pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-569 |
Genomic Coordinates | chr3: 171106664 - 171106759 |
Synonyms | MIRN569, hsa-mir-569, MIR569 |
Description | Homo sapiens miR-569 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Associated Diseases | ![]() |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-569 | |||||||||||||||
Sequence | 61| AGUUAAUGAAUCCUGGAAAGU |81 | |||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||
Experiments | SAGE | DRVs in miRNA |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | AKT3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | MPPH, MPPH2, PKB-GAMMA, PKBG, PRKBG, RAC-PK-gamma, RAC-gamma, STK-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | AKT serine/threonine kinase 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_005465 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_181690 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on AKT3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of AKT3 (miRNA target sites are highlighted) |
>AKT3|NM_005465|3'UTR 1 GTCTCTTTCATTCTGCTACTTCACTGTCATCTTCAATTTATTACTGAAAATGATTCCTGGACATCACCAGTCCTAGCTCT 81 TACACATAGCAGGGGCACCTTCCGACATCCCAGACCAGCCAAGGGTCCTCACCCCTCGCCACCTTTCACCCTCATGAAAA 161 CACACATACACGCAAATACACTCCAGTTTTTGTTTTTGCATGAAATTGTATCTCAGTCTAAGGTCTCATGCTGTTGCTGC 241 TACTGTCTTACTATTATAGCAACTTTAAGAAGTAATTTTCCAACCTTTGGAAGTCATGAGCCCACCATTGTTCATTTGTG 321 CACCAATTATCATCTTTTGATCTTTTAGTTTTTCCCTCAGTGAAGGCTAAATGAGATACACTGATTCTAGGTACATTTTT 401 TAACTTTCTAGAAGAGAAAAACTAACTAGACTAAGAAGATTTAGTTTATAAATTCAGAACAAGCAATTGTGGAAGGGTGG 481 TGGCGTGCATATGTAAAGCACATCAGATCCGTGCGTGAAGTAGGCATATATCACTAAGCTGTGGCTGGAATTGATTAGGA 561 AGCATTTGGTAGAAGGACTGAACAACTGTTGGGATATATATATATATATATAATTTTTTTTTTTTAAATTCCTGGTGGAT 641 ACTGTAGAAGAAGCCCATATCACATGTGGATGTCGAGACTTCACGGGCAATCATGAGCAAGTGAACACTGTTCTACCAAG 721 AACTGAAGGCATATGCACAGTCAAGGTCACTTAAAGGGTCTTATGAAACAATTTGAGCCAGAGAGCATCTTTCCCCTGTG 801 CTTGGAAACCTTTTTTCCTTCTTGACATTTATCACCTCTGATGGCTGAAGAATGTAGACAGGTATAATGATACTGCTTTT 881 CACCAAAATTTCTACACCAAGGTAAACAGGTGTTTGCCTTATTTAATTTTTTACTTTCAGTTCTACGTGAATTAGCTTTT 961 TCTCAGATGTTGAAACTTTGAATGTCCTTTTATGATTTTGTTTATATTGCAGTAGTATTTATTTTTTAGTGATGAGAATT 1041 GTATGTCATGTTAGCAAACGCAGCTCCAACTTATATAAAATAGACTTACTGCAGTTACTTTTGACCCATGTGCAAGGATT 1121 GTACACGCTGATGAGAATCATGCACTTTTTCTCCTCTGTTAAAAAAAATGATAAGGCTCTGAAATGGAATATATTGGTTA 1201 GAATTTGGCTTTGGGAGAAGAGATGCTGCCATTTAACCCCTTGGTACTGAAAATGAGAAAATCCCCAACTATGCATGCCA 1281 AGGGGTTAATGAAACAAATAGCTGTTGACGTTTGCTCATTTAAGAATTTGAAACGTTATGATGACCTGGCAACAAAAAGT 1361 AATGAAGAAAATTGAGACCTGAGTGAAGATAAGAAATGATCTTTACGTGGCAAAATGAACACATCTTGAGTATTTAGGAA 1441 ATGGGCAGTGAAGGCTAAGAACCTGGTGTGTTTCTTGGGATCATGGTACATTTATCACTGAATTAAGCCATCAGGGAAAA 1521 AACAACAAAAAAAGAGAACACCTCCAGCTTTTCTTTTTCTGTATATACTCATGTCCCCCAGATTCCAACATTTCTCACTG 1601 AAAGGGGGCATGTATGCAAACCTCATCTTTCTCCTTCATTAATGATGATCTTCAGATTAAACCCTTTGGTGCTAGGAGCT 