pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-605 |
Genomic Coordinates | chr10: 51299573 - 51299655 |
Synonyms | MIRN605, hsa-mir-605, MIR605 |
Description | Homo sapiens miR-605 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Associated Diseases | ![]() |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-605-3p | ||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 51| AGAAGGCACUAUGAGAUUUAGA |72 | ||||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | ||||||||||||||||||||||||||||
Editing Events in miRNAs |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | ASB1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | ASB-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | ankyrin repeat and SOCS box containing 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001040445 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on ASB1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of ASB1 (miRNA target sites are highlighted) |
>ASB1|NM_001040445|3'UTR 1 ACTCCAAGTGCTGCGGTTGATTCCAGTGAGGGAGAAAGTGATCTGCAGGGAGGTGGACACCGAGCCCTGAGTGCTGTGCT 81 GCTGCTGGTCTCCTGATGGCTGTTGCTGCAGAAGATGTCCTCGTAGACTGTCATTGCTCCTCAGGTGCCTGGGCCGCTGA 161 ACAGTCCTTGGGTCATTGTCAGCTGAGAGGCTTATACTAAAGTTATTATTGTTTTTCCCAAGTTCTCTGTTCTGGATTTT 241 CAGTTGCATATTAATGTAACGGGCCATGGGGTATGTACATGTAGGGGCTGAGGTTGGAGGCCTACTAATTTCCCTGTAGG 321 GAAGACTCCCAGCACTTCTGGAACTGTGCTTCTCTTTATTTTTCTACTTCTCAATTTGATGGTTCGATTAAAGCCTTCTA 401 GTATCTCAATGAAAAGGGAGTTTCGTAAGCAAAATAGAGGACAGAAATGCAGTTCATGAACTTGCTGGTTGGTTTTTCCT 481 GCTCCTGGGGTAACACATGCGCTTGTCATACACGCCCCTTCCTTGCCCCTTCAGTATTCTCTCTTTGCGATGGAGGTCTC 561 ATAGTGAGTGTCTTCACTCAAGGGTGGTTTCCTGGCTGCACGGCACCTGTTCCAACACCTACTGTGCCTCTCATCAGGTG 641 TCACGATTTTTCTGCCACTTCACCTTAGGGAGCTTCCAGTGATTGATTTTAGGAGGCCCACACCAAACTCCCCAGGAAAT 721 GACTGCCTTCCTTGGGACCAAGGACCGTTCCAACAGCATTCACTGCCAGTTCTAATAGGCGAGGAAAATGCCCGAGGCGC 801 TGTCTTCTGTCCCCCACACGTACCAGAAAGTGAAAAATGCAGCGAGTCCTCTGGGTGGTTATGAGCCTCCAGGCGCATGC 881 TGTCCAGTGGACAGAACATCTGGCGGTTGGTTGATTGCTCTCTTTTGTCTTGGTCGCTGCTTCTAGAATCTATGCAGGGG 961 ATAGCAGTGAGGTCAGAAGTCTTTCCCGGGAGAGAGATGGCCTGGGTTATCATTGCTGATAGCTTTGGCTGCATGAGTTG 1041 GGCTTCCCCTTACCCAGGGCTGCACAGCCAGGTGTGAGGGTCACCGGCAGGTGGGCTGGTGGCTGCAGCCTCAGAGCCCT 1121 CCCAGGTTGCTGCTGTTTCCAGTGAATCACATTTCGTCATTTGAAGCCCATGAGGACCATTGTGTGGATCCATGGTGATT 1201 CTAGACTTCAGATATATTTAGGAAGGCGCAGATTTCAAATCTGTGTTTGATTTTCTGTAATAAGAGAAATCCAATTTGTA 1281 AAACTTGAACAATGATACCGTTTTATTTACTTAGTAGCATCACTGTGTGTCTTAGCAGGCAGGCAGTGTCTGGCCATTAT 1361 TGCGTTCTACAGCCAGAGGATAGAATTCTATACCCCCAACCCCTTGTGTCACAAATGGGCTCTGTGTGGGTCACCCCAGC 1441 TGACCCGTGTATGTGCAGATGCAGTTCCGAAGGGAAGAACAGTCCTCGGGTGATTCAGAGGGGAAAATGCAATCCGGGAG 1521 GTGTTTCCTCAGCTGAGGTGACACTGTTAGAAGCTGTGATGGTTGTGTAAATGTGGGCTGTGTGCTGTTCCCGAGGGGAG 1601 CTTGGGATTGGGTCCTGCTGAAGCCAGGAGGGTCTTCCCAAGATAGGAGAGGAACCGCAGGTGGTGAGCGGCTGGGGAGG 1681 GCCAGGACAGCCGGGGCTGGGTGCTGCAGGGGCTTCAGCCCGGGAGAGGGGGTGGGCGTGTTCTTTGTGGTACCAAAGTG 1761 GGACTAGGACAAAAATTGGGCTGTGGCTGGGGCAGGAGCTATAGGGAGTTAAGGAATGATGATACGGAAGTTGGAGCCAC 1841 CACCGTGGACTGGGCCTTGTCACTGGAGGTCGTAGGCAGTGGCTCATCACCCTGGTAGGGCTGATAGGGGCTTTCAGGGA 1921 GGCTGGTTAGCTCCCTGCACTCTGGCTCTTTACTGGCTTACTGTTTAGCTCCTCCCACCTCGAGGCTCTTCTTCCTGCCA 2001 CCCTTTGGGCTCAGAGGAGGGTGGCTTTTTTCGAGGTGAGCCATGTTGTAGACACATGATACGCTCTGCGTCTGCTCTAC 2081 TGAGTACTTTCTGCAGGGGCCTGTTAAGGACGAGGCCTCCCCAGCCCTGCCCGGTGCAGGAGGTGGCTCAGTTATTGAAC 2161 CTTTTGGGAAGCAGCACCTGGGAATGCTGCCTCGTGGGAGTCCCATGCGTGAGTGTGGTGGTGTGACCTTCAGGCTGCAC 2241 AGAGGCAAGGACCCAGATGTGGCAGCATGGGCGTCATGCTCCTTTGCACAGCCCAGGGCCTGTTTTGGAGGGACCAGGTC 2321 ACTGCCCCTGGTCTCTCTAGGAGGAGTGGACTGAATGGATCGTTGCAGAGAAGACTCACCCAGACCTGGCCAGGGAATGA 2401 TGTATCTGGGGAGAGAATGAGCTGGAGGAGGGGGCCTCTCATGGCCCTTCCCTGGCCTGTGGCCCAGCCTGGCTGGCCTG 2481 CAGGTGTCTAGGGTCTCAGCTTTTCATTTGCAGAGGACATGTTCAACTTCCTCTCTGTTCAAGCCAGCCTTTGCCAATTT 2561 TTTCAGAATCCAAACAATTTGGAGGTTTGGTATCTTGTTTCATAGCTGCCAAATATGAATCTGAAAACAGGGTGGGTAGC 2641 TAAGGTCATTCCTCCTGGGTTTTAGTGGCATTGCCTTCCTTCACTAAAGCTCCCTTTTTTTTCTGTTGGCAAGGACAGGT 2721 TACAGAATAGGAAGAGTAGCACTTTCCGCCTAAGCACTTTAGGAAATCACCTTTCTAAGCCCTGGGGCGCCCAAGTCCCA 