pre-miRNA Information | |
---|---|
pre-miRNA | hsa-mir-378f |
Genomic Coordinates | chr1: 23929070 - 23929147 |
Description | Homo sapiens miR-378f stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | |
Associated Diseases |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Mature miRNA | hsa-miR-378f | |||||||||||||||||||||
Sequence | 52| ACUGGACUUGGAGCCAGAAG |71 | |||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | |||||||||||||||||||||
Editing Events in miRNAs |
|
|||||||||||||||||||||
Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
---|---|
Human miRNA Tissue Atlas | |
miRNAs in Extracellular Vesicles |
|
Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Gene Symbol | CACNG8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | calcium voltage-gated channel auxiliary subunit gamma 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_031895 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on CACNG8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of CACNG8 (miRNA target sites are highlighted) |
>CACNG8|NM_031895|3'UTR 1 GGGCGCGGCGGGGGAGCCGAGGGGCGTGTCCGGGGCGCGTGCGCGGGCGCGCGTGCATCGAGGCTGCCGGGGTCGGGGGC 81 GCCCCCGCTTTCCCCCGTGAGCGCGCTGGAGACTGCTGGGCCCGCCCCACGCCCACCCTCCCCGCCCCCCTCCCCCTCCG 161 AAGCAGGGACCCCGAGGGAGGGGGCAGGGGAGGGAGGGGGCCGCTGTGAGGGAGCGTCGTGTTTTATTTTTTTGGGGGAT 241 CTATGGGGAGGGGGGAGGGCCATGGTGTTTTTTGCAGTTTCGAGATGTTTTCTTTTTCATGTTTTGCTGTGTGCATGGGG 321 GGCGGGGCGGGGGGAGGGGAGGGAGGGACTCCCAGCCCAGCCCAACTCCTGGAGAGGGGCCCATAATACACGAATACATA 401 GTTACACCCACAAACTATATATATGCCCTATATAAAGAGACACAGCGAAGGGATGCAGAAAGGCAGAAAGAAGGGTTGGA 481 CGCGGGCATTCATTCATTTTTTTCATTCATTATTCCACAAGGGCTTATTAAGCACCTACTGTGTACCAGGCACTGGTACA 561 TAAGAAGGCATTGGAGCAGGGGACACGAACGAGGCACAGAAAGGGCCTTCTCATTCATTCATTCATTACCGGCAATTTAT 641 TTGTGCGCCTTAAAAAGCTAGGCATTGTGCTCCGTGCTCAGCGTGCAGGAGGCAGGAAAACAGCCAGGGGCCCCGACGTC 721 TCATAGAGTAAACATCTTGTGCATGAGACAGGCATTAATCGATCATGTACATACACAATAAATTACAGTTAGGCTATAGG 801 AGAAACGAGATGCTATGAAATGCTCCATCAGGGGAGCCTAACCCAGTTGTGAGGAAGAGATTTCAGTGGACAGTGAAAGG 881 ATGAGAAGAAGCCAGCAGGGCGGAGCTGGGGCAGGAGTGTGGCAGGCAGAGCAGCACGTGCAAAGGCCCCGGGGCAGGAA 961 GGAGCTTGCAGCGAGGGCTGAAGGGTAGTGAGGCAGGTGAGCGGGGATCAAGGTGAGGCCGGAGACACAGACAGGGCCAG 1041 ATTGTGCAGGGGCTCGTAGGTCAGGAGTTCAGATTTTATTCTAGGAGTGGTGAGGGCCGTGGAACGGGTTTAAGCAGGAC 1121 GCTAACGTGAATGGTGTACAAAGGGAAGACAGGAACTCGGAGGCAAGAGTAGGAGGCAGAGATGTGCTGAAATACAGCAT 1201 CAAACATGGGCACGGGCCCTTGGAGCTCACACTCTTGTGGGAGGAAGCACGTAATTACACAGATGCTGAAGCATAGTCAT 1281 GGTGTCTGGTGTGCAGGAGAAAGCCGTGGGGCTTAGAGACTCATGTGTCTGTCACTCGTTCATTCAGCCACTCACCCATT 1361 GCCATTTTTGGCCATCTGCTAAGGTACCAGGAAGTGTGTTAGGATCCAGATCCCCAGGGGTGAAACAGACTCTAGCCCTG 1441 CTCTCAAGCAGTTTATTGTCATCAAACACCGCCATCCAGGCAGGGCAATCGGTGCTGGAACCCGGACCACCGTGGGTACC 1521 GTGGCACACGGTGGACAGAGTGACCAACTGCCAGGAGTGAGCAGCACTTGGGGTAGGCTTCCTGGAGAATATGATGCCCA 1601 