pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-6515 |
Genomic Coordinates | chr19: 12940484 - 12940540 |
Description | Homo sapiens miR-6515 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-6515-3p | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 38| UCUCUUCAUCUACCCCCCAG |57 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | PEG10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | EDR, HB-1, MEF3L, Mar2, Mart2, RGAG3, RTL2, SIRH1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | paternally expressed 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001040152 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_001172437 , NM_001172438 , NM_001184961 , NM_001184962 , NM_015068 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on PEG10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of PEG10 (miRNA target sites are highlighted) |
>PEG10|NM_001040152|3'UTR 1 AGGGACCTTCAGCGACCGGGCCAGAAATAATAAGGTCCCCACAAGATGATGCCTCATCTCCACACTTGCAAGTGATGCTC 81 CAGATTCATCTTCCGGGCAGACACACCCTGTTCGTCCGAGCCATGATCGATTCTGGTGCTTCTGGCAACTTCATTGATCA 161 CGAATATGTTGCTCAAAATGGAATTCCTCTAAGAATCAAGGACTGGCCAATACTTGTGGAAGCAATTGATGGGCGCCCCA 241 TAGCATCGGGCCCAGTTGTCCACGAAACTCACGACCTGATAGTTGACCTGGGAGATCACCGAGAGGTGCTGTCATTTGAT 321 GTGACTCAGTCTCCATTCTTCCCTGTCGTCCTAGGGGTTCGCTGGCTGAGCACACATGATCCCAATATCACATGGAGCAC 401 TCGATCTATCGTCTTTGATTCTGAATACTGCCGCTACCACTGCCGGATGTATTCTCCAATACCACCATCGCTCCCACCAC 481 CAGCACCACAACCGCCACTCTATTATCCAGTAGATGGATACAGAGTTTACCAACCAGTGAGGTATTACTATGTCCAGAAT 561 GTGTACACTCCAGTAGATGAGCACGTCTACCCAGATCACCGCCTGGTTGACCCTCACATAGAAATGATACCTGGAGCACA 641 CAGTATTCCCAGTGGACATGTGTATTCACTGTCCGAACCTGAAATGGCAGCTCTTCGAGATTTTGTGGCAAGAAATGTAA 721 AAGATGGGCTAATTACTCCAACGATTGCACCTAATGGAGCCCAAGTTCTCCAGGTGAAGAGGGGGTGGAAACTGCAAGTT 801 TCTTATGATTGCCGAGCTCCAAACAATTTTACTATCCAGAATCAGTATCCTCGCCTATCTATTCCAAATTTAGAAGACCA 881 AGCACACCTGGCAACGTACACTGAATTCGTACCTCAAATACCTGGATACCAAACATACCCCACATATGCCGCGTACCCGA 961 CCTACCCAGTAGGATTCGCCTGGTACCCAGTGGGACGAGACGGACAAGGAAGATCACTATATGTACCTGTGATGATCACT 1041 TGGAATCCACACTGGTACCGCCAGCCTCCGGTACCACAGTACCCGCCGCCACAGCCGCCGCCTCCACCACCACCACCGCC 1121 GCCGCCTCCATCTTACAGTACCCTGTAAATACCTGTCATGTCCTTCAGGATCTCTGCCCTCAAAATTTATTCCTGTTCAG 1201 CTTCTCAATCAGTGACTGTGTGCTAAATTTTAGGCTACTGTATCTTCAGGCCACCTGAGGCACATCCTCTCTGAAACGGC 1281 TATGGAAGGTTAGGGCCACTCTGGACTGGCACACATCCTAAAGCACCAAAAGACCTTCAACATTTTCTGAGAGCAACAGA 1361 GTATTTGCCAATAAATGATCTCTCATTTTTCCACCTTGACTGCCAATCTAACTAAAATAATTAATAAGTTTACTTTCCAG 1441 CCAGTCCTGGAAGTCTGGGTTTTACCTGCCAAAACCTCCATCACCATCTAAATTATAGGCTGCCAAATTTGCTGTTTAAC 1521 ATTTACAGAGAAGCTGATACAAACGCAGGAAATGCTGATTTCTTTATGGAGGGGGAGACGAGGAGGAGGAGGACATGACT 1601 