member e | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT559552 | ARGLU1 | arginine and glutamate rich 1 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT561069 | EIF4A3 | eukaryotic translation initiation factor 4A3 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT561710 | PTP4A1 | protein tyrosine phosphatase type IVA, member 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT561995 | LRRC58 | leucine rich repeat containing 58 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT565896 | NHS | NHS actin remodeling regulator | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT567333 | HMGB1 | high mobility group box 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT568042 | CLDN12 | claudin 12 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT568315 | BAG4 | BCL2 associated athanogene 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT570677 | GFPT1 | glutamine--fructose-6-phosphate transaminase 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT571047 | YRDC | yrdC N6-threonylcarbamoyltransferase domain containing | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT571359 | SFT2D2 | SFT2 domain containing 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT571935 | LCOR | ligand dependent nuclear receptor corepressor | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT572786 | ZNF277 | zinc finger protein 277 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT573936 | CNTNAP2 | contactin associated protein like 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT576962 | Anxa4 | annexin A4 | ![]() |
![]() |
2 | 3 | ||||||
MIRT608297 | KATNAL1 | katanin catalytic subunit A1 like 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT613342 | AFF1 | AF4/FMR2 family member 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT613529 | ANAPC7 | anaphase promoting complex subunit 7 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT614705 | TOR1AIP2 | torsin 1A interacting protein 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT616658 | ORAI1 | ORAI calcium release-activated calcium modulator 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT624731 | ANXA4 | annexin A4 | ![]() |
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2 | 3 | ||||||
MIRT626525 | TSC1 | TSC complex subunit 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT627647 | SCN1A | sodium voltage-gated channel alpha subunit 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT637423 | EPB41L3 | erythrocyte membrane protein band 4.1 like 3 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT641059 | TCP11L1 | t-complex 11 like 1 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT645591 | SAR1A | secretion associated Ras related GTPase 1A | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT646455 | ZNF705A | zinc finger protein 705A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT656454 | MAPK6 | mitogen-activated protein kinase 6 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT676551 | TMPPE | transmembrane protein with metallophosphoesterase domain | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT682720 | KIAA1456 | KIAA1456 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT698307 | TMEM2 | transmembrane protein 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT701906 | MMGT1 | membrane magnesium transporter 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT702228 | LONRF3 | LON peptidase N-terminal domain and ring finger 3 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT708642 | UBE2W | ubiquitin conjugating enzyme E2 W | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT709326 | HMBOX1 | homeobox containing 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT711400 | RANBP2 | RAN binding protein 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT712130 | TGFBR2 | transforming growth factor beta receptor 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT714226 | ARMC10 | armadillo repeat containing 10 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT716914 | CACNB2 | calcium voltage-gated channel auxiliary subunit beta 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT723060 | FGD6 | FYVE, RhoGEF and PH domain containing 6 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT723846 | MN1 | MN1 proto-oncogene, transcriptional regulator | ![]() |
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