pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-4464 |
Genomic Coordinates | chr6: 90312742 - 90312833 |
Description | Homo sapiens miR-4464 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-4464 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 12| AAGGUUUGGAUAGAUGCAAUA |32 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Editing Events in miRNAs |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | IGFBP5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | IBP5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | insulin like growth factor binding protein 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_000599 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on IGFBP5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of IGFBP5 (miRNA target sites are highlighted) |
>IGFBP5|NM_000599|3'UTR 1 TGCGTCCCCCCCCAACCTTTCCCTCACCCCCTCCCACCCCCAGCCCCGACTCCAGCCAGCGCCTCCCTCCACCCCAGGAC 81 GCCACTCATTTCATCTCATTTAAGGGAAAAATATATATCTATCTATTTGAGGAAACTGAGGACCTCGGAATCTCTAGCAA 161 GGGCTCAACTTCGAAAATGGCAACAACAGAGATGCAAAAAGCTAAAAAGACACCCCCCCCCTTTAAATGGTTTTCTTTTT 241 GAGGCAAGTTGGATGAACAGAGAAGGGAAGAGAGGAAGAACGAGAGGAAGAGAAGGGAAGGAAGTGTTTGTGTAGAAGAG 321 AGAGAAAGACGAATAGAGTTAGGAAAAGGAAGACAAGCAGGTGGGCAGGAAGGACATGCACCGAGACCAGGCAGGGGCCC 401 AACTTTCACGTCCAGCCCTGGCCTGGGGTCGGGAGAGGTGGGCGCTAGAAGATGCAGCCCAGGATGTGGCAATCAATGAC 481 ACTATTGGGGTTTCCCAGGATGGATTGGTCAGGGGGAGAAAGGAAAAGGCAAAACACTCCAGGACCTCTCCCGGATCTGT 561 CTCCTCCTCTAGCCAGCAGTATGGACAGCTGGACCCCTGAACTTCCTCTCCTCTTACCTGGGCAGAGTGTTGTCTCTCCC 641 CAAATTTATAAAAACTAAAATGCATTCCATTCCTCTGAAAGCAAAACAAATTCATAATTGAGTGATATTAAATAGAGAGG 721 TTTTCGGAAGCAGATCTGTGAATATGAAATACATGTGCATATTTCATTCCCCAGGCAGACATTTTTTAGAAATCAATACA 801 TGCCCCAATATTGGAAAGACTTGTTCTTCCACGGTGACTACAGTACATGCTGAAGCGTGCCGTTTCAGCCCTCATTTAAT 881 TCAATTTGTAAGTAGCGCAGCAGCCTCTGTGGGGGAGGATAGGCTGAAAAAAAAAAGTGGGCTCGTATTTATCTACAGGA 961 CTCCATATAGTCATATATAGGCATATAAATCTATTCTTTTTCTTTGTTTTTTTCTTTCTTCCTTTCTTTCAAAGGTTTGC 1041 ATTAACTTTTCAAAGTAGTTCCTATAGGGGCATTGAGGAGCTTCCTCATTCTGGGAAAACTGAGAAAACCCATATTCTCC 1121 TAATACAACCCGTAATAGCATTTTTGCCTGCCTCGAGGCAGAGTTTCCCGTGAGCAATAAACTCAGCTTTTTTGTGGGGC 1201 ACAGTACTGGATTTGACAGTGATTCCCCACGTGTGTTCATCTGCACCCACCGAGCCAGGCAGAGGCCAGCCCTCCGTGGT 1281 GCACACAGCACGCGCCTCAGTCCATCCCATTTTAGTCTTTAAACCCTCAGGAAGTCACAGTCTCCGGACACCACACCACA 1361 TGAGCCCAACAGGTCCACGATGGATCCACCAGTCCCACCCCAGCCTTTTCCTTTCATCTGAACAGAATGTGCATTTTTGG 1441 AAGCCTCCCTCACTCTCCATGCTGGCAGAGCAGGAGGGAGACTGAAGTAAGAGATGGCAGAGGGAGATGGTGGCAAAAAG 