pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-371b |
Genomic Coordinates | chr19: 53787677 - 53787742 |
Description | Homo sapiens miR-371b stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-371b-3p | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 43| AAGUGCCCCCACAGUUUGAGUGC |65 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Editing Events in miRNAs |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | ATXN1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | ATX1, D6S504E, SCA1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | ataxin 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_000332 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_001128164 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on ATXN1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of ATXN1 (miRNA target sites are highlighted) |
>ATXN1|NM_000332|3'UTR 1 AGGCAGCGTGGGGGAAAGGAAACGTGGCTCTCCCTTATCATTTGTATCCAGATTACTGTACTGTAGGCTAAAATAACACA 81 GTATTTACATGTTATCTTCTTAATTTTAGGTTTCTGTTCTAACCTTGTCATTAGAGTTACAGCAGGTGTGTCGCAGGAGA 161 CTGGTGCATATGCTTTTTCCACGAGTGTCTGTCAGTGAGCGGGCGGGAGGAAGGGCACAGCAGGAGCGGTCAGGGCTCCA 241 GGCATCCCCGGGGAAGAAAGGAACGGGGCTTCACAGTGCCTGCCTTCTCTAGCGGCACAGAAGCAGCCGGGGGCGCTGAC 321 TCCCGCTAGTGTCAGGAGAAAAGTCCCGTGGGAAGGGTCCTGCAGGGGTGCAGGGTTGCACGCATGTGGGGGTGCACAGG 401 CGCTGTGGCGGCGAGTGAGGGTCTCTTTTTCTCTGCCTCCCTCTGCCTCACTCTCTTGCTATCGGCATGGGCCGGGGGGG 481 TTCAGAGCAGTGTCCTCCTGGGGTTCCCACGTGCAAAATCAACATCAGGAACCCAGCTTCAGGGCATCGCGGAGACGCGT 561 CAGATGGCAGATTTGGAAAGTTAACCATTTAAAAGAACATTTTTCTCTCCAACATATTTTACAATAAAAGCAACTTTTAA 641 TTGTATAGATATATATTTCCCCCTATGGGGCCTGACTGCACTGATATATATTTTTTTTAAAGAGCAACTGCCACATGCGG 721 GATTTCATTTCTGCTTTTTACTAGTGCAGCGATGTCACCAGGGTGTTGTGGTGGACAGGGAAGCCCCTGCTGTCATGGCC 801 CCACATGGGGTAAGGGGGGTTGGGGGTGGGGGAGAGGGAGAGAGCGAACACCCACGCTGGTTTCTGTGCAGTGTTAGGAA 881 AACCAATCAGGTTATTGCATTGACTTCACTCCCAAGAGGTAGATGCAAACTGCCCTTCAGTGAGAGCAACAGAAGCTCTT 961 CACGTTGAGTTTGCGAAATCTTTTTGTCTTTGAACTCTAGTACTGTTTATAGTTCATGACTATGGACAACTCGGGTGCCA 1041 CTTTTTTTTTTTTTCAGATTCCAGTGTGACATGAGGAATTAGATTTTGAAGATGAGCATATATTACTATCTTTAAGCATT 1121 TAAAAATACTGTTCACACTTTATTACCAAGCATCTTGGTCTCTCATTCAACAAGTACTGTATCTCACTTTAAACTCTTTG 1201 GGGAAAAAACAAAAACAAAAAAAACTAAGTTGCTTTCTTTTTTTCAACACTGTAACTACATTTCAGCTCTGCAGAATTGC 1281 TGAAGAGCAAGATATTGAAAGTTTCAATGTGGTTTAAAGGGATGAATGTGAATTATGAACTAGTATGTGACAATAAATGA 1361 CCACCAAGTACTACCTGACGGGAGGCACTTTTCACTTTGATGTCTGAGAATCAGTTCAAGGCATATGCAGAGTTGGCAGA 1441 GAAACTGAGAGAAAAGGGATGGAGAAGAGAATACTCATTTTTGTCCAGTGTTTTTCTTTTTAAGATGAACTTTTAAAGAA 1521 