2801 TGGGACAGGGAAACGTGGTCCTCAGTGAGGCTGCTGCCTGGCTGGCCCGGAGTCCTCCCTAGGAGAGGGGCTCGATGGGC 2881 TGGGGGAAGGAGCCTGAAGGTTGCCCCTGGTTGCATCCCAGAAGCATCTGACTGTCACCACTGCCAGTGGCTGTGGAACA 2961 GTCCTGGGCCCTGGGCCTTGGCTGCTGTCAACAGATGGGCTGGGCTGGGCTGTGGTGGGGTGGGGGACAACGTTGGTAAC 3041 TCTGAGAATTCAGCTTTGGAGTCCCGGGTGAGGGGTTTTAGATAAACCCATCAATATCACCCACATTCTGTGACTCTTTG 3121 CATCACTCGTGTTATTTATTTATTTATTTATATTCTGCCTTGTTCCAGAAAAGTGTTTAAGGCAACAATGCTTGTTTTTT 3201 GGTGTTTTCTTTTGACATTTGAAAATTTAGTACATTGTTAAAATGTACTTGTTAAACAGGTAATTTTAAAGAGAAGGAAC 3281 AATTGTTTTTAGTAAGTTTTCTTTTTCCTTTTTCAATGAATTGATTCTTCAAATTAAAAGTTCTTGAGAGAAGGAGAGGA 3361 AGATACAGCAGACATAGGACTGAGCCAAGGAAGAGTCTGCCTGAGAGAGACGCTTGGCCTGTGCTTTGCTGCCATCCGTG 3441 CGGCCTTGGCCACATCCCTATTAACAGAGGCAGCTCCACTTCAGACAGGGACAAGGCTTCCTGCTGTGCCTTTCTGGCAG 3521 GGTTTTGTGGGGTCACATGGGAAGCAATGTGTTACGCAAGCAGTCTCCATGTGTGTGTAAACTGCTGTCCTGGTGACTTG 3601 TCCCTCTTCTTAGTGGAAATGCATTTGAGATGGTGACAGGGCTGGATGAACGTGTGACCCTGGGAGATCCGGGCTGGACT 3681 GTGGACCCCGATGGGCCAGAGTCCTTGTGGCCCACAGCATAGCACTGGGGACAGAGCGCTCTATGCAGGTGAGGCGTATG 3761 AGAACAGCATGGTAAATAATTGATGAAGTCACATTTGTTCAACTTAAAGGATTGTTCTTTATTCTGAAGTTATTTTCTTC 3841 CTTATTTGGATGATAAAATTTCCTTTTATGTAATGAAGGTAAAAGTAGAGGGCAATATTTTTGCTTTTTGAAATGCTCTT 3921 GGTTGCAAAACAAAATGTTGGTTGCTGTTTGTCAGCCCCAGAATTTCTTCTTAAGTTCGCCTGTCTCTGAAATCCCAAAG 4001 TCACGGAACCGCAGTCTAGCTGTGGTGCATGTTTACGTATTGGTGAGAAATTCCTCTTGGGTTCTTGAACAGCCTGTACG 4081 CTGGCAGGCAGCACTGCAGCATTTCTGCTGCTCATGGCCAAGAACGAGTCTGGAGATCGCTGCGTGCGGTTTTAGGAAGT 4161 GCCAACACCCGTGGTGATGGGCCTCTGGCCACCCCTGGATCCATGGGACACACTCACAGGAAGCTGATGTGGCCTTCTCG 4241 GTGAGGACTGCACCTTAACCTGGGCACTGGGAGCCTGTGGCCCCCCTGTATGTTGGTGATGACACTAGTGTGGGTCTTCT 4321 GGCTCTGGGGCTACAGCTTCTGCCTCCTCACCTGGCCGTCGGTACTCGGCAAGCAGGCCTGGCCTCCCGGGGCCTGGATC 4401 CCTACCGGCTGGGATTGGCCTCCTGGAAGTACCTGTTTGGGCCATGTGACCTCCTTTCTCACTTATGCCTCACTCCCCTC 4481 CTCCCGCTCCAAACCCGAACCTCTCAGTGTGGAATGAACGCTCCAAACCCGAACCTCTCAGTGTGGAATGAACGCTCCAA 4561 ACCCGAACCTCTCAGTGTGGAATGAAACAGTTTAGATGTGTACATGATGCACGTGGGTGGGATTCACATCCCAGGAGAAT 4641 TCCACGGAGAGGAATGTGCAGATTTTGAAGTGTACAGTGATGTGTGGAATAAATACTAGAAATTCTCAGCAGACAGTGGG 4721 ATGGAGAAGTGAGTGGGGGCAGGAGGGGGATTTCTGTTGCCTTGACATGTCGTTGCTCAGTGCCTGGATTGCAGGCGAGT 4801 CTCTCTTTTTTATGTTGCTTTGATTTCAAGATCTCTTAGATATACTAGGTAGTGTATGAATGTGCATAAATCCAGTTTGA 4881 GAATGGTGTTTATGAAGAAGCTGTTTCGTGTGTACAGTTGCTGCTGTAATTTAGCCAGCAGTGCCCTGCCCTGCCCTGCA 4961 GTGTCTGCTCAGCTCCCACTGCTTCTCTTTGCTGTTGGGCATGTGAGGCATGACTTGGAGGGGGGCCTGGTGCCTGGGGA 5041 CCTGCTGAAGAGAATGCTCACCACCAGCTCTCTGTTTCCCTTTCTGCTTTGGTAATCAACACGTGTTTGCCTGCAGTGGC 5121 CGGGACCGTGACTGTTTCTGCCCTTGTGCCTAGTTAAGAGCCTTCAAAAGCATAATGAACACTTTTGATATGATATTGTA 5201 ACTTTAGTAAATGCTTTACTTCCCTCTAATTGCCCCCAAATGCCTTAATTTTGTGGACTGTTTATTTCAACAGGTGGAAG 5281 TGTTGGTCGTGCGAAATCTTGGTATTCGCATTTCAAGAAGGGAGTTCTTTTTTCTTTCTTCTTTCTATGGAACGTTTCAA 5361 GTGATTGGATAGAAAGAAGGGCTCTGAAGCAGGAGTTTTCACCTGCTCTGAGGGAACTTGGGGCTCCAGGGACGTACCCC 5441 AAATGTTGCCCAGGTTGAAACTCCCTGACAGCCTGTTCTACGTAGTGGCTCGTGGTTTCCAGTTTGAAGAGAGTTGTGCC 5521 CCTAAAAGTGTTTGAAACCTGTGGCTTTCAAGCAAGGTACCGTTGTCCCCACAGTGTTCCGTGGGGTAGGGGGTGATGGA 5601 GACTGTGGGCAAGCCTGTTGTTTTTGGCCCCCTGTTGTTACATGGGACCTGTTTTGACGGTGGGAGGGTGAGATGTGAAG 5681 ATGTGGGATGAACCTGGAATGAACGAATTAAATAAAGACATGCATCCATCTGTCAGCGA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | HEK293 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
PAR-CLIP data was present in GSM545216. RNA binding protein: AGO2. Condition:miR-124 transfection
... - Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al., 2010, Cell. |
Article |
- Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al. - Cell, 2010
