pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-190b |
Genomic Coordinates | chr1: 154193665 - 154193743 |
Description | Homo sapiens miR-190b stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Associated Diseases | ![]() |
Mature miRNA Information | |
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Mature miRNA | hsa-miR-190b |
Sequence | 11| UGAUAUGUUUGAUAUUGGGUU |31 |
Evidence | Not_experimental |
Experiments | |
Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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miRNAs in Extracellular Vesicles |
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Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | LRRC58 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | leucine rich repeat containing 58 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001099678 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on LRRC58 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of LRRC58 (miRNA target sites are highlighted) |
>LRRC58|NM_001099678|3'UTR 1 ACAGGAGTGCACAGTGTTGTGAAATACTTAAAAAACTGAGCAAAATGGTTAGACAAGAAAATAGAGCTTGAAGTTCACTA 81 GAAATCTTATCTTCATCTTAAGTGTTCATCAAAGAGTCTGGGATGATATAAAACATTTTGTGTTTCATCTACCCATTCAG 161 CAAGAATGAGTCCAGTCCCATGTTTAGATTATTTTAACATAATTTGTGAATGATAGTTTCACATTTGGCTGATGGTTTGC 241 AGTTTTCACTCAAGTTTTGCATGAATCACAAAGCAGAATGGTACCTTTTGAAGAGCAGTTCTGCAATAAGTCATGAGTAG 321 TATAACTTTTGGACATTGAGATGGAGAAAGTGAGAAATTATCAAAGCTATAATTGCCAGAGTTGCCCTTGGGTTTAGGTA 401 GAACACTGTATACCATATATACTATATACCATATATACTATATATACCATATATATTATATGCCATAAACAGGATTAACC 481 CTCCCTTTTCTAATTGCCTGTATGTCTAGATTACAGAACTATTCAAAGAAGCTCACAGATGGTTACATGGGACAAACCTT 561 TCTGACAAACTAACTGGTAAAGTAAGGCATATAACATTTACATGAGATATTAAAACTTTTTCATTATTATCCTTTGTTCT 641 ATATGATTGCTATTAACCTTATGTAATCTAGCAATGACTGTTATAGTGCCTTAATCCAGCAAGGATATAAAAATGTATTC 721 AAGAAGTAATGCCAGAGCAACCTATAACCTGACATACCATGCAGAACATTGTAAAATATTCTTTAACAGAACTAGGTAAA 801 TAACTGTGTATCTAATATCCGATCTCATGGCCCTCTTAACATTTTTTTGTTTAAATGTGCACTCATCCCTTATAAGCACA 881 TTACTTTTACACTTAATGGTAGGCCACAATCTTCATCAATCTGTTCATCATAAGACAGAGTAAGAATTTTTAACAGAAAA 961 TTCTAAAAGAGATAGAAGCTAGGAAAGCTTCTTTATATCTTGCATTAAATGGGTAGGGAAAAAATATGACTCTCACCCAT 1041 GTCATGTACTGGACCATCTTTCTCTACTTTTTAAAGAAAAACTAATACAACTAGAAAAACATCACAACAAGCCAAATAAA 1121 AATGGAGAAAAGGAGTCATTGTCCTTATACCTAATGGAACAGTTTCCAGAACTACTTTAACTATGGAAGCATTTTTGAAA 1201 ATAAAGTATTAATAAAATAGAAAAAAATTATTAAATATATTGTATCCTTAATGTATAGCAGGAAAATAGTTTCACAAATT 1281 