CCTTGCGATTTGCACATATTGAGTTTATAACTTGTGTGATATTCCTGCAGTTTTTATCCAATAACATTGTGGGAAAGGTT 1601 TGGGGGACTGAACGAGCATAAATAAATGTAGCAAAATTTCTTTCTAACCTGCCTAAACTCTAGGCCATTTTATAAGGTTA 1681 TGTTCCTTTGAAAATTCATTTTGGTCTTTTTACCACATCTGTCACAAAAAGCCAGGTCTTAGCGGGCTCTTAGAAACTCT 1761 GAGAATTTTCTTCAGATTCATTGAGAGAGTTTTCCATAAAGACATTTATATATGTGAGCAAGATTTTTTTTAAACAATTA 1841 CTTTATTATTGTTGTTATTAATGTTATTTTCAGAATGGCTTTTTTTTTTCTATTCAAAATCAAATCGAGATTTAATGTTT 1921 GGTACAAACCCAGAAAGGGTATTTCATAGTTTTTAAACCTTTCATTCCCAGAGATCCGAAATATCATTTGTGGGTTTTGA 2001 ATGCATCTTTAAAGTGCTTTAAAAAAAAGTTTTATAAGTAGGGAGAAATTTTTAAATATTCTTACTTGGATGGCTGCAAC 2081 TAAACTGAACAAATACCTGACTTTTCTTTTACCCCATTGAAAATAGTACTTTCTTCGTTTCACAAATTAAAAAAAAAATC 2161 TGGTATCAACCCACATTTTGGCTGTCTAGTATTCATTTACATTTAGGGTTCACCAGGACTAATGATTTTTATAAACCGTT 2241 TTCTGGGGTGTACCAAAAACATTTGAATAGGTTTAGAATAGCTAGAATAGTTCCTTGACTTTCCTCGAATTTCATTACCC 2321 TCTCAGCATGCTTGCAGAGAGCTGGGTGGGCTCATTCTTGCAGTCATACTGCTTATTTAGTGCTGTATTTTTTAAACGTT 2401 TCTGTTCAGAGAACTTGCTTAATCTTCCATATATTCTGCTCAGGGCACTTGCAATTATTAGGTTTTGTTTTTCTTTTTGT 2481 TTTTTAGCCTTTGATGGTAAGAGGAATACGGGCTGCCACATAGACTTTGTTCTCATTAATATCACTATTTACAACTCATG 2561 TGGACTCAGAAAAACACACACCACCTTTTGGCTTACTTCGAGTATTGAATTGACTGGATCCACTAAACCAACACTAAGAT 2641 GGGAAAACACACATGGTTTGGAGCAATAGGAACATCATCATAATTTTTGTGGTTCTATTTCAGGTATAGGAATTATAAAA 2721 TAATTGGTTCTTTCTAAACACTTGTCCCATTTCATTCTCTTGCTTTTTTAGCATGTGCAATACTTTCTGTGCCAATAGAG 2801 TCTGACCAGTGTGCTATATAGTTAAAGCTCATTCCCTTTTGGCTTTTTCCTTGTTTGGTTGATCTTCCCCATTCTGGCCA 2881 GAGCAGGGCTGGAGGGAAGGAGCCAGGAGGGAGAGAGCCTCCCACCTTTCCCCTGCTGCGGATGCTGAGTGCTGGGGCGG 2961 GGAGCCTTCAGGAGCCCCGTGCGTCTGCCGCCACGTTGCAGAAAGAGCCAGCCAAGGAGACCCGGGGGAGGAACCGCAGT 3041 GTCCCCTGTCACCACACGGAATAGTGAATGTGGAGTGTGGAGAGGAAGGAGGCAGATTCATTTCTAAGACGCACTCTGGA 3121 GCCATGTAGCCTGGAGTCAACCCATTTTCCACGGTCTTTTCTGCAAGTGGGCAGGCCCCTCCTCGGGGTCTGTGTCCTTG 3201 AGACTTGGAGCCCTGCCTCTGAGCCTGGACGGGAAGTGTGGCCTGTTGTGTGTGTGCGTTCTGAGCGTGTTGGCCAGTGG 3281 CTGTGGAGGGGACCACCTGCCACCCACGGTCACCACTCCCTTGTGGCAGCTTTCTCTTCAAATAGGAAGAACGCACAGAG 3361 GGCAGGAGCCTCCTGTTTGCAGACGTTGGCGGGCCCCGAGGCTCCCAGAGCAGCCTCTGTCACCGCTTCTGTGTAGCAAA 3441 CATTAACGATGACAGGGGTAGAAATTCTTCGGTGCCGTTCAGCTTACAAGGATCAGCCATGTGCCTCTGTACTATGTCCA 3521 CTTTGCAATATTTACCGACAGCCGTCTTTTGTTCTTTCTTTCCTGTTTTCCATTTTTAAACTAGTAACAGCAGGCCTTTT 3601 GCGTTTACAATGGAACACAATCACCAAGAAATTAGTCAGGGCGAAAAGAAAAAAATAATACTATTAATAAGAAACCAACA 3681 AACAAGAACCTCTCTTTCTAGGGATTTCTAAATATATAAAATGACTGTTCCTTAGAATGTTTAACTTAAGAATTATTTCA 3761 GTTTGTCTGGGCCACACTGGGGCAGAGGGGGGAGGGAGGGATACAGAGATGGATGCCACTTACCTCAGATCTTTTAAAGT 3841 GGAAATCCAAATTGAATTTTCATTTGGACTTTCAGGATAATTTTCTATGTTGGTCAACTTTTCGTTTTCCCTAACTCACC 