TTTCTTGCGGTTTCGGTACCCTCTTTTTAAATCACTGGAGGACTGAGGCCTTATTAAGGAAGCCAAAATTATCGGTGCAG 1681 TGTGGAAAGGCTTCCGTGATCCTCTCGCTGCACCCTTAGAAACTTCACCGTCTTCAAACTCCATTTCCATGGTTCTGTTA 1761 ATTCTCAAGGAGCAGCAACTCGACTGGTTCTCCCAGGAGCAGGAAAAACCCTTGTGACATGAAACATCTCAGGCCTGAAA 1841 AGAAAGTGCTCTCTCAGATGGACTCTTGCATGTTAAGACTATGTCTTCACATCATGGTGCAAATCACATGTACCCAATGA 1921 CTCCGGCTTTGACACAACACCTTACCATCATCATGCCATGATGGCTTCCACAAAGCATTAAACCTGGTAACCAGAGATTA 2001 CTGGTGGCTCCAGCGTTGTTAGATGTTCATGAAATGTGACCACCTCTCAATCACCTTTGAGGGCTAAAGAGTAGCACATC 2081 AAAAGGACTCCAAAATCCCATACCCAACTCTTAAGAGATTTGTCCTGGTACTTCAGAAAGAATTTTCATGAGTGTTCTTA 2161 ATTGGCTGGAAAAGCACCAGCTGACGTTTTGGAAGAATCTATCCATGTGTCTGCCTCCATATGCATCTGGGCATTTCATC 2241 TTCAGTCCCCTCATTAGACTGTAGCATTAGGATGTGTGGAGAGAGGAGAAATGATTTAGCACCCAGATTCACACTCCTAT 2321 GCCTGGAAGGGGGACATCTTTGAAGAAGAGGAATTAGGGCTGTGGACACTGTCTTGAGGATGTGGACTTCCTTAGTGAGC 2401 TCCACATTACTTGATGGTAACCACTTCAAAAGGATCAGAATCCACGTAATGAAAAAGGTCCCTCTAGAGGATGGAGCTGA 2481 TGTGAAGCTGCCAATGGATGAAAAGCCTCAGAAAGCAACTCAAAGGACTCAAAGCAACGGACAACACAAGAGTTGTCTTC 2561 AGCCCAGTGACACCTCTGATGTCCCCTGGAAGCTTTGTGCTAACCTGGGACTGCCTGACTTCCTTTAGCCTGGTCCCTTG 2641 CTACTACCTTGAACTGTTTTATCTAACCTCTCTTTTTCTGTTTAATTCTTTGCTACTGCCATTGACCCTGCTGCAGGATT 2721 TGTGTCATTTTCCTGCCTGGTTGCTGAGACTCCATTTTGCTGCCACACACAGAGATGTAAGAGGCAGGCTTTAATTGCCA 2801 AAGCACAGTTTGAGCAGTAGAAAACAACATGGTGTATATCTCAAATTGCCTGACATGAAGAGGAGTCTAACGGTGAAGTT 2881 TCACTTTTCATCAGCATCATCTTTCACATGTTCATTATCATCTGCTCTTATTCTTGCATGTTTAAACACTTAAAATTTTT 2961 AGTATAATTTTTAGTGTGTTTTGAAGTGGTGACTAGGCTTTCAAAAACTTCCATTGAATTACAAAGCACTATCCAGTTCT 3041 TATTGTTAAACTAAGTAAAAATGATAAGTAACATAGTGTAAAATATTCCTTTACTGTGAACTTCTTACAATGCTGTGAAT 3121 GAGAGGCTCCTCAGAACTGGAGCATTTGTATAATAATTCATCCTGTTCATCTTCAATTTTAACATCATATATAATTTCAA 3201 TTCTATCAATTGGGCCTTTAAAAATCATATAAAAGGATATAAAATTTGAAAAGAGAAACCTAATTGGCTATTTAATCCAA 3281 AACAACTTTTTTTTTCCTTCAATGGAATCAGAAAGCTTGTCAATCACTCATGTGTTTTAGAGTAATTACTTTTAAAATGG 3361 TGCATTTGTGCTTCTGAACTATTTTGAAGAGTCACTTCTGTTTACCTCAAGTATCAATTCATCCTCCATACATTTGAATT 3441 CAAGTTGTTTTTTTGTCAAATTTACAGTTGTCAATTGATCTTCAAGCTGCAGGGTGCCTAGAAATGGGCCGTTGTCTGTA 3521 GCCCTGGCATGTGCACACGGACATTTGCCACCACTGCAAGCAAAAGTCTGGAGAAGTTCACCAACGACAAGAACGATTAG 3601 GGAAAATATGCTGCTGTGGGTTAACAACTCAGAAAGTCCCTGATCCACATTTGGCTGTTTACTAAAGCTTGTGATTAACT 3681 TTTTGGCAGTGTGTACTATGCTCTATTGCTATATATGCTATCTATAAATGTAGATGTTAAGGATAAGTAATTCTAAATTT 3761 ATTATTCTATAGTTTTGAAGTTTGGTTAAGTTTCCTTTCACTCAATTGATTTATTTTGTTGTTAATCAAATTTATGTTAA 3841 TTGGATCCTTTAAATTTTTTTTGGCATTTTCCAACAAAAATGGCTTTATTCATAAGAAAGGAAAAAAATCAATGGAATTT 3921 GATATCTAAAGAAGTTAGAAAGGGAGCAAAATAAAAAACATAAAGGAGATAGATGAATTAGTAAGCAAATCAGTAGTCGA 4001 GTTTTTCAAACTGGCAAAATTAATTAATTGACTTTTAGCCCAAATTTACATTGTTAATTAAATCAAGAAGGAAGAAGATC 4081 