AATTGCTATTAGAAATTACCAAATTTTTATTAAGTACTTTAATATGCAATACAAATTGAATAATAGTACAACTATAAGTT 1361 GATATAAAGTAAGTGCTTACTGGTAATCATTAAATAACTAATAACATGACTTGTTGGTTAATGTTAAACCTACAGTAAGA 1441 AATGTTATACAGATCAGATAGGCATTAGAACATCAGGTGTACCTTTTCTGATTTCTGGCATTCATGGCACACCATTTCTT 1521 AAAAGCAGATTGTTGTATAATAACATATACATGTATTAGGGTTTTTTTCATATATATTTTTTATTTTAGAAGAAACTAGC 1601 ATAATTCAGGGTTTATGTGTTTATTTGTATATTAATTCATGAAACATGAGAGTTTCATGAACTGCAGATGTGAAACGCTG 1681 CTATAGAATGAATCCCTTCACCTTTACCTTGTTATAATGTAGTAAGATTTTGTTTTCCTTTTGACTCAGAAATTTTCTAT 1761 GTCTATAGAGGTAATCTAATATGTTCCTACTGCCTAGAAGAGTAATACATAGGTGATTATATCATAAAATAGAGGTATAA 1841 AGTCTTTGCTTACTTCTCCATGTGGGCCACAGCAAGCTGCAGACTGTACAGTTATGAAAGGTAAAGATGACTTAGGCTGT 1921 GCCTAAGTGACAAATGTAAAATGTTTTGTAAATAAGTGACTTACCTAAGATACATAAGATATTTTCATAGAAAATAATGT 2001 ATTCATAGTAAAATACTCAAATTGATAGGACCAATTTTTTCTGGCCTAAATGCTTATGCCTACTTCCTAATCAATTACCA 2081 GCTTGACTTAAGTAACTGCTTGAGTAGTCTTCTAAGAGTTAGTCTTCGTAAAATAAATGGATAGGTATGTAAATATATAA 2161 TCTTACATACCCTTTCCAGCTTCCTAGAAAGGTCTACTGCTTCATCTTTTACAGATGTAAATAGGTCCAACCAGAGACAG 2241 TTTCTGGCCTTTGCATATAAGAATATAGATGTATACCACAGTATTATTTCAACAAAATGTTATGGTTCTATGTATAGTTG 2321 AAAACTCTATGATCAGCATACAACTGTCTTTTGGTAATTTTTAATGAAGTCTACATTTAGCCGTCGGTTTTATCTTTCTT 2401 AAATCTTTGACCTAAACTTTTGTAAGAGCAGCTAATAATTTCTAAGATTTTCCCTGTTTCTTTTTCCTACCTTTCCTTTT 2481 CTCATAACTGATTGGAGAAATTAATCAGAAGTCAAATACAAGGGACTTCATAATCTAGAAACCAGATAATCAGCTCCCAA 2561 GTCATGTAGCTAACTATGCATTTAAAATAAGTCTGTCTCTTTAGTTCTTAAGTCATATATTTGTTTGTTAATTACAGTAA 2641 ATGAACTTTAATTGGGGTTTTTAAAAGACAGAATTAGCGAAGTCTAATTTTTATAATGAAATAAGTTTTTGATATTGCTC 2721 TACTTGGACGATTTTAGTGACCAAAACTATGGATAAAACTGCCTAAGCATAACATTAATATATTTAGAATGGCATTCTTC 2801 AGTGCTAGTATTTGAAATTGGAATTAGTACATTGTGCATTCTTAGTAGTCTTTATCCCTAGAATCAATTCTCTCAGCATC 2881 ACCAAACTGAATTGGTGAAATAGTGCTAAGATTCTGGGCAATAGGAAGATTAGTGAATATGATACATTGATTCCAGGGTG 2961 CCAGGGATTGGCTGACATTAAGGACCAGCTGGCTATGGTCCTCAGGCTACGGTCCTCAGTATTCTAGTATTTGAGTAGTG 3041 GAGGTAAATCCAAAGGCGACTGGTTATATTTTACTTCTAAATGTGTGCTGAAGTGTCTCTTGTTCAAAAATTCTTGATAT 3121 TTAGAGCTTCAAGTTACCACATTTAAAAGTAAAGACTTGGCACGGTGGCACACACCTATAATCTTAGCACTTTGGGAGGC 3201 CGAAGTGGATGGATCATATGCAGTCAGGAATTTGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCTCATCTTTACTAAAAATA 3281 CAAAAATTAGCCGGGCGTTGTGACGCACACCCATAGTCCCAGCTAACTCCGGAGGCTAAGACAAGAGAATCACTTGAACT 3361 TGGGAGACAGAGGTTGCAGTAATCTGAGATCACTCCGCTGCACTCCAGCCTGAGTGAGAGTGAGACTGTGTCTCAAACAA 3441 ACAAACAAAAAACAAACAAAAAAATTTGCATTGTAAATTGTACCTCAAATTTGAGCAGTTTTTGTGTTTGTGTAAATTAA 3521 