1521 GTTTAGATGCAGGAGAACAGTAAGATGGATGGTTCCGGCCAGAGTCGATGTGGGGAGGAACAGAGGGCTGAAGGGAGAGG 1601 GGGCTGACTGTTCCATTCTAGCTTTGGCACAAAGCAGCAGAAAGGGGGAAAAGCCAATAGAAATTTCCTTAGCTTCCCCA 1681 CCATATGTATTTTCTAGGATTTGAGAGGAAAGAGAGGAAAATGGGGGAATGGGTTGCAAAATAGAAATGAGCTTAATCCA 1761 GGCCGCAGAGCCAGGGAAGGTGAGTAACTTTAGGAGGGTGCTAGACTTTAGAAGCCAGATAGGAAGAATCAGTCTAAACT 1841 GGCCATGCTTTGGAAGGGACAAGACTATGTGCTCCGCTGCCCACCTTCAGCCTGCAATGAGGGACTGAGGCCCACGAGTC 1921 TTTCCAGCTCTTCCTCCATTCTGGCCAGTCCCTGCATCCTCCCTGGGGTGGAGGATGGAAGGAAAGCTGGGACAAGCAGG 2001 GAACGCATGATTCAGGGATGCTGTCACTCGGCAGCCAGATTCCGAAACTCCCATTCTCCAATGACTTCCTCAACCAATGG 2081 GTGGCCTTGTGACTGTTCTTTAAGGCTGAAGATATCCAGGAAAGGGGGCTTGGACACTGGCCAAGGAGACCCCTTCGTGC 2161 TGTGGACACAGCTCTCTTCACTCTTTGCTCATGGCATGACACAGCGGAGACCGCCTCCAACAACGAATTTGGGGCTACGA 2241 AGAGGAATAGCGAAAAAGCAAATCTGTTTCAACTGATGGGAACCCTATAGCTATAGAACTTGGGGGCTATCTCCTATGCC 2321 CCTGGACAGGACAGTTGGCTGGGGACAGGAGAAGTGCTCAATCTTCATGAGACAAAGGGGCCCGATAGGGCCAGCAGCCA 2401 CAAGGCCTTGACCTGCCGAGTCAGCATGCCCCATCTCTCTGCACAGCTGTCCCCTAAACCCAACTCACGTTTCTGTATGT 2481 CTTAGGCCAGTATCCCAAACCTCTTCCACGTCACTGTTCTTTCCACCCATTCTCCCTTTGCATCTTGAGCAGTTATCCAA 2561 CTAGGATCTGCCAAGTGGATACTGGGGTGCCACTCCCCTGAGAAAAGACTGAGCCAGGAACTACAAGCTCCCCCCACATT 2641 CCTCCCAGCCTGGACCTAATTCTTGAGAGGGGCTCTCTCTTCACGGACTGTGTCTGGACTTTGAGCAGGCTTCTGCCCCT 2721 TGCGTTGGCTCTTTGCTGCCAGCCATCAGGTGGGGGATTAGAGCCTGGTGTAAGTGCGCCAGACTCTTCCGGTTTCCAAA 2801 GTTCGTGCCTGCGAACCCAAACCTGTGAGTCTCTTCTGCATGCAGGAGTTTCTCCTGGGCAGCTGGTCACTCCCCAGAGA 2881 AGCTGGGCCTTCATGGACACATGGAACTAAGCCTCCCAAATGGGAGTTCTGGCTGAGCCCAGGGTGGGGAGATCCTGGGA 2961 AGGGAGGCACTGGAGGAAGACGGCACCTCTTCCCCCATGGCAGGGTGTGAGGGAGGCAGGTTTGGAATGGTGCGAGTATG 3041 GCAATCTAAGCAGGGGTCTGGTCTCTTTGACTCCAGGCTGGCCTTTGGCCGACTGTCTGCTCACCCAGAGACCTTGGACT 3121 CCGGACTATCCATGGCTCCGAATCTAAGTGCTGCCCACTCCCATGCTCACACCCACAGAAGGTCTTCCCATCCCCTTTAG 3201 ATTCGTGCCTCACTCCACCAGTGAGGAAGATGCCTCTGTCTTTCCCACGACTGCCAGGAGATAGGGAAGCCCAGCCAGGA 3281 CTGACCCTCCTTCCTCCAGCCTGCCCTGACCCACCTGGCAAAGCAGGGCACATGGGGAGGAAGAGACTGGAACCTTTCTT 3361 TGACAGCCAGGCCTAGACAGACAGGCCTGGGGACACTGGCCCCATGAGGGGAGGAAGGCAGGCGCACGAGGTCCAGGGAG 3441 GCCCTTTTCTGATCATGCCCCTTCTCTCCCACCCCATCTCCCCACCACCACCTCTGTGGCCTCCATGGTACCCCCACAGG 3521 GCTGGCCTCCCCTAGAGGGTGGGCCTCAACCACCTGCTCCCGCCACGCACCGGTTAGTGAGACAGGGCTGCCACGGCAAC 3601 CGCCAAGCCCCCCTCAAGGTGGGACAGTACCCCGGACCCATCCACTCACTCCTGAGAGGGCTCCGGCCCAGAATGGGAAC 3681 CTCAGAGAAGAGCTCTAAGGAGAAGAAACCCCATAGCGTCAGAGAGGATATGTCTGGCTTCCAAGAGAAAGGAGGCTCCG 3761 TTTTGCAAAGTGGAGGAGGGACGAGGGACAGGGGTTTCACCAGCCAGCAACCTGGGCCTTGTACTGTCTGTGTTTTTAAA 