1681 GACAATTTCCAAAGCAGCCTGTGAAGTCCTAGGGGCTGGGGGCCACTCTTGCGGCAAGCAGAAGGCCATCCTACTCCGCG 1761 GAGTGATCATGGAAATGTATTTTAGTTAAACTCTGACAGCTCCCAAACGGAAGACTACAGCATGACGTAGTATTATGATT 1841 GCATTGTATGAAAGAGCAAGTGACTTTCTAAGTAGGATGAATCATATTCATATGCAGATGTCTTAGCCTCTTGACGCTGG 1921 AAGTGTGGATTTATAGCTATGAAACCACTGCTGGCAGTGGGTGGGCCACTGGGACTGACGGGGGTTAAAGGGCATTTTAC 2001 TAAGGCAGCTAAGACATATTCAGACATCAACGTTATCCTTCTTTTTCATATTTCTACCTGAGTGAAGTTCATCCTTAGTA 2081 TTGAGTAGGAAGTTACAGTAAATGGTAGTTCATTCTTACTTACACACATAGCTAATCTTTTTTTTTTCACTTGGAATTAT 2161 GTTGAATGTTTCATTTTGACAAAAAAGTAGACTAGAAGGTATGTTCTTTAAGTTGTCTTGCATCCATTATATAAGAAAGA 2241 AACAGGTGAGAGGAAGAGCAGAAAGCTGAGACTGGCTGATGTTCAGAGCACTTACTCCTCTAGAGGGAAAGCATGACACC 2321 GAACACTAAGCACACAGCTTTTTGTTGTTTTGGTTTTTTCTCCCGCAAATCTTAAAGTGATTCCCATGACCTTGGCCAAG 2401 GACACTTCTTAAAGATTAATGACTGGCACTGACATTGCCCCAGGCGGGCCACTCCTCACACTGGCTCTCAGTTCCCAGCC 2481 ATGCCTGGGGCTCAGTCACTTCTATTCCACCCTCTGAGACTCCATTGGTGTCACACAAGGTGTCTTCTTGGCTTTGATTT 2561 TGAGAATCCCCTATTTTCACTTCCAGATCTGTCAGCTGCCATGGAGGAATAATAGAAAACCAGAAATGCGTGTAGAGGGA 2641 GATTTCTAAAACTTCCCTTGTGTCGCCCATAGTTGTAGTTTTGGGTTCTGGCAGGTGGAACACCCTGAAACCTGGAATCA 2721 TTCTATGAGAATACAGTTCAGACTTTGCAGACTCCAGCCCATACTAACTGTCATGAAGCTTGACTTCTTGTCATAATGCA 2801 GCCATCTTGGAGGAAATTGGCCATTTCTGCTTAGATGGTTGGCAGGGTCGCGCTCAGCTTTGCTTTCTACACTAATTACA 2881 TAGCATTATTCAAGTATTGTTTTCCATTTCCCATCCCTGATTTCCAGCTTCTTAAAGCTGACTGTTCTTGCAGGGGCCAC 2961 TTGCTTCTCCTAGAGTACAAAAGTAAGGGCCTTCCTTACTAACTGCAGGGTCTCTCTATTACACCTCAACATACACACTT 3041 TGCTGCTACTGTTTGTACTGTCTACAGTAGAATTTCCTTATCTTGCTCCTGGTAGTGCATTACAGGCAAGCATGAAATGT 3121 AAAGTATTTATTTAAATAAAAAGAAAACCTCTAAATTGGTAATTGAATTACCTCCCTGTAGCTTTATAGTTTGTGACATT 3201 TCTTGACCTTGCTAGTTCTTTCATTAGATCTGCGCAAGATCTAGTCATCTGGTTAAGGATTTTAAGCAGATGCAACTATA 3281 AACCCAAGAAACTGTATTACTATTACTGTTGGTCATACTAAACCTGTCTATTTCCTGAAGTATATGACCCACAAGGATGT 3361 GGAATAACTAGGAGAAACTGTTTTTGTACACTGTACATCCTTAGTATTTTTACACGTATATGATAGGGATGAACATGATT 3441 TTCCTTCGTACAGACAGCTTAAATAAAGCACTATGTCAATCTGCTACTTCTCTGTTTATTGTTGTTGGATGTGGTTCTAT 3521 AATCCCCCCAAATTAAATCTTCTTTAATGAAAACATGATTTTTAATAGCCCCAGCTGGTATTAACCTACCTTGTATAAAA 3601 TGTGACAGGAAAATATAGAAATAATTCCTTGTAGCTCACACACACACACATAGGGGATCATTTTTACTTCAGTGAAATGG 3681 CAGTAGTGCGGTTGTGCAAACTTTGATGAACGGCTGCTTCTGAGGGGAAACGCTGACCTCTCAGCACTGGATTTAGGATG 3761 GATGTACTGTGAAGCCAGGGATGAAGGAGGTCTCAGACCCTGGGGACATTCAGACCCGAATCATCTATACAACACACGGT 3841 TTGGACCCAGAATCTGAAGGAATGTAGCTTTTCATTAACGTCTTCCTGATAATGTACTGCTCTGCATATTTCCTTTCTTA 3921 GAGTGTATTTCTAACAACATGTCATGGCAAATTAACAAACTTAGACGTGGGTGATGTAGATGGGTAGGATGGCTGGACTG 4001 CAGTCTGACTTCACGTTGAATCATTCTGGATGGGGCCTTTTTCTGATTTTACCTCATAAAGCTACTATTGTAGAAACTTG 4081 GCTTTGCTCCTGTGACGAAGCCAGACAGAGGAATGGCTTTTGGGACCAGAGTGAGTCAAGCATGTATGTGTATGTCACAC 4161 GGCCAAATTTGAGGGCATTCTCACATGTGCTCTTCTCTCAAAACCACTGGGGTTGACAGATCCAGGAGGCTAAAAAAAAG 4241 TGACCTCTATAATTCTTTAAAGGTGCTATTTTTAGAATATTGTATAATTTATTCACAGTATATCTAAAACAGAATTAAGG 