pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-4491 |
Genomic Coordinates | chr11: 111347757 - 111347824 |
Description | Homo sapiens miR-4491 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-4491 | ||||||||||||||||||||||||
Sequence | 46| AAUGUGGACUGGUGUGACCAAA |67 | ||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | ||||||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | PTAR1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | protein prenyltransferase alpha subunit repeat containing 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001099666 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on PTAR1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of PTAR1 (miRNA target sites are highlighted) |
>PTAR1|NM_001099666|3'UTR 1 AAGAGGTGAATTAGTCCTACAAGGTTCCCCTTTTAGTGCAATATTGCTTTCTTTTATTATTTACATAGTTGCATGAACTG 81 TTTACTATTATTGGCTAACCATATGTTCTTCGTCTTTAGGTTGAAAGTCCATAGTAAATCTTTCATTTTATTTATTTTGT 161 TAATAACTGGCATTCCTGTGGGGATAAAATAATCGTATAGTTCCTTCCTGCTGAACAGCGAGTCTTAAATTTTCTGTTTA 241 ACTTCTCACCCTTTGTATTTCTATATGTGGGGCTTCTCATTTGGTTTTCCTGATTGGTTCACACACACACACCTCTACCC 321 CCCTCAGTCCAATTGCTGCATAGGCAAATTCTTTTAAAAATTAAAAATTTAAGGCCTAGGCAGGAGGATTGCCTGAGCCC 401 AGGACTTTGAGACCAACCTGGGCCACATAGCAAGACCCGATTTCTACAAAAAGTAAAACAAAATAGCTAGGCATGGTGCT 481 ATGCAACTGTGTTCCTAGCTATGCAGGAAGCTGAGGCAGAAGGATTGCTTGAGCCCCAGGTGTTTGTGGCTGTAGTGAGC 561 CATGATTGCACCACTGTACTCAGCCTGGGCAATAGAGTTGAGACCCTGTCTCTAAAACAAATTGAAAATAAACATTTATG 641 TTGCAGTTCAACTGAAGAATGTTGGTATGAATGCCGAATAACTTGATGTAATTGTTTTGAGAATCAAATGGCTAGATGGG 721 CGAATGTTTAAAAATGTAAACTAGTTCTCTTTCTCTAGCATGTTCTACCCAATTACCAAAGTCAGAAGTATTGGAATTTA 801 TATGAAAAAAATGCTTCCAATGTAATCCATTTTTTAAATGGTTATTTAAGAAAAAACTAACTTAAGAGTTTATGTAATTG 881 CAGTAAAGGAAAATTATTTTTATTGCTAGTTTTGATAGATTATTTTTACCTCAAATTTGGTATATGCCAAAACACATCAG 961 TCCTTATAAAATTGATTTTTTTTTCCTGAAAACCTGGAATGCCATTTTTAGCTATTACTACTTTTTAATTTCAAATTCAC 1041 TTATGACAAATGGGAGAAATATATAAAGAAATAGATCCATAAAAATATTCCTTTTTAAAAATCTAAATTATTGAGGATAC 1121 ACTATGGAAACTATAAAATTATCATGAAGTGACTGTTAAAGTTTACTGGCAAATGCCAAGGGAAGGAATAGTATGTGCAA 1201 AACAAAACACTTTGATACTGAACTTAATCAGGGATGAGGTACCAAAGTATCCACATTATAGCCGTATCTTATGTTTCCAA 1281 TAACAAGGGCTGAGTTTTTCAGGTAGGTGGGATGAGGGTGGGGAATGGGCCATGTAATGTCTGCTTTCTTATATTTGCCC 1361 TTTTGTAAGTGGTCTGTTTCTTCTTTTCATATACTTTGTTTTGCCAATCCATTACGTATTTTTTGTCACTTTTGTGTGTC 1441 ATTTTTGTATACCTTTCCTTTCTTACTTCAGGGGTGTGTCTTCAAGATTTCTACCCCCTATTTGCAATGAATTTCATACC 