3921 CAGTTTAGTTTGGGATGATTTGATTTCTGTTGTTGTTGATCCCATTTCTAACTTGGAATTGTGAGCCTCTATGTTTTCTG 4001 TTAGGTGAGTGTGTTGGGTTTTTTCCCCCCACCAGGAAGTGGCAGCATCCCTCCTTCTCCCCTAAAGGGACTCTGCGGAA 4081 CCTTTCACACCTCTTTCTCAGGGACGGGGCAGGTGTGTGTGTGGTACACTGACGTGTCCAGAAGCAGCACTTTGACTGCT 4161 CTGGAGTAGGGTTGTACAATTTCAAGGAATGTTTGGATTTCCTGCATCTTGTGGATTACTCCTTAGATACCGCATAGATT 4241 GCAATATAATGCTGCATGTTCAAGATGAACAGTAGCTCCTAGTAATCATAAAATCCACTCTTTGCACAGTTTGATCTTTA 4321 CTGAAATATGTTGCCAAAATTTATTTTTGTTGTTGTAGCTCTGGATTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTAAGGAAACGATTGA 4401 CAATACCCTTTAACATCTGTGACTACTAAGGAAACCTATTTCTTTCATAGAGAGAAAAATCTCCAATGCTTTTGAAGACA 4481 CTAATACCGTGCTATTTCAGATATGGGTGAGGAAGCAGAGCTCTCGGTACCGAAGGCCGGGCTTCTTGAGCTGTGTTGGT 4561 TGTCATGGCTACTGTTTCATGAACCACAAGCAGCTCAACAGACTGGTCTGTTGCCTTCTGAAACCCTTTGCACTTCAATT 4641 TGCACCAGGTGAAAACAGGGCCAGCAGACTCCATGGCCCAATTCGGTTTCTTCGGTGGTGATGTGAAAGGAGAGAATTAC 4721 ACTTTTTTTTTTTTTAAGTGGCGTGGAGGCCTTTGCTTCCACATTTGTTTTTAACCCAGAATTTCTGAAATAGAGAATTT 4801 AAGAACACATCAAGTAATAAATATACAGAGAATATACTTTTTTATAAAGCACATGCATCTGCTATTGTGTTGGGTTGGTT 4881 TCCTCTCTTTTCCACGGACAGTGTTGTGTTTCTGGCATAGGGAAACTCCAAACAACTTGCACACCTCTACTCCGGAGCTG 4961 AGATTTCTTTTACATAGATGACCTCGCTTCAAATACGTTACCTTACTGATGATAGGATCTTTTCTTGTAGCACTATACCT 5041 TGTGGGAATTTTTTTTTAAATGTACACCTGATTTGAGAAGCTGAAGAAAACAAAATTTTGAAGCACTCACTTTGAGGAGT 5121 ACAGGTAATGTTTTAAAAAATTGCACAAAAGAAAAATGAATGTCGAAATGATTCATTCAGTGTTTGAAAGATATGGCTCT 5201 GTTGAAACAATGAGTTTCATACTTTGTTTGTAAAAAAAAAAAAGCAGAGAAGGGTTGAAAGTTACATGTTTTTTTGTATA 5281 TAGAAATTTGTCATGTCTAAATGATCAGATTTGTATGGTTATGGCCTGGAAGAATTACTACGTAAAAGGCTCTTAAACTA 5361 TACCTATGCTTATTGTTATTTTTGTTACATATAGCCCTCGTCTGAGGGAGGGGAACTCGGTATTCTGCGATTTGAGAATA 5441 CTGTTCATTCCTATGCTGAAAGTACTTCTCTGAGCTCCCTTCTTAGTCTAAACTCTTAAGCCATTGCAACTTCTTTTTCT 5521 TCAGAGATGATGTTTGACATTTTCAGCACTTCCTGTTCCTATAAACCCAAAGAATATAATCTTGAACACGAAGTGTTTGT 5601 AACAAGGGATCCAGGCTACCAATCAAACAGGACTCATTATGGGGACAAAAAAAAAAATTATTTCACCTTCTTTCCCCCCA 5681 CACCTCATTTAAATGGGGGGAGTAAAAACATGATTTCAATGTAAATGCCTCATTTTATTTTAGTTTTATTTTGATTTTTA 5761 TTTAATATAAAGAGGCCAGAATAAATACGGAGCATCTTCTCAGAATAGTATTCCTGTCCAAAAATCAAGCCGGACAGTGG 5841 AAACTGGACAGCTGTGGGGATATTAAGCACCCCCACTTACAATTCTTAAATTCAGAATCTCGTCCCCTCCCTTCTCGTTG 5921 AAGGCAACTGTTCTGGTAGCTAACTTTCTCCTGTGTAATGGCGGGAGGGAACACCGGCTTCAGTTTTTCATGTCCCCATG 6001 ACTTGCATACAAATGGTTCAACTGTATTAAAATTAAGTGCATTTGGCCAATAGGTAGTATCTATACAATAACAACAATCT 6081 CTAAGAATTTCCATAACTTTTCTTATCTGAAAGGACTCAAGTCTTCCACTGCAGATACATTGGAGGCTTCACCCACGTTT 6161 TCTTTCCCTTTAGTTTGTTTGCTGTCTGGATGGCCAATGAGCCTGTCTCCTTTTCTGTGGCCAATCTGAAGGCCTTCGTT 6241 