pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-6787 |
Genomic Coordinates | chr17: 82236668 - 82236728 |
Description | Homo sapiens miR-6787 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-6787-5p | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 6| UGGCGGGGGUAGAGCUGGCUGC |27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experiments | Meta-analysis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | FXN | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | CyaY, FA, FARR, FRDA, X25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | frataxin | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_181425 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_001161706 , NM_000144 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on FXN | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of FXN (miRNA target sites are highlighted) |
>FXN|NM_181425|3'UTR 1 AAACCAAACTGGACTTGTCTTCCTTGGCCTATTCCGGAAAAGATGCTTGATGCCCAGCCCCGTTTTAAGGACATTAAAAG 81 CTATCAGGCCAAGACCCCAGCTTCATTATGCAGCTGAGGTCTGTTTTTTGTTGTTGTTGTTGTTTATTTTTTTTATTCCT 161 GCTTTTGAGGACAGTTGGGCTATGTGTCACAGCTCTGTAGAAAGAATGTGTTGCCTCCTACCTTGCCCCCAAGTTCTGAT 241 TTTTAATTTCTATGGAAGATTTTTTGGATTGTCGGATTTCCTCCCTCACATGATACCCCTTATCTTTTATAATGTCTTAT 321 GCCTATACCTGAATATAACAACCTTTAAAAAAGCAAAATAATAAGAAGGAAAAATTCCAGGAGGGAAAATGAATTGTCTT 401 CACTCTTCATTCTTTGAAGGATTTACTGCAAGAAGTACATGAAGAGCAGCTGGTCAACCTGCTCACTGTTCTATCTCCAA 481 ATGAGACACATTAAAGGGTAGCCTACAAATGTTTTCAGGCTTCTTTCAAAGTGTAAGCACTTCTGAGCTCTTTAGCATTG 561 AAGTGTCGAAAGCAACTCACACGGGAAGATCATTTCTTATTTGTGCTCTGTGACTGCCAAGGTGTGGCCTGCACTGGGTT 641 GTCCAGGGAGACCTAGTGCTGTTTCTCCCACATATTCACATACGTGTCTGTGTGTATATATATTTTTTCAATTTAAAGGT 721 TAGTATGGAATCAGCTGCTACAAGAATGCAAAAAATCTTCCAAAGACAAGAAAAGAGGAAAAAAAGCCGTTTTCATGAGC 801 TGAGTGATGTAGCGTAACAAACAAAATCATGGAGCTGAGGAGGTGCCTTGTAAACATGAAGGGGCAGATAAAGGAAGGAG 881 ATACTCATGTTGATAAAGAGAGCCCTGGTCCTAGACATAGTTCAGCCACAAAGTAGTTGTCCCTTTGTGGACAAGTTTCC 961 CAAATTCCCTGGACCTCTGCTTCCCCATCTGTTAAATGAGAGAATAGAGTATGGTTGATTCCCAGCATTCAGTGGTCCTG 1041 TCAAGCAACCTAACAGGCTAGTTCTAATTCCCTATTGGGTAGATGAGGGGATGACAAAGAACAGTTTTTAAGCTATATAG 1121 GAAACATTGTTATTGGTGTTGCCCTATCGTGATTTCAGTTGAATTCATGTGAAAATAATAGCCATCCTTGGCCTGGCGCG 1201 GTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTTGGAGGCCAAGGTGGGTGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCAAGACCAGCCT 1281 GGCCAACATGATGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGCCGGGCATGATGGCAGGTGCCTGTAATCCCAGC 1361 TACTTGGGAGGCTGAAGCGGAAGAATCGCTTGAACCCAGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGTGCCATTGCACTG 1441 TAACCTGGGTGACTGAGCAAAACTCTGTCTCAAAATAATAATAACAATATAATAATAATAATAGCCATCCTTTATTGTAC 1521 CCTTACTGGGTTAATCGTATTATACCACATTACCTCATTTTAATTTTTACTGACCTGCACTTTATACAAAGCAACAAGCC 1601 TCCAGGACATTAAAATTCATGCAAAGTTATGCTCATGTTATATTATTTTCTTACTTAAAGAAGGATTTATTAGTGGCTGG 1681 GCATGGTGGCGTGCACCTGTAATCCCAGGTACTCAGGAGGCTGAGACGGGAGAATTGCTTGACCCCAGGCGGAGGAGGTT 1761 ACAGTGAGTCGAGATCGTACCTGAGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAGGAGGGTTTATTAATGAGA 1841 AGTTTGTATTAATATGTAGCAAAGGCTTTTCCAATGGGTGAATAAAAACACATTCCATTAAGTCAAGCTGGGAGCAGTGG 1921 CATATACCTATAGTCCCAGCTGCACAGGAGGCTGAGACAGGAGGATTGCTTGAAGCCAGGAATTGGAGATCAGCCTGGGC 2001 AACACAGCAAGATCCTATCTCTTAAAAAAAGAAAAAAAAACCTATTAATAATAAAACAGTATAAACAAAAGCTAAATAGG 2081 TAAAATATTTTTTCTGAAATAAAATTATTTTTTGAGTCTGATGGAAATGTTTAAGTGCAGTAGGCCAGTGCCAGTGAGAA 2161 AATAAATAACATCATACATGTTTGTATGTGTTTGCATCTTGCTTCTACTGAAAGTTTCAGTGCACCCCACTTACTTAGAA 2241 CTCGGTGACATGATGTACTCCTTTATCTGGGACACAGCACAAAAGAGGTATGCAGTGGGGCTGCTCTGACATGAAAGTGG 2321 AAGTTAAGGAATCTGGGCTCTTATGGGGTCCTTGTGGGCCAGCCCTTCAGGCCTATTTTACTTTCATTTTACATATAGCT 2401 CTAATTGGTTTGATTATCTCGTTCCCAAGGCAGTGGGAGATCCCCATTTAAGGAAAGAAAAGGGGCCTGGCACAGTGGCT 2481 CATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCAAGTGTATCACCTGAGGTCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAA 2561 CATGGCAAAATCCCGTCTCTACTAAAAATATTAAAAAATTGGCTGGGCGTGGTGGTTCGTGCCTATAATTTCAGCTACTC 