TTCTGGGTCTTGAAGAAATGAGTGGGCATCTTCTGGTTGATGAAAGGCATGAGAAAGGCTTGTGGGGCCAAAGAACAACT 1681 TGGGTGAAAACGGGAGGAAGTGAACGAGCATGATGTATTGGGGTCAGTGCTAACAGTTCTGGGATGCTGATGTACAAGGT 1761 GGGGCTGGGAGATGAGGCCGGGAAAGTAGCCACAAGCTAGAGTGTAAAGGTACCAGGGTGGCCGGGCGCGGTGGCTCATG 1841 CCTGTAATCCCAGCGCTTTGGGAGGCTGAGGCTGGAGTATCACTTGAGCCCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGATAACATG 1921 GCGAAACCCTGTCTCTACAAAACATTAAAAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGAGCACACCTGTGGACACAGCTACTCAGGA 2001 GGCTGAGGGAGGAGGACCATTTGACTCCAAGAGTTCGAGGCTGCAGTGAGCTAGGATCGCGGCACTACACTCCAGCCTGA 2081 GCAACAGACTGAGATCCTGTCTCAGAAAAAAAGAGAAAAAGGTGCCTGAGTTCCAGGCAGAGGGACTGAGGCTCTTCTAA 2161 GGATGGTGAGAGAGGATGACAGCTGCGCGGGGGCAAGGGCTGTGCGGTGATTGGAGGGGATGGGTTTGAAGTTCACTGAG 2241 AAGGCAGAGGGGACAGCGCCCAGTAGGCTTCCCTTCCATATTTGCTCAGCAAGTGTTTCCTGAGGCCTCCCCCGAAGCCT 2321 TGTGCTGGGCGGTGCTGGGAGTGGAGAGGTGATTTTGATCTTGCCCTGCTCTCAAGGGGCTCCCAGTCTGGCGGGAAAAC 2401 AGGCACAGACGCAGCTTGAGGAGGACGTGGCAGCGGTGGTGCCATGCTGCCAGGGGCTCTGCGTGCCCTTCTCTTGACGG 2481 AAGGGTACAGATCAGAGCTGGGTGTTCAGAATTTCTCTCCGAGGCCTGTGTGGAAGGACCAGGAAGAGAGAGACTGAAGG 2561 TCCCTAGGAAGAATTCTGCCAAGGCGGTTTCAGGAAGAGATGCTGGGAAATGTAGGAAAAGGAATACAAATCAGTGAGAC 2641 GGAGAAGCGCTGAGTGAGAGAGACGGATACGTGGAGAGAAGAGGGATGCCGGAGCGGGTGTTAAAAGAGACAAATCTGGC 2721 CGGGTGCTGTGGCTCCTAATCCCAGCACTTTGGGAGACTGAGGCAGGCAGATTGAGCTCAGGAGTTCCAGACCAGCCAAC 2801 ATATTGAAATCTTGTCTCTACCAAAAATACAAAAATTAGCCGGGTGTGGTGGTGCACGCCTGTAGTCCCGGCTACTCAGG 2881 AGGCTGAGGTGAAAGGATCTCGCTTGGGCCTGGGAGGGTGAGGCTGCAGTGACCCGTGATGGCACCACTGCGCTCCAGCC 2961 TGGGCGAAAGAGCGAGACTCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAATTGAGAGACAGCAAATATTTGCTGGAAGAGGGAGAGGG 3041 AACTGGTTAGGGGAGAATGGATTCTAGAGTCTGAAGGCCAAACAGAACGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAGAATGA 3121 GGTTGAGGGTAGGCAGGAGGAAGAGCAAGATGGGGAGGGAGGGGGAGAGCAGGAGAGACCAAACTAGTAGAGTCACAGAC 3201 AGAGAAAAAGTCAAAGACAGGAAGGTGATACAGAGGAGAGAGAAGAGGAAGAGGAGAGACTGACAGGTGCACAAATCAGA 3281 GAAGTCCCAGAGATAGCAGAAACACACACAGAGACAGAGATAGAGAGGGAGAGGTAAGCCGGAGACAGACTCAGAGATTC 3361 GCACAAAAAGCAACGTGGAGACTCAGAAGCAAGCGCAGCGTCAAGGAATGCTCCATTTCTGGTGTGTTGTTTTCCCAGTA 3441 TTCAAGAAATATTTATTGAGTGCCAACCTGTTCTAGACCCAATCTCGGCCAGGGGATGTGGTGGCAAATAGACGGACAAG 3521 GGCCTGCTCTCCTGAAACACACTGGAGAGATAAACAATAAATAATATCATTTCAGTAACCAAAAAGTGCTTTAAAAATTA 3601 AGCTGAAGGCCGGGCGCAGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCTGGTGGATCACTTGAGGTCA 3681 GGAGTTCGAGACCAGCCTGGTCAACATGGTGAAACTTCATCTCTACCAATAAATAAATAAAGTAGCTGGGTGTGCTGGTG 3761 TGCCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGAAAGAAGGATCACTTGAACCCAGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCTGAG 3841 ATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGTGAGTGGTAACAGAATGACAGAGCAAGGATGACTTTAGATGAGGTCCT 3921 TGGAGTAGACCTTGTGGCAGAGGTCACAGAGATGTGGATTGTGAGTAGGAAAGAGAGGTGAGAAAGTCTGGGGGCCAGGC 4001 ATTCCACCCACCAGAGGCAGCCCCAAAGCCCAGAAAAGTAGCAGGTCTTCGAGGAGGCCTGTGCGGTGAGCAGATCCACC 