1521 TCATCTAAAATACATTCATATACCAGAAATATGAAGAGTGGCCCTTCTAAAAGTTTCCCTAATGATGGAAGCTGTCAGTT 1601 GTCCTATCTGTGCAGAATGTGAGTAATAGTGGCAGAAATAAGTGTGACAACAATGCTTTGCCTGTTGTTCTTTTTACTTG 1681 CTAGGTAATTTGTAAAGTGGGGATAAAGATGTAGGGAAAGTAAACCTCTCTCTCACTGTTACGGAAAGCCTGGACTTGAG 1761 TTAGGTAGACTGCCTTAAAGAAGAAGAAATATGTCCTTTTCTTTGGCATCATGGTTTTGTTGAGTGGCAGACTGTTGAAG 1841 TGAGTTGAGACTTAAGAACGCCAGAAAAGTTGTCTAGCCTGGCCCCAGTAGACAGAATTTGTTCTTCTCTCAAGTAAAAA 1921 ATTACCTTTTTATAGCTTTTATATTATTTAGATGAAAAAATACCATTATGAACATAATTCCATGGCCCTTTGTGTACAAA 2001 GCATATTTTGAATTAAATACCTCAAGGTCCACCTAGACCTCTATGGATAAAATCATAAGTTTATGATTTTTAGCTCCTGT 2081 GAGTGTTTGGGGGCAAACTACACAGAGAAGACATGGGTGGTTCAGCCCATTCCACTAAAATATGTTGCCAGATTCTGGCC 2161 TAACTCAGTATTACCTTTTTTCCTAAAAATCATTTTTCACATTTTGAGTAATAGGGCTTATGCTTTGATGTGAAAAAATG 2241 TCAGGAAATGAGTGTAGACAATACCCTATAAAACACTAGCTAAGTTTTATAGTGCTCCATGCCTTTGTGTACCTTCCACT 2321 GATTATCTTGCCTATCTTTGGTGTGTAAACTATTTTCATATCTTCTAAGGCTCTTAACCCACTCTTTTCTGAAGCCGCAC 2401 AGTCCTTTAATATGTCTTGTTTCCTTCCTAAAAGTTTAAAGTAGAGAGCAAAAATGCAAATACCCAAAGGATACTGTTAG 2481 TATGTAACTTTTGTGTGCTGCTTTATTTCTAGAGTTTGCATTTTTTAATTGTTCATTCACAGAAAATCCTAATATTGCCC 2561 TATATGGTTGGTTTTTTTCCTAAGTGGTTAATATTTAAACCCGCTAGCTGTAGCATGATAATGTCTTTGACTGAGCTTAT 2641 GTAGTAGAAAGGATGTGTCTGTTTTCTGGGACTTTTAGTCTTCACTTATTTTTCTATAACAATCTAATTGTTAAAAGGAA 2721 AAGATGGCTTATTGACACATATTTCATTAAACTTTCACTGGAAGAACAGTGGGTCATCCTACTGTGGATTAAGAATACTA 2801 CTGACAAGCAAAAAGCATTAAGCTCTGTAACTGTCTCCAACACCACCTTCACCCCGCCTTTAGTGTACCTTAGTGTACTT 2881 TAGTGTACCTATTTTGGCAGTACGGTGTTTTCCAGATTCTACTTGTGCCCTGCACATTGTGAGGACTCATTAAATATTTA 2961 TTAAATTAATGAATGACTAACAGGAAGAGAAAGATTGTTTGTGAGTGTTAAGAATGAGTGATGATTGAGAAATTGATGGA 3041 TTAGTGCAATGGATTGGGAATGAATGATGCTTTCTAGTTTCGTAATACTTGGGAAGAGCTATTGCATATAGAGTAAGTTG 3121 ATTTAGACTTTTTTTTTCTTCATTTCATTACCTTGTTTAAACTTGTTAAATCCCAGCCAAGAAATGCAGCTCTGTAATTG 3201 TCAATTAACTGTATTATAATATATATTAAAAATTTGTAGAGCTAAAGAACCCACTTGCATTAAGAACACCACTTTCTGTT 3281 CATTTGTGATACTAGAGGACAGATCCTGCATACAGAGCCGAAACTGCTTTTAATCATCTGAAGAAATTCTTTGATTTCAG 3361 TGACTTACTGATCTGTACCTGTGCACATATCATTTTATGCTTCTCCTTTTTTCCCCGCAACTTGAACTGTGACTCTTTCA 3441 GATATTTCTTAAATCTGTATGAGTCATTTTTTAAGCTTAGGGATTTGATATGTATTAATGTCCCCTTTGTCTTCTGTAGA 3521 TTTTAGCATTTTATTACCTCTTAAGAAACTCTGGGCCCAGACTTTCAGTCATATTTCTTATTCCTATGGTACAGTTCTCA 3601 CTTAAAGGCTTAATTATTAGTAGGGTTAAATATATACAGGTTATCTCTAAAAGTACTTAAATTTTTAAATAAGGGCTTAT 3681 