3841 ACCACTAAAGTGCAAGAATTACATTGCACTGTTTCTCCACTTTTTATTTTCTCTTAGGCTTTTGTTTCTATTTCAAACAT 3921 ACTTTCTTGGTTTTCTAATGGAGTATATAGTTTAGTCATTTCACAGACTCTGGCCTCCTCTCCTGAAATCCTTTTGGATG 4001 GGGAAAGGGAAGGTGGGGAGGGTCCGAGGGGAAGGGGACCCCAGCTTCCCTGTGCCCGCTCACCCCACTCCACCAGTCCC 4081 CGGTCGCCAGCCGGAGTCTCCTCTCTACCGCCACTGTCACACCGTAGCCCACATGGATAGCACAGTTGTCAGACAAGATT 4161 CCTTCAGATTCCGAGTTGCCTACCGGTTGTTTTCGTTGTTGTTGTTGTTGTTTTTCTTTTTCTTTTTTTTTTTGAAGACA 4241 GCAATAACCACAGTACATATTACTGTAGTTCTCTATAGTTTTACATACATTCATACCATAACTCTGTTCTCTCCTCTTTT 4321 TTGTTTTCAACTTTAAAAACAAAAATAAACGATGATAATCTTTACTGGTGAAAAGGATGGAAAAATAAATCAACAAATGC 4401 AACCAGTTTGTGAGAAAAAAAAAAAAAAGCCGAAAAAAAAAAAAAAAACACCTGAATGCGGAAGAGCTCGGCTCCCGTTT 4481 AGCATTTTGTACTTAAGGAAATAAAAAACCAACAAAGGATCTCACATTTTCTTAAAAAGTGAAGATTGCTGTATACTATT 4561 TATTCAACTTATAATTTATGTTACTCCTTGATCTTTGTCTTTTGTCATGACAAAGCATTTATTTAATAAAGTTATGCATT 4641 CAGTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 4721 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | HEK293 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
PAR-CLIP data was present in GSM545216. RNA binding protein: AGO2. Condition:miR-124 transfection
... - Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al., 2010, Cell. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al. - Cell, 2010
RNA transcripts are subject to posttranscriptional gene regulation involving hundreds of RNA-binding proteins (RBPs) and microRNA-containing ribonucleoprotein complexes (miRNPs) expressed in a cell-type dependent fashion. We developed a cell-based crosslinking approach to determine at high resolution and transcriptome-wide the binding sites of cellular RBPs and miRNPs. The crosslinked sites are revealed by thymidine to cytidine transitions in the cDNAs prepared from immunopurified RNPs of 4-thiouridine-treated cells. We determined the binding sites and regulatory consequences for several intensely studied RBPs and miRNPs, including PUM2, QKI, IGF2BP1-3, AGO/EIF2C1-4 and TNRC6A-C. Our study revealed that these factors bind thousands of sites containing defined sequence motifs and have distinct preferences for exonic versus intronic or coding versus untranslated transcript regions. The precise mapping of binding sites across the transcriptome will be critical to the interpretation of the rapidly emerging data on genetic variation between individuals and how these variations contribute to complex genetic diseases.