RNA transcripts are subject to posttranscriptional gene regulation involving hundreds of RNA-binding proteins (RBPs) and microRNA-containing ribonucleoprotein complexes (miRNPs) expressed in a cell-type dependent fashion. We developed a cell-based crosslinking approach to determine at high resolution and transcriptome-wide the binding sites of cellular RBPs and miRNPs. The crosslinked sites are revealed by thymidine to cytidine transitions in the cDNAs prepared from immunopurified RNPs of 4-thiouridine-treated cells. We determined the binding sites and regulatory consequences for several intensely studied RBPs and miRNPs, including PUM2, QKI, IGF2BP1-3, AGO/EIF2C1-4 and TNRC6A-C. Our study revealed that these factors bind thousands of sites containing defined sequence motifs and have distinct preferences for exonic versus intronic or coding versus untranslated transcript regions. The precise mapping of binding sites across the transcriptome will be critical to the interpretation of the rapidly emerging data on genetic variation between individuals and how these variations contribute to complex genetic diseases.
LinkOut: [PMID: 20371350]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM545216 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / miR-124 transfection |
Location of target site | ENST00000264607.4 | 3UTR | CCUUCAAAAGCAUAAUGAACACUUUUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 20371350 / GSE21578 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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100 hsa-miR-605-3p Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
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Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
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MIRT061339 | WEE1 | WEE1 G2 checkpoint kinase | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT061584 | BTG2 | BTG anti-proliferation factor 2 | ![]() |
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2 | 6 | ||||||
MIRT076140 | WDR81 | WD repeat domain 81 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT079361 | CCDC137 | coiled-coil domain containing 137 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT079547 | VAMP3 | vesicle associated membrane protein 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT096242 | CANX | calnexin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT243877 | G3BP1 | G3BP stress granule assembly factor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT249186 | AKIRIN1 | akirin 1 | ![]() |
![]() |
2 | 8 | ||||||
MIRT273604 | SP1 | Sp1 transcription factor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT316766 | FOXC1 | forkhead box C1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT322410 | PPP2R2A | protein phosphatase 2 regulatory subunit Balpha | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT370117 | TRIB3 | tribbles pseudokinase 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT392725 | UBN2 | ubinuclein 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT406910 | PTBP1 | polypyrimidine tract binding protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT407440 | CTDSP1 | CTD small phosphatase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT441887 | RD3 | retinal degeneration 3 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT444979 | C15orf52 | chromosome 15 open reading frame 52 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT445241 | FOXD4 | forkhead box D4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT445500 | FOXD4L5 | forkhead box D4 like 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT445503 | FOXD4L4 | forkhead box D4 like 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT447025 | FOXD4L1 | forkhead box D4 like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT447743 | TMCC3 | transmembrane and coiled-coil domain family 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT448761 | HDX | highly divergent homeobox | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT450003 | HAX1 | HCLS1 associated protein X-1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT452830 | FAM131B | family with sequence similarity 131 member B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT452872 | LAX1 | lymphocyte transmembrane adaptor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT453506 | ARRB1 | arrestin beta 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT454169 | HIST1H2BK | histone cluster 1 H2B family member k | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT458742 | CES2 | carboxylesterase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT459166 | HSPA6 | heat shock protein family A (Hsp70) member 6 | ![]() |