GGAAGTGTTGTTTACAGTAATCCTTACCAAGATAACATACTGTCCTCCAGAATACCAAGTATTAGGTGACACTAGCTCAA 6321 GCTGTTGTCTTCAGAGCAGTTACCAAGAAGCTCGGTGCACAGGTTTTCTCTGGTTCTTACAGGAACCACCTACTCTTTCA 6401 GTTTTCTGGCCCAGGAGTGGGGTAAATCCTTTAGTTAGTGCATTTGAACTTGATACCTGTGCATTCAGTTCTGTGAATAC 6481 TGCCCTTTTTGGCGGGGTTTCCTCATCTCCCCAGCCTGAACTGCTCAACTCTAAACCCAAATTAGTGTCAGCCGAAAGGA 6561 GGTTTCAAGATAGTCCTGTCAGTATTTGTGGTGACCTTCAGATTAGACAGTCTTCATTTCCAGCCAGTGGAGTCCTGGCT 6641 CCAGAGCCATCTCTGAGACTCGTACTACTGGATGTTTTAATATCAGATCATTACCCACCATATGCCTCCCACAGGCCAAG 6721 GGAAAACAGACACCAGAACTTGGGTTGAGGGCACTACCAGACTGACATGGCCAGTACAGAGGAGAACTAGGGAAGGAATG 6801 ATGTTTTGCACCTTATTGAAAAGAAAATTTTAAGTGCATACATAATAGTTAAGAGCTTTTATTGTGACAGGAGAACTTTT 6881 TTCCATATGCGTGCATACTCTCTGTAATTCCAGTGTAAAATATTGTACTTGCACTAGCTTTTTTAAACAAATATTAAAAA 6961 ATGGAAGAATTCATATTCTATTTTCTAATCGTGGTGTGTCTATTTGTAGGATACACTCGAGTCTGTTTATTGAATTTTAT 7041 GGTCCCTTTCTTTGATGGTGCTTGCAGGTTTTCTAGGTAGAAATTATTTCATTATTATAATAAAACAATGTTTGATTCAA 7121 AATTTGAACAAAATTGTTTTAAATAAATTGTCTGTATACCAGTACAAGTTTATTGTTTCAGTATACTCGTACTAATAAAA 7201 TAACAGTGCCAATTGCA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | HEK293 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
PAR-CLIP data was present in GSM545216. RNA binding protein: AGO2. Condition:miR-124 transfection
... - Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al., 2010, Cell. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al. - Cell, 2010
RNA transcripts are subject to posttranscriptional gene regulation involving hundreds of RNA-binding proteins (RBPs) and microRNA-containing ribonucleoprotein complexes (miRNPs) expressed in a cell-type dependent fashion. We developed a cell-based crosslinking approach to determine at high resolution and transcriptome-wide the binding sites of cellular RBPs and miRNPs. The crosslinked sites are revealed by thymidine to cytidine transitions in the cDNAs prepared from immunopurified RNPs of 4-thiouridine-treated cells. We determined the binding sites and regulatory consequences for several intensely studied RBPs and miRNPs, including PUM2, QKI, IGF2BP1-3, AGO/EIF2C1-4 and TNRC6A-C. Our study revealed that these factors bind thousands of sites containing defined sequence motifs and have distinct preferences for exonic versus intronic or coding versus untranslated transcript regions. The precise mapping of binding sites across the transcriptome will be critical to the interpretation of the rapidly emerging data on genetic variation between individuals and how these variations contribute to complex genetic diseases.