2641 AGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTGTAACCTGGGGGGTGGAGGTTGCAGTGAGACGAGATCATGCCACTTCACTCCAGC 2721 CTGGCCAACAGAGCCATACTCCGTCTCAAATAAATAAATAAATAAATAAAGGGACTTCAAACACATGAACAGCAGCCAGG 2801 GGAAGAATCAAAATCATATTCTGTCAAGCAAACTGGAAAAGTACCACTGTGTGTACCAATAGCCTCCCCACCACAGACCC 2881 TGGGAGCATCGCCTCATTTATGGTGTGGTCCAGTCATCCATGTGAAGGATGAGTTTCCAGGAAAAGGTTATTAAATATTC 2961 ACTGTAACATACTGGAGGAGGTGAGGAATTGCATAATACAATCTTAGAAAACTTTTTTTTCCCCTTTCTATTTTTTGAGA 3041 CAGGATCTCACTTTGGCACTCAGGCTGGAGGACAGTGGTACAATCAAAGCTCATGGCAGCCTCGACCTCCCTGGGCTTGG 3121 GCAATCCTCCCACAGGTGTGCACCTCCATAGCTGGCTAATTTGTGTATTTTTTGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGCC 3201 CAGGCTGGTCTCTAACACTTAGGCTCAAGTGATCCACCTGCCTCGTCCTCCCAAGATGCTGGGATTACAGGTGTGTGCCA 3281 CAGGTGTTCATCAGAAAGCTTTTTCTATTATTTTTACCTTCTTGAGTGGGTAGAACCTCAGCCACATAGAAAATAAAATG 3361 TTCTGGCATGACTTATTTAGCTCTCTGGAATTACAAAGAAGGAATGAGGTGTGTAAAAGAGAACCTGGGTTTTTGAATCA 3441 CAAATTTAGAATTTAATCGAAACTCTGCCTCTTACTTGTTTGTAGACACTGACAGTGGCCTCATGTTTTTTTTTTTTTTA 3521 ATCTATAAAATGGAGATATCTAACATGTTGAGCCTGGGCCCACAGGCAAAGCACAATCCTGATGTGAGAAGTACTCAGTT 3601 CATGACAACTGTTGTTCTCACATGCATAGCATAATTTCATATTCACATTGGAGGACTTCTCCCAAAATATGGATGACGTT 3681 CCCTACTCAACCTTGAACTTAATCAAAATACTCAGTTTACTTAACTTCGTATTAGATTCTGATTCCCTGGAACCATTTAT 3761 CGTGTGCCTTACCATGCTTATATTTTACTTGATCTTTTGCATACCTTCTAAAACTATTTTAGCCAATTTAAAATTTGACA 3841 GTTTGCATTAAATTATAGGTTTACAATATGCTTTATCCAGCTATACCTGCCCCAAATTCTGACAGATGCTTTTGCCACCT 3921 CTAAAGGAAGACCCATGTTCATAGTGATGGAGTTTGTGTGGACTAACCATGCAAGGTTGCCAAGGAAAAATCGCTTTACG 4001 CTTCCAAGGTACACACTAAGATGAAAGTAATTTTAGTCCGTGTCCAGTTGGATTCTTGGCACATAGTTATCTTCTGCTAG 4081 AACAAACTAAAACAGCTACATGCCAGCAAGGGAGAAAGGGGAAGGAGGGGCAAAGTTTTGAAATTTCATGTAAATTTATG 4161 CTGTTCAAAACGACGAGTTCATGACTTTGTGTATAGAGTAAGAAATGCCTTTTCTTTTTTGAGACAGAGTCTTGCTCTGT 4241 CACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACGATCTGGGCTCACTACAACCTCCGCCTCCTGGGTTCAAGCAATTCTCTGCCTCAG 4321 CCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGTGCCTGCCACCACACCCGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCAC 4401 CATCATGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGACCTAGTAATCCACCTGCCTCCGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCG 4481 TGAGCCACTGCACCCAGCCAGAAATGCCTTCTAATCTTTGGTTTATCTTAATTAGCCAGGACACTTGGAGTGCATCCCGA 4561 AGTACCTGATCAGTGGCCCCTTTGGAATGTGTAAAACTCAGCTCACTTATATCCCTGCATCCGCTACAGAGACAGAATCC 4641 AAGCTCATATGTTCCATCTTCTCTGGCTGTATAGTTTAAGGAATGGAAGGCACCAGAACAGATTTATTGAAATGTTTATT 4721 AGCTGAAGATTTATTTAGACAGTTGAGGAAAACATCAGCACCCAGCAGTAAAATTGGCTCTCAAAGATTTTCTTCTCCTG 4801 TGGAAAGTCAGACCTCTGAGGCCCCATCCAGGTAGAAGTACTAGTGCAAGAAGGGCCTCTGCTGTCCACTTGTGTTTCTG 4881 TGATCTGTGGGAACATTGTTAACGCCACATCTTGACCTCAAATTGTTTAGCTCCTGGCCAGACACGGTGGCTCACACCTG 4961 TAATCCCAGCACTTTGAGAGGCTGAGGCAGGTGGATCACCTGAGGTTAGGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCAACATGGTAA 5041 AACCCCGCCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCTGGCCGTAGTGGCGCACGCCTGTTATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGA 5121 GGCAGGAGAATTGCTTGAACCTGGGTGGTGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATTACACCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACA 5201 AGAGGGAAACTCCATTAAAAAAATGTAATTCCCGTGTCTGCCATCTTAAGTGTAAAGGTGGCTAAATTATATAGAAAAAT 5281 AAGACAATATCATTTCCCAATTACATTCCTTTCCTACCGCACTCTATGATGCTAGCTGAGATTTTTCCAAAAGAAAATGG 5361 CTTAAATAAAACCCTAAGAGAAAGAAAAACTTTAAATCCCTCCAAAGCTCAAAAGTAATAGAAACAGATGAGTTTGGAGT 5441 CAGGATTTCTCTGTAAGATTGCCTAGGCTGTGTACTGCACATCTCCAGGTGCCACTGTTGACAGAGATTATAACTACAAT 5521 GTGAAGTGAATGGTGCCACTGACAGTTATGCAAACCGTCCAGAGCATAGCCACCTGATCCTGCTGGGATTCCTCTTGCCA 5601 GTCCATCAGCAGTTCCCCTTGAAAGTTTCACCAAACATCCCTTAAATCTGCCCTCTCCTGCCCGTCCCCAGTGGAGGTCC 5681 TCATCATTTTTCACCTGCATTTTTGCAGGAGCTTTCTTATATCCACCTTCCTCCTTTTCTCTCAGCCCATCATCTAGCTA 5761 CACAGTCTCCAGGGTAAGCTTTCAGAAAGGCAATCTCTTGTCTGTAAAACCTAAGCAGGACCAAGGCCAAGTTTCTTAGC 5841 CTGAAAAATGTGCTTTTCTGACTGAACTGTTCAGGCACTGACTCTACATATAATTATGCTTTTCTACCCCCTCACACTCA 