GTGATACAAGATACGGAAACAAAAGTTTTTGGATTTTTATGCAGTAGTTTGCAGGAAAGCAAATACATAGTAGATCGTAT 3761 GCCACTTAGGTATGTTCAGGTCATGCCAGTTTATTCTTGTTGGGCCACACACACATGTATGTGTGTGTAAAAGGAATTTT 3841 TAGTATTGAAGCAAACAAATTGTCAGTTTAATAATTTTCTCTTACATAGCACAAGATGGCAGATACCACCTACTGTACAA 3921 CAATCTAATAATCCCTACCTTAGTTCCCCTGAGTTATAGAAGATGCTAAAGATTTAGTTGTAAAGGGAAGTAACATGATT 4001 TTTTTTTTCTAAAAAGCTGTTTTAAGCTAACTATTATTTTGCTACTGGAAAATTATATTTTAAAACTTACAGATATTTAA 4081 AGTATGCTAGAAAATTTGAACCTGATAACAACTGAACCTTTTGTCTTGAATAAATTTCTCAAATAGAACTGTGCAAACCC 4161 TAGCACTTTATGTGTTGCTGCCTCCCCATACCTAGGTATGCTCTGTAATAAGCTCCCATTTAATGGAGAGATGTGTGGAG 4241 GCACTGAGAAGTTAATGAAGAAAAATCAACCCTAAGAATTCCTTATTGTCACATAGTGTCTTTTAAAAAATAACTGTAGA 4321 GACTGTGTTAATTCGAGTGCCTTTCTTACTTTTTTGGGAGCAAGATTATATTTAATGTTTAAGAAAACAGGATGGAAGTT 4401 TTATCAAACAGTTGATTGTGGCCCATTGTTTTATTTATTCCCATCGCTAGGCATGGCCCCGTAGGGTATTTTATCCTTCA 4481 GTGAGAGACTGATATAAGCAGGCAGGATGCTTTGATTATTCCATTAGTTATCATTTTAAGCACCCTACCAAGATTTAGTT 4561 CTTTCTTTCTGGCAACTAACGTTTTGGGGGTTGGAGGCATCCCATTTAGAGGATGGTGTGTGCACAAATAGATTAGCCTG 4641 AAACCTGCGTCCAAAGGGAAACAGTGGCACTCTGCCCTAAAATAAAGGCCAGAACGTTGTCCTAAATGAATCCTTTGCCT 4721 TACTTTAGGACCTTCCTTCCCTCTCAAATTCAGGCATAATGTAATATAGTTGAAAGGGGGAAAACAGTACTTGCTTTCTC 4801 TCAGGTATTGGAGGAAAAGAAGTAAATGCGTAGATGAAATTTTAAATGTATCATTTTATCTGTTTGTATATGGAGAAGGG 4881 AGGGATAGGAATTCCATATTTCAAGATAGCAAATATAATTTCATAGAAATATATAGCTAAAGATTCCAAAGTGCTTTTAC 4961 AGAGAACTGTTGAATAATATATTCCTAAAGGGCAGCAATATGCCATGTTCATGGTGAAGACAGAAAACCAATGAATCAGT 5041 TGTGGATCTCAGGTGGGAGAGGAAACCTCAGGCTCCCAACTTTGACTTCTCTACTCTCACCAGGCCATGTTAACACTGTA 5121 AAACCAAACTCTTTGCTAAGAACAATACAGGGCAGTAGTTTAGTCTGCTGATGAAACCTTGTGCTTCCAAGAATATTAGC 5201 TATATATAATTTGTGCTTTCTGGATGATTCTATTGTCCAGAAAGCTAACCCTGACGTTACTTTTATTAGTCTGTTGTTAT 5281 TCCTCAGGGTGTAGAAGATTTAGTAAATTCAGGACAAATTTTATATTCAGTGGCAAAAAGAAAAGGCAAAAATATGCTAA 5361 ATATATTATTAGCTCTTAAATTTTAGTATAGATCGTATTTTTTATAAACTATTACCAGTACAGTAGCTAGTAGATATTCT 5441 GTGACTGCCTCATTGTTTATCTTGCTGCTTTGGTCCCTATGGCTCTAGTATGAACATTCTCGTGTCTTCTGTGGAAATGA 5521 TTTCTGTGTTATAGTTCCATCTTTGGTAGAGGTGGGGATGATTGTATTTTGTTTTAGTTGACATCATTCTCAACTTTTAG 5601 AAATACTGTTGAGGAAAATGATTACCGTTGGTTTTCAAATTGACAACTATTTTGCTTCCAAAGACTTCAGTTTCCCTTTG 5681 TTTTATGTGTAGACCTCATATATGTTCAACACATTGCATACTGCCTTGCACATTGTAGGAATTCAACAAGTCAAGAGTTG 5761 ATAAAAGCTAGAAAGATAAAACTAGCTTAGCTATCATATCATCATTGTCCATATTCTTAGCTTTGGGAAAAATATACCAT 5841 