AGTAAAAAGCAGTCCACAATAATGTTTTGTAATACTGCACACCAGTTCTACCAGATTTTGTAACTATCAGATTTAAATGA 3601 AAAAAGAGAAGGAAGAGGCTGATTGCTGGAGTGTTAAAGAAATCTTGGCCGGGCGTGGTGGCTCACGCTTGTAATCCCAG 3681 CACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGTGGATCACGAGGTCAGGAGATCGAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAAACCCCGTCTC 3761 TACTAAAAATACAAAAAAAAATTAGCCGGGCGTGATGGCGGGCGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAAGA 3841 GAATGGCGTGAACCCGGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCCGAGATTGCGCCACTGCACTCCCGCCTGGGCCACAGAGCGAG 3921 ACTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAATCTTTAGAAGCCACAGGGCTAGAAGAGAAGTCACCAAACACCTA 4001 GGGACAGTCCTAGGCCTAGAAAGCCCTTTAAAGTAATAGTGAATTGTTTTAAAATTAAGTTATTGAGTGGCCTACTGACT 4081 ACCATCCAAAAACCTTTATCACCAAATTTGTTCAGTGTTTGCTATTGGGAGATTGTCCATATCCCTCCGTAATTAAGGGC 4161 CAGCAAGTAATACGATCTTCTTACAGCCAACCTTGCTCTTCCCAAAGGGAGAAAGTAATACATCATTAACCTGGAATTTG 4241 TGATATAACAGGTAGCCTTGGTTAATGTTTACCTTTTCACTATGTAAAAAAGAAAAAACACACAGCAAATAGTGCAAATA 4321 AAATTTGGTCTTTTAAAGCATTTTAGCAGTAGCTATGTAAAAAAAGTTAATGGTTATTATTCCTAAATTTTCATAAGACC 4401 CTTGGTAGACAAAACTATCGGTTATATTATGTATATATGAGGTTAGTTAAGCTGCATTTAGTTAGGAACATTTAATTTTT 4481 ACCTAAATGATCCTTTTTTCATCCAGAGGTAGAGATTTTATTGTCATTATGAATGTTACTCCCCATTTAGTCCAAAATAG 4561 TGAGCTTTTAAGTTGTGCCAGGTACTTAACAATAGTAAAAGCTATTGTATAGATTTTTATTCAATGTGACCTATAATACA 4641 TTTCTGATTCCTTCTGTATTGAATGTCCCAGTTTCCATATTAAGTGCTATGCCCTGTATAACATTAATGAATTTAATAGT 4721 GTACAATTTTGGGCCAGGCATGGTGGCTCACGCCAGTAATCCTGGCACTTTGGGAGGCAGAGGCAGGCAGATCACCTGAG 4801 GTCAGGGGTTCGAGATCAGCCTGGCCAACATGGCAAAATCACATCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGGCGTGGTG 4881 GTGCATGCCTGTAGTCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCAGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAG 4961 CCGAGATCATGCCATTGCACTCCAGCCTGGGAGACAGAGCAAGACTCTATCTCAAAAATAAAAATAAAAAAAAAATTGCG 5041 TGCAATTTTGTATTTTCATAGTCGTATCTTTTTAAAGGTATCATGATTTCAGTTGTGGTCAGGAAGTATGTGCCTTAAAT 5121 CCTCTACTCTAGACCCAAAGTTTGGAGAGCTATATTATTTAATAAGTTGTTTGTGACAGCCTTGTTACCTTTTTCATTTG 5201 ATTTGAGGGAGAAAGACTGTGATCCTGACAGATTCCTTCTCATAAAATGGCCTAATGTGTATCAGTCTAGGACTTCTGGG 5281 GAGGGAACCTCTACCATGCATTCTGTCCCAGGATGTCAAAGTCATAAGAATCAGGGTCCCCTGAAATAAAATCACTGAAA 5361 AGATATGTTCTGTTATATATTATTTAAAAAATTTATCTGGTGCCACCAAAGAATGACAGCAGTTTCTAACCAACTTCATA 5441 TTTATAGCATCTTATGAAGATATTGTAAGGCTTAGCATATTTTGCCACTGGTTTTCTTTGTAATATAGGTTGAAAGTGAG 5521 ACATGTTTGAATACTTTTGTATGTAAATATCTCCCATTCTTTTTCTATCTCTTCTTGGTCTATATTTACTAAGAATTGAT 