TAAGAGCTCCCATTGATAGGCAAGCCTAGAGAGAACTAGCTAAATTTATCATGCTAGGATATTGAAACACAGAAAGTTTA 4161 CATACATTTATGAAGGGTCAATTTAGTTTGGACAGTGAGGTATTTGTCTTAGTGGAAAAAAGGAGAATTAGTCTGATCAA 4241 ATCGTGAAGTAATACAGTGAACTTGCAGGTGCACAAAATAAGAGGGCCACATCTATATGGTGCAGTCTGGAATTCTGTTT 4321 AAGTTTGTAGGTACCTCTTGGACTTCTGAATTGATCCAGTTGTCATCCACCACAGACATCTCACATCAGATACAGACAGT 4401 TCCAAGATTGACAACAGAGAACAACCTGCTGGAAAGACCTGGGCAGAAATGGAGAGCCCTGCGGGAACCATGCTACATTT 4481 TCATCTAAAGAGAGAATGCACATCTGATGAGACTGAAAGTTCTTTGTTGTTTTAGATTGTAGAATGGTATTGAATTGGTC 4561 TGTGGAAAATTGCATTGCTTTTATTTCTTTGTGTAATCAAGTTTAAGTAATAGGGGATATATAATCATAAGCATTTTAGG 4641 GTGGGAGGGACTATTAAGTAATTTTAAGTGGGTGGGGTTATTTAGAATGTTAGAATAATATTATGTATTAGATATCGCTA 4721 TAAGTGGACATGCGTACTTACTTGTAACCCTTTACCCTATAATTGCTATCCTTAAAGATTTCAAATAAACTCGGAGGGAA 4801 CTGCAGGGAGACCAACTTATTTAGAGCGAATTGGACATGGATAAAAACCCCAGTGGGAGAAAGTTCAAAGGTGATTAGAT 4881 TAATAATTTAATAGAGGATGAGTGACCTCTGATAAATTACTGCTAGAATGAACTTGTCAATGATGGATGGTAAATTTTCA 4961 TGGAAGTTATAAAAGTGATAAATAAAAACCCTTGCTTTTACCCCTGTCAGTAGCCCTCCTCCTACCACTGAACCCCATTG 5041 CCCCTACCCCTCCTTCTAACTTTATTGCTGTATTCTCTTCACTCTATATTTCTCTCTATTTGCTAATATTGCATTGCTGT 5121 TACAATAAAAATTCAATAAAGATTTAGTGGTTAAGTGCAAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | HEK293 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
PAR-CLIP data was present in GSM545216. RNA binding protein: AGO2. Condition:miR-124 transfection
... - Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al., 2010, Cell. |
Article |
- Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al. - Cell, 2010
RNA transcripts are subject to posttranscriptional gene regulation involving hundreds of RNA-binding proteins (RBPs) and microRNA-containing ribonucleoprotein complexes (miRNPs) expressed in a cell-type dependent fashion. We developed a cell-based crosslinking approach to determine at high resolution and transcriptome-wide the binding sites of cellular RBPs and miRNPs. The crosslinked sites are revealed by thymidine to cytidine transitions in the cDNAs prepared from immunopurified RNPs of 4-thiouridine-treated cells. We determined the binding sites and regulatory consequences for several intensely studied RBPs and miRNPs, including PUM2, QKI, IGF2BP1-3, AGO/EIF2C1-4 and TNRC6A-C. Our study revealed that these factors bind thousands of sites containing defined sequence motifs and have distinct preferences for exonic versus intronic or coding versus untranslated transcript regions. The precise mapping of binding sites across the transcriptome will be critical to the interpretation of the rapidly emerging data on genetic variation between individuals and how these variations contribute to complex genetic diseases.