TTTGCATAAAATACATAATCAGTTTCAAATGCATAAGGCAAAGATATACAGTTGCACAACATTGCAAGTGAAATTTACAA 5921 AGGATTTTTATTTTTGTGTATGCTAAAAGTGCTCCTACTTAAAGCAGTTTTCTTTATTAGACCAACACCTTCCAGCAAAG 6001 TTAGAAACCAAACACAAGTGCTCATTTGCCCAAATTAACCAGATAGTTATGTAAACTGTTCATATTAAGTCTTTAGTGGT 6081 TTACAAACAATAACATTCTGGCTTTTCTTCCATACCTTTTAGGAATCAGCCTTAATTTTAAGTATAGCAGTCACTTTCCT 6161 CAAGGTACTATGCAGCATACTTTAGATTGCTTATTTATCATTATAAGGTGATAGGTAATAAATTTGAGGTTTACTTGTCA 6241 TATAATTTCATATGGCAGATATTGATTCAAGGAGCATTCTATTAGAAAAAGTTGATAAATTATCCTCCCTTACAAATATC 6321 ATCTTGCATTTGGAGCAGGTATTTTTTTCTTATTAGTTAAAGACTGGGTACAGTTATAGTAGATGCTCAATAAATGCTTA 6401 GTCAGTGATTGATCTAACATCAAACTAACAGCTTTCAGAAAGGAGACTGTTGACATCTTTTCACCAAGGAGTATATTTGT 6481 AGAGTAATATATGTGTGGAATTTTGAAATTATATCATTTGACATGATTTATGAGGCTTATTTAAGCTGGAGTTAGTAACG 6561 TAATAGAAGTATTATTTATACAGAACATAGTTGAAAGATAGGAGATGTGAAAGATTAAGTAGTATTTTCTTGTGCAAGGC 6641 ATATTAATAAATGTAATTAAATGTCTTAATAAGCAGCTGGCTGAACTCTAGAGAGAACTGCTGTAGTCTTCTGCAATCAG 6721 TCTCTGTATTGGTATATCCAGTACTATCGGGTTTAGGTTCTTTTTATTTTTCCTTAAATCTTACTTGTTTCTAGCGTCTT 6801 AAGAGTGGTAATGGTAAAATGTGAAGTTACAATAAACTTCTGCTTGTTTTCTCAGAACATCTTTGGCATGAGGAAGAACT 6881 TTTTGTGAATGATACAGTAGTCTCAGCATCTGTTAATTTGTGGTTTTCAAAGCATTTTTGACAGAGTTTACCTAATGTAA 6961 AAAGATTAAACAGTTTTATAAAACACAAATAAACATTCCTACCTGAACTGTGAGGAACAGAGTGTATAGTACAAATGTAA 7041 TTAGGCATTGCCTCCTGGCGAGGTTCTTGATGCATGACTTCGATGCTGGCTGCTGACTGAGGTGACCACTGTCAGTATTG 7121 TACTTTGGCATATGTTGTTTTTAGGAAAATAATGGAATGCATTCTTAGATTAACTTACTGTTTTTGAGTTGGAAAAAATA 7201 AAAGATGAGGTATTATAAGTATGCCAAATATTTATACACTACAAAAGATTAAAAAAGGAGAGGGAGAAAAAAAAAGGCCA 7281 GTTATGATTTTAATAGCGTCTAATTTTTTTTTGACTCGAATTTTGTGGACACTAGTCAATTGCATAATTTAACATGGAGG 7361 AGCTTTCATTTAAAAGAAGTTCTCAGCTACTATATTCTGCCATTAAAATTAACCATGCCTGTTAATTTTACATTGCTTGA 7441 AGATATAAGTAAGCTGCCGTCAATATTGTTTTAAGATTTTCTTATAGTTTATGTTTAAATGGAAAAGTTACATATATAAT 7521 CTATGGTGCAGGGTCAGGCATTGGCCATTAAAGATAAGTTTGGCTAACTATTTTACTGAAGAGACTAATGGTCTTCCCTC 7601 TGTTGTACTGCTATGTTTCTTGATCTGTTTTTCCCCAATGTAACAGTCTACATTGAAGTCCTTTAGCTCTCTCCATATAC 7681 TAATTGACATTTGTTAAGGATTCAATATTTTGTGAATTCTTTTTACCCTTAAAATGCATATCTTTCAGAGAGATAAGAAT 7761 GAATTTTGCAATAATTTATATGCAGAGTGTGCTTATGGGTTTCTGGGAGTTCAAGTTAGTACCCCAGAGTGCTTAAAAGT 7841 ATGATGCTAAATTCTAAGGCTAATGTAATGACTGTAGATTATCTATGTCCACATTGTTCAACAGAAATATAATGTGAACC 7921 ACAACATAATTTTTAATTTTCTAGTAGCCATATTAAAAAAGAAACAAGCAAAATTAATTTTAATAACAGTTTATGTAACC 8001 CAGTATATTAAAAATATCATTTCAACATGTAATCAATATAAAAGATTATTAATGAAACACCTTATCTTCTTTTTCTTCCA 