![]() |
2 | 21 | ||||||
MIRT460246 | IL17RB | interleukin 17 receptor B | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT460514 | SDE2 | SDE2 telomere maintenance homolog | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT460698 | RNF157 | ring finger protein 157 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT461481 | METTL1 | methyltransferase like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT462617 | C20orf27 | chromosome 20 open reading frame 27 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT463233 | ZNF131 | zinc finger protein 131 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT465699 | TNPO2 | transportin 2 | ![]() |
![]() |
2 | 8 | ||||||
MIRT466304 | TIMM22 | translocase of inner mitochondrial membrane 22 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT468957 | RPS14 | ribosomal protein S14 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT469571 | RARA | retinoic acid receptor alpha | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT469685 | RAB5B | RAB5B, member RAS oncogene family | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT470800 | PMP22 | peripheral myelin protein 22 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT471649 | PANK2 | pantothenate kinase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT471722 | OTUB1 | OTU deubiquitinase, ubiquitin aldehyde binding 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT472281 | NFIB | nuclear factor I B | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT473680 | MAPKBP1 | mitogen-activated protein kinase binding protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT475859 | H6PD | hexose-6-phosphate dehydrogenase/glucose 1-dehydrogenase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT477326 | EPHA2 | EPH receptor A2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT477831 | DYRK3 | dual specificity tyrosine phosphorylation regulated kinase 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT478572 | CTNND1 | catenin delta 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT479634 | CD81 | CD81 molecule | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT481950 | ANKRD11 | ankyrin repeat domain 11 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT483696 | ZNF74 | zinc finger protein 74 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT488798 | MALT1 | MALT1 paracaspase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT489066 | STARD3 | StAR related lipid transfer domain containing 3 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT492533 | PSMD11 | proteasome 26S subunit, non-ATPase 11 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT492857 | NRARP | NOTCH regulated ankyrin repeat protein | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT496793 | BTRC | beta-transducin repeat containing E3 ubiquitin protein ligase | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT500122 | ZNF106 | zinc finger protein 106 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT505359 | TMEM167A | transmembrane protein 167A | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT506786 | KLHL15 | kelch like family member 15 | ![]() |
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2 | 6 | ||||||
MIRT510692 | SRM | spermidine synthase | ![]() |
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2 | 6 | ||||||