LinkOut: [PMID: 20371350]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM545216 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / miR-124 transfection |
Location of target site | ENST00000244769.4 | 3UTR | AAUCUUCCAUAUAUUCUGCUCAGGGCACUUGCAAUUAUU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 20371350 / GSE21578 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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42 hsa-miR-371b-3p Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT055410 | SHOC2 | SHOC2, leucine rich repeat scaffold protein | 2 | 6 | ||||||||
MIRT065883 | GDF11 | growth differentiation factor 11 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT183507 | BTG2 | BTG anti-proliferation factor 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT277106 | CDCA8 | cell division cycle associated 8 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT300592 | CRKL | CRK like proto-oncogene, adaptor protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441361 | ZNF75A | zinc finger protein 75a | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442692 | COX15 | COX15, cytochrome c oxidase assembly homolog | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443388 | CHML | CHM like, Rab escort protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443571 | EVX2 | even-skipped homeobox 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443671 | FLT1 | fms related tyrosine kinase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT465524 | PRICKLE4 | prickle planar cell polarity protein 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT492169 | STAT3 | signal transducer and activator of transcription 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT496992 | TMEM231 | transmembrane protein 231 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT509012 | FBXO6 | F-box protein 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT509766 | NCAPD2 | non-SMC condensin I complex subunit D2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT514033 | BNIP2 | BCL2 interacting protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT524995 | AFF1 | AF4/FMR2 family member 1 | 2 | 10 | ||||||||
MIRT529899 | C1orf64 | steroid receptor associated and regulated protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT530045 | SMC1A | structural maintenance of chromosomes 1A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT534479 | SAR1B | secretion associated Ras related GTPase 1B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT535065 | PPP2R5D | protein phosphatase 2 regulatory subunit B'delta | 2 | 4 | ||||||||
MIRT539151 | AREL1 | apoptosis resistant E3 ubiquitin protein ligase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT540937 | OIP5 | Opa interacting protein 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT546360 | SYNM | synemin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT553436 | TPM3 | tropomyosin 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT556278 | MAPK1 | mitogen-activated protein kinase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT564092 | NSA2 | NSA2, ribosome biogenesis homolog | 2 | 2 | ||||||||
MIRT568376 | ATXN1 | ataxin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT572255 | ANKRD52 | ankyrin repeat domain 52 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT572453 | TRIM10 | tripartite motif containing 10 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT610741 | NUDT16 | nudix hydrolase 16 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT622754 | PHACTR2 | phosphatase and actin regulator 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT627220 | ZC3H12B | zinc finger CCCH-type containing 12B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT629555 | SPN | sialophorin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT640288 | MAP3K9 | mitogen-activated protein kinase kinase kinase 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT651922 | UEVLD | UEV and lactate/malate dehyrogenase domains | 2 | 2 | ||||||||
MIRT684290 | CDK9 | cyclin dependent kinase 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT700230 | REL | REL proto-oncogene, NF-kB subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT702748 | IGFBP3 | insulin like growth factor binding protein 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT711110 | TBC1D21 | TBC1 domain family member 21 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT716402 | SEPT5 | septin 5 | 2 |