LinkOut: [PMID: 20371350]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM4903825 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / PID14_NS |
Location of target site | NM_000599 | 3UTR | AGUAUCCCAAACCUCUUCCACGUCACUGUUCUUUCCACCCAUUCUCCCUUUGCAUCUUGAGCAGUUAUCCAACUAGGAUCUGCCAAGUGGAUACUGGGGUGCCACUCCCCUGAGAAAAGACUGAGCCAGGAACUACAAGCUCCCCCCACAUUCCUCCCAGCCUGGACCUAAUUCUUGAGAGGGGCUCUCUCUUCACGGACUGUGUCUGGACUUUGAGCAGGCUUCUGCCCCUUGCGUUGGCUCUUUGCUGCCAGCCAUCAGGUGGGGGAUUAGAGCCUGGUGUAAGUGCGCCAGACUCUUCCGGUUUCCAAAGUUCGUGCCUGCGAACCCAAAC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161237 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM4903826 | |
---|---|
Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / PID21_NS |
Location of target site | NM_000599 | 3UTR | ACUGUUCUUUCCACCCAUUCUCCCUUUGCAUCUUGAGCAGUUAUCCAACUAGGAUCUGCCAAGUGGAUACUGGGGUGCCACUCCCCUGAGAAAAGACUGAGCCAGGAACUACAAGCUCCCCCCACAUUCCUCCCAGCCUGGACCUAAUUCUUGAGAGGGGCUCUCUCUUCACGGACUGUGUCUGGACUUUGAGCAGGCUUCUGCCCCUUGCGUUGGCUCUUUGCUGCCAGCCAUCAGGUGGGGGAUUAGAGCCUGGUGUAAGUGCGCCAGACUCUUCCGGUUUCCAAAGUUCGUGCCUGCGAACCCAAAC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161237 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 3 for dataset GSM4903828 | |
---|---|
Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / PID21_9124 |
Location of target site | NM_000599 | 3UTR | AAAGUUCGUGCCUGCGAACCCAAAC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161237 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 4 for dataset GSM4903833 | |
---|---|
Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / CTL_TD_21_a |
Location of target site | NM_000599 | 3UTR | UGGCUCUUUGCUGCCAGCCAUCAGGUGGGGGAUUAGAGCCUGGUGUAAGUGCGCCAGACUCUUCCGGUUUCCAAAGUUCGUGCCUGCGAACCCAAAC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 5 for dataset GSM4903834 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / CTL_TD_21_b |
Location of target site | NM_000599 | 3UTR | AAGUGCGCCAGACUCUUCCGGUUUCCAAAGUUCGUGCCUGCGAACCCAAAC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 6 for dataset GSM4903837 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / 124_TD_21_b |
Location of target site | NM_000599 | 3UTR | AGCCAUCAGGUGGGGGAUUAGAGCCUGGUGUAAGUGCGCCAGACUCUUCCGGUUUCCAAAGUUCGUGCCUGCGAACCCAAAC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 7 for dataset GSM4903838 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / 124_TD_21_c |
Location of target site | NM_000599 | 3UTR | UCCGGUUUCCAAAGUUCGUGCCUGCGAACCCAAAC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 8 for dataset GSM545216 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / miR-124 transfection |
Location of target site | ENST00000233813.4 | 3UTR | CAGUAUCCCAAACCUCUUCCACGU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 20371350 / GSE21578 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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81 hsa-miR-4464 Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
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Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
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MIRT056004 | ARL5B | ADP ribosylation factor like GTPase 5B | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT061568 | BTG2 | BTG anti-proliferation factor 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT078651 | ICT1 | mitochondrial ribosomal protein L58 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT087551 | YWHAH | tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation protein eta | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT088139 | SEPT2 | septin 2 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT095089 | SEC24A | SEC24 homolog A, COPII coat complex component | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT099065 | FOXC1 | forkhead box C1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT150194 | MIDN | midnolin | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT178173 | EIF5AL1 | eukaryotic translation initiation factor 5A-like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT178942 | C11ORF57 | chromosome 11 open reading frame 57 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT188776 | SESN2 | sestrin 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT267026 | EFHD2 | EF-hand domain family member D2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT307213 | ACVR2B | activin A receptor type 2B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT324750 | ACER2 | alkaline ceramidase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT442732 | TEAD1 | TEA domain transcription factor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT444087 | C12orf73 | chromosome 12 open reading frame 73 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT445527 | KLF9 | Kruppel like factor 9 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT449604 | INIP | INTS3 and NABP interacting protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT451129 | ZNF99 | zinc finger protein 99 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT452271 | RPL30 | ribosomal protein L30 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT452486 | DDX4 | DEAD-box helicase 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT454868 | DNAJC15 | DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member C15 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT455773 | TSPAN6 | tetraspanin 6 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT463844 | WRN | Werner syndrome RecQ like helicase | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT465036 | TTC39C | tetratricopeptide repeat domain 39C | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT465176 | TRPV2 | transient receptor potential cation channel subfamily V member 2 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT465294 | TRIB3 | tribbles pseudokinase 3 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT467931 | SLC16A7 | solute carrier family 16 member 7 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT471906 | NUAK2 | NUAK family kinase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT472724 | MTUS1 | microtubule associated scaffold protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT479785 | CCND1 | cyclin D1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT482446 | ADM | adrenomedullin | ![]() |