4081 ATAGGACAGAGGCACAGGGTAGGGGCTGATCAGTTAGGGCCTTGGATCCTTGGGAAGAAATCTGAATTTTATTCTAGATC 4161 TGATGGGAAGTGCTTGGAGGGTTTTGAGCACAGGCATGCCATGATCATATTTTTATTTTCTTATTTATATTTATTTTGAA 4241 AAAGAGTCTTGCTCTGTCTCAGGCTGGAGTCCAGTGGGCTGATCTCGGCTCACTGCCAACCTCCGCCTCCCAAGTTCAAG 4321 TGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCATGTGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTTTGTATTTTT 4401 AGTAAAGACGGGATTTCACCGTGTTGGCCAGGCCAATCTGAAATTCCTGGCTTCAAATGATCCACCTGCCTCGGCCTCCC 4481 AAAATGCTGGGATTACAGGAGTGAGCCACTGCGCCCGGCCTCATATTTTTATTTAAACAAGAACAGCAGAATTACATTGC 4561 TGTGCTGAGCATACGTAGACTTCAGGAGTCAAAGGGGAAGGAAGGAGGTAGCGGGCTGTTGCCTTCCTCTGGTTGCTGGA 4641 GGCCTGGACCAAGGTGGAGTTAGTGGGATGGAGGAAGTGGAAGAAGGCATGGGATTTTGGAGGCTAGAGCCTGCATTGGT 4721 GGTGAACTGGATGTCATAGAGGAGGGAAGGAAAAGGAACCAGGAAGAGAAGAACTCTCTGAATTGGGCACGCACATCTCT 4801 GATGGGCACCGATGAGGATTGTTACCAGGAACGAGGAGACTGGGATCAGGAAAGTGGCTTTGGGAGGGAGGAACCAAGGC 4881 TTCTCTTTTGGATGTGTCAAGATAGATCTGCCTTCGAGAAATCCGAGTTGTGGTATCAAATAGCCAGTTGGATATGTGAG 4961 ACTGGAGTTTGGGGGAAAGAGAGGCCGTGGCTCAAAAACGTAAGTTTTGGAAACGTCAACATAAAGCCACAGGATTGGGT 5041 GACGTGGCCTAGCAGGGGGGTGGGGACAGAGAAGCGACCCTGGCCAGAGCCTTGGGGACATCTACATCTGGGGGAGAAGG 5121 GGATGTAGCAAAACGAGCTTAGGAGTGATCTCGAGGTAGGCTGAAACCAGGAGGGTTACAGAGGGCAAATGCACCTTTGT 5201 GTTTCAAGAAGGAGAGGAGACAGCCAGCTGTGCCAAGGGCTGCTGAGACTTGGACAAGGATGCAGAGAGCAGAGTGACCA 5281 TTAGGTCTGATGACATGGACAGGGTTGGTGATCTTGATAAGATAAGATGTCAGTTCAGTGCAGTGGTGGGGACAGAAGCC 5361 CTGCTGGAGTGGAGGGGAGAGAGAATTTGGGGGGAAGACAGAAGGAAAGGGAATTCAGGCAAGTGTGTGTGTGTGTGTGT 5441 GTGTGTGTGTGTGTGTAACTGACACAAAGGCCAGGTGCGATGGCTCACGTGTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAAG 5521 TGGGTGGATCACTTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAATATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAGAA 5601 ATTAGACAGGTGCGGTGGTGCACACCTGTAATCCCAGCTACTTGAGAGGCTGAAGCAGGAGAATCTCTTGGGCCCAGGAG 5681 GCAGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATCACACCACTGCACTCTAGCCTGGGTGACAGAGCAAGACTCTGTCTCAAAAAAGAAA 5761 AAAGGTAAAAAAAAAAAAAAATGACCCTGAAAGGAAGTAGGGAGACATGCAGATAGGGAGATGGGAGGCAGAAAATTGCA 5841 TCCTGCAATTAGCTGTCACAGCAGGCAGGAGCAAGAGAGATGGGGAAGCCCAGGGCCAGGAGGGGAAGATGAATTCAGGG 5921 GGCAGGGAAGAGAGGATGCTGTCAGCTAGGCTCTGGCAGATCCCCTAGCCAGGGATGCTCTGCCCAGCTCCTGTCTCTTG 6001 CTGCTGTCAGCGCCGGGCACACTCTGGGATTCCCCCTGTAGACCCTGTCAAGACCTATTGAGGTGAAGGGGAAGAACACG 6081 TTTTCATCATTCATTTTCAGAAATAAACATTCACTCAGTTCTTGGAAATACTTTCTGGCCAGGCTTGGGGGCTCATGCCT 6161 GTAATCCCAGCACTCTGGGAGGCCAAGACAGGAGGATTGCTTGAGGCTTGGCGTTTGAGACCAGCCTGGGCAATATAGTA 6241 AGACCCCGTCTCTACAAAAATGAAAAATGAGCTGTGGCGTGGTGGCTCACGCCTGTAGTCCTAGATACTCGGGAGGCTGA 6321 GGCGGGAGGATTGCTTGAGTCCAGGAGTTTAAGGTTGCAGTGAGCTATGATTGCACCATTGCACTTCAGGCTGGGCCACA 6401 GAGCAAGACCCTGTCTCAGAAAACAGAAAGAAAGAAAGTCAAAGAAATAAAGTCAAAGACAAGAAGGTGATACAGAGAAG 6481 