LinkOut: [PMID: 20371350]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM545216 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / miR-124 transfection |
Location of target site | ENST00000482108.1 | 3UTR | AAGAGUCACUUCUGUUUACCUCAAGUAUCAAUUCAUCCUCCAUACAUUUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 20371350 / GSE21578 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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181 hsa-miR-6515-3p Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT059268 | CELF1 | CUGBP Elav-like family member 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT063207 | ADIPOR2 | adiponectin receptor 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT118973 | SOWAHC | sosondowah ankyrin repeat domain family member C | 2 | 2 | ||||||||
MIRT234292 | PIP4K2B | phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase type 2 beta | 2 | 2 | ||||||||
MIRT305089 | SRPRB | SRP receptor beta subunit | 2 | 4 | ||||||||
MIRT316916 | ATXN1 | ataxin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT320191 | ITGB8 | integrin subunit beta 8 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT366351 | SCML2 | Scm polycomb group protein like 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443924 | ZNF99 | zinc finger protein 99 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT445622 | CLIC4 | chloride intracellular channel 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT447378 | AGPAT5 | 1-acylglycerol-3-phosphate O-acyltransferase 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT463191 | ZNF275 | zinc finger protein 275 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT472656 | NAA25 | N(alpha)-acetyltransferase 25, NatB auxiliary subunit | 2 | 4 | ||||||||
MIRT478997 | COLGALT1 | collagen beta(1-O)galactosyltransferase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT497221 | MORC2 | MORC family CW-type zinc finger 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT498343 | PRELID2 | PRELI domain containing 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT498362 | PRMT3 | protein arginine methyltransferase 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT501097 | SLC5A6 | solute carrier family 5 member 6 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT505086 | ZBTB18 | zinc finger and BTB domain containing 18 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT507527 | DSTN | destrin, actin depolymerizing factor | 2 | 4 | ||||||||
MIRT525793 | SOD2 | superoxide dismutase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT544401 | ZSCAN12 | zinc finger and SCAN domain containing 12 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT558808 | CDK6 | cyclin dependent kinase 6 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT559126 | C11orf57 | chromosome 11 open reading frame 57 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT566474 | PEG10 | paternally expressed 10 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT607261 | GRAMD1B | GRAM domain containing 1B | 2 | 4 | ||||||||
MIRT609251 | LIN52 | lin-52 DREAM MuvB core complex component | 2 | 2 | ||||||||
MIRT610065 | MYBPC1 | myosin binding protein C, slow type | 2 | 2 | ||||||||
MIRT610135 | FOXI2 | forkhead box I2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT610280 | PLCXD3 | phosphatidylinositol specific phospholipase C X domain containing 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT611285 | PAGR1 | PAXIP1 associated glutamate rich protein 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT611353 | KIAA2018 | upstream transcription factor family member 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT611812 | FCRL4 | Fc receptor like 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT611898 | TRPC3 | transient receptor potential cation channel subfamily C member 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT612749 | MYOCD | myocardin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT614180 | FAM53B | family with sequence similarity 53 member B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT614825 | PVRL4 | nectin cell adhesion molecule 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT616702 | UBXN2A | UBX domain protein 2A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT616970 | HMGB1 | high mobility group box 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT616992 | COL19A1 | collagen type XIX alpha 1 chain | 2 | 2 | ||||||||
MIRT617132 | ZNF556 | zinc finger protein 556 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT617595 | NUDT5 | nudix hydrolase 5 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT617997 | KSR2 | kinase suppressor of ras 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT619451 | NUP214 | nucleoporin 214 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT619507 | TXLNB | taxilin beta | 2 | 2 | ||||||||
MIRT619547 | GABRG2 | gamma-aminobutyric acid type A receptor gamma2 subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT619719 | FCF1 | FCF1, rRNA-processing protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT619806 | CDC42EP4 | CDC42 effector protein 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT619939 | C8orf33 | chromosome 8 open reading frame 33 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT620456 | CENPN | centromere protein N | 2 | 2 | ||||||||
MIRT621054 | DGKD | diacylglycerol kinase delta | 2 | 2 | ||||||||
MIRT622730 | PITPNM3 | PITPNM family member 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT623010 | ONECUT3 | one cut homeobox 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT623432 | KIAA1161 | myogenesis regulating glycosidase (putative) | 2 | 2 | ||||||||
MIRT624379 | CDH4 | cadherin 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT624493 | CABP4 | calcium binding protein 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT625740 | MTSS1 | MTSS1, I-BAR domain containing | 2 | 2 | ||||||||