5921 ACACTTTGACTCCAGCAATCCCAAATCCCCAGATCCCTAAGTGTGCTGTGCTATTTTCACGTGGCTCTCAGACTTGGCCA 6001 GTGCTGTTTCCATTTTGGTCTTTATTCCCCACATCTCTGCCTGGGGGGTAGATTCTACCCTGAAAAATGTTCTTGGCACA 6081 GCCTTGCAAACTCCTCCTCCACTCAGCCTCTGCCTGGATGCCCTTGATTGTTCCATGTCCTCAGCATACCATGTTTGTCT 6161 TTCCCAGCACTGACCTACCATGTGTCACCCCTGCTTGGCTGTACCTTCCATGAGGCTAGGACTATGTGTCTCCTTTGTTG 6241 ACTGCTGTTGCCCTAGCATCTTGCACAGTTCCTTGCACACAATTAGAGCTCTATAAATGTCAAATAAATGTGTTATAATT 6321 ATATGTTTAAGATAGTTGTTCAAATAAACTCTAAATAACCCCAAC Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | HEK293 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
PAR-CLIP data was present in GSM545216. RNA binding protein: AGO2. Condition:miR-124 transfection
... - Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al., 2010, Cell. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al. - Cell, 2010
RNA transcripts are subject to posttranscriptional gene regulation involving hundreds of RNA-binding proteins (RBPs) and microRNA-containing ribonucleoprotein complexes (miRNPs) expressed in a cell-type dependent fashion. We developed a cell-based crosslinking approach to determine at high resolution and transcriptome-wide the binding sites of cellular RBPs and miRNPs. The crosslinked sites are revealed by thymidine to cytidine transitions in the cDNAs prepared from immunopurified RNPs of 4-thiouridine-treated cells. We determined the binding sites and regulatory consequences for several intensely studied RBPs and miRNPs, including PUM2, QKI, IGF2BP1-3, AGO/EIF2C1-4 and TNRC6A-C. Our study revealed that these factors bind thousands of sites containing defined sequence motifs and have distinct preferences for exonic versus intronic or coding versus untranslated transcript regions. The precise mapping of binding sites across the transcriptome will be critical to the interpretation of the rapidly emerging data on genetic variation between individuals and how these variations contribute to complex genetic diseases.
LinkOut: [PMID: 20371350]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM545216 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / miR-124 transfection |
Location of target site | ENST00000396366.2 | 3UTR | UAAAACCCCGCCUCU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 20371350 / GSE21578 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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90 hsa-miR-6787-5p Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
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Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
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MIRT449091 | XPO6 | exportin 6 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT449991 | PSMG1 | proteasome assembly chaperone 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT454608 | MYADM | myeloid associated differentiation marker | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT456116 | VAV3 | vav guanine nucleotide exchange factor 3 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT457064 | TOR4A | torsin family 4 member A | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT461023 | SDF4 | stromal cell derived factor 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT467197 | SPRY4 | sprouty RTK signaling antagonist 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT471711 | OTUB1 | OTU deubiquitinase, ubiquitin aldehyde binding 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT472566 | NACC1 | nucleus accumbens associated 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT476079 | GRB2 | growth factor receptor bound protein 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT480150 | CALR | calreticulin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT483027 | KHSRP | KH-type splicing regulatory protein | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT483498 | STMN3 | stathmin 3 