4321 ACAATTAAAATATCTTATGTGACAGCCTTTATGTCTAGCACATTTGATGAAATAAAAAACTTCTGAATCTGAATAGAAGT 4401 TCTACTGTTTCAGGCTTGAACCTTTTACATGCTCAAGAGATTCAAATGGTCTCTGTGTGTAGATCATGCCACCGCCTCCA 4481 AAGCCTAATCCACATCACTTCTGAGAGGCAAGGCTGAGCATATGGTGACATCAGCTCTGTGTTGAGATGGTGATGAGGAT 4561 GATGGCTCGCTGGCCAGGCAGGGCAGCCGAAGGTCAGGGACCTGTCCTAACTAACTGCAGCCTTGCCTTTAGTGTTTGTC 4641 ATTCTCAGATACAACACGGTATGTCCAGTGTCCGTTTTTATTACTTTAAAGCATTTGAGGGCTTAATTGTGTATAGTAGA 4721 AATACTATTTTAGACAAATAATTATCTGTGTACAGATATTTGATATACTCTAAGTAAATTTTCTAATTTCACTAAGTACG 4801 TTTTTAGGCTCCTCTCAAATACTGCGTATTGAAGAAAAAAATCTGACACCACCGAGCCAAAGATGCTTTTTTGTCTGTTT 4881 TCGTTGTTTAACAGAATGGAAAGAGTAATGCATAGTGCTTCCTGGTGTCTCCTGATTGATTGATTGTGCACAAAGTAGGA 4961 CGATAAATAAATAAAATGGAGTCTGATGGGACATTGATTAAAGGTGAAGGATGATTGATATATAGATCATGAAAAGAAAA 5041 ATGAATGGCAGGAAAAAAAGTTTGGTCCTTAATATACTTTGGCCTAGTTAAAATATGTGCCTTTTTGGTGTGTTTTGTTC 5121 ATCACTACAAGATAAAAAGGAAACATTACAACTCAAGTCTTTAAAAAGTTCATTTATTGAAAATCATATGTATAACCTAG 5201 CATACGAATGAGCAGATTTAAACACATAACTTCAAGCCATTTCTGAAAACATACACCAGGAGCTCTGCTCAGCTAGAGTC 5281 AGACTCCAGCTCCAGCCCGACTGCGTGCGGGGACAGCGCCCGCGTTGATGAGGACCAGCCCCACTGCAGGCTGAGGCGGT 5361 GTCACCCTGGGAAGGTCGTGGTGCGTTGTGGCATATTAAGTCTAAACCAGATGAATGTAAATATCTCTTTGTAAATCATT 5441 TATTTCACTCTGTTCCATCCAGGTCAGCAATCAGATTGTGGCATGCTGGGTAACTGGAAAAAATAATAAAAAGTAAGTTT 5521 CAATAGCTCAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | HEK293 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
PAR-CLIP data was present in GSM545217. RNA binding protein: AGO2. Condition:miR-7 transfection
... - Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al., 2010, Cell. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al. - Cell, 2010
RNA transcripts are subject to posttranscriptional gene regulation involving hundreds of RNA-binding proteins (RBPs) and microRNA-containing ribonucleoprotein complexes (miRNPs) expressed in a cell-type dependent fashion. We developed a cell-based crosslinking approach to determine at high resolution and transcriptome-wide the binding sites of cellular RBPs and miRNPs. The crosslinked sites are revealed by thymidine to cytidine transitions in the cDNAs prepared from immunopurified RNPs of 4-thiouridine-treated cells. We determined the binding sites and regulatory consequences for several intensely studied RBPs and miRNPs, including PUM2, QKI, IGF2BP1-3, AGO/EIF2C1-4 and TNRC6A-C. Our study revealed that these factors bind thousands of sites containing defined sequence motifs and have distinct preferences for exonic versus intronic or coding versus untranslated transcript regions. The precise mapping of binding sites across the transcriptome will be critical to the interpretation of the rapidly emerging data on genetic variation between individuals and how these variations contribute to complex genetic diseases.