MIRT627048 | HOXA13 | homeobox A13 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT630857 | ENTPD5 | ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT632232 | VTA1 | vesicle trafficking 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT632978 | E2F2 | E2F transcription factor 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT635721 | CCL16 | C-C motif chemokine ligand 16 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT636489 | GRIN2B | glutamate ionotropic receptor NMDA type subunit 2B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT637743 | POLR3K | RNA polymerase III subunit K | 2 | 2 | ||||||||
MIRT639610 | SLC25A32 | solute carrier family 25 member 32 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT639878 | STC1 | stanniocalcin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT640507 | ANTXR1 | anthrax toxin receptor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT640910 | RAB13 | RAB13, member RAS oncogene family | 2 | 2 | ||||||||
MIRT641864 | STOML1 | stomatin like 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT641989 | OXSR1 | oxidative stress responsive 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT642897 | CASP1 | caspase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT643210 | TYW3 | tRNA-yW synthesizing protein 3 homolog | 2 | 4 | ||||||||
MIRT643970 | FHL2 | four and a half LIM domains 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT644517 | TADA2A | transcriptional adaptor 2A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT644564 | SPOP | speckle type BTB/POZ protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT644738 | CCDC174 | coiled-coil domain containing 174 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT645518 | ZWINT | ZW10 interacting kinetochore protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT645597 | MRPS15 | mitochondrial ribosomal protein S15 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT646262 | IBA57 | IBA57 homolog, iron-sulfur cluster assembly | 2 | 2 | ||||||||
MIRT646467 | PRDM10 | PR/SET domain 10 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT646623 | CENPL | centromere protein L | 2 | 2 | ||||||||
MIRT646797 | EVC2 | EvC ciliary complex subunit 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT647188 | ANKRD45 | ankyrin repeat domain 45 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT647254 | PTGDR2 | prostaglandin D2 receptor 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT647895 | EPN2 | epsin 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT648129 | SEMA3E | semaphorin 3E | 2 | 4 | ||||||||
MIRT648133 | JAGN1 | jagunal homolog 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT648361 | AKIP1 | A-kinase interacting protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT648574 | CAPN13 | calpain 13 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT648622 | CYB561A3 | cytochrome b561 family member A3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT649441 | HIBADH | 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT649456 | WDR70 | WD repeat domain 70 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT649479 | CLDN16 | claudin 16 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT649552 | FAM20B | FAM20B, glycosaminoglycan xylosylkinase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT650060 | CCDC134 | coiled-coil domain containing 134 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT650272 | KLF2 | Kruppel like factor 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT650290 | PYCARD | PYD and CARD domain containing | 2 | 2 | ||||||||
MIRT651327 | ZCCHC2 | zinc finger CCHC-type containing 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT652194 | TRIM39 | tripartite motif containing 39 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT652284 | TNS4 | tensin 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT652386 | TMEM55A | phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 4-phosphatase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT652702 | THBS2 | thrombospondin 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT652782 | TEAD1 | TEA domain transcription factor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT653087 | SSR3 | signal sequence receptor subunit 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT653836 | SHISA9 | shisa family member 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT654147 | RPAP2 | RNA polymerase II associated protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT655016 | PLA2G16 | phospholipase A2 group XVI | 2 | 2 | ||||||||
MIRT655065 | PKIA | cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha | 2 | 2 | ||||||||
MIRT655217 | PFKM | phosphofructokinase, muscle | 2 | 2 | ||||||||
MIRT655267 | PER2 | period circadian clock 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT655772 | NPTX1 | neuronal pentraxin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT655791 | NOVA2 | NOVA alternative splicing regulator 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT656556 | LZIC | leucine zipper and CTNNBIP1 domain containing | 2 | 2 | ||||||||
MIRT656831 | KLF8 | Kruppel like factor 8 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT656887 | KIF1C | kinesin family member 1C | 2 | 2 | ||||||||
MIRT657295 | HOXB5 | homeobox B5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT657346 | HNRNPC | heterogeneous nuclear ribonucleoprotein C (C1/C2) | 2 | 2 | ||||||||
MIRT657967 | GAPVD1 | GTPase activating protein and VPS9 domains 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT658082 | FOXR2 | forkhead box R2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT658133 | FMN1 | formin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT658163 | FCHSD1 | FCH and double SH3 domains 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT658787 | EIF2B2 | eukaryotic translation initiation factor 2B subunit beta | 2 | 2 | ||||||||