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT483728 | THSD4 | thrombospondin type 1 domain containing 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT484550 | BARHL1 | BarH like homeobox 1 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT484684 | PACSIN1 | protein kinase C and casein kinase substrate in neurons 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT486059 | CTDNEP1 | CTD nuclear envelope phosphatase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT486116 | INO80E | INO80 complex subunit E | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT486313 | SIPA1 | signal-induced proliferation-associated 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT486525 | CLCN7 | chloride voltage-gated channel 7 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT486857 | DPF1 | double PHD fingers 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT487352 | PHF15 | jade family PHD finger 2 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT487582 | FAM83H | family with sequence similarity 83 member H | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT487792 | GPR20 | G protein-coupled receptor 20 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT488104 | POU3F1 | POU class 3 homeobox 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT488786 | POFUT2 | protein O-fucosyltransferase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT489361 | SYNGR1 | synaptogyrin 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT489387 | RAB11B | RAB11B, member RAS oncogene family | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT489680 | SCAMP4 | secretory carrier membrane protein 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT489731 | GNAI2 | G protein subunit alpha i2 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT489750 | TACC3 | transforming acidic coiled-coil containing protein 3 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT490029 | PCSK4 | proprotein convertase subtilisin/kexin type 4 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT490379 | LHFPL3 | LHFPL tetraspan subfamily member 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT490580 | SLC47A1 | solute carrier family 47 member 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT490753 | SRCIN1 | SRC kinase signaling inhibitor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT491187 | JUND | JunD proto-oncogene, AP-1 transcription factor subunit | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT491301 | VGF | VGF nerve growth factor inducible | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT491462 | HOXB8 | homeobox B8 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT491702 | PDZD4 | PDZ domain containing 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT491724 | RTN4R | reticulon 4 receptor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT491737 | SEMA3F | semaphorin 3F | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT491984 | UNK | unkempt family zinc finger | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT492844 | NRGN | neurogranin | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT492936 | NEUROD2 | neuronal differentiation 2 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT493713 | H2AFX | H2A histone family member X | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT494623 | ASB6 | ankyrin repeat and SOCS box containing 6 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT494703 | ARHGAP31 | Rho GTPase activating protein 31 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT495602 | NKX2-5 | NK2 homeobox 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT495750 | PDE4C | phosphodiesterase 4C | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT500367 | ZNF385A | zinc finger protein 385A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT501161 | SLC10A7 | solute carrier family 10 member 7 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT501702 | PCGF3 | polycomb group ring finger 3 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT504922 | PDRG1 | p53 and DNA damage regulated 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT517945 | TRIM59 | tripartite motif containing 59 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT524212 | DDI2 | DNA damage inducible 1 homolog 2 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT531186 | SIGLEC12 | sialic acid binding Ig like lectin 12 (gene/pseudogene) | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT531972 | C12orf49 | chromosome 12 open reading frame 49 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT558055 | EVI5L | ecotropic viral integration site 5 like | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT560482 | LACE1 | AFG1 like ATPase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT563217 | FXN | frataxin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT569095 | FSCN1 | fascin actin-bundling protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT569522 | AP5Z1 | adaptor related protein complex 5 zeta 1 subunit | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT569531 | CTTN | cortactin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT569848 | RGS5 | regulator of G protein signaling 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT570738 | ANKRD52 | ankyrin repeat domain 52 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT574140 | MARVELD1 | MARVEL domain containing 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT615994 | DHTKD1 | dehydrogenase E1 and transketolase domain containing 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT628493 | ZNF556 | zinc finger protein 556 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT633451 | KLLN | killin, p53-regulated DNA replication inhibitor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT649054 | SLC1A2 | solute carrier family 1 member 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT649340 | HEXA | hexosaminidase subunit alpha | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT670226 | PTCHD1 | patched domain containing 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT670666 | KIAA1551 | KIAA1551 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT671452 | CDH7 | cadherin 7 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT671729 | ZNF451 | zinc finger protein 451 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT690285 | ZNF154 | zinc finger protein 154 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT700575 | PRSS22 | protease, serine 22 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT701411 | NKRF | NFKB repressing factor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT711877 | VASP | vasodilator stimulated phosphoprotein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT712082 | UNC13A | unc-13 homolog A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT712523 | CYTH2 | cytohesin 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT712751 | GMDS | GDP-mannose 4,6-dehydratase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT714681 | PRX | periaxin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT714718 | VPS8 | VPS8, CORVET complex subunit | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT717508 | HRNR | hornerin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT717650 | THBS2 | thrombospondin 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT719592 | PIAS4 | protein inhibitor of activated STAT 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT720521 | PTGR2 | prostaglandin reductase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT721295 | C3orf36 | chromosome 3 open reading frame 36 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT724922 | VPS18 | VPS18, CORVET/HOPS core subunit | ![]() |
![]() |
2 | 2 |
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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