5601 ATTTAAAAAACAGTTCACTAATGAACTCTACATATTATTGAACACTCACAGGGCAATATTGATTTGGGTGCTACTAGACT 5681 TTTACCTAACATTAGTCTTTCTCAATAGTTGTTGTAAAGGATAGTATTCAATCCAGTAAATATTAAAGTGTATTAGTTTA 5761 ATGAAGGTTATTTATATACTGTCATACCACAAACCTATGGTGGAAAGAACATCTGCATTCACCAGAATGTACTTGTTCCT 5841 TTGGCTGTGAATAAATTGGATAAGACTTTTTTATTGTAAGTTCCAGCTGTTGGAAGATACGGGGATAAGATTGACATTGC 5921 TGTTGCAGTATTGCAAAAACATGACTAAATTGGTTAATTATGTCTACCGCTTATGTTTAAGAGAATCCTTTCACTAACTT 6001 AAATTGTTAACATTGTTGTGATATTGAGAAAGAATATTAACCTAAACAGTCACTTTACAACAATCATGTAAAGACGTGTG 6081 CCTGCAGTTGAGGTTTTTTGCATTTCTGAGCCTGCTTTGTATTCATGAGAAACAAAAACATAATGGGAGAAAAGTTTTAG 6161 ATAAGCAGCATTGTAAGTTTTTGTAAAGTTTGGGATGTCAAAGTATTAACGAAGGGTACTGAAAACATACTTTTACTTGG 6241 GTCAAATTACTTTTTATGATCTGATTTCTTAATTTTCTGTATTTGAAATCTTGCAAATTAGGAATATCTACATCTATAGA 6321 TAAATAAGTAAAACTTAATGGTAGAAATAAGTGTAATTCAGCAACATGATTCAACAATTTTTATATTTAGGATAAGTTAT 6401 TGTTTATTATATTAATATCAAATTTATATATTGCCTTGTAATGCTAAATGCTCTTAAAAGAATATATGGGC Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | HEK293 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
PAR-CLIP data was present in GSM545216. RNA binding protein: AGO2. Condition:miR-124 transfection
... - Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al., 2010, Cell. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al. - Cell, 2010
RNA transcripts are subject to posttranscriptional gene regulation involving hundreds of RNA-binding proteins (RBPs) and microRNA-containing ribonucleoprotein complexes (miRNPs) expressed in a cell-type dependent fashion. We developed a cell-based crosslinking approach to determine at high resolution and transcriptome-wide the binding sites of cellular RBPs and miRNPs. The crosslinked sites are revealed by thymidine to cytidine transitions in the cDNAs prepared from immunopurified RNPs of 4-thiouridine-treated cells. We determined the binding sites and regulatory consequences for several intensely studied RBPs and miRNPs, including PUM2, QKI, IGF2BP1-3, AGO/EIF2C1-4 and TNRC6A-C. Our study revealed that these factors bind thousands of sites containing defined sequence motifs and have distinct preferences for exonic versus intronic or coding versus untranslated transcript regions. The precise mapping of binding sites across the transcriptome will be critical to the interpretation of the rapidly emerging data on genetic variation between individuals and how these variations contribute to complex genetic diseases.