![]() |
2 | 10 | ||||||
MIRT485365 | MYLIP | myosin regulatory light chain interacting protein | ![]() |
![]() |
2 | 12 | ||||||
MIRT498399 | KIF6 | kinesin family member 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT503202 | ACTB | actin beta | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT503819 | TMEM242 | transmembrane protein 242 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT504706 | ZNF117 | zinc finger protein 117 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT507802 | CDKN1B | cyclin dependent kinase inhibitor 1B | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT509968 | KANSL1L | KAT8 regulatory NSL complex subunit 1 like | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT517306 | ELF4 | E74 like ETS transcription factor 4 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT523900 | ENPP6 | ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase 6 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT532018 | NOX5 | NADPH oxidase 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT535334 | PHACTR2 | phosphatase and actin regulator 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT536944 | HCN4 | hyperpolarization activated cyclic nucleotide gated potassium channel 4 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT539322 | AHSA2 | activator of HSP90 ATPase homolog 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT540189 | GSTM4 | glutathione S-transferase mu 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT545015 | ZNF439 | zinc finger protein 439 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT545265 | TRIM36 | tripartite motif containing 36 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT547230 | PAG1 | phosphoprotein membrane anchor with glycosphingolipid microdomains 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT548425 | ELOVL5 | ELOVL fatty acid elongase 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT549910 | ADH4 | alcohol dehydrogenase 4 (class II), pi polypeptide | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT550185 | TMEM106C | transmembrane protein 106C | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT550775 | ENOX2 | ecto-NOX disulfide-thiol exchanger 2 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT552401 | ZNF487P | zinc finger protein 487 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT554782 | RHEBP1 | RHEB pseudogene 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT557311 | HIF1A | hypoxia inducible factor 1 alpha subunit | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT558635 | CNNM2 | cyclin and CBS domain divalent metal cation transport mediator 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT563168 | RPS14 | ribosomal protein S14 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT564886 | YWHAE | tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation protein epsilon | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT565778 | SEPHS1 | selenophosphate synthetase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT566480 | PDCD4 | programmed cell death 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT567206 | IGFBP5 | insulin like growth factor binding protein 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT568931 | SMCR8 | Smith-Magenis syndrome chromosome region, candidate 8 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT570698 | FBXO41 | F-box protein 41 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT573474 | MTRNR2L9 | MT-RNR2-like 9 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT576170 | Hmox1 | heme oxygenase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT607555 | GLI2 | GLI family zinc finger 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT608203 | ERBB2 | erb-b2 receptor tyrosine kinase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT609779 | VWC2L | von Willebrand factor C domain containing protein 2 like | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT616312 | CELF2 | CUGBP Elav-like family member 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT617190 | CDH13 | cadherin 13 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT626842 | RPLP1 | ribosomal protein lateral stalk subunit P1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT636438 | MARCH1 | membrane associated ring-CH-type finger 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT639101 | GLIPR1L2 | GLI pathogenesis related 1 like 2 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT691018 | CRTC3 | CREB regulated transcription coactivator 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT700008 | RPS21 | ribosomal protein S21 | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT701144 | PANK1 | pantothenate kinase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT712691 | NUDT7 | nudix hydrolase 7 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT715505 | MAZ | MYC associated zinc finger protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT722509 | PTPRC | protein tyrosine phosphatase, receptor type C | ![]() |
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2 | 2 | ||||||
MIRT724982 | TNS1 | tensin 1 | ![]() |
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2 | 2 |
miRNA-Drug Associations | |||||||||||||||||||||||||||
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miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||
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