8081 TACTAAGTCTTAGATTTGAGTGTATTTTGCACTCACAGCACATCTCAATTCTGACTGGCCACATTTTAAGTGCTCAGTAG 8161 TCACATATGGCTAAGGGCTACTATACTGGACAGTACAGATTCATAGAGTATAAAATATGACTTTAACTTTGGAGATGGTG 8241 AGGTAGGCCTGTAATTATGGTACTTTAAAAATTCAGAATATTTAGAAAAGCATCTAATAGAATTATCCACTTGTTTTCCT 8321 TCATCTTCATTTTAATATGTTCTAGAAGTAGGATCAGCCTGTTCCAATTTGCCAAGCATTATTAAGGAGGAATAATTCCA 8401 TACCATGTAAAATACCATGATATGCTGATTATACTACATTAACAAATTTTTAAGTTGCGTTCACTAAATTCTGTCCTGTT 8481 TCTTCAAAATAATATAGCTTAAATTGCATGTTAATTGTATATCTTACCTATTTTGTTTTTATATTATTCTTACAATATAA 8561 TCATGTATATTAACAAACAGCCCTGGGATTCTAATCTTCCTCTGCAACTGTCTTCCAGGACTTACTGGCACTTATTACAC 8641 TGTGATAAGTGGCAGAAAAGTAGAATGAAATATTCTTTTTCCATTAGATTTGTTCTTATGTGACCATGTACCAAGCCAGC 8721 TATAAAGTATTGTATTTCTGTAGAATATGGAAAATAGTATTTGTCTTACCTTTGCTAAATGTTTGCAATTTCTAAGTAAA 8801 CCTTTTATCTCCTAAAATGAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | HEK293 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
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PAR-CLIP data was present in GSM545216. RNA binding protein: AGO2. Condition:miR-124 transfection
... - Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al., 2010, Cell. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al. - Cell, 2010
RNA transcripts are subject to posttranscriptional gene regulation involving hundreds of RNA-binding proteins (RBPs) and microRNA-containing ribonucleoprotein complexes (miRNPs) expressed in a cell-type dependent fashion. We developed a cell-based crosslinking approach to determine at high resolution and transcriptome-wide the binding sites of cellular RBPs and miRNPs. The crosslinked sites are revealed by thymidine to cytidine transitions in the cDNAs prepared from immunopurified RNPs of 4-thiouridine-treated cells. We determined the binding sites and regulatory consequences for several intensely studied RBPs and miRNPs, including PUM2, QKI, IGF2BP1-3, AGO/EIF2C1-4 and TNRC6A-C. Our study revealed that these factors bind thousands of sites containing defined sequence motifs and have distinct preferences for exonic versus intronic or coding versus untranslated transcript regions. The precise mapping of binding sites across the transcriptome will be critical to the interpretation of the rapidly emerging data on genetic variation between individuals and how these variations contribute to complex genetic diseases.