ACAGAAAAGGAGGAGGAGAGAGACTGACAGGTACACAAATCAGAGAAGTCCCAGAGATAACAAAAACACAACCACAGAGA 6561 TAGGGAGACGTAAGCCGGAGAAAGACCCAGAGATTCGCATAGAAAGCAACGTGGAGACTCAGAAGCAAGCACAGCATCAA 6641 GGAATGATCAATAAAAAGAAAAAAAAATATTTCCTGAGGACTTCCAAGTACAAGGCCCTGCAATCTCAGGCCACTTCTGT 6721 CCCATCTCTGCCTTCAGAGGGGGGGACAGGTAGTCCAGACAATTAGAATACAGAGGGGGCTGTGTTCTGACGGGGCCACG 6801 CGGGCATTGAGGAAACGCAGCAGGCCCCTCCCCTAGCTGGGGCGGGGATGTCTGTGTGCCATCATCTCACTCCATCTGGT 6881 CATTCCTTTGCCCATTCATCCATCCATTCATTCAAGTCACCCCATGCACATTTTCCAAGACTGCCTGTGACCTGGCCCTG 6961 TGCCGGGTAGAGCTGAGGATGCCAAGGTGAATTCCTCCTGTGCCTGGCCCCGGCCCCAGTCTGCTGGAAGAACCAGACAC 7041 AGACAATCACACTGCGGGGAAACACGTGCTCCATCGGAAAAGTCCAGAGCAGGGGGTGGGCAGAGAGGCCCAGCGTGCAC 7121 CAGAGCCTCGCTCAGGTCAGCGCCAGGCCTGCCTGGAGCAGCCAACTGTGGGAGAAGAAGGAGTTGGTGAAAGGTGGGTC 7201 CCACCTGGGCCGTCCACAGAAGGGCTGAGGGGTAGGGGGTGAGGGGTTGAAGATCAGGCCCTGCCGCCATGCCACACGGC 7281 TGTCCTCTGTCCCTGCTCCTGGGGGAGCTGAAACTGCATGGAAGGTCCCCCAGGGGTGCCCCGTCTAATAAACTCGATGA 7361 AGAGGA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DRVs in gene 3'UTRs |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in gene 3'UTRs |
|
Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
|
||||||
Conditions | HEK293 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
PAR-CLIP data was present in GSM545215. RNA binding protein: AGO4. Condition:Control
... - Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al., 2010, Cell. |
||||||
miRNA-target interactions (Provided by authors) |
|
||||||
Article |
- Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al. - Cell, 2010
RNA transcripts are subject to posttranscriptional gene regulation involving hundreds of RNA-binding proteins (RBPs) and microRNA-containing ribonucleoprotein complexes (miRNPs) expressed in a cell-type dependent fashion. We developed a cell-based crosslinking approach to determine at high resolution and transcriptome-wide the binding sites of cellular RBPs and miRNPs. The crosslinked sites are revealed by thymidine to cytidine transitions in the cDNAs prepared from immunopurified RNPs of 4-thiouridine-treated cells. We determined the binding sites and regulatory consequences for several intensely studied RBPs and miRNPs, including PUM2, QKI, IGF2BP1-3, AGO/EIF2C1-4 and TNRC6A-C. Our study revealed that these factors bind thousands of sites containing defined sequence motifs and have distinct preferences for exonic versus intronic or coding versus untranslated transcript regions. The precise mapping of binding sites across the transcriptome will be critical to the interpretation of the rapidly emerging data on genetic variation between individuals and how these variations contribute to complex genetic diseases.
LinkOut: [PMID: 20371350]
|
CLIP-seq Support 1 for dataset GSM545215 | |
---|---|
Method / RBP | PAR-CLIP / AGO4 |
Cell line / Condition | HEK293 / Control |