LinkOut: [PMID: 20371350]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM545217 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / miR-7 transfection |
Location of target site | ENST00000366539.1 | 3UTR | CUUUUCAUUAACGUCUUCCUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 20371350 / GSE21578 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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58 hsa-miR-569 Target Genes:
Functional analysis:
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Target | Description | Validation methods |
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Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
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MIRT004827 | SPI1 | Spi-1 proto-oncogene | ![]() |
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2 | 1 | ||||||
MIRT086537 | HSPE1-MOB4 | HSPE1-MOB4 readthrough | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT086545 | MOB4 | MOB family member 4, phocein | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT154349 | PARD6B | par-6 family cell polarity regulator beta | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT182174 | POU2F1 | POU class 2 homeobox 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT190452 | EIF5 | eukaryotic translation initiation factor 5 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT191410 | NAA30 | N(alpha)-acetyltransferase 30, NatC catalytic subunit | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT199846 | CSNK1G2 | casein kinase 1 gamma 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT208376 | SLC25A36 | solute carrier family 25 member 36 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT275677 | CARKD | NAD(P)HX dehydratase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT275764 | TFDP1 | transcription factor Dp-1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT280470 | UBR7 | ubiquitin protein ligase E3 component n-recognin 7 (putative) | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT296592 | FAM217B | family with sequence similarity 217 member B | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT306847 | FYTTD1 | forty-two-three domain containing 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT443764 | HLF | HLF, PAR bZIP transcription factor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT448026 | GSR | glutathione-disulfide reductase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT448659 | NCALD | neurocalcin delta | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT449142 | UQCRB | ubiquinol-cytochrome c reductase binding protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT449225 | RAD51B | RAD51 paralog B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT462421 | TWISTNB | TWIST neighbor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT468478 | SESN3 | sestrin 3 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT478170 | DENND5B | DENN domain containing 5B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT478577 | VSIG2 | V-set and immunoglobulin domain containing 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT481300 | ATP5G3 | ATP synthase, H+ transporting, mitochondrial Fo complex subunit C3 (subunit 9) | ![]() |
![]() |
2 | 16 | ||||||
MIRT485894 | ZFP36 | ZFP36 ring finger protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT497242 | FITM2 | fat storage inducing transmembrane protein 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT500282 | ZNF703 | zinc finger protein 703 | ![]() |
![]() |
2 | 8 | ||||||
MIRT509536 | RSBN1L | round spermatid basic protein 1 like | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT511835 | GPATCH8 | G-patch domain containing 8 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT522437 | MON1B | MON1 homolog B, secretory trafficking associated | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT523538 | GLO1 | glyoxalase I | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT527631 | MYBPC1 | myosin binding protein C, slow type | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT528059 | OLAH | oleoyl-ACP hydrolase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT532549 | TXNL1 | thioredoxin like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT545503 | NAP1L1 | nucleosome assembly protein 1 like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT546724 | RNF6 | ring finger protein 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT546737 | RNF141 | ring finger protein 141 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT550889 | ACTA1 | actin, alpha 1, skeletal muscle | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT554180 | SLC35E2B | solute carrier family 35 member E2B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT555878 | PAFAH1B2 | platelet activating factor acetylhydrolase 1b catalytic subunit 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT558458 | DCUN1D1 | defective in cullin neddylation 1 domain containing 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT560375 | TIMM8A | translocase of inner mitochondrial membrane 8A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT562672 | AKT3 | AKT serine/threonine kinase 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT563810 | TUBA1B | tubulin alpha 1b | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT564607 | ZNF711 | zinc finger protein 711 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT564881 | YWHAE | tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation protein epsilon | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT566724 | MSL2 | MSL complex subunit 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT566900 | CSRP3 | cysteine and glycine rich protein 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT570002 | COL1A2 | collagen type I alpha 2 chain | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT612300 | ZFP14 | ZFP14 zinc finger protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT618334 | ZNF813 | zinc finger protein 813 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT627658 | RSBN1 | round spermatid basic protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT630660 | PLAG1 | PLAG1 zinc finger | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT640802 | MYCL1 | MYCL proto-oncogene, bHLH transcription factor | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT651370 | ZBTB21 | zinc finger and BTB domain containing 21 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT709227 | GPSM2 | G protein signaling modulator 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT712058 | ZBTB34 | zinc finger and BTB domain containing 34 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT725006 | ZPBP | zona pellucida binding protein | ![]() |
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2 | 2 |
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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