LinkOut: [PMID: 20371350]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM545216 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / miR-124 transfection |
Location of target site | ENST00000377200.5 | 3UTR | UAUCCACAUUAUAGCCGUAUCU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 20371350 / GSE21578 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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67 hsa-miR-4491 Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
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Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
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MIRT056779 | ARID5B | AT-rich interaction domain 5B | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT061577 | BTG2 | BTG anti-proliferation factor 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT063828 | SRP9 | signal recognition particle 9 | ![]() |
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2 | 4 | ||||||
MIRT102306 | DNAJB9 | DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member B9 | ![]() |
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2 | 10 | ||||||
MIRT186634 | COX20 | COX20, cytochrome c oxidase assembly factor | ![]() |
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2 | 8 | ||||||
MIRT191243 | STYX | serine/threonine/tyrosine interacting protein | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT195908 | SRSF11 | serine and arginine rich splicing factor 11 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT240343 | UBXN2B | UBX domain protein 2B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT271178 | PTPN14 | protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 14 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT286219 | TMEM97 | transmembrane protein 97 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT314182 | OCLN | occludin | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT323938 | AKAP2 | A-kinase anchoring protein 2 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT323940 | PALM2-AKAP2 | PALM2-AKAP2 readthrough | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT340113 | TXLNA | taxilin alpha | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT450333 | LRWD1 | leucine rich repeats and WD repeat domain containing 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT451283 | ZNF101 | zinc finger protein 101 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT451879 | SOD2 | superoxide dismutase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 8 | ||||||
MIRT453577 | CRCP | CGRP receptor component | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT454366 | ASAH2 | N-acylsphingosine amidohydrolase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT454797 | STOML3 | stomatin like 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT459801 | POTED | POTE ankyrin domain family member D | ![]() |
![]() |
2 | 10 | ||||||
MIRT460911 | POLQ | DNA polymerase theta | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT468082 | SHOC2 | SHOC2, leucine rich repeat scaffold protein | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT470281 | PRKAA1 | protein kinase AMP-activated catalytic subunit alpha 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT471876 | NUFIP2 | NUFIP2, FMR1 interacting protein 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT476147 | GPR137C | G protein-coupled receptor 137C | ![]() |
![]() |
2 | 8 | ||||||
MIRT478056 | DNAJC10 | DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member C10 | ![]() |
![]() |
2 | 10 | ||||||
MIRT501054 | SMCR8 | Smith-Magenis syndrome chromosome region, candidate 8 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT501732 | OVOL1 | ovo like transcriptional repressor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT502214 | HSPB8 | heat shock protein family B (small) member 8 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT505243 | UBE2D3 | ubiquitin conjugating enzyme E2 D3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT505957 | RAN | RAN, member RAS oncogene family | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT507996 | BCL2L13 | BCL2 like 13 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT510433 | ZNF207 | zinc finger protein 207 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT510827 | SBNO1 | strawberry notch homolog 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT511493 | HNRNPA0 | heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A0 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT512129 | CREBL2 | cAMP responsive element binding protein like 2 | ![]() |
![]() |
2 | 8 | ||||||
MIRT514512 | SHISA9 | shisa family member 9 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT516482 | RAB32 | RAB32, member RAS oncogene family | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT519514 | RBM22 | RNA binding motif protein 22 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT523367 | GTF2A1 | general transcription factor IIA subunit 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT524217 | DDI2 | DNA damage inducible 1 homolog 2 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT524649 | C4orf32 | family with sequence similarity 241 member A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT528297 | ZNF76 | zinc finger protein 76 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT528577 | ITGB3BP | integrin subunit beta 3 binding protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT530458 | SULT1B1 | sulfotransferase family 1B member 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT535774 | MYCN | MYCN proto-oncogene, bHLH transcription factor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT544239 | CCBL2 | kynurenine aminotransferase 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT546733 | RNF217 | ring finger protein 217 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT550360 | INCENP | inner centromere protein | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT553343 | TRPC3 | transient receptor potential cation channel subfamily C member 3 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT556629 | LAPTM4A | lysosomal protein transmembrane 4 alpha | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT558006 | FAM122B | family with sequence similarity 122B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT558994 | CA8 | carbonic anhydrase 8 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT560418 | ENTPD1 | ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT565717 | SESN3 | sestrin 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT566271 | PTAR1 | protein prenyltransferase alpha subunit repeat containing 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT568161 | CCDC6 | coiled-coil domain containing 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT569753 | C2orf71 | chromosome 2 open reading frame 71 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT573959 | FIGNL1 | fidgetin like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT574530 | PEG10 | paternally expressed 10 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT609453 | CCDC149 | coiled-coil domain containing 149 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT614047 | THBS2 | thrombospondin 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT628418 | ATMIN | ATM interactor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT689556 | XPO6 | exportin 6 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT725598 | CDH7 | cadherin 7 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT735561 | TRIM7 | tripartite motif containing 7 | ![]() |
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