LinkOut: [PMID: 20371350]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM545216 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / miR-124 transfection |
Location of target site | ENST00000295628.3 | 3UTR | CCAUAUCAAACAUUGUGCCUUAUUUUAAUAAAACUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 20371350 / GSE21578 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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60 hsa-miR-190b Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
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Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
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MIRT054581 | IGF1 | insulin like growth factor 1 | ![]() |
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![]() |
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4 | 1 | ||||
MIRT066966 | ATXN7L3B | ataxin 7 like 3B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT192449 | SPRED1 | sprouty related EVH1 domain containing 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT250414 | TNRC6A | trinucleotide repeat containing 6A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT306294 | KLHL24 | kelch like family member 24 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT355845 | SGMS2 | sphingomyelin synthase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT437770 | MTMR6 | myotubularin related protein 6 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT437771 | MTMR6 | myotubularin related protein 6 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT437772 | Mtmr6 | myotubularin related protein 6 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT444672 | CDKL2 | cyclin dependent kinase like 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT446389 | PCDHB11 | protocadherin beta 11 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT446634 | SDC3 | syndecan 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT449410 | TRIM5 | tripartite motif containing 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT449560 | GPC5 | glypican 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT469928 | PTPRJ | protein tyrosine phosphatase, receptor type J | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT473736 | MAP3K9 | mitogen-activated protein kinase kinase kinase 9 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT474210 | LDHA | lactate dehydrogenase A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT474583 | KLF6 | Kruppel like factor 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT476732 | FOXN2 | forkhead box N2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT478455 | DAB2 | DAB2, clathrin adaptor protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT495327 | ADAMTS8 | ADAM metallopeptidase with thrombospondin type 1 motif 8 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT498615 | MTRNR2L10 | MT-RNR2-like 10 | ![]() |
![]() |
2 | 12 | ||||||
MIRT501734 | OVOL1 | ovo like transcriptional repressor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT501849 | MTRNR2L8 | MT-RNR2-like 8 | ![]() |
![]() |
2 | 14 | ||||||
MIRT504678 | CYGB | cytoglobin | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT506517 | MSANTD4 | Myb/SANT DNA binding domain containing 4 with coiled-coils | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT507984 | BCL2L13 | BCL2 like 13 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT508444 | ZNF608 | zinc finger protein 608 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT511366 | IL6ST | interleukin 6 signal transducer | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT520515 | TRA2B | transformer 2 beta homolog | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT524571 | CALML4 | calmodulin like 4 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT531896 | INVS | inversin | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT533916 | TATDN2 | TatD DNase domain containing 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT537503 | FAM13B | family with sequence similarity 13 member B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT541689 | CCDC160 | coiled-coil domain containing 160 | ![]() |
![]() |
2 | 8 | ||||||
MIRT544419 | ZNF460 | zinc finger protein 460 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT544615 | CSDE1 | cold shock domain containing E1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT545076 | IL7R | interleukin 7 receptor | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT545849 | ZNF264 | zinc finger protein 264 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT547436 | MED4 | mediator complex subunit 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT550157 | ZNF223 | zinc finger protein 223 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT553948 | STAMBP | STAM binding protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT554395 | SERP1 | stress associated endoplasmic reticulum protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT555667 | PGAM4 | phosphoglycerate mutase family member 4 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT564193 | PM20D2 | peptidase M20 domain containing 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT566792 | MKL2 | MKL1/myocardin like 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT566843 | LRRC58 | leucine rich repeat containing 58 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT572516 | KIAA0232 | KIAA0232 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT607428 | NOTCH2NL | notch 2 N-terminal like | ![]() |
![]() |
2 | 10 | ||||||
MIRT627779 | RAB30 | RAB30, member RAS oncogene family | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT635159 | ENO4 | enolase family member 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT642159 | ADCYAP1R1 | ADCYAP receptor type I | ![]() |
![]() |
![]() |
3 | 2 | |||||
MIRT646205 | DUSP10 | dual specificity phosphatase 10 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT657007 | KCNMB4 | potassium calcium-activated channel subfamily M regulatory beta subunit 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT665817 | TMEM161B | transmembrane protein 161B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT667488 | MAP3K2 | mitogen-activated protein kinase kinase kinase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT707098 | ZNF850 | zinc finger protein 850 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT708719 | PTPLAD2 | 3-hydroxyacyl-CoA dehydratase 4 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT735521 | HUS1 | HUS1 checkpoint clamp component | ![]() |
![]() |
![]() |
3 | 0 | |||||
MIRT736644 | AGPAT3 | 1-acylglycerol-3-phosphate O-acyltransferase 3 | ![]() |
![]() |
2 | 0 |
miRNA-Drug Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||
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