Location of target site | ENST00000270458.2 | 3UTR | GAGGCGGGAGGAUUGCUUGAGUCCAG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 20371350 / GSE21578 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
27 hsa-miR-378f Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT463100 | ZNF609 | zinc finger protein 609 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT469371 | REST | RE1 silencing transcription factor | 2 | 6 | ||||||||
MIRT495441 | KCNJ6 | potassium voltage-gated channel subfamily J member 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT513606 | VPS37B | VPS37B, ESCRT-I subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT520414 | TXNL1 | thioredoxin like 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT525111 | PRKD2 | protein kinase D2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT525979 | SPA17 | sperm autoantigenic protein 17 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT527002 | ARL8B | ADP ribosylation factor like GTPase 8B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT529215 | CYP20A1 | cytochrome P450 family 20 subfamily A member 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT529835 | ARGFX | arginine-fifty homeobox | 2 | 2 | ||||||||
MIRT532300 | HAUS3 | HAUS augmin like complex subunit 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT537577 | ESYT2 | extended synaptotagmin 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT543140 | AKT1 | AKT serine/threonine kinase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT554924 | RAP1B | RAP1B, member of RAS oncogene family | 2 | 2 | ||||||||
MIRT564970 | WTAP | WT1 associated protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT570115 | CACNG8 | calcium voltage-gated channel auxiliary subunit gamma 8 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT652734 | TGFB2 | transforming growth factor beta 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT655948 | NDST1 | N-deacetylase and N-sulfotransferase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT655997 | MYRF | myelin regulatory factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT684875 | P4HB | prolyl 4-hydroxylase subunit beta | 2 | 2 | ||||||||
MIRT692969 | LGSN | lengsin, lens protein with glutamine synthetase domain | 2 | 2 | ||||||||
MIRT693737 | ACACA | acetyl-CoA carboxylase alpha | 2 | 2 | ||||||||
MIRT710991 | PPARGC1B | PPARG coactivator 1 beta | 2 | 2 | ||||||||
MIRT712247 | RCC2 | regulator of chromosome condensation 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT718602 | DCTPP1 | dCTP pyrophosphatase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT723499 | WDR33 | WD repeat domain 33 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT725448 | HIPK3 | homeodomain interacting protein kinase 3 | 2 | 2 |
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|