MIRT515841 | CEP104 | centrosomal protein 104 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT516448 | ADAMTS4 | ADAM metallopeptidase with thrombospondin type 1 motif 4 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT528855 | PKP1 | plakophilin 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT533848 | TET3 | tet methylcytosine dioxygenase 3 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT539025 | ATXN7L1 | ataxin 7 like 1 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT542872 | NR6A1 | nuclear receptor subfamily 6 group A member 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT546543 | SATB2 | SATB homeobox 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT554114 | SMARCE1 | SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily e, member 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT560569 | ZNF460 | zinc finger protein 460 | ![]() |
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MIRT560796 | EPM2AIP1 | EPM2A interacting protein 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT562836 | GCFC2 | GC-rich sequence DNA-binding factor 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT563109 | IFRD2 | interferon related developmental regulator 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT564177 | MRPL49 | mitochondrial ribosomal protein L49 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT564283 | ASB1 | ankyrin repeat and SOCS box containing 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT564350 | USP22 | ubiquitin specific peptidase 22 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT565279 | TNFRSF21 | TNF receptor superfamily member 21 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT565338 | TMEM104 | transmembrane protein 104 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT565905 | SCAMP2 | secretory carrier membrane protein 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT567108 | ITGB1 | integrin subunit beta 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT567601 | FANCF | Fanconi anemia complementation group F | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT567779 | DGAT2 | diacylglycerol O-acyltransferase 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT568075 | CENPQ | centromere protein Q | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT624304 | COL12A1 | collagen type XII alpha 1 chain | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT644395 | CDKL1 | cyclin dependent kinase like 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT661547 | ZNF674 | zinc finger protein 674 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT670949 | IRAK3 | interleukin 1 receptor associated kinase 3 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT672951 | AKAP5 | A-kinase anchoring protein 5 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT697426 | ZFP36 | ZFP36 ring finger protein | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT700793 | PIAS2 | protein inhibitor of activated STAT 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT702657 | ITGA3 | integrin subunit alpha 3 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT708945 | FZR1 | fizzy and cell division cycle 20 related 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT713657 | PLCE1 | phospholipase C epsilon 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT719239 | CYSLTR2 | cysteinyl leukotriene receptor 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT719951 | BLOC1S6 | biogenesis of lysosomal organelles complex 1 subunit 6 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT722048 | HLA-E | major histocompatibility complex, class I, E | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT722201 | URM1 | ubiquitin related modifier 1 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT724790 | C1D | C1D nuclear receptor corepressor | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT734347 | CYP2B6 | cytochrome P450 family 2 subfamily B member 6 | ![]() |
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miRNA-Drug Associations | ||||||||||||||||||
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miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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