MIRT658928 | DPY19L1 | dpy-19 like C-mannosyltransferase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT659989 | C2CD2L | C2CD2 like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT660012 | C1orf115 | chromosome 1 open reading frame 115 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT660295 | BICC1 | BicC family RNA binding protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT662571 | IL2RA | interleukin 2 receptor subunit alpha | 2 | 2 | ||||||||
MIRT664406 | AQP3 | aquaporin 3 (Gill blood group) | 2 | 2 | ||||||||
MIRT667402 | MIB1 | mindbomb E3 ubiquitin protein ligase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT667621 | LIMCH1 | LIM and calponin homology domains 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT668421 | FAM217B | family with sequence similarity 217 member B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT668524 | ESRRG | estrogen related receptor gamma | 2 | 2 | ||||||||
MIRT668680 | DR1 | down-regulator of transcription 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT695383 | NSA2 | NSA2, ribosome biogenesis homolog | 2 | 2 | ||||||||
MIRT702511 | KDELR1 | KDEL endoplasmic reticulum protein retention receptor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT709032 | KBTBD13 | kelch repeat and BTB domain containing 13 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT710831 | PLEKHO2 | pleckstrin homology domain containing O2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT710967 | CMKLR1 | chemerin chemokine-like receptor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT711145 | TMEM174 | transmembrane protein 174 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT711176 | EMCN | endomucin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT711205 | SMIM14 | small integral membrane protein 14 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT711589 | SETD1A | SET domain containing 1A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT711751 | DTX1 | deltex E3 ubiquitin ligase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT712258 | PTPRN2 | protein tyrosine phosphatase, receptor type N2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT712376 | MTPN | myotrophin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT713780 | ZNF460 | zinc finger protein 460 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT714560 | LMTK2 | lemur tyrosine kinase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT714983 | RAB21 | RAB21, member RAS oncogene family | 2 | 2 | ||||||||
MIRT716253 | PALM2 | paralemmin 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT716362 | RPS9 | ribosomal protein S9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT716485 | SAMD7 | sterile alpha motif domain containing 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT716640 | DPY19L4 | dpy-19 like 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT717034 | KRTAP4-9 | keratin associated protein 4-9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT717422 | SURF6 | surfeit 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT717891 | GBP4 | guanylate binding protein 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT718646 | NKPD1 | NTPase KAP family P-loop domain containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT719230 | ARL11 | ADP ribosylation factor like GTPase 11 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT719279 | SETD7 | SET domain containing lysine methyltransferase 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT719353 | GDF7 | growth differentiation factor 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT719513 | TMEM175 | transmembrane protein 175 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT719618 | CRISPLD2 | cysteine rich secretory protein LCCL domain containing 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT719882 | NECAB3 | N-terminal EF-hand calcium binding protein 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT720184 | CMC4 | C-X9-C motif containing 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT720249 | FAM83F | family with sequence similarity 83 member F | 2 | 2 | ||||||||
MIRT720343 | BACE2 | beta-site APP-cleaving enzyme 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT720487 | TMEM178B | transmembrane protein 178B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT720937 | PPP1R3E | protein phosphatase 1 regulatory subunit 3E | 2 | 2 | ||||||||
MIRT721168 | NSG1 | neuronal vesicle trafficking associated 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT721499 | THRB | thyroid hormone receptor beta | 2 | 2 | ||||||||
MIRT721518 | DKK3 | dickkopf WNT signaling pathway inhibitor 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT721570 | SLC5A12 | solute carrier family 5 member 12 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT721865 | CENPJ | centromere protein J | 2 | 2 | ||||||||
MIRT721871 | RHOH | ras homolog family member H | 2 | 2 | ||||||||
MIRT722330 | PKHD1 | PKHD1, fibrocystin/polyductin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT722494 | PNKD | paroxysmal nonkinesigenic dyskinesia | 2 | 2 | ||||||||
MIRT722775 | KCNK5 | potassium two pore domain channel subfamily K member 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT723967 | GPR146 | G protein-coupled receptor 146 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT724488 | CSNK1A1 | casein kinase 1 alpha 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT724748 | ZNF391 | zinc finger protein 391 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT725274 | OSTM1 | osteopetrosis associated transmembrane protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT725373 | MTF2 | metal response element binding transcription factor 2 | 2 | 2 |
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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